PERSILANGANNYA DENGAN METODE PCR-SSCP
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
RINGKASAN
Ferdy Saputra. D14070024. 2011. Identifikasi Keragaman Genβ-Kasein (CSN2) pada Kambing Peranakan Etawah, Saanen dan Persilangannya dengan Metode PCR-SSCP. Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Ir. Sri Darwati, M.Si
Pembimbing Anggota : Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc
Gen β-kasein secara langsung berkaitan dengan kualitas dan sifat susu. Keragaman gen β-kasein pada kambing perah di Indonesia telah berhasil diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP). Metode PCR-SSCP merupakan metode yang sensitif dalam mendeteksi adanya keragaman DNA. Metode ini merupakan pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan pada perbedaan berat molekul pasangan basa, sehingga dapat menghasilkan perbedaan struktur sekunder gen.
Berdasarkan pola migrasi, kambing PE di lokasi Ciapus ditemukan tiga genotipe, yaitu CC, AA dan CA. Kambing PE di lokasi Cariu dan Elang 45 ditemukan empat genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO. Kambing Saanen di lokasi Cijeruk ditemukan lima genotipe, yaitu CC, AA, OO, CA dan AO. Kambing Saanen di lokasi Cariu dan Taurus ditemukan empat genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO. Kambing PESA di lokasi Cariu ditemukan empat genotipe, yaitu AA, OO, CA dan AO. Kambing PESA di lokasi Balitnak hanya ditemukan dua genotipe, yaitu CC dan CA.
Pada kambing PE ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel C sebesar 0,66 dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,00 keduanya di lokasi Ciapus. Kambing Saanen ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel A sebesar 0,66 di populasi Cijeruk dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,12 di populasi Taurus. Kambing PESA ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel C sebesar 0,83 dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,00 keduanya di lokasi Balitnak.
Keragaman gen β-kasein pada Kambing PE, Saanen dan persilangannya sangat tinggi dengan ditemukannya tiga alel, yaitu C, A dan O. Pada Kambing PE di Cariu dan Elang 45 ditemukan tiga genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO. Kambing Saanen di Cijeruk dan Kambing PESA di Cariu ditemukan lima genotipe, yaitu CC, AA, OO, CA dan AO. Alel A merupakan alel yang frekuensinya tinggi pada kambing PE, Saanen dan PESA yang berada di hampir semua lokasi dalam penelitian ini kecuali pada kambing PE di Ciapus dan kambing PESA di Balitnak.
ABSTRACT
Identification ofβ-Kasein Gene in Local Dairy Goat Using SSCP-PCR Method Saputra, F., S. Darwati and C. Sumantri
Casein genetic polymorphisms are important and well known due to their effects on quantitative traits and properties of milk. β-kasein gene is directly related to the quality and properties of milk. A protocol for the rapid and simultaneous genotyping of β-kasein alleles was conducted by single strand conformational polymorphism polymerase chain reaction (SSCP-PCR) method in goat. Screening β-kasein gene variability in 3 dairy goat breeds was conducted for Etawah Grade (77 samples), Saanen (67 samples) and PESA (Crossbreed Etawah Grade with Saanen) (29 samples) in Bogor and Sukabumi. The objective of this research was to identify polymorphism of theβ-kasein (CSN2) gene in dairy goat. This research found three alleles of the β-casein gene, ie CSN2*A, CSN2*C, dan CSN2*O. In most breeds, CSN2*O occurred in the lowest frequency. The identification of the CSN2 gene variability in the goat breeds indicated the highly of theAallele. The CSN2*Aallele had a high frequency in Saanen in Cijeruk (0,66); Etawah Grade in Cariu (0,62); and PESA in Cariu (0,54). While the CSN2*C allele had a high frequency in PESA in Balitnak (0,83); Etawah Grade in Ciapus (0,48); and Saanen in Taurus (0.38). Based on the results of chi-square analysis, found that Saanen in Cariu and Taurus were not in Hardy-Weinberg equilibrium.
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kambing perah merupakan salah satu ternak alternatif yang banyak digunakan sebagai ternak penghasil susu selain sapi perah. Kambing dapat hidup di daerah kering dan dapat memanfaatkan hijauan pakan secara efisien. Ternak kambing mempunyai potensi untuk berkembang karena mempunyai kemampuan beradaptasi cukup tinggi.
Jumlah produksi susu segar di Indonesia sebanyak 647 ton pada tahun 2008 (Direktorat Jenderal Peternakan, 2008). Impor produk susu pada tahun 2008 di Indonesia sebesar 665.159,5 ton (Badan Pusat Statistika, 2008). Dari data tersebut, produksi susu nasional belum mampu memenuhi seluruh kebutuhan konsumsi nasional. Konsumsi susu dan impor susu akan terus meningkat, sehingga perlu peningkatan populasi ternak perah, efisiensi produksi susu dan diversifikasi ternak perah.
Populasi kambing di Indonesia pada tahun 2008 berjumlah sekitar 15.147.432 ekor (Direktorat Jenderal Peternakan, 2008). Data tersebut merupakan jumlah seluruh bangsa kambing yang ada di Indonesia. Jadi, kemungkinan jumlah kambing perah di Indonesia tidak terlalu banyak. Untuk itu, perlu peningkatan jumlah kambing perah di Indonesia. Pemeliharaan kambing perah juga merupakan salah satu alternatif upaya diversifikasi ternak perah dan peningkatan produksi susu. Indonesia memiliki beberapa jenis ternak kambing perah, yaitu kambing Saanen, Peranakan Etawah dan Persilangan Peranakan Etawah dan Saanen (PESA).
Salah satu upaya untuk memperbaiki produksi dan kualitas susu kambing adalah dengan seleksi dan persilangan. Bidang genetika molekuler dengan kemajuan teknologi saat ini dapat melakukan seleksi dengan mengidentifikasi keragaman pada tingkat DNA termasuk β-kasein. Dalam beberapa tahun terakhir, polimorfisme kasein pada kambing telah membangkitkan minat penelitian yang cukup besar karena kasein berhubungan dengan kualitas dan komposisi susu (Martin et al., 2002). Dalam rangka memperbaiki produksi dan kualitas susu kambing perah dilakukan suatu upaya, yaitu dengan mengidentifikasi keragaman gen β-kasein. Salah satu metode analisis yang mempunyai keunggulan untuk mengidentifikasi polimorfisme adalah Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism
(PCR-SSCP). Keragaman gen β-kasein pada kambing perah di Indonesia telah berhasil diidentifikasi dengan metode PCR-SSCP. Polymerase Chain Reaction- Single Strand Conformation Polymorphism merupakan metode yang sensitif dalam mendeteksi adanya keragaman DNA.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen β-kasein (CSN2) pada kambing Peranakan Etawah, Saanen dan PESA (Persilangan Peranakan Etawah dan Saanen) dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction- Single Strand Conformation Polymorphism(PCR-SSCP).