Abstrak
Anyelir merupakan tanaman bunga potong yang memiliki nilai ekonomi tinggi di Indonesia. Hasil observasi lapangan pada beberapa sentra produksi anyelir di Jawa Barat, Indonesia ditemukan gejala yang khas dari infeksi
Carnation mottle virus. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengarakterisasi CarMV isolat Jawa Barat secara biologi maupun molekuler dan variasi genetiknya. Sampel didapatkan dari tiga daerah di Jawa Barat. Insidensi penyakit ditentukan secara serologi menggunakan empat antisera. Kisaran inang, morfologi partikel, serta karakter molekul dikaji dalam penelitian ini. Total RNA diamplifikasi menggunakan RT-PCR, dan DNA disekuen runutan basanya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di antara 403 sampel yang diuji, 336 sampel (83%) didominasi oleh infeksi Carnation mottle virus. Carnation ringspot virus
(CRSV) Carnation latent virus (CLV), dan Carnation vein mottle virus (CVMV) terdeteksi negatif pada semua sampel yang diuji. Inokulasi CarMV secara mekanis menunjukkan dapat menginfeksi secara sistemik Chenopodium quinoa
dan menginfeksi secara lokal spesies tanaman lainnya, tetapi tidak menginfeksi
Phalaenopsis sp dan Gomphrena globosa. Partikel virus berbentuk isometrik dengan ukuran sekitar 30 nm. RT-PCR menggunakan primer spesifik gen CP CarMV berhasil mengampfikasi DNA dengan ukuran ± 1000 pb. CarMV isolat Jawa Barat memiliki homologi sekuen nukleotida yang tinggi (98%) dengan isolat CarMV asal Cina dan Meksiko dan homologi asam amino yang tinggi (99%) terhadap CarMV isolat Cina dan Meksiko. Beberapa motif protein ditemukan dalam gen CP CarMV. Motif protein bervariasi tergantung pada keparahan gejala. Analisis filogenetik CarMV isolat Jawa Barat menunjukkan terpisah dalam tiga kelompok yang berbeda di antara isolat-isolat dari negara lain.
Kata kunci: Analisis filogenetik, homologi, insidensi penyakit, RT-PCR, Tombusviridae,
Abstrack
Carnation is a highly economic demand of cut flower in Indonesia. Field observations that were done on several carnation production area in West Java, Indonesia found the typical symptoms of Carnation mottle virus infection. The aim of the research was to identify, characterize either biological or molecular characters of CarMV West Java isolates and its genetic variability. Samples were obtained from three regions in West Java. The disease incidence was determined serologically using four antisera. The host range and particle morphology are studied as well as its molecular character. Total RNAs were amplified by RT- PCR, and the DNA were directly sequenced. The results showed that among 403 samples tested, 336 samples (83%) were predominantly infected by Carnation mottle virus (CarMV). Carnation ringspot virus (CRSV), Carnation latent virus
(CLV), and Carnation vein mottle virus (CVMV) were negatively detect on all samples tested. By mechanical inoculation CarMV could infect systemically
Chenopodium quinoa and locally infect others plant species, however it couldn’t infect on Phalaenopsis sp and Gomphrena globosa. The virus particles are isometric with size approximately 30 nm. RT-PCR using specific primer of CarMV CP gene successfully amplified a DNA with size ± 1000 bp. CarMV West Java (Idn-WJ) isolates had highest nucleotide sequence homology (98%) with CarMV from Cina and Spain and the highest amino acid sequence homology (99%) with CarMV from Cina and Mexico isolates. There is several protein motif found in CarMV CP gene. The protein motif vary depends on symptom severity. Phylogenetic analysis of CarMV WJ isolates showed that the isolate are separated in three different clusters among coresponding isolates from other countries. Key words: Disease incidence, homology, phylogenetic analysis, RT-PCR,
