KEMiRlPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM
DARl KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA
RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)
IOLEH
:
SIT1 IFADATIN
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
ABSTRACT
SIT1 IFADATIN. Genetic Similarity of Six Tall Coconut Populations from West Kalimantan Based on RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Under the supervision of ALEX HARTANA and SUHARSONO
The objectives of this research were to study genetic similarity of six tall coconut populations from West Kalimantan [Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam
Parit Baru (DPB), and Dalam Peniti (DPT)] that were planted ex situ at IPPTP
Selakau. Number of plants analyzed from each population was 10 and their leaf DNA's were amplified using ten random decamer primer (selected from 27 random decamer primer) in PCR therrned cycler machine. A total of 103 RAPD bands were recorded, and 84 (81%) of them were polymorphic. Unweighted Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) was applied to RAPD binary data using Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 computer program. Average genetic similarity within coconut population ranged from 84-
87%. and among population ranged from 73-84%. Based on 80% genetic
similarity six tall coconut population grouped in three clusters (DSD and DSR, DPL and DPM, and DPB and DPT) and became one cluster at 77% genetic similarity. The Principal Component Analysis using covariance matrix of RAPD binary data had identified two significant principal components (PCs) and explained 28% of variability data. Those 2 PCs identified 26 RAPD markers that separated those tall coconut populations into three clusters. OPC-OH9 could be used to distinguish DSD and DSR coconut populations from other populations.
ABSTRAK
SIT1 IFADATIN. Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Di bawah bimbingan ALEX HARTANA dan SUHARSONO
Analisis kemiripan genetik telah dilakukan pada enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat yaitu kelapa Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Peniti (DPT) yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau. Setiap populasi tanaman kelapa yang dianalisis diwakili oleh 10 pohon
dan diamplifikasi menggunakan 10 primer yang diseleksi dari 27 primer acak.
Total pita DNA yang dihasilkan sebanyak 103 dan 84 (81%) diantaranya
merupakan pita polimorfik. Jumlah pita berkisar antara 5 dan 15 pita per primer dan berukuran 350-3500 pasang basa (pb). Berdasarkan analisis data biner dari pita RAPD dihitung nilai kemiripan genetik untuk membuat analisis pengelompokan dengan metode UPGMA (Unweighted Pair-Group Method Arithmetic) melalui program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate
System) versi 1.8. Rata-rata kemiripan genetik di dalam populasi berkisar antara
84-87% sedangkan rata-rata kemiripan genetik antar populasi berkisar antara 73-
84%. Kemiripan genetik antar populasi kelapa yang daerah asalnya berdekatan
tidak selalu lebih tinggi dibandingkan dengan antar populasi kelapa yang daerah asalnya bejauhan. Keenam populasi kelapa Dalam menjadi satu kelompok
pada tingkat kemiripan 77% dan pada tingkat kemiripan 80% mengelompok ke
dalam tiga kelompok populasi yaitu kelompok populasi DSD dan DSR, kelompok populasi DPL dan DPM, dan kelompok populasi DPB dan DPT. Analisis komponen utama yang diturunkan dari matriks peragam (covariance matrix) menghasilkan dua komponen utama (KU) yang menerangkan keragaman data
asal sebesar 28%. Kedua KU tersebut mengidentifikasi 26 pita RAPD yang
berperan dalam mengelompokkan keenam populasi kelapa Dalam menjadi tiga
kelompok populasi. Pita OPC-05#9 kemungkinan dapat digunakan untuk
membedakan kelompok populasi DSD dan DSR dari empat populasi lainnya.
SURATPERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis yang berjudul :
"KEMIRIPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM DARl
KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA)"
adalah benar merupakan hasil karya saya sendiri. Semua sumber data dan informasi yang digunakan telah dinyatakan dengan jelas dan dapat diperiksa kebenarannya.
Bogor, April 2002
Siti lfadatin
KEMlRlPAN GENETIK ENAM POPULASI KELAPA DALAM
DARl KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN PENANDA
RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)
SIT1 IFADATIN
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada
Program Studi Biologi
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Judul Tesis : Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat Berdasarkan Penanda RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)
Nama Mahasiswa : Siti lfadatin
NRP : 98267
Program Studi : Biologi
Menyetujui,
1. Komisi Pembimbing
Dr. Ir. Alex Hartana. M ~ C Dr. Ir. Suharsono, DEA
Ketua Anggota
Mengetahui,
2. Ketua Program Studi Biologi
fl;7v5
Dr. Ir. Dedv Durvadi Solihin
Penulis dilahirkan di Keburnen, Jawa Tengah pada tanggal 27 Maret 1971
sebagai anak kedua dari tiga bersaudara, anak dari Bapak H. Muhammad Badri
dan lbu Surtinah.
Penulis rnenyelesaikan Sekolah Dasar tahun 1984, Sekolah Menengah Pertarna tahun 1987, dan Sekolah Menengah Atas tahun 1990 di Keburnen. Pada tahun 1998 penulis rnernperoleh gelar Sajana Sains dari Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Penulis diterirna sebagai calon staf pengajar di Universitas Tanjungpura, Pontianak pada tahun 1998 dan rnendapat kesernpatan untuk rnelanjutkan pendidikan Pascasarjana di lnstitut Pertanian Bogor pada Program Studi Biologi dengan biaya dari Proyek Pengembangan S1, Development Undergraduate
Education (DUE) Project. Pada tahun 2000 penulis diangkat sebagai staf
PRAKATA
Puji syukur ke hadirat Allah SWT atas rahmat dan hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis ini.
Terima kasih yang tulus penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Ir. Alex Hartana, MSc dan Bapak Dr. Ir. Suharsono, DEA atas segala bimbingan dan saran yang diberikan dari mulai penelitian hingga selesainya penulisan tesis ini.
Kepada Direktur Perguruan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional melalui Proyek Hibah Tim Penelitian Pascasarjana URGE No. 38lADD- llURGE11997 a.n. Dr. Ir. Alex Hartana, MSc dengan judul Molecular Genetic Analysis of Indonesian Coconut Germplasm for Crop Improvement in Breeding Program, penulis mengucapkan terima kasih atas dana penelitian yang
diberikan. Ucapan yang sama disampaikan kepada Proyek Pendidikan
Pascasarjana DUE 1111998 atas dana beasiswa yang diberikan.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada IPPTP Selakau, Bapak Oscar Roboth, Bapak Ali Mohtar, dan Bapak Pijar yang telah membantu dalam penyediaan sampel daun kelapa untuk penelitian ini. Ucapan yang sama penulis sampaikan kepada Direktur Pusat Studi llmu Hayati IPB atas kemudahan penggunaan fasilitas laboratorium.
Kepada Bapak Semuel, Pak Edy, Bu Dona, Pak Mar, Pak Ikhsan, Mbak Lenda, Mbak Wati, Hayati, lin, Hanum, Ninik, dan Bapak Sutiyo penulis ucapkan terima kasih atas bantuan dan kerjasama yang baik selama penelitian.
Terima kasih yang tulus penulis sampaikan kepada lbu, Bapak, Mas Arbani, adikku Anis dan Fenti, atas segala doa, kasih sayang, dan dukungan yang diberikan hingga penulis dapat menyelesaikan studi.
Akhirnya penulis berharap semoga tulisan ini dapat memberikan informasi yang bermanfaat.
DAFTAR IS1
Halaman
DAFTAR TABEL
...
viDAFTAR GAMBAR
...
viiDAFTAR LAMPIRAN
...
viiiPENDAHULUAN
...
1...
Latar Belakang. .
1Tujuan Penelit~an
...
3TINJAUAN PUSTAKA
...
4Botani dan Penyebaran Kelapa
...
4Plasma Nutfah Kelapa Indonesia
...
6Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
...
9
BAHAN DAN METODE
...
13Tempat dan Waktu Penelitian
. .
...
13Bahan Penelit~an ~~ ~
...
13lsolasi DNA Total Tanaman
...
13Random Amolified Polvmon~hic DNA (RAPD)
...
14Analisis Data
...
15HASlL DAN PEMBAHASAN
...
17Profil Pita RAPD
...
17Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat
...
20Analisis Pita RAPD yang Berperan dalam Pengelompokan Enam
...
Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat 26 KESIMPUIAN...
34DAFTAR PUSTAKA
...
35DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
1. Jenis primer, susunan basa, dan jumlah pita RAPD enam populasi
kelapa Dalam dari Kalimantan Barat hasil amplifikasi menggunakan 10 primer acak
...
182. Rata-rata kemiripan genetik di dalam dan antar populasi kelapa DSD,
DSR, DPL, DPM, DPB, dan DPT
...
203. Persen kehadiran pita RAPD pada 26 pita dengan nilai mutlak
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
1. Prinsip amplifikasi fragmen DNA pada mesin PCR
...
