Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari
Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains
Program Studi Kimia
Oleh:
Gilang Ramdhan Huda
0706513
PROGRAM STUDI KIMIA
JURUSAN PENDIDIKAN KIMIA
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI
Bismillahirrahmanirrahim,
Saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul “Penentuan Profil Genetik
Populasi Indonesia Berdasarkan Urutan Nukleotida HVI DNA mitokondria” ini
sepenuhnya karya saya sendiri. Tidak ada bagian di dalamnya yang merupakan
plagiat dari karya orang dan saya tidak melakukan penjiplakan atau pengutipan
dengan cara-cara yang tidak sesuai dengan etika keilmuan yang berlaku dalam
masyarakat keilmuan. Atas pernyataan ini, saya siap menanggung resiko atau
sanksi yang dijatuhkan kepada saya apabila kemudian ditemukan adanya
pelanggaran terhadap etika keilmuan dalam karya saya ini, atau ada klaim dari
pihak lain terhadap keaslian karya saya.
Bandung, Januari 2014
Yang membuat Pernyataan
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
LEMBAR PENGESAHAN
Penentuan Profil Genetik Populasi Indonesia Berdasarkan Urutan Nukleotida HVI DNA mitokondria
Oleh
Gilang Ramdhan Huda 0706513
Disetujui dan disahkan oleh:
Pembimbing
Gun Gun Gumilar, M.Si. NIP. 197906262001121001
Mengetahui,
Ketua Jurusan Pendidikan Kimia FPMIPA UPI
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
NIP. 196611211991031001
As fas as your imagination can take you, there are not boundaries in Chemistry.
Everything is possible.
Whatever you want to do, you make it happen.
Sesungguhnya dibalik kesulitan itu ada kemudahan
(QS. Al-Insyirah, 5)
Maka nikmat Tuhan-mu yang manakah yang kamu dustakan?
Semua yang ada di bumi itu akan binasa,
tetapi wajah Tuhan-mu yang memiliki kebesaran dan kemuliaan tetap kekal.
(QS. Ar-Rahman, 25-27)
Untuk mencapai kesuksesan, kita jangan hanya bertindak,
tapi juga perlu bermimpi.
Jangan hanya berencana, tapi juga perlu untuk percaya.
(Anatole France)
v
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
DAFTAR ISI 1.1. Latar Belakang Masalah Penelitian ... 1
1.2. Rumusan Masalah Penelitian ... 3
1.3. Tujuan Penelitian ... 3
1.4. Manfaat Penelitian ... 4
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. DNA mitokondria ... 5
2.2. Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) ... 8
2.3. Bioinformatika ... 10
vi
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
BAB III. METODE PENELITIAN
3.1. Bagan Alir Penelitian ... 13
3.2. Sampel Penelitian ... 14
3.3. Waktu Penelitian ... 14
3.4. Tahapan Penelitian
3.4.1. Pengumpulan Sampel mtDNA ... 14
3.4.2. Perbandingan data urutan nukleotida
dengan rCRS ... 17
3.4.3. Perbandingan Mutasi sampel dengan Marker Genetik
yang telah dipublikasi ... 18
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Sampel Penelitian ... 19
4.2. Hasil Perbandingan data urutan
Nukleotida dengan rCRS ... 20
4.3. Variasi Mutasi HVI mtDNA
di Tiap Wilayah Indonesia ... 22
4.3.1. Variasi Mutasi HVI mtDNA di
Daerah Jawa ... 22
4.3.2. Variasi Mutasi HVI mtDNA di
vii
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
4.3.3. Variasi Mutasi HVI mtDNA di
Daerah Kalimantan... 26
4.3.4. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Sulawesi ... 29
4.3.5. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Bali-Nusa Tenggara ... 30
4.3.6. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Papua ... 31
4.4. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Wilayah Indonesia secara keseluruhan ... 33
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN 5.1. Kesimpulan ... 35
5.2. Saran ... 36
DAFTAR PUSTAKA ... 37
LAMPIRAN ... 39
viii
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 2.1. Perbedaan Karakteristik mtDNA dan DNA Inti ... 7
ix
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 2.1. Organisasi Genom Mitokondria Manusia ... 6
Gambar 2.2. Basa Pirimidin (Timin dan sitosin) dan