Pendahuluan
Anyelir (Dianthus caryophillus L) merupakan salah satu tanaman bunga potong yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Produksi bunga potong anyelir di Indonesia lebih rendah dibandingkan bunga potong lainnya seperti anggrek, mawar, dan krisan. Hal ini disebabkan karena ketiadaan stok tanaman anyelir yang bebas virus. Beberapa tahun terakhir, gejala belang ditemukan di beberapa pertanaman anyelir di Jawa Barat. Tanaman yang seperti terinfeksi virus menunjukkan gejala yang bervariasi dari ringan sampai berat, yaitu belang-belang hijau terang sampai kekuningan dengan batas yang tidak jelas, tulang daun berwarna hijau gelap, dan keriting pada tepi daun. Kadang-kadang gejala kerdil dan tunas yang melekuk ditemukan pada beberapa kultivar anyelir. Masalah lain yang ditemukan di lapangan ialah pertumbuhan tanaman yang tidak optimal. Dalam suatu populasi tanaman terkadang ditemukan adanya gejala infeksi lebih dari satu jenis patogen, seperti ditemukannya gejala belang pada daun bersamaan dengan gejala kering pada seluruh bagian tanaman sehingga tanaman tidak menghasilkan bunga.
Hingga kini diketahui lebih dari 15 jenis virus yang dapat menginfeksi anyelir. Beberapa virus yang dilaporkan secara alami menginfeksi tanaman anyelir di lapangan ialah Carnation ringspot virus (CRSV), Carnation latent virus
(CLV), Carnation vein mottle virus (CVMV), dan Carnation mottle virus
(CarMV) (Lisa, 1995; Sanchez-Navarro et al. 1999). Di beberapa negara produseni anyelir, virus-virus tersebut dinyatakan sebagai virus penting pada tanaman anyelir (Singh et al. 2005; Ahmed et al. 2012). Beberapa negara seperti India, Amerika Serikat, Turki, dan Iran melaporkan bahwa di antara virus-virus yang dapat menginfeksi anyelir, CarMV merupakan virus anyelir yang dominan dengan insidensi penyakit yang tinggi (Lommel et al. 1983; Sing et al. 2005; Raikhy et al. 2006; Safari et al. 2010).
Carnation mottle virus dalam taksonominya tergolong Famili
Tombusviridae, dan Genus Carmovirus. Genom CarMV adalah linier, ssRNA(+) dengan panjang molekul genom of 4-5.4 kb, tanpa suatu cap structure dan poly (A) tail (Rochon et al. 2012). Di antara semua anggota Carmovirus, CarMV dan
Cowpea mottle virus (CPMoV) merupakan patogen yang penting secara ekonomi (Raikhy et al. 2006). Carnation mottle virus sangat mudah menular melalui inokulasi mekanis dan kontak antar tanaman (Brunt & Martelli 2008).
Keberadaan CarMV di Indonesia pernah dilaporkan oleh Sulyo et al. (2003) melalui uji sifat fisik, yaitu thermal inactivasi point (TIP), dan longivity in vitro
(LIV). Namun, karakter-karakter lain dari CarMV belum ada yang melaporkan di Indonesia sehingga dalam peraturan menteri pertanian (permentan) no. 93 tahun 2011 menyebutkan bahwa CarMV masih digolongkan ke dalam OPTK A1 (www.karantina.deptan.go.id [4 Juni 2013]) yang dicegah penyebarannya ke Indonesia.
Penentuan penyebab penyakit pada tanaman anyelir sulit dilakukan melalui gejala fenotip saja. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mengetahui distribusi CarMV di beberapa sentra produksi anyelir dan insidensi virus-virus lain yang kemungkinan menginfeksi anyelir di Jawa Barat. Di samping itu, juga untuk mendapatkan karakter CarMV isolat Jawa Barat, secara biologi, morfologi, maupun molekuler, serta variasi genetiknya berdasarkan variasi gejala.
