ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PROTEIN DARAH KUDA
LOKAL SULAWESI UTARA DENGAN MENGGUNAKAN
POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS
(PAGE)
SKRIPSI
PRISKILA LISNAWATI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN
RINGKASAN
PRISKILA LISNAWATI. D14070018. 2011. Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc. Pembimbing Anggota : Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.
Penelitian tentang kuda lokal berdasarkan analisis keragaman protein darah masih jarang dilakukan dan baru pernah satu kali dilakukan. Penelitian tersebut dilakukan untuk mengamati morfologi dan genetik kuda lokal Indonesia yang dibandingkan dengan kuda lokal Jepang. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman protein darah lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada kuda lokal yang terdapat di Sulawesi Utara.
Sampel darah kuda lokal yang digunakan sebanyak 74 sampel yang berasal dari Kota Manado (28 sampel), Kota Tomohon (10 sampel), Kabupaten Minahasa (23 sampel), dan Kabupaten Minahasa Selatan (13 sampel). Identifikasi keragaman genetik protein darah dilakukan menggunakan pendekatan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) yang diwarnai dengan Coomassie Brilliant Blue (CBB). Data dianalisis dengan menggunakan pendekatan frekuensi genotipe, frekuensi alel, keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas, jarak genetik dan pohon genetik.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman pada populasi kuda di Sulawesi Utara berdasarkan lokus Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb), Transferrin (Tf), dan Hemoglobin (Hb), sedangkan pada lokus Post Transferrin-1 (PTf-1) dan Post Transferrin-2 (PTf-2) bersifat monomorfik. Pada lokus Alb ditemukan tiga genotipe, yaitu AA (0,57), AB (0,33), dan BB (0,10) yang menghasilkan dua alel, yaitu alel A (0,74) dan alel B (0,26). Lokus PAlb ditemukan empat genotipe, yaitu AA (0,01), AB (0,84), BB (0,14), dan AC (0,01) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,44), alel B (0,55), dan alel C (0,01). Lokus Transferrin terdiri dari tiga genotipe, yaitu genotipe AB (0,49), BB (0,31), dan BC (0,20) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,24), alel B (0,66), dan alel C (0,1). Lokus Hemoglobin beta hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua individu yang mengindikasikan bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal serupa ditemui pada lokus Hemoglobin alpha. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin tipe ά, ditemukan dua genotipe, yaitu tipe 1 dan tipe 2 dengan frekuensi genotipe berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49.
Berdasarkan pengujian keseimbangan populasi, lokus Albumin pada keempat populasi kuda lokal di Sulawesi Utara berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, sedangkan lokus Post Albumin tidak berada dalam keseimbangan. Nilai rataan heterozigositas kuda lokal di Sulawesi Utara pada empat populasi sebesar 0,63. Hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan (0,0019). Hubungan kekerabatan terjauh terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado (0,0138).
ABSTRACT
Study on Genetic Polymorphisms of North Sulawesi’s Native Horse Blood Protein by using Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Lisnawati, P., R.R. Noor, Jakaria
The objective of this study was to estimate the polymorphisms of the Albumin, Post Albumin, Transferrin, Post Transferrin-1, Post Transferrin-2, and Hemoglobin in North Sulawesi's native horses. This study used PAGE method to identify protein. Genotyping was performed on 74 samples of horse blood, which include 28 samples from Manado, 10 samples from Tomohon, 13 samples from South Minahasa , and 23 samples from Minahasa. Genotype and allele frequency, Hardy-Weinberg equilibrium, heterozigosity, genetic distance, and phylogenetic tree were performed in order to describe the polymorphisms of blood protein. The result showed that the highest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele A was equal to 1,00 and the lowest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele B. Albumin locus were in Hardy-Weinberg equilibrium. Hemoglobin type ά was found in two types, namely type 1 and 2 with consecutive genotype frequencies were 0.51 and 0.49 respectively. The mean heterozygosity in all population was equal to 0.63. The population of horses in Tomohon have a far relationship with the horses population in the area of Amurang, Minahasa, and Manado. Horse blood protein polymorphisms were found for Albumin, Post Albumin, Transferrin and Hemoglobin.
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PROTEIN DARAH KUDA
LOKAL SULAWESI UTARA DENGAN MENGGUNAKAN
POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS
(PAGE)
PRISKILA LISNAWATI
D14070018
Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk Memperoleh gelar Sarjana Peternakan pada
Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN
Judul : Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Nama : Priskila Lisnawati
NIM : D14070018
Menyetujui,
Pembimbing Utama, Pembimbing Anggota,
(Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc.) (Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.) NIP. 19610210 198603 1 003 NIP. 19660105 199303 1 001
Mengetahui, Ketua Departemen
Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan
Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc. NIP. 19591212 198603 1 004
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan pada tanggal 21 Agustus 1989 di Bogor, Jawa Barat. Penulis adalah anak pertama dari tiga bersaudara dari pasangan Bapak Philipus dan Ibu Lina.
Penulis mengawali pendidikan dasar pada tahun 1995 di Sekolah Dasar Kristen Tunas Harapan Bogor dan diselesaikan pada tahun 2001. Pendidikan menengah tingkat pertama dimulai pada tahun 2001 dan diselesaikan pada tahun 2004 di Sekolah Menengah Pertama Kesatuan Bogor. Penulis melanjutkan pendidikan di Sekolah Menengah Atas Kesatuan Bogor pada tahun 2004 dan diselesaikan pada tahun 2007.
Penulis diterima di Institut Pertanian Bogor pada tahun 2007 melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) dan diterima di Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan. Penulis pernah menjadi anggota dalam organisasi Himpunan Mahasiswa Produksi dan Teknologi Peternakan (HIMAPROTER) periode 2008-2009. Selain itu, Penulis juga pernah menjadi anggota Animal Breeding and Genetic Student Community (ABGSCi) periode 2010-2011. Penulis pernah
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur senantiasa dipanjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus karena atas anugerahNya skripsi ini dapat diselesaikan. Skripsi yang berjudul Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan
Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana pada Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor.
Ternak kuda merupakan salah satu komoditi peternakan yang memiliki beragam fungsi. Namun, hingga saat ini informasi genetik kuda lokal di Indonesia secara umum masih sangat terbatas. Informasi genetik sangat menunjang untuk program pemuliaan ternak kuda. Perlu dilakukan penelitian-penelitian di bidang ini yaitu dengan melakukan studi keragaman genetik kuda lokal menggunakan metode Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE).
Penulis menyadari bahwa dalam penulisan ini masih banyak kekurangan. Kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan demi kesempurnaan tulisan ini. Semoga tulisan ini dapat bermanfaat bagi pembaca dan menjadi pedoman dasar untuk penelitian serupa pada masa yang akan datang. Amin.
Bogor, 23 Maret 2011
DAFTAR ISI
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) ... 11
MATERI DAN METODE PENELITIAN ... 14
Hukum Keseimbangan Hardy-Weinberg ... 18
ix
Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik ... 19
HASIL DAN PEMBAHASAN ... 20
Keragaman Protein Plasma Darah ... 20
Lokus Albumin (Alb) ... 21
Lokus Post Albumin (PAlb) ... 22
Lokus Transferrin (Tf) ... 22
Lokus Post Transferrin-1 (PTf-1) ... 22
Lokus Post Transferrin-2 (PTf-2) ... 23
Keragaman Protein Sel Darah Merah ... 23
Lokus Hemoglobin (Hb) ... 24
Frekuensi Alel ... 24
Keseimbangan Hardy-Weinberg ... 26
Heterozigositas ... 27
Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik ... 28
KESIMPULAN DAN SARAN ... 31
Kesimpulan ... 31
Saran ... 31
UCAPAN TERIMA KASIH ... 32
DAFTAR PUSTAKA ... 33
DAFTARTABEL
Nomor Halaman
1. Tipe, Kegunaan, Jenis, Tinggi, Bobot Badan dan Habitat Asli Kuda 4
2. Karakteristik Kuda Lokal Indonesia ... 5
3. Jumlah Alel pada Lokus Kuda ... 8
4. Frekuensi Genotipe Lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 Kuda Lokal Sulawesi Utara ... 21
5. Frekuensi Tipe Lokus Hb Kuda Lokal Sulawesi Utara ... 24
6. Frekuensi Alel Kuda Lokal Sulawesi Utara ... 25
7. Hasil Uji χ2 padaPopulasi Kuda Lokal Sulawesi Utara ... 26
8. Nilai Heterozigositas pada Kuda Lokal Sulawesi Utara ... 27
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
1. Prinsip Dasar Disc-electrophoresis (Omstein, 1964) ... 12
2. Contoh Pita Protein Darah dengan Pewarnaan Coomassie Brilliant Blue (Westermier, 2005) ... 12
3. Kurva Berat Molekul Protein (Westermier, 2005) ... 13
4. Peta Provinsi Sulawesi Utara ... 14
5. Preparasi Sampel Darah Kuda ... 16
6. Pola Pita Protein Darah (Nozawa et al., 1981) ... 17
7. Visualisasi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 ... 20
8. Rekonstruksi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 ... 20
9. Pola Pita Hemoglobin Kuda Lokal ... 23
10. Rekonstruksi Pola Pita Hemoglobin ... 23
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kuda merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki banyak kegunaan, di antaranya sebagai ternak tunggangan, mengangkut beban, menarik kereta, sumber protein pangan dan untuk pacuan kuda. Populasi kuda di Indonesia berkisar 400.000 ekor yang tersebar di beberapa daerah (BPS, 2005). Indonesia memiliki agroklimat yang beragam sehingga sistem budi daya dan adaptasi ternak kuda berbeda pada masing-masing daerah. Hal ini menyebabkan perbedaan fungsi kuda di berbagai daerah di Indonesia. Beberapa daerah di Indonesia yang menggunakan kuda sebagai alat transportasi adalah Jawa Barat, Jawa Tengah, Yogyakarta, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, dan Sulawesi Selatan. Pemanfaatan kuda untuk produksi susu, kulit, dan daging hanya terdapat di Sulawesi Selatan dan Nusa Tenggara Timur, sedangkan di daerah lain kuda umumnya dimanfaatkan sebagai simbol budaya yang melambangkan status sosial kemasyarakatan mereka.