Purin (Guanin dan adenin). ... 8
Gambar 2.3. Urutan Nukleotida HVI ... 9
Gambar 3.1. Bagan Alir Penelitian ... 13
Gambar 3.2. Tampilan setelah Dimasukkan Kata Kunci
pada Mesin Pencari NCBI ... 15
Gambar 3.3. Informasi Lengkap Sampel ... 16
Gambar 3.4. Contoh Data Urutan Nukleotida
dari Sampel HQ286964 ... 17
Gambar 4.1. Contoh Tampilan Program Seqman untuk mengetahui
Adanya Mutasi pada Sampel dengan Kode Akses
FJ844406 ... 20
Gambar 4.2. Perbandingan urutan rCRS dengan
nukleotida sampel FJ844406 ... 21
Gambar 4.3. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi
HVI mtDNA di Pulau Jawa ... 23
Gambar 4.4. Perbandingan Mutasi Spesifik C16223T
x
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
Gambar 4.5. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi
HVI mtDNA di Sumatera ... 25
Gambar 4.6. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Kalimantan ... 26
Gambar 4.7. Perbandingan Mutasi Spesifik T16189C pada Sampel
dengan Data Mitomap ... 27
Gambar 4.8. Rangkaian Poli-C pada sampel akibat mutasi T16189C ... 28
Gambar 4.9. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Sulawesi ... 29
Gambar 4.10. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Bali-Nusa Tenggara . 30
Gambar 4.11. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Papua ... 31
Gambar 4.12. Mutasi Spesifik T16362C Sampel dengan Data Mitomap ... 32
Gambar 4.13. Grafik frekuensi jenis-posisi mutasi untuk wilayah
xi
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Daftar kode sampel yang digunakan
dalam penelitian dari situs NCBI ... 39
Lampiran 2. Daftar sampel dalam penelitian dari
penelitian tim mtDNA Kimia UPI ... 45
Lampiran 3. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
Manusia yang Dianalisis di Jawa. ... 46
Lampiran 4. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
Manusia yang Dianalisis di Sumatera. ... 52
Lampiran 5. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
Manusia yang Dianalisis di Kalimantan. ... 55
Lampiran 6. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
Manusia yang Dianalisis di Sulawesi. ... 58
Lampiran 7. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
Manusia yang Dianalisis di Bali-Nusa Tenggara. ... 61
Lampiran 8. Matriks Mutasi Sampel mtDNA
xii
Gilang Ramdhan Huda, 201
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
i
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
ABSTRAK
Perbedaan sifat fisik dari setiap populasi dipengaruhi oleh perbedaan tingkat genetiknya. Salah satu materi genetik yang banyak digunakan untuk mempelajari karakteristik individu dalam populasi adalah DNA mitokondria (mtDNA). Di sisi lain, penentuan profil genetik populasi Indonesia, yang memiliki etnis yang beragam, berdasarkan mtDNA belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menentukan profil genetik daerah HVI mtDNA manusia Indonesia. Pada penelitian ini digunakan 239 sampel, yang berasal dari enam populasi di Indonesia. Sampel yang berupa data sekunder urutan mtDNA diperoleh dengan cara diunduh dari situs NCBI dan dari hasil penelitian tim mtDNA Kimia UPI. Proses analisis sampel dilakukan dengan cara membandingkan dengan urutan standar Cambridge (rCRS), pada daerah HVI mtDNA, menggunakan program SeqmanTM versi 4.00 DNASTAR. Hasil analisis menunjukan bahwa mutasi dengan frekuensi tertinggi pada populasi Jawa, Sumatera dan Sulawesi adalah C16223T, sedangkan pada populasi Bali-Nusa Tenggara dan Kalimantan adalah T16189C. Di sisi lain pada populasi Papua, mutasi T16362C merupakan mutasi yang paling banyak muncul. Secara keseluruhan, pada populasi Indonesia terdapat 189 variasi jenis-posisi mutasi, dengan tiga mutasi yang memiliki frekuensi tertinggi yaitu C16223T, T16362C, dan T16189C. Berdasarkan perbandingan ketiga mutasi tersebut dengan marker genetik yang ada di mitomap, diperoleh bahwa ketiganya tidak dapat dikatakan sebagai marker genetik untuk wilayah Indonesia, melainkan Asia.