Metode Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi, dan rumah kaca Balai Penelitian Tanaman Hias, Pacet, Cianjur, Jawa Barat (1100 dpl), dan Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, IPB, dari bulan September 2012 sampai Desember 2013.
Pengumpulan Sampel
Pengumpulan sampel dilakukan melalui survei ke beberapa kebun pertanaman anyelir di Jawa Barat dengan elevasi 1000-1800 dpl pada kisaran suhu 20 sampai 30 oC. Jawa Barat dipilih karena merupakan salah satu sentra produksi tanaman anyelir terbesar di Indonesia. Survei dilakukan dengan tujuan mendapatkan sampel tanaman anyelir yang bergejala maupun tidak bergejala virus di lapangan (purposive sampling). Beberapa lokasi pertanaman anyelir yang dikunjungi meliputi Cipanas, Ciputri (Kecamatan Pacet, Kabupaten Cianjur), Cihideung, Ciwangun (Kecamatan Parongpong, Kabupaten Bandung Barat), dan Pangalengan (Kabupaten Bandung). Pengambilan sampel dilakukan secara acak. Jumlah sampel yang diambil dari setiap kebun ialah 100 sampel yang terdiri atas 50 daun tanaman bergejala virus dan 50 daun tanaman tidak bergejala (kecuali Cipanas dan Pengalengan, masing-masing 53 dan 50 sampel. Sampel daun tanaman anyelir yang diperoleh dari lapangan dimasukkan ke dalam kantung plastik bening kemudian diberi label dan disimpan dalam ice box sampai di bawa ke laboratorium. Tanaman sampel bergejala kemudian dikelompokkan ke dalam tiga kategori gejala serangan, yaitu berat, sedang, dan ringan. Selanjutnya sampel ditimbang masing-masing 100 mg, diberi label dan disimpan pada suhu -80 oC sampai sampel tanaman digunakan. Sebagian daun-daun dari sampel yang sama disimpan pada suhu 4 oC sebelum diawetkan dengan CaCl2.
Deteksi Serologi
Metode pengujian virus secara serologi dilakukan dengan menggunakan empat jenis antiserum virus, yaitu Carnation mottle virus (CarMV) (Agdia, Amerika Serikat), Carnation ringspot virus (CRSV) (Agdia, Amerika Serikat), Carnation laten virus (CLV)) (Agdia, Amerika Serikat), dan Carnation vein mottle virus (CVMV) (DSMZ, Jerman). Teknik serologi yang digunakan ialah
double antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) untuk CarMV, CVMV, dan CLV, dan Indirect ELISA (I-ELISA) untuk CRSV. Metode pengujian dilakukan menurut protokol dari Agdia dan DSMZ. Kontrol positif dari empat virus yang diuji diperoleh dari Agdia (USA), sedangkan kontrol negatif adalah tanaman anyelir sehat yang diperoleh dari kultur jaringan. Teknik pengujian ELISA terhadap sampel-sampel yang diperoleh dilakukan dengan cara komposit, terutama untuk ketiga jenis virus selain CarMV. Data hasil uji ELISA yang diperoleh digunakan untuk menentukan distribusi atau sebaran geografis virus-virus tersebut pada tanaman anyelir di Jawa Barat dengan ketinggian 1000 sampai 1800 dpl, dengan menghitung persentase insidensi penyakitnya berdasarkan nilai absorbansi hasil uji ELISA. Sampel dengan nilai absorbansi lebih besar atau sama dengan dua kali nilai absorbansi kontrol negatif dikatakan positif terhadap antiserum yang diuji. Beberapa sampel yang positif terinfeksi
tunggal oleh CarMV, dipilih dan diawetkan menggunakan CaCl2 kemudian disimpan pada suhu 4 oC untuk penelitian berikutnya (Gambar 3.1).
Gambar 3.1 Pengawetan dan penyimpanan inokulum CarMV. a. Potongan daun anyelir terinfeksi dalam CaCl2, b. penyimpananpada suhu 4 oC.
