VOLUME V, NOMOR 2, DESEMBER 2016
JURNAL FARMASI UDAYANA
VOLUME V NOMOR 2 HALAMAN 1-62 EDISI DESEMBER 2016
INFORMASI UNTUK PENULIS DESEMBER 2016 i Vol 5 No 2
JURNAL FARMASI UDAYANA
INFORMASI BAGI PENULIS DAFTAR ISI x Deskripsi x Pembaca x Editor x Petunjuk Penulisan DESKRIPSIJurnal Farmasi Udayana merupakan jurnal elektronik yang dikelola oleh jurusan Farmasi FMIPA Udayana. Jurnal ini yang merupakan media publikasi penelitian dan review articlepada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif , kreatif, original dan didasarkan pada scientific. Artikel yang dimuat dalam jurnal ini meliputi penemuan obat, sistem penghantaran obat serta pengembangan obat. Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, farmakologi, farmakokinetika, farmakodinamika, analisis farmasi, sistem penghantaran obat, teknologi farmasi, bioteknolofi farmasi, obat herbal dan komponen aktif tanaman serta evaluasi klinik obat.
PEMBACA
Ilmuwan di bidang kimia medisinal, farmasetika dan biofarmasetika, farmakologi, kimia analisis, farmakologi klinik, mikrobiologi, bioteknologi, kimia dan statistika
EDITOR
Penanggung jawab : Drs. Ida Bagus Made Suaskara, M.Si Pengarah : Drs. I Made Satriya Wibawa, M.Si
Anak Agung Bawa Putra, S.Si., M.Si Dr.rer.nat. IMAG. Wirasauta, M.Si., Apt
Editor :
Ketua Dewan Redaksi : Cokorda Istri Sri Arisanti, S.Farm., M.Si., Apt Wakil Dewan Redaksi : Ni Kadek Warditiani, S.Farm., M.Sc., Apt Mitra Bestari:
Ketua : Luh Putu Febryana Larasanty, S.Farm.,M.Sc., Apt Anggota:
a. Ni PutuAriantari, S.Farm., M.Farm., Apt (Biologi Farmasi)
b. I G. N. Agung Dewantara, S.Farm., M.Sc., Apt (Teknologi Farmasi) c. Ni Made Pitri Susanti, S.Farm., M.Si. Apt (Kimia Farmasi)
PETUNJUK PENULISAN
PENDAHULUAN
Naskah yang diajukan ke jurnal harus memenuhi persyaratan sebagai berikut: (1) topik artikel akan melewati proses review terlebih dahulu oleh editor, dan (2) artikel belum dipublikasikan atau akan dipublikasikan seluruhnya atau sebagian di jurnal lain atau media publikasi yang lain.
Tipe artikel
Artikel hasil penelitian
Review article
Naskah review article harus memuat: judul, abstrak dan kata kunci (3-6 kata), pendahuluan, pembahasan khusus oleh penulis, kesimpulan, ucapan terima kasih, daftar pustaka, gambar dan tabel. Tiap pokok bahasan dari pendahuluan sampai kesimpulan harus diberi nomor. Sub pokok bahasan juga harus dinomori dengan 1.1., 1.2., 1.3., dan seterusnya. Setiap halaman harus diberi nomor dan judul harus diberi halaman 1.
FAKTOR YANG HARUS DIPERHATIKAN
Conflict of interest
Semua penulis wajib menghindari terjadinya Conflict of interest yang meliputi pembiayaan atau hubungan dengan orang lain atau badan paling lama tiga tahun sebelum pengajuan artikel ke jurnal yang dapat mempengaruhi secara langsung maupun tidak langsung penelitian yang bersangkutan
Contoh hal yang potensial menyebabkan Conflict of interest antara lain pekerja, konsultan, kepemilikan bahan, honor, pengajuan registrasi/paten, hibah atau sumber dana yang lain.
