KERAGAMAN GENETIK POPULASI IKAN BERONANG
(Siganus guttatus) DI SELAT MAKASSAR DAN TELUK BONE
MENGGUNAKAN METODE RANDOM AMPLIFIED
POLYMORPHIC DNA (RAPD)
Sam uel Lant e* ), Andi T enr iulo* ), Andi Par enr engi* ), Rachm ansyah* ),dan Asm i Cit r a M alina* * )
* ) Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau
Jl. Makm ur Dg. Sit akka No. 129, Maros 90512, Sulawesi Selat an E- m ail: samuellante98@yahoo.co.id
* * ) Fakult as Ilm u Kelaut an dan Perikanan, Universit as Hasanuddin Kam pus Tam alanrea, Jl. Perint is Kem erdekaan Km . 10, Makassar 90245
(Naskah diterima: 21 Maret 2011; Disetujui publikasi: 3 Agustus 2011)
ABST RAK
Penelitian ini bertujuan untuk m engkaji keragam an genetik populasi ikan beronang di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone dengan m etode random amplified polimorphic DNA (RAPD). Sam pel ikan beronang diperoleh dari tiga lokasi di perairan Selat Makassar (Polm an, Barru, dan Takalar) dan satu lokasi di perairan Teluk Bone (Malili). Sebanyak 8 ekor ikan beronang dari tiap- tiap lokasi dipreservasi dengan larutan TNES urea buffer. Ekstraksi DNA genom dengan m etode Phenol-Chloroform. Di antara tujuh screening pr im er , lim a pr im er diselek si unt uk analisis RAPD. Ker agam an genet ik dianalisis m enggunak an software TFPGA (Tools For Population Genetic Analysis). Kedek at an hubungan kekerabatan ditam pilkan dalam dendrogram . Hasil Penelitian m enunjukkan bahwa ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone m enghasilkan polim orfik tertinggi yaitu 63,24% dan terendah dari populasi Barru, Selat Makassar yakni 40,30%. Indeks sim ilarit as t ert inggi (0,83) diperoleh ant ara populasi Polm an dan Barru, dan indeks sim ilarit as t erendah (0,65) ant ara populasi Barru dengan populasi Malili. Hubungan kekerabat an berdasarkan jarak genet ik ikan beronang pada penelit ian ini diperoleh dua kelom pok utam a yaitu populasi Selat Makassar dan Teluk Bone. Ketiga populasi ikan beronang asal perairan Selat Makassar m erupakan satu kelom pok dan terpisah dari ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone.
KATA KUNCI: k er agam an genet ik , ik an ber onang, Siganus gut t at us, indek s sim ilar it as, j ar ak genet ik
ABST RACT : D e t e r m i n i n g p o p u l a t i o n g e n e t i c v a r i a b i l i t y o f r a b b i t f i sh (Siganus guttatus) f r om M ak assar St r ait and Bone Bay w at er s using random am plif ied polym orphic DNA m ethod. By: Sam uel Lante, Andi Tenriulo, Andi Parenrengi, Rachmansyah, and Asmi Ci t r a M a l i n a
PENDAHULUAN
Salah satu spesies ikan laut yang potensial dibudidayak an secara int ensif adalah ik an beronang (Siganus guttatus). Ikan ini memiliki keunggulan antara lain harga yang cukup mahal (Wassef & Had y, 1 9 9 7 ), d an m er u p ak an k o m o d i t as ek sp o r b ai k u n t u k k o n su m si maupun sebagai ikan hias dengan harga dapat mencapai US$100/ pasang (Subandiono et al., 1997). Di pasar domestik (Makassar) harga satu ekor ikan beronang berkisar Rp 20.000,- - 25.000,-(Rachm ansyah et al., 2007). Ikan beronang m am p u h i d u p d al am k ep ad at an t i n g g i , responsif terhadap pakan buatan, memiliki laju pertum buhan yang relatif tinggi (Subandiono et al.,1996; Sant osa et al.,1996), dapat di-budidayakan baik di keram ba jaring apung maupun di tambak (Wassef & Hady, 1997), dan dapat dipijahkan secara t erkont rol dengan rangsangan hormonal (Lante et al., 2007).
Penangkapan ikan beronang di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone terus mening-kat sehingga m enyebabkan tekanan populasi pada ikan ini yang dicirikan dengan jum lah hasil tangkapan semakin berkurang. Indikator t ek anan p op ulasi t er seb ut d id uk ung d at a statistik Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selat an t ahun 2 0 0 6 b ahwa t ot al produksi ikan beronang adalah 955,2 ton dan menurun menjadi 121,4 ton pada tahun 2007. Upaya penangk apan yang t erus dilak uk an menyebabkan penurunan produksi per satuan usaha dari 100 kg/ trip menjadi 15- 30 kg/ trip p ad a i k an b er o n an g l i n g k i s (Siganus canaliculatus) di perairan Bua, Kecamatan Bua Kabupaten Luwu (Jalil et al., 2001). Upaya yang dapat dilakukan untuk menanggulangi penu-runan produksi adalah perbenihan t erhadap
i k an b er o n an g d em i u p aya k el est ar i an , m eng ur ang i k et er g ant ung an d i al am d an mendukung pengembangan budidayanya baik di keram ba jaring apung m aupun t am bak. Di samping itu, dikhawatirkan ikan beronang akan m elakukan perkawinan sekerabat dalam dan ant ar populasi yang berdek at an, sehingga mengakibatkan terjadinya penurunan terhadap keragaman genetik.
Keragaman genetik merupakan hirarki yang paling rendah dalam t ingkat an keragam an hayat i dan m erupak an k unci pent ing bagi suat u spesies unt uk dapat bert ahan hidup, m em el i h ar a k eb er l an j u t an p o p u l asi d an meningkatkan produktivitas dari suatu spesies (Soewardi, 2007). Keragam an genet ik m eru-pakan suat u inf orm asi pent ing dalam jangka pendek m aupun jangka panjang bagi suat u populasi (Ferguson et al., 1995). Selanjut nya Per m ana et al. (2007) m enyat ak an bahwa keragaman genetik suatu populasi merupakan su m b er d aya b i o l o g i yan g p en t i n g u n t u k diket ahui sert a m em punyai m anf aat unt uk p en en t u an st r at eg i p er b en i h an t er u t am a dalam m enent ukan calon induk yang m em -puyai kualit as genet ik t inggi.
