Ada hal penting yang perlu diperhatikan sebelum pembudidaya memulai program pemuliaan seperti perkawinan silang atau hibridisasi, salah satunya adalah filogenetik atau hubungan kekerabatan (Yushinta, 2005). Filogenetik sangat berpengaruh pada keberhasilan suatu persilangan karena dapat memberikan gambaran terhadap kemungkinan adanya perkawinan antar populasi. Penentuan hubungan kekerabatan inter- populasi ikan nilem dapat dilakukan dengan pengukuran fenotipe (morfometrik dan meristik) dan genotipe (pendekatan molekuler). Berdasarkan hasil penelitian, metode molekuler merupakan metode yang paling akurat dalam mengggambarkan kekerabatan inter-populasi ikan nilem, namun metode ini memerlukan biaya yang sangat mahal dan keterampilan yang tinggi dalam pengerjaannya. Sedangkan pengukuran fenotipe lebih mudah dilakukan dan biayanya jauh lebih murah dibandingkan dengan pemetaan karakter genotipe sehingga lebih sesuai untuk diaplikasikan pada pembudidaya. Namun pengukuran morfometrik sangat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga hasil pengukuran yang diperoleh kurang akurat untuk menggambarkan kekerabatan inter-populasi ikan
Nilem hijau Nilem merah Nilem were Nilem beureum panon
nilem, sedangkan pengukuran meristik lebih mendekati hasil molekuler karena hanya sedikit dipengaruhi oleh lingkungan sehingga meristik dapat dijadikan metode alternatif untuk memperoleh data base hubungan kekerabatan inter-populasi ikan nilem.
Hasil penelitian yang menunjukkan merupakan informasi yang penting dalam mengambil keputusan untuk program pemuliaan yang akan dijalankan. Program hibridisasi sulit untuk dilakukan bila mengandalkan keempat jenis ikan nilem ini mengingat adanya perbedaan genus antara ikan nilem hijau dan nilem merah dengan ikan were dan beureum panon. Ikan were dan beureum panon memiliki peluang yang sangat kecil untuk disilangkan dengan nilem hijau dan nilem merah. Meskipun perkawinan antar genus atau intergenerik pernah berhasil dilakukan terhadap beberapa jenis ikan yang termasuk ke dalam golongan Cyprinidae seperti ikan common carp x mrigal (Gupta
et al. 1986) dan Leuciscus cephalus x Chalcalburnus chalcoides (Unver et al. 2008), namun perkawinan intergenerik sulit dilakukan karena faktor reproduksi yang membatasi terjadinya perkawinan antar genus seperti perbedaan waktu pemijahan dan perilaku memijah yang berbeda. Selain itu jumlah kromosom yang berbeda antar spesies atau genus akan sangat mempengaruhi keberhasilan kawin silang karena dapat menghasilkan turunan abnormal bahkan letal (Yushinta, 2005) dan perkawinan intergenerik berpeluang besar untuk menghasilkan anakan yang steril. Persilangan antara ikan nilem hijau dengan nilem merah berpeluang menaikkan nilai heterozigositas keduanya, namun polimorfismenya tidak akan banyak berubah mengingat kedua jenis ikan ini memiliki keragaman alel yang rendah sehingga program hibridisasi kurang potensial untuk dikembangkan.
Dalam rangka melakukan program seleksi ikan nilem langkah awal yang perlu dilakukan adalah pembentukan populasi dasar. Pembentukan populasi dasar membutuhkan stok induk yang memiliki keragaman genetik tinggi sehingga mampu menyediakan alel-alel yang beragam yang berhubungan dengan produktivitas seperti laju pertumbuhan yang tinggi, nilai konversi pakan kecil atau tahan terhadap penyakit. Oleh karena itu untuk dapat menyediakan keragaman genetik yang tinggi, hal utama yang harus dilakukan adalah memperbaiki keragaman genetik ikan nilem di Jawa Barat. Hal ini dapat dilakukan melalui perbaikan sistem rekrutmen dengan menambah jumlah pasang induk yang akan digunakan dalam pemijahan yaitu minimal 25 pasang induk.