112. Profil pita RAPD hasil amplifikasi DNA kelapa populasi DSD. DSR. DPL, DPM, DPB, dan DPT menggunakan primer acak OPA-20
...
193. Sketsa peta lokasi asal pengambilan 6 populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau
...
214. Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat berdasarkan koefisien Dice
...
235. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DSD dan DSR
...
246. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPL dan DPM
...
257. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPB dan DPT
...
268. Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat berdasarkan 103 karakter pita RAPD
...
279. Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat berdasarkan karakter 26 pita RAPD
...
29DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Halaman
1. Jenis primer dan pita DNA hasil amplifikasi yang digunakan dalam
. .
menyeleksi primer ... 39
2. Matriks kemiripan genetik populasi kelapa DSD, DSR, DPL, DPM.
DPB, dan DPT
...
403. Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DSD dan DSR ... 41
4. Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DPL dan DPM
...
425. Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10
primer acak pada populasi kelapa DPB dan DPT
...
436.
Nilai komponen utama pita RAPD hasil amplifikasi menggunakan 10PENDAHULUAN
Latar belakang
Program perbaikan genetik tanarnan sangat bergantung pada sumber
keanekaragaman genetika. lndonesia merupakan salah satu pusat
keanekaragaman kelapa. Areal pertanaman kelapa di lndonesia meliputi lebih dari 3 juta ha. Kelapa di lndonesia tumbuh dan dibudidayakan di sepanjang kepulauan dari pinggir pantai sampai ke pedalaman dengan pedoklimat beragam.
Sebagai salah satu pusat keanekaragaman kelapa, lndonesia memiliki sejumlah kelapa lokal yang dapat dikembangkan untuk merakit kelapa unggul. Kelapa hibrida lokal diharapkan lebih toleran terhadap berbagai lingkungan tumbuh seperti tanah kering iklim basah, tanah kering iklirn kering, rawa pasang surut, dan tanah asam. Oleh karena itu program eksplorasi dan koleksi kelapa berpotensi yang tersebar di berbagai daerah di lndonesia sangat diperlukan.
Suwei plasma nutfah kelapa di lndonesia yang dilakukan oleh Balai Penelitian Kelapa dan Palma Lain (BALITKA) telah mengoleksi sebanyak 113 populasi kelapa tipe Genjah dan Dalam dari 11 provinsi. Kelapa hasil koleksi ini ditanam di lima Kebun Percobaan yaitu Kebun lnstalasi Penelitian (KIP) Mapanget, KIP Pakuwon, KIP Bone-bone, lnstalasi Penelitian dan Pengkajian Teknologi Pertanian (IPPTP) Makariki dan IPPTP Selakau (Novarianto, 1994). Tujuan utama dari koleksi kelapa selain sebagai upaya pelestarian plasma nutfah kelapa juga untuk mempelajari sifat dari setiap populasi kelapa yang selanjutnya dapat diseleksi berdasarkan sifat yang diinginkan untuk perakitan kelapa hibrida.
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat telah dikoleksi dan ditanam sejak
kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam lokal dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi nama sesuai dengan daerah asalnya yaitu Dalam Pelimpaan (DPL). Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Sungai Daun (DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan Dalam Sungai Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman (DPM) dan Dalam Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak. Kelapa Dalam yang dikoleksi ini rnempunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari populasi kelapa yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut dan relatif tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Akan tetapi hubungan genetik antar populasi kelapa yang dikoleksi ini belum pernah dievaluasi sehingga menjadi kendala dalam menunjang program pemuliaan kelapa.
lnformasi kemiripan genetik plasma nutfah tanaman memiliki fungsi penting dalam kegiatan seleksi. lnformasi hubungan genetik antar galur atau populasi membantu pemulia untuk menentukan tetua persilangan untuk mendapatkan kombinasi genetik yang baru. Penentuan hubungan genetika dari sumber plasma nutfah spesifik juga berguna untuk menentukan galur dan populasi yang dipertahankan untuk memaksimalkan keanekaragaman genetik
plasma nutfah (Thormann & Osborn 1992).
Koleksi dan konservasi plasma nutfah kelapa memerlukan biaya yang tidak sedikit, karena kelapa merupakan tanaman bertahunan yang perbanyakannya dengan biji, dan pemeliharaan koleksi kelapa memerlukan areal yang luas. lnformasi yang akurat dan cepat sangat diperlukan sehingga rneningkatkan efisiensi dalam seleksi untuk rnemaksimalkan keanekaragaman genetik plasma nutfah.
keunggulan dibandingkan dengan pengamatan terhadap karakter rnorfologi, sitologi dan biokimia. Penanda rnolekul DNA tidak dipengaruhi lingkungan dan stadia perturnbuhan tanarnan sehingga meningkatkan efisiensi dalam kegiatan seleksi terutama untuk tanaman bertahunan (Grattapaglia et al. 1992). Penggunaan penanda rnolekul DNA telah banyak dikembangkan pada tanarnan
kelapa diantaranya adalah RAPD (Ashburner et al. 1997), RFLP ( Lebrun et a/.
1998), dan rnikrosatelit (Rivera et al. 1999).
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah salah satu penanda DNA yang banyak digunakan untuk rnengkarakterisasi suatu populasi tanarnan. Teknik RAPD didasarkan pada arnplifikasi fragmen DNA secara in vitro yang rnelibatkan pengaturan ternperatur secara berulang menggunakan rnesin PCR (Polymerase Chain Reaction). Dibandingkan penanda DNA yang lain RAPD banyak dipilih karena alasan sebagai berikut : (1) tidak diperlukan pengetahuan latar belakang genom tanaman yang dianalisis; (2) hasil RAPD dapat diperoleh secara cepat dibandingkan dengan analisis rnolekul lain yang memerlukan banyak tahapan, dan (3) primer acak mudah diperoleh dan dapat digunakan untuk menganalisis genom semua jenis organisme (Tingey eta/. 1992).
Tujuan Penelitian
TINJAUAN PUSTAKA
Botani dan Penyebaran Kelapa
Tanaman kelapa (Cocos nucifera L.) adalah satu-satuhya spesies dari genus Cocos yang merupakan anggota dari subfarnili Cocoidae dan famili Aracaceae (Palmaceae). Kelapa merupakan tanaman diploid yang mempunyai jumlah kromosom 32 (2n=2x=32). Tanaman ini merupakan tanarnan bertahunan (perennial) yang bersifat rnonoecious yaitu memiliki bunga jantan dan betina pada tandan atau infloresensia yang sama (Santos et a/. 1992).
Penampilan kelapa yang ada sekarang merupakan perkembangan dari tipe liarnya setelah terjadi seleksi secara terus-menerus. Seleksi yang terjadi
secara alami atau oleh manusia menghasilkan kelapa dengan karakteristik :
pertumbuhan tahunan (50-100 tahun), produksi buah sedikit (50-100 butir per tahun), ukuran buah besar (1-2 kg), sabut tebal(> 70% berat basah), endosperm tebal(200-300 gram) dan perkecarnbahan lambat (>200 hari) (Hanies 1978).
Secara umum tanaman kelapa dibedakan atas dua tipe yaitu tipe Dalam (typica) dan tipe Genjah (nana). Penggolongan atas kedua tipe ini terutama didasarkan atas sifat munculnya pembungaan pertama, Cnggi tanaman, komponen buah dan tipe penyerbukan.
sehingga produksi kopra, minyak dan sabut umumnya berkualitas baik. Tipe kelapa ini lebih toleran pada berbagai jenis tanah dan kondisi iklim.
Pohon kelapa tipe Genjah (nana) berpenampilan pendek sekitar 8-10 meter saat berumur 20 tahun, dengan batang agak kecil dan tanpa bole.
Daunnya terbuka penuh dengan panjang S 4 meter. Mulai berbunga 3-4 tahun
setelah tanarn, tetapi pernbungaannya tidak teratur. Umumnya kelapa genjah menyerbuk sendiri, dengan waktu yang diperlukan dari penyerbukan sampai buah masak 11-12 bulan. Produksi buah sekitar 10-30 butir per tandan dengan ukuran buah kecil sehingga kualitas buah dan kopranya kurang baik. Produksi akan mulai menurun setelah tanaman berumur 25 tahun.
Tanaman kelapa mempunyai dua tingkat keanekaragaman. Pertama adalah keanekaragaman antar populasi yang terjadi secara alamiah atau oleh
seleksi manusia. Kedua adalah keanekaragaman yang merupakan hasil
penyerbukan silang (Foale 1992). Keanekaragaman genetik antar populasi yang te Qadi secara alamiah dapat disebabkan oleh terpisahnya sejumlah kecil individu kelapa dari induknya (founder effecfs) yang kemudian berkembang menjadi populasi baru. Pada populasi baru tersebut terjadi pertukaran material genetika akibat adanya penyerbukan silang antar individu tanaman sehingga menghasilkan keanekaragaman di dalam populasi tersebut (Ashburner et a/. 1997).
kelapa bergerak dari Asia Tenggara menuju Pasifik dan Pantai Barat Amerika (Lebrun et al. 1998).