Verifikasi Artikel
Artikel yang diajukan ke Jurnal Farmasi Udayana belum pernah dipublikasikan sebelumnya (kecuali dalam bentuk abstrak atau sebagai bagian dari skripsi), tidak dalam posisi akan diterbitkan pada jurnal lain, artikel telah mendapat persetujuan semua penulis yang tercantum di dalam artikel yang bersangkutan dan secara eksplisit telah mendapat persetujuan dari tempat dimana penulis melakukan penelitian dan jika diterima, artikel tidak dipublikasikan di tempat lain dalam bentuk yang sama dalam bahasa Indonesia atau bahasa lainnya untuk menghindari plagiarisme
Konstribusi
Semua penulis harus berpartisipasi di dalam penelitian dan atau penyipan naskah, sehingga fungsi dari masing-masing penulis harus didefinisikan.
INFORMASI UNTUK PENULIS DESEMBER 2016 iii Vol 5 No 2
Kepemilikan artikel
Semua penulis harus memiliki peran penting pada setiap tahap pengajuan artikel yang meliputi: (1) konsep dan desain penelitian, pengolahan data atau menganalisis atau menginterpretasi data, (2) memperbaiki naskah, (3) menyetujui draf akhir yang akan dipublikasikan
Perubahan penulis
Pada jurnal ini dimungkingkan untuk menambahkan, pengurangi, mengubah urutan penulis untuk naskah yang diterima. Hal-hal yang perlu dilakukan antara lain: membuat permintaan untuk dapat menambahkan, mengurangi atau mengubah urutan penulis kepada pengelola jurnal yang diajukan oleh
corresponding author yang dicantumkan di dalam naskah yang diajukan dan meliputi: (a) alasan mengapa nama penulis harus ditambahkan, dikurangi atau diubah susunannya (b) konfirmasi tertulis (e-mail, fax, surat) dari semua penulis yang menyatakan persetujuan dengan perubahan tersebut di atas
Bahasa
Penulisan menggunakan bahasa Indonesia sesuai ejaan yang disempurnakan.
PERSIAPAN
Penggunaan program miscrosoft word. File dibuat dalam format asli menggunakan program miscrosoft word. Teks harus dibuat dalam format satu kolom, huruf font Times new roman 11, 1 spasi, ditulis dalam kertas ukuran A4.
Struktur Artikel
Sub pokok bahasan-penomoran
Artikel dibagi menjadi pokok bahasan dengan penomoran yang jelas. Sub pokok bahasan harus diberi nomor 1.1 (kemudian 1.1.1, 1.1.2,...), 1.2 dan seterusnya. Abstrak tidak dimasukkan dalam sistem penomoran.
Pendahuluan
Nyatakan tujuan dan landasan penelitian, hindari tinjauan pustaka yang terperinci atau kesimpulan dari hasil penelitian
Bahan dan metode
Ungkapkan bahan dan metode secara terperinci untuk kemungkinan keterulangan penelitian. Metode yang umum digunakan cukup menunjukkan sumber pustaka, hanya modifikasi yang relevan yang harus dideskripsikan
Hasil
Pengungkapan hasil harus jelas dan ringkas
Pembahasan
Bagian ini harus merupakan kajian mendalam dari hasil penelitian, jangan mengulang pengungkapan hasil. Hindari kutipan dan pembahasan yang berlebihan dari penelitian sebelumnya
Kesimpulan
Kesimpulan utama dari penelitian sebaiknya ditampilkan dalam kalimat yang singkat dan jelas, yang dapat menjadi bagian tersendiri di dalam pokok bahasan kesimpulan atau menjadi bagian dari pembahasan atau hasil
Appendik
Jika apendik lebih dari satu maka harus dibuat sebagai A, B dan seterusnya. Persamaan matematika harus diberi nomor terpisah: Pers. (A.1), Pers. (A.2) dan seterusnya. Hal yang sama juga berlaku untuk tabel dan gambar: Tabel A.1; Gambar. A.1
Informasi penting dalam struktur artikel
Judul
Ringkas, jelas dan informatif. Jika dimungkinkan hindari pencantuman persamaan matematika dan singkatan
Nama penulis dan institusi
Ungkapkan institusi tempat bekerja (tempat dimana penelitian dilakukan) di bawah nama penulis. Tunjukkan institusi penulis dengan supercript di belakang nama penulis dan didepan nama institusi. Tuliskan alamat lengkap termasuk kode pos dan nama kota, jika perlu disertakan alamat email masing-masing penulis