Namun populasi Sukabumi dan Cirata yang memiliki nilai heterozigositas dan polimorfismenya yang rendah tidak mungkin dapat ditingkatkan dengan cara menambah jumlah pasang induk tetapi melalui introduksi gen dari populasi lain seperti Sumedang yang memiliki keragaman genetik tertinggi di Jawa Barat.
Kesimpulan
1. Analisis morfometrik menunjukkan bahwa ikan nilem hijau dicirikan oleh empat karakter morfometrik B4, C1, C5 dan C6 dan jarak genetik enam populasi ikan nilem hijau di Jawa Barat berkisar antara 0,0153-0,1392
2. Hasil analisis meristik dan RAPD menunjukkan bahwa hubungan inter-populasi ikan nilem hijau di Jawa Barat tidak berbeda kecuali populasi Sumedang secara genetis memiliki keragaman lebih tinggi dan alel spesifik (fragmen 1100 bp) yang tidak ditemukan pada populasi lain. Sedangkan hubungan interspesifik nilem hijau dan nilem merah secara genetis berbeda genus dengan ikan were dan beureum panon. Jarak genetik ikan nilem hijau lebih dekat dengan ikan nilem merah (0,034) di bandingkan dengan ikan were (0,45) maupun beureum panon (0,8).
3. Faktor lingkungan (rekrutmen, kualitas air dan sistem budidaya) diduga
berpengaruh terhadap karakter fenotip truss morfometrik ikan nilem yang terdapat di Jawa Barat.
Saran
Terkait dengan program pemuliaan, dalam rangka meningkatkan heterozigositas ikan nilem perlu dilakukan rekrutmen menggunakan stok induk yang memiliki keragaman genetik tinggi dalam jumlah banyak. Selain itu, sebaiknya pembudidaya melakukan kegiatan rekrutmen sendiri sehingga budidaya ikan nilem menjadi lebih terkontrol
Alberto F, Santos R, and Leitao J M. 1999. Assessing patterns of geographic dispersal of
Gelidium sesquipedale (Rhodophyta) through RAPD differentiation of populations.. Marine Ecologies Progress Series Vol . 191: 101-108.
Alit IGK. 2009. Pengaruh padat penebaran terhadap pertambahan berat dan panjang badan belut sawah (Monopterus albus). Jurnal Biologi Vol. 13 (1) : 25-28.
Arifin OZ dan Kurniasih T. 2007. Variasi genetik tiga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) berdasarkan polimorfisme mt-DNA. Jurnal Riset Akuakultur Vol. 2 (1) : 67-75.
Asih S, Nugroho E, Kristanto AH, dan Mulyasari. 2008. Penentuan variasi genetik ikan batak (Tor sorro) dari Sumatera Utara dan Jawa Barat dengan metode analisis
Randomly Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Jurnal Riset Akuakultur Vol. 3 (1) : 91-97.
Bártfai R, Egedi S, Yue GH, Kovács B, Urbányi B, Tamás G, Horváth L, and Orbán L. Genetic analysis of two common carp broodstocks by RAPD and microsatellite markers. http://www.tll.org.sg/publications/0301_bartfai_aqua.pdf. [2 September 2008]
Beaumont AR and Hoare K. 2003. Biotechnology and Genetics in Fisheries and
Aquaculture. Blackwell Science, Ltd, UK.
Budiharjo A. 2002. Seleksi dan potensi budidaya jenis-jenis ikan wader dari genus Rasbora. Biodiversitas Vol. 3 (2) : 225-230.
Callejas C and Ochando MD. 2002. Phylogenetic relationships among Spanish Barbus
species (Pisces, Cyprinidae) shown by RAPD markers. Heredity (89) : 36–43. http://www.nature.com/hdy/journal/v89/n1/full/6800091a.html. [2 September 2008]
Cholik F, Jagatraya AG, R.P. Poernomo, dan A. Jauzi. 2005. Akuakultur: Tumpuan Harapan Masa Depan Bangsa. Masyarakat Perikanan Nusantara dan Taman Akuarium Air Tawar-TMII, Jakarta.