Uji Kisaran Inang
Untuk mengarakterisasi sifat secara biologi virus utama pada tanaman anyelir, uji kisaran inang dilakukan menggunakan satu isolat CarMV asal Jawa Barat. Dalam hal ini dipilih isolat yang berasal dari Cipanas (Kecamatan Pacet, Kabupaten Cianjur). Uji kisaran inang dilakukan hanya pada beberapa spesies tanaman dengan beberapa pertimbangan, yaitu bahwa CarMV memiliki kisaran inang yang terbatas (spesifik pada Dianthus), menyebabkan variasi gejala pada tanaman anyelir di lapangan, dan dapat ditularkan secara mekanis. Dengan demikian, uji kisaran inang dilakukan bertujuan mengamati tipe gejala pada tanaman indikator, masa inkubasi, dan kemampuannya ditularkan secara mekanis. Inokulum yang berasal dari isolat Cipanas digerus dengan bufer fosfat, kemudian diinokulasikan secara mekanis pada sembilan spesies tanaman dari tujuh famili, yaitu Amarantaceae (Gomphrena globosa), Solanaceae (Lycopersicon esculentum,
Nicotiana clevelandii), Cucurbitaceae (Cucumis sativus), Begoniaceae (Begonia
sp), Compositae (Ageratum conyzoides), Chenopodiaceae (Chenopodium quinoa
dan C. amaranticolor), dan Orchidaceae (Phalaenopsis sp). Setiap tanaman uji terdiri atas 15 tanaman sebagai ulangan.
Uji Keragaman Biologi
Untuk mengetahui keragaman tipe gejala dari beberapa isolat yang diperoleh, dilakukan inokulasi secara mekanis sap tanaman sakit dari sembilan CarMV isolat Jawa Barat. Inokulum diambil dari tiga lokasi yang berbeda, yaitu Cihideung (CH), Ciwangun (CW), dan Ciputri (CPt). Dari setiap lokasi dipilih tiga sampel yang masing-masing menunjukkan gejala berat (B), sedang (S), dan ringan (R), sehingga diperoleh sembilan isolat CarMV (CHB, CHS, CHR, CWB, CWS, CWR, CPtB, CPtS, CPtR) (Tabel 3.1). Kesembilan sampel yang dipilih merupakan tanaman sampel yang terinfeksi tunggal oleh CarMV yang dikonfirmasi melalui deteksi dengan DAS/indirect ELISA pada kegiatan penelitian sebelumnya. Masing-masing inokulum disiapkan melalui perbanyakan pada tanaman C. quinoa dan menggerus daun tanaman C. quinoa bergejala dalam
penyangga fosfat 0.025 M, pH 7.6 (Sing et al. 2005). Sap daun tanaman C. quinoa bergejala dari masing-masing isolat CarMV kemudian diinokulasikan secara mekanis ke enam spesies tanaman uji, yaitu Lycopersicon esculentum,
Nicotiana clevelandii, Cucumis sativus, Ageratum conyzoides, Chenopodium quinoa dan C. amaranticolor. Setiap isolat diulang sebanyak tiga kali.
Tabel 3.1 Sembilan isolat CarMV asal Jawa Barat
No Nama Isolat Keterangan
1 CHB CarMV-Cihideung gejala berat
2 CHS gejala sedang 3 CHR gejala ringan
4 CWB CarMV-Ciwangun gejala berat
5 CWS gejala sedang 6 CWR gejala ringan
7 CPtB CarMV-Ciputri gejala berat
8 CPtS gejala sedang 9 CPtR gejala ringan
Tanaman uji (untuk uji kisaran inang dan keragaman biologi) disiapkan sebelumnya dengan cara menyemai benihnya pada tanah steril. Tanah tempat penyemaian harus dijaga kelembapannya. Setelah berumur 2 minggu dalam pesemaian, tanaman dipindahkan ke pot individu berukuran 15 cm yang berisi media tanah dan pupuk kandang (1:1 v/v). Ketika bibit sudah berumur 3-5 minggu (tergantung jenis tanaman), bibit dari masing-masing spesies tanaman uji diinokulasi dengan sap tanaman sakit. Sebagai kontrol dilakukan inokulasi menggunakan bufer phosphat pada tanaman uji yang sejenis dengan jumlah tanaman yang sama. Inokulasi dilakukan pada pagi hari untuk memudahkan virus melakukan infeksii.
