B1J009040 7 1.

II. METODE PENELITIAN

1.

Materi, Lokasi dan Waktu Penelitian

1.1 Materi Penelitian

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah ikan dari Ordo Siluriformes

koleksi Dr. Agus Nuryanto yang disimpan di Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas

Biologi Universitas Jenderal Soedirman yang ditangkap di Sungai Cijalu Kabupaten Cilacap

(sebagai ingroup), ikan Nemacheilus chrysolaimos dari Ordo Cypriniformes (sebagai

outgroup), dan alkohol 70%.

1.2. Alat Penelitian

Alat-alat yang digunakan adalah botol koleksi, bak preparat, sarung tangan, pinset,

kertas label, alat tulis, kertas millimeter blok, jangka sorong, jarum preparat, sterofoam,

dan kamera digital.

1.3. Lokasi dan Waktu Penelitian

Sampel ikan yang diteliti adalah koleksi Laboratorium Taksonomi Hewan yang

ditangkap dari Sungai Cijalu Kecamatan Majenang Kabupaten Cilacap. Pengamatan dan

pengukuran sampel telah dilakukan di Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi

Universitas Jenderal Soedirman Purwokerto. Penelitian ini diselesaikan selama 5 bulan,

dimulai bulan Januari sampai Mei 2014.

2.

Metode Penelitian

2.1.

Teknik Pengambilan Sampel

Penelitian ini menggunakan metode survei dengan teknik pengambilan sampel

yang disimpan di Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi Universitas Jenderal

Soedirman yang diambil dari Sungai Cijalu Kecamatan Majenang Kabupaten Cilacap.

Spesimen yang dipilih hanya individu yang berukuran cukup besar dengan ukuran lebih dari

8 cm dengan alasan untuk memudahkan pengamatan dan identifikasi. Variabel yang

diamati meliputi karakter morfologi yaitu (letak mulut, sirip, bentuk garis rusuk, bentuk sirip

ekor, tipe sisik, panjang tubuh total, panjang tubuh standar, tinggi badan, tinggi batang

ekor), jumlah spesies, jumlah individu per spesies, dan jenis ikan Ordo Siluriformes yang

diperoleh dari Sungai Cijalu Kecamatan Majenang Kabupaten Cilacap. Variabel untuk

keanekaragaman meliputi jumlah jenis dan jumlah individu per jenis, sedangkan variabel

untuk analisis filogenetik meliputi kekerabatan atau hubungan satu ikan dengan ikan yang

lain berdasarkan nenek moyangnya.

2.2.

Cara Kerja Penelitian

2.2.1.

Penyortiran dan Pengawetan Sampel

Koleksi ikan yang masih tercampur dalam box plastik dipisahkan dan

dikelompokkan berdasarkan kesamaan morfologinya. Ikan dimasukkan ke

dalam botol sampel berlabel, kemudian botol diisi larutan alkohol 70% yang

baru hingga ikan terendam dan dibiarkan satu malam. Pada hari berikutnya

ikan dicuci dan difiksasi kembali menggunakan alkohol 70%.

2.2.2.

Pengamatan dan Pengukuran Sampel

Sampel yang sudah diawetkan diletakkan di atas millimeter blok yang sudah

di laminating dan di bawahnya diberi sterofoam untuk mempermudah

penancapan jarum. Posisi kepala ikan berada di sebelah kiri dan sirip ikan

dibiarkan dalam posisi normal kemudian diamati karakter morfologinya

2.2.3.

Identifikasi, Determinasi, dan Penentuan Karakter Morfologi

Sampel yang diperoleh diidentifikasi dan dideterminasi berdasarkan buku

pedoman Taksonomi dan Identifikasi Ikan menurut Kotellatet al. (1993) yang

berjudul Freshwater Fishes of Western Indonesian and Sulawesi. Sampel ikan

kemudian diamati morfologinya, pada beberapa karakter meliputi sirip, bentuk

garis rusuk, bentuk sirip ekor, tipe sisik, letak mulut, panjang tubuh total,

panjang tubuh standar, tinggi badan, tinggi batang ekor, jumlah spesies, dan

jumlah individu per spesies (Lampiran 4).

