Kebijakan nasional dalam pengelolaan danau diperlukan sebagai landasan untuk mendorong terlaksananya strategi maupun rencana aksi yang bertujuan untuk memantapkan posisi dan fungsi danau sebagai sistem penyangga kehidupan bagi generasi kini dan mendatang. Kebijakan ditetapkan berdasarkan aspek-aspek pengelolaan yang akan mendukung terciptanya kondisi yang baik dari danau di Indonesia. Kebijakan yang merupakan pengembangan wujud visi dan misi tersebut di atas adalah sebagai berikut: Konservasi, Rehabilitasi, dan Pemanfaatan yang Bijaksana
Konservasi, rehabilitasi, dan pemanfaatan secara bijaksana (wise use) sangat penting untuk tercapainya pengelolaan dan pemanfaatan danau secara berkelanjutan. Konservasi yang dimaksud meliputi kegiatan perlindungan, pengawetan, dan pemanfaatan secara lestari untuk memelihara keberlanjutan fungsi lingkungan sebagai penyangga kehidupan dan keanekaragaman hayatinya.
Rehabilitasi dilakukan untuk memperbaiki dan mengembalikan fungsi danau yang mengalami kerusakan. Karena sifat-sifat danau yang khas, rehabilitasi akan membutuhkan persiapan-persiapan yang matang, masa pelaksanaannya sangat panjang, dan biaya yang tinggi. Pemanfaatan yang bijaksana adalah pemanfaatan danau secara berkelanjutan dengan tetap mempertahankan kekayaan alami ekosistem. Sedangkan pemanfaatan yang berkelanjutan adalah cara manusia memanfaatkan suatu sumberdaya sehingga diperoleh manfaat yang sebesar-besarnya untuk generasi kini sambil memelihara berbagai potensinya untuk generasi mendatang.
Danau adalah salah satu bentuk sumberdaya yang dikaruniakan oleh Sang Pencipta untuk menunjang kehidupan seluruh mahluk hidup di bumi ini, termasuk manusia. Oleh karenanya, adalah suatu kewajiban bagi kita semua untuk menjaga eksistensi danau beserta segala potensi yang ada di dalamnya sebagai salah satu usaha untuk menjamin kelangsungan hidup generasi kini dan mendatang. Danau Limboto yang indah ini sudah berabad-abad menjadi saksi bisu sejarah yang menghidupi rakyat Gorontalo disekitar danau dengan kekayaan flora dan faunanya. Danau Limboto merupakan bagian penting dari ekosistem perairan kota Gorontalo. Danau Limboto berfungsi sebagai penyedia air bersih, habitat tumbuhan dan satwa, pengatur fungsi hidrologi, pencegah bencana alam, stabilisasi sistem dan proses-proses alam, penghasil sumberdaya alam hayati, penghasil energi, sarana transportasi, rekreasi dan olahraga, sumber perikanan (baik budidaya maupun perikanan tangkap), sumber pendapatan, pengendali banjir, dan sebagai sarana penelitian dan pendidikan. Selain itu, juga berfungsi sebagai tempat hidup organisme baik berupa beberapa jenis organisme air khas Gorontalo. Danau Limboto adalah salah satu sumberdaya alam yang menjadi kebanggaan dan sumber mata pencaharian penduduk Gorontalo umumnya khususnya masyarakat sekitarnya.
Manfaat-manfaat tersebut di atas tidak sepenuhnya dapat dinikmati karena dua masalah pokok yaitu penyusutan luas dan pendangkalan danau. Penyusutan luas dan pendangkalan terutama disebabkan kurangnya air yang tertahan dan sedimentasi akibat penggundulan hutan di bagian hulu. Tekanan pertumbuhan penduduk di sekitar danau telah mempercepat penyusutan luas dan pendangkalan karena illegal fishing, penimbunan sampah dan illegal logging. Lahan-lahan di kawasan Danau sebagian telah diokupasi oleh masyarakat yang menimbulkan kerawanan sosial. Perkembangan tanaman eceng gondok yang semakin meluas serta menurunnya kualitas air danau menyebabkan penurunan keragaman genetik ikan dan biota air.
Degradasi nilai dan fungsi dari suatu danau akan memberikan dampak negatif pada aspek sosial ekonomi terutama bagi masyarakat sekitarnya. Masyarakat sebagai pengguna danau akan mempunyai rasa memiliki, apabila mereka sadar dan peduli akan manfaat danau bagi kehidupan.
