TESIS
GENOTYPING
Viral Nervous Necrosis
(VNN) PADA IKAN
KERAPU DI WILAYAH JAWA TIMUR DAN NUSA
TENGGARA BARAT
Oleh :
DEVY RAHMAWATI PUTRI
SEKOLAH PASCASARJANA
UNIVERSITAS AIRLANGGA
GENOTYPING Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN KERAPU DI WILAYAH JAWA TIMUR DAN NUSA TENGGARA BARAT
TESIS
Untuk Memperoleh Gelar Magister
dalam Program Studi Bioteknologi Perikanan dan Kelautan pada Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga
Oleh:
DEVY RAHMAWATI PUTRI
NIM. 091224153003
SEKOLAH PASCASARJANA UNIVERSITAS AIRLANGGA
LEMBAR PENGESAHAN
TESIS INI TELAH DISETUJUI Pada Tanggal, 13 Agustus 2015
Oleh Pembimbing Ketua
Prof. Dr. Suwarno, M.Si., drh. NIP. 19610515 198903 1 002
Pembimbing
Dr. Gunanti Mahasri, Ir., M.Si. NIP. 19600912 198603 2 001
Mengetahui
Ketua Program Studi Magister
Program Studi Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga,
PENETAPAN PENGUJI TESIS
Tesis ini diuji oleh Panitia Penguji Tesis
Pada Program Studi Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga Surabaya Pada tanggal : 13 Agustus 2015
Panitia Penguji Tesis
Ketua : Dr. Mufasirin, drh., M.Si. Anggota :
GENOTYPING Viral Nervous Necrosis (VNN) PADA IKAN KERAPU DI WILAYAH JAWA TIMUR DAN NUSA TENGGARA BARAT
Devy Rahmawati Putri, Suwarno, Gunanti Mahasri INTISARI
Tujuan umum dilakukan penelitian ini adalah untuk mengetahui tentang karakterisasi genotipe Viral Nervous Necrosis (VNN) dan menganalisis kekerabatan genotipe VNN pada ikan kerapu yang dibudidayakan di Jawa Timur dan Nusa Tenggara Barat. Sampel penelitian ini diambil dari sentra budidaya keramba jaring apung maupun pada kolam pembesaran dari berbagai wilayah antara lain Kabupaten Situbondo, Banyuwangi, Gresik, Tuban, Lombok Barat, Lombok Timur dan Sumbawa. Penelitian ini terbagi atas dua tahap yaitu dengan melakukan pemeriksaan koleksi ikan kerapu yang terinfeksi VNN dengan uji konvensional PCR dan tahap kedua dilanjutkan dengan amplifikasi coat protein
Genotyping Viral Nervous Necrosis (VNN) in Groupers in East Java and West Nusa Tenggara
Devy Rahmawati Putri, Suwarno, Gunanti Mahasri
ABSTRACT
KATA PENGANTAR
Puji syukur kepada Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan karunia-Nya sehingga tesis yang berjudul “Genotyping Viral Nervous Necrosis
(VNN) pada Ikan Kerapu di Wilayah Jawa Timur dan Nusa Tenggara Barat” ini dapat diselesaikan. Tesis ini disusun dalam rangka memenuhi persyaratan untuk memperoleh Gelar Magister Sains (M.Si) pada Program Studi S2 Bioteknologi Perikanan dan Kelautan, Sekolah Pascasarjana, Universitas Airlangga, Surabaya.
Penulis menyadari bahwa Tesis ini masih belum sempurna, sehingga kritik dan saran yang membangun sangat penulis harapkan demi perbaikan dan kesempurnaan Tesis ini. Akhirnya penulis berharap semoga Tesis ini bermanfaat bagi yang membutuhkan.
Surabaya, Agustus 2015
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas rahmat, Taufik dan HidayahNya sehingga penulis dapat menyelesaikan studi S-2 di Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga. Penulis menyadari bahwa Tesis ini tidak akan terselesaikan dengan baik tanpa bantuan berbagai pihak. Pada kesempatan ini, tidak lupa penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada :
1. Prof. Dr. Suwarno, M.Si.,drh dan Dr. Gunanti Mahasri, Ir., M.Si selaku Dosen Pembimbing yang telah memberikan arahan, petunjuk dan bimbingan sejak penyusunan usulan hingga selesainya penyusunan Tesis ini.
2. Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M. Agr.; Dr. Mufasirin, drh., M.Si. dan Dr. E. Bimo Aksono, drh.,M.Kes. selaku penguji yang telah banyak memberikan koreksi dan masukan hingga tersusunnya tesis ini.
3. Prof. Dr. Hj. Sri Hajati, S.H., M.S. selaku Direktur Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga.
4. Prof. Dr. Hj. Suhariningsih, Ir. Selaku Wakil Direktur Bidang Akademik Sekolah Pascasarjana dan Dr. I Made Narsa, S.E.,M.Si.,Ak. selaku wakil Direktur Bidang Umum dan Keuangan Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga.
5. Dr. Gunanti Mahasri, Ir., M.Si selaku Ketua Program Studi S2 Bioteknologi Perikanan dan Kelautan.
6. Seluruh pengajar dan staf di Sekolah Pascasarja Universitas Airlangga. 7. Haristanto, A.Pi., M.P. selaku Kepala Balai Karantina Ikan, Pengendalian
8. Budi Rianto, S.Si., M.Si selaku Manajer Teknis Balai KIPM Kelas I Surabaya II yang telah memberikan bimbingan dan ilmu selama menyelesaikan Penelitian ini.