2.2.4.

Penentuan hubungan kekerabatan

Hubungan kekerabatan filogenetik pada spesies ikan yang didapatkan

ditentukan dengan urutan kerja sebagai berikut:

a. Menentukan Satuan Taksonomi Operasional atau OTU (Operational

Taxonomic Unit) dalam hal ini berupa spesies yang dibandingkan.

b. Menyeleksi sifat dan karakter morfologi dari masing-masing spesies yang

dapat dibandingkan untuk memberi gambaran secara umum dari ciri

satuan taksonomi operasional. Karakter data yang digunakan dalam

analisis dapat kuantitatif atau kualitatif. Karakter kuantitatif

menunjukkan distribusi kontinyu yang dibagi berdasarkan interval.

Karakter kualitatif diklasifikasikan berdasarkan karakter biner atau

karaktermultistate. Karakter biner (binary characters) memiliki 2 states

yang diwakili oleh ada atau tidak ada, artinya apabila terdapat karakter

yang diamati diberi angka 1 dan apabila tidak diperoleh diberi angka 0.

Karakter multistate (multi-state characters) adalah karakter yang

memiliki lebih dari 2 states yaitu 3 states atau lebih, diberi angka 0

spesies memiliki karakter yang kedua, dan diberi angka 2 apabila spesies

memiliki karakter yang ketiga.

c. Menyusun data hasil pengamatan berupa ciri-ciri morfologi ke dalam

bentuk tabel atau matriks untuk semua wakil spesies sampel yang

merupakan satuan taksonomi.

d. Matriks data tersebut kemudian dianalisis dengan menggunakan

metodeparsimony(parsimony method) dan melalui softwarekomputer

yaitu program PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) versi 4.0.b,

untuk menghasilkan matriks similarity atau dissimilarity yang selanjutnya

digunakan untuk menghasilkan pohon kekerabatan atau kladogram

(Swofford, 2002).

3.

Metode Analisis

Data ciri morfologi ikan dianalisis secara deskriptif untuk mengetahui deskripsi

lengkap masing-masing spesies. Deskripsi lengkap spesies diperoleh setelah semua

spesimen ikan diidentifikasi dan dideterminasi berdasarkan Kotellat et al. (1993). Analisis

hubungan kekerabatan dilakukan dengan menggunakan metode kladistik dan algoritma

maximum parsimonydengan bantuan program PAUP 4.0.b dan hasil disajikan dalam bentuk

kladogram atau pohon kekerabatan (Swofford, 2002). Langkah-langkah dalam melakukan

analisis filogenetik dan merekonstruksi pohon filogenetik menurut Anonymous (2002)

adalah :

1. Membuat hasil pengamatan karakter morfologi dan pemberian skoring untuk tiap

karakter.

3. Menyimpan data dalam posisi yang benar (tidak terdapat kesalahan pemasukkan

matriks skoring, sesuai urutan dan karakter yang diamati) dengan ketik nama file

dengan menambahkan nex kemudian klikSave. 4. Buka programPAUP.

5. Buka nexus files yang telah disimpan, klik File kemudian klik kembali Open / Execute.

6. Data tersebut dianalisis sampai selesai, kemudian untuk menyimpan pohon ketik

Savetrees, pilihOpen / Execute.

7. Buka software Treeview (Treev32) untuk membuka pohon kekerabatan atau kladogram yang telah didapatkan.

Contoh sebuah pohon filogenetik atau kladogram yang secara skematis

menggambarkan hubungan kekerabatan antar takson (dekat dan jauhnya hubungan

kekerabatan antar takson) :

Gambar 2.1. Kladogram yang Menunjukkan Hubungan Kekerabatan

Keterangan :

A : nenek moyang (sebagaioutgroupatau pembanding) yang memiliki hubungan kekerabatan terjauh dari turunannya (spesiesingroup).

B-E : keturunan (spesiesingroup), dimana hubungan kekerabatannya masih dekat antar spesies. F-G : kelompok monofiletik, dengan F sebagaisister taxa.

A-G : nodus terminal H-L : nodus internal