HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi DNA Mikrosatelit

(1)

20

HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi DNA Mikrosatelit

Amplifikasi DNA dilakukan dengan tiga macam primer yaitu ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056 serta masing-masing lokus menganalisis 70 sampel DNA. Hasil amplifikasi menunjukkan lokus ILSTS028 dapat mengamplifikasi 68 sampel darah sapi Katingan yaitu 31 sampel dari Tumbang Lahang, 24 sampel dari Pendahara dan 13 sampel dari Buntut Bali. Lokus ILSTS052 dapat mengamplifikasi 68 sampel darah sapi katingan yaitu 31 sampel dari Tumbang Lahang, 24 sampel dari Pendahara dan 13 sampel dari Buntut Bali. Lokus ILSTS056 dapat mengamplifikasi 69 sampel darah sapi katingan yaitu 30 sampel dari Tumbang Lahang, 26 sampel dari Pendahara dan 13 sampel dari Buntut Bali . Sampel darah sapi Bali, Madura, PO dan Limousin yang berasal dari Kalimantan Tengah masing-masing sebanyak 11, 1, 6 dan 3 sampel dari lokus ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056 juga berhasil diamplifikasi.

Suhu annealing setiap lokus berbeda-beda berdasarkan beberapa kali optimasi. Suhu annealing lokus ILSTS028 dan ILSTS052 adalah 55 0C dan berbeda dengan suhu annealing lokus ILSTS056 sebesar 60 0C. Perbedaan suhu annealing yang digunakan oleh Kathiravan et al. (2009) pada penelitiannya disebabkan ternak yang digunakan adalah kerbau Marathwada, sedangkan pada penelitian ini adalah sapi Katingan (sapi lokal Kalimantan Tengah). Suhu annealing menentukan ketebalan pita DNA yang diperoleh dari elektroforesis. Kisaran temperatur penempelan yang digunakan antara 36-72 0C, namun suhu yang biasa digunakan antara 50-60 0C (Muladno, 2002).

Amplifikasi DNA mikrosatelit pada setiap populasi yang menggunakan lokus ILSTS028, ILSTS052 dan ILSTS056 menghasilkan sifat polimorfik yang tinggi. Hal ini menunjukkan bahwa jumlah mikrosatelit berlimpah, bersifat kodominan, memiliki polimorfik tinggi dan tersebar hampir di seluruh genom serta mudah ditemukan (Lehmann et al.,1996). Karakteristik tersebut menjadikan mikrosatelit sebagai penanda yang ideal untuk mengukur tingkat keragaman populasi.

Sampel darah yang telah diamplifikasi melalui teknik PCR dilanjutkan dengan proses elektroforesis menggunakan gel poliakrilamid 6% dan melihat pita DNA melalui pewarnaan perak. Pita target dapat dilihat setelah proses pewarnaan

(2)

21 perak, tetapi sering kali ditemukan pita-pita tambahan yang bukan termasuk pita target. Pita-pita tambahan tersebut dihasilkan dari beberapa proses, seperti penyelipan selama amplifikasi PCR. Kemunculan pita-pita tersebut juga mencerminkan mikroheterogenitas dalam panjangan ulangan dinukleotida secara

in-vitro (Litt dan Luty, 1989). Dua molekul DNA untai ganda hasil amplifikasi pada

siklus pertama menjadi DNA target dan dilipatgandakan menjadi empat molekul DNA dan selanjutnya empat molekul baru ini dilipatgandakan jumlahnya menjadi delapan dan seterusnya (Muladno, 2002).

Keragaman DNA Mikrosatelit

Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus ILSTS052 dan ILSTS056 bersifat polimorfisme. Hal ini didasarkan pada jumlah unit ulangan yang lebih dari 10 ulangan tetapi berbeda dengan lokus ILSTS028 yang hanya memiliki jumlah unit ulangan kurang dari 10 ulangan. Menurut Winaya (2000), polimorfisme akan semakin tinggi apabila unit ulangan tergandakan lebih dari 10 kali lipat. Hasil pengukuran lokus dari ketiga sub populasi sapi Katingan menghasilkan jumlah alel yang beragam. Lokus ILSTS028 menghasilkan 20 alel, lokus ILSTS052 menghasilkan 13 alel dan lokus ILSTS056 menghasilkan 19 alel. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman genetik dapat dilihat dari jumlah alel di setiap lokus dan heterozigositasnya (Sun et al., 2008).

