x
RINGKASAN
Mangrove adalah ekosistem yang sangat produktif dibangun oleh sekelompok tanaman yang telah beradaptasi dengan lingkungannya, hewan dan mikroba yang berasosiasi dengan vegetasi mangrove dan faktor abiotik di sekelilingnya. Bakteri adalah salah satu kelompok organisme utama yang dapat menjaga berlangsungnya fungsi ekosistem mangrove, terutama dalam menjaga keberlangsungan siklus biogeokimia dan transformasi nutrisi. Oleh sebab itu perlu dilakukan penelitian mengenai diversitas bakteri asal mangrove. Informasi mengenai diversitas bakteri pada ekosistem mangrove di Indonesia umumnya masih terbatas pada bakteri yang dapat ditumbuhkan (culturable bacteria). Pendekatan culture-dependent belum bisa menggambarkan diversitas bakteri mangrove karena bakteri yang dapat dikultur hanya sebagian kecil dari keseluruhan diversitas bakteri yang ada di alam. Pendekatan metagenomik diharapkan mampu memberikan gambaran diversitas bakteri mangrove secara menyeluruh. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui diversitas bakteri asal sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA.
Penelitian ini dilakukan dengan metode deskriptif, meliputi tahapan pengambilan sampel sedimen mangrove, isolasi DNA total bakteri dari sedimen mangrove, amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan Polymerase Chain Reaction
(PCR), dan Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Pengamatan diversitas bakteri asal mangrove Tritih Kulon dilakukan dengan menganalisis profil DGGE.
Hasil penelitian menunjukkan terbentuknya 4-7 pita DNA pada profil DGGE. Hal ini menunjukkan sedimen mangrove Tritih Kulon memiliki diversitas bakteri dengan terdeteksinya 4-7 jenis fragmen DNA berbeda berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Hasil penelitian belum mampu menunjukkan diversitas bakteri seperti yang diharapkan sehingga diperlukan perbaikan metode untuk penelitian yang akan datang.
Kata kunci : bakteri, DGGE, diversitas, mangrove, metagenomik
xi
SUMMARY
Mangroves are a highly productive ecosystem which consists of a group of plants adapted to that environment, animals and microbes are associated with mangrove vegetation, and surrounding abiotic factors. Bacteria is an organism that can keep the function of mangrove ecosystems, especially in maintaining the sustainability of the biogeochemical cycle and transformation of nutrients. Those are encouraging research regarding the bacterial diversity from mangrove ecosystem. Information on the diversity of bacteria in the mangrove ecosystem in Indonesia is still limited to culturable bacteria. Culture-dependent approach can not illustrate the diversity of mangrove bacteria because culturable bacteria are only a small portion of the overall diversity of bacteria that exist in nature. Metagenomic approach is expected to give an overview of bacterial diversity of mangrove. The aim of this research was to know the bacterial diversity of mangrove sediments in Tritih Kulon based on 16S rRNA encoding genes.
This research was conducted with descriptive methods, including mangrove sediments sampling, isolation of bacterial DNA from mangrove sediments, the amplification of the 16S rRNA encoding genes with the Polymerase Chain Reaction (PCR), and Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Observation of bacterial diversity from mangrove ecosystem in Tritih Kulon was done by analyzing the DGGE profile.
The results showed the formation of 4-7 DNA bands of DGGE profile. This showed that mangrove sediments in Tritih Kulon has a diversity of bacteria with the detection of 4-7 different types of DNA fragment based on 16S rRNA encoding genes. The research has not been able to show the expected diversity so that needed improvement to the method for the further research.
Keywords : bacteria, DGGE, diversity, mangrove, metagenomic