Semua tanaman uji dipelihara di rumah kaca bebas serangga di Balai Penelitian Tanaman Hias (Balithi), Segunung. Masa inkubasi, insidensi penyakit, dan perkembangan tipe gejala yang muncul diamati setiap hari selama 30 hari setelah inokulasi baik pada uji kisaran inang maupun uji keragaman biologi. Insidensi diamati melalui perkembangan gejala yang muncul dan dikonfirmasi melalui uji serologi melalui DAS ELISA. Sampel dinyatakan positif jika memiliki nilai absorbansi (NAE) 2x atau lebih besar dari nilai absorbansi kontrol negatif. Insidensi CarMV dihitung dengan rumus sebagai berikut:
Pengamatan Partikel Virus
Pengamatan partikel virus secara morfologi dilakukan menggunakan metode pengecatan negatif (negative staining) dengan bantuan transmission electrone microscopy (TEM) di PT Eijkman, Jakarta. Sampel yang digunakan dan dikirim ke PT Eijkman ialah sampel pucuk daun segar yang diambil dari isolat Cipanas.
Ʃ tanaman sakit Insidensi =
Ʃ tanaman yang diamati x 100% Ʃ tanaman sakit
Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
RT-PCR dilakukan untuk melihat karakter sembilan CarMV isolat-isolat Jawa Barat (CHB (Idn-WJ1), CHS (Idn-WJ2), CHR (Idn-WJ3), CWB (Idn-WJ4), CWS (Idn-WJ5), CWR (Idn-WJ6), CPtB (Idn-WJ7), CPtS (Idn-WJ8), dan CPtR (Idn-WJ9) melalui amplifikasi gen CP. RNA total diekstraksi dari jaringan daun tanaman anyelir terinfeksi menggunakan kit komersial RNeasy plant mini kit
(Qiagen, Germany). Untuk reaksi reverse transcription (RT) dengan total volume
10 l, cDNA disintesis dari total RNA menggunakan Moloney Murine Leukemia Virus (MMuLV) (Thermo Scientific) pada suhu 25 oC selama 5 menit, 42 oC selama 60 menit, dan 70 oC selama 15 menit.
Amplifikasi cDNA dilakukan menggunakan pasangan primer spesifik terhadap gen CP CarMV. Primer forward yang digunakan adalah BC57 (5'- GATCGCGATGAATCCCACTGTGC-3') dan primer reverse adalah BC58 (5'- TCACATCCTATAACAACCATTG-3') dengan produk PCR yang diharapkan berukuran1000 pb (Cevik et al. 2010). Amplifikasi cDNA dilakukan sebanyak 39 siklus yang melalui tiga tahapan yaitu pemisahan utas DNA (denaturasi) pada 94 °C selama 30 detik, penempelan primer (annealing) pada 50 °C selama 1 menit, dan sintesis DNA (extension) pada 72 °C selama 1 menit, 10 detik, dan ekstensi akhir pada suhu 72 °C selama 10 menit, kemudian siklus diakhiri pada suhu 4 °C.
Produk hasil amplifikasi dengan PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1% dengan bufer TBE 0.5x (89 mM Tris-HCl, 89 mM Boric acid, 2.5 M EDTA, pH 8.3). Elektroforesis dilakukan pada voltase 50 volt selama 45 menit, dengan pewarnaan menggunakan etidium bromida (EtBr) konsentrasi 0.5 µg/ml gel. yang digunakan adalah Tridye 1 kb DNA ladder (Thermo Scientific).