Luasnya penyebaran tanaman kelapa membuat tidak jelasnya asal dari tanaman kelapa. Penyebaran kelapa dapat terjadi oleh terbawanya buah kelapa
oleh air laut dan penyebarluasan oleh manusia. Penemuan fosil Cocos
zeylandica di Selandia Baru, Cocos sahnii, Palmoxylon sundaran dan Palmoxylon partharassathyi di India masih belum memberikan bukti yang jelas tentang asal tanaman kelapa (Harries 1978).
Asia Tenggara yang mewpakan bagian dari lndo-Malaya merupakan salah satu wilayah yang diduga sebagai asal tanaman kelapa, karena fakta menunjukkan bahwa pada wilayah ini mempunyai keanekaragaman kelapa yang tinggi, mempunyai lingkungan tumbuh yang sesuai untuk tanaman kelapa, adanya hewan pemakan buah kelapa (Birgus latro), dan banyaknya nama lokal
untuk tanaman kelapa (Menon & Pandalai 1960).
Plasma Nutfah Kelapa Indonesia
Plasma nutfah adalah substansi yang terdapat pada setiap kelompok makhluk hidup dan merupakan sumber sifat keturunan yang dapat dimanfaatkan untuk merakit jenis atau varietas baru. Bentuk plasma nutfah dapat berupa sel atau jaringan tanaman, tepung sari, biji, mata tempel, stek batang, dan dalam bentuk tanaman.
belum baik, umur kelapa yang dapat mencapai 100 tahun sehingga pelestarian kurang diperhatikan, dan ahli pemuliaan kelapa masih sedikit (Novarianto, 1989).
Pelestarian plasma nutfah dapat dilakukan secara ex-situ dan in-situ. Pelestarian secara ex-situ dilakukan dengan cara memindahkan individu tanaman dari tempat asalnya untuk ditanam dan dipelihara di tempat lain. Pelestarian secara in-situ dilakukan dengan memelihara individu atau populasi tanaman di habitat aslinya.
lndonesia sebagai salah satu pusat keanekaragaman kelapa memiliki potensi kelapa lokal yang dapat dikembangkan untuk merakit kelapa unggul. Kelapa hibrida lokal diharapkan lebih toleran terhadap berbagai lingkungan tumbuh. Oleh karena itu pelestarian plasma nutfah tanaman kelapa yang tersebar di berbagai daerah di lndonesia perlu dilakukan.
Pelestarian plasma nutfah kelapa di lndonesia telah dilakukan baik secara
ex-situ maupun in-situ. Pelestarian secara ex-situ mulai dilakukan untuk
menunjang program pemuliaan tanaman kelapa. S u ~ e i plasma nutfah kelapa di
lndonesia yang dilakukan oleh Balai Penelitian Kelapa dan Palma Lain (BALITKA) telah mengoleksi sebanyak 113 populasi kelapa tipe Genjah dan
Dalam dari 11 provinsi. Kelapa hasil koleksi ini ditanam di lima Kebun
Jombang sehingga upaya ini diharapkan dapat mendukung usaha pelestarian
plasma nutfah kelapa secara in situ (Hayati et al. 2000).
Evaluasi terhadap beberapa populasi tanaman kelapa hasil koleksi telah
dilakukan berdasarkan karakter morfologi-agronomi (Randriani & Wardiana 1994;
Novarianto et a/. 1999), pola pita isozim (Novarianto et a/. 1993) dan analisis
RAPD (Lengkong et al. 1998; Hayati et a/. 2000; Matondang et al. 2001).
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat mulai dieksplorasi untuk dikoleksi pada tahun 1991. Koleksi ditanam di IPPTP Selakau yang terletak di Kabupaten Sambas. IPPTP Selakau mulai didirikan tahun 1983 dengan luas kebun 49,3 ha yang merupakan lahan pasang surut. Populasi kelapa yang dikoleksi meliputi 7
populasi kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam
lokal dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi nama sesuai dengan daerah asalnya yaitu Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Sungai Daun (DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan Dalam Sungai Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman (DPM) dan Dalam Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak. Kelapa Dalam yang dikoleksi ini mernpunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari populasi kelapa yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut dan relatif tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Evaluasi terhadap populasi tanaman kelapa hasil koleksi belum pemah dilakukan karena umur tanaman yang masih muda sehingga belum berproduksi.
Jombang sehingga upaya ini diharapkan dapat mendukung usaha pelestarian
plasma nutfah kelapa secara in situ (Hayati et a/. 2000).
Evaluasi terhadap beberapa populasi tanaman kelapa hasil koleksi telah
dilakukan berdasarkan karakter morfologi-agronomi (Randriani & Wardiana 1994;
Novarianto et a/. 1999), pola pita isozim (Novarianto et a/. 1993) dan analisis RAPD (Lengkong eta/. 1998; Hayati et a/. 2000; Matondang eta/. 2001).
Kelapa lokal asal Kalimantan Barat mulai dieksplorasi untuk dikoleksi pada tahun 1991. Koleksi ditanam di IPPTP Selakau yang terletak di Kabupaten Sambas. IPPTP Selakau mulai didirikan tahun 1983 dengan luas kebun 49,3 ha
yang merupakan lahan pasang surut. Populasi kelapa yang dikoleksi meliputi 7
populasi kelapa Dalam dan 1 populasi kelapa Genjah. Populasi kelapa Dalam lokal dikoleksi dari tiga kabupaten yang diberi narna sesuai dengan daerah asalnya yaitu Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Sungai Daun (DSD) dari Kabupaten Sambas; Dalam Sungai Rasau (DSR) dan Dalam Sungai Jaga (DSJ) dari Kabupaten Bengkayang; Dalam Peniraman (DPM) dan Dalam Peniti (DPT) dari Kabupaten Pontianak. Kelapa Dalam yang dikoleksi ini mempunyai potensi untuk dikembangkan karena diseleksi dari populasi kelapa yang berproduksi tinggi, dapat beradaptasi di lahan pasang surut dan relatif tahan terhadap penyakit Phytophtora palmivora. Evaluasi terhadap populasi tanaman kelapa hasil koleksi belurn pernah dilakukan karena umur tanaman yang masih muda sehingga belum berproduksi.
dihasilkan dari persilangan antara kelapa tipe Genjah X Genjah, Genjah X
Dalam, dan Dalam X Dalam. Indonesia telah menghasilkan kelapa hibrida
diantaranya adalah KHINA-1 (hasil silangan kelapa Genjah Kuning Nias dengan kelapa Dalam Tenga), KHINA-2 (hasil silangan kelapa Genjah Kuning Nias dengan kelapa dalam Bali), dan KHINA-3 (hasil silangan kelapa Genjah kuning Nias dengan kelapa Dalam Palu).
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Analisis kemiripan genetik pada tanaman dapat dilakukan dengan pengamatan karakter rnorfologi-agronomi, biokimia dan penggunaan penanda
seperti penanda protein maupun DNA. Penggunaan karakter morfologi-
agronomi, merupakan metode yang banyak dilakukan karena kemudahan untuk mengamati karakter tersebut secara langsung. Akan tetapi penggunaan metode ini merniliki kelemahan terutama oleh adanya pengaruh faktor lingkungan dan stadia pertumbuhan tanaman. Sedangkan penggunaan penanda molekul DNA tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan stadia pertumbuhan tanaman dan dapat memberikan polimorfisrne lebih tinggi dibandingkan dengan penanda protein.
Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain teknik RAPD banyak
dipilih karena alasan sebagai berikut : (1) tidak memerlukan pengetahuan latar
belakang genom tanaman yang dianalisis; (2) hasil RAPD dapat diperoleh secara cepat dibandingkan dengan analisis DNA lainnya yang memerlukan banyak
tahapan, dan (3) primer acak mudah diperoleh dan dapat digunakan untuk
menganalisis genom semua jenis organisme.
Fragment Length Polymorphism (RFLP) atau dengan mengamplifikasi fragmen DNA pada mesin PCR pada teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) (Weising et al. 1995).
Teknik RAPD mulai dikembangkan terutama sejak ditemukannya polimerase DNA yang resisten pada suhu tinggi dan automatisasi peralatan rnesin PCR. Penggunaan mesin PCR meningkat dengan pesat setelah ditemukan teknik pelipatgandaan bagian dari genom pada beberapa lokus yang berbeda dengan primer acak. Teknik tersebut dikembangkan secara terpisah tetapi harnpir bersamaan oleh William dkk serta Welsh dan Mc Clelland pada tahun 1990.
