COLLECTION TRANSPORT AND COLLECTION,TRANSPORT,AND EXAMINATION OF SPECIMENS
Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran USU
Medan
Untuk keberhasilan mengisolasi patogen dari
i kli ik ti di ti b k 4 i t
spesimen klinik, mesti dipertimbangkan 4 point
Type of specimen
Time of collection
Collection techniques
Time and method of its transportation to the laboratory
Spesimen untuk kultur & Pewarnaan Gram dapat diambil dari spesimen :
dapat diambil dari spesimen :
Cerebro Spinal Fluid (cairan tubuh yang steril) p ( y g ) (cytospin)
Mata
Purulent discharge
Purulent discharge
Sputum atau aspirasi transtracheal
Semua spesimen operasi
Jaringan
Urethral exudates (male only, intracellular gonococcus))
gonococcus))
Vaginal specimens
Luka
Type of Specimen
Bergantung kepada patogen yang akan
Bergantung kepada patogen yang akan
diisolasi, spesimen yang diambil mestilah merupakan representatif dari infeksi atau penyakitnya , misalnya :
Untuk mengisolasi N.gonorrhoeae, spesimen yang diambil adalah endocervical swab bukan vaginal diambil adalah endocervical swab bukan vaginal swab
Untuk mengisolasi patogen dari saluran
pernapasan, spesimen yang diambil adalah dahak (sputum) bukan air ludah (saliva)
Type of Specimen Type of Specimen
Darah
Volume darah yang diperlukan untuk pemeriksaan bakteriologik adalah 10 ml (dewasa), 2-5 ml (anak- anak) 1-2 ml (bayi)
anak), 1-2 ml (bayi)
Usap/Swab Nasofaring & Tenggorokp g gg
Dilakukan 2 kali pengambilan usap nasofaring &
usap tenggorok, satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan/kultur
dan yang lain untuk biakan/kultur
Type of Specimen Type of Specimen
Nanah atau cairan : Nanah atau cairan :
Mengambil dengan spuit steril, taruh dalam tabung steril. Bersegel dan antar ke Lab. Abses – abses yang milier harus dibuka dengan skalpel ujung tajam steril untuk mengeluarkan nanah
Kulit (untuk pemeriksaan jamur) Kulit (untuk pemeriksaan jamur)
Dipilih dari bagian yang aktif yaitu daerah pinggir.
Terlebih dahulu dibersihkan dengan alkohol 70% lalug dikerok dgn skalpel sehingga memperoleh skuama yang cukup
Time of Collection :
Urin paling baik diambil pada pagi hari (urin pagi p g p p g ( p g pertama),segera setelah pasien bangun tidur, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
S t b ik d l h
Sputum terbaik adalah sputum pertama yang dibatukkan pada pagi hari, namun sputum yang diambil sewaktu juga cukup refresentatif
diambil sewaktu juga cukup refresentatif.
Spesimen darah paling baik diambil sewaktu pasien demam tinggi (sesaat sebelum
temperatur mencapai puncak),sedapat mungkin sebelum pemberian antimikroba, dianjurkan
pengambilan sebanyak 3 kali dengan selang pengambilan sebanyak 3 kali dengan selang waktu 1 jam
Time of Collection : Time of Collection :
Spesimen tinja dapat diambil setiap p j p p saat,terutama pada stadium dini ketika bakteri dalam jumlah terbanyak.
U t k/ f i bi dil k k
Usap tenggorok/nasofaring bisa dilakukan setiap saat, terutama pada fase akut,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
Eksudat/pus dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
Cairan otak dapat diambil setiap saat,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
Collection techniques: q
1 Teknik yang dipakai hendaklah dapat
1. Teknik yang dipakai hendaklah dapat
menjamin bahwa spesimen klinik yng diambil mengandung organisme - organisme yang diduga sebagai penyebab infeksinya
2. Hindari terkontaminasinya spesimen
sewaktu pengambilan atau sewaktu dikirim (transportasi) ke Laboraturium.
