KLONING GEN YANG TERLIBAT DALAM
MEKANISME PATOGENISITAS
~ a n t h o m o n a s
axonopodis pv. glycines
oleh
ALINA AKHDIYA RUSMANA
9 7 2 6 6 / B I O
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
KLONING GEN YANG TERlLIBAT DALAM
MEKANISME PATOGENISITAS
Xanthomonas axonopodis
pv. glycines
oleh
ALINA AKHDIYA RUSMANA
972660310
Tesis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Judul : Kloning Gen yang Terlibat dalam Mekanisme Patogenisitas Xanthonzonas axonopodispv. glycines
Nama : Alina Akhdiya Rusmaua Nomor Pokok : 97266
Program Studi : Biologi
Menyetujni 1. Kon~isi pembimbing
Dr. Ir. Antonius Suwanto. M.Sc. Ketua ,,.' ," / _.' ,I,' .,.' ..'
2. Ketua Program Studi Biologi gram Pascasarjana
Dr. Ir. Dede Setiadi, MS.
ABSTRACT
Cloning of Gene Involved in Pathogenicity Mechanism of
Xantlioinonas monopodis
pv.
glycines
ALINA A. RUSMANA
Supervised by ANTONIUS SUWANTO (Chairman of advisor), BUD1 TJAHJONO and MAGGY T. SUHARTONO (Coadvisor)
Phytopathogenic mechanism of Xarrtltoinonas axo~topodis pv.
glycincs (Xag) is complex and not really well understood. The objective of
this work is to clone and identify pathogenicity genes of the bacterium as one approach to understand the mechanism. We have localized the putative pathogenicity gene from a non-pathogenic mutant of Xag M715. Southern hybridization analysis using 2.8 kb EcoRI from pYR103 as probe showed that the gene involved in pathogenicity is located within 2.0 kb PstI fragment. A 0.7 kb DNA fragment has been amplified using inverse PCR technique, and inserted into p ~ ~ M @ ' - ~ easy vector to produce a 3.7 kb recombinant plasmid (pAAO1). Southern hybridization analysis of the wild type (YR32) with pAAOl as a probe indicated a signal located at k 3.0 kb PstI fragment. DNA sequence analysis indicated that the DNA fiagment has a 64% identity in 75 nucleotides overlap to a vir gene of Bacillzrs anthrcis.
Key words : Xanthomonas nxonopodis pv. glycines, non-pathogenic mutan, pathogenicity mechanism, cloning and vir gene.
RINGKASAN
ALINA AKHDNA RUSMANA. Boning gen yang dalam mekanisme patogenisitas Xantltoi~zonns monoportis pv. glycines. Dibawab bimbingan ANTONIUS SUWANTO (ketua komisi pembimbing), BUD1 TJAHJONO, dan MAGGY T. SUHARTONO (anggota komisi pembimbing).
Xanthomonas monopodis pv. glycines (Xag) mempakan bakteri penyebab penyakit bisul pada tanaman kedelai. Penyakit ini sangat memgikan dan diduga terdapat selumh wilayah penanaman kedelai di dunia termasuk Indonesia.
Mekanisme patogenisitas Xanthomonas axonopodis pv. glycines sangat kompleks dan belum banyak dipahami. Berdasarkan data yang diperoleh dari penelitian yang dilakukan Daniels (1988) dengan teknik mutasi, diperkirakan terdapat 20 sampai 100 gen yang terlibat dalam mekanisme fitopatogenitas Xmthomonas. Oleh karena itu walaupun berbagai penelitian telah dilakukan untuk mengetahui patogenitas Xag, namun masih banyak informasi yang dibutuhkan untuk menerangkan mekanismenya (Rukayadi, 1998).
Xanthomonas axonopodis pv. glycines M715 mempakan salah satu mutan yang menarik untuk diteliti lebih lanjut karena bersifat nonpatogenik dan HR- pada daun tomat (Rukayadi, 1998). Mutan ini mempakan hasil mutasi transposisi Xag YR32 menggunakan pYR103 ( p ~ ~ m i n i - ~ n 5 ~ m R - ~ p R ) .
Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengklon dan mengidentifikasi gen yang terlibat dalarn mekanisme patogenisitas Xag sebagai salah satu cara untuk mempelajari mekanismenya. Tahapan penelitian terdiii dari Lokalisasi DNA pengapit, kloning, dan sekuensing DNA pengapit transposon.
Lokalisasi DNA pengapit transposon dilakukan dengan teknik hibridisasi Southern menggunakan pelacak fragmen 2,8 kb EcoRI pYR103 yang membawa gen resistensi kanamisin dan sebagian gen resistensi trimetoprim. Dari hasil
.
. analisa hibridisasi Southern DNA genom Xag M715 yang di-digest sempumadengan enzim PstI dengan menggunakan fragmen pYR103 tersebut sebagai pelacak, diperoleh fragmen DNA bemkuran 2,O kb yang membawa DNA pengapit transposon. Mengingat diantara gen Knlr dan Tpr pada pYR103 terdapat satu situs
PstI, maka di duga ada 2 fragmen DNA berukuran hampir sama (5 2,O kb) yang masing-masing membawa salah satu sisi DNA pengapit.
Arnplifikasi DNA menggunakan teknik Inverse PCR dengan primer spesifik Knl-Tn903
(5'-gAATATggCTCATAACAC-3')
dan primer universal M13-Forward (5'-TgTAAAACgACggCCAgT- 3') menghasilkan fragmen DNA pengapit berukuran 0,7 kb. DNA pengapit tersebut diligasikan dengan plasmid vektor pGem@-T Easy membentuk plasmid rekombinan pAAOl (3,7 kb) dan selanjutnya diiklonkan pada E. coli TOP10.Analisa sekuen DNA pengapit melalui Web European Bioinformatics Institute (EBI) fasta 3, menunjukkan kemiripan dengan gen vir dari Bacillz~s anthracis dengan nilai 64% dari 75 nukleotida yang overlap.
Hibridisasi Southern pAAOl dengan DNA genom Xag YR32 yang di- digest sempurna dengan PstI menunjukkan bahwa gen Xag YR32 yang termutasi terdapat pada fragmen berukuran 3,O kb.
Berdasarkan model hipotetik tentang hngsi protein hrp pada proses cell signaling yang dikemukakan Fenselau et al. (1992), diduga mutasi pada Xag M715 tejadi pada salah satu gen hrp yang menyandikan protein perangkat ekskresi elicitor, gen regulator gen-gen elicitor atau gen penyandi elicitor sehingga mengakibatkan kegagalan proses cell signaling. Kegagalan proses cell signaling tersebut menyebabkan bakteri ini tidak mampu menimbulkan gejala penyakit ataupun reaksi hipersensitivitas karena tidak dikenali lagi oleh tumbuhan inang (compatible /incompatible).
Hasil analisa sekuen tersebut diperoleh berdasarkan analisa salah satu sisi DNA pengapit, sehingga hasilnya bisa berbeda bila analisa dilakukan kembali terhadap gabungan kedua sisi sekuen DNA pengapit. Oleh karena itu hasil analisa sekuen ini belum dapat digunakan untuk mengidentifikasi secara tepat gen yang tersisipi transposon. Karenanya diperlukan penelitian lebih lanjut untuk melengkapi data sekuen yang telah ada sehingga informasi yang diperoleh menjadi lebih berarti.
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Jepara pada tanggal 8 Desember 1968 sebagai anak pertama dari empat bersaudara dari pasangan Bapak Zainuri Basri dan Ibu
1
Zulichah. Pada tanggal 22 Januari 1995 penulis menikah dengan Ir. Iman Rusmana. Dari pernikaban tersebut penulis dikaruniai seorang anak laki-laki
4
bernama Zul Fadhli yang lahir pada tanggal 20 Oktober 1995 serta dua orang anak perempuan bernama Kamila Nur Imani Putri dan Fadhila Nur Imani Putri yang lahir pada tanggal 8 Oktober 1999.
.
