94
Lampiran 1 Pola warna dominan dan warna belang 6 sub populasi kambing lokal
a. Kambing Jawarandu
95
96
97
98
99
100
Lampiran 2 Form daftar karakter morfologi yang diukur
DAFTAR KARAKTERISTIK MORFOLOGIK KAMBING ...
DI PROPINSI ...
No:...
LOKASI :...
No.
URAIAN
NOMER TERNAK (SAMPEL)
1
2
3
4
5
1
Panjang badan (cm)
2
Lingkar dada (cm)
3
Lingkar pinggul (cm)
4
Lingkar canon (cm)
5
Tinggi canon (cm)
6
Panjang tanduk (cm)
7
Orientasi tanduk
8
Panjang telinga/Tipe telinga
9
Skor rahang
10
Panjang tengkorak (cm)
11
Lebar tengkorak (cm)
12
Tinggi tengkorak (cm)
13
Gigi/umur (pasang)
14
Jenis kelamin
15
Paritas (untuk betina)
16
Tipe lahir/ Tipe sapih
17
No induk/ no bapak
18
Status fisiologik
19
Tinggi pundak (cm)
20
Dalam dada (cm)
21
Tinggi pinggul (cm)
22
Dalam pinggul (cm)
23
Lebar tungging (cm)
24
Panjang ekor (cm)
25
Tebal/ lebar ekor (cm)
26
Warna tubuh dominan/ warna
belang/ warna kepala dominan.
27
Pola warna tubuh
28
Penyebaran belang (%)
29
Garis muka/ Garis punggung
30
Ambing/ puting
101
Lampiran 3 Lokasi pengambilan data dan sampel darah kambing lokal (Kambing
Kacang, Samosir, Marica, Jawarandu, Muara dan Benggala)
No.
Sub populasi/
Provinsi/Kabupaten
Kecamatan
Desa
1.
Kambing Benggala, Provinsi Nusa Tenggara Timur
a. Kab. Kupang
Kupang Timur
Oelatimo, Tuapukan, Naibonat
Kupang Barat
Sumlili, Tablolong
Aesesa
Mbay, Ngolonio
b. Kab. Ende
Kelimutu
Kuru
Lio Timur
Habatua, Detupera
c. Sikka
Alok
Kota Uneng, Nanglimang
2.
Kambing Marica, Provinsi Sulawesi Selatan
a. Maros
Tanralili
Borong, Toddo Pulia, Damai
Bantimurung
Leang-leang, Mattoangin
b. Jeneponto
Arungkeke
Arung keke, Kampala
Kelara
Bontolebang, Tolo
Bangkala
Tombo-tombolo
Kalimporo
3.
Kambing Jawarandu, Provinsi Jawa Tengah
a. Blora
Kec. Kradenan
Mendenrejo, Sumber
Kec. Sambong
Sambongrejo
Kec. Kedung Tuban
Ngelandeyan, Tanjung, Bajo
Kec. Randu Blatung
Pilang, Randu Blatung
4.
Kambing Muara, Provinsi Sumatera Utara
a. Kabupaten Tapanuli
Utara
Kec. Muara
Batu Binumbun, Simatupang,
Dolok Martumbur, Huta Lontung
5.
Kambing Samosir, Provinsi Sumatera Utara
a. Kabupaten Samosir
Kec. Pangururan
Lumban Suhisuhi, Pardugul,
Saitni huta
Kec. Harian
Turpuk Limbong, Partungko
Naginjang, Siparmahan
Kec. Simanindo
Simarmata, Ambarita
Kec. Onan Runggu
Sitamiang, Sitinjak
Kec. Sianjur Mulamula
Sianjur Mulamula, Hutaginjang
6.
Kambing Kacang, Provinsi Sumatera Utara
a. Kabupaten Deli
Serdang
Kec. Galang
Kotangan, Tanjung Gusti, Paya
Sampir, dan Kandang
Percobaan Loka Penelitian
Kambing Sei Putih
Kec. Bangun Purba
Bandar Kuala
Bangun Purba
102
Lampiran 4 Nama/bangsa kambing, nomor akses dan asal sampel yang
digunakan dari GenBank untuk membentuk pohon filogeni
No.