Sulawesi Utara merupakan salah satu wilayah yang memiliki populasi kuda dengan berbagai macam pemanfaatan, diantaranya sebagai kuda pacu. Sulawesi Utara juga merupakan salah satu sentra perdagangan kuda sehingga dapat diindikasikan bahwa kuda Sulawesi Utara memiliki keragaman genetik yang tinggi. Keragaman genetik merupakan sebuah parameter untuk mempelajari genetika populasi dan genetika evolusi. Identifikasi keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi.
Salah satu indikator yang menentukan tingkat keragaman genetik adalah protein darah. Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping asam nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, tempat penyimpanan informasi genetic serta merupakan produk langsung gen yang relatif tidak terpengaruh oleh perubahan lingkungan. Protein darah dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik dengan menggunakan metode Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE).
2 karena itu, penelitian ini sangat dibutuhkan dalam menambah informasi dasar khususnya protein darah untuk menunjang perkembangan kuda di Sulawesi Utara.
Tujuan
TINJAUAN PUSTAKA
Klasifikasi Kuda
Kuda digolongkan ke dalam hewan dalam filum Chordata yaitu hewan yang bertulang belakang, kelas Mammalia yaitu hewan yang menyusui anaknya, ordo Perissodactyla yaitu hewan berteracak tak memamahbiak, famili Equidae, dan
spesies Equus caballus. Para pakar percaya bahwa dahulu kala terdapat hewan prakuda dengan jari teracak jari kaki sebanyak lima buah disebut Paleohippus. Hewan tersebut kemudian berkembang dengan empat jari teracak dan satu penunjang (split), sedangkan kaki belakangnya terdiri atas tiga jari teracak dan satu split (Ehippus). Evolusi berlanjut dengan terbentuknya Mesohippus dan Meryhippus yang memiliki teracak kaki depan dan belakang sebanyak tiga buah. Pliohippus menjadi hewan teracak tunggal pertama yang selanjutnya berkembang menjadi kuda saat ini (Equus caballus) (Blakely dan Blade, 1991).
Populasi kuda di seluruh dunia mencapai 62 juta ekor, yang terdiri dari 500 ratus bangsa, tipe dan varietas. Bangsa kuda pada awalnya dianggap sebagai hewan yang berkaitan dengan lokasi geografis tempatnya dikembangbiakkan untuk memenuhi kebutuhan manusia secara spesifik. Kini bangsa kuda seringkali ditentukan oleh komunitas atau lembaga yang melakukan pencatatan keturunan dan membuat buku silsilah kuda hasil seleksi berdasar pada daerah asal, fungsi dan ciri fenotipik (Bowling dan Ruvinsky, 2004).
4 Tabel 1. Tipe, Kegunaan, Jenis, Tinggi, Bobot Badan dan Habitat Asli Kuda
Tipe Kegunaan Jenis Tinggi
Kuda Albino Amerika 1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Tiga Kuda Sadel Amerika Amerika Serikat
Kuda Arab Arab Saudi
Kuda Appalossa Amerika Serikat
Kuda Morgan Amerika Serikat
Kuda Spotted Maroko Amerika Serikat
Kuda Palomino Amerika Serikat
Kuda Thoroughbred Inggris
Kuda tunggang berlari cepat
Kuda Sadel Amerika 1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Lima
Kuda untuk berjalan
Kuda Tennese Walking 1,5-1,6 500-600 Amerika Serikat
Stock horse Tingkatan pesilangan atau hasil biak dalam dari:
Kuda Appalossa 1,55-1,6 500-550 Amerika Serikat
Kuda Arab Arab Saudi
Kuda Morgan Amerika Serikat
Kuda Spotted Maroko Amerika Serikat
Kuda Palomino Amerika Serikat
Kuda Quarter Amerika Serikat
Kuda Thoroughbred Inggris
Pendaki Tingkatan, persilangan 1,45-1,55 500-626 Pemburu dan
Kuda Shetland dan Welsh 0,9-1,45 250-450 Shertlond Isles Inggris
Kuda Pacu
Pelari
kuda Thoroughbred 1,55-1,65 450-600 Inggris
Kuda Pacu
berpakaian
Kuda Standardbred 1,45-1,55 450-600 Amerika Serikat
Kuda Quarter Kuda Quarter 1,45-1,55 500-600 Amerika Serikat
Kuda Tarik
Kuda
Berpakaian Tipe Berat
Kuda Cleveland Bay 1,45-1,65 450-650 Inggris
Kuda Frech Coach Perancis
1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Kuda Transportasi
Kuda Morgan & Kuda
Standardbred
1,45-1,55 450-600 Amerika Serikat
5 Bangsa Kuda di Indonesia
Indonesia memiliki beberapa kelompok populasi kuda yang berasal dari kuda jenis Thoroughbred untuk digunakan sebagai pacuan atau disilangkan dengan kuda lokal. Populasi kuda lokal silangan dan kuda asli Sumba dikenal dengan sebutan kuda Sandel. Karakteristik masing-masing kuda lokal di Indonesia dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel 2. Karakteristik Kuda Lokal Indonesia
Jenis Kuda
Tinggi Badan (m)
Karakteristik
Kuda Sumba 1,27 Bentuk kepala terlihat lebih besar dibanding kaki. Sifatnya jinak dan cerdas, punggung kuat, namun konformasi badan kurang sempurna.
Kuda Timor 1,22 Bentuk badan dan punggung lurus, leher pendek, bahu dan ekor yang tinggi, bagian tengkuk dan ekor penuh bulu.
Kuda Sandel 1,35 Ukuran tubuh kecil, bentuk kepala kecil, mata besar, bulu lembut dan berkilauan dan mempunyai kecepatan yang baik dan sangat efektif dengan kuku kaki yang keras dan kuat.
Kuda Batak 1,32 Bentuk kepala bagus dengan bagian muka yang lurus, leher pendek dan lemah. Memiliki bagian punggung yang panjang dan sempit dengan kaki belakang ramping.
Kuda Jawa 1,27 Memiliki stamina yang baik dan tahan terhadap panas, ukuran tubuh relatif lebih besar.
Kuda Padang 1,27 Kuku kaki keras dan bentuknya bagus, bagian tumit lemah, konformasi baik tetapi pertulangannya kecil.
Kuda Sulawesi 1,25 Daya tahan tubuh kuat, kaki tegap dan kuat, dan bertempramen stabil.
Kuda Flores 1,24 Bentuk badan kecil dan jinak.
Kuda Bima - Bentuk badan kecil, memiliki pinggang yang pendek dengan daya tahan tubuh baik dan memiliki langkah yang cepat.
Sumber : Edward (1994); Soehardjono (1990)
Kuda Sulawesi
6 Kota Manado
Kota Manado terletak di ujung jazirah utara pulau Sulawesi, pada posisi geografis 124°40'-124°50' Bujur Timur (BT) dan 1°30'-1°40' Lintang Utara (LU). Iklim di kota ini adalah iklim tropis dengan rataan suhu 29,4-32,2 °C pada siang hari sedangkan suhu pada malam hari berkisar antara 21,6-23,2 oC (Hardjono, 2004). Rataan curah hujan 3.187 mm/tahun dengan iklim terkering disekitar bulan Agustus dan terbasah pada bulan Januari. Intensitas penyinaran matahari rata-rata 53% dan kelembaban ±84%. Jumlah populasi kuda di Kota Manado sebanyak 163 ekor (manadokota.go.id).