Alamat korespondensi
Tunjukkan dengan jelas siapa yang bertanggung jawab terhadap korespondensi semua tahap dari pengajuan, revisi, publikasi maupun sampai pasca publikasi. Cantumkan nomor telepon disamping alamat email, kode pos. Kontak terperinci harus tetap diperbaharui oleh korespondensi penulis
Alamat penulis
Jika alamat penulis berbeda dibandingkan dengan tempat penelitian semula, maka alamat terbaru atau tetap penulis sebagai catatan kaki dari nama penulis. Alamat dimana penelitian semula dilakukan oleh penulis tetap digunakan sebagai alamat utama. Penulisan catatan kaki untuk alamat terbaru maupun alamat tetap menggunakan supercrip dengan penomoran Arabic
Abstrak
Dibutuhkan abstrak yang jelas, ringkas dan sesuai fakta penelitian. Abstrak harus menunjukan tujuan penelitian secara tegas, hasil yang penting dan kesimpulan umum. Untuk memenuhi persyaratan abstrak ini, disarankan untuk tidak menyertakan tinjauan pustaka, tetapi jika sangat diperlukan wajib mengutip nama penulis dan tahun. Disamping itu dihindari pencantuman singkatan yang tidak umum tetapi jika sangat diperlukan maka harus dijelaskan pada awal abstrak itu sendiri
Gambar
Gambar harus dibuat untuk menyimpulkan isi dari artikel secara jelas untuk dapat menarik perhatian pembaca yang berasal dari berbagai bidang yang berhubungan
INFORMASI UNTUK PENULIS DESEMBER 2016 v Vol 5 No 2
dengan farmasi. Gambar harus dibuat dalam bagian terpisah dari artikel. Ukuran gambar: sediakan gambar dengan minimal setara 531x1328 pixel atau lebih, tetapi dapat tetap terbaca pada layar 200x500 pixel (pada 91 dpi yang sama dengan 5 x13 cm). Program yang digunakan dapat berupa pdfatau MS Word
Kata kunci
Kata kunci maksimal 6 kata diletakkan langsung di bawah abstrak, hindari penggunaan frase dan penghubung (dan, dari dan sebagainya)
Singkatan
Deskripsikan singkatan yang tidak umum sebagai catatan kaki pada halaman pertama artikel. Singkatan yang menjadi keharusan untuk diungkapkan pada abstrak diwajibkan didefinisikan pada bagian sebelum singkatan tersebut ditulis. Penulisan singkatan harus konsisten pada seluruh artikel.
Ucapan terima kasih
Cantumkan ucapan terima kasih pada bagian terpisah di bagian akhir artikel sebelum daftar pustaka, hindari penyertaan ucapan terima kasih pada judul, sebagai catatan kaki judul atau bagian artikel lainnya. Buatlah rincian orang yang berkontribusi di dalam penelitian (penerjemah, pengetik atau pembaca dan lain sebagainya)
Unit
Gunakan satuan internasional (SI). Jika satuan diungkapkan dalam unit yang berbeda, sebaikknya diungkapkan kesetaraan dengan SI
Tabel
Penomoran tabel diurut berdasarkan urutan munculnya di dalam artikel. Tabel dibuat dengan tiga garis horisontal, hindari penggunaan garis vertikal dan data yang diungkapkan di dalam tabel tidak diungkapkan berulang pada bagian lain dari artikel
Daftar pustaka
Pastikan daftar pustaka tercantum di dalam artikel. Hasil yang belum dipublikasikan dan personal communicationtidak direkomendasikan dimasukkan di dalam daftar pustaka. Pustaka yang ditandai dengan In Press menunjukan bahwa artikel tersebut telah disetujui untuk dipublikasikan dan dapat digunakan sebagai sumber pustaka. Penulisan pustaka mengikuti aturan penulisan pustakan jurnal ini.
Aturan penulisan pustaka
Daftar pustaka harus diurut berdasarkan alfabetis dan kronologi. Jika terdapat lebih dari satu sumber yang berasal dari penulis yang sama pada tahun yang sama, maka harus ditambahkan a, b, c dan seterusnya di belakang tahun terbit.
