Kebijakan pembangunan kelautan dan perikanan menekankan pada pendayagunaan sumberdaya kelautan dan perikanan untuk mewujudkan pertumbuhan ekonomi, pemerataan kesejahteraan, dan terpeliharanya daya dukung ekosistem perairan dan stok sumberdaya hayati yang terdapat di dalamnya secara seimbang. Menurut Dahuri (2000), berdasarkan visi dan misi pembangunan kawasan pesisir dan lautan, kebijakan yang diperlukan dapat dirumuskan sebagai berikut:
1) Meningkatkan efisiensi pemanfaatan ruang dan sumberdaya pesisir dan lautan berdasarkan kompatabilitas ekosistem dan potensi komoditas serta permintaan pasar
2) Meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan masyarakat pesisir terutama kelompok masyarakat yang matapencahariannya berhubungan langsung dengan sumberdaya alam.
3) Meningkatkan pendayagunaan sumberdaya alam yang terdiri atas barang dan jasa-jasa lingkungan untuk kebutuhan konsumsi domestik dan ekspor serta sebagai bahan baku pengembangan industri manufaktur dalam negeri yang berbasis sumberdaya kelautan.
4) Memberdayakan masyarakat pesisir untuk mengembangkan pengelolaan sumberdaya alam secara berkelanjutan, efisien dan berkeadilan.
5) Memperkaya dan meningkatkan mutu sumberdaya alam melalui upaya-upaya mitigasi bencana, pengkayaan stok sumberdaya alam dan lingkungan, pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya alam secara bertanggungjawab serta merehabilitasi lingkungan dan sumberdaya yang rusak.
Pada dasarnya kebijakan pembangunan kelautan dan perikanan diarahkan untuk mencapai dua tujuan yaitu: (1) pendayagunaan potensi pesisir dan laut
untuk meningkatkan kontribusi terhadap pembangunan ekonomi dan kesejahteraan pelaku pembangunan, dan (2) untuk tetap menjaga kelestarian sumberdaya pesisir dan lautan secara berkelanjutan. Berbagai upaya telah dilakukan oleh pemerintah untuk mengatasi kemiskinan dan meningkatkan kesejahteraan hidup nelayan. Sejak 1974, pemerintah telah mengeluarkan program bantuan kredit melalui Bank Rakyat Indonesia. Pada tahun-tahun berikutnya berbagai program kredit diberikan kepada nelayan, seperti Kredit Investasi Kecil (KIK), Kredit Modal Kerja Permanen (KMKP), dan Kredit BIMAS, serta program-program kredit bergulir lainnya. Namun demikian program bantuan kredit tersebut atau program-program bantuan lainnya belum mampu mengatasi kesulitan sosial-ekonomi masyarakat nelayan. Pengembalian bantuan kredit mengalami kemacetan dan tidak bergulir. Menurut Kusnadi (2000), hambatan pengembalian bantuan kredit tersebut banyak disebabkan oleh tingkat penghasilan nelayan yang sangat kecil akibat kesulitan memperoleh hasil tangkapan, besarnya biaya operasi, kerusakan peralatan tangkap, jaringan perdagangan ikan yang merugikan nelayan, dan persepsi yang salah terhadap program bantuan pemerintah.
