46 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN
47 DAFTAR PUSTAKA
Ahyar, A. Buku Ajar Bioteknologi Dasar. Jurusan Kimia. Universitas Hasanuddin : Makassar.
Akihary, C dan Kolondam, BJ. 2020. Pemanfaatan Gen 16S rRNA Sebagai Perangkat Identifikasi Bakteri Untuk Penelitian-Penelitian Di Indonesia. Jurnal Ilmiah Farmasi; 9(2):16-22
Afif, R. 2019. 16S rRNA Gene Amplification Of Endophytic Bacteria Which Produces Antimicrobial Compounds. Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences : Universitas Negeri Padang
Brooks, GF., Carroll KC, Butel JS, Morse, and all (2013). Mikrobiologi Kedokteran Jawetz, Melnick, & Adelberg. Ed. 25. Penerbit Buku Kedokteran EGC: Jakarta.
Carson.2006. Maniputaliton and Expression of Recombinant DNA A Labolatory Manual Second Editoin. Elsevier Academic Press. Burlington, USA.
Clinical Laboratory Standart Institute. 2013. Performance Standart for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twentieth Information Supplement. USA..
Dinnur, H. 2013. Identifikasi Bakteri Multiresisten Genus Streptococcus (Isolat WK 45) Dengan Metode PCR Menggunakan Primer Universal 16s rRNA. Skripsi.
Fakultas Farmasi. Unversitas Muhammadiyah : Purwokerto.
Eliwati, H. 2015. Peranan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) terhadap perkembangan ilmu pengetahuan. Fakultas Kedokteran: Universitas Sumatera Utara.
Faradiska, W. 2012. Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Endofit Dari Akar Tanaman Kentang (Solanum Tuberosum L.) Menggunakan Primer Penanda Rapd.
Skripsi.Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim : Malang Gaffar, S. 2007. Buku Ajar Biotekonologi Molekul. Bandung : Universitas Padjajaran.
Hasiib, E. A., Riyanti dan M. Hartono (2015). Pengaruh pemberian ekstrak daun binahong (Anredera cordifolia Tan. Steenis) dalam air minum terhadap performa broiler. J. Ilmiah Peternakan Terpadu. 3 (1) :14 – 22.
Handoyo, D., & Rudiretna, A. (2001). Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas, 9(1), 17–29.
48 Harvianti, Y. 2017 Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit Penghasil Fitase Asal
Tanaman Jagung Zea Mays L.) Berbasis Gen 16S rRNA. Skripsi. Fakultas Sains Dan Teknologi Uin Alauddin. Makassar.
Hurek, B.R. & T. Hurek. 2011. Living inside plants: Bacterial Endophytes. Current Opinion in Plant Pathology 14: 435–443.
Imawati, R. 2015. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Endofit dari Rimpang Temulawak (curcuma xanthorizza) sebagai Penghasil Senyawa Antibakteri Pseudomonas aeruginosa danStaphyllococcus epidermidis. 1–9.
Jawetz et al.2008. Mikrobiologi Kedokteran Jawetz, Melnick & Adelberg, Ed 23.
Translation of Jawetz, Melnick and Adelberg’s Medical Microbiology, 23thEd.
Alih Bahasa Oleh Hartanto, H., et al.Jakarta : Penerbit Kedokteran EGC.
Kattar, M. 2000. Application Of 16S rRNA Gene Sequencing To Identify Bordetella Hinzii As The Causative Agent Of Fatal Septicemia. J. Clin. Microbiol. 38:789-94.
Krishna, K dkk. 2008. Review on nutritional, medical and pharmacological properties of papaya (Carica papaya Linnn). Natural Product Radiance. 7 (4) : 364 – 377.
Kusumawati, D. E., Pasaribu, F. H., & Bintang, M. 2014. Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Endofit Dari Tanaman Miana ( Coleus Scutellariodes [L.] Benth.) Terhadap Staphylococcus Aureus dan Escherichia Coli. 1(1), 37–44.
Latief, Abdul. 2012. Obat Tradisional. Jakarta: Buku Kedokteran.
Mahardika, I.G. Ngurah K. 2005. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner Vol.4 No. 1 : Bali.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda.
Bogor.
Prihatiningtias, W., Sri, M., & Wahyuningsih, H. (2006). Prospek Mikroba Endofit Sebagai Sumber Senyawa Bioaktif. Traditional Medicine Journal.
Priharta, A. 2008. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Endofit dalam Batang Tanaman Artemisia Annua L. Yang Diuji Potensi Antibakterinya Terhadap Escherichia coli dan Staphilococcus aureus. Skripsi. Fakultas Farmasi. Universitas Sanata Dharma : Yogyakarta.
Radji, Maksum. 2005. Peranan Bioteknologi Dan Mikroba Endofit dalam Pengembangan Obat Herbal. Laboratorium Mikrobiologi Bioteknologi Vol. II.
49 Departemen Farmasi, FMIPA-UI, Kampus Depok 113 – 126. Departemen Farmasi, FMIPA-UI Depok 16424 Majalah Ilmu Kefarmasian
Radji, M. 2010. Buku Ajar Mikrobiologi. Jakarta : Buku Kedokteran.