Kota Tomohon
Kota Tomohon berada pada 1°15' LU dan 124°50' BT. Luas Kota Tomohon berdasarkan keputusan UU RI Nomor 10 Tahun 2003 sekitar 11.420 ha dengan jumlah penduduk mencapai 87.719 jiwa. Wilayah Kota Tomohon memiliki karakteristik topografi yang bergunung dan berbukit yang membentang dari utara ke selatan. Akibat kondisi topografi tersebut maka pengembangan wilayah kota menjadi terbatas. Rataan curah hujan 1.422–2.364 mm (Hardjono, 2004). Rataan suhu hanya berfluktuasi antara 22,02 °C sampai 22,8 °C dengan kelembaban berkisar antara 85%-91%. Jumlah populasi kuda di Kota Tomohon sebanyak 267 ekor (tomohonkota.go.id).
Kabupaten Minahasa
Kabupaten Minahasa adalah salah satu kabupaten di provinsi Sulawesi Utara, Indonesia. Ibu kota kabupaten ini adalah Tondano. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 872,32 km² (Hardjono, 2004). Minahasa dahulu disebut Tanah Malesung adalah kawasan didalam provinsi di semenanjung Sulawesi Utara di Indonesia. Jumlah populasi kuda di Kabupaten Minahasa sebanyak 3.439 ekor. Kabupaten ini memiliki rataan suhu 21,9-22,6 oC (minahasa.go.id).
Kabupaten Minahasa Selatan
7 23,5 oC. Rataan curah hujan per tahun adalah 1.282 mm (Hardjono, 2004). Jumlah populasi kuda di Kabupaten Minahasa Selatan sebanyak 170 ekor (minsel.go.id).
Protein Darah
Protein merupakan kompleks makromolekul yang terdiri dari asam amino dan tersusun dengan adanya ikatan peptida dalam bentuk linear dan tidak bercabang. Stuktur protein terbagi menjadi empat bentuk, yaitu struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener (Rosenberg, 2005). Persentase protein dalam tubuh berkisar antara 15%-18% dari bobot tubuh, sedangkan kandungan protein dalam plasma berkisar antara 2%-3% dari bobot tubuh (Riis, 1983).
Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping asam nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, dan tempat penyimpanan informasi genetik. Makro molekul tersebut adalah biopolimer yang dibentuk dari unit monomer. Unit monomer untuk asam nukleat adalah nukleotida, sedangkan monomer untuk kompleks polisakarida adalah devirat gula dan monomer untuk protein adalah asam amino (Rodwell, 1983).
Darah adalah jaringan yang beredar dalam sistem pembuluh darah yang tertutup. Darah terdiri dari unsur-unsur sel darah merah/putih dan trombosit yang terdapat dalam medium cair yang disebut plasma, campuran yang sangat kompleks tidak hanya terdiri dari protein sederhana tetapi juga protein campuran seperti glikoprotein dan berbagai jenis lipo-protein. Protein plasma dibagi dalam tiga bagian, yakni fibrinogen, albumin, dan globulin, dimana albumin merupakan bahan yang paling tinggi konsentrasinya dan mempunyai berat molekul paling rendah dibandingkan molekul protein utama plasma.
8 Tabel 3. Jumlah Alel pada Lokus Kuda
Nama Lokus Simbol Lokus Jumlah Alel Biasa Jarang
A1B-Glycoprotein A1B 3 (4)
Aspartate aminotransferase AAT 2
Albumin ALB 3
Glucosephosphate isomerase GPI 4
Haptoglobin HP 2
Haemoglobin alpha HBA 4
Malic enzyme 1 MET 2
Mannosephosphate isomerase MPI 3
Peptidase A PEPA 2
Plasminogen PLG 2
Phosphoglucomutase PGM 3
6-Phosphogluconate dehydrogenase 6-PGD 3 (2)
Protease inhibitor PI 25 (+)
Red cell protein RCP 2
Serum protein 3 SP3 5
Transferrin TF 15 (+)
Lactoglobulin beta II BLG-II 5
Sumber: Sandberg dan Cothran (2000)
Polimorfisme Protein Darah
9 dan protein terdiri dari satu atau lebih rangkaian polipeptida yang dibawa oleh gen pada lokus yang sama atau berbeda sehingga dengan adanya pola pita polimorfisme protein dan enzim dapat dianggap sebagai ciri fenotipe dari suatu individu. Pita-pita yang terbentuk dapat diduga protein atau enzim yang dibawa oleh alel gen dalam lokus yang sama atau lokus yang berbeda (non alel gen) (Selander, 1976; Nicholas, 1987).
Beberapa polimorfisme protein dapat dipelajari dalam darah, telur dan organ tubuh burung puyuh (Maeda et al., 1972). Kimura et al. (1980) menyatakan bahwa protein darah merupakan produk langsung dari gen yang relatif tidak terpengaruh oleh perubahan lingkungan, selain itu pula protein ini terdiri dari satu atau lebih rangkaian polipeptida yang dibawa oleh gen pada lokus yang sama atau lokus yang berbeda, sehingga dengan adanya pola pita yang memiliki karakterisitik tertentu pada polimorfisme protein, dapat dianggap sebagai fenotip dari suatu individu. Lebih lanjut Maeda et al. (1980) menyatakan bahwa untuk melakukan studi polimorfisme dapat digunakan teknik elektroforesis sebagai proses analisisnya, dan eletroforesis tidak hanya digunakan untuk mendeteksi variasi alel dan gen dari suatu individu tetapi dapat juga digunakan untuk menduga variasi genetik dalam populasi.
Nicholas (1987) menyatakan perbedaan bentuk setiap protein darah dapat dideteksi dengan membedakan kecepatan gerakannya dalam elektroforesis gel. Selanjutnya dinyatakan bahwa molekul yang lebih kecil akan bergerak lebih cepat dan lebih jauh dalam satuan waktu yang sama. Banyaknya kelompok keragaman bentuk protein darah menunjukkan karakteristik protein darah tertentu. Setiap kelompok protein darah akan diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Protein tersebut merupakan penampilan bentuk alel pada lokusnya. Harper et al. (1980) menyatakan bahwa jika arus listrik dialirkan pada suatu media penyangga yang telah berisi protein plasma, maka proses migrasi terhadap komponen-komponen protein tersebut dimulai. Protein albumin mengalami proses migrasi yang lebih cepat dibandingkan dengan protein lainnya (protein globulin).
Warwick et al. (1990) menyatakan bahwa sejumlah besar perbedaan-perbedaan yang diatur secara genetis telah ditemukan dalam globulin (Transferrin), Albumin, enzim-enzim darah dan Hemoglobin. Perbedaan-perbedaan tersebut
10 dikemukakan bahwa polimorfisme biokimia yang diatur secara genetis sangat berguna untuk membantu penentuan asal-usul, menyusun hubungan filogenetis antara spesies, bangsa dan atau kelompok-kelompok dalam spesies yang merupakan hasil utama dari produk gen.
Nozawa et al. (1981) menyatakan bahwa studi keragaman genetik 26 lokus protein darah pada kuda lokal Indonesia memiliki proporsi keragaman 23%-24% dengan rataan nilai heterozigositasnya sebesar 8%-11%.
Analisis Keragaman Genetik
Keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi terkait dengan penciri suatu sifat khusus. Pengetahuan akan keragaman genetik suatu bangsa akan sangat bermanfaat bagi keamanan dan ketersediaan bahan pangan yang berkesinambungan (Blott et al., 2003). Hukum Hardy-Weinberg menyatakan bahwa frekuensi genotipe suatu populasi yang cukup besar akan selalu dalam keadaan seimbang bila tidak ada seleksi, migrasi, mutasi dan genetic drift (Noor, 2008). Hal tersebut menunjukkan bahwa suatu populasi jika berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg maka genotipe pengamatan dalam populasi tersebut mendekati atau hampir sama dengan nilai harapannya atau sebaliknya.
11 Heterozigositas menggambarkan adanya variasi genetik pada suatu populasi. Semakin tinggi nilai heterozigositas pada suatu populasi maka tinggi pula variasi genetik pada populasi tersebut (Ferguson, 1980). Pendugaan nilai heterozigositas dihitung untuk mendapatkan keragaman genetik dalam populasi yang dapat digunakan untuk membantu program seleksi pada ternak yang akan digunakan sebagai sumber genetik pada generasi berikutnya (Marson et al., 2005).