Lokus ILSTS028

Lokus ILSTS028 memiliki 20 macam alel dari ketiga populasi sapi katingan yaitu alel A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S dan T. Pemberian simbol alel dengan menggunakan urutan abjad sesuai dengan ukuran alel. Lokus ILSTS028 memiliki jumlah alel terbanyak dibandingkan jumlah alel lokus-lokus lainnya. Jumlah alel yang dihasilkan menunjukkan bahwa populasi sapi Katingan memiliki tingkat keragaman genetik yang relatif tinggi. Menurut Karthickeyan et al. (2009), meningkatnya jumlah alel pada lokus yang berbeda akan meningkatkan rata-rata keragaman genetik dalam populasi. Hasil amplifikasi PCR sapi Katingan terhadap lokus ILSTS028 menghasilkan alel yang sebagian ditampilkan pada Gambar 5.

(3)

22 Keterangan : M = Marker

a = Sapi Bali b = Sapi PO

Gambar 5. Penentuan Genotipe Lokus ILSTS028 pada Sapi Katingan dan Sapi Lokal Lainnya

Data mengenai jumlah alel dan frekuensi alel untuk masing-masing populasi dapat dilihat pada Tabel 3. Jumlah alel lokus ILSTS028 pada populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut menghasilkan 11 alel, 16 alel dan 15 alel. Jumlah alel lebih banyak ditemukan pada populasi Tumbang Lahang karena sampel darah lebih banyak diambil pada populasi Tumbang Lahang dibandingkan dengan populasi Buntut Bali dan Pendahara, tetapi frekuensi alel tertinggi dan terendah lokus ILSTS028 ditemukan pada populasi Tumbang Lahang. Frekuensi alel tertinggi adalah alel H sebesar 0,2097 dan frekuensi alel terendah adalah alel C, D, E dan K sebesar 0,0167. Frekuensi genotipe tertinggi pada ketiga populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut adalah genotipe HO sebesar 0,231, LG sebesar 0,129 serta MH dan RL sebesar 0,125. Frekuensi genotipe terendah pada populasi Buntut Bali adalah genotipe BI, DJ, dan DL sebesar 0,077; dan pada populasi Tumbang Lahang adalah genotipe BB, DH, FH, GH, CI, HI, BJ, HK, EL, MO dan JP sebesar 0,032; serta pada populasi Pendahara adalah genotipe FG, DI, DL, FL, HN, HO, IO, IP, LT, JQ, MS dan NT sebesar 0,042.

M 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 MR FNb GL FL LQ DL FM DLa DLa DL FH LR (+) (-) 100 bp 300 bp 200 bp 150 bp 20

(4)

