• Tidak ada hasil yang ditemukan

PROFIL GENETIK DAERAH HVI DNA MITOKONDRIA MANUSIA POPULASI INDONESIA.

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "PROFIL GENETIK DAERAH HVI DNA MITOKONDRIA MANUSIA POPULASI INDONESIA."

Copied!
30
0
0

Teks penuh

(1)

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari

Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains

Program Studi Kimia

Oleh:

Gilang Ramdhan Huda

0706513

PROGRAM STUDI KIMIA

JURUSAN PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

(2)

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

(3)

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI

Bismillahirrahmanirrahim,

Saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul “Penentuan Profil Genetik

Populasi Indonesia Berdasarkan Urutan Nukleotida HVI DNA mitokondria” ini

sepenuhnya karya saya sendiri. Tidak ada bagian di dalamnya yang merupakan

plagiat dari karya orang dan saya tidak melakukan penjiplakan atau pengutipan

dengan cara-cara yang tidak sesuai dengan etika keilmuan yang berlaku dalam

masyarakat keilmuan. Atas pernyataan ini, saya siap menanggung resiko atau

sanksi yang dijatuhkan kepada saya apabila kemudian ditemukan adanya

pelanggaran terhadap etika keilmuan dalam karya saya ini, atau ada klaim dari

pihak lain terhadap keaslian karya saya.

Bandung, Januari 2014

Yang membuat Pernyataan

(4)

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

LEMBAR PENGESAHAN

Penentuan Profil Genetik Populasi Indonesia Berdasarkan Urutan Nukleotida HVI DNA mitokondria

Oleh

Gilang Ramdhan Huda 0706513

Disetujui dan disahkan oleh:

Pembimbing

Gun Gun Gumilar, M.Si. NIP. 197906262001121001

Mengetahui,

Ketua Jurusan Pendidikan Kimia FPMIPA UPI

(5)

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

NIP. 196611211991031001

As fas as your imagination can take you, there are not boundaries in Chemistry.

Everything is possible.

Whatever you want to do, you make it happen.

Sesungguhnya dibalik kesulitan itu ada kemudahan

(QS. Al-Insyirah, 5)

Maka nikmat Tuhan-mu yang manakah yang kamu dustakan?

Semua yang ada di bumi itu akan binasa,

tetapi wajah Tuhan-mu yang memiliki kebesaran dan kemuliaan tetap kekal.

(QS. Ar-Rahman, 25-27)

Untuk mencapai kesuksesan, kita jangan hanya bertindak,

tapi juga perlu bermimpi.

Jangan hanya berencana, tapi juga perlu untuk percaya.

(Anatole France)

(6)

v

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR ISI 1.1. Latar Belakang Masalah Penelitian ... 1

1.2. Rumusan Masalah Penelitian ... 3

1.3. Tujuan Penelitian ... 3

1.4. Manfaat Penelitian ... 4

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. DNA mitokondria ... 5

2.2. Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) ... 8

2.3. Bioinformatika ... 10

(7)

vi

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

BAB III. METODE PENELITIAN

3.1. Bagan Alir Penelitian ... 13

3.2. Sampel Penelitian ... 14

3.3. Waktu Penelitian ... 14

3.4. Tahapan Penelitian

3.4.1. Pengumpulan Sampel mtDNA ... 14

3.4.2. Perbandingan data urutan nukleotida

dengan rCRS ... 17

3.4.3. Perbandingan Mutasi sampel dengan Marker Genetik

yang telah dipublikasi ... 18

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Sampel Penelitian ... 19

4.2. Hasil Perbandingan data urutan

Nukleotida dengan rCRS ... 20

4.3. Variasi Mutasi HVI mtDNA

di Tiap Wilayah Indonesia ... 22

4.3.1. Variasi Mutasi HVI mtDNA di

Daerah Jawa ... 22

4.3.2. Variasi Mutasi HVI mtDNA di

(8)

vii

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

4.3.3. Variasi Mutasi HVI mtDNA di

Daerah Kalimantan... 26

4.3.4. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Sulawesi ... 29

4.3.5. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Bali-Nusa Tenggara ... 30

4.3.6. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Daerah Papua ... 31

4.4. Variasi Mutasi HVI mtDNA di Wilayah Indonesia secara keseluruhan ... 33

BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN 5.1. Kesimpulan ... 35

5.2. Saran ... 36

DAFTAR PUSTAKA ... 37

LAMPIRAN ... 39

(9)

viii

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 2.1. Perbedaan Karakteristik mtDNA dan DNA Inti ... 7