Jarak genetik merupakan tingkat perbedaan gen (perbedaan genom) antara dua populasi, yang biasa dihitung berdasarkan fungsi dari frekuensi alel. Jarak genetik dapat digunakan dalam memperkirakan waktu terjadinya pemisahan antar populasi dan dapat juga digunakan dalam membangun pohon filogenetik (Nei and Kumar, 2000). Semakin kecil nilai jarak genetik yang diperoleh menunjukkan adanya hubungan kekerabatan yang lebih dekat. Pohon filogenetik atau pohon evolusi adalah pohon yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies yang diyakini memiliki nenek moyang yang sama. Dalam sebuah pohon filogenetik, setiap node dengan keturunan merupakan nenek moyang terbaru dari keturunan, dan panjang tepi dalam beberapa pohon sesuai dengan perkiraan waktu (Miller, 2009).
PolyacrylamideGelElectrophoresis (PAGE)
Polyacrylamide Gel Electrophoresis merupakan salah satu cara teknik yang
dapat digunakan untuk mengidentifikasi enzim atau protein, yaitu teknik untuk memisahkan molekul kimia menggunakan arus listrik. Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran, berat molekul, dan muatan listrik yang dikandung oleh makromolekul tersebut (Stenesh, 1984).
Westermeier (2005) menyatakan bahwa teknik elektroforesis dapat dibagi dalam dua kategori yaitu elektroforesis tabung (cylindrical gels) dan elektroforesis lembaran (layer gels). Elektroforesis dengan layer gel memiliki keunggulan yaitu proses separasi yang lebih cepat, pita protein yang lebih tegas terlihat, pewarnaan yang singkat, efisien, dan lebih sensitif. Omstein (1964) menyatakan bahwa disc-gel electrophoresis merupakan perbaikan dari elektroforesis layer dimana protein akan
dipisahkan menjadi pita-pita yang memiliki resolusi tinggi. Teknik ini dinamakan disc-gel electroforesis karena menggunakan perbedaan pH, kekuatan ionik,
12 presipitasi protein selama sampel dimasukkan kedalam gel dan meningkatkan bentuk yang tegas pada pita protein.
Gambar 1. Prinsip Dasar Disc-electrophoresis (Omstein, 1964)
Harper et al. (1980) menyatakan bahwa elektroforesis adalah suatu cara analisis kimia yang didasarkan kepada gerakan molekul bermuatan didalam medan listrik. Pergerakan molekul didalam medan listrik dipengaruhi oleh ukuran, bentuk, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Berbagai komponen protein serum pada pH diatas dan dibawah titik isoelektriknya akan bergerak turun dengan kecepatan yang berbeda karena muatan permukaannya berbeda.Contoh pola pita protein untuk beberapa interval berat molekul dapat dilihat pada Gambar 2 dan 3.
13 Gambar 3. Kurva Berat Molekul Protein (Westermier, 2005)
MATERI DAN METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat
Pengambilan sampel darah kuda dilakukan di Sulawesi Utara pada empat Kabupaten/Kota yaitu Kota Manado, Kota Tomohon, Kabupaten Minahasa, dan Kabupaten Minahasa Selatan yang dilaksanakan pada Juni 2010. Identifikasi keragaman protein darah dilaksanakan awal Juli sampai dengan Oktober 2010 di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Materi Sampel Darah
Materi darah kuda lokal yang digunakan dalam penelitian sebanyak 74 sampel yang terdiri dari 28 sampel dari Kota Manado, 10 sampel dari Kota Tomohon, 23 sampel dari Kabupaten Minahasa, dan 13 sampel dari Kabupaten Minahasa Selatan (Gambar 4).
15
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Gel elektroforesis terdiri dari gel pemisah dan gel penggertak. Gel pemisah merupakan gel yang dicampurkan dari beberapa bahan di antaranya bahan IA, IB, IC, dan ID. Masing-masing bahan terdiri dari:
Bahan IA : 39,0 g Acrylamide; 1,0 g Bis Acrylamide; 20,0 ml Glycerol , dan aquadestilata sampai 100 ml.
Bahan IB : 9,15 g Tris; 3 ml HCl, dan aquadestilata sampai 100 ml. Bahan IC : 0,2 g Ammonium persulfat dan aquadestilata sampai 100 ml. Bahan ID : TEMED 400 µl/100 ml aquadestilata
Gel penggertak merupakan gel yang dicampurkan dari beberapa bahan di antaranya bahan IIA, IIB, IIC, dan IID. Masing-masing bahan terdiri dari:
Bahan IIA : 38,0 g Acrylamide; 2,0 g Bis Acrylamide; 20,0 ml Glycerol ; dan aquadestilata sampai 100 ml.
Bahan IIB : 1,5 g Tris, 1 ml HCl, dan aquadestilata hingga 100 ml. Bahan IIC : 0,4 g Ammonium persulfat dan aquadestilata sampai 100 ml. Bahan IID : TEMED 200 µl/100 ml aquadestilata
Buffer Elektroda
Buffer elektroda yang digunakan terdiri dari 1,5 g Tris, 7,2 g Glycine dan ditambahkan aquadestilata hingga 1 liter.
Pewarnaan Protein
Bahan-bahan untuk pewarnaan protein terdiri dari bahan pewarna plasma, bahan pewarna sel darah merah, dan bahan pencuci. Bahan larutan pewarna Coomassie Brilliant Blue 250 R (untuk plasma) terdiri dari 1,25 g Coomassie
Brilliant Blue; 225 ml methanol; 50 ml asam asetat, dan 225 ml aquadestilata. Bahan
larutan pewarna Ponceau-S (untuk sel darah merah) terdiri dari 5 g TCA; 100 ml aquadestilata dan 0,5 g Ponceau-S dalam aquadestilata. Bahan untuk larutan
16 Prosedur
Pengambilan Sampel Darah
Pengambilan sampel darah kuda sebanyak ±3 ml melalui vena jugularis dengan menggunakan venojact lalu segera dimasukkan kedalam tabung vaccutainer yang dimasukkan kedalam termos es dan disimpan dalam suhu 4 ºC.
Preparasi Sampel
Darah yang didapatkan disentrifugasi pada kecepatan 8000 rpm selama 30 menit. Plasma yang terbentuk kemudian dipindahkan ke tabung 1,5 ml dan disimpan pada suhu 4 oC sampai dilakukan pemisahan protein menggunakan metode elektroforesis. Proses preparasi sampel ditampilkan pada Gambar 5.
Gambar 5. Preparasi Sampel Darah Kuda
Elektroforesis Protein Darah
Elektroforesis protein plasma darah dilakukan menggunakan perangkat elektroforesis EP-155 (Advantec) pada arus 15-35 mA dengan tegangan 150 V selama 1 jam 45 menit (PS300, Advantec). Gel yang digunakan merupakan stacking PAGE dengan konsentrasi 5% dan 3%. Elektroforesis protein sel darah merah dilakukan pada arus 15-35 mA dengan tegangan 150 V selama 1 jam 30 menit. Gel yang digunakan merupakan stacking PAGE dengan konsentrasi 8% dan 4%.
Visualisasi dan Genotyping
Visualisasi pita protein pada stacking PAGE dilakukan dengan menggunakan pewarnaan Coomassie Brilliant Blue 2,5%. Selanjutnya, gel dicuci menggunakan methanol sampai muncul pita. Genotyping dilakukan dengan mensejajarkan pita-pita
17 Transferrin (Tf), Post Transferrin-1 (PTf-1), Post Transferrin-2 (PTf-2), dan
Hemoglobin (Hb). Genotyping yang dilakukan mengikuti Nozawa et al. (1981)
(Gambar 6).
Gambar 6. Pola Pita Protein Darah (Nozawa et al., 1981)
Analisis Data
Frekuensi Genotipe
Frekuensi genotipe merupakan rasio dari jumlah suatu genotipe terhadap jumlah populasi. Model matematika frekuensi genotipe (Nei dan Kumar, 2000):
Keterangan:
18 Frekuensi Alel
Frekuensi alel merupakan rasio relatif suatu alel terhadap keseluruhan alel pada suatu lokus dalam populasi. Model matematika frekuensi alel (Nei dan Kumar, 2000):
Keterangan:
Xi = frekuensi alel ke i
nii = jumlah sampel yang bergenotipe ii
nij = jumlah sampel yang bergenotipe ij
N = jumlah seluruh sampel
Hukum Keseimbangan Hardy-Weinberg
Pengujian nilai genotipe antara hasil pengamatan dan nilai harapan dapat diukur dengan menggunakan uji Chi-Kuadrat (Nei dan Kumar, 2000):
Keterangan:
χ2
= Chi-Kuadrat O = nilai pengamatan E = nilai harapan
∑ = sigma (jumlah dari nilai-nilai)
Suatu popluasi dikatakan seimbang jika nilai χ2 yang didapatkan lebih kecil daripada χ2 tabel pada selang kepercayaan 5% dan derajat bebas tertentu.
