Permasalahan Dalam Pemeriksaan Pajak kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.
Adanya sistem self assesment dalam peraturan perundang-undangan pajak di Indonesia yang mulai diterapkan pada reformasi sistem perpajakan tahun 1983 yang sangat berpengaruh bagi WP. Sistem tersebut memberi kepercayaan Wajib Pajak untuk menghitung, membayar, dan melaporkan sendiri jumlah pajak yang seharusnya terutang tetapi di sisi lain mengharuskan WP untuk siap menghadapi pengujian kepatuhan atas pajak yang dilaporkan. Sebagai konsekuensinya DJP berkewajiban untuk melakukan pelayanan, pengawasan, pembinaan, dan penerapan sanksi perpajakan. Salah satu bentuk pengawasan dan pembinaan terhadap WP tersebut adalah melalui pemeriksaan pajak.
Walaupun adanya sistem self assesment, pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh fiskus sampai saat ini masih merupakan hal yang menakutkan atau “momok” dan terkesan angker bagi WP karena selama ini masih sangat banyak WP yang tidak memahami apa sesungguhnya hakekat pemeriksaan itu sendiri, atau karena pengalaman empiris WP terhadap pemeriksaan memang menunjukkan fakta yang demikian. Hal tersebut bisa terjadi karena masih adanya oknum fiskus (pemeriksa) yang berprilaku menakutkan sehingga image pemeriksaan sebagai “hantu perpajakan” sulit untuk dihilangkan.
Untuk itu diperlukan praktek perpajakan yang sehat, sehingga membuat sebuah pemeriksaan tidak lagi dipandang sebagai hal yang menakutkan dengan menekankan pada
1. meningkatkan profesionalisme petugas pemeriksa melalui pendidikan pemeriksaan pajak berkelanjutan dan komprehensif yang tidak hanya memahami tugasnya sebagai pemeriksa tetapi juga memahami siapa yang diperiksa, sejalan dengan yang dinyatakan reformasi ditubuh DJP yang mulai menempatkan dirinya sebagai agen pelayanan kepada WP, sehingga DJP dituntut untuk memahami WP secara utuh, atau diistilahkan “knowing your tax payer”
pribadi pemeriksa yang ingin memperoleh “pendapatan ekstra” atau dalam bentuk lain “kenaikan pangkat/penghargaan”.
3. Menggunakan pemeriksaan (audit) yang digunakan acuan adalah ”substantive over form” artinya apabila ditemukan bukti-bukti yang mendukung kebenaran transaksi yang dilakukan oleh WP secara material harus dianggap benar.
Dengan demikian, pemeriksaan pajak tidak lain merupakan pagar penjaga agar WP tetap berada pada koridor peraturan perpajakan. Selanjutnya, DJP berkewajiban pula untuk melakukan penegakan hukum (law enforcement) agar proses dan pelaksanaan sistem self assessment tersebut tetap berada pada aturannya, baik undang-undang maupun peraturan lainnya. Penegakan hukum ini menjadi upaya untuk menciptakan keadilan melalui penerapan peraturan perpajakan secara fair, konsisten, dan konsekuen.
Pengawasan terhadap WP perlu dilakukan guna meningkatkan kepatuhan, yang diharapkan akan berdampak positif terhadap penerimaan pajak. Tapi pengawasan yang dilakukan selama ini belum maksimal karena tidak didukung data yang diperlukan, belum lagi adanya pemeriksaan yang masih disalahgunakan oleh “oknum pemeriksa” untuk melakukan hal-hal yang negatif terhadap wajib pajak misalnya melakukan pemerasan terhadap Wajib Pajak.