23 Tabel 3. Macam Alel, Genotipe, Frekuensi Alel dan Frekuensi Genotipe Lokus

ILSTS028 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi (n) Alel dan

Ukuran (pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali (13) B (128) D (132) G (138) H (140) I (142) J (144) L (148) M (150) O (158) P (160) R (164) 0.0385 0.0769 0.0769 0.1923 0.1923 0.0385 0.1538 0.0769 0.1154 0.0769 0.0385 BI DJ DL GL HM HO IP LR 0,077 0,077 0,077 0,154 0,154 0,231 0,154 0,077 Tumbang Lahang (31) A (126) B (128) C (130) D (132) E (134) F (136) G (138) H (140) I (142) J (144) K (146) L (148) M (150) O (158) P (160) R (164) 0,0323 0,0484 0,0161 0,0161 0,0161 0,0484 0,0806 0,2097 0,0645 0,0323 0,0161 0,1129 0,1290 0,0645 0,0484 0,0645 BB AH DH FH GH CI HI BJ HK EL GL FM HM HO MO IP JP LR MR 0,032 0,064 0,032 0,032 0,032 0,032 0,032 0,032 0,032 0,032 0,129 0,064 0,097 0,097 0,032 0,064 0,032 0,064 0,064 Pendahara (24) D (132) F (136) G (138) H (140) I (142) J (144) L (148) M (150) N (152) O (158) P (160) Q (162) R (164) S (168) T (170) 0,0417 0,0417 0,0625 0,1042 0,0625 0,0208 0,1667 0,1667 0,0417 0,0417 0,0417 0,0625 0,1042 0,0208 0,0208 FG DI DL FL GM HM HN HO IO IP LT JQ LQ LR MR MS NT 0,042 0,042 0,042 0,042 0,083 0,125 0,042 0,042 0,042 0,042 0,042 0,042 0,083 0,125 0,083 0,042 0,042 Keterangan : n = Jumlah sampel yang teramplifikasi, pb = Pasang basa

(5)

24 Frekuensi alel dan jenis alel pada lokus ILSTS028 yang sangat bervariasi dan beragam dapat dilihat pada Gambar 6. Lokus ILSTS028 menghasilkan beberapa alel yang hanya ditemukan pada populasi tertentu yang disebut alel spesifik.

Gambar 6. Frekuensi dan Macam Alel pada Lokus ILSTS028

Alel spesifik yang ditemukan pada populasi Tumbang Lahang yaitu alel A, C, E dan K. Alel spesifik yang ditemukan pada populasi Pendahara yaitu alel N, Q, S dan T, alel yang spesifik tidak ditemukan pada populasi Buntut Bali. Hal ini menyebabkan tidak terdapat alel khusus di dalam populasi Buntut Bali sebagai penciri dari sapi Katingan dari Buntut Bali. Alel spesifik dapat digunakan sebagai pembeda antara ketiga populasi (Sarbaini, 2004).

Informasi mengenai jumlah, macam dan frekuensi alel sapi Katingan dan sapi lokal di Kabupaten Katingan pada lokus ILSTS028 dapat dilihat pada Tabel 4. Frekuensi alel tertinggi yang ditemukan pada lokus ILSTS028 dari ketiga populasi adalah alel H sebesar 0,1691. Frekuensi alel tertinggi terdapat pada sapi Bali, PO dan Limousin berturut-turut yaitu 0,2727 (alel L), 0,1667 (alel I, J, M dan P) dan 0,3333 (alel L dan R). Sapi Madura hanya memiliki dua jenis alel dan memiliki nilai frekuensi alel yang sama besar. Frekuensi alel tertinggi pada masing-masing populasi dapat mengindikasikan bahwa alel-alel mendominasi alel lainnya di dalam populasi tersebut. Frekuensi genotipe tertinggi terdapat pada sapi Katingan, Bali dan Limousin berturut-turut yaitu HM (0,1176), DL (0,3636) dan LR (0,6667). Populasi sapi PO tidak memiliki nilai frekuensi genotipe tertinggi dikarenakan nilai frekuensi genotipe yang sama pada semua macam genotipe.

Macam Alel

(6)

25 Tabel 4. Macam Alel, Genotipe, Frekuensi Alel dan Frekuensi Genotipe Lokus ILST028 pada Ketiga Populasi Sapi Katingan dan Sapi Lokal Lainnya di Kalimantan Tengah