Corti M. Thorpe RS, Sola L, Sbodoni V, and Cataudella S. 1988. Multivariate morphometrics in aquaculture : a case study of six stocks of common carp (Cyprinus carpio) from Italy. Canadian Journal Fisheries Aquaculture Science
(45) : 1548-1554.
Dunham RA. 2004. Aquaculture and Fisheries Biotechnology : Genetic Approaches. CABI publishing, UK. ‘372 pp.
Gupta SD, Khan HA, Reddy VNGK and Kontal GV. 1986. Studies on the intergeneric hybrid, common carp, Cyprinus carpio Communish x mrigal cirrhinus mrigala (Hamilton). http://www.fao.org/docrep/field/003/AC209E/ AC209E00. htm [8 Oktober 2009]
Hadi W, Sumantadinata K, Carman O, dan Hadi LE. 2002. Pendugaan jarak genetik populasi udang galah (Macrobrachium rosenbergii) dari sungai Musi, sungai
Kapuas dan sungai Citanduy dengan truss morphometric untuk mendukung
program pemuliaan. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, Vol. 8 (2) : 1-7.
Hardjosubroto W. 1994. Aplikasi Pemuliabiakan Ternak di Lapangan. Penerbit PT
Grasindo, Jakarta. 283 pp.
Irwanto. 2006. Hubungan konseptual antara keragaman dan perolehan genetik. http://www.irwantoshut.com /pdf. [22 September 2008]
Jayasangkar P. 2005. Application of RAPD and AFLP to detect genetic variation in fishes. In : Fish Genetic and Aquaculture Biotechnology, Eds: T.J. Pandian, C.A. Strussmann, M.P. Marian. Science Publisher, Inc., USA. p 29-36.
Kholifah U, Trisyani N, dan Yuniar I. 2009. Pengaruh padat tebar yang berbeda terhadap
kelangsungan hidup dan pertumbuhan pada polikultur udang windu (Penaeus
monodon Fab) dan ikan bandeng (Chanos chanos) pada hapa di tambak Brebes – Jawa Tengah. http : // puslit2. petra. ac. id/ ejournal/index.php/nep/article/view DownloadInterstitial/17130/17059. [25November2009].
Kottelat M, Whitten AJ, Kartikasari SN, dan Wirjoatmodjo S. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Periplus Editions (HK) Ltd.
Lambert Y & Dutil JD. 2001. Food intake and growth of adult Atlantic cod (Gadus morhua L.) reared under different conditions of stocking density, feeding frequency and size-grading. Aquaculture 192: 233-247.
Liu Z. 2007. Randomly amplified polymorphism DNA (RAPD). In : Aquaculture Genome Technologies, Eds: Z .Liu. Blackwell Publishing, USA.
Mamangkey JJ, Sulistiono, Sjafei DS, Soedharma D, Sukimin S dan Nugroho E. 2007. Keragaman genetik ikan endemik butini (Glossogobius matanensis) berdasarkan
penanda Randomly Amplified Polymorphism DNA (RAPD) di Danau Towuti
Sulawesi Selatan. Jurnal Riset Akuakultur Vol. 2 (3) : 389-397.
Mangampa, Busran M dan Suswoyo HS. 2008. Optimalisasi padat tebar terhadap sintasan tokolan udang windu dengan sistem aerasi di tambak. http: //www.yahoo.com. [02 juli 2008]
Miller MP. 1997. Tools for Population Genetic Analysis (TFPGA) version 1.3.
Department of Biological Science. Northern Arizona University, Arizona, USA. Nelson JS. 1994. Fishes of the World. Third edition. John Wiley & Sons. Inc., New
York, USA.
Nugroho E, Hadie W, Subagja J, dan Kurniasih T. 2005. Keragaman genetik dan
morfometrik pada ikan baung Mystus nemurus dari Jambi, Wonogiri dan
Jatiluhur. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia Vol. 11 (7) : 1-6.
