i
ANALISIS VARIASI GEN RESEPTOR INTERLEUKIN-8 UNTUK PENENTUAN KEKERABATAN SAPI PERAH PERANAKAN FRIES
HOLLAND
SKRIPSI
OLEH: DIAN PURWANTI
06330031
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
ii
ANALISIS VARIASI GEN RESEPTOR INTERLEUKIN-8
UNTUK PENENTUAN KEKERABATAN SAPI PERAH
PERANAKAN FRIES HOLLAND
SKRIPSI
Diajukan Kepada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang Untuk Memenuhi
Sebagai Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Pendidikan Biologi
Disusun Oleh :
DIAN PURWANTI
06330031
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
iii
LEMBAR PERSETUJUAN
Nama : Dian Purwanti
NIM : 06330031
Jurusan : Pendidikan Biologi
Fakultas : Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Judul Skripsi : Analisis Variasi Gen Reseptor Interleukin-8 untuk Penentuan Kekerabatan Sapi Perah Peranakan Fries Holland
Diajukan untuk Dipertanggung Jawabkan dihadapan Dewan Penguji Guna Memperoleh Gelar Sarjana Pendidikan Strata Satu (S1)
Pada Jurusan Pendidikan Biologi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Universitas Muhammadiyah Malang
Menyetujui
Pembimbing I Pembimbing II
iv
SURAT PERNYATAAN
Nama : Dian Purwanti
Tempat/Tanggal Lahir : Pasuruan,29 Mei 1988
NIM : 06.330.031
Fakultas/Jurusan : KIP/Pendidikan Biologi
Menyatakan bahwa karya ilmiah/skripsi yang berjudul: “Analisis Variasi Gen Reseptor Interleukin-8 untuk Penentuan Kekerabatan Sapi Perah Peranakan Fries Holland “ adalah bukan merupakan karya tulis orang lain baik sebagian maupun keseluruhan, kecuali dalam bentuk kutipan yang telah disebutkan sumbernya.
Demikian pernyataan ini dibuat dengan sebenar-benarnya dan apabila pernyataan ini tidak benar, saya siap menerima Sangsi Akademis.
Malang, 02 Februari 2011 Yang Menyatakan,
( Dian Purwanti )
Mengetahui,
Pembimbing I Pembimbing II
LEMBAR PENGESAHAN
Dipertahankan di Depan Dewan Penguji Skripsi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Universitas Muhammadiyah Malang dan Diterima Untuk Memenuhi
Sebagian dari Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana (S1) Pendidikan Biologi Mengesahkan,
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang
Malang, 02 Februari 20011
Dekan
(Drs. Fauzan, M. Pd)
Dewan Penguji:
1. Dra. Elly Purwanti, M. P 1. _________________
2. Drs. Ainur Rofieq, M.Kes 2. _________________
3. Dra.Iin Hindun, M.Kes 3. _________________
MOTTO DAN PERSEMBAHAN
“Dan, Dia telah mengajarkan kepadamu apa yang belum kamu ketahui, dan karunia Allah itu sangat besar” (QS.An-Nisa :113)
“Sesungguhnya, Aku mengingatkan kapadamu supaya kamu tidak termasuk orang-orang yang tidak berpengetahuan.” (QS.Hud:46)
D EN GAN PEN U H KEREN D AH AN H ATI , KU PE RSEM BAH KAN SKRI PSI I N I KEPAD A;
Allah SWT sebagai rasa syukur
atas sekenario hidupku yang penuh makna dan seluruh nikmat yang telah Ia kurniakan
kepadaku.
Ayahanda (Rochman) tercinta dan bundaku (Kasmini, S.Pd) tersayang
Terima kasih atas do’a, motivasi,kesabaran dan
perhatian kapadaku sampai terselesakan penulisan
skripsi ini
Sahabat seperjungan (katrok nia) dan Pendamping Hidupku
(Safiudin)
Terima kasih telah memberikan motivasi, saran yang
bijaksana serta menemaniku dalam suka maupun duka.
