Secara biogeografi, perairan laut dunia dibagi menjadi 18 wilayah. Laut Asia Timur dinamakan wilayah-13 yang meliputi: Laut Andaman, Selat Malaka, Selat Singapura, Laut Cina Selatan, Laut Jawa, Laut Flores, Laut Banda, Laut Arafura, Laut Timor, Laut Sulawesi, Laut Sulu, dan Laut Philipina. Wilayah 13 mempunyai perairan dangkal (paparan benua) dan perairan laut jeluk (dalam). Dalam wilayah ini terdapat pulau–pulau yang saling berhubungan melalui selat- selat.
Indonesia dikenal oleh masyarakat dunia sebagai negara kepulauan (the archipelagic country) terbesar di dunia, terdiri dari 17.504 pulau dengan panjang garis pantai sekitar 95.200 km, yang merupakan garis pantai terpanjang kedua di dunia setelah Kanada sekitar 104.000 km (Dahuri, et al., 2009). Luas wilayah darat Indonesia sekitar 1,9 juta km2. Sementara itu, wilayah lautnya mencapai 5,8 juta km2, yang terdiri dari 0,3 juta km2 perairan laut territorial, 2,8 juta km2 perairan laut nusantara, dan 2,7 juta km2 perairan laut ZEEI (Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia).
Wilayah perairan laut nusantara dan laut territorial Indonesia terdiri dari tiga tipe ekosistem utama, yaitu : (1) perairan dangkal di wilayah barat (Paparan Sunda), (2) perairan dangkal di wilayah timur (Paparan Sahul), (3) dan wilayah laut jeluk/dalam (deep sea) yang mencakup Selat Makasar dan Laut Banda. Laut jeluk lainnya yang berada di wilayah perairan Indonesia adalah Selat Bali, Laut Flores, Laut Sulawesi, dan Laut Maluku. Sedangkan samudera (lautan) yang mengitari perairan Indonesia adalah Samudera Hindia dan Samudera Pasifik (Tabel 1).
Perairan Laut Indonesia dipengaruhi oleh Samudera Hindia dan Samudera Pasifik. Massa air yang berasal dari Samudera Pasifik masuk dari arah utara kemudian ke Samudera Hindia melalui selat-selat, terutama di Nusa Tenggara. Karena posisinya terletak diantara dua benua yaitu Asia dan Australia, Perairan Indonesia menjadi sangat strategis sebagai kawasan lintasan berbagai macam kapal laut, mulai dari kapal niaga, kapal tanker, kapal ikan, sampai dengan kapal
perang. Lalu lintas ini dapat menimbulkan dampak negatif terhadap kelestarian sumberdaya alam hayati perairan, terutama bila terjadi tabrakan kapal tanker sehingga tumpahan minyak dalam jumlah besar masuk ke dalam ekosistem perairan.
Tabel 1 Luas Wilayah Perairan Laut Teritorial Indonesia
Wilayah dan Sub-Wilayah Luas (km2)
Paparan Sunda 686.000
Selat Malaka 55.000
Laut Cina Selatan (bagian Indonesia) 250.000
Laut Jawa (termasuk Selat Sunda) 381.000
Paparan Sahul 160.000
Laut Arafura 143.500
Perairan sekitarnya 16.500
Laut Hindia 132.000
Sumatera, Pantai Barat 70.000
Jawa, Pantai Selatan 30.000
Selat Bali 2.500
Pulau-Pulau Sunda Kecil bagian Selatan 30.000
Laut-Laut Jeluk 1.694.000
Selat Makasar, perairan sekitar Sulawesi, pulau-pulau
Sunda Kecil bagian utara 594.000
Laut Flores 100.000
Laut Banda 100.000
Maluku (termasuk Irian Jaya bagian utara dan barat) 900.000
Sumber: Dwiponggo (1987)
Ekosistem perairan laut dapat dibagi menjadi dua, yaitu perairan laut pesisir (yang meliputi daerah paparan benua), dan laut lepas atau laut oseanik. Penetapan batas wilayah pesisir sampai saat ini belum ada definisi baku. Namun ada kesepakatan dunia bahwa wilayah pesisir merupakan suatu wilayah peralihan antara daratan dan laut. Ditinjau dari garis pantai (coastline), suatu wilayah pesisir memiliki dua macam batas (boundaries), yaitu batas yang sejajar dengan garis pantai (long-shore) dan batas yang tegak lurus terhadap garis pantai (cross shore). Penetapan batas-batas wilayah pesisir yang sejajar dengan garis pantai relatif mudah, misalnya batas wilayah pesisir Kabupaten Kupang adalah antara Tanjung
Nasikonis dan Pulau Sabu; dan batas wilayah pesisir DKI Jakarta adalah antara Sungai Dadap di sebelah barat dan Tanjung Karawang di sebelah timur.