Teknik RAPD mendeteksi polimorfisme urutan nukleotida dari fragmen DNA hasil amplifikasi PCR dengan menggunakan satu primer tunggal. Dalam
reaksi ini satu jenis primer akan berikatan dengan pasangan sekuen
komplemennya di dua tempat yang berbeda pada dua utas yang berlawanan di DNA genorn yang sebelumnya telah terdenaturasi. Jika penempelan primer yang satu dengan yang lain berada pada jarak yang dapat diarnplifikasi maka
penggandaan fragmen DNA secara in-vitro dapat diperoleh (Gambar 1).
Amplifikasi sekuen DNA genom pada mesin PCR melibatkan pengaturan temperatur yang terjadi secara berulang. Reaksi terdiri dari denaturasi DNA menjadi utas tunggal (temperatur 94"C), penempelan primer (annealing) pada sekuen DNA genom (temperatur 25%65"C), dan pemanjangan primer
(elongation) pada temperatur 72OC. Pengulangan siklus 25-50 kali akan
meningkatkan jumlah fragmen DNA yang diarnplifikasi secara eksponensial (Weising et al. 1995).
Fragmen DNA yang diampl~fikasi
C
DNA cetakan 5
(utas ganda) 3
1
Siklus 1Denaturasi DNA 5
&
Penernpelan primer 3
5
Pemanjangan .
-
primer 5'
... 3' 3
4
Siklus 25
Denaturasi DNA 5'
& 3' -:::::::i:i:i:j:j:j:j:j:::::j:i:i:j:i:i:f:::::i:i:i:i:i:i: 5'
Penernpelan primer
Pernanjangan
Siklus 3
Pita RAPD dapat diidentifikasi berdasarkan ukurannya, biasanya ukuran pita RAPD berkisar antara 200-2000 pasang basa (pb), kadang-kadang mencapai 5000 pb (Grattapaglia et a/. 1992; Tingey et a/. 1992). Jumlah fragmen DNA yang dihasilkan bergantung pada kekompleksan genom yang didefinisikan sebagai total panjang dari fragmen tidak berulang pada genom tersebut. Makin kompleks suatu genom akan makin kompleks pita RAPD yang dihasilkan (Grattapaglia et a/. 1992).
Keberhasilan amplifikasi DNA genom pada teknik RAPD bergantung pada kemampuan polimerase DNA mengamplifikasi DNA cetakan, dNTP, suhu yang sesuai, kemurnian dan banyaknya DNA cetakan, konsentrasi MgCI2, dan konsentrasi enzim Taq polimerase DNA. Oleh karena itu perlu dioptimalkan untuk menentukan kombinasi yang tepat dari faktor-faktor yang mempengaruhi disamping standar pengerjaan yang baik. Analisis RAPD pada tanaman kelapa telah dioptimalkan dan keberhasilan RAPD bergantung pada konsentrasi DNA cetakan dan MgCI2. Konsentrasi Taq polimerase DNA tidak berpengaruh terhadap pola pita hasil amplifikasi dan hanya berpengaruh pada ketajaman pita DNA. Konsentrasi Taq polimerase DNA yang tinggi rnemberikan intensitas pita DNA yang lebih tajam dibandingkan hasil amplifikasi dengan konsentrasi enzim
Taq polimerase DNA yang lebih rendah (Lengkong et a/. 2001).
Penggunaan teknik RPAD untuk menganalisis keanekaragaman genetik
tanaman telah banyak diterapkan diantaranya pada tanarnan kentang (Paz &
BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Tumbuhan Pusat Studi llmu Hayati lnstitut Pertanian Bogor yang berlangsung dari bulan April 2000 sampai Agustus 2001.
Bahan Penelitian
Bahan tanaman yang digunakan adalah daun muda kelapa populasi Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR). Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam Parit Baru (DPB), Dalam Peniti (DPT) koleksi Kebun IPPTP Selakau. Masing-masing populasi dipilih 10 pohon secara acak sehingga total pohon yang dianalisis adalah 60 pohon.
lsolasi DNA Total Tanaman
lsolasi DNA total tanaman dilakukan mengikuti prosedur isolasi DNA
tanaman kelapa dari Rohde et el. (1995) yang telah dimodifikasi. Sebanyak 1,5
gram daun kelapa yang masih muda digerus bersama dengan pasir kuarsa dan
larutan penyangga lisis (100 mM Tris-HCI pH 8; 2% (m/v) CTAB; 1,4 M NaCI; 20
balik hingga terbentuk benang-benang DNA. DNA yang terbentuk diendapkan dengan sentrifugasi pada suhu ruang dengan kecepatan 4000 rpm selama 15 menit. Supernatan dibuang dan endapan DNA dikeringkan pada suhu 37OC. Setelah kering, ditambahkan 500 yl TE (10 mM Tris-HCI pH 7,4 dan 1 rnM EDTA pH 8) dan 10 rnglml RNAse untuk mendegradasi RNA, diinkubasi selama 1 jam. Setelah DNA melarut ditambahkan lagi 500 p1 TE dan 1000 pI fenol, dibolak-balik pelan hingga homogen. Larutan disentrifugasi dengan kecepatan 4000 rpm selama 10 menit sehingga terbentuk dua fase cair. Fase cair bagian atas dipindahkan ke tabung eppendorf baru kemudian ditambahkan 0 , l volume sodium asetat dan 0,8 volume isopropanol, dibolak-balik hingga terbentuk benang-benang DNA. Benang-benang DNA yang terbentuk diendapkan dengan sentrifugasi pada kecepatan 4000 rprn selama 15 menit kemudian endapan
dikeringkan pada suhu 37OC. Endapan DNA yang telah dikeringkan dibersihkan
dengan etanol70% kemudian dilarutkan dalam larutan TE.
Pengujian kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menurut Sarnbrook et a/.
(1989). Kemurnian DNA ditetapkan berdasarkan nilai absorbansi Azsonso
menggunakan UV-VIS spectrophotometer (Shimadzu, UV-1201). DNA yang digunakan untuk analisis RAPD adalah yang memiliki nilai absorbansi
A2~o~s~=1,7-2,0. Konsentrasi DNA ditetapkan dari nilai absorbansi A z 6 ~ . Nilai
absorbansi AzeO=l setara dengan konsentrasi DNA 50 pglrnl. Untuk analisis
RAPD dibuat DNA cetakan dengan melarutkan DNA dalam akuabides sehingga diperoleh konsentrasi DNA 10 nglpl. Untuk melihat kualitas fragmen DNA cetakan dilakukan elektroforesis pada gel agarose.
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
dari masing-masing 1 pohon yang dipilih untuk mewakili populasinya. Primer yang menghasilkan pita lebih dari dua dan polimorfik dipilih untuk mengarnplifikasi seluruh sampel pohon yang dianalisis.
Amplifikasi DNA tanaman kelapa dilakukan mengikuti prosedur dari
Lengkong et a/. (2001). Komposisi reaksi PCR terdiri dari 1X larutan penyangga
(50 mM KCI, 10 mM Tris-HCI pH 9, 0,01% Triton X-loo), 2,5 mM MgCI2, 200 pM dNTP, 0,4 pM primer, 1 unit Taq polimerase DNA dan 50 ng DNA genom dengan
volume final reaksi adalah 40 PI. Amplifikasi DNA menggunakan mesin PCR
(GeneAmp PCR System 2400 Perkin Elmer) dilakukan sebanyak 38 siklus setelah pra PCR selama 5 menit 94OC. Setiap siklus terdiri dari : 1 menit 94OC
untuk denaturasi, 1 menit 37OC untuk penempelan primer. 2 menit 72% untuk
pemanjangan fragmen DNA. Reaksi diakhiri dengan pasca PCR selama 5 menit
72OC.
Fragmen DNA hasil amplifikasi dielektroforesis bersama DNA standar 1
kb
DNA ladder (Promega) pada gel agarose 0,8% dalam larutan penyangga TAE1X (2 mM Tris standar, 0,017 M asam asetat glasial, 0,5 M EDTA pH 8).
Elektroforesis dilakukan selama 150 menit pada tegangan 70 volt, suhu ruang. Setelah pewarnaan dengan 0,5 pglml etidium bromida selarna 25 menit, gel direndam dalam akuades selama 15-20 menit. Pengamatan pita hasil amplifikasi dilakukan menggunakan alat dokumentasi gel, dicetak pada kertas dokumentasi gel dan direkam dalam disket.
Analisis Data
nilai satu ( I ) jika ada pita dan no1 (0) jika tidak ada pita. Data biner selanjutnya diturunkan menjadi matriks kemiripan genetika menggunakan rumus koefisien Dice (Nei & Li 1979) sebagai berikut :
Fab adalah koefisien kemiripan antara a dan b, a dan b adalah individu yang dibandingkan, nab adalah jumlah pita DNA yang sarna posisinya pada individu a dan b, na dan nb adalah jumlah pita pada masing-masing individu a dan b.