Penulisan buku
Penulis, A.A., Penulis, B.B., & Penulis, C.C. (tahun terbit). judul buku: sub judul. (Edisi [jika bukan edisi pertama}). tempat terbit: penerbit
Contoh:
Buku dengan satu penulis
Nama penulis (tanpa singkatan). (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit Reynords Hadi. (2000). Black pioners. Ringwood,Vic: Penguin
Buku dengan banyak penulis Dua-enam penulis
Dua penulis: kedua penulis. (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit Gilbert, R., & Gilbert, P. (1998). Maculinity goes to school. St. Leonards, N.S.W.: Allen & Unwin
Lebih dari 6 penulis
Setelah nama dan singkatan nama penulis ke-enam gunakan dkk
Buku yang memiliki editor
Broinowski, A. (Ed.) (1990). ASEAN into 1990s. London: Macmillan
Nugent, S.L., Shore, C. (Eds.). (1997). Anthropologyband cultural study. London: Pluto Press
Buku yang memiliki penulis dan editor
Valery, P. (1957). Oeuvres (J. Hytier, Ed). Paris: Gallimard
Bab yang terdapat di dalam buku
Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul bab:sub judul. editor. judul buku. (hal. x-y). tempat terbit: penerbit
Artikel jurnal
Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul artikel. singkatan jurnal, volume (issue), halaman
Skipsi/Tesis/Disertasi
Nama penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul. skrispi/tesis/disertasi. Universitas, kota
Sumber penulisan singkatan jurnal
Index Medicus journal abbreviations: http//www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html List of titlle word abbreviations: http//www.issn.org/2-22661-LTWA-online.php CAS (Chemical Abstract Service): http//www.cas.org/sent.html
Submission checklist
Daftar isian di bawah ini dapat digunakan untuk memudahkan pemeriksaan akhir sebelum artikel dikaji oleh editor.
Satu orang penulis ditunjuk sebagai corresponding author: x alamat email
x kode pos
x nomor telepon atau fax
Semua file yang dibutuhkan telah diupload x Kata kunci
INFORMASI UNTUK PENULIS DESEMBER 2016 vii Vol 5 No 2
x Tabel (termasuk judul, deskrispi, catatan kaki) Hal selanjutnya yang harus diperhatikan
x Gunakan penomoran baris (tiap 5 baris) untuk memudahkan pengkajian naskah
x Naskah telah dicek tata bahasa dan pengucapannya x Pustaka telah ditulis sesuao format di dalam jurnal ini
x Semua pustaka yang ditulis di dalam daftar pustaka disinggung di dalam teks
x Izin telah didapat dari untuk materi yang memiliki hak cipta yang berasal dari sumber lain (termasuk web)
SETELAH ARTIKEL DITERIMA Perbaikan
Naskah yang telah dikoreksi akan dikirimkan kembali dalam bentuk pdf kepada
corresponding author (melalui alamat email) sehingga penulis dapat mengunduh untuk keperluan pribadi. Gunakan perbaikan ini untuk mengecek urutan penulisan, mengedit, menyempurnakan dan memperbaiki tulisan, tabel dan gambar. Pengiriman naskah yang telah diperbaiki menyertakan koreksi pertama dari editor ini. Perubahan signifikan dari artikel yang disetujui untuk dipublikasikan dalam jurnal ini harus mendapat persetujuan dari penerbit. Kami akan berusaha untuk mempublikasikan artikel anda akurat dan cepat sehingga diharapkan kami menerima hasil koreksi anda paling lambat 5 hari kerja. Sangat penting koreksi artikel dilakukan dalam satu kali komunikasi sehingga cermati hal-hal yang harus dikoreksi sebelum dikirimkan kembali ke editor jurnal.
Naskah yang dipublikasikan
Artikel akan diberikan kepada corresponding author dalam bentuk pdf melalui email. Penulis akan menerima artikel sesuai format yang terbit di dalam jurnal dan disertai dengan cover jurnal.
