Beberapa spesies terlindungi dapat ditemukan pada kawasan ini, antara lain penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), lumba-lumba (Delphi nusdelphis, Stenella longiotris, Tursiops truncatus), ikan napoleon (Cheilinus undulatus) kima (Tridacna sp), Lola (Trochus sp), ketan kenari (Birgus latro). Ikan Napoleon (Cheilinus undulatus) dijumpai pada daerah karang yang kondisinya relatif baik. Kepiting kenari dijumpai pada lubang-lubang batu di Pulau Oroho (Kompona
One), Simpora, Kapota, Hoga, Lentea Tomia, Runduma, Wangi-Wangi, Tomia, Binongko. Kondisi tekstur tanah didominasi batu-batu cadas merupakan habitat dari hewan ini dan memiliki sumber makanan yakni kelapa. Kepiting kenari melimpah pada musim penghujan dan bulan gelap (TNW 2008).
3.2.2 Keanekaragaman dan Kesehatan Terumbu Karang
Laporan Rapid Ecological Assesment (REA) 2003, ditemukan 396 spesies karang scleractinia hermatipic, terbagi dalam 68 genus dan 15 famili, dimana rataan setiap stasiun pengamatan berkeragaman 124 spesies. Sebanyak 10 spesies karang keras non scleractinia atau ahermatipic dan 28 genera karang lunak juga berhasil dicatat. Tingkat keragaman ini termasuk relatif tinggi bila dihubungkan dengan keragaman habitat yang disurvei yang cenderung rendah keragamannya dan ini merupakan sebuah indikasi dimana Wakatobi terletak di pusat keanekaragaman hayati terumbu karang (TNW 2008).
3.2.3 Keanekaragaman Ikan
Berdasarkan penelitian The Nature Conservancy (TNC), sebanyak 590 spesies ikan dari 52 famili ditemukan di perairan TNW. Famili-famili paling beragam spesiesnya antara lain jenis-jenis wrase (Labridae), damsel (Pomacentridae), kerapu (Serranidae), kepe-kepe (Chaetodontidae), surgeon (Acanthuridae), kakatua (Scaridae), cardinal (Apogonidae), kakap (Lutjanidae), squirrel (Holocentridae), dan angel (Pomacanthidae). Kesepuluh famili ini meliputi hampir 70% dari total hewan yang tercatat REA 2003.
Hampir lebih dari 80% lokasi yang disurvei selama REA berada pada peringkat yang menunjukkan satu tingkat keragaman yang tinggi dari seluruh lokasi yang disurvei dan menempatkan wilayah ini pada posisi dua tertinggi dari 33 daerah yang telah lebih dulu disurvei untuk informasi yang sama (TNW 2008).
3.2.4 Keanekaragaman Karang-karang Fungi dan Genus Scleractinia
REA 2003 mencatat sebanyak 31 spesies karang fungi (mushroom) dari 29 sampai 31 lokasi sampel. Walaupun Wakatobi adalah pusat dari keanekaragaman hayati, wilayah ini tidak cukup kaya akan karang fungi. Satu faktor pembatas keragaman karang fungi di Wakatobi adalah keragaman habitat yang relatif rendah; dibandingkan dengan daerah lain seperti Kepulauan Spermonde di Sulawesi Barat Daya, setidaknya dua tipe habitat yang berbeda yang secara umum kumpulan karang fungi berkumpul (terumbu berpasir di kedalaman dan terumbu yang dipengaruhi aliran air tawar dari sungai) tidak terlalu banyak. Spesies fungi yang ditemui di Wakatobi mencakup sebagian besar yang biasanya ditemukan di lokasi lepas pantai di area dengan suatu landas kontinen seperti Spermonde. Sebagai perbandingan kumpulan fungi ini mirip dengan yang ada di Sulawesi Utara dan Kepulauan Togian dimana keduanya jarang terdapat habitat terumbu berpasir di kedalaman.
Terkait dengan jenis karang scleractinia, secara umum walaupun agak beragam, tidak menunjukkan adanya sesuatu yang unik – bisa jadi karena rendahnya tingkat keragaman habitat yang ada. Meskipun begitu REA 2003 mencatat beberapa temuan yang cukup menarik, yaitu adanya suatu kumpulan karang di area hamparan padang lamun (seperti Catalaphyllia Jardineri, Fungia (Cycloseris) sinensis dan F. (C.) cyclolites- dimana pada umumnya ada di kedalaman). Ada juga, suatu perubahan warna yang tidak biasa pada Hydrocoral Distichopora Violacea (dimana cabang yang diamati mempunyai suatu pita putih di bawah ujung berwarna) ditemukan dan mungkin merupakan suatu subspesies endemik Sulawesi Tenggara (TNW 2008).