Salah sat u m et ode yang digunakan unt uk m enganalisis keragam an genet ik ikan adalah Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD) dengan aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR). Penggunaan PCR adalah unt uk m eng-am plif ikasi DNA dan m enget ahui perbedaan p ol i m or f i k DNA yan g ad a an t ar a sp esi es at au ant ar individu. Secara um um m et ode polim orfism e DNA dianggap m em iliki tingkat ak urasi yang t inggi dibandingk an dengan m et ode yang lain karena t idak t erpengaruh ol eh p er u b ah an l i n g k u n g an d an st r u k t u r temperature to the laboratory prior to DNA extraction. Genomic DNA was extracted by phenol-chloroform method. Among seven screened primers, five primers were selected for RAPD analysis. Genetic variability was analyzed by using software TFPGA (Tools For Population Genetic Analysis) and genetic distance was shown in dendrogram. The results of this study indicated that rabbitfish from Malili population in Bone Bay waters has the highest genetic polymorphic (63.24%) and the lowest (40.30%) was from Barru in Makassar Strait waters. The highest index similarity (0.83) of rabbitfish was obtained between population of Polman and Barru, and the lowest (0.65) was between Malili and Barru population. Furthermore, based on the genetic distance of rabbitfish, two main clusters were revealed in this study, namely Makassar Strait and Bone Bay population. The three populations of rabbitfish from Makassar Strait is in the same cluster and separated from Malili population of Bone Bay waters.
untaian dibedakan oleh urutan basa nukleotida dalam DNA. Kelebihan RAPD dari penanda l ai n n ya ad al ah r el at i f sed er h an a, m u d ah preparasinya, lebih cepat m em berikan hasil, dan tidak memerlukan informasi tentang latar belakang genom organisme yang akan diteliti (Williams et al., 1990).
Analisis keragaman genetik berbagai jenis ikan t elah dilakukan beberapa penelit i ant ara lain : ikan t erbang ( Fahri, 2001); ikan kerapu t ikus (Irm awat i, 2003; Wahidah, 2004 ); ikan k an cr a (Nu g r oh o et al., 2 0 0 6 ); i k an m as (Ariyanto et al., 2006); ikan napoleon (Moria et al., 2006); ikan guram e (Nugroho & Kusm ini, 2007) dan ikan t una sirip kuning (Perm ana et al., 2007). Namun sampai saat ini masih sedikit data dan informasi tentang keragaman genetik ikan beronang (Siganus guttatus) khususnya populasi dari perairan Selat Mak assar dan Teluk Bone. Dalam rangka m enunjang upaya p en g em b an g an b u d i d aya i k an t er seb u t , t erut am a pem benihannya, m aka diperlukan
inf orm asi dasar k arak t er genet ik populasi d i k ed ua p er air an t er seb ut . Penelit ian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman genetik p op ulasi ik an b er onang d i p er air an Selat Makassar dan Teluk Bone unt uk m endukung pengem bangan perbenihan. Ke depan hal ini sangat bermanfaat bagi manajemen induk ikan beronang.
BAHAN DAN METODE
Ikan Sampel
Sam pel ikan yang digunakan dalam pene-lit ian ini adalah ikan beronang yang berasal d ar i p er ai r an Pol m an, Bar r u, d an Tak al ar (perairan Selat Makassar) dan perairan Malili (perairan Teluk Bone). Peta lokasi pengambilan sam pel ikan di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone disajikan pada Gam bar 1. Unt uk analisis keragam an genet ik pada penelit ian ini m asing- m asing digunakan 8 ekor ikan beronang per populasi at au 32 individu ikan
Gambar 1. Pet a lokasi pengam bilan sam pel ikan beronang (S. guttatus) di Selat Makassar dan Teluk Bone
dari empat populasi. Sebanyak 50 mg jaringan diam bil dengan cara m engiris ot ot / daging bagian punggung ikan, kem udian diawet kan dengan menggunakan 250 µL TNES urea buffer dalam tabung ependorf volume 1,5 mL (Asahida et al., 1996). Kumpulan tabung ependorf berisi sam pel selanj ut nya dim asuk k an k e dalam wadah unt uk dibawa k e laborat orium dan disimpan dalam suhu ruangan sampai dilakukan ekstraksi DNA.
Ekstraksi DNA Genom
Met ode yang digunakan dalam ekst raksi D N A ad al ah m et o d e fenol-kloroform (Parenrengi, 2001). Organ yang diekst raksi adalah organ ot ot (daging) ikan sebanyak 50 m g, kem udian dit am bahkan 500 µL buf f er lysis selanjutnya dimasukkan ke dalam tabung ependorf 1,5 m L dan ditam bahkan 40 µL 10% SDS dan 40 µL proteinase- K. Sampel diinkubasi p ad a su h u 5 5oC sel am a 1 - 3 j am . RNase dit am bahkan sebanyak 12,5 µL (20 m g/ m L) dalam larutan dan disimpan pada suhu kamar selama 15- 30 menit. Ke dalam sampel kemudian ditambahkan larutan fenol: kloroform: isoamyl alkohol (25:24:1) dan divortex perlahan sampai hom ogen. Inkubasi sam pel pada suhu kam ar sel am a 1 0 m en i t , d i sen t r i f u g asi d en g an kecepatan 13.000 rpm selama 8 menit. Bagian lapisan atas cairan (supernatan) sebanyak 750 µ L d ip ind ahk an k e d alam 1 ,5 m L t ab ung ependorf baru, selanjut nya dit am bahkan lagi fenol: kloroform : isoam yl alkohol (25:24:1) sebanyak 500 µL. Sam pel diinkubasi pada suhu kamar selama 10 menit dan disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 4 menit.
Sebanyak 600 µL supernatan diam bil dan dipindahkan ke tabung ependorf baru volume 1 ,5 m L. Selanj ut nya d it am b ahk an lar ut an cam puran kloroform : isoam yl alkohol (24:1), disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selam a 4 m enit. Supernatan sebanyak 400 µL ditambahkan larutan ethanol dingin sebanyak 2 bagian dari volume sampel dan disentrifugasi dengan kecepatan 6.000 rpm selama 30 menit. Supernatan dibuang, kem udian lapisan dasar (pelet ) dit am bahkan et hanol 70% sebanyak 8 0 0 µL, k em ud ian d igoyang d engan car a pem balik an beberapa saat selanjut nya di-sent r if ugasi 2 k ali b er t ur ut - t ur ut d engan kecepat an 6.000 rpm selam a 15 m enit dan kecepatan 6.000 rpm selama 6 menit. Larutan et hanol 70% dibuang, DNA yang m engendap t erlet ak di dasar t ube sebagai pelet berwarna putih. DNA dikering- anginkan pada suhu kamar
selam a lebih kurang 24 jam , kem udian DNA dit am bahkan dd H2O at au TE buf f er (10 m M Tris dan 1mM EDTA, pH 8,0) sebanyak 100 µL. Genom DNA yang diperoleh disim pan pada suhu –20oC sebelum digunakan untuk langkah kerja berikutnya.
Tingkat Kemurnian dan Kuantitas DNA
Pen g u k u r an t i n g k at k em u r n i an d an kuantitas DNA dilakukan dengan m engguna-kan spekt rof ot om et ri sinar ult ra- violet jenis t h er m o sp ek t r o n i c m o d el g en esys 1 0 UV (Roch est er NY- USA). Gen om DNA d i u k u r dengan volum e cuvet 3 m L dengan f akt or p en g en cer an 1 5 0 . Un t u k m en d ap at k an konsentrasi DNA untai ganda digunakan rumus (Birren et al., 1997):
Kem urnian larut an DNA t ersebut dapat dilihat dengan m em bagi nilai OD260 dengan OD280. Genom DNA dikatakan m urni jika rasio kedua nilai t ersebut berkisar ant ara 1,8- 2,0. Ji k a n i l ai r asi o l eb i h k eci l d ar i 1 ,8 m ak a diindikasikan bahwa genom DNA m asih ada kandungan protein atau fenol di dalam larutan.