Heterozigositas
Ketika frekuensi alel dipelajari di banyak lokus, tingkat keragaman genetik dalam sebuah populasi biasanya diukur dengan rataan keanekaragaman gen, yang sering disebut rataan heterozigositas (Weir, 1996). Keragaman gen pada lokus dapat dilambangkan sebagai berikut:
Keterangan:
H = nilai heterozigositas
N1ij= jumlah individu heterozigot pada lokus ke-1
19 Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik
HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman Protein Plasma Darah
Hasil analisis dari plasma darah lokus PAlb, Alb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 yang dilakukan pada kuda lokal Sulawesi Utara di dua kota dan dua kabupaten divisualisasikan pada Gambar 7, sedangkan rekonstruksi pola pita protein plasma darah disajikan pada Gambar 8. Hasil frekuensi genotipe lokus PAlb, Alb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 disajikan pada Tabel 4.
Gambar 7. Visualisasi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2
21 Tabel 4. Frekuensi Genotipe Lokus Alb, PAlb, Tf , PTf-1 dan PTf-2 Kuda Lokal
Sulawesi Utara adalah 0,57; 0,33; dan 0,10. Genotipe tertinggi ditemukan pada semua populasi kuda lokal di Sulawesi Utara adalah genotipe AA sebesar 0,57 dan genotipe terendah adalah genotipe BB sebesar 0,10. Nozawa et al. (1981) menyatakan bahwa pada kuda Lombok, kuda Batak, kuda Padang, dan kuda Sumba ditemukan dua alel yaitu alel A dan B. Jiskrova et al. (2002) dan Rodriquez-Gallardo et al. (1992) juga menemukan alel A dan B pada kuda Trakehner, kuda Moravian dan Czesh warm-blooded serta kuda Andalusian. Hal serupa juga ditemukan pada kuda Iranian Kurd,
22 Lokus PostAlbumin (PAlb)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus PAlb ditemukan empat genotipe, yaitu AA, AB, BB, dan AC, dengan frekuensi genotipe berturut-turut adalah 0,01; 0,84; 0,14; dan 0,01. Genotipe tertinggi ditemukan pada semua populasi kuda lokal Sulawesi Utara adalah genotipe AB sebesar 0,84 dan genotipe terendah adalah genotipe AA dan AC masing-masing sebesar 0,01. Alel yang ditemukan pada lokus ini adalah alel A, B, dan C. Afraz et al. (2006) menyatakan bahwa pada kuda Iranian Kurd dan Turkoman hanya ditemukan satu alel, yaitu alel F. Hal ini menunjukkan adanya variasi lokus PAlb pada populasi kuda lokal di Sulawesi Utara. Lokus Transferrin (Tf)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus Transferrin ditemukan tiga macam genotipe yaitu, genotipe AB, BB, dan BC, dengan frekuensi genotipe pada lokus Tf. Lippi dan Mortari (2003) menemukan alel D, F1,F2, H, J, M, O, dan R pada lokus Tf pada kuda Brazillian. Hal ini menunjukkan adanya variasi lokus Transferrin pada populasi kuda lokal di Sulawesi Utara.
Lokus PostTransferrin-1 (PTf-1)
Jumlah pita yang ditampilkan diantara masing-masing individu dalam satu populasi tidak bervariasi. Seluruh individu yang dianalisis menampilkan satu pita Post Transferrin-1 dengan fenotipe AA. Dengan demikian tidak ditemukan adanya
23 Lokus PostTransferrin-2 (PTf-2)
Jumlah pita yang ditampilkan diantara masing-masing individu dalam satu populasi adalah sama, yaitu sebanyak satu pita. Pita protein yang muncul tersebut memiliki fenotipik AA. Dengan demikian tidak ditemukan adanya variasi/keragaman antar individu dalam satu populasi maupun individu dalam populasi yang berbeda. Hal ini menunjukkan tidak adanya polimorfisme pada lokus Post Transferrin-2 atau dengan kata lain lokus PTf-2 adalah seragam.
Keragaman Protein Sel Darah Merah
Hasil analisis dari sel darah merah lokus Hemoglobin yang dilakukan pada kuda lokal Sulawesi Utara di dua kota dan dua kabupaten divisualisasikan pada Gambar 9, sedangkan rekonstruksi pola pita Hemoglobin disajikan pada Gambar 10. Hasil frekuensi tipe lokus Hb disajikan pada Tabel 5.
Gambar 9. Pola Pita Hemoglobin Kuda Lokal
24 Tabel 5. Frekuensi Tipe Lokus Hb Kuda Lokal Sulawesi Utara
Lokus Tipe
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus Hemoglobin beta hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua individu yang mengindikasikan bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal serupa ditemui pada lokus Hemoglobin alpha, yang mana hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki pada
semua individu. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin tipe ά, ditemukan dua macam tipe, yaitu tipe 1 dan 2 dengan frekuensi tipe berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49. Tipe 1 ditandai dengan terlihatnya pita Hb ά, sedangkan tipe 2 ditandai dengan tidak terlihatnya pita Hb ά. Penelitian yang dilakukan oleh Nozawa et al. (1981) pada kuda Lombok, kuda Batak, kuda Padang, dan kuda Sumba juga menemukan adanya polimorfisme pada lokus Hemoglobin tipe ά, yaitu tipe 1 dan 2. Jiskrova et al. (2002); Lippi dan Mortari (2003) menemukan alel AI, AII, BI, dan BII pada lokus Hemoglobin alpha pada kuda Trakehner, kuda Moravian dan Czesh warm-blooded
serta kuda Brazillian. Rodriquez-Gallardo et al. (1992) menemukan alel A dan AII pada lokus Hemoglobin alpha dan alel BI dan BII pada lokus Hemoglobin beta. Namun, penelitian Afraz et al. (2006) tidak menemukan adanya variasi alel lokus Hemoglobin pada kuda Iranian Kurd dan Turkoman.
Frekuensi Alel
25 Tabel 6. Frekuensi Alel Kuda Lokal Sulawesi Utara
Lokus Alel terendah pada alel B sebesar 0,15 di populasi Tomohon. Rataan total frekuensi alel A dan B pada lokus Alb yaitu 0,74 dan 0,26. Nilai hasil frekuensi alel A lokus Alb yang diperoleh lebih tinggi dari nilai frekuensi alel A pada lokus Alb pada kuda Lombok yaitu sebesar 0,625 (Nozawa et al., 1981). Akan tetapi nilai frekuensi alel tertinggi pada kuda Czesh, Trakehner, Moravian, dan Turkoman berturut-turut adalah alel B sebesar 0,68; 0,81; 0,66; dan 0,52 (Jiskrova et al,. 2002; Afraz et al., 2006). Hal ini menunjukkan adanya variasi pada lokus Albumin.
Frekuensi alel tertinggi pada lokus PAlb alel B sebesar 0,62 ditemukan di daerah Manado dan terendah pada alel C sebesar 0,00. Rataan total frekuensi alel A, B, dan C pada lokus PAlb berturut-turut yaitu 0,44, 0,55 dan 0,01. Nilai rataan total frekuensi alel tertinggi adalah alel B sebesar 0,55. Sedangkan nilai frekuensi alel B pada lokus PAlb yang diperoleh kuda Batak, Lombok, dan Flores berturut-turut yaitu sebesar 0,84; 0,70; dan 0,71 (Nozawa et al.,1981). Hal ini menunjukkan adanya variasi pada lokus Post Albumin.
26 A, B, dan C pada lokus Tf berturut-turut yaitu 0,24, 0,66 dan 0,10. Nilai rataan total frekuensi alel tertinggi adalah alel B sebesar 0,66. Penelitian yang dilakukan Nozawa et al. (1981) pada kuda Batak, Lombok, Padang, dan Flores juga menunjukkan frekuensi alel tertinggi adalah alel B yaitu sebesar 0,84; 0,77; 0,70; dan 0,77 (berturut-turut). Penelitian Zaabal dan Ahmed (2010) pada kuda Arab menunjukkan frekuensi alel tertinggi pada lokus Tf adalah alel D sebesar 0,78. Penelitian yang dilakukan Afraz et al. (2006) pada kuda Iranian Kurd dan Turkoman menunjukkan bahwa alel D pada lokus Tf bersifat aditif dan dapat mengontrol tingkat fertilitas. Sedangkan frekuensi alel tertinggi pada lokus PTf-1 dan PTf-2 masing-masing pada alel A sebesar 1,00 dan terendah pada alel B sebesar 0,00 untuk semua populasi.
Keseimbangan Hardy-Weinberg
Hukum Hardy-Weinberg menggambarkan keseimbangan suatu lokus dalam populasi diploid yang mengalami perkawinan secara acak yang bebas dari faktor yang berpengaruh terhadap terjadinya proses evolusi seperti mutasi, migrasi, dan pergeseran genetik (Gillespie, 1998). Hasil pengujian keseimbangan populasi terhadap lokus Albumin, Post Albumin, Transferrin, Post Transferrin-1, dan Post Transferrin-2 pada kuda lokal Sulawesi Utara disajikan pada Tabel 7.