3.2.5 Foraminifera
Selama REA, 31 spesies dari foraminifera berhasil dikoleksi dimana 9 diantaranya belum dapat diidentifikasi atau memerlukan pengamatan lebih lanjut untuk menentukan jenis taksonomi yang tepat. Ini merupakan jumlah yang tinggi dibandingkan dengan keragaman di lain tempat di Indo-West Pacific yang pernah diamati (seperti Cebu, Kepulauan Spermonde di Sulawesi, dan Bali). Secara umum
tiga kelompok foraminifera dapat diidentifikasi : hamparan terumbu (reef flat), dan bagian dalam laguna dan terumbu miring. Hamparan terumbu yang meluas di daerah ini, sebagian besar ditutupi padang lamun, merupakan habitat penting bagi foraminifera, seperti halnya di bagian dalam laguna atol – keduanya merupakan rumah bagi sejumlah spesies foraminifera yang unik. Keragaman yang tinggi, pembagian habitat yang tinggi dan densitas yang tinggi (dikombinasi dengan densitas yang rendah dari foraminifera yang non simbiose) menunjukkan bahwa kondisi pertumbuhan terumbu di wilayah ini sangat baik (TNW 2008).
3.2.6 Stomatopoda
Terdapat 34 spesies dari 8 famili dan 16 genus yang telah diobservasi REA 2003. Dua spesies yang terkumpul belum dapat diidentifikasi, dari genus Gonodactylopsis dan genus Chrosquilla yang ditemukan pada kedalaman 20 meter pada dinding vertikal. Seperti yang diharapkan, spesies-spesies yang ditemukan di Wakatobi mencerminkan spesies-spesies yang dominan di perairan jernih tipikal dari terumbu yang menghadap ke laut dalam atau laut lepas.
Koleksi yang ada menambah jumlah spesies stomatopoda terumbu yang sudah diketahui, menempatkan Wakatobi sejajar dengan Kepulauan Raja Ampat yang memiliki jumlah tertinggi untuk spesies stomatopoda yang berasosiasi dengan terumbu. Jelas bahwa TNW merupakan tempat yang memiliki keanekaragaman stomatopoda yang berasosiasi dengan terumbu yang memperkuat arti penting kawasan konservasi ini bagi pelestarian keanekaragaman hayati (TNW 2008).
3.2.7 Ikan Target Komersial
Ditemukan sejumlah 647 ekor Serranidae dan 29 ekor Napoleon Wrasse Chelinus undulatus. Dari kerapu yang dicatat, hanya 100 ekor (kurang dari 1/6) merupakan spesies yang memiliki nilai tinggi dalam perdagangan ikan karang hidup (umumnya spesies Epinephelus dan Plectropomus). Bahkan bila kita secara konservatif menduga hanya 50% dari species target yang ada yang tercatat, total
sejumlah 260 target spesies dalam waktu observasi selama 20 jam menunjukkan bahwa densitas yang relatif rendah dan ini menunjukkan telah terjadi tekanan dari usaha perikanan yang tinggi pada spesies ini (TNW 2008).
3.2.8 Tumbuhan Lamun
Terdapat 9 jenis lamun ditemukan di perairan Wakatobi dari 12 jenis yang ada di Indonesia. Penelitian CRITC COREMAP-LIPI (2001) menyatakan bahwa secara umum padang lamun di perairan Wakatobi didominasi oleh Thalassodendron ciliatum, dengan persentase tutupan 66%, kerapatan 738,2 tegakan/m2 dan total biomassa 236,21 gram berat kering/m2 (TNW 2008).
3.2.9 Cetaceans
Dari monitoring bersama BTNW dan joint program TNC-WWF sampai tahun 2006 tercatat 11 jenis cetacean ditemukan antara lain paus sperma (sperm whale), paus pemandu (pilot whale), paus bongkok (humpback whale), paus biru (blue whale), lumba-lumba hidung panjang (spinner dolphin) dan lumba-lumba hidung botol (bottle-nosed dolphin) (TNW 2008).
3.2.10 Penyu
Dua jenis penyu yakni penyu sisik (Eretmochelys imbricata) dan penyu hijau (Chelonia mydas) ditemukan di perairan Wakatobi. Monitoring BTNW dan TNC- WWF menemukan 5 lokasi dominan tempat peneluran penyu, yaitu Pulau Runduma, Anano, Kentiole, Tuwu-Tuwu (Cowo-Cowo) dan Moromaho (TNW 2008).
3.2.11 Mangrove
Beberapa jenis mangrove yang ditemukan di TNW tercatat 22 jenis dari 13 famili mangrove sejati, antara lain : Rhizophora stylosa, Sonneratia alba, Osbornia octodonta, Ceriops tagal, Xylocarpus moluccensis, Scyphiphora hydrophyllacea, Bruguiera gymnorrhiza, Avicennia marina, Pemphis acidula, dan Avicennia
officinalis. Monitoring BTNW dan joint program TNC-WWF tahun 2006 menjelaskan kondisi mangrove sedang sampai baik. Pulau dengan mangrove terluas adalah Pulau Kaledupa, meliputi hampir seluruh garis keliling pulau. Tekanan manusia cukup tinggi atas mangrove di Pulau Wangi-Wangi, Kaledupa, Tomia. Sedangkan untuk Binongko kondisi mangrove relatif terjaga, karena status mangrove di Binongko kebanyakan adalah hutan adat (TNW 2008).
3.3 Gambaran Masyarakat