Assisten dan Instruktur Lab Bio, serta Biologi Angkatan
‘06
nan bijaksana yang telah menggores tinta emas di atas
lembar-lembar kisah hidupku. Semoga Perjungan Kita
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat, taufiq, hidayah, serta inayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan Tugas Akhir yang berjudul “Analisis Variasi Gen Reseptor Interleukin-8 untuk Penentuan Kekerabatan Sapi Peranakan Fries Holland”. Shalawat dan salam semoga tercurahkan kepada teladan kita Nabi Muhammad Saw, keluarga, para sahabat dan para pengikut yang diridhoi-Nya. Pada kesempatan ini penulis ingin menyampaikan rasa terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:
1. Ayah dan ibunda tercinta, serta adikku, terima kasih atas kasih sayang, do’a, pengorbanan, dorongan serta dukungannya.
2. Drs. Fauzan, M.Pd selaku Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang.
3. Dra. Elly Purwanti, M.P dan Drs. Ainur Rofieq, M. Kes selaku pembimbing I dan II yang telah banyak memberikan bimbingan dan motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
4. Dr. Ir. Aris Winaya, MM. M.Si selaku dosen pembimbing lapang yang telah banyak memberikan ilmu, bimbingan serta motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
5. Dra. Sri Wahyuni, M.Kes selaku Ketua Jurusan Pendidikan Biologi
6. Bapak dan Ibu Dosen Pendidikan Biologi Universitas Muhammadiyah Malang yang telah memberikan bekal ilmu dan pengetahuan selama kuliah. 7. Segenap keluarga besar laboratorium Biotek dan Biologi, serta semua pihak
yang turut membantu menyelesaikan tugas akhir yang tidak dapat disebutkan satu persatu terima kasih atas kerjasamanya.
Semoga Allah SWT memberikan balasan yang berlipat ganda atas semua bantuan, dan dukungan yang diberikan. Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih belum sempurna dan banyak kekurangan. Oleh karena itu penulis mengharap kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan skripsi ini. Semoga karya ilmiah/skripsi ini dapat bermanfaat bagi penulis khususnya dan bagi pembaca pada umumnya.
Amin Ya Robal Alamin.
Malang, 02 Februari 2011 Penulis,
ABSTRAK
Analisis Variasi Gen Reseptor Interleukin-8 untuk Penentuan Kekerabatan Sapi Perah Peranakan Fries Holland
Oleh: Dian Purwanti (06330031)
Sapi perah merupakan hewan ternak terpenting dengan produk utama susu. Di satu sisi, potensi genetis sapi perah merupakan salah satu kendala non teknis dalam upaya peningkatan produktitas sapi perah. Maka perlu dilakukan identifikasi genetik sapi perah yang terdapat dibeberapa sentra produksi susu serta model hubungan kekerabatannya sebagai dasar pengembangan sapi perah di Indonesia sehingga diperoleh informasi dasar tentang karakteristik genetik sapi perah spesifik di indonesia berdasarkan gen reseptor interleukin-8.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi pola pita dan hubungan kekerabatan berdasarkan gen reseptor Interleukin-8 pada Sapi Peranakan Fries Holland (PFH) di Balai Besar Pembibitan Ternak Unggul (BBPTU) Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif, yang menggunakan sel darah total sebagai sumber DNA genom 16 sapi PFH BBPTU dan 9 sapi PFH KUD ‘Dadi Jaya’. Data penelitian ini berupa pola pita gen reseptor interleukin-8, masing-masing pola ditentukan persentase dan rata-rata dan diterjemahkan ke dalam data biner. Konstruksi pohon filogenetik dengan pembuatan dendogram dengan metode Unweighted Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) versi 2.
Hasil penelitian menunjukkan delapan (8) pola pita PCR-SSCP yang berbeda berdasarkan laju migrasi yang berbeda. Kedelapan pola pita DNA tersebut diberi kode A, B, C, D, E, F, G dan H. Hasil analisis PCR-SSCP variasi gen reseptor interleukin-8 pada sapi PFH BBPTU pola-pola DNA yang terbentuk dikelompokkan menjadi pola A sebanyak 7 sampel dengan frekuensi (20 %) , pola B sebanyak 1 sampel dengan frekuensi (2.86 %), pola C sebanyak 9 sampel dengan frekuensi (25.71%), pola D sebanyak 5 sampel dengan frekuensi (14.29 %, ), pola E sebanyak 2 sampel (5.71%), pola F sebanyak 1 sampel dengan frekuensi (2.86%,) sedangkan pada sapi PFH KUD ‘Dadi Jaya’, hanya ditemukan pola C 1 sampel dengan frekuensi (2.86%), pola E sebanyak 5 sampel dengan frekuensi (14.29%), pola G sebanyak 2 sampel dengan frekuensi (5.71%.), dan pola H sebanyak 2 sampel dengan frekuensi (5.71%.). Hubungan kekerabatan menunjukkan sapi PFH BBPTU [F 21] memiliki tingkat tingkat kemiripan genetis yang paling jauh dengan koefisien 61% dengan individu lainnya.