Mengingat ekosistem danau memiliki multi fungsi dan manfaat, maka pengelolaan danau harus dilaksanakan secara terencana dan penuh kehatihatian agar potensi danau dapat termanfaatkan secara optimal dan kegiatannya diprioritaskan pada kawasan danau yang memiliki potensi pemanfaatan tinggi serta kawasan yang telah mengalami degradasi, selain itu kegiatan pengelolaan danau juga harus diprioritaskan bagi kesejahteraan masyarakat.
Komunitas masyarakat yang sadar akan pentingnya suatu kawasan danau (khususnya bagi kehidupan manusia), serta mempunyai kemauan dan kemampuan untuk memanfaatkan danau secara bijaksana, akan memelihara keberadaan danau dengan berbagai fungsi dan nilai pentingnya. Berdasarkan pada prinsip ini maka danau dapat terjaga dengan sendirinya oleh komunitas masyarakat.
Pengalaman menunjukkan bahwa pengelolaan danau yang melibatkan berbagai pemangku kepentingan khususnya masyarakat lokal, lebih memberikan kepastian keberlanjutan pengelolaan dibandingkan kegiatan serupa yang dilakukan tanpa peran aktif masyarakat lokal. Peran aktif masyarakat dalam pengelolaan danau harus dimulai sejak identifikasi isu pengelolaan, penentuan alternatif pengelolaan isu danau, implementasi rencana kegiatan, hingga monitoring dan evaluasi efektivitas pengelolaan berdasarkan kriteria yang disepakati.
Danau dimanfaatkan oleh beragam pemangku kepentingan, akibatnya pengelolaan danau menjadi rawan konflik dan di beberapa tempat memicu rusaknya sumberdaya hayati. Oleh sebab itu, pengelolaan danau harus dilakukan secara terpadu yang melibatkan semua pemangku kepentingan.
Selama ini, pengelolaan danau masih dilakukan secara sektoral dan regional serta belum memiliki kejelasan mengenai peran dan pembagian tanggung jawab bagi masing-masing pemangku kepentingan. Evaluasi dari kegiatan seringkali didasarkan pada kepentingan masing-masing sektor sehingga tidak jarang menimbulkan konflik diantara para pengguna.
Secara umum, untuk pengelolaan (perencanaan, implementasi kegiatan, monitoring dan evaluasi) yang terintegrasi diperlukan kerja sama yang kuat antara pemerintah, swasta, lembaga penelitian, lembaga pendidikan dan masayarakat setempat.
Secara nasional, danau mempunyai nilai dan fungsi yang penting baik ditinjau dari segi lingkungan maupun perekonomian. Tata laksana yang baik sangat penting dalam pelaksanaan pengelolaan danau secara terpadu untuk mengakomodasi berbagai kelompok masyarakat yang mempunyai kepentingan yang berbeda. Pelaksanaan prinsip-prinsip pengelolaan secara bijaksana dan transparan harus dilaksanakan berdasarkan ketentuan-ketentuan yang telah disepakati bersama yang dilandasi oleh ilmu pengetahuan dan teknologi (baik yang berasal dari kearifan lokal maupun hasil penggalian dan pengembangan baru, bersifat terbuka dan bukan berdasarkan pada kepentingan kelompok tertentu.
Dalam rangka penanganan danau khususnya Danau Limboto berbagai komitmen telah direkomendasikan. Rekomendasi tersebut adalah:
Pembentukan tim atau badan pengelola danau Limboto melalui perda.
Penyusunan neraca SDA spasial dan tata ruang danau Limboto
Pemetaan kondisi fisik dan sosial ekonomi masyarakat di sekitar danau Limboto
Melakukan penghijauan pada catchment area untuk mengurangi erosi dan sedimentasi
Membuat batas terluar danau untuk mempertahankan luasan yang ada
Melakukan pendataan kembali tentang kepemilikan lahan dan status lahan yang dipegang oleh masyarakat
Sinergitas program penanganan danau Limboto melalui koordinasi antar instansi
Menyusun perda pengelolaan ekosistem danau
Pembentukan kawasan lestari
Mengurangi interaksi intensif antara masyarakat dan hutan
Sosialisasi pemanfaatan danau dengan asas lestari dan berkesinambungan yang terus menerus kepada masyarakat
Pemberdayaan masyarakat pesisir danau Limboto
Penyelematan danau Limboto sebagai program prioritas tahun 2006
Melibatkan negara/lembaga donor dalam mendukung penanganan dan penyelamatan danau