Karakterisasi Gen Ghrelin (GHRL) pada Ayam Kampung Ayam Leher Gundul Ayam Walik dan Ayam Arab

KARAKTERISASI GEN GHRELIN (GHRL) PADA

AYAM KAMPUNG AYAM LEHER GUNDUL

AYAM WALIK DAN AYAM ARAB

LUSIANA

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Karakterisasi Gen Ghrelin (GHRL) pada Ayam Kampung Ayam Leher Gundul Ayam Walik dan Ayam Arab adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.

Bogor, September 2013

ABSTRAK

LUSIANA. Karakterisasi Gen Ghrelin (GHRL) pada Ayam Kampung Ayam Leher Gundul Ayam Walik dan Ayam Arab. Dibimbing oleh JAKARIA dan MARIA ULFAH.

Gen ghrelin (GHRL) merupakan salah satu gen yang penting dalam menstimulasi sekresi asam lambung dan sekresi hormon pertumbuhan serta intake pakan. Sekuen fragmen gen GHRL pada penelitian ini terletak di promotor, ekson 1 dan parsial intron 1. Penelitian ini bertujuan untuk karakterisasi gen GHRL terutama ada tidaknya situs mutasi pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik, dan ayam arab. Sebanyak 20 sampel individu ayam berhasil teramplifikasi dan menghasilkan fragmen sepanjang 1 050 bp menggunakan suhu annealing 60 ºC selama 1 menit. Hasil sekuensing diolah menggunakan BLAST-N, selanjutnya dianalisis menggunakan program MEGA 5. Panjang sekuen yang dihasilkan adalah 554 bp setelah dilakukan pensejajaran pada delapan sampel ayam dengan menggunakan primer forward. Hasil analisis kesamaan menunjukkan bahwa sekuens fragmen gen GHRL dengan GenBank (AB158617) memiliki nilai kesamaan sebesar 99%. Ditemukan situs mutasi sebanyak tiga situs pada fragmen gen GHRL. Hasil konstruksi pohon filogenetik fragmen gen GHRL sepanjang 554 bp memiliki tingkat kesamaan yang tinggi sehingga tidak dapat dibedakan antar bangsa ayam yang dianalisis.

Kata kunci: ayam Indonesia, gen ghrelin, sekuensing.

ABSTRACT

LUSIANA. Characterization of Ghrelin Gene (GHRL) In Kampung Chicken Naked Neck Chicken Walik Chicken and Arab Chicken. Supervised by JAKARIA and MARIA ULFAH.

Ghrelin gene (GHRL) is one of important gene that stimulates secretion of gastric acid, growth hormone and food intake. Sekuens of GHRL fragment in this study was located in promoter, exon 1 and partial intron 1. This study aimed to characterize GHRL gene especially to detect mutation sites of kampong, naked neck, walik, and arab chicken. Twenty samples were amplified to result of fragment with length of 1 050 bp. Characterization of GHRL gene was processed by BLAST-N, then MEGA 5 was used to analize the sequence data. Annealing temperature was performed at 60 ºC for 1 minute. The alignment product of eight samples by using primer forward produced sequence of 554 bp. The similarity value of GHRL gene fragment with sequence data on GenBank (AB158617) was 99%. There was found 3 mutation sites of GHRL gene fragment. However, the 554 bp of GHRL gene fragment has low power to distinguish chicken breeds since all the samples have pairwise distance based on the phylogenetic tree construction analysis.

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Peternakan

pada

Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

KARAKTERISASI GEN GHRELIN (GHRL) PADA

AYAM KAMPUNG AYAM LEHER GUNDUL

AYAM WALIK DAN AYAM ARAB

LUSIANA

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR

Judul Skripsi : Karakterisasi Gen Ghrelin (GHRL) pada Ayam Kampung Ayam Leher Gundul Ayam Walik dan Ayam Arab