(10)

ix

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 2.1. Organisasi Genom Mitokondria Manusia ... 6

Gambar 2.2. Basa Pirimidin (Timin dan sitosin) dan

Purin (Guanin dan adenin). ... 8

Gambar 2.3. Urutan Nukleotida HVI ... 9

Gambar 3.1. Bagan Alir Penelitian ... 13

Gambar 3.2. Tampilan setelah Dimasukkan Kata Kunci

pada Mesin Pencari NCBI ... 15

Gambar 3.3. Informasi Lengkap Sampel ... 16

Gambar 3.4. Contoh Data Urutan Nukleotida

dari Sampel HQ286964 ... 17

Gambar 4.1. Contoh Tampilan Program Seqman untuk mengetahui

Adanya Mutasi pada Sampel dengan Kode Akses

FJ844406 ... 20

Gambar 4.2. Perbandingan urutan rCRS dengan

nukleotida sampel FJ844406 ... 21

Gambar 4.3. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi

HVI mtDNA di Pulau Jawa ... 23

Gambar 4.4. Perbandingan Mutasi Spesifik C16223T

(11)

x

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

Gambar 4.5. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi

HVI mtDNA di Sumatera ... 25

Gambar 4.6. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Kalimantan ... 26

Gambar 4.7. Perbandingan Mutasi Spesifik T16189C pada Sampel

dengan Data Mitomap ... 27

Gambar 4.8. Rangkaian Poli-C pada sampel akibat mutasi T16189C ... 28

Gambar 4.9. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Sulawesi ... 29

Gambar 4.10. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Bali-Nusa Tenggara . 30

Gambar 4.11. Grafik Frekuensi Jenis-posisi mutasi di Papua ... 31

Gambar 4.12. Mutasi Spesifik T16362C Sampel dengan Data Mitomap ... 32

Gambar 4.13. Grafik frekuensi jenis-posisi mutasi untuk wilayah

(12)

xi

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Daftar kode sampel yang digunakan

dalam penelitian dari situs NCBI ... 39

Lampiran 2. Daftar sampel dalam penelitian dari

penelitian tim mtDNA Kimia UPI ... 45

Lampiran 3. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

Manusia yang Dianalisis di Jawa. ... 46

Lampiran 4. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

Manusia yang Dianalisis di Sumatera. ... 52

Lampiran 5. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

Manusia yang Dianalisis di Kalimantan. ... 55

Lampiran 6. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

Manusia yang Dianalisis di Sulawesi. ... 58

Lampiran 7. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

Manusia yang Dianalisis di Bali-Nusa Tenggara. ... 61

Lampiran 8. Matriks Mutasi Sampel mtDNA

(13)

xii

Gilang Ramdhan Huda, 201

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

(14)

i

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

ABSTRAK

Perbedaan sifat fisik dari setiap populasi dipengaruhi oleh perbedaan tingkat genetiknya. Salah satu materi genetik yang banyak digunakan untuk mempelajari karakteristik individu dalam populasi adalah DNA mitokondria (mtDNA). Di sisi lain, penentuan profil genetik populasi Indonesia, yang memiliki etnis yang beragam, berdasarkan mtDNA belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menentukan profil genetik daerah HVI mtDNA manusia Indonesia. Pada penelitian ini digunakan 239 sampel, yang berasal dari enam populasi di Indonesia. Sampel yang berupa data sekunder urutan mtDNA diperoleh dengan cara diunduh dari situs NCBI dan dari hasil penelitian tim mtDNA Kimia UPI. Proses analisis sampel dilakukan dengan cara membandingkan dengan urutan standar Cambridge (rCRS), pada daerah HVI mtDNA, menggunakan program SeqmanTM versi 4.00 DNASTAR. Hasil analisis menunjukan bahwa mutasi dengan frekuensi tertinggi pada populasi Jawa, Sumatera dan Sulawesi adalah C16223T, sedangkan pada populasi Bali-Nusa Tenggara dan Kalimantan adalah T16189C. Di sisi lain pada populasi Papua, mutasi T16362C merupakan mutasi yang paling banyak muncul. Secara keseluruhan, pada populasi Indonesia terdapat 189 variasi jenis-posisi mutasi, dengan tiga mutasi yang memiliki frekuensi tertinggi yaitu C16223T, T16362C, dan T16189C. Berdasarkan perbandingan ketiga mutasi tersebut dengan marker genetik yang ada di mitomap, diperoleh bahwa ketiganya tidak dapat dikatakan sebagai marker genetik untuk wilayah Indonesia, melainkan Asia.