Nugroho E, Subagja J, Asih S, dan Kurniasih T. 2006. Evaluasi keragaman genetik ikan
kancra dengan menggunakan marker mt-DNA D- loop dan Randomly Amplified
Polymorphism DNA (RAPD). Jurnal Riset Akuakultur Vol. 1 (2) : 211-217.
Parenrengi A, Sulaeman, Hadi W dan Tenriulo A. 2007. Keragaman morfologi udang
pama (Penaeus simiculcatus) dari perairan Sulawesi Selatan dan Sulawesi
Tenggara. Jurnal Riset Akuakultur Vol. 2 (1) : 389-397.
Pollar M, Jaroensutasinee M, and Jaroensutasinee K. 2007. Morphometric analysis of Tor tambroides by Stepwise Discriminant and Neural Network Analysis.Proceedings of World Academy of Science, Engineering and Technology, Volume 21 January 2007.http://www.waset.org/pwaset/v19/v19-74.pdf. [12 Maret 2008]
Rahardjo AA dan Marliani L. 2007. Nilem: Diolah Naik Derajat. Trubus.
http://www.trubus.com. [21 Maret 2008]
Setijaningsih L, Arifin OZ, dan Gustiano R. 2007. Karakterisasi tiga strain ikan gurame (Osphronemus gouramy Lac.) berdasarkan metode truss morfometriks. Jurnal Iktiologi Indonesia, Vol. 7 (1) : 23-30.
Sherizan E. 2007. The Biodiversity and Systematic Relationships of The Labeoin Group of Fishes within Subfamily Cyprinidae in Peninsular Malaysia. [thesis]. Universiti Sains Malaysia. http : //eprints.usm.my / 8319 / 1 / the biodiversity and systematic relationships of the labeoin group of fishes within the sub-family cyprinidae. pdf. [10 Juni 2009]
Silva A. 2003. Morphometric variation among sardine (Sardina pilchardus) populations from the northeastern Atlantic and the western Mediterranean. ICES Journal of
Marine Science: Journal du Conseil 2003 60(6):1352-1360.
http://icesjms.oxfordjournals.org/cgi/content/full/60/6/1352 [12 Maret 2008]. Syahid M, Subhan A dan Armando R. 2006. Budidaya Udang Organik Secara polikultur.
Penebar swadaya: Jakarta.
Syandri H. 2004. Penggunaan ikan nilem (Osteochilus hasselti CV) dan ikan tawes (Puntius javanicus CV) sebagai agen hayati pembersih perairan Danau Maninjau Sumatera Barat. Jurnal Natur Indonesia 6(2) : 87-90.
Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdaya Perikanan dan Kelautan. Departemen Manajemen sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Subagja J, Gustiano R, dan Djajasewaka H. 2006a. Penentuan dosis hormon steroid dan teknik pemberian untuk feminisasi ikan nilem (Osteochilus hasselti). Laporan Hasil Riset Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Tahun Anggaran 2006. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Bogor, Pusat Riset Perikanan Budidaya, Badan Riset Kelautan dan Perikanan, Departemen Kelautan dan Perikanan. Hal 300-312.
Subagja J, Gustiano R, dan Winarlin L. 2006b. Pelestarian ikan nilem (Osteochilus hasselti CV) melalui teknologi perbenihannya. Prosiding Lokakarya Nasional Pengelolaan dan Perlindungan Sumberdaya Genetik di Indonesia, Bogor, 20 Desember 2006. Hal 279-286.
Sugama K, Haryanti, dan Cholik F. 1996. Biochemical genetics of tiger shrimp Penaeus monodon : description electrophoresis detectable loci. Indonesian Fish Res. J.
11(1) : 19-28.
Tave D. 1995. Selective Breeding Programme for Medium-Sized Fish Farms. FAO Fish
Technical Paper. No. 352. Rome, Italy. 122 pp.