Nama : Lusiana NIM : D14090064

Disetujui oleh

Dr Jakaria, SPt MSi Pembimbing I

Maria Ulfah, SPt MScAgr Pembimbing II

Diketahui oleh

Prof Dr Ir Cece Sumantri, MAgrSc Ketua Departemen

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Februari hingga Juni 2013 ini adalah genetika molekuler ternak dengan judul Karakterisasi Gen Ghrelin (GHRL) pada Ayam Kampung Ayam Leher Gundul Ayam Walik dan Ayam Arab. Penelitian ini didanai oleh Maria Ulfah, SPt MScAgr.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr Jakaria, SPt MSi dan Maria Ulfah, SPt MScAgr selaku pembimbing skripsi. Terima kasih juga penulis sampaikan kepada Ir Hotnida CH Siregar, MSi selaku pembimbing akademik. Penulis ucapkan terima kasih kepada Dr Rudi Afnan, SPt MScAgr, Dr Ir Asep Sudarman, M.RurSc dan Dr Ir Salundik, MSi selaku dosen penguji dalam ujian sidang yang telah banyak memberikan saran kepada penulis. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada kedua orang tua, Bapak Ading Santosa dan Ibu Onih Liani serta seluruh keluarga, atas segala doa dan kasih sayangnya. Terima kasih tak lupa penulis ucapkan kepada kak Eryk, kak Ferdy, kak Irine, kak Isyana dan kak Furqon dari Laboratorium Genetika Molekuler Fakultas Petenakan IPB yang selama ini banyak memberi bantuan dan saran, serta teman-teman seperjuangan Tasya, Ayu, Syeh, Olin, Alit, Nadh, Echi dan keluarga besar IPTP 46 penulis ucapkan terima kasih atas kekompakan, persahabatan dan kekeluargaannya selama ini. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, September 2013

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vi

DAFTAR GAMBAR vi

DAFTAR LAMPIRAN vi

PENDAHULUAN 1

Latar Belakang 1

Tujuan Penelitian 1

Ruang Lingkup Penelitian 1

METODE 2

Waktu dan Tempat Penelitian 2

Bahan 2

Alat 2

Prosedur 3

HASIL DAN PEMBAHASAN 4

Amplifikasi Fragmen Gen GHRL 4

Sekuen Fragmen GHRL Gen GHRL 5

Karakteristik Gen GHRL pada Ayam Lokal Indonesia 5 Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik Fragmen Gen GHRL 7

SIMPULAN DAN SARAN 8

DAFTAR PUSTAKA 9

LAMPIRAN 10

DAFTAR TABEL

1 Persentase homologi fragmen gen GHRL pada promotor, ekson 1

dan parsial intron 1 5

2 Mutasi basa nukleotida fragmen gen GHRL pada promotor, ekson

1 dan parsial intron 1 6

3 Rataan komposisi basa nukleotida sekuen fragmen gen GHRL* 6 4 Jarak genetik berdasarkan metode pairwise distance 7

DAFTAR GAMBAR

1 Fragmen gen GHRL 1 050 bp berdasarkan sekuen GenBank dengan nomor akses AB158617 2

2 Hasil elektroforesis amplikon fragmen gen ghrelin pada gel agarosa

1.5%. M = marker, 5-160= Kode sampel. 4

3 Konstruksi pohon filogenetik antar individu ayam berdasarkan

metode Neighbor-Joining. 8

DAFTAR LAMPIRAN

1 Panjang fragmen gen GHRL berdasarkan GenBank dengan kode

akses AB158617 10

2 Hasil alignment (pensejajaran) sekuens fragmen gen GHRL dengan

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Indonesia memiliki sumber daya genetik ayam yang besar dan berpotensi untuk dikembangkan. Nataamijaya (2000) menyatakan bahwa terdapat 31 jenis ayam lokal dengan ciri dan fungsi masing-masing. Karakteristik cita rasa daging dan telur yang khas menjadikan ayam lokal memiliki peluang pasar yang cukup baik. Namun pengembangan populasi ayam lokal di Indonesia masih tergolong rendah, peningkatannya dari tahun 2011 sampai 2012 hanya mencapai 7.9% (DPKH 2012). Pertumbuhan yang relatif lambat pada ayam lokal Indonesia dipengaruhi oleh faktor genetik dan dikendalikan oleh beberapa gen (polygenes), salah satu gen potensial yang berpengaruh terhadap pertumbuhan adalah gen ghrelin (GHRL).

Gen GHRL merupakan gen yang memegang peranan penting dalam menstimulasi sekresi asam lambung dan sekresi hormon pertumbuhan (GH) serta intake pakan, selain itu juga berperan dalam keseimbangan energi dan fungsi kardiovaskular (Kojima dan Kangawa 2005; Karbonit et al. 2004; Van der Lely et al. 2004). Gen GHRL pada ayam terdiri dari 5 ekson dan 4 intron, terletak pada kromosom 12 yang menghasilkan hormon ghrelin dengan sel target yaitu pada bagian proventrikulus (Richard et al. 2005; Kaiya et al. 2002).