Populasi Jumlah Alel

Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe Sapi Katingan 20 A 0,0147 BB 0,0147 B 0,0294 FG 0,0147 C 0,0074 AH 0,0294 D 0,0368 DH 0,0147 E 0,0074 FH 0,0147 F 0,0368 GH 0,0147 G 0,0735 BI 0,0147 H 0,1691 CI 0,0147 I 0,0735 DI 0,0147 J 0,0294 HI 0,0147 K L 0,0074 0,1397 BJ DJ 0,0147 0,0147 M 0,1324 HK 0,0147 N O P Q R S T 0,0147 0,0662 0,0515 0,0221 0,0735 0,0074 0,0074 DL EL FL GL FM GM HM HN 0,0294 0,0147 0,0147 0,0882 0,0294 0,0294 0,1176 0,0147 Sapi Bali 8 D E F G H I L N 0,1818 0,0455 0,0909 0,0909 0,0909 0,0455 0,2727 0,0909 FG DL EL FL GN HN HO IO 0,0909 0,3636 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 Sapi PO 8 B F I J M N P U 0,0833 0,0833 0,1667 0,1667 0,1667 0,0833 0,1667 0,0833 BJ IM JM FN IP UP 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 Sapi Limousin 4 C I L R 0,1667 0,1667 0,3333 0,3333 CI LR 0,3333 0,6667 Sapi Madura 2 H N 0,5000 0,5000 HN 1,0000 23

(7)

26

Lokus ILSTS052

Lokus ILSTS052 dari ketiga populasi sapi Katingan menghasilkan 13 macam alel yaitu alel A, B, C, D, E, F, G, H, J, K, L, M dan N. Hasil amplifikasi PCR sapi Katingan terhadap lokus ILSTS052 disajikan pada Gambar 7.

Keterangan : M = Marker a = Sapi Bali b = Sapi PO

Data mengenai jumlah alel dan frekuensi alel untuk masing-masing populasi dapat dilihat pada Tabel 5. Jumlah alel lokus ILSTS052 pada populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut menghasilkan 9, 10 dan 13 alel. Jumlah alel lebih banyak ditemukan pada populasi Pendahara. Frekuensi alel tertinggi yang ditemukan pada populasi Buntut Bali adalah alel C sebesar 0,5000 dan frekuensi alel terendah yang ditemukan pada populasi Pendahara adalah alel G, H, J, M dan N sebesar 0,0208. Frekuensi genotipe tertinggi pada ketiga populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut adalah genotipe CC sebesar 0,385, CC sebesar 0,258 dan CK sebesar 0,292. Frekuensi genotipe terendah pada populasi Buntut Bali adalah genotipe BB, DL dan FN sebesar 0,077 dan pada populasi Tumbang Lahang adalah genotipe AA, DF, CH dan DL sebesar 0,032 sedangkan pada populasi Pendahara adalah genotipe AA, CG, EH, CJ, DK, EL, FM dan FN sebesar 0,042. M 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 CJb CJ ELa EL FMa EL EL EL EL FM ELb FMa 150bp 200bp 100bp 300bp (+) (-) 24

(8)

ILSTS052 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi (n) Alel dan Ukuran

(pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali (13) B (143) C (145) D (147) E (149) F (151) K (165) L (167) M (169) N (171) 0,0769 0,5000 0,0385 0,0769 0,0385 0,1154 0,0385 0,0769 0,0385 BB CC CK DL EM FN 0,077 0,385 0,231 0,077 0,154 0,077 Tumbang Lahang (31) A (141) B (143) C (145) D (147) E (149) F (151) H (157) K (165) L (167) N (171) 0,0323 0,0645 0,4355 0,0323 0,0645 0,1129 0,0161 0,1129 0,0806 0,0484 AA BB CC CF DF CH CK DL EL FN 0,032 0,064 0,258 0,097 0,032 0,032 0,226 0,032 0,129 0,097 Pendahara (24) A (141) B (143) C (145) D (147) E (149) F (151) G (155) H (157) J (163) K (165) L (167) M (169) N (171) 0,0417 0,1667 0,3125 0,0625 0,0417 0,0417 0,0208 0,0208 0,0208 0,1667 0,0625 0,0208 0,0208 AA BB CC CG EH CJ CK DK DL EL FM FN 0,042 0,167 0,125 0,042 0,042 0,042 0,292 0,042 0,083 0,042 0,042 0,042 Keterangan : n = Jumlah sampel yang teramplifikasi

pb = Pasang basa

Frekuensi alel dan jenis alel pada lokus ILSTS052 sangat bervariasi dan beragam (Gambar 8). Alel spesifik yang ditemukan pada populasi Pendahara yaitu alel G dan J, sedangkan pada populasi Buntut Bali dan Tumbang Lahang tidak ditemukan alel spesifik pada lokus ILSTS052. Hal ini menyebabkan populasi Buntut