Amplifikasi PCR
Reaksi amplifikasi DNA dengan mengguna-kan PuReTaq RTG- PCR beads (GE healthcare) d an d iam p lif ik asi d engan PCR Gene Am p Syst em 2 7 0 0 (Applied Biosystems) yan g d i p r og r am d eng an 4 5 si k l us. Am p l i f i k asi dilakukan m enggunakan m et ode PCR, dan k om posisi bahan yang dim asuk k an dalam t ab u n g ep en d o r f d en g an b ead yan g ad a adalah : 1 µL prim er (50 pm ol/ µL), 3 µL DNA, dan 21 µL water free RNAse sehingga m en-capai t ot al volum e 25 µL. Tabung m ikro PCR dimasukkan dalam mesin PCR. Siklus PCR yang digunakan dalam amplifikasi adalah satu siklus pre- denaturasi pada suhu 94oC selama 2 menit, untuk aktifasi enzim taq polymerase diperlukan 45 siklus dengan denat urasi pada suhu 94oC selama 30 detik, penempelan pada suhu 36oC selam a 30 detik dan pem anjangan pada suhu 72 selam a 1,0 m enit dan pada ak hir PCR dit am bahk an ak hir sint esis 2 m enit unt uk m enyakinkan sem ua hasil am plif ikasi dalam bent uk unt ai ganda. Hasil PCR dipisahk an dengan menggunakan gel agarosa 2,0% dalam larutan TBE 1x selam a 1,5 jam pada tegangan 150 volt . Volum e hasil PCR/ am plicon (yang Konsentrasi DNA (µg/ mL) = A260 x 50 x faktor
akan dim igrasi) sebanyak 3 µL dan dicam pur dengan 1,0 µL loading dye. Gel di-staining dengan ethidium bromida pada konsent rasi 0 ,5 n g / m L. Hasi l el ek t r of or esi s DNA d i -visualisasi menggunakan UV transluminator.
Screening Primer
Untuk mengamplifikasi genom DNA melalui PCR digunakan 7 universal prim er yakni: 6 prim er Operon Teknologi Kit A dan 1 prim er M- 13 (Tabel 1). Primer yang memperlihatkan hasil am plifikasi genom DNA yang bersih dan banyak memfragmentasi pita DNA selanjutnya dipilih unt uk digunakan pada sem ua sam pel dalam penelitian ini.
Analisis Data
Fr ag m en DNA hasi l am p l i f i k asi d ar i 4 p op ulasi d engan m enggunak an b eb er ap a p r im er d it er j em ahk an m enj ad i d at a b iner dengan ket ent uan pem berian nilai (1) unt uk adanya fragm en DNA dan pem berian nilai (2) unt uk t idak adanya fragm en. Dat a biner hasil skoring digunakan unt uk m enghit ung jarak genet ik dan m enyusun dendrogram m elalui analisis cluster. Keragam an genetik dianalisis m enggunakan TFPGA (Tools For Population Genetic Analysis) (Miller, 1997). Kedekat an h u b u n g an k ek er ab at an d i t en t u k an o l eh indek s sim ilar it as dan j ar ak genet ik yang ditampilkan secara grafis dalam dendrogram.
HASIL DAN BAHASAN
Profil Random Amplified Polymorphik DNA (RAPD)
Hasil pengujian genom ic dari ekst raksi DNA ikan beronang populasi dari perairan Polman, Barru, Takalar, dan Malili mengguna-k an lar ut an pr eser vasi TNES ur ea dengan m et od e Phenol-Chloroform t el ah b er h asi l d ilak uk an d engan m enghasilk an f r agm en tunggal dengan berat m olekul sekitar 23.130 bp, disajikan pada Gambar 2. Hasil penelitian ini m enunjukkan bahwa t ingkat kem urnian DNA cukup baik unt uk analisis RAPD dengan keberadaan pita tunggal yang bersih dan tidak terdapat latar belakang (smearing) sepanjang jalur sumur genom DNA dan fragmentasi genom DNA. Penelit ian yang sam a dilakukan Asih et al. (2008) m enggunakan larut an TNES urea unt uk preservasi pot ongan sirip ikan bat ak (Tor soro); ikan butini (Mamangkey et al., 2007); ikan Channa punctatus (Nagarajan et al., 2006); dan ikan nila (Arifin et al., 2007). Rata- rata nilai kem urnian genom DNA ikan beronang yang t erendah adalah populasi dari perairan Malili (1,929 ± 0,185) dan t ert inggi populasi dari perairan Takalar (2,114 ± 0,298). Nilai tingkat kemurnian DNA ikan beronang yang diperoleh pada penelit ian ini m asih pada kisaran nilai kemurnian DNA ikan salmon atlantik dan ikan brown trout yaitu 1,6- 2,1, (Taggart et al., 1992),
Tabel 1. Jenis prim er, urutan basa, panjang nukleotida, dan kom posisi basa G+ C yang digunakan dalam penelitian ini
Table 1. Code, sequence, nucleotide, nucleotide length, and G+C content of primers used in Random Amplified Polymorphic DNA analysis
Keterangan: OPA- 3,6,7,13,16 dan 20 = Operon Teknologi Kit A Primer, M- 13, A = Adenine; C = Cyt osine; G = Guanine; dan T = Thym ine (Note: OPA-3,6,7,13,16 and 20 = Operon Technology Kit A primers, A = Adenine, C = Cytosine, G = Guanine, and T = Thymine)
Jenis p rimer Pr im er
cod e
Urut an b asa ( 5’ – 3’) Seq uen ce
Panjang nukleo t id a Nucleot id e
len g t h
Kand ung an G+C G+C con t en t
(%)
OPA-3 AGTCAGCCAC 10-mer 60.0
OPA-6 GGTCCCTGAC 10-mer 70.0
OPA-7 GAAACGGGTG 10-mer 60.0
OPA-13 CAGCACCCAC 10-mer 70.0
OPA-16 AGCCAGCGAA 10-mer 60.0
OPA-20 GTTGCGATCC 10-mer 60.0
ikan kerapu yaitu 2,00- 2,29 (Parenrengi, 2001), dan teripang berkisar 1,6- 2,5 (Norazila, 2000). Sel an j u t n y a h as i l p em i l i h an p r i m er m enunjukkan lim a prim er (71,43%) dengan kandungan G+ C berkisar 60%- 70% (Tabel 2) menghasilkan amplifikasi fragmen yang bersih, jelas t erpisah dan m udah di-skoring yait u OPA- 3, OPA- 6, OPA- 7, OPA- 16, dan OPA- 20 (Gam bar 3). Hasil penelitian ditunjukkan oleh Sait oh (1995) dengan m enggunakan em pat primer yang berbeda untuk beberapa populasi ikan pasif ik cod (Gadus macrocephalus) di Jepang, sem bilan prim er untuk populasi ikan nila Oreochromis niloticus (Arifin et al., 2007).