Kata Kunci : interleukin-8, sapi PFH, hubungan kekerabatan Pembimbing I Penulis
DAFTAR ISI
2.2.2. Peranan Gen Pada Tingkat Hubungan Kekerabatan... 20
2.2.3. Variasi genetik... 21
2.4 Tinjauan Tentang SSCP (Single Strand Conformation
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Hasil Penelitian ... 44
4.1.1 Amplifikasi Gen Reseptor Interleukin-8 dan Visualisasi Pita SSCP ... 44
4.1.2 Variasi Gen Reseptor Interlaukin-8 ... 48
4.1.3 Kekerabatan Antar Individu ... 49
4.2. Pembahasan ... 53
4.2.1 Kergaman Gen Interleukin-8 ... 53
4.2.2 Kekerabatan Antar Individu ... 56
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN 5.1 Kesimpulan ... 62
5.2 Saran ... 63
DAFTAR PUSTAKA ... 64
DAFTAR TABEL
Tabel 4.1. Posisi dan Jenis Pita Gen Reseptor Interleukin-8 dari Sapi PFH BBPTU Baturaden Jawa Tengah 16 Ekor dan KUD ‘Dadi Jaya’ Pasuruan 9 Ekor dengan Menggunkan Metode
PCR-SSCP ... 50 Tabel 4.2. Jenis dan Frekwensi Pita Gen Reseptor Interleukin-8 dari
Sapi PFH BBPTU Baturaden Jawa Tengah 16 Ekor dan KUD ‘Dadi Jaya’ Pasuruan 9 Ekor dengan Menggunakan
Metode PCR-SSCP... 51 Tabel 4.3. Data Biner untuk Analisis Kekerabatan Sapi PFH BBPTU
Baturaden Jawa Tengah 16 Ekor dan KUD ‘Dadi Jaya’
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Sapi Frisian Holstein... 10
Gambar 2.2. Sapi Jersey... 11
Gambar 2.3. Sapi Guernsey... 12
Gambar 2.4. Sapi Ayrshire ... 13
Gambar 2.5. Sapi Brown Swiss ... 14
Gambar 2.6. Pemetaan Genetik dari Gen Interleukin-8R dan BTA2. Panel A: Pemetaan Fisik DNA Genom Manusia Pada Interleukin-8RA dan Interleukin-8RB, Sebagian cDNA Interleukin-8RB pada Sapi. Panel B : Pemetaan Linkage (Pautan) dan Fisik pada BTA2 dan Perbandingan dengan HSA2 ... 19
Gambar 2.7. Reaksi Skematis Proses Amplifikasi ... 23
Gambar 4.1. Amplifikasi PCR Pita Gen Reseptor Interleukin-8 ... 46
Gambar 4.2. Hasil PCR-SSCP Pita Gen Reseptor Interleukin-8 ... 48
DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. 2008. Gen, (Online),
(http://www.google.com/search?q=cache:5HsRpdm
T_k0J:id.wikipedia.org/wiki/Gen+gen+adalah&hl=id&ct=clnk&cd=1&gl =id, diakses pada 6 Oktober 2010).
Andalusia.1994. Pencarian Varian Gen Miostatin Pada Domba Komposit Sumatera. (skripsi )Departemen Biologi Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor :Bogor
Arisuryanti, Tuty. & Daryono. 2007. Genetika Populasi. Yogyakarta: Fakultas Biologi UGM.