Ruas DNA
Rumpun/galur
kambing di GenBank
Nomor
Akses
GenBank
Lokalitas
1
D-LOOP
Capra hircus
AF533441
Vietnam
Jamnapari
AY155816
India
Black bengal
AY155721
India
Alpine
EF617779
Prancis
Iranian Goat
EF617945
Iran
Laos native
AB044303
Laos
Azeri
EF617706
Azerbaijan
Mongolian Goat
AJ317833
Cina
Matou
DQ121578
Cina
Barbari
AY155708
India
Switzerland Goat
AJ317838
Swiss
Spanish Goat
EF618413
Spanyol
Taihang
DQ188893
Cina
Pashmina
AY155952
India
Pinqau
EF617701
Austria
Girgentara
DQ241349
Sicilia
Girgentara
DQ241351
Sicilia
Nubian
FJ571542
Italia
Gurcu
EF618535
Turki
Baladi
EF617727
Egyp
Boer
GQ141235
Afrika Selatan
Banjiao
DQ121491
Cina
Angora
GQ141232
Cina
Saanen
FJ571552
Italia
Maltese
FJ571532
Italia
Punjab Goat
AB162215
Pakistan
2
Gen SRY
Capra hircus
EU581862
Australia
Shiba Goat
D82963
Jepang
3
Gen GDF9
Capra hircus
EF446168
Cina
Lampiran 5 Pensejajaran berganda nukleotida ruas D-loop DNA mitokondria pada kambing lokal
[ 1 ] [ 1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus AACCACTATT AACCACATCT ATTAATATAC CCCCAAAAAT ATTAAGAGCC TCCCCAGTAT TAAATTTACT AAAAATTTCA AATATACAAC ACAAACTTCC #Marica-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
103
[ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus CACTCCACAA GCTTACAGAC ATGCCAACAA CCCACACGTA TAAAAACATC CCAATCCTAA CCCAACTTAG ATACCCACAC AAACGCCAAC ACCACACAAT #Marica-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
104
[ 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus GTTACGCGTA TGCAAGTACA TTACACCGCT CGCCTACACA CAAATACATT TACTAACATC CATATAACGC GGACATACAG CCTTCATATA GTTTACTATA #Marica-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ....C... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ....C... ... ... ... ... ... ...
105
[ 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus TATCTACCCT ACACATGTGC AGTACTAATC CAGCATAAAC GTAATGTATG TA--CATTAC ATTTT-ATGA TCTACTTCAC GTGTACGTAC ATAATATTAA #Marica-1 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Marica-2 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Marica-3 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Marica-4 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Marica-5 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ...T ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ...T ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ...T ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ...T ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ...T ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ..--... ...T.... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ..--... ...-.... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ..AC... ...-.... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ..AC... ...-.... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ..AC... ...-.... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ..AC... ...-.... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ..AC... ...-.... ... ... ...
106
[ 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444445 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus TGTAACAA-G GACATAATAT GTATATAGTA CATTAAACGA TTTTCCACAT GCATATTAAG CACGTATATC AGTATTAATG TAATAAAGAC ATAATATGTA #Marica-1 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Marica-2 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Marica-3 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Marica-4 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Marica-5 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Kacang-1 ...G-. ...G... ... ... ...G... ... ...C... ... ...G... ...G... #Kacang-2 ...G-. ...G... ... ... ...G... ... ...C... ... ...G... ...G... #Kacang-3 ...G-. ...G... ... ... ...G... ... ...C... ... ...G... ...G... #Kacang-4 ...G-. ...G... ... ... ...G... ... ...C... ... ...G... ...G... #Kacang-5 ...G-. ...G... ... ... ...G... ... ...C... ... ...G... ...G... #Samosir-1 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Samosir-2 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Samosir-3 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Samosir-4 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Samosir-5 ...-. ... ... ... ...G... ... ... ... ...G... ... #Benggala-1 ....C...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ....C...A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ....C...A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ....C...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ...G... ... #Jawarandu-3 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ...G... ... #Jawarandu-4 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ...G... ... #Jawarandu-5 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ...G... ... #Muara-1 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ...-. ... ... ... ... ... ... ... ... ...