- Pendidikan dasar dan menengah diselesaikan oleh penulis di Jepara.Tahun 1982 lulus dari SD Sultan Agung 5, tahun 1985 lulus dari SMP Sultan Agung 3, d m tahun 1988 lulus dari SMA Sultan Agung 2. Tahun 1988 penulis diterima di Institut Pertanian Bogor melalui program Penulusuran Minat d m Kemampuan (PMDK). Tahun berikutnya penulis masuk ke Jurusan Biologi FMIPA dan memperoleb gelar Sajana Sains pada tahun 1994. Pada tahun 1997, penulis melanjutkan pendidikan pada Program Studi Biologi, Sub-program Mikrobiologi, Program Pascasarjana Institut Pertanian Bogor.
UCAPAN TERIMA KASIH
Alhamdulillahi robbil a'lamin atas rahmat dan kanmia Allah SWT penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul Kloning Gen yang Tedibat dalam Mekanisme Patogenisitas Xantlzomonas avonopodis pv. glycines.
Pada kesempatan ini penulis menghaturkan terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya kepada Dr. Ir. Antonius Suwanto, M.Sc. atas perhatian, bimbingan, serta dorongan semangat sejak awal penelitian hingga penulisan tesis ini.
Ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya juga penulis sampaikan kepada Dr. 11. Budi Tjahjono, M.Agr. atas bimbingan dan kesempatan yang diberikan kepada penulis untuk turut serta dalam tim penelitian proyek RUT VII.
Kepada Prof Dr. Ir. Maggy T. Suhartono sebagai anggota komisi pembimbing dan Kepala Laboratorium Mikrobiologi dan Biokimia Pusat Antar Universitas (PAU) Bioteknologi IPB, penulis ucapkan terimasih atas bimbingan dan kesempatan yang diberikan kepada penulis untuk menggunakan fasilitas laboratorium selama pelaksanaan penelitian.
Terimakasih kepada Dr. Drs. Yaya Rukayadi, M.Si., dan semua anggota tim penelitian Xanthomonns (Rina, Mbak Etty, Pak Heru dan Bu Ila), Irawan, Pak Dwi, Mbak Nisa, Bu Yus, Pak Bowo, Esti, Puji, rekan-rekan lain serta para teknisi di Laboratorium Mikrobiologi dan Biokimia PAU Bioteknologi IPB dan Laboratorium Biologi Molekuler SEAMEO BIOTROP atas persahabatan dan bantuannya selama penulis melakukan penelitian.
Kepada Bapak dan ibunda tersayang, suami tercinta Iman Rusmana dan anak-anakku tersayang Fadhli, Mila, dan Dila penulis sampaikan teriinakasih yang sedalam-dalamnya atas doa, kasih sayang, pengertian, serta dukungannya selarna ini.
Semoga semua arnal kebaikan tersebut mendapat imbalan yang sepadan dari Allah SWT. Amin.
DAFTAR IS1
Halaman ABSTRACT
...
UCAPAN TERIMA KASIH
...
DAFTAR IS1...
DAFTAR TABEL...
DAFTAR GAMBAR...
DAFTAR LAMPIRAN...
...
PENDAHULUAN...
Latar Belakang Tujuan...
TINJAUAN PUSTAKA...
Taksonomi dan Biologi Xnnthontonru nxonopodis pv
.
glycines...
Genetika Molekuler Xnnthomonas amnopurlis pv
.
g$cines...
Biologi Molekuler Patogenisitas Xnnthotnonas
...
Aplikasi Teknik PCR dalam Genetika Moleknler
...
METODOLOGI...
Waktu dan Tempat Penelitian
...
Tahapan Penelitian...
Bahan dan Metode...
Galnr bakteri dan plasmid
...
Media dan kondisi pertumbuhan...
Isolasi DNA kromosom...
...
Isolasi DNA plasmid
Pemotongan DNA dengan enzim restriksi dan ligasi fragmen DNA
...
Isolasi dan pemurnian fragmen DNA dari gel agarosaAnalisa hibridisasi Southern
...
Transformasi...
Amplifikasi fragmen DNA dengau PCR...
...
Sekuensing DNA