(15)

ii

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

ABSTRACT

Physical traits difference from every population is affected by level of genetic differences. One of genetic matter that mostly used to study individual characteristics within population is mtDNA. On the other hand, determination of genetic profile from Indonesian population, which has diverse ethnicity, has not been done. Therefore, this research aims to determine Indonesian genetic profile on HVI mtDNA. 239 samples which diversed among six population in Indonesia are used in this research in form of secondary data mtDNA sequence. Samples are obtained by downloading it from NCBI website and from the results of UPI’s mtDNA chemistry team. Sample is analyzed by comparing it to revised Cambridge Standard sequence (rCRS) on HVI mtDNA using SeqMan version 4.0 DNASTAR. Results shown that highest mutation on Java, Sumatera and Sulawesi population is C16223T, whereas in Bali-Nusa Tenggara and Kalimantan is T16189C. On the other hand, in Papua population, T16362C mutation is the most appear mutation. All in all, Indonesian population contains 189 type-position variants, with three highest mutations C16223T, T16362C and T16189C. Based on those three comparisons with genetic marker within mitomap, three of them cannot be classified as genetic marker for Indonesia, but Asia

(16)

1

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang Masalah Penelitian

Indonesia merupakan negara dengan budaya dan suku yang beragam,

dimana kondisi lingkungan geografis antara suku yang satu dengan suku lainnya

berbeda. Keanekaragaman tersebut dapat juga terlihat dari sifat fisik (fenotip)

yang berbeda pada tiap suku. Hal ini dapat terjadi akibat pola adaptasi yang

berbeda di tiap wilayah. Adaptasi terhadap lingkungan sangat penting agar

individu tersebut dapat bertahan hidup dan berkembang biak. Selain pada tingkat

fenotif, pola adaptasi yang berbeda dapat juga menyebabkan perbedaan pada

tingkat genetik (genotif).

Pada dasarnya, untuk proses identifikasi individu pada tingkat genetik

dapat digunakan DNA inti atau DNA mitokondria (mtDNA). Akan tetapi,

mayoritas peneliti memanfaatkan mtDNA dalam penentuan keanekaragaman

genetika. Hal ini disebabkan oleh karakteristik khas yang dimiliki oleh mtDNA,

yaitu sifat maternal, ukuran genom yang kecil, serta laju polimorfisme yang

tinggi.

Berbeda halnya dengan DNA inti, yang merupakan hasil rekombinasi

(17)

2

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

yang menyebabkan mtDNA diwariskan secara maternal (hanya melalui garis

keturunan ibu).

Bila dibandingkan dengan DNA inti, ukuran genom mtDNA jauh lebih

kecil, sehingga mempermudah dan mempercepat dalam proses analisis. Selain itu,

laju polimorfisme mtDNA lebih tinggi dibandingkan DNA inti, yaitu 10-17 kali

dari DNA inti (Neckelmann, 1987; Wallace, 1987).

Daerah mtDNA yang memiliki laju mutasi paling tinggi adalah daerah

D-loop, yaitu daerah bukan pengkode. D-loop memiliki tiga daerah hipervariabel

(HV), yaitu HVI pada urutan 16024-16383, HVII pada urutan 57-732, dan HVIII

pada urutan 438-594 (Anderson, et al., 1981; Hiroaki et al., 2006). Ketiga daerah

ini, khususnya HVI memiliki variasi mutasi yang relatif tinggi antar individu yang

tidak memiliki kekerabatan.

Terdapat beberapa penelitian yang menghubungkan antara variasi mutasi

di daerah HVI D-loop mtDNA dengan etnis tertentu. Penelitian tersebut

diantaranya dilakukan oleh Hiroaki (2006), yang menemukan adanya mutasi khas

pada daerah HVI mtDNA dalam hampir semua sampel etnis Jepang. Sehingga

dirinya menyimpulkan mutasi tersebut sebagai mutasi khas etnis Jepang.