Collection techniques q
3 Aseptic proced res adalah penting sekali
3. Aseptic procedures adalah penting sekali
sewaktu pengambilan spesimen dari bagian tubuh yang steril misalnya :
tubuh yang steril, misalnya :
1. Darah
2. Cairan spinal
3. Pleural effusions
4. Hindari terkontaminasinya discharge atau ulkus dengan normal microbiota di kulit
ulkus dengan normal microbiota di kulit.
Collection techniques q
5 Wadah (bejana, container) untuk
5. Wadah (bejana, container) untuk pengumpulan spesimen mestilah :
1. Bersih 2. Steril
3. Tidak bocor ( leak-proof)
4. Bebas dari sisa-sisa desinfektans
6. Wadah (bejana, container) supaya tidak mudah pecah, sebaiknya dibuat dari
autoclavable plastics yang tidak mudah bocor.
Collection techniques
7. Beri petunjuk tertulis kalau pasien sendiri p j p yang akan mengambil spesimen-nya.
Misalnya jika spesimen air kemih yang akan diambil,beritahu caranya kepada pasien:clean catch,midstream specimen.
8 Jik di bil d l h ( h) d i
8. Jika yang diambil adalah pus (nanah) dari luka, mesti dijelaskan jenis luka tersebut :
1 Luka bakar
1. Luka bakar
2. Luka digigit anjing, dicakar kucing
3. Luka infeksi pasca bedahp
4. Luka tergores kayu , duri, kawat
Collection techniques Collection techniques
9 Pengiriman spesimen disertai dengan surat
9. Pengiriman spesimen disertai dengan surat pengantar/formulir permintaan pemeriksaan laboraturium
10. Wadah spesimen diberi label yang memuat tanggal pengambilan spesimen, identitas
pasien,jenis spesimen
Collection techniques Collection techniques
DARAH
- Lokasi pengambilan darah adalah pada lipat siku, pilih vena yang paling jelas dan besar
( di bi i) k b i d
(vena mediana cubiti), untuk bayi dapat diambil pada vena sekitar mata kaki
Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml - Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml, anak-anak 2-5 ml, bayi 1-2 ml
- Darah dimasukkan ke dalam botol media :a a d asu a e da a boto ed a a. untuk biakan aerob & Haemophillus
digunakan media BHI brothg
Collection techniques Collection techniques
b. Untuk biakan anaerob digunakan b. Untuk biakan anaerob digunakan
media Thioglicolate broth
Apabila botol media tidak memungkinkan Apabila botol media tidak memungkinkan karena jarak yang jauh, maka darah
dimasukkan ke dalam botol/tabung yang g y g berisi antikoagulan Sodium Polyanethol
Sulfonate (SPS) dengan perbandingan 0,5 ml k SPS d l l d h
stok SPS dalam 5 ml darah
Collection techniques Collection techniques
SPUTUM
- digunakan wadah steril bermulut lebar yang tahan bocor dan bertutup ulir dengan volume minimal 25 ml - Persiapan pasien : diberi penjelasan perbedaanPersiapan pasien : diberi penjelasan perbedaan
sputum dengan ludah, bila pasien kesulitan
mengeluarkan sputum (sputum sedikit) pada malam hari sebelumnya disuruh minum teh manis atau diberi
b t l d h k ( k kt )
obat pengeluar dahak (ekspektoran)
- Caranya pasien diminta untuk menarik nafas dalam, 2-3 kali kemudian keluarkan nafas dengan batuk
k t d b l k li i t k l
yang kuat dan berulang kali sampai sputum keluar - Sputum yang berkualitas baik akan tampak kental purulen dengan volume cukup 3-5 ml
Collection techniques Collection techniques
URIN
URIN
Jenis spesimen urin untuk pemeriksaan mikrobiologi :g
1. Urin porsi tengah (midstream)
2 Urin kateter (yang telah terpasang) 2. Urin kateter (yang telah terpasang) 3. Urin aspirasi suprapubik
Collection techniques Collection techniques
1 Urin Porsi Tengah
1. Urin Porsi Tengah