DAFTAR ISI hal Halaman Judul ………... Petunjuk Penulisan ... Daftar Isi ……….. i ii viii 1 Optimasi Pembacaan Spektrum Raman Portabel Untuk Pembacaan Spektrum Raman
Preparathistologi Jaringan BPH (Benign Prostate Hyperplasia) ……… 1 2 Studi Karakteristik Fisik Amilum Singkong Terpregelatinasi dengan Amilum
Singkong Alami Dan Brand Name……….. 7 3 Efek Peg 400 Dan Mentol Pada Formulasi PatchEkstrak Daun Sirih (Piper betleL.)
terhadap Pelepasan Senyawa Polifenol ……….. 12 4 Uji Aktivitas Penyembuhan Luka Ekstrak Etanol Daun Binahong (Anredera
Scandens (L.) Moq.) Pada Tikus Jantan Galur Wistar……….. 19 5 Uji Kemurnian Isolat Andrografolid dengan HPLC Fase Terbalik ... 24 6 Angka Kejadian Penyakit Autoimun Pada Pasien Anak di RSUP Sanglah Denpasar . 30 7 Perbandingan Jumlahbiaya Pengendalian Bahan Baku antara Metode Tradisional
Perusahaan Dengan Kombinasi JIT/EOQ ………. 35 8 Uji Pemisahan Sianidin Dan Peonidin Dari Ekstrak Umbi Ubi Jalar Ungu (Ipomoea
BatatasL.) dengan Metode HPTLC Spektrofotodensitometri C-18 ………. 39 9 Optimasi Mentol dan Polietilenglikol pada Formulasi Patch
Ekstrak Daun Sirih (Piper betleL.) ………... 42 10 Perubahan Aktivitas Mengkelat Logam Ekstrak Etanol Ubi Jalar Ungu Terhadap
Pengaruh Sinar UV-B ……….. 49 11 Perbandingan Aktivitas Antibakteri Ekstrak Kaya Antosianin Dari Kulit Ubi Jalar
Ungu (Ipomoea Batatas L.) dan Kulit Buah Anggur Hitam (Vitis Vinifera L.) Terhadap Isolat Bakteri Propionibacterium Acnes……… 53 12 Aktivitas Antihiperlipidemia Andrografolid dari Sambiloto (Andrographis
Susanti dkk
58 Jurnal Farmasi Udayana Vol 5, No 2, 58-62
Aktivitas Antihiperlipidemia Andrografolid dari Sambiloto (Andrographis paniculata (Burm. f.) Ness) secara In Silico
Susanti, N. M. P.1, Warditiani, N. K.1, Dewi, K. A. S.1, Oka, M.1
1Jurusan Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana Korespondensi: Ni Made Pitri Susanti
Jurusan Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana Jalan Kampus Unud-Jimbaran, Jimbaran-Bali, Indonesia 80361 Telp/Fax: 0361-703837
Email: dekpitsusanti@unud.ac.id
ABSTRAK
Andrografolid merupakan kandungan utama yang terdapat dalam sambiloto (Andrographis paniculata (Burm. f.) Ness). Andrografolid memiliki aktivitas sebagai antihiperlipidemia. Hiperlipidemia merupakan abnormalitas yang terjadi pada komponen lemak plasma dapat berupa peningkatan kadar kolesterol, trigliserida, LDL atau penurunan HDL. Enzim HMG-CoA Reduktase merupakan enzim yang berperan dalam proses pembentukkan kolesterol. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas andrografolid sebagai antihiperlipidemia dengan berikatan pada enzim HMG-CoA Reduktase sehingga sintesis kolesterol akan terhambat.Docking molecular merupakan suatu metode in silico yang digunakan untuk mengetahui aktivitas molecular suatu senyawa. Tahapan dalam penelitian ini meliputi penyiapan database protein dan struktur 3 dimensi andrografolid, optimasi struktur 3 dimensi andrografolid, preparasi protein HMG-CoA Reduktase (3CCW), validasi metode docking
dan docking molecular andrografolid pada protein target, analisis afinitas ikatan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa andrografolid memiliki aktivitas sebagai antihiperlipidemia melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan asam amino SER684 dan LYS 691 pada enzim HMG-CoA reduktase dengan energi sebesar -3,63 kkal/mol, serta memiliki energi yang lebih rendah dibandingkan energi yang dibentuk oleh native ligand yaitu -1,02 kkal/mol.
Keyword: sambiloto, andrografolid, antihiperlipidemia, HMG-CoA Reduktase, docking molecular
1. PENDAHULUAN
Androgfalid merupakan komponen utama pada tanaman sambiloto yang dapat ditemukan pada semua bagian tanaman sambiloto. Bagian daun sambiloto memiliki kandungan senyawa andrografolid paling tinggi yaitu 2,5-4,8% dihitung terhadap berat keringnya (Prapanza dan Marito, 2003). Andrografolid memiliki beberapa aktivitas farmakologi diantaranya sebagai antihiperlipidemia, analgesik, antidiabetes, hepatoprotektif, antipiretik, antioksidan, antihiperglikemik, antihelmintik, antikanker (Dhiman et al., 2012; Nugroho et al, 2012).
