Analisis Keanekaragaman Genetik Markisa (Passiflora spp.) Di Sumatera Utara Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

(1)

No. NO KODE JENIS DESA/KELURAHAN KECAMATAN KABUPATEN LAHAN/KEBUN

1 MUH1 Ungu JANJI HUTA NAPA PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi

2 MUH2 Ungu JANJI HUTA NAPA PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi

3 MUH3 Ungu PUSUK BUHIT PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada batang kayu

4 MLH1 Konyal PUSUK BUHIT PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada kopi

5 MUH4 Ungu PUSUK 2 SIMANINGGIR PARLILITAN HUMBAHAS Menjalar pada pohon besar

6 MKT1 Kuning HARIANJA PANGARIBUAN TAPANULI UTARA Menjalar pada kopi

7 MKT2 Kuning PARSIBARUNGAN PANGARIBUAN TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar

8 MKT3 Kuning SABUNGAN NI HUTA 2 SIPAHUTAR TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar

9 MFT1 F1 ONNANRUNGGU 1 SIPAHUTAR TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar

10 MMT1 Merah PARDOMUAN NAINGGOLAN PAHAE JAE TAPANULI UTARA Menjalar pada semak belukar

11 MUK1 Ungu BARUS JAHE BARUS JAHE KARO Menjalar pada pacak kayu

12 MUK2 Ungu PARTUMBUKEN BARUS JAHE KARO Menjalar pada pacak kayu

13 MUK3 Ungu DOLOK RAKYAT DOLOK RAKYAT KARO Menjalar pada pacak kayu

14 MUK4 Ungu KABAN KABAN JAHE KARO Menjalar pada tanaman jeruk

15 MUK5 Ungu LAUCIMBA KABAN JAHE KARO Menjalar pada tanaman jeruk

16 MUK6 Ungu BUNURAYA TIGA PANAH KARO Menjalar pada tanaman kopi

17 MUK7 Ungu SEBERAYA TIGA PANAH KARO Menjalar pada tanaman jeruk

18 MUK8 Ungu LINGGA SIMPANG 4 KARO Menjalar pada batang kayu

19 MUK9 Ungu KUTAMBELIN JUHAR KARO Menjalar pada tanaman pagar

20 MLK1 Konyal AEK HOTANG MEREK KARO Menjalar pada pacak kayu

21 MFK1 F1 TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu

22 MMK1 Merah TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu

23 MKK1 Kuning TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu

24 MGK1 Giant TONGKOH BERASTAGI KARO Menjalar pada pacak kayu

25 MUS1 Ungu NAGORI UJUNG BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi

26 MUS2 Ungu DESA BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi

27 MUS3 Ungu DESA TAMBAK BAWANG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman jeruk

28 MUS4 Ungu DESA TANJUNG DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi

29 MUS5 Ungu DESA PANRIBUAN DOLOK SILAU SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman kopi

30 MUS6 Ungu DESA NEGRI DOLOK SILAU KAHEAN SIMALUNGUN Menjalar pada tanaman pagar

(2)

-Lampiran 2. Hasil Pengukuran Kuantitas DNA dengan Menggunakan

Nanophotometer

Kode Sampel

Kemurnian (A260/280)

Konsentrasi (ng/µl)

(3)

Lampiran 3. Gambar Hasil Amplifikasi DNA Markisa berdasarkan Teknik

RAPD

A. Primer OPA 04

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

M

27

28

29

30

31

250 500 750 1000 1500

500 750 1000

(4)

B. Primer OPB 08

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

M

27

28

29

30

31

500 750 1000

250 1500

500 750 1000

250 1500

500 750 1000

(5)

C. Primer OPB 18

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

M

27

28

29

30

31

500 750 1000

250 1500

500 750 1000

250 1500 500 750 1000

(6)

Lampiran 4. Matriks Kemiripan Genetik Markisa Ungu (Passiflora edulis

)