Gen GHRL sebagai salah satu gen kandidat yang berpotensi sebagai penciri molekuler (marker DNA) perlu dikarakterisasi pada ayam lokal Indonesia khusus-nya ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab karena sampai saat ini belum pernah dilakukan. Hal ini penting sebagai informasi dasar data genetik gen GHRL dan diharapkan dapat dijadikan sebagai seleksi dengan dibantu penciri atau marker assisted selection (MAS) khususnya pada ayam lokal Indonesia.

Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk karakterisasi gen GHRL pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab melalui teknik sekuen-sing.

Ruang Lingkup Penelitian

2

METODE

Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilaksanakan dari Februari sampai Juni 2013. Penelitian ini dila-kukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.

Bahan

Bahan-bahan yang digunakan yaitu 20 sampel darah ayam koleksi Maria Ulfah, SPt MscAgr yang berasal dari pulau Jawa dan Sumatera. Bahan lain yang digunakan antara lain 10 x buffer, 1 x STE, destilation water (DW), Sodium Dodesil Sulfat (SDS) 10%, phenol, Proteinase-K 5 mg/ml, Chloroform Isoamil Alkohol (CIAA), NaCl 5 M, TE 80%, EtOH 96%, sampel DNA, PCR buffer, deoxy Nucleotida Triposfat (dNTPs), pasangan primer, Magnesium Chloride (MgCl2), enzim Taq Polymerase, serbuk agarose 0,45 gram, larutan 0.5 x Tris-Borat EDTA (TBE), Ethidium Bromida (EtBr), produk PCR, loading dye, dan marker 100 pb.

Primer yang digunakan pada penelitian ini adalah primer forward:

5’CCTGGTGAAGTTTCAGAGCATT-3’ (Nie et al. 2005) dan primer reverse:

5’CACTGTTATTGTCATCTTCTC-3’ (rancangan sendiri). Sekuens gen GHRL diperoleh dari GenBank dengan nomor akses AB158617. Produk amplifikasi dapat dilihat pada Gambar 1.

Gambar 1 Fragmen gen GHRL 1 050 bp berdasarkan sekuen GenBank dengan nomor akses AB158617

Alat

3 dan inkubator. Peralatan yang digunakan untuk amplifikasi DNA dan elektro-foresis adalah mesin PCR thermocycler, tabung 0.2 ml, vortex, micro sentrifuge, refrigerator, satu set tray pencetak gel, timbangan digital, microwave, stirrer, power supply electrophoresis 100 vA dan UV Transilluminator.

Prosedur Ekstraksi DNA Total

Proses ekstraksi DNA sampel darah mengacu pada Sambrook et al. (1989) yang telah dimodifikasi. Darah sebanyak 100 µl ditambahkan dengan 1 000 µ l water destilation, selanjutnya disentrifugasi 8 000 rpm selama 5 menit hingga endapan terbentuk. Endapan tersebut selanjutnya ditambahkan 1 x STE sebanyak 300 µl, 40 µ l SDS 10% dan 10 µ l Proteinase K 5 mg/ml kemudian diinkubasi dengan suhu 55 ºC selama 2 jam sambil digoyang pelan. Setelah itu ditambahkan 40 µl NaCl 5 M, 400 µ l phenol dan 400 µ l CIAA, lalu goyang perlahan selama 1 jam pada suhu ruang.

Proses selanjutnya yaitu sentrifugasi selama 5 menit menggunakan kecepat-an 12 000 rpm. Cairkecepat-an bening pada lapiskecepat-an paling atas dipindahkkecepat-an ke tabung baru sebanyak 400 µl lalu ditambahkan 800 µl EtOH absolut dan 40 µl NaCl 5 M, dibekukan selama 12 jam. Sampel disentrifugasi selama 5 menit dengan kecepat-an 12 000 rpm sampai terbentuk endapkecepat-an putih. Cairkecepat-an dibukecepat-ang kemudikecepat-an tabung yang berisi endapan putih tersebut ditiriskan 1-2 jam, setelah itu ditambah dengan 100 µl TE 80%.