Analisis pengelompokan dan pembuatan fenogram dilakukan
menggunakan metode Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic (UPGMA)
melalui program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System
(NTSYS-pc) versi 1,8 (Rohlf 1993).
HASlL DAN PEMBAHASAN
Profil Pita RAPD
lsolasi DNA yang dilakukan terhadap daun muda dari 60 pohon kelapa yang berasal dari 6 populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat menghasilkan DNA dengan kemurnian antara 1,7-2,O. Kemurnian DNA yang digunakan untuk amplifikasi merupakan faktor yang harus diperhatikan karena akan berpengaruh terhadap hasil amplifikasi. Adanya kontaminasi senyawa lain seperti senyawa fenolik, polisakarida dan protein pada DNA cetakan menyebabkan pita DNA hasil amplifikasi menjadi redup dan tidak jelas (Weeden et a/. 1992)
Seleksi primer dilakukan dengan rnengarnplifikasi DNA kelapa yang diwakili oleh 1 pohon untuk setiap populasi. Dari 27 primer yang diseleksi dihasilkan 10 primer yang dapat menghasilkan pita RAPD lebih dari 2 dan polimorfik (Tabel 1). Tujuh primer menghasilkan pita yang monomorfik sedangkan 10 primer yang lain tidak menghasilkan pita yang berarti primer tersebut tidak memiliki homologi dengan sekuen DNA genom tanaman kelapa (Lampiran 1). Kesepuluh primer terseleksi selanjutnya digunakan untuk mengamplifikasi DNA setiap individu pohon kelapa dari populasi kelapa Dalam Sungai Daun (DSD), Dalam Sungai Rasau (DSR), Dalam Pelimpaan (DPL), Dalam Peniraman (DPM), Dalam Parit Baru (DPB), dan Dalam Peniti (DPT).
Amplifikasi DNA menggunakan 10 primer acak terhadap 60 individu kelapa dari 6 populasi tersebut menghasilkan 103 pita dan 84 pita (81%)
diantaranya merupakan pita polimorfik (Tabel 1). Banyaknya pita hasil
(Gambar 2) menghasilkan pita dengan persentase polimorfisme paling besar (91,6%) sedangkan primer OPA-15 menghasilkan pita dengan persentase polimorfisme paling kecil (60%). Primer OPC-11 menghasilkan pita paling banyak yaitu 15 pita dengan jumlah pita polimorfik 12 pita (80%). Pita RAPD yang dihasilkan berukuran antara 350-3500 pasang basa (pb). Ukuran pita ini masih berada dalam kisaran ukuran basa yang dapat diamplifikasi pada umumnya genom tanaman yaitu antara 200 pb sampai 5000 pb (Grattapaglia et
a/. 1992).
Tabel 1. Jenis primer, susunan basa, dan jumlah pita RAPD enam populasi
kelapa Dalam dari Kalimantan Barat hasil amplifikasi menggunakan 10 primer acak
Pita RAPD terbentuk dari pemanjangan primer yang menempel pada DNA cetakan yang tejadi secara berulang. Setiap pasang primer biasanya dapat menghasilkan beberapa fragmen DNA secara serentak pada daerah genom berbeda sehingga teramati beberapa pita dengan ukuran berbeda. Jumlah dan ukuran pita RAPD bergantung pada sebaran situs penempelan primer pada DNA genom sehingga menggambarkan kekompleksan genom
tanaman yang diamati (Grattapaglia et el. 1992). Kemiripan antar individu
DSD DSR
DPL DPM
DPB DPT
[image:32.475.29.439.37.592.2]I
Gambar 2. Profil pita RAPD hasil amplikasi DNA populasi kelapa DSD, DSR,
Kemiripan Genetik Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat Enarn populasi kelapa Dalarn dari Kalimantan Barat rnerupakan hasil seleksi populasi kelapa yang berproduksi tinggi. Enam populasi tanarnan kelapa hasil seleksi rnulai dikoleksi dan ditanarn di IPPTP Selakau sejak tahun 1991. Penarnpilan secara rnorfologi koleksi tanarnan kelapa yang berurnur relatif rnuda ini mirip sehingga sulit dibedakan antar populasi tersebut. Analisis hubungan genetik antar populasi tanaman kelapa menggunakan penanda pada taraf rnolekul DNA dapat mernberikan inforrnasi secara lebih rinci sehingga genotipe antar individu tanaman kelapa dapat dibedakan.
Dari 6 populasi kelapa Dalarn yang dianalisis, rata-rata kerniripan genetik
di dalarn populasi berkisar antara 84-88% (Tabel 2). Populasi kelapa DPM
merniliki rata-rata kerniripan genetik paling tinggi (88%) sedangkan populasi
kelapa DSR rnemiliki rata-rata kemiripan genetik paling rendah (84%). Rata-
rata kemiripan genetik di dalarn populasi ini lebih tinggi dibandingkan dengan
rata-rata kerniripan genetik antar populasi yang berkisar antara 73-84%, diduga
karena beberapa pohon dalam satu populasi yang dikoleksi berasal dari pohon induk yang sarna.
Tabel 2. Rata-rata kerniripan genetik di dalarn dan antar populasi kelapa
DSD, DSR, DPL, DPM, DPB, dan DPT
Populasi knlapa Dalam Pelirnpaan (DPL), Dalarn Parit Baru (DPB), dan Dalarn Sungai Daun (DSD) berasal dari Kabupaten Sambas, populasi kelapa Dalarn Sungai Rasau (DSR) berasal dari Kabupaten Bengkayang, dan populasi kelapa Dalarn Penirarnan (DPM) dan Dalam Peniti (DPT) berasal dari Kabupaten Pontianak. Rata-rata kerniripan genetik antar populasi yang berasal dari daerah asal yang berdekatan tidak selalu lebih tinggi dibandingkan dengan antar populasi dari daerah asal yang berjauhan. Populasi kelapa DPB dengan DSD yang berasal dari daerah yang berdekatan memiliki rata-rata kerniripan genetik
75%,
tidak lebih tinggi dibandingkan rata-rata kerniripan genetik antara populasi DPL dan DPM (84%) atau antara populasi DPB dan DPT (83%) yang letaknya lebih berjauhan.Garnbar 3. Sketsa peta lokasi asal pengambilan 6 populasi kelapa Dalarn dari
Kalirnantan Barat yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau
Hubungan genetik antar individu dari 6 populasi kelapa Dalam dapat
dilihat dari rnatriks kerniripan genetik (Larnpiran 2). Berdasarkan matriks
bentuk tamp~lan ienogram. Hasil anaiisis pengelompokan terhadap 6 populasi
kelapa Dalam memperlihatkan bahwa 6 populasi kelapa Dalam menjadi 1
kelompok pada tingkat kemiripan 77% (Gambar 4). Kemiripan genetik enam
populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat ini lebih rendah dibandingkan dengan hasil analisis RAPD terhadap lima populasi kelapa Dalam dari Jawa yang mempunyai kemiripan genetik sekitar 90% (Sumarsono, 2000). Pada kemiripan 80% 6 populasi kelapa Dalam terbagi ke dalam 3 kelompok populasi yaitu populasi DSD dan DSR, dan populasi DPL dan DPM, populasi DPB dan DPT.
Populasi kelapa DSD dan DSR menjadi satu kelompok pada kemiripan
genetik 80% (Gambar 4). Pada kelompok ini antara populasi DSD dan DSR
tidak secara tegas terpisah ke dalam populasinya masing-masing walaupun terdapat kecenderungan beberapa individu dari satu populasi mengelompok. Mengelompoknya populasi DSD dengan DSR dimungkinkan karena jarak geografi tempat asalnya yang berdekatan sehingga kemungkinan untuk penyebaran beberapa tanaman dari dua populasi pada dua lokasi tersebut menjadi lebih mudah dibandingkan pada dua lokasi yang berjauhan. Penyebaran tanaman kelapa ini terutama dilakukan oleh manusia yang membawa benih tanaman kelapa untuk ditanam di tempat lain.
