POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS (PAGE)
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
RINGKASAN
PRISKILA LISNAWATI. D14070018. 2011. Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc. Pembimbing Anggota : Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.
Penelitian tentang kuda lokal berdasarkan analisis keragaman protein darah masih jarang dilakukan dan baru pernah satu kali dilakukan. Penelitian tersebut dilakukan untuk mengamati morfologi dan genetik kuda lokal Indonesia yang dibandingkan dengan kuda lokal Jepang. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman protein darah lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada kuda lokal yang terdapat di Sulawesi Utara.
Sampel darah kuda lokal yang digunakan sebanyak 74 sampel yang berasal dari Kota Manado (28 sampel), Kota Tomohon (10 sampel), Kabupaten Minahasa (23 sampel), dan Kabupaten Minahasa Selatan (13 sampel). Identifikasi keragaman genetik protein darah dilakukan menggunakan pendekatan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) yang diwarnai dengan Coomassie Brilliant Blue (CBB). Data dianalisis dengan menggunakan pendekatan frekuensi genotipe, frekuensi alel, keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas, jarak genetik dan pohon genetik.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman pada populasi kuda di Sulawesi Utara berdasarkan lokus Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb), Transferrin (Tf), dan Hemoglobin (Hb), sedangkan pada lokus Post Transferrin-1 (PTf-1) dan Post Transferrin-2 (PTf-2) bersifat monomorfik. Pada lokus Alb ditemukan tiga genotipe, yaitu AA (0,57), AB (0,33), dan BB (0,10) yang menghasilkan dua alel, yaitu alel A (0,74) dan alel B (0,26). Lokus PAlb ditemukan empat genotipe, yaitu AA (0,01), AB (0,84), BB (0,14), dan AC (0,01) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,44), alel B (0,55), dan alel C (0,01). Lokus Transferrin terdiri dari tiga genotipe, yaitu genotipe AB (0,49), BB (0,31), dan BC (0,20) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,24), alel B (0,66), dan alel C (0,1). Lokus Hemoglobin beta hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua individu yang mengindikasikan bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal serupa ditemui pada lokus Hemoglobin alpha. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin tipe ά, ditemukan dua genotipe, yaitu tipe 1 dan tipe 2 dengan frekuensi genotipe berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49.
Berdasarkan pengujian keseimbangan populasi, lokus Albumin pada keempat populasi kuda lokal di Sulawesi Utara berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, sedangkan lokus Post Albumin tidak berada dalam keseimbangan. Nilai rataan heterozigositas kuda lokal di Sulawesi Utara pada empat populasi sebesar 0,63. Hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan (0,0019). Hubungan kekerabatan terjauh terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado (0,0138).
ABSTRACT
Study on Genetic Polymorphisms of North Sulawesi’s Native Horse Blood Protein by using Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Lisnawati, P., R.R. Noor, Jakaria
The objective of this study was to estimate the polymorphisms of the Albumin, Post Albumin, Transferrin, Post Transferrin-1, Post Transferrin-2, and Hemoglobin in North Sulawesi's native horses. This study used PAGE method to identify protein. Genotyping was performed on 74 samples of horse blood, which include 28 samples from Manado, 10 samples from Tomohon, 13 samples from South Minahasa , and 23 samples from Minahasa. Genotype and allele frequency, Hardy-Weinberg equilibrium, heterozigosity, genetic distance, and phylogenetic tree were performed in order to describe the polymorphisms of blood protein. The result showed that the highest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele A was equal to 1,00 and the lowest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele B. Albumin locus were in Hardy-Weinberg equilibrium. Hemoglobin type ά was found in two types, namely type 1 and 2 with consecutive genotype frequencies were 0.51 and 0.49 respectively. The mean heterozygosity in all population was equal to 0.63. The population of horses in Tomohon have a far relationship with the horses population in the area of Amurang, Minahasa, and Manado. Horse blood protein polymorphisms were found for Albumin, Post Albumin, Transferrin and Hemoglobin.
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kuda merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki banyak kegunaan, di antaranya sebagai ternak tunggangan, mengangkut beban, menarik kereta, sumber protein pangan dan untuk pacuan kuda. Populasi kuda di Indonesia berkisar 400.000 ekor yang tersebar di beberapa daerah (BPS, 2005). Indonesia memiliki agroklimat yang beragam sehingga sistem budi daya dan adaptasi ternak kuda berbeda pada masing-masing daerah. Hal ini menyebabkan perbedaan fungsi kuda di berbagai daerah di Indonesia. Beberapa daerah di Indonesia yang menggunakan kuda sebagai alat transportasi adalah Jawa Barat, Jawa Tengah, Yogyakarta, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, dan Sulawesi Selatan. Pemanfaatan kuda untuk produksi susu, kulit, dan daging hanya terdapat di Sulawesi Selatan dan Nusa Tenggara Timur, sedangkan di daerah lain kuda umumnya dimanfaatkan sebagai simbol budaya yang melambangkan status sosial kemasyarakatan mereka.
Sulawesi Utara merupakan salah satu wilayah yang memiliki populasi kuda dengan berbagai macam pemanfaatan, diantaranya sebagai kuda pacu. Sulawesi Utara juga merupakan salah satu sentra perdagangan kuda sehingga dapat diindikasikan bahwa kuda Sulawesi Utara memiliki keragaman genetik yang tinggi. Keragaman genetik merupakan sebuah parameter untuk mempelajari genetika populasi dan genetika evolusi. Identifikasi keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi.
Salah satu indikator yang menentukan tingkat keragaman genetik adalah protein darah. Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping asam nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, tempat penyimpanan informasi genetic serta merupakan produk langsung gen yang relatif tidak terpengaruh oleh perubahan lingkungan. Protein darah dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik dengan menggunakan metode Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE).
Pengetahuan tentang keragaman genetik kuda lokal Sulawesi Utara masih terbatas bahkan belum pernah dilakukan penelitian. Penelitian sebelumnya hanya sebatas pada kuda Padang, Batak, Lombok, dan Flores (Nozawa et al., 1981). Oleh
2 karena itu, penelitian ini sangat dibutuhkan dalam menambah informasi dasar khususnya protein darah untuk menunjang perkembangan kuda di Sulawesi Utara.
Tujuan
Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman protein darah lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada kuda lokal yang terdapat di Sulawesi Utara. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui jarak genetik dan pohon filogenetik kuda lokal Sulawesi Utara.