AKSESI MUH1 MUH2 MUH3 MUH4 MUK1 MUK2 MUK3 MUK4 MUK5 MUK6 MUK7 MUK8 MUK9 MUS1 MUS2 MUS3 MUS4 MUS5 MUS6 MW1

MUH1 1.00

MUH2 0.97 1.00

MUH3 0.86 0.86 1.00

MUH4 0.91 0.88 0.80 1.00

MUK1 0.74 0.72 0.69 0.78 1.00

MUK2 0.76 0.73 0.70 0.80 0.96 1.00

MUK3 0.74 0.72 0.69 0.76 0.89 0.93 1.00

MUK4 0.73 0.70 0.68 0.74 0.88 0.89 0.96 1.00

MUK5 0.76 0.76 0.73 0.74 0.85 0.86 0.85 0.84 1.00

MUK6 0.72 0.69 0.64 0.70 0.76 0.77 0.78 0.80 0.85 1.00

MUK7 0.73 0.70 0.68 0.72 0.82 0.81 0.82 0.81 0.86 0.88 1.00

MUK8 0.76 0.73 0.68 0.74 0.85 0.84 0.85 0.86 0.86 0.88 0.92 1.00

MUK9 0.76 0.76 0.76 0.72 0.82 0.81 0.82 0.81 0.81 0.77 0.84 0.84 1.00

MUS1 0.78 0.76 0.78 0.77 0.72 0.73 0.74 0.73 0.70 0.64 0.68 0.73 0.70 1.00

MUS2 0.77 0.74 0.74 0.78 0.70 0.72 0.73 0.69 0.69 0.62 0.66 0.69 0.69 0.93 1.00

MUS3 0.76 0.73 0.76 0.80 0.72 0.73 0.74 0.70 0.68 0.58 0.65 0.68 0.68 0.95 0.96 1.00

MUS4 0.78 0.76 0.76 0.82 0.74 0.76 0.77 0.73 0.70 0.61 0.68 0.70 0.68 0.92 0.96 0.97 1.00

MUS5 0.77 0.74 0.72 0.78 0.73 0.74 0.76 0.72 0.72 0.62 0.69 0.72 0.72 0.88 0.89 0.91 0.88 1.00

MUS6 0.74 0.72 0.69 0.76 0.70 0.72 0.73 0.69 0.69 0.62 0.66 0.69 0.69 0.85 0.89 0.88 0.85 0.97 1.00

(7)