Turan C. 1999. A note on the examination of morphometric differentiation among fish populations: the truss system. Turkey Journal of Zoology (23) : 259-263. http://journals.tubitak.gov.tr/veterinary/issues/vet-04-28-5/vet-28-5-13-0302- 28.pdf. [11 September 2008]
Turan C. and Batusta N. 2001. Comparison of morphometric characters of Twaite shad (Alosa fallax nilotica, Geoffroy Saint- Hilaire, 1808) among three areas in Turkish seas.http://www.onema.fr/BFPP/bfpp/Article/362_363/362p1027.pdf.[11 September 2008]
Turan C, Erguden D, Gurlek M, Bafiusta N and Turan F. 2004. Morphometric structuring of the anchovy (Engraulis encrasicolus L.) in the Black Aegean and northeastern Mediterranean seas. Turkey Journal Veterinary Animal Science (28) : 865-871.http://journals.tubitak.gov.tr/veterinary/issues/vet-04-28- 5/vet-28-5-13-0302-28.pdf. [12 Maret 2008]
Turan, C. 2007. http://journals.tubitak.gov.tr/veterinary/issues/vet-04-28-5/vet-28-5-13- 0302-28.pdf. [11 September 2008]
Unver, B, Tatlidil H, and Erk’akan F. 2008. Biometrical features of intergeneric hybrid between lueciscus cephalus (L.) and Chalcalburnus chalcoides (G.) (osteichthyes- Cyprinidae) distributed in lake To durge (Sivas-Turkey). Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Science 8 : 207-213.
Widiyati A. 2003. Keragaman fenotip dan genotip ikan nila (Oreochromis niloticus) dari Danau Tempe (Sulawesi Selatan) dan beberapa sentra produksi di Jawa Barat. [Tesis]. Program Pasca Sarjana, Institut Pertanian Bogor.
Widiyati A, Subandriyo, Sumantadinata K, Hadi W dan Nugroho E. 2004. Keragaman morfologi dan fluktuasi asimetri ikan Nila (Oreochromis niloticus) dari danau Tempe (SulSel) dan beberapa sentra produksi di Jawa Barat. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia Vol 10 (5):47-53.
Winarlin L, Setiadi E, Widiyati A dan Djajasewaka H. 2006. Pengaruh tingkat kedalaman air terhadap perkembangan pakan alami untuk pertumbuhan benih ikan nilem (Osteochilus hasselti CV). Laporan Hasil Riset Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Tahun Anggaran 2006. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Bogor, Pusat Riset Perikanan Budidaya, Badan Riset Kelautan dan Perikanan, Departemen Kelautan dan Perikanan..
A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B3 B4 B5 B6 C1 C3 C4 C5 C6 D1 D3 D4 D5 D6 Correlation A1 1 A2 -0.43 1 A3 0.29 -0.05 1 A4 0.60 0.13 0.03 1 A5 0.58 0.19 0.33 0.65 1 A6 0.30 0.28 0.19 0.67 0.40 1 B1 0.10 -0.08 0.06 0.16 -0.01 0.19 1 B3 0.09 -0.06 -0.41 0.44 0.06 0.16 0.24 1 B4 0.40 0.20 0.18 0.60 0.45 0.54 0.42 0.03 1 B5 0.42 0.08 -0.08 0.74 0.44 0.48 0.64 0.51 0.68 1 B6 0.52 0.08 0.16 0.80 0.50 0.69 0.30 0.30 0.66 0.62 1 C1 -0.06 0.23 0.01 -0.05 0.08 0.05 -0.30 -0.12 -0.03 -0.16 0.09 1 C3 0.31 0.06 0.22 0.19 0.28 0.16 0.17 -0.23 0.55 0.31 0.22 0.11 1 C4 0.25 0.12 0.08 0.35 0.26 0.36 0.20 -0.07 0.58 0.39 0.50 0.25 0.06 1 C5 0.38 0.16 0.17 0.42 0.42 0.35 0.35 -0.13 0.80 0.59 0.55 0.28 0.65 0.65 1 C6 0.39 0.00 0.03 0.50 0.35 0.46 0.24 0.07 0.58 0.53 0.61 0.14 0.12 0.77 0.56 1 D1 -0.17 -0.06 -0.21 -0.12 -0.12 -0.20 -0.15 0.11 -0.04 0.01 -0.17 -0.08 0.05 0.00 0.04 0.06 1 D3 -0.25 0.23 -0.10 -0.17 -0.11 -0.06 0.01 -0.05 -0.11 -0.11 -0.08 0.23 -0.09 0.06 -0.02 -0.05 0.05 1 D4 -0.05 0.14 0.27 -0.19 0.00 -0.05 0.12 -0.35 0.10 -0.10 0.04 0.08 0.19 0.15 0.21 0.02 0.01 0.29 1 D5 -0.03 0.06 0.17 -0.06 0.05 0.00 -0.10 -0.13 -0.07 -0.11 -0.10 0.15 0.04 -0.07 -0.09 -0.05 0.09 0.65 0.22 1 D6 -0.23 0.04 -0.04 -0.09 -0.12 0.02 -0.07 -0.11 0.02 -0.06 -0.13 -0.22 -0.03 0.02 -0.04 -0.03 0.43 0.26 0.19 0.24 1 A The covariance matrix has 76 degrees of freedom.