Rahmani, S., Mosavp, M., & Rezaeej, A. (2006). Basic Science In Medicine Detection Of Bacteria By Amplifying The 16s Rrna Gene With Universal Primers And Rflp. 19(4), 333–338.
Retnowati, Y., Bialangi, N., & Posangi, N. W. (2011). Pertumbuhan Bakteri Staphylococcus aureus pada Media yang Diekspos dengan Infus Daun Sambiloto (Andrographis paniculata). Saintek, 6(2) : 397–405
Rinanda, Tristia.2011. Analisis Sekuensing 16S rRNA di Bidang Mikrobiologi.
Jurnal Kedokteran Syiah Kuala.
Sambrook, J., dan Russel, D. W. 2001. Molecular Cloning, A Laboratory Manual 3rd Edition. New York Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sepriana, C., Jekti, D. S. D., 2017. Bakteri Endofit Kulit Batang Tanaman Cengkeh (Syzygium Aromaticum L.) Dan Kemampuannya Sebagai Antibakteri. Jurnal Penelitian Pendidikan Ipa, 3(2).
Sihombing, M. C. H., Simbala, H. E. I., & Yudistira, A. (2018). Isolasi Identifikasi Secara Molekuler Menggunakan Simbion Endofit Alga Padina sp. 7(2) : 41–52.
Simarmata, R. Lekatompessy, S. dan Sukiman, H. 2007. Isolasi Mikroba Endofit Dari Tanaman Sambung Nyawa (Gynura procumbens) dan Analisis Potensinya Sebagai Antimikroba. Berk. Penel. Hayati: 13 (85–90).
Strobel, G. & Daisy, B. 2003. Bioprospecting for microbial endophytes and their natural products. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, 67(4) : 491–502.
Sudarwati, T. P. L. (2018). Aktivitas Antibakteri Daun Pepaya (Carica Papaya) Menggunakan Pelarut Etanol Terhadap Bakteri Salmonella Thypi. Journal Of Research And Technology, 4(1).
Sulistyaningsih, Erma. 2007. Polymerase Chain Reaction (PCR): Era Baru Diagnosis dan Manajemen Penyakit Infeksi. Biomedis, Vol. 1.
Syahrurachman, et al. 2010. Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran. Staf Pengajar Fakultas Kedoktern Universitas Indonesia. Edisi Revisi. Jakarta : Binarupa Aksara.
50 Trisna, R. 2011. Analisis Sekuesing 16S rRNA Di Bidang Mikrobiologi vol 11.
jurnal kedokteran syiah kuala. fakultas kedokteran kuala. nomor 3:172- 176.
Tuntun, M. (2016). Uji Efektivitas Ekstrak Daun Pepaya (Carica papaya L.) terhadap Pertumbuhan Bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus aureus. Jurnal Kesehatan, 7(3), 497.
Yuniarti, T,. 2008. Ensiklopedia Tanaman Obat Tradisional, Cetakan Pertama MedPress, Yogyakarta.
Yusuf, Z. K. 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek Vol 5, No 6.
51 LAMPIRAN
Lampiran 1.Tumbuhan Pepaya (Carica papaya L)
(Pucuk Daun) (Daun Muda)
(Daun Tua) Gambar 8.Daun Pepaya (Carica papaya L)
52 Lampiran 2.Surat Identifikasi Tanaman Pepaya (Carica papaya L)
Gambar 9. Surat Identifikasi Tumbuhan Daun Pepaya (Carica papaya L)
53 Lampiran 3.Alat-alat penelitian
Gambar 10.Inkubator
Gambar 11.Oven
Gambar 12.Autoklaf
54 Lampiran 3. Lanjutan
Gambar 13.Sentrifugasi
Gambar 14.PCR
Gambar 15.Alat elekroforesis
55 Lampiran 4. Skema Kerja
Dicuci dengan air mengalir hinggga bersih
Dipotong masing-masing 1-3 cm
Direndam etanol 96% selama (1 menit)
Direndam Na- hipoklorit 5,25% (5 menit)
Dibilas etanol 96% 3 kali
Sampel daun pepaya ditanam pada media Natrium Agar (NA)
Diinkubasi dalam suhu 370C
Dipindahkan 1 ose koloni ke dalam cawan petri yang berisi media Nutrien Agar (NA) baru dan di inkubasi pada suhu 37oC selama 24 jam
Dipindahkan bakteri endofit ke agar miring Nutrient Agar
Gambar 16.Skema Kerja Isolasi Bakteri Endofit Daun Pepaya Sterilisasi Permukaan ( Daun Pepaya)
Isolasi Bakteri Endofit
Identifikasi Morfologi Isolat Bakteri Endofit
Identifikasi Morfologi Makroskopik:
• Bentuk
• Permukaan
• Tepi
• Warna
Identifikasi Morfologi Mikroskopik dengan pewarnaan gram
Pemurnian koloni dalam media miring
Amati dibawah mikroskop
56 Lampiran 4. Lanjutan
H2SO4 1 % sebanyak 10 ml