[BBPTU] Balai Besar Pengembangan Ternak Unggul .2009. Petunjuk Pemeliharaan Bibit Sapi Perah BBPTU Sapi Perah. Purwokerto, Jawa Tengah
Baggiolini M, Bernhard M and Ian CL.1994. Interleukin-8 and Related Chemotactic Cytokines : The Giles Filley Lecture.This information is current as of July 20, 2010 Chest 1994;105; 95S-98S
[BAPPENAS] Badan Perencanaan Pembangunan Nasional .2000. Budidaya Sapi Perah.Jakarta
Budi,U. 2006. Dasar Ternak Perah.
http://ecourse.usu.ac.id/content/peternakan/dasar /textbook.pdf
Direktorat Jendral Peternakan, 2009. Statistik Peternakan 2009. Direktorat Jendral Peternakan, Departemen Pertanian, Jakarta
Dudi, Dedi Rahmat dan Tidi Dhalika.2006. Evaluasi Potensi Genetik Sapi Perah Fries Holland (FH) Di Koperasi Serba Usaha (KSU) Tandangsari Kabupaten Sumedang Evaluation of Dairy Cattle Genetic Potency of Fries Holland (FH) in KSU Tandangsari Sumedang). Jurnal Ilmu Ternak, Juni 2006, vol. 6 no.1 Fakultas Peternakan Universitas Padjadjaran
Hayasi K.1991. PCR-SSCP: A simple and sensitive method for detection of mutation in genomic DNA. PCR Methods Appl. 1 (34)
3Pharmaceutical Research & Development,Genentech, Inc., 460 Point San Bruno Boulevard, South San Francisco, California 94080 Protein Science
(1997), 6398408. Cambridge University Press. Printed in the USA.
Humphries SE , Vilmundur G, Ros W, and Ian NM. Day and for the International Federation of Clinical.1997.Single-Strand conformation polymorphim analysis with high throughput modifications, and its use in mutation detection in familial hypercholesterolemia Clinical Chemistry.
1997;43:427-435.)
Fatchiyah. 2006. Polymerase Chain Reaction: Dasar Teknik Amplifikasi DNA dan Applikasinya.Universitas Brawijaya.Malang. (online). (http://fatchiyah lecture.ub.ac/id/2010/polimerase-Chain-Reaktion-dasar-teknik-amplifikasi-dna-dan-aplikasinya, diakses tanggal 09 Oktober 2010)
Fujita , Kazunobu and Jonathan Silver.1994. Single-strand Conformational Polymorphism. Laboratory of Molecular Microbiology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20892. Genome Res. 1994 4: S137-S140
Gaffar, Shabarni. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. (online), (http:// pustaka.unpad.ac.idwp-contentuploads200906 diktat biotekmol, Diakses tanggal 11 Oktober 2010)
Gardner EJ and D.P. Snustad. 1981. Principles of Genetics. 6th Ed. John Wiley & Sons, New York.
Grosse M. W., Steven M. K, William W. L, John W. K, Carol G. Chitko-McKown,Michael P. H.1999. Single nucleotide polymorphism (SNP) discovery and linkage mappingof bovine cytokine genes .Mammalian Genome .10, 1062–1069 (1999).
Hadryanto, Davin E. P. 2008. Ikan Lanset: Nenek Moyang Manusia dan Hewan
Bertulang Belakang (1), (Online),
(http://images.google.co.id/imgres?imgurl
=http://beritaiptek.istecs.org/wp-ontent/uploads/2008/10/davin_lansetfish_6.
bmp&imgrefurl=http://beritaiptek.istecs.org/ikan-lanset-nenek-moyang-manusia-dan-hewan-bertulang-belakang, diakses tanggal 24 Oktober 2010)
Lavett, Diane K, 1993. Genetic analysis. New York: W. H. Freeman and Company.
Lestari,WS dan B. Adjie.2004. Variasi genetic pada dicksonia blumei-deteksi dengan pcr-sscp dan implikasinya pada usaha konservasi.UPT Balai Konservasi Tumbuhan KEbun Raya “Eka Sari” Bali-LIPI
Malik, amarila.2005. RNA therapeutic,pendekatan baru dalam terapi gen
Departemen Farmasi FMIPA-UI, Universitas Indonesia, Depok. Majalah
Ilmu Kefarmasian, Vol. II, No.2, Agustus 2005, 51 - 61ISSN : 1693-9883
Maylinda, Sucik. 2003. Kemungkinan Penerapan Teknologi Analisis DNA Dalam Menanggulangi Cacat Genetik Pada Bidang Peternakan, (online),
(http://tumoutou.net/702_07134/s_maylinda.htm, diakses pada 02
November 2010).