107
[ 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555556 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus TATCGTACAT TAAACGATCT CCCCCATGCA TATAAGCACG TACAATGTCC TTATTAGCAG TACATGGTAC ATTTTACTGT ATACCCGTAC ATAGCACATA #Marica-1 ... ... ...T-... ... ...CTT C....G.... ...A.... ... ...TT... ... #Marica-2 ... ... ...T-... ... ...CTT C....G.... ...A.... ... ...TT... ... #Marica-3 ... ... ...T-... ... ...CTT C....G.... ...A.... ... ...TT... ... #Marica-4 ... ... ...T-... ... ...CTT C....G.... ...A.... ... ...TT... ... #Marica-5 ... ... ...T-... ... ...CTT C....G.... ...A.... ... ...TT... ... #Kacang-1 ...T... ... ...T... ...T. ..T... ...G.... ...A.... ... ...T... ..G... #Kacang-2 ...T... ... ...T... ...T. ..T... ...G.... ...A.... ... ...T...CC. ... #Kacang-3 ...T... ... ...T... ...T. ..T... ...G.... ...A.... ... ...T... ..G... #Kacang-4 ...T... ... ...T... ...T. ..T... ...G.... ...A.... ... ...T... ..G... #Kacang-5 ...T... ... ...T... ...T. ..T... ...G.... ...A.... ... ...T... ..G... #Samosir-1 ... ... ...T-... ... ... ... ... .G...C ...T... ... #Samosir-2 ... ... ...T-... ... ... ... ... ... ...T... ... #Samosir-3 ... ... ...T-... ... ... ... ... ... ...T... ... #Samosir-4 ... ... ...T-... ... ... ... ... ... ...T... ... #Samosir-5 ... ... ...T-... ... ... ... ... ... ...T... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
108
[ 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666667 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus AAGTCAAATC TATCCTTGTC AACATGCGTA TCCCGTCCAC TAGATCACGA GCTTGTCGAC CATGCCGCGT GAAACCAGCA ACCCGCTTGG CAGGGATCCC #Marica-1 ... C..T... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ... C..T... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ... C..T... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-4 ... C..T... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-5 ... C..T... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 G... ... ... ...T ... ...T... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ...T... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ...T... ... ... ... ... #Kacang-5 G... ... ... ... ... ...T... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ...A.. ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ...T... ... ... ..A... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ..A... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ..A... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ..A...A. ... ...C... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
109
[ 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777778 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus TCTTCTCGCT CCGGGCCCAT TAACCGTGGG GGTAGCTATT TAATGAACTT TATCAGACAT CTGGTTCTTT CTTCAGGGCC ATCTCACCTA AAATCGCCCA #Marica-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-4 ... ... ... ... C... ... ... ... ... ... #Marica-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ... ... ...T.. ... A...G... ...G. ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ...C.. ...G. ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
110
[ 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 888888888] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 777777777] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 123456789] #C.hircus CTCTTTCCTC TTAAATAAGA CATCTCGATG GACTAATGAC TAATCAGCCC ATGCTCACAC ATAACTGTGC TGTCATACA #Marica-1 ...C.... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-2 ...C.... ... ... ... ... ... ... ... #Marica-3 ...C.... ... ... ... ... ...A.... ... ... #Marica-4 ...C.... ... ... ... ... ... ....TC.... ... #Marica-5 ...C.... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-1 ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-3 ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-4 ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang-5 ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-1 ... ... ...C. ...A ... ... ... ... #Samosir-2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-3 ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-4 ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir-5 ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-1 ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-3 ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-4 ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala-5 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-1 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-3 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-4 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jawarandu-5 ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara-1 ... ... ..C... ... ... ... ... ... #Muara-2 ..G... ... ..C... ... ... ... ... ... #Muara-3 ... ... ..C... ... ... ... ... ... #Muara-4 ... ... ..C... ... ... ... ... ... #Muara-5 ... ... ..C... ... ... ... ... ...