Lampiran 2. Uji signifikansi pada 21 karakter morfometrik enam populasi ikan nilem hijau di Jawa Barat
Karakter yang diukur W ilks' Lambda F df1 df2 Sig,
A1 0,468 25,868 5 114 0,000 A2 0,668 11,347 5 114 0,000 A3 0,653 12,101 5 114 0,000 A4 0,474 25,309 5 114 0,000 A5 0,542 19,273 5 114 0,000 A6 0,619 14,029 5 114 0,000 B1 0,334 45,391 5 114 0,000 B3 0,795 5,879 5 114 0,000 B4 0,913 2,178 5 114 0,061tn B5 0,891 2,795 5 114 0,020 B6 0,845 4,194 5 114 0,002 C1 0,983 0,383 5 114 0,860tn C3 0,838 4,412 5 114 0,001 C4 0,863 3,615 5 114 0,005 C5 0,920 1,986 5 114 0,086tn C6 0,926 1,833 5 114 0,112tn D1 0,578 16,669 5 114 0,000 D3 0,669 11,283 5 114 0,000 D4 0,640 12,852 5 114 0,000 D5 0,622 13,846 5 114 0,000 D6 0,857 3,820 5 114 0,003 Beda nyata P < 0,05 tn
Lampiran 3. Uji signifikans i enam karakter meristik enam populasi ikan nilem hijau di Jawa Barat
Karakter yang diukur Wilks' Lambda F df1 df2 Sig.
Sirip Dorsal 0,94 1,4 5 114 0,399tn
Sirip Pektoral Kiri 0,96 0,9 5 114 0,157tn
Sirip Pektoral Kanan 0,95 1,1 5 114 0,357tn
Sirip Ventral Kiri 0,93 1,6 5 114 0,062tn
Sirip Ventral Kanan 0,95 1,3 5 114 0,121tn
Sirip Anal 0,95 1,2 5 114 0,421tn
tn
tidak beda nyata p>0,05
Lampiran 4. Uji signifikansi 21 karakter morfometrik empat jenis ikan nilem di Tasikmalaya (Jawa Barat)
Karakter yang diukur Wilks' Lambda F df1 df2 Sig.
A1 0,870 3,779 3 76 0,014 A2 0,675 12,183 3 76 0,000 A3 0,723 9,712 3 76 0,000 A4 0,810 5,941 3 76 0,001 A5 0,873 3,688 3 76 0,015 A6 0,580 18,374 3 76 0,000 B1 0,746 8,604 3 76 0,000 B3 0,270 68,667 3 76 0,000 B4 0,469 28,632 3 76 0,000 B5 0,920 2,198 3 76 0,095tn B6 0,811 5,919 3 76 0,001 C1 0,742 8,807 3 76 0,000 C3 0,044 547,709 3 76 0,000 C4 0,131 168,196 3 76 0,000 C5 0,266 69,973 3 76 0,000 C6 0,185 111,293 3 76 0,000 D1 0,746 8,615 3 76 0,000 D3 0,310 56,436 3 76 0,000 D4 0,816 5,698 3 76 0,001 D5 0,175 119,156 3 76 0,000 D6 0,638 14,376 3 76 0,000 Beda nyata P <0,05 tn