Akan tetapi, penetapan batas wilayah pesisir secara tegak lurus terhadap garis pantai belum diperoleh kesepakatan, karena batas wilayah pesisir berbeda dari satu negara ke negara yang lain. Sebagai contoh RRC (Republik Rakyat Cina) menetapkan wilayah pesisir ke arah darat sejauh 15 km dari garis pantai, dan ke arah laut sejauh 15 km. Sedangkan Negara Bagian Washington (Amerika Serikat) dan Queensland (Australia) menetapkan batas wilayah pesisir sejauh 3 mil laut dari garis dasar (coastal base line). Perbedaan tersebut dapat dimengerti, karena setiap negara memiliki karakteristik lingkungan, sumber daya, dan sistem pemerintahan tersendiri (Dahuri, et al., 2001).
Dalam suatu wilayah pesisir biasanya terdapat lebih dari satu jenis ekosistem pesisir dan sumber daya alam (SDA). Tipe ekosistem pesisir Indonesia dideskripsikan atas dasar komunitas hayati dan penggenangan oleh air (Kartawinata dan Soemodihardjo, 1976; Nontji, 1987). Berdasarkan sifatnya, ekosistem pesisir dapat bersifat alami (natural) atau buatan (man made). Ekosistem alami yang terdapat di wilayah pesisir antara lain terumbu karang (coral reefs), hutan mangrove (mangrove forest), padang lamun (sea grass beds), pantai berpasir (sandy beach), pantai berbatu (rocky beach), formasi pescaprae, formasi barringtonia, estuari, laguna, delta, dan ekosistem pulau kecil. Ekosistem pesisir tersebut ada yang terus menerus tergenangi air dan ada pula yang hanya sesaat. Sedangkan ekosistem buatan antara lain adalah tambak, sawah pasang surut, kawasan pariwisata, kawasan industri, dan kawasan pemukiman.
Berbagai macam ekosistem pesisir yang terdapat di Indonesia mempunyai peranan yang sangat penting, baik ditinjau dari segi ekologis maupun ekonomis. Sayangnya informasi mengenai fungsi ekologis, khususnya tentang keanekaragaman hayati yang terdapat pada masing-masing ekosistem di daerah pesisir, relatif masih sangat kurang. Hal ini akan menjadi kendala yang sangat serius bagi pelaksanaan pengelolaan daerah pesisir dan laut secara komprehensif, apalagi jika dikaitkan dengan peran ekologis maupun ekonomis dari masing- masing ekosistem tersebut, dalam menunjang kegiatan pembangunan di Indonesia pada masa yang akan datang.
Adapun SDA yang terdapat dalam wilayah pesisir dan lautan dapat dikelompokkan menjadi tiga kategori, yaitu: (1) SDA yang dapat pulih (renewable resources), (2) SDA yang tidak dapat pulih (non-renewable resources), dan (3) jasa-jasa lingkungan (environmental services). SDA dapat pulih antara lain berupa sumberdaya perikanan; hutan mangrove; senyawa bioaktif (bioactive substances atau natural products) yang terdapat dalam tubuh organisme laut yang menjadi bahan baku untuk industri makanan dan minuman, farmasi, kosmetik, bio-energi, dan beragam industri lainnya; energi pasang surut; energi gelombang; dan OTEC (Ocean Thermal Energy Conversion). SDA tidak dapat pulih terdiri dari minyak dan gas, bauksit, timah, bijih besi, emas, mangan, dan mineral serta bahan tambang lainnya. Jasa-jasa lingkungan antara lain meliputi fungsi ekosistem pesisir dan laut sebagai media transportasi, tempat untuk rekreasi dan pariwisata, penetralisir (asimilasi) limbah, sumber plasma nutfah (gene pool), regulator iklim, siklus hidrologi, siklus biogeokimia, dan fungsi-fungsi penunjang (life-supporting functions) lainnya.
Segenap SDA dan jasa-jasa lingkungan yang terdapat dalam wilayah pesisir dan lautan tersebut dapat dimanfaatkan setidaknya melalui 11 sektor ekonomi, yakni: (1) perikanan tangkap, (2) perikanan budidaya, (3) industri pengolahan hasil perikanan, (4) industri bioteknologi kelautan, (5) pariwisata bahari, (6) pertambangan dan energi, (7) perhubungan laut, (8) kehutanan (coastal forestry, seperti hutan mangrove), (9) sumberdaya wilayah pulau-pulau kecil, (10) industri dan jasa maritim, dan (11) SDA non-konvensional (Dahuri, 2009). Dalam hal ini, yang dimaksud dengan SDA non-konvensional adalah SDA yang terdapat di wilayah pesisir dan Lautan Indonesia, tetapi karena kendala teknis atau ekonomis, SDA tersebut belum dapat dimanfaatkan. Contohnya, gas hidrat yang terdapat di Lautan Hindia bagian Pantai Barat Sumatera dan Pantai Selatan Jawa, mineral laut dalam, sumberdaya perikanan laut dalam, dan industri air laut dalam (deep-sea water industry).