111
Lampiran 6 Pensejajaran berganda nukleotida gen SRY pada kambing lokal
[ 1 ] [ 1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 CCAGATGGAT GTAGAGACAT TGCACCCCTT CACATACAGG GACGATTGTG CCAAGACCAC ACACTCACAA ATGGAAAGCC AATTATGCCG CTCACAGTCC #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 CTGATTCTAA CCAATTCACT TCTGCAAAAG GAGCATCACA GCAGCTGGAC AAACCTGGGC CACGATAGGG TAACATTGGA TACACGGATT TCCGCGGACT #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
112
[ 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 TTCCCTTTTA CCAAAGCTTA GAGCCTGGGC TTTCTTGCGC TTATGTTCAA TACTGACTTC CTTACTCTCG CTAACAAAGG CACGCTTTAT CTCAATTTTA #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 CTACAATTTC ACCTCCGACT TAATTTTAAA CTAAGGCAAA TAAGTACATT TAACAAGTAA AGAATTTG-G ACTTTCCAAA ATAATTGCTC CTCTGTTGAT #Benggala1 ... ... ...T ... ... ... ...T. ... ... ...A.. #Benggala ... ... ...T ... ... ... ...T. ... ... ...A.. #Benggala3 ... ... ...T ... ... ... ...T. ... ... ...A.. #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Marica1 ... ... ...T ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Marica2 ... ... ...T ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Muara1 ... ... ...T ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Muara2 ... ... ...T ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Samosir ... ... ...T ... ... ... ...-. ... ... ...A.. #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ...-. ... ... ...
113
[ 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444445 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 CAGTTCTTTC TGTAAGAGTA TTTTTTGTAA GAAATTATCT TAACAGCACC AAAACTGCTT GAGTTAGATC ATCTGTTTTT CCTAGTAATG ACACAATTTT #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555556 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 TATATTTCTA ATTTTAATTG TTCCAGAGAT TGGCCATTAG TTAGATGGTA GCATATATTA ATAATCTGGA AATAGCCACT ATAGACAATA TAACTTTTTA #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
114
[ 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666667 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #C.hircus_EU581862 TTTTAAATGC TGTAACTCCA AACTATAGTA CTTTCAGAAA CACTCACAAA TTCATGGTAC AGAGGAAAAA ACCTCGTACT TGGATGGAAA GCTCCCTACC #Benggala1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Benggala3 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Muara2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Samosir ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 777] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 777] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 123] #C.hircus_EU581862 TTCTAAAGCA CTTTCTGATA CAAGCTCTGT TCTTTGGTCT TTCTAGCTAC TTTCCACCTC TTTGTAAATT GCA #Benggala1 C... ... ... ... ... ...T... ... ... #Benggala C... ... ... ... ... ...T... ... ... #Benggala3 C... ... ... ... ... ...T... ... ... #Jwrandu1 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Jwrandu ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang1 ... ... ... ... ... ... ... ... #Kacang2 ... ... ... ... ... ... ... ... #Marica1 C... ... ... ... ... ... ... ... #Marica2 C... ... ... ... ... ... ... ... #Muara1 C... ...G.. ... ... ... ...T... ... ... #Muara2 C... ...G.. ... ... ... ...T... ... ... #Samosir C... ... ... ... ... ... ... ... #Shiba_goat_D82963 ... ... ... ... ... ... ... ...