Penelitian lainnya dilakukan oleh Ratnayani (2007), yang menemukan enam

(18)

3

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

penyakit). Namun demikian belum ada penelitian yang mengkaji variasi mutasi

(19)

4

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

Berdasarkan latar belakang yang telah dikemukakan, dalam penelitian ini

dilakukan penentuan profil genetik populasi Indonesia berdasarkan urutan HVI

mtDNA. Hasil penelitian diharapkan dapat memberikan gambaran tentang profil

genetik populasi baik pada tiap wilayah di Indonesia maupun secara keseluruhan.

1.2. Rumusan Masalah Penelitian

Berdasarkan latar belakang yang telah dikemukakan maka rumusan

masalah dalam penelitian ini adalah “Bagaimanakah profil genetik populasi

Indonesia berdasarkan variasi mutasi HVI mtDNA?”. Rumusan masalah ini dibagi

menjadi sub masalah sebagai berikut:

1. Bagaimana variasi mutasi daerah HVI mtDNA di tiap wilayah

Indonesia?

2. Bagaimana variasi mutasi daerah HVI mtDNA untuk populasi

Indonesia secara keseluruhan?

I.3 Tujuan penelitian

Adapun tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui profil

genetik populasi indonesia berdasarkan variasi mutasi HVI mtDNA baik secara

wilayah maupun secara keseluruhan Indonesia. Adapun tujuan lebih lanjut dari

(20)

5

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

1. Mengetahui variasi mutasi di daerah HVI pada sampel di tiap wilayah

Indonesia

2. Mengetahui variasi mutasi di daerah HVI mtDNA untuk populasi

Indonesia secara keseluruhan

I.4 Manfaat penelitian

Hasil yang didapatkan dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan

gambaran mengenai profil genetik populasi manusia di Indonesia baik di tiap

wilayah Indonesia maupun secara keseluruhan. dan juga memberikan kontribusi

(21)

13

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

BAB III

METODE PENELITIAN

Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini

adalah pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel I (HVI)

DNA mitokondria (mtDNA) yang berasal dari Negara Indonesia; perbandingan

urutan nukleotida sampel dengan urutan nukleotida standar revised Cambridge

Reference Sequence (rCRS), menggunakan program SeqManTM versi 4.00

DNASTAR; serta perbandingan mutasi sampel dengan marker genetik yang telah

dipublikasi di situs Mitomap.

3.1. Bagan Alir Penelitian

Garis besar keseluruhan tahapan penelitian yang dilakukan ditunjukkan

(22)

14

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu Gambar 3.1. Bagan Alir Penelitian profil genetik berbasis mtDNA

3.2. Sampel Penelitian

Sampel yang digunakan pada penelitian ini berupa urutan nukleotida di

daerah HVI. Sampel diperoleh dari situs National Center of Biotechnology

Information (NCBI) dan penelitian tim mtDNA kimia UPI Bandung.

3.3. Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Maret 2011- September 2011.

Penelitian dilakukan di Jurusan Pendidikan Kimia UPI Bandung.

3.4. Tahapan Penelitian

3.4.1. Pengumpulan Sampel mtDNA

Pengumpulan sampel dilakukan dengan cara penelusuran data urutan

(23)

15

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

oleh tim penelitian mtDNA Kimia UPI. Proses penelusuran urutan nukleotida

sampel di situs NCBI dilakukan dengan menggunakan kata kunci mtDNA, homo

sapiens dan nama pulau di Indonesia pada mesin pencari yang terdapat di situs

tersebut, seperti yang ditunjukan pada Gambar 3.2.

Gambar 3.2. Tampilan setelah Dimasukkan Kata Kunci pada Mesin Pencari NCBI.

Kata kunci yang digunakan adalah mtDNA, Homo Sapiens, dan java (salah satu kepulauan yang ada di Indonesia) dengan jenis data nucleotide.

(http://ncbi.nih.gov).

Dengan dimasukkannya kata kunci pada mesin pencari, sistem akan

memuat informasi singkat mengenai daftar sampel yang relevan. Informasi

tersebut berupa jumlah nukleotida (panjang basa), nomor akses pada NCBI.

Informasi dari sampel yang lebih lengkap akan muncul pada saat link GenBank

(ditunjukkan dengan marker merah pada Gambar 3.2) dibuka. Informasi yang

ditampilkan memuat nomor akses, organisme yang diteliti, lokasi tempat sampel

(24)

16

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

panjang nukleotida beserta urutan dan posisinya dalam mtDNA. Tampilan

mengenai informasi lengkap sampel ditunjukkan pada Gambar 3.3.