+ BaCl22H2O 1.175% 0,05 ml
Dikocok hingga keruh
Bakteri uji Escherichia coli dan Staphylococcus aureus di ambil 1-3 ose
Disuspensikan ke 5 ml larutan NaCl 0,9%
Diperoleh kekeruhan yang sama dengan Mac Farland 0,5
Dipipet 200 μL
Dituang ke media dengan metode swab
Diambil Isolat Bakteri Endofit dengan ose
Diinokulasikan ke dalam 5 larutan NaCl 0,9%
Di vortex hingga homogen
Disuspensi bakteri uji Staphylococcus aureus dan Escherichia coli
diberi 3 buah kertas cakram yang ditetesi suspensi isolat bakteri endofit
disk amokcisilin sebagai kontrol positif, kemudian diinkubasi dalam inkubator dengan suhu 37°C selama 24 jam
Gambar 17. Skema Kerja Uji Aktivitas Antibakteri dari Bakteri Endofit Pembuatan Larutan Mac Farland
0,5
Pembuatan suspensi bakteri uji
Penyiapan Bakteri Endofit
Pengujian Aktivitas Antibakteri
Nilai Diameter Zona Hambat
57 Lampiran 4. Lanjutan
• Denaturasi 950C
• Annealing 55-56 0C
• Extention 72 0C
- Dielektroforesis menggunakan gel agarosa 1%
- Elektroforesis di running 30 menit 100 volt
- Divisualisasi dengan UV transminator
Gambar 18. Skema Kerja Identifikasi Bakteri Endofit Terpilih Secara Molekuler Isolasi DNA dari kultur Bakteri Endofit
Proses amplifikasi gen 16rRNAdengan PCR
Hasil PCR
Elektroforesis hasil PCR
Sequensing gen 16rRNA deng
Analisis dengan program BLAST deng
58 Lampiran 5.Hasil Isolasi dan Purifikasi Bakteri Endofit Daun Pepaya
Gambar 19. Hasil Isolasi Bakteri Endofit Daun Pucuk Pepaya (DP)
Gambar 20. Hasil Isolasi Bakteri Endofit Daun Muda Pepaya (DM)
Gambar 21. Hasil Isolasi Bakteri Endofit Daun Tua Pepaya (DT)
59 Lampiran 6. Hasil Pemurnian Bakteri Endofit Daun papaya
A. Pucuk Daun (DP)
Gambar 22.Hasil pemurnian Bakteri Endofit Pucuk Daun Pepaya B. Daun Muda (DM)
Gambar 23.Hasil pemurnian Bakteri Endofit Daun Muda Pepaya C. Daun Tua (DT)
Gambar 24.Hasil pemurnian Bakteri Endofit Daun Tua Pepaya
60 Lampiran 7. Hasil Identifikasi Morfologi Pewarnaan Gram Bakteri Endofit
Daun Pepaya (Carica papaya L)
Tabel 7. Hasil Identifikasi Morfologi Pewarnaan Gram Bakteri Endofit Daun Pepaya (Carica papaya L)
Kategori Gambar Hasil
Pucuk Daun
Basil
Daun Muda
Basil
Daun Tua
Basil
Gambar 25.Pewarnaan Gram Bakteri Endofit Daun Pepaya (Carica papaya L)
61 Lampiran 8. Sertifikat Bakteri Uji Stapylococcus aureus
Gambar 26.Sertifikat Bakteri Uji Stapylococcus aureus
62 Lampiran 9. Surat Identifikasi Bakteri Uji Escherichia coli
Gambar 27. Sertifikat Bakteri Uji Escherichia coli
63 Lampiran 10. Hasil Pengujian Pewarnaan Gram Bakteri Staphylococcus aureus
dan Escherichia coli
Tabel 8. Hasil Pengujian Pewarnaan Gram Bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli
Bakteri Prosedur Hasil Pengamatan
Staphylococcus aureus
Bakteri difiksasi diatas preparat objek glass dan diwarnai dengan Kristal violet selama 5 menit, lalu dicuci dan dibilas + larutan lugol, diamkan selama 45-60 detik lalu cuci dengan alcohol 96%
selama 15-30 detik dan diwarnai dengan larutan safranin.
Warna ungu
Escherichia coli Bakteri difiksasi diatas preparat objek glass dan diwarnai dengan Kristal violet selama 5 menit, lalu dicuci dan dibilas + larutan lugol, diamkan selama 45-60 detik lalu cuci dengan alcohol 96%
selama 15-30 detik dan diwarnai dengan larutan safranin.
Warna Merah
(Escherichia coli) (Staphylococcus aureus)
Gambar 28. Hasil Pengujian Pewarnaan Gram Bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli
64 Lampiran 11. Uji Aktivitas Antibakteri Bakteri Endofit Daun Pepaya
(Pengulangan ke 1) ( Pengulangan ke 2)
Gambar 29. Aktivitas Antibakteri Bakteri Endofit Daun Pepaya terhadap Bakteri Escherichia coli
(Pengulangan ke 1) (Pengulangan ke 2)
Gambar 30. Aktivitas Antibakteri Bakteri Endofit Daun Pepaya terhadap Bakteri Staphylococcus aureus