115
Lampiran 7 Pensejajaran berganda nukleotida gen GDF9 pada kambing lokal
[ 1 ] [ 1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TCGGAGCCTC AGGAAGCGGC CGAAATCGGA CGGACTGAGT AGAAGAGCGA GGGGCCTGTC AACCTCCAGA GCTGCCCTAG GGTCGGGTGT CCTGGCGCGG #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ..C... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ..C... ... ... [ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TGGAAAGCGT CTTTGAGGCC GCCGCCTGGC AGTCAACGCG AGGTTTTGTA CTGTCATGTC CAGTAAGCTG GCAAACCGGA ATCGGCTATG GTCAGGCCCT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... C... ... ... [ 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) CAGCGACCGC AAGACCGGAA TCAGGGACAC GGATCTGAGA CTTCTCTTGT CAGCCACCAG ATTAGAATCC ACTGGCAGGG TGTAGATTTT CCCAAGAGAT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
116
[ 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) AATAAAAATG TTTCCATTTA GCCACAAGAG TCCTTAGGTA ATAGTACAGC AAGTGATGAG CAGCTGTTAG TGATTGTAGG AGGGAAGAGG CAACCTCCGT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ...T CCT..T..-- .A.C.TATT. ..GTA.T.CA #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ...T CCT..T..-- .A.C.TATT. ..GTA.T.CA
[ 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444445 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) CGCAGCCGGC TTCTCCCTCA CAGAGTTCT- GCCTGGGGCC GAATGTCATG TTGCCCACTG TTCACTGCCC AGGAGGAAGG CAGGAACGTC GCGTGTGAGG #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ...- ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ...- ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ...- ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ...- ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ...- ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) A.T.---. A.A...T.A. A..GC.GAGA .AACTA...A A...AG..-. ..CT.TG..C .CTGGAAT.T CAATTTC..T TGT...TT.. T.TCACCCTC #SAMOSIR-kembar(12-S2) A.T.---. A.A...T.A. A..GC.GAGA .AACTA...A A...AG..-. ..CT.TG..C .CTGGAAT.T CAATTTC..T TGT...TT.. T.TCACCCTC
[ 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555556 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) CGATTCCATT TTCGGAAAGT GCTTTCTACT TAAGGATACT GCTGTCCCGT ACAGCTGACT GACTTTTCCA CTTGATGCAA CGTGTCTGTA AATGTTTTTT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) .A.A..A.CA .G.A.T..A. AAA... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) .A.A..A.CA .G.A.T..A. AAA... ... ... ... ... ... ... ...
[ 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666667 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TCATGGAATT GCTGGCCATG TGTAATCTAG GACTAAGTTC TCATTCAGCA GTTTGGGTGT GTTTTATAAC CCTCCTTGGC AGATCCGAGC CAGGGAGGTT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ... ...A. ... [ 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777778 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TGGCAGACAA TGAACTTAAA ATTTACCAGT ATACCTCGGT TTTATCAGCC TGGGTACTGC ACAGACTGGT TCTGTATCTT ACACGGTAAG TATATTCAGC #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888889 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TCTTCTTAGT GTACCCATGT CTCATTTATC TGAAACATAA TCTTTAACCT GATCTTAGCT CAGAGGCAAG AACATAAATA CTTATACAGG TAAGAACAAA #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ..A... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ..A... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
118
[ 1 ] [ 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999990 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) AATACCTAGC AAATTCTCCC ACCATTTGAG TGATTAATAA AAAGCAAACC TTTCATTTAT TTTCTAGCAC CTGAAAACGT CTTTAAACCT TTCAATTAAA #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... [ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 ] [ 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000001 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) GTATGCATAG ATGAATGAGC AGACCCAAAT AAAGGCCCCA AGAAATTATA CTTTAAAGTG AGTCAAGATT AAATGTGATG TCCTCCTTTT TAAAGCATAT #KACANG-kembar(07-K2) ... ...C. ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ...A... ...T... ... ... ... ... ... [ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 ] [ 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 ] [ 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 ] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 ] #KACANG-tunggal(08-K1) TGCAGTATTC CAAGTACATA TCCTTAAAAG GCTGCGAGAA CTAGGCAAAA TAGCAGTTCT CTGCTCTCTG GAATCTCAAT TTCAGTTGTG AATTTCTCTC #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ... ....A... ... ... ... ... ... ...
119
[ 1111111111 1111111111 111111] [ 2222222222 2222222222 222222] [ 0000000001 1111111112 222222] [ 1234567890 1234567890 123456] #KACANG-tunggal(08-K1) ACCCTCCAAA TCAACATGCA GTAAAT #KACANG-kembar(07-K2) ... ... ... #PE-tunggal(04-PE1) ... ... ... #PE-kembar(15-PE3) ... ... ... #MUARA-tunggal(06-R1) ... ... ... #MUARA-kembar(05-R2) ... ... ... #SAMOSIR-tunggal(14-S1) ... ... ... #SAMOSIR-kembar(12-S2) ... ... ...