Muladno, 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Edisi Pertama. Pustaka Wirausaha Muda, Bogor.
Nataraj AJ, Glander IO, Kusukawa N. and Highsmith WE. 1999. Single-strand conformation polymorphism and heteroduplex mutation detection.
Electrophoresis 20:117-1185.
Nazir. 1985.Metode Penelitian. Jakarta: Ghalia Indonesia.
Purwoko, Agus,Sutarno dan Nita Etikawati.2003. olimorfisme DNA pada Lokus-2 Gen Hormon Pertumbuhan Sapi Madura DNA polymorphism at locus-Lokus-2 of growth hormone gene of Madura catt. BiodervisitasISSN: 1412-033X. No. 1 Vol. 4 Januari 2003 Hal. 7-11
Pane I .1993. Pemuliabikan Ternak Sapi. Jakarta: PT Gramedia Pustaka Utama. Prasetyo, Budi. 2006. Identifikasi Genetik dan Hubungan Kekerabatan Sapi
Ambon dengan Sapi Bali, Sapi Madura dan Sapi Peranakan Ongole (PO) Berdasarkan Analisa Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Tesis. Program Pascasarjana. Universitas Brawijaya. Malang.
Rahayu, Sr, Jayarani , Agus Susilo, M.Sasmito Djati,Suyadi.2004. Identifikasi Polimorfisme Gen Kalpastatin (cast) Exon 19-20 pada Sapi PO (Pperanakan Pongole) dengan Metode PCR-RFLP. Brawijaya University. Malang.
Rambeaud M. & G. M. Pighetti.2007. Differential calcium signaling in dairy cows with specificCXCR1 genotypes potentially related to interleukin-8
receptor functionality Immunogenetics (2007) 59:53–58. DOI
Richard DS, Newton K, Taha ET, Donald RH, Yin L, Ward E, Laban M, Robin B, Paolo GM, Len Van DH and John DC. .1999. Mastitis and Immunological Factors in Breast Milk of Lactating Women in Malawi. College of Medicine, University of Malawi, Blantyre, Malawi
.
Shiddieqy, MI . 2007. Memetik Manfaat Susu Sapi.(online)
http://1ggplus.wordpress.com/2007/11/05/memetik-manfaat-susu-sapi/.
Diakses tanggal 22 oktober 2010.
Sudono, A. 1999. Dairy Science Department of Dairy Science, Faculty of Animal Science. Bogor Agricultural University Press (IPB).
Suranto, Sajidan, Harliyono, Kusumo Winarno, Sri Emy Hariningsih.2000. Jurusan Biologi FMIPA UNS Surakarta Studi Variasi Populasi Ipomoea pes-caprae (L.) Sweet di Jawa Tengah,Jawa Timur dan Yogyakarta.Bioamart. Vol 2, No 1 :28-33
Stansfield, William D. 2003. Molecular and Cell Biology. Jakarta: Erlangga Topik H dan andi pancoro. 2008. Systematic study of subtribe Aeridinae
(Orchidaceae). Disertasi The University of Tokyo, Japan.
Winaya, Aris. 1 Oktober 2009. Komunikasi personal tentang variasi genetik dalam individu
Xie, Jiahua, Todd C. Wehner, and Mark A. Conkling.2002. PCR-based Single-strand Conformation Polymorphism (SSCP) Analysis to Clone Nine Aquaporin Genes in Cucumber. Departments of Horticultural Science and Genetics, North Carolina State University, Raleigh, NC 27695. J. AMER. SOC. HORT. SCI. 127(6):925–930. 2002
Yatim, Wildan. 2003. Genetika. Bandung: Tarsito.
Youngerman SM.2004. Novel single nukleotide polymorphisms and haplotypes within the bovine CXCR2 Gene.Immunogenetics.56:355-359.DOI 10.1007/s00251-004-0699-5
1 BAB I PENDAHULUAN
1.1Latar Belakang Masalah
Sapi adalah hewan ternak terpenting sebagai sumber daging, susu, tenaga kerja dan kebutuhan lainnya. Sapi menghasilkan sekitar 50% (45-55%) kebutuhan daging di dunia, 85% kebutuhan kulit dan 95% kebutuhan susu. (Pane, 1993).