Hiperlipidemia merupakan abnormalitas komponen lemak dalam plasma berupa peningkatan kadar kolesterol, LDL dan trigliserida serta dapat berupa penurunan
jumlah HDL (DiPiro et al., 2008). Enzim HMG-CoA reduktase yang berfungsi untuk mengubah HMG-CoA menjadi asam mevalonat yang selanjutnya menjadi kolesterol. Penghambatan enzim HMG-CoA reduktase dapat mengurangi sintesis kolesterol dalam hati, sehingga akan terjadi peningkatan jumlah reseptor LDL, LDL masuk ke hati kemudian diekskresi melalui empedu dan kadar LDL dalam plasma menurun (NCEP, 2002).
Docking molecular mampu memperkirakan konformasi ikatan yang paling baik antara ligand dengan protein (Morris and Marguerita, 2008). Metode
docking molecular dapat digunakan sebagai pengujian awal untuk mengetahui aktivitas
Susanti dkk
Jurnal Farmasi Udayana Vol 5, No 2, 58-62
dari suatu senyawa karena dapat memberikan gambaran mengenai proses atau mekanisme yang terjadi antara protein target dengan senyawa (ligand). Sehingga dilakukan suatu penelitian in silico untuk mengetahui aktivitas andrografolid sebagai antihiperlipidemia melalui proses docking molecular.
2. BAHAN DAN METODE
2.1 Bahan
Struktur 3D enzim HMG-CoA Reduktase (3CCW) yang diunduh dari
Protein Data Bank (PDB) dan struktur 3D Andrografolid sari sambiloto
2.2 Alat
Komputer dengan perangkat lunak Chimera 1.10., HyperChem 8, Avogadro dan Autodock 4.2.
2.3 Prosedur Kerja
2.3.1 Preparasi Protein HMG-CoA Reduktase
Preparasi protein dilakukan dengan memisahkan native ligand dari protein, untuk menyediakan ruang (pocket/cavity) pada struktur 3D protein dengan menggunakan program Chimera 1.10.1.
2.3.2 Optimasi Struktur 3D Andrografolid
Optimasi struktur 3D andrografolid dilakukan dengan menggunakan program Avogadro dan HyperChem 8. Optimasi dilakukan menggunakan perhitungan Semi-empiris AM1 dengan gradien energi 0,01 kkal/Å.
2.3.3 Validasi Metode
Validasi metode dilakukan dengan
men-docking-kan protein (HMG-CoA Reduktase) dan native ligand. Validasi dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.
2.3.4 Docking Andrografolid dan Enzim HMG-CoA Reduktase
Andrografolid hasil optimasi
di-docking-kan pada enzim HMG-CoA Reduktase yang sudah dihilangkan native ligand-nya dengan program Autodock 4.2.
2.3.5 AnalisisData
Analisis data dilakukan menggunakan
docking score. Docking score menunjukkan energi ikatan dari ligand dan protein target.
Docking score andrografolid dibandingkan dengan docking score native ligand terhadap enzim HMG-CoA Reduktase. Energi ikatan yang rendah menunjukkan kekuatan dan stabilitas ikatan yang lebih baik, sehingga andrografolid berpotensi sebagai antihiperlipidemia.
3. HASIL
3.1 Preparasi Protein HMG-CoA Reduktase
Protein HMG-CoA Reduktase yang digunakan diperoleh dari laman http://www. rcsb.org /pdb/ home/ home.do dengan kode ID 3CCW. Preparasi protein dilakukan dengan menggunakan program Chimera 1.10.1. Struktur HMG-CoA Reduktase serta native ligandnya dapat dilihat pada Gambar 1.
Gambar 1. Struktur HMG-CoA Reduktase (A) dan native ligand
3.2 Optimasi Struktur 3D Andrografolid
Struktur 3D andrografolid yang diperoleh dari laman https://pubchem. ncbi. nlm. nih. gov/ compound dengan kode 5318517 dioptimasi dengan menggunakan bantuan program HyperChem 8. Struktur 3D andrografolid hasil optimasi ditampilkan pada Gambar 2.
