Ada beberapa pasal dalam UU no 20 tahun 2003 yang menyinggung tentang pendidikan islam. Di dalam aturan tersebut setidaknya ada tiga hal yang terkait dengan pendidikan islam.
1. Kelembagaaan formal, nonformal, dan informal didudukannya lembaga madrasah sebagai salah satu lembaga pendidikan formal yang diakui keberadaannya setara dengan pendidikan sekolah.Dan dipertegas pula tentang kedudukannya sebagai sekolah yang berciri khas agama islam, selanjutnya diakui majlis taklim sebagai pendidikan non formal dan masukan Raudlotul Athfal sebagai lembaga pendidikan anak usia dini dan dipertegas pula tentang pesantren sebagai lembaga pendidikan keagamaan.
2. Pendidikan islam sebagai mata pelajaran dikokonnya matapelajaran agama sebagai salah satu mata pelajaran yang wajib diberikan kepada peserta didik disemua jalur,jenis dan jenjang pendidikan.
3. Pendidikan islam sebagai nilai, terdapat seperangkat nilai-nilai islam dalam system pendidikan nasional. 1