Menurut Data Statistik Peternakan, tahun 2009 dilaporkan bahwa, populasi sapi perah pada tahun 2008 sebesar 408 ribu ekor, dan tingkat kosumsi susu sebesar 9,53 kg per kapita per tahun. Keterbatasan populasi dan produktivitas sapi perah mengakibatkan produksi susu dalam negeri hanya mampu mensuplai sekitar 23 % dari kebutuhan susu nasional, sedangkan kekurangan sebesar 77 persen masih harus di impor dari luar negeri (DITJENAK, 2009; BBPTU, 2009).Upaya meningkatkan potensi genetik ternak lokal melalui persilangan dengan menggunakan pejantan unggul impor jika tidak dikontrol dengan baik akan menguras sumberdaya ternak yang tidak dapat direkonstruksi lagi (Setiadi, 1997). Di satu sisi potensi genetis sapi perah merupakan salah satu kendala non teknis dalam upaya peningkatan produktitas sapi perah.(Sumantri, et al. 2002)
2
Sapi jenis ini mempunyai kemampuan menghasilkan susu sebanyak 4500 sampai 5500 liter per masa laktasi di daerah asalnya (Budi, 2006).
Susu merupakan produk utama yang dihasilkan peternak sapi perah. Kuantitas dan kualitas susu yang dihasilkan berpengaruh terhadap penghasilan yang diperoleh setiap peternak. Oleh karena itu selain adanya dukungan faktor lingkungan (pakan, tatalaksana, pencegahan penyakit dan lain lain) yang berkualitas, maka untuk memperoleh kualitas dan kuantitas hasil susu yang optimum harus didukung oleh kualitas genetik sapi perah yang dibudidayakan. Faktor genetik sangat penting, karena bersifat mewaris, artinya keunggulan yang diekspresikan oleh suatu individu dapat diwariskan pada keturunannya. Sehingga faktor genetik merupakan kemampuan individu ternak, sedangkan faktor lingkungan merupakan kesempatan untuk memunculkan keunggulan ternak tersebut (Bourdon 2002 ; Dudi 2006).
3
Interleukin-8 merupakan hormon golongan kemokin berupa polipeptida dengan massa sekitar 8-10 kDa yang digunakan untuk proses dasar, pengikatan heparin, peradangan dan perbaikan jaringan (Kurzrock 2000 ; Bast 2000). Kemokin merupakan kelompok peptide kecil dari sitokin dengan aktivitas kemotaktik, yang merupakan mediator multifungsi yang dapat memicu inflamasi
kemotaktik sel menuju tempat infeksi dan cedera dengan cara mengikat permukaan reseptor sel G-protein-coupled (Zhonghua 2008). Ciri khas Interleukin-8 terdapat pada dua residu sistein dekat N-terminus yang disekat oleh sebuah asam amino. Tidak seperti sitokin umumnya, Interleukin-8 bukan merupakan glikoprotein. Interleukin-8 diproduksi oleh berbagai macam sel, termasuk monosit, neutrophil, sel T, fibroblast, sel endothelial dan sel epitelial, setelah terpapar antigen atau stimulan radang (ischemia dan trauma). Dua bentuk Interleukin-8 (77 CXC dan 72 CXC) merupakan sekresi neutrophil pada saat teraktivasi (Kurzrock 2000 ; Bast 2000).