A
Susanti dkk
60 Jurnal Farmasi Udayana Vol 5, No 2, 58-62
Gambar 2. Hasil optimasi struktur 3D andrografolid
3.3 Validasi Metode
Validasi dilakukan dengan proses redocking HMG-CoA Reduktase dan native ligand nya. Hasil dan interaksi pada validasi metode docking molecular ditampilkan pada Tabel 1 dan Gambar 3.
Tabel 1. Validasi metode docking Konformasi RMSD (Å) Energi Ikatan (kkal/mol) Ikatan Hidrogen 1 2,44 -1,02 ARG590 LYS692 2 3,26 -1,0 ARG590 SER684 3 3,33 -0,64 ARG590 ARG590 4 4,56 -0,33 ARG590 SER661 5 3,34 -0,24 SER684 6 3,01 -0,23 ARG590 SER684 LYS692 7 3,37 -0,13 SER684 8 2,87 0,01 SER684 9 4,04 0,16 ARG590 SER661 10 3,2 0,49 ARG590 ARG590
Gambar 3. Interaksi yang terjadi antara native ligand dan HMG-CoA Reduktase
3.4 Docking Andrografolid dan Enzim HMG-CoA Reduktase
Proses docking molecular dilakukan dengan men-docking-kan antara struktur 3D andrografolid hasil optimasi dan struktur HMG-CoA Reduktase hasil preparasi, serta menggunakan parameter yang sama seperti pada proses validasi. Hasil dan interaksi pada proses docking molecular ditunjukkan pada Tabel 2 dan Gambar 4.
Tabel 2. Energi ikatan dan ikatan hidrogen andrografolid dan HMG-CoA Reduktase
Konformasi Energi Ikatan (kkal/mol) Ikatan Hidrogen 1 -3,63 SER684 LYS691 2 -3,5 ARG590 LYS692 3 -3,48 ARG590 LYS692 4 -3,47 ARG590 LYS692 5 -3,08 ARG590 SER684 6 -3,07 ARG590 SER684 7 -2,89 ARG590 SER684 8 -2,88 ARG590 SER684 9 -2,78 ARG590 SER661 10 -2,63 ARG590 SER661
Gambar 4. Interaksi yang terjadi antara andrografolid dan HMG-CoA Reduktase
4. PEMBAHASAN
Proses preparasi protein HMG-CoA Reduktase dilakukan dengan menggunakan
Susanti dkk
Jurnal Farmasi Udayana Vol 5, No 2, 58-62
rantai B. Para proses preparasi akan diperoleh struktur protein tanpa native ligand dan struktur native ligand, sehingga akan tersedia ruang (pocket/cavity) pada protein. Struktur protein yang diperoleh adalah protein yang telah kehilangan native ligand, molekul lain seperti air (H2O) serta atom-atom tunggal lainnya, sehingga pada saat proses docking
yang berinteraksi hanya senyawa uji dengan protein (Kitchen et al., 2004).
Proses optimasi andrografolid bertujuan untuk memperoleh konformasi struktur 3 dimensi andrografolid yang paling stabil. Optimasi senyawa dilakukan dengan menggunakan perhitungan Semi-empiris AM1 dengan gradien energi 0,01 kkal/Å (Hypercube, 1996). Energi hasil optimasi yang diperoleh sebesar -5509,50 kkal/mol.
Validasi metode dilakukan untuk mengetahui apakah metode docking dengan parameter yang telah ditentukan dapat digunakan untuk proses docking selanjutnya. RMSD (Root Mean Square Deviation) merupakan suatu parameter yang menunjukkan kedekatan atau kemiripan
native ligand struktur kristalografi dengan eksperimental yang di-docking-kan pada suatu protein. Hasil validasi menunjukkan nilai RMSD 2,44 Å, dimana nilai tersebut berada pada rentang validitas 1-3 Å (Betancourt and Jeffrey, 2001; Chao et al., 2005).