Gambar 3.3. Informasi lengkap Sampel. tampilan yang muncul pada saat link GenBank dibuka

Data yang muncul dari mesin pencari selanjutnya dipilih untuk

mendapatkan data yang sesuai, berupa urutan nukleotida daerah mtDNA dari

populasi yang diinginkan. Urutan nukleotida diunduh dengan cara membuka link

FASTA (ditunjukkan dengan marker hijau pada Gambar 3.3). Hasil yang

(25)

17

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu Gambar 3.4. Contoh Data Urutan Nukleotida dari Sampel HQ286964.

Data urutan nukleotida kemudian disalin ke dalam program EditSeq,

selanjutnya dilakukan proses pemotongan urutan nukleotida sehingga diperoleh

urutan HVI mtDNA. Urutan mtDNA kemudian disimpan dalam ekstensi .seq

untuk digunakan pada tahap analisis lebih lanjut. Hal yang serupa dilakukan pada

sampel yang diperoleh dari hasil penelitian tim mtDNA kimia UPI.

3.4.2. Perbandingan data Urutan Nukleotida dengan rCRS

Tahapan penelitian selanjutnya adalah membandingkan urutan HVI

mtDNA yang telah disimpan dalam ekstensi .seq dengan rCRS. Proses analisis

dilakukan dengan cara line alignment menggunakan program SeqManTM versi

4.00 DNASTAR. Program secara otomatis menandai basa yang berbeda dengan

(26)

18

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

3.4.3. Perbandingan Mutasi Sampel dengan Marker Genetik yang telah

dipublikasi

Jenis-posisi mutasi sampel yang diperoleh dari proses alignment

selanjutnya dibandingkan dengan marker genetik yang telah dipublikasi pada situs

Mitomap (mitomap.org). Apabila mutasi pada sampel merupakan mutasi yang

baru, maka mutasi tersebut dapat diduga sebagai kandidat marker genetik untuk

daerah Indonesia. Di sisi lain, jika jenis-posisi mutasi sudah terdaftar pada

mitomap, maka dilakukan penelusuran lebih lanjut untuk mengetahui

(27)

35

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan

Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan

bahwa:

1. Mutasi C16223T merupakan mutasi yang paling sering muncul di Pulau Jawa

(62,5%), Sumatera (43,47%) dan Sulawesi (62,5%), sedangkan mutasi

T16189C merupakan mutasi dengan frekuensi tertinggi pada populasi

Bali-Nusa Tenggara (44,82%) dan Kalimantan (73,07%). Di sisi lain, mutasi

T16362C merupakan mutasi yang paling sering muncul di Papua (80%).

Selain itu, ditemukan juga baru untuk wilayah Papua (C16295A, dan

G16208C), serta Jawa (G16196C).

2. Analisis terhadap urutan nukleotida daerah HVI D-loop mtDNA menunjukkan

bahwa pada 239 sampel dari populasi Indonesia terdapat 189 jenis–posisi

mutasi, dimana mutasi C16223T, T16189C, dan 16332C muncul dengan

frekuensi tertinggi. Namun, berdasarkan analisis variasi mutasi, tidak

(28)

36

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

5.2. Saran

Berdasarkan hasil penelitian, untuk memperoleh profil genetik populasi

Indonesia secara utuh dan untuk mendapatkan marker genetik yang spesifik,

sebaiknya dilakukan penelitian lanjutan yang fokus pada daerah hipervariabel

(29)

37

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR PUSTAKA

Anderson, S. et al. (1981). "Sequence and Organization of the Human Mitochondrial Genome". Nature. 290, 457-465.

Aprida, Yulia. (2009). Kandidat Varian Genetik Daerah D-loop DNA Mitokondria Manusia pada Penderita Diabetes Melitus Tipe 2 yang Dipicu oleh Obesitas. Skripsi Jurusan Pendidikan Kimia pada FPMIPA UPI. Bandung: tidak diterbitkan.

Bellinda, R. R. (2008). Mutasi DNA Mitokondria Manusia yang Berkaitan dengan Diabetes Mellitus. Skripsi pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.

Bogenhagen, D. F. (1999). "DNA repair'99 Repair of mtDNA in Vertebrates" Am. J. Hum. Genet. 64, 1276-1281.

Chen, F.L. et al . (2004). "Matternally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD) Syndrome: A Clinicaland Molecular Genetic Study of a Taiwanese Family". Chang Gung Med Journal. 27, (1), 66-72.