Sem ent ara sepuluh prim er digunakan oleh Parenrengi (2001) untuk m enganalisis variasi g en et i k i k an k er ap u Ephinephalus sp p . Penelit ian yang dilakukan unt uk m enget ahui t i g a sp esi es Angguilla sp . ol eh Tak ag i & Taniguchi (1995) m enggunakan t iga prim er OPA. Selanjutnya empat primer untuk populasi udang Penaeus vannamei, (Valerio- Garcia & Grijalva- Chon, 2008) dan 20 primer pada ikan Channa punctatus (Nagarajan et al., 2006).
Hasil am plifikasi DNA ikan beronang dari em p at p o p u l asi m en g g u n ak an 5 p r i m er m enunjukkan bahwa set iap prim er m em iliki karakt er yang berbeda sehingga jum lah dan
Tabel 2. Jenis primer, jumlah, dan panjang fragmen hasil amplifikasi DNA ikan beronang (Siganus guttatus)
Table 2. Fragment number and length of rabbitfish (Siganus guttatus) DNA after amplified using various primers
Primer Pr im er s
Jumlah f rag men Fr a g m en t n um b er
Panjang f rag men Fr a g m en t len g t h ( b p )
OPA-3 10-14 275-1,250
OPA-6 10-12 275-1,300
OPA-7 14-20 275-1,500
OPA-16 14-17 175-1,500
OPA-20 9-11 450-1,250
Gambar 2. Hasil elektroforesis DNA genom ikan beronang (S. guttatus). M = Marker Hind III, angka 1- 4 = sampel Polman, 5- 8 = Barru, 9- 12 = Takalar, dan 13- 16 = Malili
Figure 2. Genomic DNA extracted from the rabbitfish muscle tissue (S. guttatus) Hind III marker (M), samples from polman (lanes 1-4), Barru (lanes 5-8), Takalar ( lanes 9-12), and Malili (Lanes 13-16)
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 1 6
23130 bp 9416 bp 6557 bp
kisaran ukuran f ragm en yang m uncul juga b er b ed a. Pr i m er OPA - 3 m en g h asi l k an am plif ik asi DNA sebanyak 10- 14 f ragm en dengan ukuran 275- 1.250 bp, sedangkan OPA-6 dapat m enghasilk an am plif ik asi dengan jum lah f ragm en lebih sedikit (10- 12), t et api memiliki ukuran fragmen lebih tinggi daripada primer OPA- 3 yaitu 275- 1.300 bp. Pada primer OPA- 7 d ap at m en g h asi l k an f r ag m en t asi dengan jum lah yang lebih banyak yait u 14-20, namun memiliki ukuran fragmen yang lebih rendah dari primer OPA- 16, berkisar 275- 1.500 bp. OPA- 16 menghasilkan fragmentasi dengan jum lah fragm en 14- 17, dan m em iliki ukuran fragmen paling tinggi dari primer lainnya yaitu 175- 1.500 bp.
Primer OPA- 20 menghasilkan fragmentasi dengan jumlah fragmen lebih rendah (9- 11) dan m em iliki ukuran lebih kecil daripada prim er lainnya yakni 450- 1.250 bp (Gam bar 4) dan Tabel 2.
Hasi l p en g am at an t er h ad ap DNA i k an ber onang dengan 5 pr im er m enghasilk an t ot al loci 266 f ragm en yang t erdiri at as 70 f ragm en dari populasi Polm an, 64 f ragm en populasi Barru, 69 f ragm en populasi Takalar dan 6 3 f r agm en populasi Malili, dan 1 4 0 f r ag m en d i an t ar an ya ad al ah p o l i m o r f i k (5 2 , 6 3 %). Pr o p o r si p o l i m o r f i k t er t i n g g i
d i p er o l eh p ad a p o p u l asi Mal i l i (6 3 ,2 4 %), sed an g k an p r o p o r si p o l i m o r f i k t er en d ah dit unjukkan pada populasi Barru (40,30%). Po l i m o r f i k yan g t i n g g i m en g i n d i k asi k an hubungan perkawinan ant ara individu dalam populasi rendah, hal yang sam a dikem uka-kan oleh Parenrengi (2001) bahwa f ragm en p ol i m or f i k yan g t i n g g i p ad a i k an k er ap u m engindikasikan rendahnya inbreeding antar p op ulasi. Polim or f ik d ap at d ik et ahui d ar i m u n cu l n ya b eb er ap a f r ag m en DNA p ad a beberapa sampel, namun tidak ditemukan pada sam pel DNA yang lain (Tieh Ling Koh et al., 1999 dalam Abidin, 2005). Garcia & Benziie (1995) m endapatkan polim orfik udang windu berkisar 39%- 77%, sedangkan udang vanam e 80% (Valerio- Garcia & Grijalva- Chon, 2008) d en g an m en g g u n ak an p en an d a RA PD . Sel an j u t n ya j u m l ah g en ot i p e d an u k u r an f ragm en bert urut - t urut 1- 8 dengan berat m olekul 175- 1500 bp. Jum lah genot ipe ikan beronang populasi di Selat Makassar sam a berkisar 1- 8, nam un berbeda dengan jum lah g en o t i p e i k an p o p u l asi Mal i l i yai t u 5 - 8 (Tabel 3). Asm a (1999) m elaporkan bahwa set iap variet as, spesies, dan populasi m eng-hasilkan jum lah genot ipe yang berbeda.
Hasil penelitian memperlihatkan bahwa ada k ed ek at an secar a g en et i k p o p u l asi i k an beronang dari perairan Polm an, Barru, dan Gambar 3. Hasil screening tujuh primer DNA ikan beronang (S. guttatus) (M = Marker;
1= OPA- 3; 2 = OPA- 6; 3 = OPA- 7; 4 = OPA- 13; 5 = OPA- 16; 6 = OPA- 20; dan 7 = M13)
Figure 3. Screening seven primers of DNA rabbitfish muscle tissue (S. guttatus) (M = Marker; 1= OPA-3; 2 = OPA-6; 3 = OPA-7; 4 = OPA-13; 5 = OPA-16; 6 = OPA-20; and 7 = M13)
1.000 bp
500 bp
M 1 2 3 4 5 6 7
400 bp 3.000 bp 2.000 bp
Takalar. Hal ini diduga bahwa pada perairan t er seb u t t er j ad i t ek an an ek sp l oi t asi ol eh p er m i n t aan i k an yan g t er u s m en i n g k at , sehingga populasi di ke- 3 perairan t ersebut sem ak i n b er k u r an g . Sal ah sat u i n d i k at or t ekanan eksploit asi dapat dit unjukkan dari h asi l an al i si s p r o p o r si p o l i m o r f i k i k an beronang di tiga populasi Selat Makassar yang lebih rendah (40,30%- 47,94%) dari proporsi polim or f ik ik an ber onang Malili (6 3 ,2 4 %). Tekanan eksploitasi pada ikan ini diduga dapat m en g ak i b at k an p er k aw i n an secar a acak t idak berlangsung dengan baik secara alam i sehingga kecenderungan ket iga populasi di Selat Makassar mempunyai keragaman genetik yang rendah. Indikat or t ekanan eksploit asi t er seb u t d i d u k u n g d at a st at i st i k Di n as Kelaut an d an Per ik anan Pr ovinsi Sulawesi Selatan tahun 2006 bahwa total produksi ikan ber onang adalah 9 5 5 ,2 t on dan m enur un menjadi 121,4 ton pada tahun 2007 (Anonim, 2008).