AKSESI MUH1 MUH2 MUH3 MLH1 MUH4 MKT1 MKT2 MKT3 MFT1 MMT1 MUK1 MUK2 MUK3 MUK4 MUK5 MUK6 MUK7 MUK8 MUK9

MUH1 1.00

MUH2 0.97 1.00

MUH3 0.95 0.95 1.00

MLH1 0.86 0.84 0.84 1.00

MUH4 0.91 0.88 0.85 0.85 1.00

MKT1 0.89 0.86 0.84 0.84 0.91 1.00

MKT2 0.86 0.84 0.81 0.81 0.88 0.97 1.00

MKT3 0.80 0.77 0.74 0.74 0.81 0.91 0.91 1.00

MFT1 0.88 0.85 0.82 0.82 0.92 0.91 0.91 0.84 1.00

MMT1 0.86 0.84 0.81 0.86 0.85 0.89 0.86 0.82 0.91 1.00

MUK1 0.74 0.72 0.72 0.74 0.78 0.74 0.72 0.65 0.78 0.77 1.00

MUK2 0.76 0.73 0.73 0.73 0.80 0.76 0.73 0.66 0.80 0.78 0.96 1.00

MUK3 0.74 0.72 0.72 0.72 0.76 0.72 0.72 0.65 0.78 0.77 0.89 0.93 1.00

MUK4 0.73 0.70 0.70 0.70 0.74 0.70 0.70 0.64 0.77 0.76 0.88 0.89 0.96 1.00

MUK5 0.76 0.76 0.76 0.73 0.74 0.73 0.70 0.64 0.77 0.78 0.85 0.86 0.85 0.84 1.00

MUK6 0.72 0.69 0.69 0.66 0.70 0.72 0.69 0.62 0.73 0.72 0.76 0.77 0.78 0.80 0.85 1.00

MUK7 0.73 0.70 0.70 0.70 0.72 0.73 0.70 0.66 0.74 0.76 0.82 0.81 0.82 0.81 0.86 0.88 1.00

MUK8 0.76 0.73 0.73 0.73 0.74 0.73 0.73 0.64 0.74 0.73 0.85 0.84 0.85 0.86 0.86 0.88 0.92 1.00

MUK9 0.76 0.73 0.73 0.76 0.74 0.73 0.70 0.66 0.74 0.76 0.88 0.86 0.88 0.86 0.84 0.80 0.86 0.89 1.00

MLK1 0.77 0.77 0.77 0.77 0.76 0.74 0.72 0.68 0.73 0.74 0.78 0.77 0.76 0.74 0.80 0.70 0.77 0.77 0.82

MFK1 0.69 0.69 0.69 0.69 0.70 0.66 0.66 0.59 0.68 0.66 0.78 0.77 0.76 0.74 0.77 0.70 0.74 0.80 0.82

MMK1 0.66 0.66 0.66 0.66 0.68 0.64 0.64 0.57 0.68 0.66 0.78 0.77 0.78 0.77 0.82 0.78 0.82 0.85 0.85

MKK1 0.68 0.68 0.68 0.68 0.69 0.68 0.68 0.61 0.69 0.68 0.80 0.78 0.80 0.78 0.81 0.72 0.78 0.84 0.84

MGK1 0.76 0.73 0.73 0.70 0.72 0.73 0.73 0.69 0.74 0.73 0.82 0.81 0.80 0.78 0.78 0.74 0.73 0.76 0.84

MUS1 0.78 0.76 0.81 0.81 0.77 0.76 0.73 0.66 0.74 0.76 0.72 0.73 0.74 0.73 0.70 0.64 0.68 0.73 0.76

MUS2 0.77 0.74 0.77 0.77 0.78 0.74 0.72 0.65 0.73 0.74 0.70 0.72 0.73 0.69 0.69 0.62 0.66 0.69 0.74

MUS3 0.76 0.73 0.78 0.78 0.80 0.73 0.70 0.64 0.72 0.73 0.72 0.73 0.74 0.70 0.68 0.58 0.65 0.68 0.73

MUS4 0.78 0.76 0.78 0.78 0.82 0.76 0.73 0.66 0.74 0.76 0.74 0.76 0.77 0.73 0.70 0.61 0.68 0.70 0.73

MUS5 0.77 0.74 0.74 0.80 0.78 0.74 0.72 0.65 0.73 0.74 0.73 0.74 0.76 0.72 0.72 0.62 0.69 0.72 0.77

MUS6 0.74 0.72 0.72 0.77 0.76 0.72 0.69 0.62 0.70 0.72 0.70 0.72 0.73 0.69 0.69 0.62 0.66 0.69 0.74

(8)

AKSESI MUK9 MLK1 MFK1 MMK1 MKK1 MGK1 MUS1 MUS2 MUS3 MUS4 MUS5 MUS6 MW1

MMK1 0.85 0.78 0.92 1.00

MKK1 0.84 0.82 0.82 0.85 1.00

MGK1 0.84 0.77 0.72 0.72 0.76 1.00

MUS1 0.76 0.74 0.66 0.64 0.68 0.68 1.00

MUS2 0.74 0.73 0.65 0.62 0.66 0.66 0.93 1.00

MUS3 0.73 0.72 0.64 0.61 0.65 0.65 0.95 0.96 1.00

MUS4 0.73 0.74 0.66 0.64 0.68 0.65 0.92 0.96 0.97 1.00

MUS5 0.77 0.70 0.68 0.65 0.69 0.69 0.88 0.89 0.91 0.88 1.00

MUS6 0.74 0.68 0.65 0.62 0.66 0.66 0.85 0.89 0.88 0.85 0.97 1.00

(9)

Lampiran 6. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

A. Pembuatan Larutan Stok

• Tris HCL 1 M pH 8.0 (100 ml) :

Timbang Tris sebanyak 12,114 g.

Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.

Aduk campuran larutan sampai homogen, selanjutnya ditambah 4,2 ml

HCL pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8, kemudian volume

ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml. Larutan disterilkan dengan

autoklaf.

• EDTA 0,5 M pH 8.0 (100 ml) :

Timbang EDTA sebanyak 18,612 g dan

NaOH 2.0 g. Masukkan kedalam Erlenmeyer dan ditambah 80 ml aquades.

Selanjutnya, ditambahkan HCL pekat sedikit demi sedikit sampai pH 8,

kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml. Larutan

disterilkan dengan autoklaf.

• NaCl 5 M (100 ml) :

Timbang NaCl sebanyak 29,22 g. Masukkan

kedalam Erlenmeyer dan ditambahkan aquades hingga larutan mendekati

100 ml dan diaduk. Kemudian volume ditepatkan dengan dengan aquades

hingga 100 ml. Larutan disterilkan dengan autoklaf.

B. Pembuatan Larutan Bufer

Asam Asetat Glacial

= 5,7 ml

EDTA 0,5 M pH 8.0

= 10 ml

(10)

• Buffer TAE 1 X (1000 ml)

Buffer TAE 50 X = 20 ml

Aquades

= 980 ml

• Kloroform Isoamilalkohol 24:1 (50 ml)

Kloroform

= 48 ml

(11)

Lampiran 7. Jenis Markisa yang Dikoleksi di Sumatera Utara

a. Markisa Konyal

(

Passiflora ligularis

)

b. Markisa Erbis/Giant

(

Passiflora quadrangularis

)

(12)