persiapan pengambilan urin sterilisasi, pria membersihkan preputium & wanita
p p p
membersihkan labia mayora,minora serta ostium uretra eksterna keluarkan urin, aliran urin yang pertama dibuang,aliran urin selanjutnya ditampung dalam
wadah pengumpulan urin selesai sebelum wadah,pengumpulan urin selesai sebelum aliran urin habis
Collection techniques Collection techniques
2. Urin Kateter
lakukan desinfeksi dengan alkohol 70% pada bagian selang kateter yang terbuat dari karet
aspirasi urin dengan menggunakan aspirasi urin dengan menggunakan semprit sebanyak lebih kurang 10 ml 3 Urin Suprapubik
3. Urin Suprapubik
dilakukan pada kandung kemih yang penuh aspirasi urin dilakukan tepat dititik
aspirasi urin dilakukan tepat dititik
suprapubik urin diambil lebih kurang 20 ml
Collection techniques Collection techniques
FECES (TINJA)
FECES (TINJA)
- Feces segar, pasien diharuskan buang air kecil terlebih dahulu agar tinja tidak tercemar g j urin pasien disuruh buang air besar
langsung ke dalam pot tinja (± 5 gram)
- Usap rektum, dilakukan pada pasien yang sulit buang air besar, dehidrasi, shock
Digunakan lidi kapas steril yang sudah dibasahi NaCl fisiologis
Collection techniques Collection techniques
Usap nasofaring/Usap tenggorokp g p gg
- Dilakukan 2 kali pengambilan,satu untuk
pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan (k lt )
(kultur)
Eksudat/Pus
- Luka purulen/ulkus - Luka purulen/ulkus
Pembersihan luka dengan kain kasa yang telah dibasahi NaCl fisiologis dengan kapas lidi steril usapkan pada luka/ulkus tanpa menyentuh bagian tepi luka,lakukan sebanyak 2 kali masukkan ke dalam tabung media transport
dalam tabung media transport
Collection techniques Collection techniques
- Abses
Dilakukan desinfeksi dengan povidone
iodine 10% dan alkohol 70% tusuk jarum dan hisap dengan semprit steril cairan
dan hisap dengan semprit steril cairan
eksudat/pus teteskan eksudat/pus pada kapas lidi steril dan masukkan dalam media transport sisanya dimasukkan dalam wadah transport, sisanya dimasukkan dalam wadah steril
Bisa juga dilakukan insisi pada abses,lalu
d k lidi il di k b i
dengan kapas lidi steril diusapkan bagian dasar abses,kemudian masukkan dalam media transportp
Spesimen yang mengandung patogen berbahaya
berbahaya
Petugas laboratorium mesti memperoleh
Petugas laboratorium mesti memperoleh informasi secukupnya apakah spesimen yang dikirimkan mungkin mengandung organisme yang sangat infeksius
Spesimen tersebut mesti diberi label: HIGH RISK.
High risk specimens : g p
Dahak yang kemungkinan mengandung
Dahak yang kemungkinan mengandung Mycobacterium tuberculosis
Spesimen tinja yang mungkin mengan-p j y g g g dung V.choleare atau Salmonella typhi
Cairan dari ulkus atau pustula yang mungkin p y g g mengandung Bacillus anthracis atau
Treponema pallidum
Spesimen dari pasien yang diduga dengan hepatitis, demam berdarah, pest.
Media Transport p
Sebaiknya spesimen klinik untuk peme-y p p riksaan mikrobiologik dikirimkan ke Lab.
sesegera mungkin, supaya patogen yang mungkin terdapat di dalam spesimen masih viable (hidup).
K l di ti i i k t j di k t l b t
Kalau diantisipasi akan terjadi keterlambatan, maka gunakan medium transport:
Stuart”s transport medium
Stuart s transport medium
Amies transport medium
Cary-Blair mediumy
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Darah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak
Darah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak boleh lebih dari 24 jam, spesimen tidak boleh disimpan dalam lemari es.