ii
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
ABSTRACT
Physical traits difference from every population is affected by level of genetic differences. One of genetic matter that mostly used to study individual characteristics within population is mtDNA. On the other hand, determination of genetic profile from Indonesian population, which has diverse ethnicity, has not been done. Therefore, this research aims to determine Indonesian genetic profile on HVI mtDNA. 239 samples which diversed among six population in Indonesia are used in this research in form of secondary data mtDNA sequence. Samples are obtained by downloading it from NCBI website and from the results of UPI’s mtDNA chemistry team. Sample is analyzed by comparing it to revised Cambridge Standard sequence (rCRS) on HVI mtDNA using SeqMan version 4.0 DNASTAR. Results shown that highest mutation on Java, Sumatera and Sulawesi population is C16223T, whereas in Bali-Nusa Tenggara and Kalimantan is T16189C. On the other hand, in Papua population, T16362C mutation is the most appear mutation. All in all, Indonesian population contains 189 type-position variants, with three highest mutations C16223T, T16362C and T16189C. Based on those three comparisons with genetic marker within mitomap, three of them cannot be classified as genetic marker for Indonesia, but Asia
1
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang Masalah Penelitian
Indonesia merupakan negara dengan budaya dan suku yang beragam,
dimana kondisi lingkungan geografis antara suku yang satu dengan suku lainnya
berbeda. Keanekaragaman tersebut dapat juga terlihat dari sifat fisik (fenotip)
yang berbeda pada tiap suku. Hal ini dapat terjadi akibat pola adaptasi yang
berbeda di tiap wilayah. Adaptasi terhadap lingkungan sangat penting agar
individu tersebut dapat bertahan hidup dan berkembang biak. Selain pada tingkat
fenotif, pola adaptasi yang berbeda dapat juga menyebabkan perbedaan pada
tingkat genetik (genotif).
Pada dasarnya, untuk proses identifikasi individu pada tingkat genetik
dapat digunakan DNA inti atau DNA mitokondria (mtDNA). Akan tetapi,
mayoritas peneliti memanfaatkan mtDNA dalam penentuan keanekaragaman
genetika. Hal ini disebabkan oleh karakteristik khas yang dimiliki oleh mtDNA,
yaitu sifat maternal, ukuran genom yang kecil, serta laju polimorfisme yang
tinggi.
Berbeda halnya dengan DNA inti, yang merupakan hasil rekombinasi
2
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
yang menyebabkan mtDNA diwariskan secara maternal (hanya melalui garis
keturunan ibu).
Bila dibandingkan dengan DNA inti, ukuran genom mtDNA jauh lebih
kecil, sehingga mempermudah dan mempercepat dalam proses analisis. Selain itu,
laju polimorfisme mtDNA lebih tinggi dibandingkan DNA inti, yaitu 10-17 kali
dari DNA inti (Neckelmann, 1987; Wallace, 1987).
Daerah mtDNA yang memiliki laju mutasi paling tinggi adalah daerah
D-loop, yaitu daerah bukan pengkode. D-loop memiliki tiga daerah hipervariabel
(HV), yaitu HVI pada urutan 16024-16383, HVII pada urutan 57-732, dan HVIII
pada urutan 438-594 (Anderson, et al., 1981; Hiroaki et al., 2006). Ketiga daerah
ini, khususnya HVI memiliki variasi mutasi yang relatif tinggi antar individu yang
tidak memiliki kekerabatan.
