20 10 0 -10 Function 2 4 3 2 1 0 -1 -2 -3 -4 POPULASI Group Centroids
Nilem Beureum Panon Nilem Were Nilem Merah Nilem Hijau 4 3 21
Gambar 12. Penyebaran karakter morfometrik empat jenis ikan nilem yang terdapat di Tasikmalaya ( Jawa Barat)
Tabel 13. Persentase sharing component ( indeks kesamaan) empat jenis ikan nilem yang terdapat di daerah Tasikmalaya (Jawa Barat)
Jenis Nilem Hijau Nilem Merah Nilem Were Nilem Beureum Panon Total (%)
Nilem Hijau 85 15 0 0 100
Nilem Merah 20 80 0 0 100
Nilem Were 0 0 100 0 100
Nilem Beureum Panon 0 0 0 100 100
Secara skematis yang digambarkan melalui dendrogram (Gambar 13), hubungan keempat jenis ikan nilem yang terdapat di daerah Jawa Barat digambarkan dalam tiga kelompok yaitu : 1 ) kelompok ikan nilem hijau dengan ikan nilem merah, 2) kelompok nilem hijau-nilem merah dengan ikan nilem were, 3) kelompok ikan nilem hijau-nilem merah- nilem were dengan nilem beureum panon.
(4) (3) (2) (1)
0 5 10 15 20 25 +---+---+---+---+---+ Nilem Hijau
Nilem Merah
Nilem Were
Nilem Beureum Panon
Gambar 13. Dendrogram hubungan inter spesifik 4 jenis ikan nilem yang terdapat di Tasikmalaya (Jawa Barat) berdasarkan fenotipe morfometrik
Meristik
Pengukuran secara meristik telah dilakukan terhadap empat jenis ikan nilem yang terdapat di Jawa Barat yaitu antara lain ikan nilem hijau, nilem merah, ikan nilem were dan ikan nilem beureum panon.
Ikan Nilem Hijau
Berdasarkan hasil pengukuran meristik dengan melihat deskripsi dari ikan nilem hijau ini yaitu :
• Jari bercabang sirip punggung 12-18 ½
• 6-9 baris bintik-bintik gelap pada sisi tubuh, bagian kepala dan tubuh bagian atsa lebih gelap, di batang ekor ada bulatan hitam
• Tidak ada tubus di moncong, bibir atas bagian bawah terbagi menjadi beberapa bagian (bentuk endomorf)
Dapat diklasifikasikan (Nelson, 1994) bahwa ikan nilem hijau adalah : Phylum : Chordata
Sub phylum : Vetebrata
Super class : Gnasthostoma Grade : Teleostomi
Class : Actinopterygii
Subclass : Neopterygii
Division : Teleostei
Superorder : Ostariophysi Ordo : Cypriniformes Familia: Cyprinidae Genus : Osteochillus
Species : Osteochillus hasselti
Ikan Nilem Merah
Berdasarkan hasil pengukuran meristik dengan melihat deskripsi dari ikan nilem merah ini yaitu :
• Jari bercabang pada sirip anal 5, jari bercabang pada sirip dorsal 15
• Linea lateralis 34, sisik antara linea lateralis dan awal sirip punggung 5 ½ , sisik pada batang ekor 16
• Moncongnya menyiku ke atas, keras, tidak ada tubus di moncong namun dijumpai tonjolan yang mengeras
• Bibirnya berumbai, bibir atas bagian ventral terbagi-bagi (endomorf)
• Pola warna tubuh kuning oranye dengan bercak kehitaman di tubuh
• Dari ciri-ciri di atas ikan ini tergolong genus Osteochillus, namun belum diketahui spesiesnya
Klasifikasi menurut Nelson ( 1994), ikan nilem merah termasuk ke dalam: Phylum : Chordata
Sub phylum : Vetebrata
Super class : Gnasthostoma Grade : Teleostomi Class : Actinopterygii Subclass : Neopterygii Division : Teleostei Subdivision : Euteleostei Superorder : Ostariophysi Ordo : Cypriniformes Familia: Cyprinidae Genus : Osteochillus
Species : Osteochillus sp
Ikan Nilem Were
Berdasarkan hasil pengukuran secara meristik, ciri dari ikan nilem were ini adalah sebagai berikut :
• Jumlah sirip anal 6, sirip punggung 25 1/2 , bibir berumbai
• 6 ½ sisik antara linea lateralis dan awal sirip punggung
• Panjang standar sekitar 4 kali panjang kepala
• Pola warna (bintik-bintik) di tubuh tidak begitu jelas terlihat, sebuah bulatan hitam terdapat pada pangkal ekor (tidak terlalu jelas)
• Sirip-siripnya kehitaman, sedangkan jenis-jenis lainnya (L. fasciatus, L. kuhli, L.