Spesimen harus segera dikirim ke
laboraturium,apabila jarak jauh,spesimen darah dapat dimasukkan ke dalam
botol/tabung yang berisi antikoagulan sodium polyanethol sulfonate
polyanethol sulfonate
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Spesimen Sputum dan urin harus sudah
Spesimen Sputum dan urin harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam,bila tidak memungkinkan harus disimpan dalam lemari es (2-8ºC)
Pengiriman sputum dan urin dilakukan dalam cooling box kecuali jika pengiriman dapat
dilakukan kurang dari 1 jam setelah pengambilan spesmen
pengambilan spesmen
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Spesimen tinja harus segera dikirim ke
Spesimen tinja harus segera dikirim ke laboraturium (kurang dari 2 jam setelah pengambilan bahan)
Bila lebih dari 2 jam spesimen dimasukkan ke dalam media transport Carry & Blair dan
disimpan dalam suhu ruang
Bila tidak ada media transport, tinja disimpan
d l h 2 8ºC
dalam suhu 2-8ºC
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Usap tenggorok dan Usap nasofaringp gg p g Spesimen dimasukkan ke dalam media transport
Bila spesimen tidak dapat diproses pada hari yang sama, bisa disimpan pada suhu 2-8ºC U t k bi k b kt i ik filik di i
Untuk biakan bakteri mikroaerofilik disimpan dalam suasana CO2 5-10% (Sungkup lilin) Pengiriman dilakukan dengan menggunakan Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu
perjalanan kurang dari 24 jam
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Eksudat/pus
Eksudat/pus
Spesimen harus sudah sampai di
laboraturium dalam waktu 2 jam setelah j
pengambilan, jika tidak memungkinkan bisa disimpan dalam lemari es (2-8ºC)
Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika perjalanan
di l k k d i 2 j
yang diperlukan kurang dari 2 jam
Cara penyimpanan dan Pengiriman Cara penyimpanan dan Pengiriman
Cairan Otak
Spesimen harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam setelah pengambilan, jika
id k ki k i h
tidak memungkinkan spesimen harus disimpan dalam lemari es atau media transport dalam beberapa jam saja
transport dalam beberapa jam saja
Pengiriman spesimen harus secepat mungkin dengan menggunakan cooling box (2-8ºC)
kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 1 jam
Specimen Quality p Q y
Informasi yang diberikan oleh Lab sangat
Informasi yang diberikan oleh Lab sangat bermanfaat jika dapat digunakan untuk :
Menegakkan diagnosis penyakit infeksi
Pedoman dalam pemilihan antimikrobap
Memonitor progress atau prognosis penyakit
Mutu spesimen yang jelek : p y g j
Etiologic ( causative ) agent dari penyakit
Etiologic ( causative ) agent dari penyakit infeksinya tidak dapat diisolasi
Terjadi overgrowth normal microbiota yang
Terjadi overgrowth normal microbiota yang
akan menutupi pertumbuhan mikroorganaisme patogen
p g
Kontaminan dapat mengganggu identifikasi patogen dan diagnosis dari penyakit pasien.
Kriteria High Quality specimens : g Q y p
1. Spesimen klinis yang diambil mestilah p y g appropriate specimens supaya diagnosis penyakitnya akurat
2. Hindari terkontaminasinya spesimen dengan normal microbiota
3. Transportasi spesimen ke Lab mesti dengan cara yang tepat ( kalau perlu dengan dry ice secara anaerob dengan pengawet ) dry ice, secara anaerob, dengan pengawet ).