(9)

28 Bali dan Tumbang Lahang tidak memiliki alel spesifik sebagai penciri dari sapi Katingan pada populasi tersebut.

Gambar 8. Frekuensi dan Macam Alel Lokus ILSTS052

Berdasarkan Tabel 6, frekuensi alel C tertinggi pada lokus ILSTS052 dari ketiga populasi yaitu sebesar 0,4044. Frekuensi alel tertinggi pada sapi Bali dan PO berturut-turut yaitu 0,2727 (alel F) dan 0,5000 (alel C). Sapi Limousin hanya memiliki satu macam alel saja, sedangkan sapi Madura hanya terdapat dua macam alel dan memiliki nilai frekuensi alel yang sama besar. Tinggi rendah frekuensi alel sapi Limousin dan sapi Madura tidak dapat dibandingkan. Hal ini dikarenakan jumlah sampel yang digunakan terbatas. Frekuensi alel tertinggi pada masing-masing populasi dapat menyatakan bahwa alel-alel mendominasi alel lainnya di dalam populasi tersebut. Frekuensi genotipe tertinggi pada sapi Katingan, Bali dan PO berturut-turut adalah CK sebesar 0,2500, serta CF, BF dan FM sebesar 0,1818 dan CC sebesar 0,3333. Sapi Limousin memiliki satu macam alel (alel B) dan sapi Madura memiliki satu macam genotipe (CF), sehingga kedua populasi sapi tersebut tidak memiliki nilai frekuensi genotipe tertinggi pada lokus ILSTS052. Informasi mengenai jumlah, macam alel, genotipe, frekuensi alel dan frekuensi genotipe pada sapi Katingan dan sapi lokal lainnya lokus ILSTS052 dapat dilihat pada Tabel 6.

Macam Alel

(10)

29 Tabel 6. Macam Alel, Genotipe, Frekuensi Alel dan Frekuensi Genotipe Lokus ILSTS052 pada Populasi Sapi Katingan dan Sapi Lokal Lainnya di Kalimantan Tengah Populasi Jumlah Alel Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe Sapi Katingan 13 A 0,0294 AA 0,0294 B 0,1029 BB 0,1029 C 0,4044 CC 0,2353 D 0,0441 CF 0,0441 E 0,0588 DF 0,0147 F 0,0735 CG 0,0147 G 0,0074 CH 0,0147 H 0,0147 EH 0,0147 J 0,0074 CJ 0,0147 K 0,1324 CK 0,2500 L 0,0662 DK 0,0147 M 0,0221 DL 0,0588 N 0,0368 EL 0,0735 EM 0,0294 FM 0,0147 FN 0,0735 Sapi Bali 8 B C E F I K L M 0,0909 0,2273 0,1364 0,2727 0,0455 0,0455 0,0455 0,1364 CC BF FF EI CK EL EM FM 0,1818 0,1818 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,1818 Sapi PO 6 C D E J K L 0,5000 0,0833 0,0833 0,0833 0,0833 0,1667 CC CJ CK DL EL 0,3333 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 Sapi Limousin 1 B 1,0000 - - Sapi Madura 2 C F 0,5000 0,5000 CF 1,0000 27

(11)

30

Lokus ILSTS056

Lokus ILSTS056 dari ketiga populasi sapi Katingan menghasilkan 19 macam alel yaitu alel A, B, C, D, E, F, G, H, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, T dan U. Hasil amplifikasi PCR sapi Katingan terhadap lokus ILSTS052 disajikan pada Gambar 9.