Tabel 3.2 Komposisi reaktan untuk reaksi reverse transcription (RT)
No Pereaksi Reverse Transcription Volume (µ l)
1 2 3 4 5 6 7 8
Cetakan RNA (hasil RT) dNTP 10 mM
Bufer RT 5x
Enzim reverse transcriptase Moloney Murine Leukemia Virus (MMuLV) (200U/µ l)
Recombinant Rnasin Ribonuclease Inhibitor
(Promega, Madison, WI, USA) (40U/ µl) Oligo d(T) 10 µM DTT 50 mM dH2O 2.00 0.50 2.00 0.35 0.35 0.75 0.35 3.70 Total 10.00
Analisis Sekuen Nukleotida dan Asam Amino Gen CP CarMV
Produk PCR yang dihasilkan langsung disekuensing di First BASE Laboratories (Malaysia) melalui PT Genetika Science (Jakarta). Urutan-urutan nukleotida gen CP disejajarkan dengan urutan-urutan sekuen nukleotida CarMV lainnya yang terdapat di GenBank menggunakan program Clustal-W (Thompson
et al. 1994). Isolat-isolat GenBank yang digunakan dalam analisis adalah isolat- isolat dengan nomor aksesi AJ309509.1 (Spanyol), EF622211.1 (Belanda), AF173879 (Cina), KC834739.1 (Meksiko), JX207141.1 (Brazil), AJ309511.1 (Amerika Serikat), AJ844549.1 (India), AJ309501.1 (Israel), EF622209.1 (Italy), dan Cowpea mottle virus (CPMoV) (M65155) sebagai pembanding di luar grup. Analisis kesamaan genetik gen CP CarMV dilakukan menggunakan Bio Edit versi 7.05 (http://www.mbio.ncsu.edu/ BioEdit/ bioedit.html). Analisis asam amino dan motif protein CP CarMV isolat-isolat Jawa Barat dilakukan menggunakan ExPASy MyHit (http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan).
Analisis Filogenetik
Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan program ClustalX Bio Edit versi 7.05 dan peranti lunak MEGA 5.0 dengan metode neighbor-joining algorithm dan bootstrap 1000 pengulangan (Tamura et al. 2011).
Hasil Lokasi Pengambilan Sampel Anyelir
Tanaman anyelir (D. caryophyllus L) merupakan tanaman bunga potong yang ditanam di lokasi dengan elevasi 1000 sampai 1800 meter di atas permukaan laut dan kisaran suhu 20 sampai 30 oC. Desa Cipanas, Ciputri (Kecamatan Pacet, Kabupaten Cianjur), Cihideung, Ciwangun (Kecamatan Parongpong, Kabupaten Bandung Barat), dan Pangalengan (Kabupaten Bandung) merupakan lokasi yang sesuai untuk penanaman bunga anyelir. Berdasarkan hasil pengamatan di lapangan, tanaman anyelir umumnya dibudidayakan di bawah naungan plastik UV 20% dan dilengkapi dengan pintalan tali tambang plastik (seperti jaring) yang dipasang setiap ketinggian tanaman 20 cm yang berfungsi sebagai penyokong tegaknya tanaman. Tanaman anyelir yang biasa dibudidayakan pada umumnya merupakan tanaman introduksi. Kondisi pertanaman anyelir di setiap lokasi tempat pengambilan sampel berbeda antara satu dengan lainnya (Gambar 3.2). Tabel 3.3 Komposisi reaktan untuk reaksi polymerase chain reaction (PCR)
No Pereaksi Volume (µ l) 1 2 3 4 5
Dream taq PCR master mix 2x (Thermo Scientific) H2O Primer Forward 10 µM Primer Reverse 10 µM Template cDNA 12.50 9.50 1.00 1.00 1.00 Total 25.00
Gambar 3.2 Peta Lokasi (a) dan kondisi pertanaman anyelir (b) di tempat pengambilan sampel di Jawa Barat. a. Cihideung (Bandung Barat), b. Pangalengan (Bandung), c. Cipanas (Cianjur), d. Ciwangun (Bandung Barat), e. dan f. Ciputri (Cianjur). (a) (b) A B C D E a b c d e f
Gejala Infeksi Virus pada Tanaman Anyelir di Lapangan
Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan bahwa sebagian besar tanaman anyelir yang ditanam menunjukkan gejala belang-belang hijau muda-tua pada daunnya. Tipe gejala yang ditemukan bervariasi, mulai dari gejala ringan sampai berat, tergantung pada jenis kultivar anyelir yang ditanam di setiap lokasi penanaman anyelir. Klorosis dan malformasi daun ditemukan mendominasi tanaman terinfeksi di Desa Ciputri, sementara gejala berat spot hijau terang-gelap mendominasi pada daun terinfeksi di Desa Cipanas. Garis-garis klorosis dan kerdil teramati mendominasi di Desa Ciwangun. Belang dengan gejala yang tidak bervariasi pada tanaman terinfeksi teramati di Desa Cihideung dan Pangalengan.
Gejala-gejala yang ditemukan di lapangan kemudian dikelompokkan ke dalam tiga kategori gejala, yaitu gejala berat, sedang, dan ringan (Tabel 3.4). Gejala infeksi virus dengan kategori berat, sedang maupun ringan ditemukan pada beberapa kultivar anyelir introduksi maupun lokal. Gejala berat di antaranya ditemukan pada kultivar introduksi Castelaro, Candy, Aicardi, Prado Nova, dan varietas dari Balai Penelitian Tanaman Hias (Balithi), Cipanas, Cianjur, Jawa Barat. Gejala sedang ditemukan pada kultivar Merah Palma, Orange, Orange Trayem, dan Hijau. Gejala ringan ditemukan pada kultivar Spray Merah, Ercolano, Pink Merah, Spray Pink Tua, Spray Target, dan beberapa kultivar dari daerah Pangalengan. Pada satu kultivar yang sama kadangkala ditemukan ketiga kategori gejala tersebut pada individu yang berbeda, bahkan juga ditemukan individu tanaman yang tidak bergejala.
Gejala bervariasi tergantung pada kultivar tanaman anyelir yang ditanam di masing-masing area penanaman anyelir. Variasi gejala infeksi virus lebih banyak ditemukan pada tanaman-tanaman sampel yang berasal dari Ciputri karena di daerah Ciputri lebih banyak jenis kultivar tanaman anyelir yang ditanam (Gambar 3.3). Gejala yang ditemukan pada berbagai sampel yang berasal dari Ciputri dapat berbeda atau mirip dengan gejala pada sampel dari keempat lokasi lainnya (Gambar 3.4)
Hasil pengamatan lapangan menunjukkan bahwa dalam satu kelompok individu tanaman anyelir dari kultivar tertentu ditemukan adanya gejala penyakit Tabel 3.4 Pengelompokkan gejala infeksi virus pada tanaman anyelir di lapangan
Kategori gejala
Perubahan
bentuk Perubahan warna (penampilan) Berat Ya/Tidak Klorosis/belang pada seluruh helaian daun
dan gejala tampak jelas
Sedang Tidak Klorosis/belang pada beberapa helaian daun, terutama daun muda dan gejala masih tampak jelas
Ringan Tidak Klorosis/belang pada beberapa helai daun muda dan gejala tidak tampak jelas. Gejala dapat dilihat seperti semburat hijau tua- muda apabila diamati di bawah cahaya.
yang disebabkan oleh infeksi campuran antara virus dan cendawan. Dalam hal ini ditemukan propagul cendawan dan gejala belang secara bersamaan pada kelompok individu tanaman tersebut. Fenomena ini ditemukan di dua lokasi pertanaman anyelir yang dikunjungi, yaitu di Ciputri dan Pangalengan. Keadaan tersebut menyebabkan tanaman menjadi kering, pembungaan tidak optimal, dan akhirnya tanaman mati (Gambar 3.5) Menurut informasi dari pengelola kebun, insidensi tersebut merupakan salah satu faktor penyebab terjadinya penurunan produksi tanaman anyelir.