Terdapat beberapa penelitian yang menghubungkan antara variasi mutasi
di daerah HVI D-loop mtDNA dengan etnis tertentu. Penelitian tersebut
diantaranya dilakukan oleh Hiroaki (2006), yang menemukan adanya mutasi khas
pada daerah HVI mtDNA dalam hampir semua sampel etnis Jepang. Sehingga
dirinya menyimpulkan mutasi tersebut sebagai mutasi khas etnis Jepang.
Penelitian lainnya dilakukan oleh Ratnayani (2007), yang menemukan enam
3
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
penyakit). Namun demikian belum ada penelitian yang mengkaji variasi mutasi
4
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
Berdasarkan latar belakang yang telah dikemukakan, dalam penelitian ini
dilakukan penentuan profil genetik populasi Indonesia berdasarkan urutan HVI
mtDNA. Hasil penelitian diharapkan dapat memberikan gambaran tentang profil
genetik populasi baik pada tiap wilayah di Indonesia maupun secara keseluruhan.
1.2. Rumusan Masalah Penelitian
Berdasarkan latar belakang yang telah dikemukakan maka rumusan
masalah dalam penelitian ini adalah “Bagaimanakah profil genetik populasi
Indonesia berdasarkan variasi mutasi HVI mtDNA?”. Rumusan masalah ini dibagi
menjadi sub masalah sebagai berikut:
1. Bagaimana variasi mutasi daerah HVI mtDNA di tiap wilayah
Indonesia?
2. Bagaimana variasi mutasi daerah HVI mtDNA untuk populasi
Indonesia secara keseluruhan?
I.3 Tujuan penelitian
Adapun tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui profil
genetik populasi indonesia berdasarkan variasi mutasi HVI mtDNA baik secara
wilayah maupun secara keseluruhan Indonesia. Adapun tujuan lebih lanjut dari
5
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
1. Mengetahui variasi mutasi di daerah HVI pada sampel di tiap wilayah
Indonesia
2. Mengetahui variasi mutasi di daerah HVI mtDNA untuk populasi
Indonesia secara keseluruhan
I.4 Manfaat penelitian
Hasil yang didapatkan dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan
gambaran mengenai profil genetik populasi manusia di Indonesia baik di tiap
wilayah Indonesia maupun secara keseluruhan. dan juga memberikan kontribusi
13
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
BAB III
METODE PENELITIAN
Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
adalah pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel I (HVI)
DNA mitokondria (mtDNA) yang berasal dari Negara Indonesia; perbandingan
urutan nukleotida sampel dengan urutan nukleotida standar revised Cambridge
Reference Sequence (rCRS), menggunakan program SeqManTM versi 4.00
DNASTAR; serta perbandingan mutasi sampel dengan marker genetik yang telah
dipublikasi di situs Mitomap.
3.1. Bagan Alir Penelitian
Garis besar keseluruhan tahapan penelitian yang dilakukan ditunjukkan
14
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu Gambar 3.1. Bagan Alir Penelitian profil genetik berbasis mtDNA
3.2. Sampel Penelitian
Sampel yang digunakan pada penelitian ini berupa urutan nukleotida di
daerah HVI. Sampel diperoleh dari situs National Center of Biotechnology
Information (NCBI) dan penelitian tim mtDNA kimia UPI Bandung.
3.3. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Maret 2011- September 2011.
Penelitian dilakukan di Jurusan Pendidikan Kimia UPI Bandung.
3.4. Tahapan Penelitian
3.4.1. Pengumpulan Sampel mtDNA
Pengumpulan sampel dilakukan dengan cara penelusuran data urutan
15
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
oleh tim penelitian mtDNA Kimia UPI. Proses penelusuran urutan nukleotida
sampel di situs NCBI dilakukan dengan menggunakan kata kunci mtDNA, homo
sapiens dan nama pulau di Indonesia pada mesin pencari yang terdapat di situs
tersebut, seperti yang ditunjukan pada Gambar 3.2.