Berdasarkan hasil docking pada tabel 2, nilai energi ikatan terendah yang diperoleh adalah -3,63 kkal/mol dengan ikatan hidrogen yang terbentuk adalah terhadap asam amino SER684 dan LYS 691. Untuk mengetahui aktivitas andrografolid sebagai antihiperlipidemia, maka hasil dari docking
andrografolid dibandingkan dengan hasil
docking dari native ligand terhadap protein HMG-CoA Reduktase. Energi ikatan terendah hasil docking native ligand terhadap HMG-CoA Reduktase yaitu -1,02 kkal/mol. Energi ikatan andrografolid lebih rendah dibandingkan dengan native ligand, sehingga ikatan andrografolid terhadap HMG-CoA Reduktase semakin kuat dan stabil. Untuk mengetahui afinitas andrografolid pada
pada protein yang sama. Rosuvastatin merupakan obat yang bekerja pada protein HMG-CoA Reduktase, dimana rosuvastatin merupakan obat yang telah terbukti memiliki aktivitas antididlipidemia dengan mengatur kadar kadar kolesterol, trigliserida, LDL dan HDL didalam tubuh (Bullano et al., 2006). Energi ikatan yang terbentuk dari rosuvastatin adalah -1,48 kkal/mol, dimana nilai ini lebih besar jika dibandingkan dengan andrografolid, sehingga andrografolid berpotensi sebagai antihiperlipidemia.
5. KESIMPULAN
Andrografolid berpotensi sebagai antihiperlipidemia melalui interaksi dengan protein HMGCoA Reduktase, energi ikatan -3,63 kkal/mol dengan ikatan hidrogen pada asam amino SER684, LYS691.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terimakasi kepada semua pihak yang telah membantu penelitian ini.
DAFTAR PUSTAKA
Betancourt, M.R., and Jeffrey S. 2001. Universal Similarity Measure for Comparing Protein Structures.
Biopolymers. Vol. 59. P. 305-309. Bullano, MF,Wertz DA,Yang GW, Kamat S,
Borok GM,Gandhi S,McDonough KL, Willey VJ. 2006. Effect of Rosuvastatin Compared with Other Statins on Lipid Levels and National Cholesterol Education Program Goal Attainment for Low-Density Lipoprotein Cholesterol in a Usual Care Setting. Pharmacotherapy. Vol 26, no. 4.
Chao, A.E., Victor G., Bruce J.B., and Richard F. 2005. Importance of Accurate Charges in Molecular
Docking: Quantum Mechanical/Molecular Mechanical
(QM/MM) Appoarch. Journal of Computational Chemistry. Vol 26. No 9. P. 915-931.
Susanti dkk
62 Jurnal Farmasi Udayana Vol 5, No 2, 58-62
Medicinal Prospectives of
Andrographis paniculata Ness. Jurnal of Pharmaceutical and Scientific Innovation. JPSI 1(1). P. 1-4.
DiPiro, J. T., R. L. Talbert, G.C. Yee, G. R. Matzke, B. G. Wells, dan L. M. Posey.
2008. Pharmacotherapy A
Pathophysiologic Approach Seventh Edition. USA: McGraw-Hill Medical Publishing Division.
Hypercube. 1996. HyperChem®
Computational Chemistry. Canada: Hypercube Inc.
Kitchen, D.B., H. Decornez, J.R. Furr, and J. Bajorath. 2004. Docking and Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery: Methods and Applications.
Drug Discovery. Vol. 3. P. 935-949. Morris G.M and Marguerita L.W. 2008.
Molecular Docking. Methods Mol Biol. 443: 365-382.
NCEP. 2002. Detection, Evaluation and Treatment of High Blood Cholesterolin Adults (Adult Treatment Planel III). National Cholesterol Education Perangkat lunak National Heart, Lung and Blood Institute
National Institutes of Health NIH Publication.
No. 02-5215.
Nugroho, A.E., M. Andrie., N.K Warditiani., E. Siswanto., S. Pramono and E. Lukitaningsih. 2012. Antidiabetic and Antihiperlipidemic Effect of
Andrographis paniculata (Burm. f.) Nees and Andrographolide in High-Fructose-Fat-Fed Rats. Indian J Pharmacol. Vol. 44(3). Pp 377-381. Prapanza, E. dan L.M. Marianto. 2003.
Khasiat dan Manfaat Sambiloto: Raja Pahit Penakluk Aneka Penyakit.
!"
# "$# # "% &'()$!(*&+,+&-*& 2.3%4.$# +1&,