Tabel 7. Hasil Uji χ 2 pada Populasi Kuda Lokal Sulawesi Utara
27 memiliki derajat bebas χ 2 adalah nol disebabkan pada lokus Transferrin hanya terdapat tiga macam genotipe dan tiga macam alel. Derajat bebasχ 2 merupakan hasil pengurangan antara jumlah genotipe dengan jumlah alel (Allendorf dan Luikart, 2007). Lokus Post Transferrin 1 dan 2 tidak dapat dianalisis karena bersifat monomorfik. Suatu populasi dinyatakan dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, jika frekuensi genotipe (p2, 2pq, dan q2) dan frekuensi alel (p dan q) konstan dari generasi ke generasi akibat penggabungan gamet yang terjadi secara acak. Populasi yang cukup besar tidak akan berubah dari satu generasi ke generasi lainnya jika tidak ada seleksi, migrasi, mutasi, dan genetic drift (Noor, 2008).
Heterozigositas
Heterozigositas menggambarkan adanya variasi genetik pada suatu populasi. Semakin tinggi nilai heterozigositas pada suatu populasi maka tinggi pula variasi genetik pada populasi tersebut (Ferguson, 1980). Pendugaan nilai heterozigositas dihitung untuk mendapatkan keragaman genetik dalam populasi yang dapat digunakan untuk membantu program seleksi pada ternak yang akan digunakan sebagai sumber genetik pada generasi berikutnya (Marson et al., 2005). Pada penelitian ini, lokus PTf-1 dan PTf-2 tidak dilakukan penghitungan heterozigositasnya karena bersifat monomorfik. Hasil analisis heterozigositas empat populasi kuda di Sulawesi Utara disajikan pada Tabel 8.
Tabel 8.
Nilai Heterozigositas pada Kuda Lokal Sulawesi Utara
Populasi Kuda Lokus Total
Alb PAlb Tf
28 dikarenakan kuda yang ada di Kota Tomohon lebih banyak disilangkan dengan kuda Thoroughbred sehingga memiliki ukuran tubuh (tinggi pundak) yang lebih tinggi
dibandingkan dengan kuda di daerah lainnya. Rataan tinggi pundak kuda di Kota Tomohon, Kota Manado, Kabupaten Minahasa Selatan, dan Kabupaten Minahasa berturut-turut adalah 134,22; 117,00; 115,91; dan 122,33 cm.
Nilai rataan heterozigositas total pada kuda Sulawesi Utara yang meliputi empat populasi adalah sebesar 0,63. Hasil penelitian Nozawa et al. (1981) pada kuda lokal di Indonesia menyatakan bahwa nilai heterozigositas kuda Lombok, Batak, Padang dan Flores berturut-turut adalah 0,091; 0,087; 0,093; 0,100. Jiskrova et al. (1992) menyatakan bahwa nilai heterozigositas kuda Czesh, kuda Trakhner, dan kuda Moravian berturut-turut adalah 0,367; 0,319; dan 0,353. Rataan nilai heterozigositas kuda Sulawesi Utara lebih tinggi dibandingkan dengan kuda lokal lainnya. Hal ini menunjukkan bahwa kuda lokal Sulawesi Utara lebih bervariasi dibandingkan dengan kuda lokal lainnya. Hal ini kemungkinan dikarenakan kuda lokal di Sulawesi Utara belum dilakukan seleksi secara sistematis sehingga nilai heterozigositasnya masih tinggi.
Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik
29 Tabel 9. Jarak Genetik Kuda Lokal Sulawesi Utara
Populasi Tomohon Manado Minahasa
Selatan Minahasa
Tomohon -
Manado 0,0138 -
Minahasa Selatan 0,0120 0,0059 -
Minahasa 0,0058 0,0038 0,0019 -
Gambar 11. Dendogram Pohon Filogenetik Kuda Lokal Sulawesi Utara
Gambar 11 memperlihatkan perbedaan atau keragaman pada masing-masing populasi berdasarkan lokus-lokus yang diamati. Hal ini menunjukkan bahwa kuda pada masing-masing populasi berbeda berdasarkan lokus-lokus protein darahnya. Berdasarkan hasil perhitungan jarak genetik, hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan, sebesar 0,0019. Hubungan kekerabatan terjauh terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado, yaitu sebesar 0,0138. Semakin dekat hubungan kekerabatan mengindikasikan adanya kesamaan yang tinggi pada lokus-lokus protein darah yang diamati, dan sebaliknya. Semakin jauh hubungan kekerabatan mengindikasikan adanya keragaman atau variasi yang tinggi pada lokus-lokus protein darah yang diamati (Nei dan Kumar, 2000).
30 Kabupaten Minahasa, Kabupaten Minahasa Selatan dan Kota Manado termasuk kelompok pertama, sedangkan Kota Tomohon termasuk dalam kelompok lainnya. Hal tersebut dikarenakan Kota Tomohon memiliki karakteristik topografi yang bergunung dan berbukit yang membentang dari utara ke selatan.
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Lokus Albumin, Post Albumin, Transferrin, dan Hemoglobin protein darah kuda lokal Sulawesi Utara bersifat polimorfik sedangkan pada lokus Post Transferrin-1 dan Post Transferrin-2 bersifat monomorfik. Subpopulasi yang
terdapat di Tomohon, Manado, Kabupaten Minahasa, dan Kabupaten Minahasa Selatan berbeda berdasarkan hasil analisis protein darah. Hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan sedangkan hubungan kekerabatan terjauh terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado.
Saran
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur Penulis panjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus atas kasih karunia dan anugerahNya sehingga Penulis bisa menyelesaikan penulisan skripsi ini. Kepada Papa dan Mama tersayang, Bapak Philipus dan Ibu Lina yang senantiasa memberikan kasih sayang dan memberikan dukungan serta selalu berdoa untuk kesuksesan penulis. Kepada adik-adik Penulis tersayang, Japeth dan Cheren yang telah memberikan senyuman, motivasi, dan doanya. Terima kasih atas semuanya, atas keceriaan dan kebersamaannya.
Kepada Ibu Zakiah Wulandari, S.TP, M.Si selaku pembimbing akademik yang selalu memberikan nasehat dan motivasi kepada Penulis. Penulis menyampaikan terima kasih kepada Bapak Prof. Dr. Ir. Ronny R. Noor, M.Rur,Sc. dan Bapak Dr. Jakaria, S.Pt, M.Si atas segala perhatian, bimbingan, motivasi, dan arahannya. Terima kasih juga Penulis sampaikan kepada Bapak Ir. Juvarda B. Takaendengan, M.Si atas materi penelitian yang diberikan kepada Penulis. Terima kasih Penulis ucapkan kepada Prof.Dr.Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc selaku dosen pembahas pada seminar. Terima kasih Penulis ucapkan kepada Pror. Dr. Ir. Pollung H. Siagian, MS dan Prof.Dr.Ir. Nahrowi, M.Sc atas masukan terhadap skripsi Penulis.Terima kasih kepada Dr. Drh. Amrozi, M.Sc dan Dr. Dra. R.Iis Arifiantini, M.Si yang membantu penulis.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Kak Eryk yang memberikan bimbingan dan masukan selama penulisan skripsi. Terima kasih juga Penulis sampaikan kepada teman-teman tim penelitian (Vania, Cintya, Justian, dan Fuad). Terima kasih kepada teman-teman di Laboratorium (Kak Ires, Kak Surya, Pak Andi, Pak Ihsan, Desi, Gina, Ferdy, Paulina, Lenny, Irine, Wike, Icha, Diny, Gabby, dan Tifanny) serta teman seperjuangan Kang Asep. Terima kasih kepada teman-teman IPTP 44 dan teman-teman GWerz atas kerjasama, keceriaan, dan kekeluargaannya selama ini. Penulis juga menyampaikan terimakasih kepada teman-teman kelompok kecil, Kak Desra, Marika Veraria, dan Fanny Aprilta atas dukungan doa yang telah diberikan.
Bogor, 23 Maret 2011
DAFTAR PUSTAKA
Afraz F., R. Hemmaty, & S. Shamsa. 2006. Genetic polymorphism of blood proteins in Iranian Kurd and Turkoman horse populations. J. Bio Sci 9 (1): 155-159. Allendorf, F.W. & G. Luikart. 2007. Conservation and the Genetics of Populations.
Blackwell Publishing. USA.
Badan Pusat Statistik. 2005. Statistik Peternakan. BPS. Jakarta.
Blakely, J. & D.H. Blade. 1991. The Science of Animal Husbandry. Prentice-Hall Inc, New Jersey.