Komponen Spesimen Bermutu:
1. Proper SELECTION of the specimen
2. Proper COLLECTION of the specimen
3. Proper TRANSPORT of the specimen to the lab.
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN
1 Spesimen yang tidak diberi label ataupun
1. Spesimen yang tidak diberi label ataupun labelnya rusak/tidak jelas
2. Spesimen yang disimpan/dikirim terlalu lamap y g p
3. Wadah/container spesimen rusak atau tidak sesuai
4. Spesimen diterima dalam keadaan fiksasi
5. Sputum oropharing yang terkontaminasi
5 Sputu o op a g ya g te o ta as
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN
6. Terdapat dua spesimen (tinja,dahak) yang sama p p ( j , ) y g
dalam 24 jam kecuali sudah ada penjelasan kepada petugas laboraturium
7 S i diki i tid k i d
7. Spesimen yang dikirim tidak sesuai dengan
permintaan kultur, misalnya urine yang diambil dari kateter tidak sesuai untuk kultur kuman anaerob
8. Swab kering
9. Pengumpulan urin/dahak dalam 24 jam untuk kultur
j t AFB
jamur atau AFB
10.Kriteria-kriteria khusus lain yang tidak sesuai dengan laboraturium
dengan laboraturium
Environmentally Fragile Organisms Environmentally Fragile Organisms
Organism Most Likely Specimen Comment
Shigella spp. Stool Immediate processing recommended
N. gonorrhoeae Genital Sensitive to cold. Need 5-10% CO2. N. gonorrhoeae Genital Sensitive to cold. Need 5 10% CO2.
Immediate processing recommended N. meningitidis CSF Sensitive to cold. Immediate processing
recommended
H. influenzae f CSF, eye, ear, throat, y , , Sensitive to cold. Immediate processing p g recommended
QA monitor??
QA monitor??
Media Transport yang dianjurkan: p y g j
MEDIUM KEGUNAAN COMMENT
Stuart’s medium Untuk kuman aerob & beberapa anaerob fakultatif
Umumnya bagus untuk media transport terutama untuk swab Amies medium Untuk kuman anaerob & anaerob
fakultatif
Lebih bagus untuk anaerob
fakultatif dibanding stuart’s medium
Amies + arang GO Media transport yang paling bagus
untuk GO
Carry-Blair Untuk kuman patogen usus
(salmonella,shigella,vibrio,campylo bacter)
Semua spesimen tinja yg
memerlukan waktu pengiriman lbh dari satu jam harus menggunakan media ini terutama untuk
campylobacter
Media transport anaerob Banyak jenis kuman Media yang dianjurkan dengan menggunakan indikator oksigen Medium untuk telur & parasit
(PVA,SAF,10% Formalin,Alcohol
Protozoa Media ini tidak mengandung
banyak merkuri atau formalin
based-ecofix) Ramah lingkungan
Media transport virus Banyak jenis virus Umumnya mengandung antibiotik
Acceptable Specimens For Anaerobic Culture
Site Acceptable Specimens Unacceptable Specimens Head and Abscess aspirate obtained by needle and syringe Throat or nasopharyngeal swabs
Head and neck
Abscess aspirate obtained by needle and syringe after surface decontamination
Biopsy material surgically obtained
Anaerobic swab surgically obtained when aspiration is not feasible
Throat or nasopharyngeal swabs Gingival swabs
Superficial material collected with swabs
Lungs Transtracheal aspirate Expectorated sputum
Lungs Transtracheal aspirate
Material from percutaneous lung puncture Biopsy material surgically obtained
Bronchoscopic specimen obtained by protected brush
Thoracatomy specimen
Expectorated sputum Induced sputum
Endotracheal aspirate
Bronchoscopic specimens not specially collected
Thoracatomy specimen
Anaerobic swab surgically obtained Soft tissue Aspirate obtained by needle and syringe
Biopsy material surgically obtained
Aspirate from sinus tract obtained by needle and small plastic catheter
Superficial material collected from skin surfaces or edges of wound
p
Deep aspirate of open-wound obtained through decontaminated skin
Deep aspirate of surface ulcer obtained through decontaminated skin
Urinary Suprapubic aspiratey Voided urine
tract
p p p
Catheterized urine