Menurut Richard (1999), Interleukin-8 merupakan produk gen dalam merespon stimulus peradangan dan memainkan peran dalam pengerahan dan pengaktifan netrofil dan limfosit. Produk gen yang berupa hormon (bioregulator) akan mempengaruhi proses pengaturan metabolism dan penampakan morfologi ternak. Variasi genetik (polimorfisme) pada lokus-lokus gen, khususnya yang mengkodekan hormon merupakan hal yang sangat penting, karena variasi tersebut menentukan karakter genetik dari suatu populasi yang dapat membantu dalam peningkatan mutu genetik dari populasi tersebut (Mitra,
4
Perkembangan bioteknologi yang sangat pesat mempunyai peluang untuk diterapkan dalam membantu secara teknis peningkatan populasi ternak, perbaikan mutu ternak dan menjamin kesehatan ternak. Secara umum penggunaan teknik molekuler untuk tujuan identifikasi suatu organisme mempunyai keunggulan seperti lebih akurat atau paling akurat, lebih cepat, dan untuk mikroba dapat mencakup keseluruhan mikroba termasuk yang dapat bertahan hidup tetapi belum dibudidayakan. Untuk menunjang pengetahuan klasik (taksonomi klasik) tentang keanekaragaman hayati sudah semestinya digunakan pendekatan yang baru dalam rangka mempelajari keanekaragaman makhluk hidup melalui pengetahuan biologi molekuler ini. Selanjutnya pengetahuan ini dapat digunakan untuk tujuan konservasi dan menjaga serta memanfatkan berbagai kekayaan hayati milik bangsa.
Berdasarkan latar belakang di atas, maka perlu dilakukan penelitian tentang “ Analisis Variasi Gen Reseptor Interleukin-8 untuk Penentuan Kekerabatan Sapi Perah Peranakan Fries Holland” dengan tujuan dapat memberikan informasi keanekaragaman genetik serta tingkat kekerabatan pada Sapi PFH berdasarkan variasi gen reseptor Interleukin-8.
1.2Rumusan Masalah
1. Bagaimana variasi pola pita gen reseptor Interleukin-8 Sapi PFH di BBPTU Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur?
5
1.3Tujuan Penelitian
1. Mengetahui variasi pola pita gen reseptor Interleukin-8 pada Sapi PFH di BBPTU Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur
2. Mengetahui hubungan kekerabatan antara Sapi PFH di BBPTU Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur berdasarkan variasi pola pita gen reseptor Interleukin-8.
1.4Manfaat Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat diketahui sistematika dan taksonomi Sapi PFH yang berada di BBPTU Sapi Perah Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur berdasarkan variasi gen reseptor interleukin-8. Selanjutnya sebagai sumber informasi bagi para peneliti bahwa gen reseptor Interleukin-8 mempunyai fungsi pada proses peradangan, system imun dan ketahanan terhadap penyakit, pemulia dan pemerintah dalam menentukan arah dan kebijakan pada program pelestarian dan pengembangan plasma nutfah sapi di Indonesia.
1.5Batasan Penelitian
Untuk menghindari terjadinya salah penafsiran terhadap penelitian ini, maka peneliti memberi batasan penelitian sebagai berikut:
6
sebanyak 10 ml disimpan dalam tabung yang mengandung EDTA (konsentrasi 4 mM) sebagai anti koagulan.
2. Sumber DNA genom diperoleh dari Sel darah total sapi PFH dengan individu yang acak (random) pada sapi PFH yang dipelihara di BBPTU Sapi Perah Baturaden, Jawa Tengah dan KUD “Dadi Jaya” Purwodadi, di Pasuruan, Jawa Timur.
3. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Molekuler Pusat Pengembangan Bioteknologi, Universitas Muhammadiyah Malang.
1.6Definisi Istilah
Untuk menghindari terjadinya salah penafsiran terhadap penelitian ini, maka peneliti memberi definisi istilah sebagai berikut:
1. Gen adalah suatu sekuens basa spesifik yang menyandikan instruksi mensintesis suatu protein. (Malik,2005)
2. Interleukin-8 adalah salah satu protein jenis hormon golongan kemokin berupa polipeptida dengan massa sekitar 8-10 kDa yang digunakan untuk proses dasar, pengikatan heparin, peradangan dan perbaikan jaringan (Kurzrock 2000 ; Bast 2000).
3. Gen Reseptor Interleukin-8 adalah kemampuan pengikatan kimia dari protein kecil sehingga dapat merekrut neutrofil ke daerah peradangan melalui interaksi dengan sedikitnya 2 tipe reseptor CXC1 dan CXC2 yang mana mengaktifkan G-Protein. (Henry,1997)
7
5. Hubungan kekerabatan adalah salah satu metode yang paling sering digunakan dalam sistematika untuk memahami keanekaragaman makhluk hidup (Topik, 2008)