Blott, S., J.J. Kim, S. Moisio, A.S. Kuntzel, A. Cornet, P. Berzi, N. Cambiaso, C. Ford, B. Grisart, D. Johnson, L. Karim, P. Simon, R. Snell, R. Spelman, J. Wong, J. Vilkki, M. Georges, F. Farnir, & W. Coppeters. 2003. Molecular dissection of a quantitative trait locus: a phenylalanine-to-tyrosine substitution in the transmembrane domain of the bovine growth hormone receptor is associated with a major effect on milk yield and composition. Genet. 163:253-266.
Bowling, A.T & A. Ruvinsky. 2000. The Genetics of the Horse. CAB International Publishing. London.
Edward, E.H. 1994. The Encyclopedia of Horse. London. Dorling Kindersley Limited.
Ensminger, M.E. 1962. Animal Science. Animal Agriculture Series. 5th Ed. Printers & Publisher, Inc. Danville, Illinois.
Eo, S., J. Hyun, W.S. Lee, T. Choi, S.J. Rhim & K. Eguchi. 2002. Effects of topography on dispersal of black-billed magpie Pica pica sericea revealed by population genetic analysis. J. Ethology. 20 (1): 43-47.
Ferguson, A. 1980. Biochemical Systematics and Evolution Lecturer in Zoology. The Queens University of Belfast. London.
Gillespie, J. H. 1998. Population Genetics, A Concies Guide. The Johns Hopkins University Press. London.
34 Harper, H., A.W. Rodwel & P.A. Mayes. 1980. Biokimia. Edisi ke 17. Lange EGC. Hartl, D.L. 1988. A Primer of Population Genetics. 2nd Ed. Sinauer Associates,
Inc.USA.
Jiskrova, J., V. Glasnak, & D. Misar. 2002. The use of blood protein polymorphism for determining the genetic distance between the Moravian warm-blooded horse and the Czech warm-blooded and Trakehner horses. J. Anim. Sci. 47 (3): 98-105.
Kimura, M., M.Ishi Puro, S.Ito & I. Isogai. 1980. Protein polymorphism and genetic variation in a population of the Japanese quail. Japan. Poul. Sci. 17: 312-322. Lippi, A.S & N. Mortari. 2003. Studies of bloods group and protein polymorphism in
the Brazilian horse breeds Mangalarga Marchador and Mangalarga (Equus caballus). Genetics and Molecular Biology 26 (4): 431-434. Brazilian Society of Genetics. Brazil.
Maeda, Y., T. Hashiguchi & M. Taketomi. 1972. Genetical studies on serum alkaline phosphatase isozyme in the Japanese quail. Japan. J. Genet. 47: 165-170. Maeda, Y., K.W. Hasburn & H.L. Marks. 1980. Protein polimorphisms in quail
population selected for large body size. Anim. Blood Grps. Blochen. Genet. 11:215-260.
Marson, E.P., J.B.S. Ferraz, F.V. Meirelles, J.C.C. Balieiro, J.P. Eler, L.G.G. Figuerido, & G.B. Mourao. 2005. Genetic characterization of European-Zebu composite bovine using RFLP markers. Genet. Mol. Res. 4: 496-505.
Miller, F. P. 2009. Molecular Phylogenetics. VDM Publishing House Ltd.
Nei, M. & Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. New York.
Nicholas, F.W. 1987. Veterinary Genetics. Clarendon Press. Oxford. Noor, R.R. 2008. Genetika Ternak. Penebar Swadaya. Jakarta.
Nozawa, K., T. Amano, M. Katsumata, S. Suzuki, T. Nishida, T. Namikawa, Harimurti M., Bambang P., & Harun N. 1981. Morphology and gene of the Indonesian horses . The Research group of Overseas Scientific Survey. Ohsawa, T., Y. Saito, H. Sawada, & Y. Ide. 2008. Impact of altitude and topography
on the genetic diversity of Quercus serrata populations in the Chichibu Mountain central Japan. 203(3): 187-196.
Omstein L. 1964. Disc Electrophoresis I. Background and Theory. Ann New York Acad Sci. 121 (1964) 321–349.
Riis, P.M. 1983. Dynamic Biochemistry of Animal Production. Elsevier Science Publishing Company Inc. New York.
35 Rodwell, V.W. 1983. Protein Biokimia (Review of Biochemistry). Edisi 19. EGC
Penerbit Buku Kedokteran.
Rosenberg, I. M. 2005. Protein Analysis and Purification Benchtop Technigues. 2nd Ed. Birkhauser. USA.
Sandberg, K. & E.G. Cothran. 2000. Blood Groups and Biochemical Polymorphisms. In: The Genetics of The Horse. Eds. A.T. Bowling and A.Ruvinsky. CAB International. UK.
Selander, R.K. 1976. Genetic Variation in Natural Populations. Dalam: Molecular Evolution. Sinauer Associates Inc. Sunderland.
Soehardjono, O. 1990. Kuda. Jakarta: Yayasan Pamulang Equstrian Centre.
Stenesh, J. 1984. Experimental Biochemistry. Western Michigan University. Allyn and Bacon Inc. Boston.
Warwick, E.J., J.M. Astuti, & W. Hardjosubroto. 1990. Pemuliaan Ternak. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta.
Weir, B.S. 1996. Genetic Data Analysis: Method for Discrete Population Genetic Data. Second ed. Sinauer Associates. Sunderland. MA, USA.
Westermeier, R. 2005. Electrophoresis in Practice. Wiley-VCH Verlag GmbH and Co. KGaA. Weinheim, Germany.
37 Lampiran 1. Foto Kuda di Sulawesi Utara (Koleksi Juvarda B. Takaendengan)
Tomohon Minahasa Selatan
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PROTEIN DARAH KUDA
LOKAL SULAWESI UTARA DENGAN MENGGUNAKAN
POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS
(PAGE)
SKRIPSI
PRISKILA LISNAWATI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN
RINGKASAN
PRISKILA LISNAWATI. D14070018. 2011. Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc. Pembimbing Anggota : Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.
Penelitian tentang kuda lokal berdasarkan analisis keragaman protein darah masih jarang dilakukan dan baru pernah satu kali dilakukan. Penelitian tersebut dilakukan untuk mengamati morfologi dan genetik kuda lokal Indonesia yang dibandingkan dengan kuda lokal Jepang. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman protein darah lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada kuda lokal yang terdapat di Sulawesi Utara.
Sampel darah kuda lokal yang digunakan sebanyak 74 sampel yang berasal dari Kota Manado (28 sampel), Kota Tomohon (10 sampel), Kabupaten Minahasa (23 sampel), dan Kabupaten Minahasa Selatan (13 sampel). Identifikasi keragaman genetik protein darah dilakukan menggunakan pendekatan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) yang diwarnai dengan Coomassie Brilliant Blue (CBB). Data dianalisis dengan menggunakan pendekatan frekuensi genotipe, frekuensi alel, keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas, jarak genetik dan pohon genetik.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman pada populasi kuda di Sulawesi Utara berdasarkan lokus Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb), Transferrin (Tf), dan Hemoglobin (Hb), sedangkan pada lokus Post Transferrin-1 (PTf-1) dan Post Transferrin-2 (PTf-2) bersifat monomorfik. Pada lokus Alb ditemukan tiga genotipe, yaitu AA (0,57), AB (0,33), dan BB (0,10) yang menghasilkan dua alel, yaitu alel A (0,74) dan alel B (0,26). Lokus PAlb ditemukan empat genotipe, yaitu AA (0,01), AB (0,84), BB (0,14), dan AC (0,01) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,44), alel B (0,55), dan alel C (0,01). Lokus Transferrin terdiri dari tiga genotipe, yaitu genotipe AB (0,49), BB (0,31), dan BC (0,20) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,24), alel B (0,66), dan alel C (0,1). Lokus Hemoglobin beta hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua individu yang mengindikasikan bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal serupa ditemui pada lokus Hemoglobin alpha. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin tipe ά, ditemukan dua genotipe, yaitu tipe 1 dan tipe 2 dengan frekuensi genotipe berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49.
Berdasarkan pengujian keseimbangan populasi, lokus Albumin pada keempat populasi kuda lokal di Sulawesi Utara berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, sedangkan lokus Post Albumin tidak berada dalam keseimbangan. Nilai rataan heterozigositas kuda lokal di Sulawesi Utara pada empat populasi sebesar 0,63. Hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan (0,0019). Hubungan kekerabatan terjauh terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado (0,0138).