Gambar 3.2. Tampilan setelah Dimasukkan Kata Kunci pada Mesin Pencari NCBI.
Kata kunci yang digunakan adalah mtDNA, Homo Sapiens, dan java (salah satu kepulauan yang ada di Indonesia) dengan jenis data nucleotide.
(http://ncbi.nih.gov).
Dengan dimasukkannya kata kunci pada mesin pencari, sistem akan
memuat informasi singkat mengenai daftar sampel yang relevan. Informasi
tersebut berupa jumlah nukleotida (panjang basa), nomor akses pada NCBI.
Informasi dari sampel yang lebih lengkap akan muncul pada saat link GenBank
(ditunjukkan dengan marker merah pada Gambar 3.2) dibuka. Informasi yang
ditampilkan memuat nomor akses, organisme yang diteliti, lokasi tempat sampel
16
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
panjang nukleotida beserta urutan dan posisinya dalam mtDNA. Tampilan
mengenai informasi lengkap sampel ditunjukkan pada Gambar 3.3.
Gambar 3.3. Informasi lengkap Sampel. tampilan yang muncul pada saat link GenBank dibuka
Data yang muncul dari mesin pencari selanjutnya dipilih untuk
mendapatkan data yang sesuai, berupa urutan nukleotida daerah mtDNA dari
populasi yang diinginkan. Urutan nukleotida diunduh dengan cara membuka link
FASTA (ditunjukkan dengan marker hijau pada Gambar 3.3). Hasil yang
17
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu Gambar 3.4. Contoh Data Urutan Nukleotida dari Sampel HQ286964.
Data urutan nukleotida kemudian disalin ke dalam program EditSeq,
selanjutnya dilakukan proses pemotongan urutan nukleotida sehingga diperoleh
urutan HVI mtDNA. Urutan mtDNA kemudian disimpan dalam ekstensi .seq
untuk digunakan pada tahap analisis lebih lanjut. Hal yang serupa dilakukan pada
sampel yang diperoleh dari hasil penelitian tim mtDNA kimia UPI.
3.4.2. Perbandingan data Urutan Nukleotida dengan rCRS
Tahapan penelitian selanjutnya adalah membandingkan urutan HVI
mtDNA yang telah disimpan dalam ekstensi .seq dengan rCRS. Proses analisis
dilakukan dengan cara line alignment menggunakan program SeqManTM versi
4.00 DNASTAR. Program secara otomatis menandai basa yang berbeda dengan
18
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
3.4.3. Perbandingan Mutasi Sampel dengan Marker Genetik yang telah
dipublikasi
Jenis-posisi mutasi sampel yang diperoleh dari proses alignment
selanjutnya dibandingkan dengan marker genetik yang telah dipublikasi pada situs
Mitomap (mitomap.org). Apabila mutasi pada sampel merupakan mutasi yang
baru, maka mutasi tersebut dapat diduga sebagai kandidat marker genetik untuk
daerah Indonesia. Di sisi lain, jika jenis-posisi mutasi sudah terdaftar pada
mitomap, maka dilakukan penelusuran lebih lanjut untuk mengetahui
35
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan
bahwa:
1. Mutasi C16223T merupakan mutasi yang paling sering muncul di Pulau Jawa
(62,5%), Sumatera (43,47%) dan Sulawesi (62,5%), sedangkan mutasi
T16189C merupakan mutasi dengan frekuensi tertinggi pada populasi
Bali-Nusa Tenggara (44,82%) dan Kalimantan (73,07%). Di sisi lain, mutasi
T16362C merupakan mutasi yang paling sering muncul di Papua (80%).
Selain itu, ditemukan juga baru untuk wilayah Papua (C16295A, dan
G16208C), serta Jawa (G16196C).