9. Khumaira Puspasari, S.Si.,M.Si; Miftahudin, A.Md; Etika Adi S; Amidya N., S.Pi; Elops Samudra S.W., A.Md, Ari Prasetyo Pambudi, S.Pi dan M. Fathoni, A.Md, yang telah membantu dalam pengujian laboratorium dan pengambilan sampel.
10.Elli Rahmawati, S.Pi; Laode A.S.W.H, A.Pi; Moh. Ferri Tahta, S.St.Pi, dan seluruh staff dan Pegawai Balai KIPM Kelas I Surabaya II, Balai KIPM Kelas I Surabaya I, Balai Uji Standarisasi KIPM Jakarta yang telah memberikan dukungan dan ijin dalam penyelesaian tesis ini.
11.Bambang Hanggono, S.Pi, M. Sc; Jaka Wiyana, S.Pi; Sumini, A.md; Septo Dita Widiyatmoko dan seluruh Pegawai Balai Besar Budidaya Air Payau Situbondo yang telah membantu dalam proses pengambilan sampel. 12.Ibunda tercinta Sri Mariyana dan Ayahanda Ir. Muhammad Ridwan, MM,
MP yang selalu memberikan doa, kasih sayang, perhatian, dukungan, dan pengorbanan yang tiada henti selama ini.
13.Kakak dan adikku tersayang Dwi Nur Sany Dariyanti (Almh), Tedi Eko Margo Yulianto, S.Pi, Lifiah S.Pi, Kiki Syaputri Handayani, S.Pi, Hidmah dan Dicky Rahmawan yang telah memberikan dukungan moril, motivasi, perhatian dan kebersamaannya selama ini.
14.Seluruh keluarga besar Bioteknologi Perikanan dan Kelautan yang saling memberikan motivasi menyelesaikan Tesis ini.
15.Seluruh BP’08 atas kebersamaannya selama ini.
DAFTAR ISI
PERNYATAAN TENTANG ORSINILITAS ... v
2.1.4 Karakteristik molekuler... 10
III KERANGKA KONSEPTUAL PENELITIAN ... 25
3.1 Kerangka Konseptual ... 25
IV METODE PENELITIAN ... 28
4.1 Tempat dan Waktu Penelitian ... 28
4.2 Jenis dan Rancangan Penelitian ... 28
4.3 Populasi, besar sampel dan teknik pengambilan sampel ... 28
4.3.1. Populasi sampel ... 28
5.2 Pembahasan ... 49
VI KESIMPULAN DAN SARAN ... 55
6.1 Simpulan ... 55
6.2 Saran ... 56
DAFTAR PUSTAKA ... 57
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
4.1 Data Sampel Ikan kerapu yang Terserang VNN... 29
4.2 Komposisi Preaksi untuk Setiap Sampel First Step ... 33
4.3 Pengaturan Suhu dan Siklus Thermocycler First Step ... 33
4.4 Komposisi Preaksi untuk Setiap Sampel Nested ... 34
4.5 Pengaturan Suhu dan Siklus Thermocycler Nested... 34
4.6 Jumlah Template yang digunakan Dalam Reaksi Cycle Sequencing . 36 4.7 Performa Cycle Sequencing ... 36
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
2.1 Morfologi Ikan Kerapu Tikus... 12
2.2 Morfologi Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus) ... 18
2.3 Ikan Kerapu Cantang (Epinephelus sp.) ... 23
3.1 Kerangka Konseptual Penelitian ... 25
5.1 Hasil Amplifikasi Viral Nervous Necrosis dengan Uji PCR ... 41
5.2 Profil Urutan Nukleotida Tersebut dibandingkan dengan Standart GenBank dari China RGNNV EF558369 dan Bali HQ859926.1 (VNN Complete genom). ... 42
5.3 Presentase Tiap Perubahan Tipe Nukleotida dari GenBank Gondol Bali HQ859926 ... 44
5.4 Presentase Tiap Perubahan Tipe Nukleotida dari GenBank RGNNV China EF558369 ... 45
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran
1. Tahapan Proses Sequencing
2. Gambar Proses Pelaksanaan Penelitian dan Gejala Klinis Ikan
3. Elektrogram Sequensing VNN Sampel di Wilayah Jawa Timur dan NTB
4. Profil Urutan Nukleotida VNN Sampel dibandingkan dengan Standart GenBank dari China RGNNV EF558369
5. Profil Urutan Nukleotida VNN Sampel dibandingkan dengan Standart GenBank dari Bali HQ859926.1 (VNN Complete genom)
6. Hasil Analisis BLAST Sampel
DAFTAR SINGKATAN
1. VNN : Viral Nervous Necrosis
2. RGNNV : Red-spotted Grouper Nervous Necrosis Virus
3. SJNNV : Striped Jack Nervous Necrosis Virus
4. BFNNV : Barfin Flounder Nervous Necrosis Virus
5. RNA : Ribonucleic acid 6. DNA : Deoxyribonucleic acid
7. OIE : Office International des Epizooties 8. VER : Viral Encephalopathy and Retinopathy