Keterangan : M = Marker a = Sapi Bali

Jumlah alel dan frekuensi alel pada sapi Katingan pada setiap populasi dapat dilihat pada Tabel 7. Jumlah alel lokus ILSTS056 pada populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut menghasilkan 14, 15 dan 17 alel. Frekuensi alel tertinggi ditemukan pada populasi Buntut Bali yaitu alel M sebesar 0,2692 dan frekuensi alel terendah ditemukan pada populasi Tumbang Lahang yaitu alel B, O, Q dan U masing-masing sebesar 0,0167. Frekuensi genotipe tertinggi pada ketiga populasi Buntut Bali, Tumbang Lahang dan Pendahara berturut-turut adalah genotipe MO sebesar 0,154, serta DF, DK, CL, DL, FL, FM, GM, HM dan KT sebesar 0,067 dan FL sebesar 0,115.

200 bp 160 bp 100 bp 300 bp M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 EKa CK CK CL CG KR EK KR GM FN GM GM (-) (+) 28

(12)

ILSTS056 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi (n) Alel dan Ukuran

(pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali (13) A (156) B (158) C (160) D (162) E (164) F (168) G (170) H (172) J (176) K (178) L (180) M (182) O (186) U (198) 0,0385 0,0385 0,0385 0,0385 0,0385 0,0769 0,0385 0,0385 0,1154 0,1154 0,0385 0,2692 0,0769 0,0385 AJ BJ CK JK FL DM EM FM GM HM MO KU 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,077 0,154 0,077 Tumbang Lahang (30) B (158) C (160) D (162) E (164) F (168) G (170) H (172) J (176) K (178) L (180) M (182) O (186) Q (190) T (196) U (198) 0,0167 0,0500 0,1333 0,0333 0,1333 0,0667 0,0500 0,0667 0,1000 0,1167 0,1333 0,0167 0,0167 0,0500 0,0167 DF GH BJ CJ DJ DK FK CL DL EL FL DM EM FM GM HM FO GQ JT KT KU 0,067 0,033 0,033 0,033 0,033 0,067 0,033 0,067 0,067 0,033 0,067 0,033 0,033 0,067 0,067 0,067 0,033 0,033 0,033 0,067 0,033 29

(13)

32 Populasi (n) Alel dan Ukuran

(pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Pendahara (26) A (156) B (158) C (160) D (162) E (164) F (168) G (170) H (172) J (176) K (178) L (180) M (182) N (184) P (188) R (192) T (196) U (198) 0,0385 0,0192 0,0577 0,0962 0,0385 0,0962 0,0577 0,0385 0,0577 0,1923 0,1346 0,0192 0,0385 0,0192 0,0385 0,0385 0,0192 DF CG DH AJ BK CK DK EK GK CL DL FL HL EM FN JN GP KR KT LU 0,038 0,038 0,038 0,077 0,038 0,038 0,077 0,038 0,038 0,038 0,038 0,115 0,038 0,038 0,038 0,038 0,038 0,077 0,077 0,038 Keterangan : n = Jumlah sampel yang teramplifikasi

pb = Pasang basa

Alel spesifik yang ditemukan pada populasi Pendahara yaitu alel N, P dan R. Alel spesifik yang ditemukan pada populasi Tumbang Lahang yaitu alel Q. Alel spesifik pada lokus ILSTS056 tidak ditemukan pada populasi Buntut Bali, sehingga di dalam populasi Buntut Bali tidak terdapat alel spesifik sebagai penciri dari sapi Katingan. Semua macam alel ditemukan pada populasi Pendahara (kecuali alel N dan Q). Hal ini mengindikasikan populasi Pendahara memiliki keragaman yang tinggi dibandingkan dengan populasi Tumbang Lahang dan Buntut Bali (Gambar 10). Frekuensi alel dan jenis alel pada lokus ILSTS056 sangat bervariasi dan beragam (Gambar 10).