lineatus, L. ocellatus dan L. sabanus) hyalin, hanya L. festivus yang ujung terluar sirip punggung dan cuping sebelah dalam sirip ekornya hitam
• Belum diketahui sampai spesies, perlu diketahui pola warna selagi hidup
Berdasarkan deskripsi di atas ikan nilem were ini dapat diklasifikasikan (Nelson, 1994) sebagai berikut :
Phylum : Chordata
Sub phylum : Vetebrata
Super class : Gnasthostoma Grade : Teleostomi Class : Actinopterygii Subclass : Neopterygii Division : Teleostei Subdivision : Euteleostei Superorder : Ostariophysi Ordo : Cypriniformes Familia: Cyprinidae Genus : Labiobarbus Species : Labiobarbus sp
Ikan Nilem Beureum panon
Berdasarkan hasil pengukuran secara meristik, ciri dari ikan nilem beureum panon ini adalah sebagai berikut :
• Linea lateralis 29, 28, 29
• Jari-jari sirip punggung terakhir yang tidak bercabang bergrigi halus
• Sisik antara linea lateralis dan awal sirip punggung 5 ½ , CPD scale 16
• Bercak hitam di pangkal ekor
• Sirip ekor dengan garis hitam tebal di cuping bagian atas dan bawah
Berdasarkan deskripsi di atas ikan nilem beureum panon ini dapat diklasifikasikan (Nelson, 1994) sebagai berikut :
Phylum : Chordata
Sub phylum : Vetebrata
Super class : Gnasthostoma Grade : Teleostomi Class : Actinopterygii Subclass : Neopterygii Division : Teleostei Subdivision : Euteleostei Superorder : Ostariophysi Ordo : Cypriniformes Familia: Cyprinidae Genus : Puntius
Species : Puntius orphoides
Keragaman Genotipe RAPD
Berdasarkan molekulernya, dari 20 primer yang digunakan dalam penelitian ini hanya primer OPA- 11 yang menunjukkan hasil PCR yang paling baik. Primer OPA-11 menghasilkan fragmen-fragmen yang dapat digunakan sebagai pembeda diantara empat jenis ikan nilem yang diuji (Gambar 14). Ikan nilem hijau dan nilem merah memiliki pola fragmen RAPD yang hampir sama. Fragmen 3000, 1600, dan 1400 bp merupakan fragmen yang hanya didapatkan pada ikan nilem hijau dan nilem merah. Sedangkan
fragmen 725, 525, 475, dan 425 bp merupakan fragmen yang hanya ada pada jenis ikan nilem were. Fragmen 1050, 900, 650, 575, 450 dan 350 bp hanya didapatkan pada jenis ikan nilem beureum panon (Lampiran 6).
Gambar 14. Pola fragmen RAPD empat jenis ikan nilem yang dibudidayakan di daerah Tasikmalaya ( Jawa Barat), diamplifikasi menggunakan primer OPA-11 Keragaman genetik yang tentukan oleh nilai rata-rata heterozigositas dan persentase polimorfisme dari ikan nilem yang dianalisis berkisar antara 0,0083-0.1342 (Tabel 14). Nilai heterozigositas paling tinggi terlihat pada jenis ikan nilem merah yaitu 0,1342, sedangkan paling rendah pada ikan beureum panon (0,0083). Heterozigositas ikan nilem hijau (0,1176) tidak berbeda jauh dengan ikan nilem merah, sedangkan untuk nilem were adalah 0,054. Persentase polimorfik tertinggi adalah nilem merah (47,3684%), nilem hijau (42,1053%), nilem were (10,5263%) dan terrendah adalah nilem beureum panon (2,6316%).