Berdasarkan hasil analisis komponen utama terhadap populasi DSD dan DSR dihasilkan dua komponen utama (KU) yang memiliki akar ciri (eigenvalue)
lebih dari satu (Lampiran 3). Berdasarkan nilai KU1 dan KU2 dibuat diagram
pencar yang memetakan individu-individu populasi kelapa DSD dan DSR. Sejalan dengan hasil analisis pengelompokan dalam bentuk fenogram, dari diagram pencar juga dapat dilihat bahwa individu-individu dari kedua populasi
L -, ,.,"
DPMB
I DPM1
0.72 0.78 0.04 0.90 0.96
DSDl DSRZ
DPMS DPM7
-
DPTZ DPT3 DPT4 DPT5 DPB6 DPT6 DPT7 DPTlO DPTB DPT9
Gambar4. Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat berdasarkan koefisien Dice
DSR3
C
DSDZ-
-
DSD4 DSD6 DSD3 DSD9 DSD10
I
DSDBDSR7 DSR4 DSRB DSR9
-
80%
j
I
DSDSA
DSD7
-
i
I
DSRlDSR10 DSRS DSR6 DPLl
79%
;
83%
[image:36.553.69.481.78.672.2]Komponen l
Gambar 5. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DSD dan DSR.
Populasi kelapa DPL dan DPM menjadi satu kelompok pada tingkat
kemiripan 83% (Gambar 4). Kedua populasi mengelompok ke dalam
populasinya masing-masing kecuali individu kelapa DPMIO. Kelapa Dalam populasi DPL dari Kabupaten Sambas terletak pada jarak yang cukup berjauhan dengan populasi DPM yang berasal dari Kabupaten Pontianak (Gambar 3). Hasil ini mengindikasikan bahwa populasi DPL dan DPM kemungkinan berasal dari populasi yang sama. Beberapa individu dari populasi tersebut kemudian terpisah dan berkembang membentuk populasi baru di tempat lain.
Dari hasil analisis komponen utama terhadap populasi DPL dan DPM
diperoleh dua nilai komponen utama (KU) yang memiliki akar ciri (eigenvalue)
lebih dari satu (Lampiran 4). Dari dua nilai KU tersebut dibuat diagram pencar
[image:37.559.82.481.103.294.2]Komponen l
F/
DPMGambar 6. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPL dan DPM.
Kelompok populasi DPB dan DPT mernbentuk satu kelompok pada
kemiripan genetik 82% (Gambar 4). Pada kemiripan genetik 85% kelompok ini
terbagi menjadi tiga kelompok kecil dan cenderung mengelompokkan individu- individu ke dalam populasinya masing-masing. Kelompok pertama terdiri dari individu-individu populasi DPB kecuali DPB6, kelompok kedua dan ketiga terdiri
dari individu-individu populasi DPT. Kelompok pertama (populasi DPB)
bergabung dengan kelompok kedua (sebagian individu DPT) pada kemiripan genetik 83% dan kemudian bergabung dengan kelompok ketiga yang terdiri dari individu-individu DPT7, DPT8, DPT9, dan DPT10 pada kemiripan genetik 82%.
[image:38.559.73.496.130.334.2]menunjukkan pengelompokan kedua populasi ke dalam tiga kelompok yang serupa dengan hasil analisis pengelompokan dalam tampilan fenogram (Gambar
4).
[image:39.559.87.491.163.364.2]Komponen I
Gambar 7. Diagram pencar dua dimensi populasi kelapa DPB dan DPT.
Populasi kelapa DPB berasal dari Kabupaten Sambas yang letaknya cukup berjauhan dengan populasi kelapa DPT yang berasal dari Kabupaten Pontianak. Mengelompoknya kedua populasi ini seperti yang terjadi pada populasi DPL dan DPT diduga karena kedua populasi ini berasal dari populasi yang sama yang kemudian terpisah dan berkembang menjadi populasi baru di tempat yang lain.
Analisis Pita RAPD yang Berperan dalam Pengelompokan Enam Populasi Kelapa Dalam dari Kalimantan Barat
sehingga kedua KU tersebut menerangkan keragaman data asal sebesar 28%. Kecilnya keragaman yang dapat diterangkan oleh kedua KU tersebut sejalan dengan hasil analisis pengelompokan pada enam populasi kelapa Dalam yang memiliki tingkat kemiripan 77% atau ketidakmiripan sebesar 23%.
Berdasarkan nilai KU1 dan KU2 dibuat diagram pencar untuk memetakan individu-individu pohon kelapa dari enam populasi tersebut (Gambar 9). Keenam populasi membentuk tiga kelompok yaitu kelompok populasi DSD dan DSR, populasi DPL dan DPM, dan populasi DPB dan DPT. Hasil analisis ini sejalan dengan analisis pengelompokan yang ditampilkan dalam bentuk fenogram yang
menghasilkan tiga kelompok populasi (Gambar 4).
Gambar 8. Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat berdasarkan 103 karakter pita RAPD
Dari hasil analisis komponen utama terhadap 103 pita RAPD dapat diidentifikasi 26 pita yang mempunyai nilai mutlak komponen utama terbesar (Tabel 3). Penentuan ke-26 pita ini diperoleh dari proporsi keragaman masing-
masing KU. KU1 memiliki proporsi keragaman sebesar 19%, kemudian dipilih
[image:40.559.75.486.267.819.2]Demikian juga untuk KU2 yang memiliki proporsi keragaman sebesar 9%,
sehingga 9% nilai terbesar dari 103 karakter pita RAPD didapatkan 9 pita.
Adanya 2 pita yang dapat sama-sama diterangkan oleh KU1 maupun KU2
menyebabkan total pita yang dipilih menjadi sebanyak 26 pita bukan 28 pita.
Tabel 3. Persen kehadiran pita RAPD pada 26 pita dengan nilai mutlak
komponen utama terbesar
Berdasarkan karakter 26 pita RAPD ini dibuat diagram pencar untuk
memetakan individu-individu pohon kelapa dari enam populasi kelapa Dalam
tersebut (Gambar 9). Diagram pencar yang diperoleh menunjukkan pola
103 nilai komponen utama. Keenam populasi terbagi dalam 3 kelompok yaitu kelompok DSD-DSR, kelompok DPL-DPM, dan kelompok DPB-DPT sehingga mengindikasikan bahwa 26 pita dengan nilai komponen utama terbesar tersebut merupakan pita yang paling berperan terhadap pengelompokan keenam populasi kelapa Dalam yang dianalisis.
0 DSD
+DSR ODPL mDPM
*
DPB qDPT1
-
6441
-
-
8C
(U
C
*
7* 7 4 0 [image:42.564.75.490.155.814.2]8 .9 O4
Gambar 10. Diagram pencar dua dimensi enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan karakter 26 pita RAPD
9
-2
-
Sepuluh primer acak menghasilkan dua puluh enam pita yang paling
25"
:
.7 1..4
:
'la 4 5 .LOberperan terhadap pengelompokan enam populasi kelapa Dalam. Dari 26 pita
I I I I I I
. I 0 1 2 3
.
Kornponen I I
yang paling berperan tersebut terdapat 5 pita yang dijumpai pada semua
DSR. Pita OPA-10#2 dijumpai pada beberapa individu populasi DPL dan DPM sedangkan pita OPA-13#10 hanya dijumpai pada beberapa individu populasi DPB dan DPT.
Dari 26 pita yang paling berperan tidak didapatkan pita yang hanya terdapat pada satu populasi tertentu dan tidak pada populasi lainnya sehingga dapat menjadi penanda bagi populasi tersebut. Akan tetapi terdapat satu pita yaitu pita OPC-05#9 yang terdapat hanya pada populasi DSD dan DSR saja dan tidak pada populasi yang lain sehingga kemungkinan dapat digunakan sebagai penanda bagi kedua populasi tersebut.
Berdasarkan analisis pengelompokan dapat dilihat bahwa populasi DSD dan DSR menjadi satu kelompok populasi dan kedua populasi tidak secara tegas terpisah ke dalam populasinya masing-masing. Adanya pita RAPD yang terdapat hanya pada kedua populasi tersebut menunjukkan kedekatan hubungan genetik antar kedua populasi sehingga diduga kedua populasi tersebut berasal dari populasi yang sama. Sedangkan pada dua kelompok populasi yang lain (kelompok DPL dan DPM, dan kelompok DPB dan DPT) tidak dijumpai pita RAPD yang dapat menjadi pembeda bagi kelompok populasi yang lain. Kedua kelompok populasi ini walaupun menjadi satu kelompok populasi masih terlihat kecenderungan individu tanaman mengelompok ke dalam populasinya.
Populasi kelompok DSD dan DSR mempunyai hubungan genetik yang lebih dekat dengan populasi kelompok DPL dan DPM yang dapat ditunjukkan oleh pita OPA-4#2, OPA-10#5, OPC-20#1, dan OPC-20#3 yang terdapat dalam persentase relatif lebih besar pada populasi DSD, DSR, DPL, dan DPM dibandingkan pada populasi DPB dan DPT. Hasil analisis ini sejalan dengan
hasil analisis pengelompokan yang dapat dilihat pada fenogram (Gambar 4).
populasi kelapa tersebut. Pita OPC-05#2 terdapat di beberapa individu kelornpok populasi DSD dan DSR, dijumpai pula pada beberapa individu populasi DPM. Populasi DPM berasal dari daerah yang berdekatan dengan populasi DSR. Demikian juga dengan pita OPC-05#8 yang terdapat pada beberapa populasi DSD dan DSR, dijumpai pula pada populasi DPM dan DPT. Dari hasil analisis ini dapat dilihat bahwa walaupun secara keseluruhan enam populasi mengelompok menjadi tiga kelompok populasi tetapi rnasih dijumpai beberapa individu dari satu populasi masuk ke dalam populasi yang lain.