Indeks Similaritas
Indeks sim ilaritas populasi ikan beronang dari perairan Polman, Barru, Takalar, dan Malili disajikan pada Tabel 4. Indeks similaritas ikan beronang dari perairan populasi Polman, Barru,
dan Takalar relat if t inggi hal ini m enunjuk-k an b ahwa hub ungan enunjuk-k eenunjuk-k er ab at an enunjuk-k et iga populasi ikan beronang tersebut adalah dekat. Ked ek at an i n i d i t u n j u k k an o l eh i n d ek s sim ilaritas yang relatif sam a yaitu 0,82- 0,84. Indeks sim ilarit as m erupakan suat u proporsi kesam aan prof il DNA organism e int ra at au i n t er p o p u l asi (Par en r en g i et al., 2 0 0 6 ). Sel an j u t n ya Ro g er s (1 9 7 2 ) m en yat ak an sem akin t inggi indeks sim ilarit asnya m en-cer m i n k an sem ak i n j au h h u b u n g an k e-kerabat annya. Pada penelit ian ini diperoleh indeks similaritas populasi ikan beronang dari p er ai r an p op ul asi Mal i l i d eng an p op ul asi Polm an, Barru, dan Takalar relat if jauh yait u 0,65- 0,68, berarti populasi ikan beronang Malili m enghasilkan variasi genet ik yang baik. Hal ini didukung oleh proporsi polim orf ik paling tinggi (63,24%). Kim (1998) melakukan penga-matan indeks similaritas antar populasi catfish berkisar 0,51- 0,91. Indeks sim ilarit as ant ara individu striped bas M. Saxatilis dari populasi yan g b er b ed a b er k i sar an t ar a 0 ,9 2 - 0 ,9 6 (Bielawski & Pumo, 1997). Demikian pula rata-rat a indeks sim ilarit as common silver-biddy, Gerres oyena ant ar populasi Miyasaki adalah 0,56± 0,06 dan antar populasi Okinawa adalah 0,63± 0,86 (Miyanohara et al., 1999).
Gambar 4. Elektroforesis hasil am plifikasi PCR sam pel DNA ikan beronang (S. guttatus) dengan menggunakan primer OPA- 20, (M = Marker; 1- 3 = Barru; 4- 6 = Takalar; 7- 9 = Malili; 10- 12 = Polman)
Figure 4. PCR amplification of DNA rabbitfish, S. guttatus from different popula-tions generated by a primer OPA-20. M = Marker, samples from Barru (lanes 1-3), Takalar (lanes 4-6), Malili (lanes 7-9), and Polman (lanes 10-12)
1.000 bp
500 bp 400 bp 2.000 bp
200 bp
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 M
Table 3. Fragment number, polymorphic number, polimorphic proportion, genotype number, and fragment sizes of DNA rabbitfish,
Siganus guttatus
Jumlah f rag men
T ot a l n um b er s of f r a g m en t
Jumlah p o limo rf ik
Num b er s of polim or ph ic
Jumlah p o limo rf ik
Num b er s of polim or ph ic
( %)
Jumlah g eno t ip
Num b er of g en ot ipe
Ukura
Size r a n g
70 30 45.44 1-8 2
64 27 40.30 1-8 1
69 41 47.94 1-8 1
63 42 63.24 5-8 2
266 140 - -
Keragaman genetik populasi ikan beronang
... (Samuel Lante)
2
1
Tabel 4. Ind ek s sim ilar it as ant ar a p op ulasi ik an b er onang, Siganus guttatus
Table 4. Matrix of similarity indices among populations of rabbitfish, Siganus guttatus
Jarak Genetik
Hasil hitungan jarak genetik populasi ikan b er on an g an t ar a p er ai r an Pol m an , Bar r u , Takalar, dan Malili disajikan pada Tabel 5. Jarak genetik antara populasi ikan beronang Polman dan Barru adalah 0,1780; antara populasi ikan beronang Polm an, Takalar dan Barru adalah 0,1915; sedangkan ket iga populasi t ersebut m em iliki jarak genet ik 0,3713 dengan Malili. Besarnya jarak genetik populasi ikan beronang Malili dengan populasi Barru disebabkan jarak secara geograf is ant ara Malili dengan Barru relatif lebih jauh dibandingkan Polman dengan Barru.
Nilai jarak genet ik ikan beronang ant ar populasi perairan Polm an, Barru, dan Takalar (Selat Makassar) berkisar 0,1780–0,1967 lebih rendah bila dibandingkan dengan jarak genetik ikan beronang populasi perairan Malili (Teluk Bone) dengan ket iga populasi ikan beronang di Selat Makassar (0,3114- 0,4256). Hasil ini leb ih t inggi d ib and ing d engan nilai j ar ak genet ik ikan t erbang (Cypselurus opisthopus) Teluk Mandar (Selat Makassar) yait u 0,003 (Fahri, 2001), nam un lebih rendah daripada
n i l ai j ar ak g en et i k i k an k er ap u b eb ek (Cromileptes altivelis) dom est ikasi yait u 0,85 (Wahidah, 2004) dan ikan kerapu (Epinephelus spp.) berkisar 0,20- 0,41 (Parenrengi, 2001). Kedekat an genet ik ant ara populasi Polm an, Barru, dan Takalar diduga t erjadi perkawinan antar ketiga populasi, oleh karena di perairan Selat Makassar m assa air t ercam pur secara f l u k t u at i f d an m u si m an d ar i ar ah Lau t Sulawesi sepanjang tahun menuju Laut Flores (Rusm an, 2003; Sofian et al., 2006). Menurut Koh et al. (1999), ikan discus yang dit angkap di alam m em iliki jarak genet ik lebih rendah (0 ,0 3 3 ) dibandingk an dengan ik an discus yang dibudidayakan (0,105). Hal ini t erjadi diduga akibat adanya inbreeding pada ikan discus yang dit angkap di alam . Selanjut nya Parenrengi (2001) m enyat akan bahwa jarak genet ik yang rendah m enunj uk k an t erj adi alir an gen ant ar p op ulasi. Dem ik ian p ula sem ak in k ecil jarak genet ik ant ar individu dalam suatu populasi, maka semakin seragam populasi t ersebut (Pandin, 2000). Sedangkan Nei (1987) menyatakan jarak genetik merupa-kan ukuran perbedaan genetik antar populasi yang dihit ung berdasarkan frekuensi alel. Po p ulasi
Popula t ion s Po lman Barru T akalar M alili
Polman
Barru 0.8369
Takalar 0.8300 0.8214
Malili 0.6861 0.6534 0.7324
-Tabel 5. Jarak genetik antara populasi ikan beronang, Siganus guttatus
Table 5. Genetic distance of RAPD markers in four populations of rabbitfish, Siganus guttatus
Po p ulasi
Popula t ion s Po lman Barru T akalar M alili
Polman 0.0000 0.1780 0.1863 0.3768
Barru 0.0000 0.1967 0.4256
Takalar 0.0000 0.3114
Hasil analisis jarak genetik ikan beronang populasi Malili lebih t inggi dari jarak genet ik k et i g a p o p u l asi yan g l ai n , h al i n i m em -perlihat kan bahwa ikan beronang populasi Malili memiliki keragaman genetik masih tinggi. Keragam an genet ik t inggi m engindikasikan ketersediaan stok di alam masih relatif tinggi, sehingga perkawinan secara acak berjalan dengan baik dan penangkapan ikan beronang di perairan t ersebut m asih t ergolong selekt if dan kemungkinan belum terjadi aliran genetik dari populasi yang lain.