(14)

33 Gambar 10. Frekuensi dan Macam Alel Lokus ILSTS056

Informasi mengenai jumlah, macam dan frekuensi alel pada sapi Katingan dan sapi lokal lainnya lokus ILSTS056 dapat dilihat secara lengkap pada Tabel 8. Frekuensi alel tertinggi lokus ILSTS056 pada sapi Katingan yaitu alel K sebesar 0,1377. Keterbatasan sampel darah yang dianalisis menyebabkan Sapi Limosin dan sapi Madura hanya menunjukkan dua jenis alel dan memiliki nilai frekuensi alel yang sama besar, sehingga pada sapi Limousin dan sapi Madura tidak dapat dibandingkan tinggi rendahnya frekuensi alel. Frekuensi alel tertinggi pada masing-masing populasi mengindikasikan bahwa alel-alel mendominasi alel lainnya di dalam populasi tersebut. Frekuensi genotipe pada sapi Katingan adalah FL sebesar 0,0869, sedangkan pada sapi Bali dan PO memiliki nilai frekuensi yang sama. Sapi Limousin dan Madura pada lokus ILSTS056 hanya memiliki satu macam genotipe karena sampel yang digunakan terbatas.

Macam Alel

(15)

34 Tabel 8. Macam Alel, Genotipe, Frekuensi Alel dan Frekuensi Genotipe Lokus ILSTS056 pada Sapi Katingan dan Sapi Lokal lainnya di Kalimantan Tengah Populasi Jumlah Alel Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe Sapi Katingan 19 A 0,0217 DF 0,0434 B 0,0217 CG 0,0145 C 0,0507 DH 0,0145 D 0,1014 GH 0,0145 E 0,0362 AJ 0,0434 F 0,1087 BJ 0,0290 G 0,0580 CJ 0,0145 H 0,0435 DJ 0,0145 J 0,0725 BK 0,0145 K 0,1377 CK 0,0290 L 0,1087 DK 0,0580 M 0,1159 EK 0,0145 N 0,0145 FK 0,0145 O 0,0217 GK 0,0145 P Q R T U 0,0072 0,0072 0,0145 0,0362 0,0217 JK CL DL EL FL HL DM EM FM GM HM FN JN FO MO GP GQ KR JT KT KU LU 0,0145 0,0434 0,0434 0,0145 0,0869 0,0145 0,0290 0,0434 0,0434 0,0434 0,0434 0,0145 0,0145 0,0145 0,0290 0,0145 0,0145 0,0290 0,0145 0,0580 0,0290 0,0145 32

(16)

35 Populasi Jumlah Alel Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe Sapi Bali 9 D E F H I J K L M 0,0455 0,0909 0,1364 0,1364 0,1364 0,0909 0,1364 0,0455 0,0455 DH FH EI HI EK JK FL KM FP IS JT 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 0,0909 Sapi PO 8 C D E I J K T U 0,0833 0,1667 0,0833 0,1667 0,1667 0,1667 0,0833 0,0833 DI EI CJ DJ KT KU 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 0,1667 Sapi Limousin 2 D I 0,5000 0,5000 DI 1,0000 Sapi Madura 2 A D 0,5000 0,5000 AD 1,0000 Nilai Heterozigositas

Nilai Heterozigositas bervariasi antara 0,00 hingga 1,00. Nilai heterozigositas dari ketiga lokus yang digunakan dalam penelitian ini disajikan pada Tabel 9.

Tabel 9. Nilai Heterozigositas pada Populasi Sapi Katingan dan Sapi Lokal Lainnya dari Masing-masing Lokus

Lokus

(ĥ) Populasi Sapi Katingan

Sapi Bali Sapi PO Sapi Limousin Sapi Madura Buntut Bali Tumbang Lahang Pendahara ILSTS028 1,00 0,97 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 ILSTS052 0,54 0,64 0,67 0,73 0,67 0 1,00 ILSTS056 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 1,00 Rataan Heterozig ositas (Ĥ) 0,847 0,87 0,89 0,91 0,89 0,667 1,00 33

(17)