Dari hasil analisis pengelornpokan yang dibuat berdasarkan 26 pita yang paling berperan menunjukkan bahwa keenam populasi kelapa Dalam mernbentuk tiga kelompok yang serupa dengan pengelompokan berdasarkan 103 pita RAPD (Gambar 4 dan Gambar 10). Kelompok populasi DSD dan DSR membentuk satu kelornpok pada tingkat kemiripan 62%. Kelompok DPL dan DPM mengelornpok pada kemiripan genetik 67% sedangkan kelompok DPB dan
DPT mengelompok pada kemiripan genetik 47%. Keenam populasi kelapa
Dalam rnenjadi satu kelompok pada tingkat kemiripan 37%. Tingkat kemiripan rnenjadi lebih rendah karena hanya dibuat berdasarkan 26 pita yang dipilih sehingga tidak secara lengkap menggambarkan kemiripan antar individu tanaman yang dianalisis. Dari analisis ini juga menunjukkan bahwa walaupun rnembentuk tiga kelompok yang serupa tetapi beberapa individu tidak membentuk kelompok yang sama dibandingkan dengan hasil analisis pengelornpokan berdasarkan 103 pita RAPD. Adanya pita-pita yang tidak masuk dalam 26 pita yang dipilih dan merupakan pita-pita yang berperan dalam
rnenentukan kemiripan antar individu enam populasi kelapa Dalam
0.2 0,4
0.6
0,8
1.0 [image:45.553.69.483.78.678.2]r DSDl
Gambar 10. Fenogram kemiripan genetik enam populasi kelapa Dalam dari
Kalimantan Barat berdasarkan karakter 26 pita RAPD
DSDZ DSD6 DSD4 DSD9 DSDlO DSR9 DSR4 DSR2 DSD7 DSD3 DSR7
-
DSDB62%
DSR3
--,---I=%
52%
-
DSRBDSRG
67%
-
DPT7 DPTIO
DPL9 DPMl DPM2 DPM4 DPMS DPMB
L_ DPM3
DPMB DPM9
DPB6
1 DPT2
DPT3
-
-
I
DPT4DPTS DPTG DPB2 DPBS DPTB
+
DPT1DPT9 47%
DPB7
menjadi tiga kelompok populasi seperti halnya ditunjukkan oleh hasil analisis
komponen utama (Gambar 9).
Enam populasi kelapa Dalam dari Kalimantan Barat yang ditanam secara ex situ di IPPTP Selakau berdasarkan analisis RAPD menggunakan 10 primer acak mengelompok menjadi tiga kelompok populasi yaitu kelompok populasi kelapa Dalam Sungai Daun (DSD) dan Dalam Sungai Rasau (DSR), kelornpok populasi Dalam Pelimpaan (DPL) dan Dalam Peniraman (DPM), dan kelompok populasi Dalam Parit Baru (DPB) dan Dalarn Peniti (DPT). Kemiripan genetik antar populasi tanaman kelapa yang daerah asalnya berdekatan tidak selalu lebih tinggi dibandingkan dengan antar populasi tanaman kelapa yang daerah asalnya berjauhan. Analisis pengelompokan berdasarkan koefisien kemiripan Dice memberikan hasil yang serupa dengan pengelompokan menggunakan analisis kornponen utama.
Analisis pita RAPD menggunakan analisis kornponen utama dapat
rnengidentifikasi 26 pita yang paling berperan terhadap pengelompokan 6
populasi kelapa Dalam menjadi 3 kelompok populasi. Sepuluh primer acak yang
digunakan menghasilkan pita-pita yang paling berperan terhadap
pengelompokan 6 populasi kelapa Dalam. Banyaknya pita-pita RAPD yang
terdapat pada satu populasi tertentu mempengaruhi pengelompokan 6 populasi
kelapa Dalam menjadi 3 kelompok populasi. Dari 26 pita yang paling berperan
DAFTAR PUSTAKA
Ashburner, GR, Thompson WK, Halloran GM. 1997. RAPD analysis of South Pacific coconut palm population. Crop Sci. 37:992-997.
Foale MA. 1992. Coconut genetic diversity: present knowledge and future research needs. Di dalam: Coconut Genetic Resources. IBPGR, Rome. hlm 46-55.
Grattapaglia D, Chapparro J, Wilcox P, McCord S, Werner D, Amerson H, McKeand S, Bridgewater F, Whetten R, O'Malley D, Sederoff R. 1992. Mapping in woody plants with RAPD markers : Application to breeding in forestry and holticulture. Di dalam: Proceedings of the Symposium Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. Minneapolis, 1 Nov
1992. hlm 37-40.
Hallden C, Hansen M, Nilsson NO, Hjerdin A. 1996. Competition as a source of errors in RAPD analysis. Theor Appl Genet 93:1185-1192.
Harries HC. 1978. The evolution, dissemination and classification of Cocos nucifera L. Bot Rev 44:265-317.
Hayati PKD, Hartana A. Suharsono, Aswidinnoor H. 2000. Keanekaragaman genetika kelapa Genjah Jombang berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA. Hayati 7:35-40.
Kumar PP, Yau JCK, Goh CJ. 1998. Genetic analysis of heliconia species and cultivars with random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. J Amer Soc Hort Sci 123 (1):91-97.
Lebrun L, N'cho YP, Seguin M, Grivet L, Baudouin L. 1998. Genetic diversity in
coconut (Cocos nucifem L.) revealed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers. Euphytica 101:103-108.
Lengkong EF, Hartana A, Suharsono. 1998. Keragaman genetika beberapa
kultivar kelapa berdasarkan penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Di dalam: Prosiding Seminar Sehari Hasil-Hasil Penelitian Bidang llmu Hayat, Bogor, 3 September 1998. hlm 1-12.
Lengkong EF, Suharsono, Runtunuwu SD, Hartana A. 2001. Pengoptimuman reaksi berantai polimerase DNA tanaman kelapa. Hayati 8:121-123.
Matondang I, Suharsono, Hartana A. 2001. Analisis keanekaragaman genetika
kelapa Dalam asal Maluku menggunakan teknik random amplified polymorphic DNA. Hayati 8:31-34.
Nei M, Li WH. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonuleases. Proc. Natl. Acad. Sci. 76:5269-5273.
Novarianto H, Tenda E, Rompas T, Luntungan HT, Tampake H. 1989. Plasma
nutfah kelapa. Di dalam: Prosidinn Sim~osium I Hasil Penelitian dan
Pengembangan Tanaman lndustri (Buku'll Kelapa-I), 25-27 Juli 1989. hlm 56-66.
Novarianto H, Hartana A, Rumawas F, Rivai MA, Guharja E, Nasoetion AH.
1993. Kemiripan genetik antar kultivar kelapa di Indonesia berdasarkan keragaman pola pita isozim. J Penelitian Kelapa 6(2): 1-8
Novarianto H. 1994. Keanekaragaman kelapa dan pemanfaatannya. Hayati 1:64- 65.
Novarianto H, Kumaunang J, Maskromo 1. 1999. Keragaman morfologi plasma nutfah kelapa. Buletin Palma No. 25:31-38.
Paz MM, Veilleux RE. 1997. Genetic diversity based on randomly amplified polymorphic DNA and its relationship with the performance of diploid potato hybrids. J Amer Soc Hort Sci 122 (6): 740-747.
Randriani E, Wardiana E. 1994. Keragaman fenotipik dan peluang seleksi
beberapa karakter kelapa Dalam dan Genjah di Kebun Percobaan Pakuwon. Forum Komunikasi Penelitian Kelapa dan Palma.
Rivera R, Edwards KJ, Barker JHA, Arnold GM, Ayad G, Hodgkin T, Karp A. 1999. Isolation and characterization of polymorphic microsatellites in
Cocos nucifera L. Genome 42:668-675.
Rohde W, Kullaya A, Rodriguez J, Ritter E. 1995. Genom analysis of Cocos nucifera L. by PCR amplification of spacer sequences separating a subset of copia-like EcoRl repetitive elements. J Genet Breed 49:170-186.
Rohlf F. 1993. NTSYS-pc: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, version 1.80. Exeter, Publishing, Ltd, New York.
Santos GA, Batugal PA, Othman A, Baudouin L, Labouisse JP. 1992. Manual on Standardized Research Tecniques in Coconut Breeding. IBPGR. hlm 72.