Beberapa penelit ian m enunjukkan bahwa keragam an genet ik ikan berhubungan erat dengan kondisi geograf is. Nagarajan et al. (2006) menyatakan bahwa keragaman genetik ik an Channa punctatus ber hubungan er at dengan kondisi geograf is ikan. Selanjut nya Iguchi et al. (1997) m enyatakan bahwa isolasi karena perbedaan jarak merupakan salah satu f ak t or yang d ip er t im b angk an ak an m em -p en g ar u h i l aj u -p en g h an yu t an g en an t ar a lokasi yang t erpisah dan pada akhirnya akan m en g ak i b at k an m en i n g k at n ya p er b ed aan genet ik. Dem ikian pula Fahri (2001) m enya-t akan bahwa populasi ikan enya-t erbang di Teluk Man d ar , Sel at Mak assar secar a g en et i k m er u p ak an p o p u l asi yan g t er p i sah d ar i populasi ikan t erbang di Teluk Manado dan Teluk Tom ini. Let ak geograf is yang relat if dekat m em ungkinkan st rukt ur genet ik ikan beronang ket iga populasi di Selat Makassar m em iliki kem iripan dan berada dalam sat u kelompok. Berdasarkan hasil dendrogram ikan b er onang p ad a p enel i t i an i ni (Gam b ar 5 ) m en u n j u k k an b ah w a ad a d u a k el o m p o k populasi yaitu (1) populasi ikan beronang asal
Polm an, Barru, dan Takalar dan (2) populasi i k an b er o n an g Mal i l i . Jar ak g en et i k i k an b er onang p op ulasi Malili r elat if j auh d ar i populasi ikan beronang Polman (0,3768), Barru (0,4256) dan Takalar (0,3114) dim ungkinkan dengan adanya bat asan oleh darat an Pulau Selayar sehingga relatif tidak terjadi aliran gen ikan beronang dari populasi perairan Teluk Bone t ersebut .
Hasil analisis keragaman genetik populasi ikan beronang di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone pada penelit ian ini m enunjukkan b ah wa k er ag am an g en et i k p op u l asi i k an beronang Malili lebih t inggi dibandingk an d engan k er agam an genet ik p op ulasi ik an beronang Selat Makassar. Hal ini diduga karena ada akt ivit as m igrasi (gene flow) pada larva ikan beronang yang terbawa arus dalam waktu yan g cu k u p l am a d ar i Sel at Mak assar k e perairan Teluk Bone (Malili). Di sam ping it u, karena rendahnya eksploit asi m enyebabkan populasi m asih t inggi sehingga ikan dapat m elakukan perkawinan secara acak (random mating). Migrasi dapat t erjadi karena adanya aliran arus yang kuat dari Laut Sulawesi ke arah Lau t Fl o r es yan g m em u n g k i n k an l ar va b er m i g r asi m em b en t u k p op u l asi k eci l d i perairan Teluk Bone. Sebaliknya, peluang larva i k an b er o n an g d ar i p er ai r an Tel u k Bo n e berm igrasi ke perairan Selat Makassar sangat k ecil k ar ena t ek anan ar us yang k uat d ar i perairan Laut Flores (Sam udera Indonesia). Gardner et al. (1991) m enyat akan bahwa ada dua f akt or yang m em pengaruhi keragam an g en et i k yai t u f ak t o r yan g m en i n g k at k an keragam an genet ik ant ara lain m ut asi dan m igrasi, sedangkan fakt or yang m enurunkan
Gambar 5. Dendrogram jarak genetik pada populasi ikan beronang (S. guttatus) dari perairan Polman, Barru, Takalar (Selat Makassar) dan Malili Figure 5. Dendrogram of genetic distance population of rabbitfish, S. guttatus
from Polman, Barru, Takalar (Makassar Strait) and Malili (Bone Bay) waters
0.400 0.300 0.200 0.100 0.000
2 Polman
4 Barru
3 Takalar
keragam an genetik m eliputi seleksi alam dan penghanyut an genet ik.
Adanya keragam an genet ik t inggi pada populasi ikan beronang Malili (Teluk Bone) merupakan informasi dasar untuk melakukan seleksi dan breeding dalam rangka melakukan perbenihan. Im ron et al. (1999) m enyat akan bahwa populasi dengan variasi genet ik yang t inggi ak an m em ilik i p eluang hid up yang sem ak in t inggi unt uk beradapt asi dengan p er ub ahan lingk ungan. Hasil analisis k e-ragam an genet ik populasi ikan beronang di Selat Makassar dan Teluk Bone pada penelitian ini m enunjukkan bahwa keragam an genet ik populasi ikan beronang Malili (Teluk Bone) lebih t inggi dari keragam an genet ik populasi ikan beronang Polm an, Barru, dan Takalar (Sel at Mak assar ). Den g an d i k et ah u i n i l ai k er agam an genet ik ik an ber onang di dua p er air an t er seb ut m ak a p ot ensi p engem -bangan perbenihan dapat dilakukan unt uk m enanggulangi ket ergant ungan benih dari alam d an b ud id aya ser t a k e d ep an d ap at d i g u n ak an u n t u k k on ser vasi su m b er d aya genet ik.
KESIMPULAN
1. Populasi ikan beronang dari perairan Malili menghasilkan polimorfik tertinggi (63,24%) sedangkan polim orfik terendah diperoleh pada ikan beronang dari perairan Barru (40,30%).