ABSTRACT
Study on Genetic Polymorphisms of North Sulawesi’s Native Horse Blood Protein by using Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Lisnawati, P., R.R. Noor, Jakaria
The objective of this study was to estimate the polymorphisms of the Albumin, Post Albumin, Transferrin, Post Transferrin-1, Post Transferrin-2, and Hemoglobin in North Sulawesi's native horses. This study used PAGE method to identify protein. Genotyping was performed on 74 samples of horse blood, which include 28 samples from Manado, 10 samples from Tomohon, 13 samples from South Minahasa , and 23 samples from Minahasa. Genotype and allele frequency, Hardy-Weinberg equilibrium, heterozigosity, genetic distance, and phylogenetic tree were performed in order to describe the polymorphisms of blood protein. The result showed that the highest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele A was equal to 1,00 and the lowest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele B. Albumin locus were in Hardy-Weinberg equilibrium. Hemoglobin type ά was found in two types, namely type 1 and 2 with consecutive genotype frequencies were 0.51 and 0.49 respectively. The mean heterozygosity in all population was equal to 0.63. The population of horses in Tomohon have a far relationship with the horses population in the area of Amurang, Minahasa, and Manado. Horse blood protein polymorphisms were found for Albumin, Post Albumin, Transferrin and Hemoglobin.
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kuda merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki banyak kegunaan, di antaranya sebagai ternak tunggangan, mengangkut beban, menarik kereta, sumber protein pangan dan untuk pacuan kuda. Populasi kuda di Indonesia berkisar 400.000 ekor yang tersebar di beberapa daerah (BPS, 2005). Indonesia memiliki agroklimat yang beragam sehingga sistem budi daya dan adaptasi ternak kuda berbeda pada masing-masing daerah. Hal ini menyebabkan perbedaan fungsi kuda di berbagai daerah di Indonesia. Beberapa daerah di Indonesia yang menggunakan kuda sebagai alat transportasi adalah Jawa Barat, Jawa Tengah, Yogyakarta, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, dan Sulawesi Selatan. Pemanfaatan kuda untuk produksi susu, kulit, dan daging hanya terdapat di Sulawesi Selatan dan Nusa Tenggara Timur, sedangkan di daerah lain kuda umumnya dimanfaatkan sebagai simbol budaya yang melambangkan status sosial kemasyarakatan mereka.
Sulawesi Utara merupakan salah satu wilayah yang memiliki populasi kuda dengan berbagai macam pemanfaatan, diantaranya sebagai kuda pacu. Sulawesi Utara juga merupakan salah satu sentra perdagangan kuda sehingga dapat diindikasikan bahwa kuda Sulawesi Utara memiliki keragaman genetik yang tinggi. Keragaman genetik merupakan sebuah parameter untuk mempelajari genetika populasi dan genetika evolusi. Identifikasi keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi.
Salah satu indikator yang menentukan tingkat keragaman genetik adalah protein darah. Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping asam nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, tempat penyimpanan informasi genetic serta merupakan produk langsung gen yang relatif tidak terpengaruh oleh perubahan lingkungan. Protein darah dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik dengan menggunakan metode Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE).
2 karena itu, penelitian ini sangat dibutuhkan dalam menambah informasi dasar khususnya protein darah untuk menunjang perkembangan kuda di Sulawesi Utara.
Tujuan
TINJAUAN PUSTAKA
Klasifikasi Kuda
Kuda digolongkan ke dalam hewan dalam filum Chordata yaitu hewan yang bertulang belakang, kelas Mammalia yaitu hewan yang menyusui anaknya, ordo Perissodactyla yaitu hewan berteracak tak memamahbiak, famili Equidae, dan
spesies Equus caballus. Para pakar percaya bahwa dahulu kala terdapat hewan prakuda dengan jari teracak jari kaki sebanyak lima buah disebut Paleohippus. Hewan tersebut kemudian berkembang dengan empat jari teracak dan satu penunjang (split), sedangkan kaki belakangnya terdiri atas tiga jari teracak dan satu split (Ehippus). Evolusi berlanjut dengan terbentuknya Mesohippus dan Meryhippus yang memiliki teracak kaki depan dan belakang sebanyak tiga buah. Pliohippus menjadi hewan teracak tunggal pertama yang selanjutnya berkembang menjadi kuda saat ini (Equus caballus) (Blakely dan Blade, 1991).
Populasi kuda di seluruh dunia mencapai 62 juta ekor, yang terdiri dari 500 ratus bangsa, tipe dan varietas. Bangsa kuda pada awalnya dianggap sebagai hewan yang berkaitan dengan lokasi geografis tempatnya dikembangbiakkan untuk memenuhi kebutuhan manusia secara spesifik. Kini bangsa kuda seringkali ditentukan oleh komunitas atau lembaga yang melakukan pencatatan keturunan dan membuat buku silsilah kuda hasil seleksi berdasar pada daerah asal, fungsi dan ciri fenotipik (Bowling dan Ruvinsky, 2004).
4 Tabel 1. Tipe, Kegunaan, Jenis, Tinggi, Bobot Badan dan Habitat Asli Kuda
Tipe Kegunaan Jenis Tinggi
Kuda Albino Amerika 1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Tiga Kuda Sadel Amerika Amerika Serikat
Kuda Arab Arab Saudi
Kuda Appalossa Amerika Serikat
Kuda Morgan Amerika Serikat
Kuda Spotted Maroko Amerika Serikat
Kuda Palomino Amerika Serikat
Kuda Thoroughbred Inggris
Kuda tunggang berlari cepat
Kuda Sadel Amerika 1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Lima
Kuda untuk berjalan
Kuda Tennese Walking 1,5-1,6 500-600 Amerika Serikat
Stock horse Tingkatan pesilangan atau hasil biak dalam dari:
Kuda Appalossa 1,55-1,6 500-550 Amerika Serikat
Kuda Arab Arab Saudi
Kuda Morgan Amerika Serikat
Kuda Spotted Maroko Amerika Serikat
Kuda Palomino Amerika Serikat
Kuda Quarter Amerika Serikat
Kuda Thoroughbred Inggris
Pendaki Tingkatan, persilangan 1,45-1,55 500-626 Pemburu dan
Kuda Shetland dan Welsh 0,9-1,45 250-450 Shertlond Isles Inggris
Kuda Pacu
Pelari
kuda Thoroughbred 1,55-1,65 450-600 Inggris
Kuda Pacu
berpakaian
Kuda Standardbred 1,45-1,55 450-600 Amerika Serikat
Kuda Quarter Kuda Quarter 1,45-1,55 500-600 Amerika Serikat
Kuda Tarik
Kuda
Berpakaian Tipe Berat
Kuda Cleveland Bay 1,45-1,65 450-650 Inggris
Kuda Frech Coach Perancis
1,45-1,7 450-700 Amerika Serikat
Kuda Transportasi
Kuda Morgan & Kuda
Standardbred
1,45-1,55 450-600 Amerika Serikat
5 Bangsa Kuda di Indonesia
Indonesia memiliki beberapa kelompok populasi kuda yang berasal dari kuda jenis Thoroughbred untuk digunakan sebagai pacuan atau disilangkan dengan kuda lokal. Populasi kuda lokal silangan dan kuda asli Sumba dikenal dengan sebutan kuda Sandel. Karakteristik masing-masing kuda lokal di Indonesia dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel 2. Karakteristik Kuda Lokal Indonesia
Jenis Kuda
Tinggi Badan (m)
Karakteristik
Kuda Sumba 1,27 Bentuk kepala terlihat lebih besar dibanding kaki. Sifatnya jinak dan cerdas, punggung kuat, namun konformasi badan kurang sempurna.
Kuda Timor 1,22 Bentuk badan dan punggung lurus, leher pendek, bahu dan ekor yang tinggi, bagian tengkuk dan ekor penuh bulu.
Kuda Sandel 1,35 Ukuran tubuh kecil, bentuk kepala kecil, mata besar, bulu lembut dan berkilauan dan mempunyai kecepatan yang baik dan sangat efektif dengan kuku kaki yang keras dan kuat.
Kuda Batak 1,32 Bentuk kepala bagus dengan bagian muka yang lurus, leher pendek dan lemah. Memiliki bagian punggung yang panjang dan sempit dengan kaki belakang ramping.
Kuda Jawa 1,27 Memiliki stamina yang baik dan tahan terhadap panas, ukuran tubuh relatif lebih besar.
Kuda Padang 1,27 Kuku kaki keras dan bentuknya bagus, bagian tumit lemah, konformasi baik tetapi pertulangannya kecil.
Kuda Sulawesi 1,25 Daya tahan tubuh kuat, kaki tegap dan kuat, dan bertempramen stabil.
Kuda Flores 1,24 Bentuk badan kecil dan jinak.
Kuda Bima - Bentuk badan kecil, memiliki pinggang yang pendek dengan daya tahan tubuh baik dan memiliki langkah yang cepat.
Sumber : Edward (1994); Soehardjono (1990)
Kuda Sulawesi