Sambrook JE, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning. A Laboratov
Mannual. New York: Cold Spring Harbor Lab.
Sumarsono. 2000. Keanekaragaman genetik lima populasi kelapa dalam dari Jawa berdasarkan penanda RAPD. [tesis]. lnstitut Pertanian Bogor. Thormann CE, Osborn TC. 1992. Use of RAPD and RFLP markers for
Tingey SV, Rafalski JA, Williams JGK. 1992. Genetic analysis with RAPD markers. Didalam: Proceedings of the Symposium Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. Minneapolis, 1 Nov 1992. hlm 3-8.
Ukoskit K, Thompson PG, Watson CE, Jr, Lawrence GW. 1997. Identifying a
randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) marker linked to a gene for rootknot nematode resistance in sweetpotato. J Amer Soc hort Sci 122 (6):818-821.
Weeden NF, Timmerman GM, Hemmat M, Kneen BE, Lodhi MA. 1992.
Inheritance and reliability of RAPD markers. Di dalam: Proceedings of the Symposium Applications of RAPD Technology to Plant Breeding.
Minneapolis, 1 Nov 1992. hlm 12-1 7.
39
Larnpiran 1. Jenis primer dan pita DNA hasil amplifikasi yang digunakan
Larnpiran 2. Matriks kemiripan genetik populasi kelapa DSD, DSR. DPL. DPM. DPB, dan DPT
-.
-
-
-
-
-
-
-
-
-.
-
-
-.
-
I-
'..,
U. U-
-
-
_
-
-
c.I
-
-
-
-
-
-
-
-
I=
-
I I"
"
_
"
_
_..
_ - . _ _ , _ - - U / - M - " _ , D . " _ , - - - _ _ I _ , . m Y U _ c . , c . . m . - - _ *---I--- - ~ . . m I - - . - . - " r n - m . r n m . '
>
.I ,
,*
.-
,.".Pa- ,
a,.,
-
."
-
,.-
.s.., Y-
.
.."
...
.s,..
"" ,* ,."
.."
.*7.-.
-
,.,. ..s.
a,"
.-
.-, .D.."
-
.I.-
,,- ..,, a"
-
...
-
,."." .-
, am.".
."
*.,.
.m."
.".
.-
*" ".
.,"
-
,,. ,-."
".,.,"
..,, ,,,,..
-
,.Y
.- .- ._
- -
.."
.".
." ."
-
..I ,.a,. ..la*
."
-
-
-
...
""."
-
a". ,.m. .m
."
.I. .",.".
-
...,-
-
...
- -
,Y. Y
.."
Y. .* ..(,._
,.
.".
I"-
."
-
.",
.m I. ~ - . ~ - Y - Y I 1 . m Y Y . . " . D - w . . .
."
1- . m - . . n - , - . P Y , , U , , - U Y - Y Y . " - " " I
"I.
..
.."
-
.IU.-
-
-
.- .".
"-
-
W .Y Y I Y ..I I.IY,, ",.
- -
.. ."
-
.I....
..,.
.Y .P.-
I:= ":
"
""""
:=..":
"
""
."
.&. """
"
"
::y: ,."
I..._
-
.,"
."
.",
"..
Y."
.n
.Y
.",
.",a U .m .*-
U.
.Y ..I
._
-
.,.
..
_
-
._
",.",
.",-.
I"-
... ."
Y.-
Y 1._
.1, .*..."
.". ..
..,.
.",
."
"...
.-
..,, "."
"".-
-
"."
- -
3.. .P I."
..,
.-
a...,"
.l
_
" " ", ID.." .-
",.."
,."... ." .",
.I.-
. - - . I . ."I s._
._ ." ." .." ._
".
.-
.",
." .."
.,.
.-
.-
.=_
.%._
."
..
."I- -
.-
.m.-
.
w s Lr"
...
..,.
.,.,."
.*,.-
.",."
_
.."
._
.."
.",
.m._
._
."
.IY-
-
W .U."
.R I."
..-
.m.-
_
_
.". .-
-
."
".".
...
".-
- - -
."
-
.-
-
-
.m .Y .U 1" I.D Y, ..s .s.
." ...
.-,-
."
." .-
"-
" .Y U."
"a.,.
Y."
.I U-
...a " .Y .I..
."
."
.", .*.-
...
_,.-
." ."
-
.".
...
_
..
.."
-
."
-
-
...
.."
." ._
..,-
-
."
-
-
-
Y. "I. I" .n ..I. .P."
-1 .D
._
-
U.-
Y."
Y."
...
U Y .II-
." .- .."
.
.."
..
._
..,
",,- -
.- .-
",..."
...-
-
.*..."
.*
.-
.-
Y Y-
U Y..
.m U U I.. .I .I.I I-U...-....",
.."
-
.."
-
-_..-.
~ Y U U , - . . , - I . ~ w - . . . - U - . . . - . " . - . . . - w . = - - I.",
-
",.
.".
-
-
-
.".
._
.-
"U- -
.I
Y-
-
U Y .I.."
-
.."
.-
U 0--
.*
Y I ..,.
",.."
",,-.
..
- -
.-
",.".
." ."
"*..,.
.."
..,-
."
-"...,I .*....
-
.s.-
-
.-
...
.Y...
.s I... ."
.,.
." ."
._
."
."
.,"
._
-
.."
."
..,,
.-
.=.-
."._._...-..(..I-
.."
.-
-
.Ys%..-
Y Y U.
.-
."
.".
",."
-
...
.- ."
-
."
.,"
Y rn.-
._
" Y U..,
-
Y .I-
..
.l.."
-
.-
- - - -
.P .Y I&"
-
." ."
-
.%_
." .".
_
.?.-
...
-
."
-
-.",
."
U.Y.-._."...._
M.- ."
."
.-
s.1 Y Y .P.- .".
.
::":z::""::::::E:: ::"".""""'"""""::"::: ""T"'::":" ":""""":%":=:: :, *
'2 .,,.
"
.". ,::: ':: ::"
:= :g ::"
:z ::: E ::"
:"" "
:: :::.::
:" 2 'Z '= :z ::,r
::: ::'"z z
':: E ::: :" ::"
..:
, ."."
-
.Y
.,.
..
." ."
.-
.,.
",, .I."
._
."
-
Y, I".",
m. W--
.DUI-
U .Y.-
"I,-
.P.Y."
-
."
Y...
-
."i %"z::"::":::""
-
.,"
.- ._ ._
":g:::""""."":~":s:="":~~":":s:::":z"u:z""~:z"":~:"." ,."."
.-
?." .. .,"
...
.- ." ._
." .".
.".
.-
."
-
- -
Y "IS Y-
w"-
Y ..%I ",I-- -
Y.."
-
u. 9m .Y... .-
-
.-
.I..
-
."
._ ."
..,
-
.". .-
.%." .- ." ._
.-
."
." ._
_
."
."
.-
-
-
.P-
-
.D.-
W ..I.- -
Y...
U U Y-
Y-
.."
.s.I-
.I-
I._ .."
-
.-
."
_
-
.%." ."
.."
.- .-
."
._
._
.."
.-
._
." ."
.,.
....
-
.P !a.....
.-
..1..
.IY U Y U-
-
.-
U n.. .I.-
.-
.".
U-
W 1""
:::: ""
"" ""
:.' :z"
::" :::"
::: "' " "' ::: :z :; E"
:..:=
".=
z :: ::% :: :z .x"
:":=
"
"
:" :', ", := :" X :z "' :z '" :z.:
.
""=""":=:==
" " " " " : g ~ : g " ~ " : : " ~ . ~ ' ~ " . : : : " : z " ::""""":=z:z:'::".:z"":=":":=""
.: ,":;.zE"~:z"Y :;;s:z=.z"':~:z:z" Z"""E","-".,"::'" ::.,":"""=:zzz:" :::"":::"""":""::~"~*": ,
.-
."
_
.".
_
_
.=.-
-
."
-
_
-
". .."
.?.
.." ." .",
."
""." ".
.,"
.m .s. .n .n."
-
""-
".", ._
.Y-
I" .I Yl' .I" m Y."
-
."
-
-
"a- -
%.",
:" :::"
" "
" "
2; "" :""=.:
:::2 """ "
"":=
::: :: :::.:
". :2 ::: :: :::: z y zu
E"
:"; " ::: :" .z :: :""
.:
'="
tl" "
"
"
:" .A ,.-
.-
.- ._
-
.".
_
."
-
_
_, .,,,._
-
..,."
.,.-
-
",.~."--....",..,.
."
.n, .n .I .m."
."
...
._
.,.
.-
."# %.."...I."...
0.. .II..."
"I .m U.-
"* .I-
.-I ..j. ILampiran 3. Nilai komponen utama pita RAPD