2. In d ek s si m i l ar i t as i n t er p op u l asi i k an b er o n an g t er t i n g g i d i d ap at k an p ad a populasi Polman (0,83) dan terendah pada populasi Malili (0,63).
3. Hasil analisis jarak genetik ikan beronang diperoleh dua kluster utama yakni populasi Polman, Barru, dan Takalar, Selat Makassar dan populasi Malili, Teluk Bone.
4. Keragaman genetik populasi ikan beronang dari perairan Malili (Teluk Bone) lebih tinggi, yang ditunjukkan dari nilai heterozigositas (6 3 , 2 4 %), sed an g k an p o p u l asi i k an beronang Polman, Barru, dan Takalar hanya m em punyai nilai heterozigositas m asing-masing 45,44%; 40,30%, dan 47,94%.
Unt uk dom est ikasi dan pengem bangan perbenihan ikan beronang di m asa yang akan dat ang sebaiknya m enggunakan ikan yang m em i l i k i k er ag am an g en et i k yan g t i n g g i (perairan Malili) atau perkawinan silang antara populasi Malili, Teluk Bone dengan populasi ikan beronang di Selat Makassar.
UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan t erim a kasih disam paikan kepada st af Penelit i dan Teknisi Nut risi yang t elah m em bant u k egiat an penelit ian ini baik di lapangan m aupun di laboratorium . Penelitian ini t erselenggara dengan bant uan dana dari APBN tahun anggaran 2009.
DAFTAR ACUAN
Abidin, G. 2005. Analisis kekerabatan rumput laut Kappaphycus alvar ez ii varietas hijau dan coklat menggunakan metode random amplified polymorphic DNA (RAPD). Tesis Program Pascasarjana Univer-sitas Brawijaya, 84 hlm.
Anonim. 2008. Laporan Statistik Tahunan Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selatan. 85 hlm.
Arifin, O.Z, Gustiano, R., & Nugroho, E. 2007. Ker agam an genet ik p op ulasi ik an nila (Oreochromis niloticus) dalam program seleksi berdasarkan RAPD DNA Breeding, Genetika dan Bioteknologi Perikanan. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau, Balai Besar Riset Perikanan Budidaya Laut, Pusat Riset Perikanan budidaya, hlm.140- 147. Ariyanto, D., Nugroho, E., & Subagyo. 2006.
Kar ak t er g en et i k p o p u l asi i k an m as, Cyprinus carpio hasil persilangan. J. Ris. Akuakultur, 1(2): 211- 217.
Asahida, T., Kobayashi, Saitoh, K., & Nakayama, I. 1996. Tissue preservation and total DNA ex t r act i o n f r o m f i sh so r e at am b i en t tem perature using buffer containing high concentration of urea. Fisheries Sciences, 62(5): 727- 730.
Asih, S., Nugroho, E., Kristanto, A.H., & Mulyasari. 2008. Penentuan variasi genetik ikan batak (Tor soro) dari Sumatera Utara dan Jawa Barat dengan metode analisis Random Amplified Polymorphism DNA (RA PD ), J. Ris. Akuakultur, 3(1): 91- 97.
Asm a, N.A. 1999. Genetic variation between and within three varieties of domesticated tiger barb (Puntius tetrazona) using RAPD m arkers. Thesis Faculty of Medicine and Health Sciences. Universiti Putra Malaysia, 115 pp.
Bielawski, J.P. & Pum o, D.E. 1997. Random ly Am p l i f i ed Po l ym o r p h i c D NA (RAPD ) analysis of At lant ic coast st riped bass. Heredity, 78: 32- 40.
A Laboratory Manual Volume 1. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 35 pp.
Fah r i , S. 2 0 0 1 . Keragaman genetik ikan terbang, (Cypselur us opist hopus) di perairan Teluk Mandar,Teluk Manado dan Teluk Tomini. Tesis Program Pascasarjana Institut Pertanian Bogor, 47 hlm.
Ferguson, A., Taggart, Prodohl, T.B., McMeel, O., Thompson, C., Stone, C., McGinnity, P., & Hynes, R.A. 1995. The application of moleculer markers to study and conserva-tion of fish populaconserva-tion, with special refer-ence to Salm o. J. of Fish Biology, 47: 103-126.
Garcia, D.K. & Benzie, A.H. 1995. RAPD markers of potensial in penaeid prawn (Penaeus monodon) breeding programs. Aquaculture, 130: 137- 144.
Gardner, E.J., Sim m ons, M.J., & Snustad, P.D. 1991. Population and Evolotionary Genet-ics dalam Principles of genetic. Jhon Wiley an d So n s In c., New Yo r k , Ch i ch est er Brisbane, Toronto, Singapore, p. 566- 580. Iguchi, K., Tanim ura, Y., & Nishida, M. 1997. Sequence divergence in the m tDNA con-trol region of am phidrom ous and land-lock ed f orm s of ayu. Journal Fisheries Science, 63(6): 901- 905.
Im r on, Sug am a, K., Sum ant ad inat a, K., & Soewardi, K. 1999. Genet ic variat ion in cultured stocks of tiger shrim p (Penaeus monodon) in Indonesia. Indonesian Fisher-ies Research J., 5(1): 10- 18.
Irmawati. 2003. Perubahan keragaman genetik ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) generasi pertama pada stok hatchery. Tesi s Pr o g r am Pascasar j an a In st i t u t Pertanian Bogor, 50 hlm.
Jalil, Mallawa, A., & Ali, S.A. 2001. Biologi Populasi Ikan Beronang Lingkis (S. Canaliculatus) di perairan Kecamatan Bua Kabupaten Luwu. J. Sains & Teknologi, 4(1): 1- 13.
Kim, C.L. 1998. Development of PCR-based DNA markers to identify and characterise Ma-laysian river catfish, Mystus nemurus (C&V): RAPD and AFLP. Thesis Master of Science, Faculty of Science and Environ-m ental Studies, Universiti Putra Malaysia, 124 pp.
Koh, T.L., Khoo, G., Qun Fan, L., & Phang, V.P.E. 1999. Genetic diversity among wild forms an d cu l t i vat ed var i et i es o f d i scu s (Symphysodon spp.) as revealed by Ran-dom Am plified Polym orphic DNA (RAPD) fingerprinting. Aquaculture, 173: 484- 497.
Lant e, S., Usm an, & Rachm ansyah. 2 0 0 7 . Pem ijahan dan Pem eliharaan larva ikan b er o n an g (Siganus guttatus). Media Akuakultur, 2(2): 57- 61.
Mam an g k ey, J.J., Su l i st i o n o , Sj af ei , D.S., Soedharma, D., Sukimin, S., & Nugroho, E. 2007. Keragam an Genetik Ikan Endem ik But ini (Glossogabius matanensis) Ber -d asar k an Pen an -d a Random Amplified Polimorphic DNA di Danau Towiti Sulawesi Selatan, J. Riset Akuakultur, 2(3): 389- 397. Miller, M.P. 1997. Tools for Population Genetic Analyses (TFPGA). Version 1.3, A Windows program for the analysis of allozym e and molecular population genetic data. Depart-m ent of Biological Sciences- Box 5640. Northern Arizona University, Flagstaff. Az 86011- 5640, 30 pp.