2. Analisis terhadap urutan nukleotida daerah HVI D-loop mtDNA menunjukkan
bahwa pada 239 sampel dari populasi Indonesia terdapat 189 jenis–posisi
mutasi, dimana mutasi C16223T, T16189C, dan 16332C muncul dengan
frekuensi tertinggi. Namun, berdasarkan analisis variasi mutasi, tidak
36
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
5.2. Saran
Berdasarkan hasil penelitian, untuk memperoleh profil genetik populasi
Indonesia secara utuh dan untuk mendapatkan marker genetik yang spesifik,
sebaiknya dilakukan penelitian lanjutan yang fokus pada daerah hipervariabel
37
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
DAFTAR PUSTAKA
Anderson, S. et al. (1981). "Sequence and Organization of the Human Mitochondrial Genome". Nature. 290, 457-465.
Aprida, Yulia. (2009). Kandidat Varian Genetik Daerah D-loop DNA Mitokondria Manusia pada Penderita Diabetes Melitus Tipe 2 yang Dipicu oleh Obesitas. Skripsi Jurusan Pendidikan Kimia pada FPMIPA UPI. Bandung: tidak diterbitkan.
Bellinda, R. R. (2008). Mutasi DNA Mitokondria Manusia yang Berkaitan dengan Diabetes Mellitus. Skripsi pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.
Bogenhagen, D. F. (1999). "DNA repair'99 Repair of mtDNA in Vertebrates" Am. J. Hum. Genet. 64, 1276-1281.
Chen, F.L. et al . (2004). "Matternally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD) Syndrome: A Clinicaland Molecular Genetic Study of a Taiwanese Family". Chang Gung Med Journal. 27, (1), 66-72.
Dwiyanti, F. (2006). Heteroplasmi DNA mitokondria manusia. Tesis Magister pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.
Firmansyah, (2007).Firmansyah, A. A. (2008). Mutasi-mutasi Data Primer DNA Mitokondria Daerah HVS I yang Belum Dilaporkan. Skripsi pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.
Hill, C. (2007). "A mitochondrial stratigraphy for island southeast Asia". Am. J. Hum. Genet. 80 (1), 29-43
Hiroaki, N., et al. (2006). "Hypervariable region structure and polymorphism of mtDNA". Journal of Oral Science. 48. (3), 145-152
http://www.mitomap.org
38
Gilang Ramdhan Huda, 2014
Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
Macaulay, V., et al (2005) "Single, rapid coastal settlement of Asia revealed by analysis of complete mitochondrial genomes". Science 308 (5724), 1034-1036.
Nagai, A., et al (2003) "Sequence polymorphism of mitochondrial DNA in Japanese individuals from Gifu Prefecture" Legal Medicine. 5 (Suppl 1), S210-213.
Nishimaki, Y., et al. (1999). “Sequence polymorphism in themtDNA HV1 region in Japanese and Chinese”. LegalMed 1, 238-249
Ngili, Y. et al. (2009). "Human D-loop variation mitochondrial DNA in the Papuan populations: implications for the peopling of the East Indonesian region", Unpublished
Park, K. S., et al. (2008). “A Mitochondrial DNA Variant at Potition 16189 is Associated with Type 2 Diabetes Mellitus in Asians”. Diabetologia 51, 602-608.
Poulton, J. et al. (2002). "Type 2 Diabetes is Associated with a Common Mitochondrial Variant: Evidence from a Population-Bases Case-Control Study". Human Molecular Genetics. 11, (13), 1581-1583
Ratnayani, K. et al (2007). "Analisis Variasi Nukleotida Daerah D-loop DNA Mitokondria Pada Satu Individu Suku Bali Normal". Jurnal Kimia 1(I), 7-14.
Stafford, P., Chen-Quin, E. B. (2010). “The pattern of natural selection in somatic
cancer mutations of human mtDNA”. Journal of Human Genetics . 55 (9), 605-612
Tan Duan-Jun., Bai Ren-Kui., Wong C. Lee-Jun. (2002). “Comprehensive Scanning
of Somatic Mitochondrial DNA Mutations in Breast Cancer1”. Cancer Research .62, 972–976.