Distribusi Beberapa Virus pada Tanaman Anyelir Di Jawa Barat
Hasil uji DAS/Indirect ELISA menunjukkan bahwa hampir semua kultivar tanaman anyelir yang diuji terinfeksi oleh CarMV. Dari 28 kultivar tanaman anyelir yang diuji, 100% terinfeksi CarMV dan tidak terinfeksi oleh ketiga jenis Gambar 3.3 Gejala infeksi virus pada tanaman anyelir introduksi asal Ciputri dengan kategori gejala berat (a-f), sedang (g), dan ringan (h). ((a) kultivar Castelaro, (b,d & e). Candy, (c) Aicardi, (f) Prado Nova, (g & h) nama kultivar tidak diketahui).
a b
c d e
virus anyelir lainnya yang diuji (Tabel 3.5). CarMV menginfeksi secara tunggal pada sampel tanaman anyelir yang diuji. Reaksi positif terhadap antiserum CarMV tidak hanya terjadi pada sampel tanaman yang bergejala saja tetapi juga pada sampel yang tidak bergejala.
Gambar 3.5 Gejala infeksi ganda virus dan cendawan pada pertanaman anyelir. Daun mengalami klorosis/belang yang disertai dengan pengeringan tanaman (tanda panah).
Gambar 3.4 Gejala infeksi virus pada tanaman anyelir asal Cipanas dengan kategori gejala berat (a & b), sedang (c) dan ringan (d)
a b
Tabel 3.5 Kategori gejala dan hasil ELISA pada beberapa varietas/kultivar tanaman anyelir yang digunakan dalam penelitian
Tabel 3.6 Insidensi penyakit empat jenis virus anyelir di lima lokasi pengambilan sampel di Jawa Barat
Isolat Insidensi Penyakit (%) CarMV CRSV CVMV CLV Cihideung 54 0 0 0 Ciwangun 91 0 0 0 Ciputri 99 0 0 0 Cipanas 90.6 0 0 0 Pangalengan 88 0 0 0 Rata-rata 83 0 0 0
Infeksi CarMV mendominasi pada kultivar-kultivar anyelir yang ditanam di beberapa daerah penanaman anyelir di Jawa Barat. Di antara lima lokasi tempat pengambilan sampel, insidensi penyakit CarMV tertinggi terjadi di Desa Ciputri (Kecamatan Pacet, Kabupaten Cianjur), yaitu 99% (99/100), berikutnya diikuti oleh Ciwangun (Parongpong-Bandung Barat), Cipanas (Pacet-Cianjur),
Varieties / kultivar
Tingkat/kategori gejala ELISA
Berat Sedang Ringan Tanpa
gejala CarMV CRSV CLV CVMV
Spray Merah √ + - - -
Ercolano √ + - - -
Pink Merah √ + - - -
Spray pink tua √ √ + - - -
Spray Target √ + - - - Palma √ √ + - - - Orange √ √ + - - - Orange Trayem √ + - - - Hijau √ √ + - - - Prado Nova √ √ + - - - White Candy √ √ + - - - Candy √ √ + - - - Ungu √ √ + - - - Aicardi √ √ + - - - LP Candy √ + - - - SP Pano merah √ + - - - Madame collete √ √ + - - - Deep purple √ √ + - - - Mozarti √ √ + - - - Tundra √ + - - -