Isolasi Dna dengan metode Kitchen Preparation

4.

4. Coba cari

Coba cari prosedur isolasi DNA

prosedur isolasi DNA standar (yang umum di

standar (yang umum digunakan), bandingkan

gunakan), bandingkan

dengan metode kitchen

dengan metode kitchen preparation

preparation

Landasan Teori

Landasan Teori

Alat dan Bahan

Alat dan Bahan

1.

1. Buah

Buah strawberi

strawberi 1

1 buah

buah

2.

2. Sabun

Sabun deterjen

deterjen cair

cair

3.

3. Garam

Garam dapur

dapur

4. Etanol

4. Etanol

5. Akuades

5. Akuades

6.

6. Kertas

Kertas saring

saring

7.

7. Lumpang

Lumpang martil

martil

8.

8. Tabung

Tabung reaksi,

reaksi, beker

beker glass,

glass, corong

corong

9.

9. Timbangan

Timbangan digital

digital

10.

10. Inkubator /

Inkubator / penangas air

penangas air

Cara Kerja

Cara Kerja

1.

1. Memasukkan b

Memasukkan buah strawb

uah strawberi ke dalam

eri ke dalam kantong plastik +

kantong plastik + 10 gram ga

10 gram garam dapur

ram dapur +

+

50 ml akuades. Menghancurkan sampai lumat

50 ml akuades. Menghancurkan sampai lumat

2.

2. Menyaring larutan tersebut

Menyaring larutan tersebut dengan menggunakan

dengan menggunakan kertas saring. Larutan

kertas saring. Larutan hasil

hasil

penyaringan disebut larutan stok

penyaringan disebut larutan stok

3.

3. Menuangkan 5

Menuangkan 5 ml larutran

ml larutran stok pada

stok pada tabung reaksi

tabung reaksi I, kemudian

I, kemudian menambahkan 1

menambahkan 1

ml deterjen pada tabung tersebut

ml deterjen pada tabung tersebut

4.

4. Menuangkan 5

Menuangkan 5 ml larutran

ml larutran stok pada tabun

stok pada tabung reaksi II, kemudi

g reaksi II, kemudian menamb

an menambahkan

ahkan

0,5 ml deterjen pada tabung tersebut

0,5 ml deterjen pada tabung tersebut

5.

5. Menggoyangka

Menggoyangkan

n atau

atau mengocok kedua

mengocok kedua tabung tersebut

tabung tersebut membentuk angka

membentuk angka 8

8

6.

6. Menambahkan

Menambahkan etanol

etanol 96%

96% dingin

dingin

7.

7. Mengamati

Mengamati benang-ben

benang-benang

ang putih

putih yang

yang terbentuk

terbentuk

Hasil

Hasil

Tabel 1. Data hasil pengamatan isolasi DNA metode kitchen preparation

Tabel 1. Data hasil pengamatan isolasi DNA metode kitchen preparation

Tahapan

Tahapan

Kegiatan

Kegiatan

Hasil Pengamatan

Hasil Pengamatan

0,5

0,5 ml

ml deterjen

deterjen

1

1 ml

ml deterjen

deterjen

Penghancuran

Penghancuran

strawberry

strawberry

Strawberry

Strawberry

menjadi lunak

menjadi lunak

dan halus

dan halus

Diisi foto

Diisi foto

Strawberry

Strawberry

menjadi

menjadi

lunak dan

lunak dan

halus

halus

Diisi foto

Diisi foto

garam dan air

garam dan air

menjadi lebih

menjadi lebih

encer

encer

menjadi lebih

menjadi lebih

encer

encer

Penyaringan

Penyaringan

Larutan

Larutan

menjadi bersih

menjadi bersih

(lebih halus)

(lebih halus)

karena ampas

karena ampas

strawberry

strawberry

tertinggal pada

tertinggal pada

saringan

saringan

Larutan

Larutan

menjadi

menjadi

bersih (lebih

bersih (lebih

halus) karena

halus) karena

ampas

ampas

strawberry

strawberry

tertinggal

tertinggal

pada

pada

saringan

saringan

Pengocokan

Pengocokan

Larutan

Larutan

menjadi

menjadi

homogen

homogen

sehingga

sehingga

berwarna

berwarna

merah rata

merah rata

Larutan

Larutan

menjadi

menjadi

homogen

homogen

sehingga

sehingga

berwarna

berwarna

merah rata

merah rata

Penambahan

Penambahan

etanol

etanol

Menjadi 2

Menjadi 2

lapian, lapisan

lapian, lapisan

bawah

bawah

berwarna

berwarna

merah dan

merah dan

lapisan atas

lapisan atas

putih. Lama

putih. Lama

kelamaan

kelamaan

terjadi

terjadi

presipitasi

presipitasi

pita-pita DNA yang

pita DNA yang

berwarna putih

berwarna putih

di lapisan atas

di lapisan atas.