Miyanohara, M., Iwatsuki, Y., & Sakai, M. 1999. Analysis of the Okinawa and Miyazaki popu-lation of the common silver- biddy, Gerres oyena using random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. Fisheries Science, 65(2): 177- 181.
Mo r i a, S.B., Har yan t i , Per m an a, G.N., & Slamet, B. 2006. Karakteristik Genetik dan Struktur Populasi Ikan Napoleon, Cheilinus undulates di Perairan Indonesia. J. Ris. Akuakultur, 1(3): 315- 323.
Nagarajan, M., Haniffa, M.A., Gopalakrishnan, A., Basheer, V.S., & Muneer, A. 2006. Genetic variability of Channa punctatus popula-tions using randomly amplified polymorphic DNA. Aquaculture Research, 37: 1.151-1.155.
Nei, M. 1987. The m easurem ent of genetic var i at i o n h t t p : / / ear t h . ag u . o r g / r evg eo g p h ys/ b u ck l i 0 1 / n o d e1 4 .h t m l . (Februari 10 2003).
Nugroho, E., Subagja, J., Asih, S., & Kurniasih, T. 2006. Evaluasi Keragam an Genetik Ikan Kancra dengan Menggunakan Marker Mt DNA D- loop dan Random Amplified Poly-morphism DNA (RAPD). J. Ris. Akuakultur, 1(2): 211- 217.
Nugroho, E. & Kusmini, I.I. 2007. Evaluasi variasi genetik tiga ras ikan gurame (Osphronemus gouramy) dengan menggunakan isozyme. J. Ris. Akuakultur, 2(1): 51- 57.
Pandin, D.S. 2000. Kemiripan genetik populasi kelapa dalam Mapanget Tengah, Bali, Palu dan Sarwana berdasarkan penanda RAPD. Tesis Program Pascasarjana IPB. Bogor, 45 hlm.
Parenrengi. A. 2001. Studies on genetic vari-ability of groupers (Genus: Epinephelus) from Indo-Malaysian waters using PCR-RAPD Analysis. Thesis m aster of Science, Kolej Universit y Terengganu, Universit i Putra Malaysia, 174 pp.
Parenrengi, A., Sulaeman, Suryati, E., & Tenriulo, A. 2006. Karakteristik genetika rumput laut Kappaphycus alvarezii yan g d i b u d i -d ayak an -d i Su l aw esi Sel at an . J. Ris. Akuakultur, 1(1): 1- 11.
Per m ana, G.N., Hut apea, J.H., Har yant i, & Sembiring, S.B.M. 2007. Variasi genetik ikan t u n a si r i p k u n i n g , Thunnus albacores dengan analisis elekt roforesis allozym e dan Mt- DNA. J. Ris. Akuakultur, 2(1): 41- 50. Rachm ansyah, Usm an, Lante, S., & Ahm ad, T. 2007. Rabbitfish Siganus guttatus Breed-ing and Larva RearBreed-ing Trial. Aquaculture Asia, XII (3): 39- 40.
Rogers, J.S. 1972. Measures of genetic similar-ity and genetic distance. p. 145- 153, In Studies in genetics. VII. Ed., M.R. Wheeler, Univ. Tex as publ. 7213, 354 pp.
Rusman. 2003. Kajian Biofisik Perairan Pesisir Teluk Awerange untuk Budidaya Laut Sistem Keramba Jaring Apung di Kabupaten Barru Sulawesi Selatan. Tesis Program Pascasarjana Inst it ut Pert anian Bogor, 161 hlm.
Saitoh, K., Tanaka, M., Ueshima, R., Kamaishi, T., Kobayashi, R., & Num achi, K.I. 1995. Pre-lim inary data on restriction m apping and detection of length variation in Japanese flounder mitochondrial DNA, Aquaculture, 136:109- 116.
Santosa, G.W., Subandiyono, & Widianingsih. 1996. Aplikasi Biot eknologi Unt uk Ikan Beronang (Siganus sp.) Dalam kaitannya dengan Prospek Budidaya Laut Di Indone-sia. Tahap Akhir : Pem anfaatan berbagai sumber bahan pakan lokal pada pengadaan induk m enggunakan bak sem i- terkontrol (Tahun II). Lemlit - Universitas Diponegoro, 48 hlm.
Soewardi, K. 2002. Pengelolaan Keragam an Gen et i k Su m b er d aya Per i k an an d an
Kelautan. Departemen Manajemen Sumber-daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, 153 hlm. Sofian, I., Kozai, K., & Ohsawa. 2006.
Investiga-t ion on Investiga-t he inInvestiga-t eroceanic conecInvestiga-t ion be-tween the Makassar strait and Java Sea. Pro-ceedings of techno- Ocean. Jasnaoe Ocean Engineering Symposium, Paper No. 90, 14 pp.
Subandiono, Herm awan, I., & Widianingsih. 1996. Peranan Penggantian Rum put Laut Den g an p ak an Bu at an t er h ad ap Bi o -energetika Ikan beronang (Siganus sp.). Lemlit- Universitas Diponegoro, 45 hlm. __________. 1997. Aplikasi Bioteknologi Untuk
Ik an Ber o n an g (Siganus sp . ) D al am kaitannya dengan Prospek Budidaya Laut di Indonesia. Tahap Akhir : Pem anfaatan berbagai sum ber bahan pakan lokal pada pengadaan induk menggunakan bak semi-terkontrol (Tahun I ). Lem lit- Universitas Diponegoro, 48 hlm.
Taggart , J.B., Hynes, R.A., Prodohl, P.A., & Ferguson, A. 1992. A. Sim plified protocol for routine total DNA isolation from salmo-nid fishes. J. of Fish Biology, 40: 963- 965. Takagi, M. & Taniguchi, N. 1995. Random ampli-fied polymorphic DNA (RAPD) for identifi-cation of three species of Angguilla, A. japonica, A. australis, and A. Bicolour. Fish-eries Science, 61(5): 884- 885.
Valerio- Garcia, R.C. & Grijalva- Chon, J.M. 2008. Random- amplified polymorphic DNA analy-sis in hatchery populations and wild pa-ci f i c wh i t e sh r i m p Penaeus vannamei from the Gulf of California. Aquaculture Research, 39: 666- 669.
Wahidah. 2004. Variasi genetik ikan kerapu bebek (Cr om i l ep t es a l t i v el i s) pada generasi pertama program domestikasi di BBL Lampung dan BBAP Situbondo. Tesis Institut Pertanian Bogor, 40 hlm.
Wassef, E.A. & Abdul Hady, H.A. 1997. Breeding biology of rabbitfish Siganus canaliculatus (Siganidae) in m id Arabian Gulf. Fisheries Research, 33: 159- 166.
