Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Konstruksi Pustaka Genom Tibouchina langsdorffiana Baill adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Bogor, Juli 2009
Yasinta Ratna Esti Wulandari NIM G351040131
ABSTRACT
YASINTA RATNA ESTI WULANDARI. Construction of Genomic Libraries of Tibouchina langsdorffiana Baill. Under direction of SUHARSONO and UTUT WIDYASTUTI.
Tibouchina langsdorffiana Baill is tolerant plant to low pH and high aluminum (Al). Due its tolerance, this plant may be used as source of Al tolerant genes and model for tolerant plant to Al. Therefore genetic material of this plant must be kept in genomic library. Genomic library plays a crucial role in maintaining all genetic information belonging to an organism. This research aim to construct the genomic library of Tibouchina langsdorffiana using BlueSTAR- 1 phage as a vector. The big fragments of plant DNA were obtained by partial digestion of total DNA using 0.01 unit Sau3AI per g DNA at 37ºC for 30 minutes. By using 0.5 g insert DNA and the molarity ratio between insert DNA : vector = 2.9 : 1, the titer of 1.7 x 105 plaque forming unit (pfu) per ml was obtained. Analysis of the recombinant rate by blue-white screening showed that T. langsdorffiana genomic library contains 8% phage recombinant. To determine the size of insert DNA, pBlueSTAR-1 recombinant plasmid was digested by EcoRI. This digestion resulted two DNA fragment, one is 2.1 kb fragment corresponding to pBlueSTAR-1 plasmid, and the other is 10 kb fragment corresponding to insert DNA. Since the genom size of T. langsdorffiana is unknown, Dissotis canescens was used as reference, because both species belong to Melastomataceae family. By using formula N = (ln (1-P))/( ln (1-f)), N = number of phage recombinant, f = insert DNA length ratio against genom length, so the probability (P) of all T. langsdorffiana genom found in genomic library is 17%.
RINGKASAN
YASINTA RATNA ESTI WULANDARI. Konstruksi Pustaka Genom Tibouchina langsdorffiana Baill. Dibimbing oleh SUHARSONO dan UTUT WIDYASTUTI.
T. langsdorffiana adalah tumbuhan yang toleran terhadap pH rendah dan aluminium (Al) tinggi. Oleh sebab itu tumbuhan ini dapat digunakan sebagai sumber gen dan tumbuhan model toleransi terhadap pH rendah dan Al tinggi. Untuk memanfaatkan toleransi T. langsdorffiana terhadap pH rendah dan Al tinggi dan kemampuannya dalam mengakumulasi Al, maka bahan genetik tumbuhan ini harus disimpan di dalam pustaka genom. Pustaka genom sangat penting untuk menyimpan seluruh informasi genetik yang dimiliki oleh suatu spesies.
Penelitian ini bertujuan untuk melakukan konstruksi pustaka genom T. langsdorffiana. Konstruksi pustaka genom dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu: isolasi DNA total tanaman, pemotongan parsial DNA tanaman, penyisipan DNA T. langsdorffiana ke dalam fage , pengemasan DNA rekombinan, transveksi fage rekombinan ke E. coli dan analisis pustaka genom. Analisis pustaka genom meliputi eksisi dari fage menjadi plasmid, isolasi DNA plasmid, transformasi genetik dan pemotongan DNA plasmid dengan enzim restriksi.
Ukuran 7-20 kb DNA T. langsdorffiana didapat dari pemotongan 1 g DNA dengan 0.01 unit Sau3AI (Takara) pada 37ºC selama 30 menit. Pengemasan hasil ligasi 0.5 g DNA T. langsdorffiana dengan BlueSTAR-1 dengan rasio molaritas 2.9 : 1 menghasilkan titer sebesar 1.7 x 105plaque forming unit (pfu) tiap ml. Hasil seleksi biru-putih menunjukkan bahwa pustaka genom T. langsdorffiana yang dikonstruksi mengandung rata-rata 8% fage rekombinan. Untuk mengetahui ukuran sisipan, plasmid pBlueSTAR-1 rekombinan dipotong dengan enzim restriksi EcoRI yang menghasilkan dua fragmen DNA yaitu vektor plasmid pBlueSTAR-1 yang berukuran 2.1 kb dan DNA T. langsdorffiana yang tersisip yang berukuran 10 kb. Untuk mengetahui derajat kelengkapan suatu pustaka genom, maka informasi ukuran genom dari suatu organisme harus diketahui. Karena ukuran genom T. langsdorffiana belum diketahui, maka ukuran genom Dissotis canescens digunakan sebagai dasar perhitungan karena kedua spesies tersebut termasuk dalam famili Melastomataceae. Pada penelitian ini, volume fage yang disintesis adalah 500 µ l, sedangkan titer fage rekombinannya adalah 8% sehingga jumlah total fage rekombinan adalah 6.8 x 103 pfu. Dengan menggunakan rumus N = (ln (1-P))/( ln (1-f)), N = jumlah fage rekombinan, f = rasio ukuran DNA sisipan terhadap ukuran genom, maka peluang (P) seluruh genom T. langsdorffiana terdapat dalam pustaka genom adalah 17%. Hal ini berarti bahwa peluang untuk mendapatkan sembarang potongan DNA di dalam pustaka genom adalah 17%.
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2009
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tidak merugikan kepentingan yang wajar bagi IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis dalam bentuk apapun tanpa izin IPB
KONSTRUKSI PUSTAKA GENOM
Tibouchina langsdorffiana Baill
YASINTA RATNA ESTI WULANDARI
Tesis
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada
Program Studi Biologi
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2009
Judul Tesis : Konstruksi Pustaka Genom Tibouchina langsdorffiana Baill
Nama : Yasinta Ratna Esti Wulandari
NIM : G351040131
Disetujui Komisi Pembimbing
Dr. Ir. Suharsono, DEA. Dr. Ir. Utut Widyastuti, M.Si. Ketua Anggota
Diketahui
Ketua Program Studi Biologi Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Prof. Dr. Ir. Khairil A. Notodiputro, M.S.