Kebijakan modernisasi perikanan yang mulai dilakukan pada awal tahun 70- an diarahkan untuk meningkatkan produksi perikanan nasional. Hasil dari peningkatan produktivitas tersebut diharapkan dapat memperbaiki kualitas kesejahteraan kehidupan nelayan. Namun sebaliknya setelah lebih dari seperempat abad kebijakan modernisasi perikanan dilaksanakan, tingkat kesejahteraan hidup nelayan tidak banyak berubah secara substantif. Yang terjadi justru sebaliknya yakni melebarnya kesenjangan sosial-ekonomi antar kelompok sosial dalam masyarakat nelayan dan meluasnya kemiskinan (Kusnadi, 2002). Penggunaan teknologi penangkapan yang modern tidak serta merta dapat meningkatkan kesejahteraan hidup masyarakat pesisir dalam jangka panjang. Pemakaian teknologi yang serba canggih hanya menguntungkan dalam jangka pendek dan menutup peluang model pemanfaatan sumberdaya perikanan secara berkelanjutan, karena mendorong timbulnya situasi ”overfishing”. Dalam menyikapi kebijakan modernisasi perikanan, tidak semua lapisan nelayan dapat memanfaatkan peluang- peluang yang tersedia. Kemudahan akses terhadap sumberdaya ekonomi dan
politik yang tersedia hanya dapat dicapai oleh sebagian kecil nelayan, sedangkan sebagian besar nelayan tetap dalam kemiskinan, khususnya nelayan tradisional atau nelayan buruh. Studi-studi tentang kemiskinan nelayan yang telah dilakukan menunjukkan, bahwa kebijakan modernisasi perikanan yang telah berlangsung selama ini justru meningkatkan ketimpangan pendapatan, kesenjangan sosial, dan kemiskinan di kalangan nelayan (Suyanto, 1993). Nelayan yang bisa bertahan atau meningkat kesejahteraan hidupnya adalah nelayan-nelayan bermodal besar, yang kemampuan jelajah penangkapannya hingga ke lepas pantai (off-shore). Jumlah mereka relatif kecil, sebaliknya nelayan tradisional atau nelayan buruh dengan modal usaha dan kepemilikan peralatan yang terbatas, harus puas dengan kenyataan hidup dan persaingan yang semakin keras dalam memperolah hasil tangkapan.
Melihat kenyataan bahwa kebijakan-kebijakan strategis pembangunan selama ini belum mampu dilaksanakan secara efektif dan belum berhasil secara optimal meningkatkan kesejahteraan hidup nelayan, maka perlu mengkaji kembali kebijakan-kebijakan strategis tersebut. Sebaiknya kebijakan pembangunan masyarakat nelayan harus dilihat dalam perspektif yang luas dan integratif dengan memperhatikan karakteristik sumberdaya alam, struktur sosial, ekonomi dan budaya yang berbeda. Kebijakan modernisasi perikanan untuk meningkatkan kesejahteraan nelayan yang sudah digulirkan harus disertai dengan sosialisasi pilihan teknologi penangkapan yang adaptif serta pemahaman yang baik terhadap kelestarian lingkungan kelautan. Untuk mengatasi konflik dalam memperebutkan sumberdaya perikanan penegakan peraturan harus dilakukan dan diiringi dengan penegakan hukum. Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 607/Kpts/Um/9/1976, yang menetapkan secara jelas jalur-jalur penangkapan nelayan tradisional dan nelayan modern merupakan perlindungan terhadap hak-hak nelayan tradisional dalam memanfaatkan sumberdaya perikanan. Begitu juga dengan Keppres No. 39/1980 dimaksudkan untuk menyelamatkan kerusakan sumberdaya perikanan akibat pengoperasian pukat harimau yang tidak bersifat selektif terhadap sumberdaya hayati laut, dan dapat menyebabkan keresahan sosial nelayan-nelayan tradisional.
Dengan diberlakukannya UU No. 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, daerah propinsi, kabupaten, dan atau kota mempunyai kewenangan dalam mengelola wilayah lautnya, hingga batas yang telah ditetapkan, yaitu 12 mil wilayah laut dari garis pantai berada di bawah kewenangan pemerintah propinsi dan sepertiganya (4 mil) menjadi kewenangan pemerintah daerah kabupaten/kota. Agar tidak timbul permasalahan atau konflik sesama pemanfaat sumberdaya, khususnya dalam pemanfaatan sumberdaya ikan di wilayah perbatasan, baik antar propinsi, kabupaten ataupun kota, maka dalam pengelolaannya harus dilakukan secara baik dan hati-hati. Kemiskinan benar-benar merupakan masalah multi- dimensi yang memerlukan kebijakan dan program intervensi multi-dimensi, agar supaya kesejahteraan individu meningkat sehingga membuatnya terbebas dari kemiskinan.