Tabel 14. Heterozigositas dan persentase polimorfisme empat jenis ikan nilem dari Tasikmalaya (Jawa Barat) hasil RAPD menggunakan primer OPA-11
Nilem Hijau Nilem Merah Nilem Were Nilem Beureum panon
Heterozigositas 0,1176 0,1342 0,0514 0,0083
Polimorfisme (%) 42,1053 47,368 10,5263 2,6316
Nilem hijau Nilem merah Marker N. were N. Beureum panon
1000 bp 500 bp
Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan bahwa terdapat perbedaan genetik secara nyata antara populasi ikan nilem yang diuji berdasarkan tipe fragmennya (P<0,05) kecuali antara nilem hijau dengan nilem merah tidak berbeda nyata (P>0,05), hasil disajikan dalam Tabel 15.
Tabel 15. Uji perbandingan berpasangan Fst empat jenis ikan nilem di Tasikmalaya (Jawa Barat)
Nilem Hijau Nilem
Merah Nilem Were Nilem Beureum panon Nilem Hijau ****** Nilem Merah 1,0000 ****** Nilem Were 0,0000 0,0000 ******
Nilem Beureum Panon 0,0000 0,0000 0,0000 ******
Beda nyata P<0,05
Jarak genetik (D) yang dihitung menurut Nei (1978) secara komputasi dengan program TFPGA berdasarkan fragmen RAPD dari primer OPA11 antara koleksi ikan nilem tertera pada Tabel 16. Berdasarkan perhitungan jarak genetik dari 4 jenis ikan nilem yang terdapat di Jawa Barat, diperoleh nilai jarak genetik terdekat adalah antara jenis ikan nilem hijau dengan nilem merah yaitu sebesar 0,0034, kemudian antara jenis ikan nilem hijau dengan ikan nilem were yaitu 0,4403 dan antara nilem merah dengan ikan nilem were yaitu 0,4495. Setelah itu adalah antara ikan nilem were dengan nilem beureum panon yaitu 0,7692 dan antara nilem merah dengan nilem beureum panon yaitu 0,8626. Sedangkan jarak paling jauh adalah jarak genetik antara jenis ikan nilem hijau dengan nilem beureum panon dengan jarak genetik sekitar 0,8718.
Tabel 16. Matriks jarak genetik antar beberapa jenis ikan nilem yang terdapat di daerah Tasikmalaya Jawa Barat
Jenis Nilem Hijau Nilem Merah Nilem Were Nilem Beureum panon
Nilem Hijau *****
Nilem Merah 0,0034 *****
Nilem Were 0,4403 0,4495 *****
Nilem Beureum Panon 0,8718 0,8626 0,7692 *****
Hal ini diperkuat oleh hasil dendrogram yang dibentuk berdasarkan jarak genetik
tersebut dengan menggunakan program Unweighted Pair Group Arithmatic Average
(UPGMA), dimana dendrogram ini terbagi menjadi tiga kluster utama. kluster pertama adalah antara ikan nilem hijau dengan nilem merah, kemudian kluster kedua adalah
antara ikan nilem hijau-nilem merah dengan nilem were dan kluster ketiga adalah antara ikan nilem beureum panon dengan tiga jenis ikan nilem uji lainnya. Dendrogram ini menunjukkan bahwa kekerabatan ikan nilem hijau lebih dekat dengan ikan nilem merah, dibanding dengan ikan nilem were dan beureum panon (Gambar 15).
Gambar 15. Dendrogram hubungan kekerabatan empat jenis ikan nilem yang terdapat di Tasikmalaya (Jawa Barat) berdasarkan genotipe RAPD