Dwiyanti, F. (2006). Heteroplasmi DNA mitokondria manusia. Tesis Magister pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.

Firmansyah, (2007).Firmansyah, A. A. (2008). Mutasi-mutasi Data Primer DNA Mitokondria Daerah HVS I yang Belum Dilaporkan. Skripsi pada Departemen Kimia Institut Teknologi Bandung: tidak diterbitkan.

Hill, C. (2007). "A mitochondrial stratigraphy for island southeast Asia". Am. J. Hum. Genet. 80 (1), 29-43

Hiroaki, N., et al. (2006). "Hypervariable region structure and polymorphism of mtDNA". Journal of Oral Science. 48. (3), 145-152

http://www.mitomap.org

(30)

38

Gilang Ramdhan Huda, 2014

Profil Genetik Daerah HVI DNA Mitokondria Manusia Populasi Indonesia

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

Macaulay, V., et al (2005) "Single, rapid coastal settlement of Asia revealed by analysis of complete mitochondrial genomes". Science 308 (5724), 1034-1036.

Nagai, A., et al (2003) "Sequence polymorphism of mitochondrial DNA in Japanese individuals from Gifu Prefecture" Legal Medicine. 5 (Suppl 1), S210-213.

Nishimaki, Y., et al. (1999). “Sequence polymorphism in themtDNA HV1 region in Japanese and Chinese”. LegalMed 1, 238-249

Ngili, Y. et al. (2009). "Human D-loop variation mitochondrial DNA in the Papuan populations: implications for the peopling of the East Indonesian region", Unpublished

Park, K. S., et al. (2008). “A Mitochondrial DNA Variant at Potition 16189 is Associated with Type 2 Diabetes Mellitus in Asians”. Diabetologia 51, 602-608.

Poulton, J. et al. (2002). "Type 2 Diabetes is Associated with a Common Mitochondrial Variant: Evidence from a Population-Bases Case-Control Study". Human Molecular Genetics. 11, (13), 1581-1583

Ratnayani, K. et al (2007). "Analisis Variasi Nukleotida Daerah D-loop DNA Mitokondria Pada Satu Individu Suku Bali Normal". Jurnal Kimia 1(I), 7-14.

Stafford, P., Chen-Quin, E. B. (2010). “The pattern of natural selection in somatic

cancer mutations of human mtDNA”. Journal of Human Genetics . 55 (9), 605-612

Tan Duan-Jun., Bai Ren-Kui., Wong C. Lee-Jun. (2002). “Comprehensive Scanning

of Somatic Mitochondrial DNA Mutations in Breast Cancer1”. Cancer Research .62, 972–976.

Gambar

Tabel 4.1.  Mutasi pada Sampel FJ844406  ....................................................
Gambar 4.7.   Perbandingan Mutasi Spesifik T16189C pada Sampel
gambaran mengenai profil genetik populasi manusia di Indonesia baik di tiap
Gambar 3.1. Bagan Alir Penelitian profil genetik berbasis mtDNA
+4

Referensi

Dokumen terkait

Kondisi simpang bersinyal pada Jl. Raya Taman Asri - Jl. Wadung Asri sebelum adanya jembatan layang arah Juanda, kondisi arus lalu lintas masih dapat diatur dengan manajemen

Variabel terikat dalam penelitian ini merupakan hasil belajar PKn mahasiswa baik pada kelompok eksperimen maupun kelompok kontrol, yang terdiri dari tujuh

Perkuliahan PKn dengan model pembelajaran berbasis portofolio lebih efektif, lebih baik dan lebih produktif daripada perkuliahan PKn yang menggunakan model pembelajaran

Tuntutan pekerjaan, konflik, kontrol pekerjaan dan kepuasan kerja berkaitan dengan nyeri kepala (Christensen,2012 Aktifitas fisik berat danprosedurpe manasan yang kurang

Desa Karya Tani Rt.06 Kec.Barambai. Desa Pendalaman

dalam Kapita Selekta Pendidikan Kewarganegaraan untuk Mahasiswa Bagian I, Jakarta : Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional.. Penelitian dan

[r]

Faktor lain yang mempengaruhi tinggi rendahnya kepuasan kerja karyawan adalah aspek pemberdayaan yang dilakukan oleh perusahaan. Pada kenyataannya yang terjadi di