.

Menjadi 2

Menjadi 2

lapian,

lapian,

lapisan

lapisan

bawah

bawah

berwarna

berwarna

merah dan

merah dan

lapisan atas

lapisan atas

putih. Lama

putih. Lama

kelamaan

kelamaan

terjadi

terjadi

presipitasi

presipitasi

pita-pita DNA

pita-pita DNA

yang

yang

berwarna

berwarna

putih di

putih di

lapisan atas.

lapisan atas.

Reaksi yang

Reaksi yang

terjadi lebih

terjadi lebih

cepat dan

cepat dan

lebih banyak

lebih banyak

terbentuk

terbentuk

presipitat

presipitat

DNA

DNA

daripada

daripada

larutan yang

larutan yang

diberi 0,5 ml

diberi 0,5 ml

deterjen

deterjen

Pembahasan

Pembahasan

Langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran strawberry. Proses ini

Langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran strawberry. Proses ini

merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara

merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara

mekanis. Di dalam

mekanis. Di dalam buah strowberry mengandung enzim proteinase (enzim

buah strowberry mengandung enzim proteinase (enzim pengurai protein)

pengurai protein)

untuk menyingkirkan protein yang mungkin akan mengotori bahan yang kita inginkan.

untuk menyingkirkan protein yang mungkin akan mengotori bahan yang kita inginkan.

Selanjutnya ditambahkan air 50 ml dan garam dapur 10 gram. Garam dapur ini digunakan

Selanjutnya ditambahkan air 50 ml dan garam dapur 10 gram. Garam dapur ini digunakan

sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA. Hal ini bisa terjadi

sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA. Hal ini bisa terjadi

karena garam dapat melarutkan DNA karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu

karena garam dapat melarutkan DNA karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu

memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bis

memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bis

menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion

menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion

Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard,

Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard,

1994 dalam Jamilah 2005:21).

1994 dalam Jamilah 2005:21).

Setelah itu, larutan disaring dengan menggunakan kertas saring. Hal ini bertujuan

Setelah itu, larutan disaring dengan menggunakan kertas saring. Hal ini bertujuan

untuk memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry. Selanjutnya

untuk memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry. Selanjutnya

mengisi dua buah tabung reaksi dengan deterjen 5 ml untuk masing-masing tabung. Pada

mengisi dua buah tabung reaksi dengan deterjen 5 ml untuk masing-masing tabung. Pada

tabung I ditambah dengan

tabung I ditambah dengan 1 ml

1 ml deterjen, dan pada

deterjen, dan pada tabung II ditambahkan 0,5 ml

tabung II ditambahkan 0,5 ml deterjen

deterjen,,

kemudian dikocok membentuk angka 8 selama 5 menit.

kemudian dikocok membentuk angka 8 selama 5 menit. Deterjen digunakan sebagai

Deterjen digunakan sebagai

pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang berfungsi sebagai perusak sel dengan

pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang berfungsi sebagai perusak sel dengan

cara mengikat ion Mg yang

cara mengikat ion Mg yang berfungsi mempertah

berfungsi mempertahankan integritas sel, selain itu deterjen juga

ankan integritas sel, selain itu deterjen juga

sebagai pengganti SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan

sebagai pengganti SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan

mendenaturasi protein. Deterjen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran

mendenaturasi protein. Deterjen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran

sel, sehingga bisa merusak struktur membran sel. Selain itu, deterjen bisa menyebabkan

sel, sehingga bisa merusak struktur membran sel. Selain itu, deterjen bisa menyebabkan

kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi

kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi

polar yang menyatukan membran sel karena deterjen mengandung disodium EDTA dan

polar yang menyatukan membran sel karena deterjen mengandung disodium EDTA dan

lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Dollart 2005 dalam

lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Dollart 2005 dalam

Jamilah, 2005). Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk

Jamilah, 2005). Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk

DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Pengocokan berfungsi untuk

DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Pengocokan berfungsi untuk

menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan deterjen serta mempercepat terjadinya

menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan deterjen serta mempercepat terjadinya

reaksi pengrusakan dinding dan membran sel oleh deterjen.

reaksi pengrusakan dinding dan membran sel oleh deterjen.

Selanjutnya yaitu menambahkan etanol 96% dingin. Sebelum menambahkan etanol

Selanjutnya yaitu menambahkan etanol 96% dingin. Sebelum menambahkan etanol

dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi DNA. Setelah

dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi DNA. Setelah

ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan. Lapisan bawah berwarna

ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan. Lapisan bawah berwarna

merah yaitu larutan strowberi dan larutan sabun, sedangkan lapisan atas berwarna bening

merah yaitu larutan strowberi dan larutan sabun, sedangkan lapisan atas berwarna bening

yaitu etanol dingin.

yaitu etanol dingin.

Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan

Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan

lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air.

lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air.

Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika

Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika

molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/

molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/

menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih

menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih

yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada

yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada

masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari

masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari

pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang

pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang

digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.

digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.

Tahap tersebut juga disebut sebagai tahap presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk

Tahap tersebut juga disebut sebagai tahap presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk

mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan

mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan

berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat.

berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat.

Selain strawberry dapat pula menggunakan bahan lain sebagai sumber DNA,

Selain strawberry dapat pula menggunakan bahan lain sebagai sumber DNA,

yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur.

yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur.

Jawaban

Jawaban Pertanya

Pertanyaan

an

1.

1. Garam dapur

Garam dapur sebagai pengganti

sebagai pengganti NaCl analitik

NaCl analitik fungsinya yaitu untuk

fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA.

memurnikan DNA.

Sedangkan deterjen sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang

Sedangkan deterjen sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang

berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi

berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi

mempertahan

mempertahankan integritas sel

kan integritas sel dan SDS (Sodium

dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang

Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan

dapat melarutkan

membran sel dan mendenaturasi protein

membran sel dan mendenaturasi protein

2.

2. Dapat, karena setiap tanaman pasti memiliki DNA

Dapat, karena setiap tanaman pasti memiliki DNA yang sangat berperan penting

yang sangat berperan penting

sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses

sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses

metabolisme lain.

metabolisme lain.

3.

3. Manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA

Manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA adalah untuk menghomogenkan

adalah untuk menghomogenkan

larutan strowberry, garam, dan deterjen.

larutan strowberry, garam, dan deterjen.

4.

4. Perbandingan antara prosedur isolasi DNA

Perbandingan antara prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan)

standar (yang umum digunakan) dengan

dengan

metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen preparation alat

metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen preparation alat

dan bahan yang digunakan lebih mudah di dapatkan dan harganya lebih murah dari

dan bahan yang digunakan lebih mudah di dapatkan dan harganya lebih murah dari

pada prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan

pada prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan

bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam

bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam

dapur. Sedangkan jika menggunakan prosedur isolasi standar alat dan bahan yang

dapur. Sedangkan jika menggunakan prosedur isolasi standar alat dan bahan yang

digunakan cenderung mahal dan jarang ditemui karena alat dan bahan memang

digunakan cenderung mahal dan jarang ditemui karena alat dan bahan memang

benar-benar alat dan bahan yang hanya ditemukan di laboratorium.

benar alat dan bahan yang hanya ditemukan di laboratorium.

Kesimpulan

Kesimpulan

1.

1. Isolasi DNA melalui

Isolasi DNA melalui metode kitchen dapat dilakukan dengan

metode kitchen dapat dilakukan dengan tahap menghancurkan

tahap menghancurkan

strawberry secara mekanik kemudian menambahkan 10 gram garam dan 50 ml air,

strawberry secara mekanik kemudian menambahkan 10 gram garam dan 50 ml air,

selanjutnya larutan disaring, kemudian mengambil 5 ml larutan tersebut dan

selanjutnya larutan disaring, kemudian mengambil 5 ml larutan tersebut dan

menambahkannya dengan 1 ml deterjen, kemudian menggoyang-goyangkan

menambahkannya dengan 1 ml deterjen, kemudian menggoyang-goyangkan

membentuk angka 8, selanjutnya ditambah etanol 96% dingin dan diamati

membentuk angka 8, selanjutnya ditambah etanol 96% dingin dan diamati

benang-benang putih.

benang putih.

2.

2. DNA yang

DNA yang masih berada di

masih berada di dalam nukleus dalam

dalam nukleus dalam keadaan normal, berwujud DNA

keadaan normal, berwujud DNA yang

yang

menggulung dengan protein histon, dan ketika dilakukan isolasi gulungan tersebut

menggulung dengan protein histon, dan ketika dilakukan isolasi gulungan tersebut

terlepas karena protein histon terdenaturasi oleh deterjen sehingga pada tahap akhir

terlepas karena protein histon terdenaturasi oleh deterjen sehingga pada tahap akhir

DNA dapat diamati dengan mata telanjang dalam bentuk presipitat atau benang-benang

DNA dapat diamati dengan mata telanjang dalam bentuk presipitat atau benang-benang

putih yang berada di lapisan atas larutan.

putih yang berada di lapisan atas larutan.

Daftar Pustaka

Daftar Pustaka

Jamilah. 2005

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas (Ananas

. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas (Ananas

Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata

Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata

 Kuliah Genetika