36 Nilai heterozigositas lokus ILSTS028 pada populasi Buntut Bali dan Pendahara bernilai (ĥ) = 1,00; sedangkan nilai heterozigositas pada populasi Tumbang Lahang bernilai (ĥ) = 0,97. Hal ini membuktikan bahwa lokus ILSTS028 pada populasi Buntut Bali dan Pendahara memiliki keragaman yang sangat tinggi dibandingkan dengan populasi Tumbang Lahang. Heterozigositas lokus ILSTS052 pada populasi Buntut Bali bernilai (ĥ) = 0,54; bernilai (ĥ) = 0,67 pada populasi Pendahara dan pada populasi Tumbang Lahang bernilai (ĥ) = 0,64. Heterozigositas lokus ILSTS056 pada ketiga populasi bernilai (ĥ) = 1,00. Hal ini menunjukkan bahwa pada ketiga populasi tersebut memiliki keragaman genetik sangat tinggi. Heterozigositas pada sapi lokal lain pada umumnya bernilai (ĥ) = 1,00. Hal ini menunjukkan bahwa sapi-sapi lokal yang berada di Kalimantan Tengah memiliki tingkat keragaman yang tinggi. Nilai heterozigositas pada sapi Limousin lokus ILSTS052 sebesar (ĥ) = 0. Hal ini disebabkan oleh hanya ditemukan satu macam alel (alel B) pada sapi Limousin lokus ILSTS052. Prahasta (2001) menyatakan bahwa semakin banyak sampel yang digunakan pada suatu lokus maka makin besar nilai heterozigositas. Hal tersebut berbeda dengan hasil penelitian ini bahwa hanya lokus tertentu yang dapat menentukan tinggi rendahnya suatu nilai heterozigositas. Rataan heterozigositas pada masing-masing populasi yaitu sebesar 0,8462 (Buntut Bali), sebesar 0,8889 (Pendahara) dan sebesar 0,8710 (Tumbang Lahang). Takezaki dan Nei (1996) menekankan untuk mengukur suatu keragaman genetik dapat dilihat dari rataan heterozigositas pada lokus-lokus mikrosatelit yaitu antara 0,3 dan 0,8. Peneletian ini telah sesuai dengan kriteria tersebut. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari masing-masing lokus dapat dilihat pada Tabel 10.

Tabel 10. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari Populasi Sapi Katingan dan Sapi Lokal Lainnya

No. Lokus Jumlah Sampel (n) Heterozigositas (ĥ)

1 ILSTS028 89 0,989

2 ILSTS052 89 0,629

3 ILSTS056 90 1,000

Rataan Heterozigositas (Ĥ) 0,873

Nilai heterozigositas pada lokus ILSTS028 sebesar (ĥ) = 0,989, lokus ILSTS052 sebesar (ĥ) = 0,629 dan lokus ILSTS056 sebesar (ĥ) = 1,000. Tabel 10 menunjukkan bahwa lokus ILSTS056 memiliki nilai heterozigositas (ĥ) tertinggi

(18)

37 dibandingkan dengan kedua lokus lainnya. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari semua lokus memiliki nilai yang cukup tinggi yaitu 0,873. Rataan heterozigositas (Ĥ) yang tinggi pada populasi menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut mengandung alel-alel sapi lain (Abdullah, 2008). Informasi mengenai Rataan Heterozigositas (Ĥ) pada beberapa bangsa sapi di Indonesia dapat dilihat pada Tabel 11.

Tabel 11. Informasi Mengenai Rataan Heterozigositas (Ĥ) pada Beberapa Bangsa Sapi di Indonesia

Bangsa Ternak Lokus (Ĥ) Referensi

Sapi Pesisir 6 lokus 0,86 Harmayanti (2004)

Sapi Bali 16 lokus 0,33 Winaya et al. (2007)

Sapi Madura 16 lokus 0,31 Winaya et al. (2007)

Sapi PO 6 lokus 0,73 Abdullah (2008)

Sapi Aceh 16 lokus 0,62 Abdullah (2008)

Sapi Katingan 15 lokus 0,56 Utomo (2011)

Sapi Katingan* 3 lokus 0,87 Hasil Penelitian

Keterangan: (*) = Terdiri atas Sapi Katingan, Bali, PO, Madura dan Limousin