Amplifikasi DNA

Sampel DNA hasil ekstraksi sebanyak 2 µ l dimasukkan ke dalam tabung 0.2 ml selanjutnya larutan dari tabung ditambahkan dengan larutan premix 33 l. Larutan premix dibuat dengan mencampurkan 25.9 l DW, 3.5 l 10 x PCR buffer,2 l MgCl2, 1 l primer, 0.5 l dNTPs dan 0.1 l enzim Taq polymerase (Fermentas). Campuran sampel DNA dan premix tersebut diinkubasi mengguna-kan mesin PCR thermocycler.

Proses amplifikasi dimulai tahap denaturasi awal selama 5 menit pada suhu 95 ºC. Selanjutnya terdapat 35 siklus pada tahap kedua, setiap siklus terdiri dari proses denaturasi suhu 95 ºC selama30detik,annealing suhu 60 ºC selama 1 me-nit dan ekstensi 72 ºC selama 1 meme-nit 30 detik. Tahap terakhir yaitu ekstensi akhir pada suhu 72ºC selama 5 menit. Produk PCR tersebut selanjutnya dielektrofore-sis.

Elektroforesis Produk PCR

Produk PCR (amplikon) dipisahkan dengan teknik elektroforesis mengguna-kan gel agarosa 1.5%. Gel dibuat dari campuran 0.45 gram serbuk agarosa, 0.5 x TBE 30 ml, selanjutnya dipanaskan dalam microwave selama 5 menit mengguna-kan suhu medium high. Gel distirrer sampai uap menghilang kemudian ditambah-kan EtBr sebanyak 2.5 l. Gel tersebut di cetak ke dalam tray dan tunggu hingga mengeras. Produk PCR sebanyak 5 µ l dilarutkan dalam 1 l loading dye.

4

gel. Selanjutnya visualisasi dilakukan dengan bantuan sinar ultra violet pada UV Transilluminator. Sampel yang teramplifikasi kemudian disekuensing menggu-nakan mesin sequencer Applied Biosystem yang dilakukan di perusahaan jasa pelayanan sekuensing 1st Base.

Analisis Data

Hasil sekuensing gen GHRL dianalisis menggunakan aplikasi BioEdit. Analisis kesamaan (homology) hasil sekuen fragmen gen GHRL ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab dilakukan menggunakan aplikasi BLAST Nukleotida (Altschul et al. 1990) dan selanjutnya dilakukan alignment (perunutan dan pensejajaran) menggunakan ClustalW dengan program MEGA 5 (Tamura et al. 2012). Sekuen fragmen gen GHRL pada penelitian ini terletak pada promotor, ekson 1 dan parsial intron 1. Jarak genetik dan pohon genetik direkonstruksi menggunakan metode Neighbor-Joining Tree (Saitou dan Nei 1987) yang mengacu pada sekuen nukleotida Gallus gallus (kode akses AB158617) sebagai referensi pendukung.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi Fragmen Gen GHRL

Hasil amplifikasi fragmen gen GHRL yang dilakukan pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab dapat dilihat pada Gambar 2. Proses ini dijalankan menggunakan mesin PCR thermocycler dengan kondisi PCR denaturasi awal pada suhu 95 ºC selama 5 menit, denaturasi 95 ºC selama 30 detik, annealing 60 ºC selama 1 menit, ekstensi pada suhu 72 ºC selama 1 menit 30 detik dan ekstensi akhir pada suhu 72 ºC selama 5 menit. Suhu penempelan (annealing) bergantung pada panjang pendeknya primer, semakin panjang ukuran primer maka semakin tinggi suhunya (Muladno 2010).

Gambar 2 Hasil elektroforesis amplikon fragmen gen ghrelin pada gel agarosa

1.5%. M = marker, 5-160= Kode sampel.

amplifi-5 kasi tergantung pada primer yang digunakan. Primer umumnya berukuran 18-25 basa dan sekuens DNA kedua primer tidak saling berkomplemen karena akan memungkinkan terjadinya primer-dimer atau penempelan antar primer (Muladno 2010).

Sekuen Fragmen Gen GHRL

Data hasil sekuensing terdiri atas 20 sampel dengan menggunakan primer forward dan 20 sampel menggunakan primer reverse, data selanjutnya dianalisis dengan program BioEdit. Namun sebagian besar data mengalami kerusakan ter-utama pada sampel-sampel dengan menggunakan primer reverse. Sehingga data yang dianalisis menggunakan primer forward terdiri dari 8 sampel (1 ayam kampung, 2 ayam leher gundul, 1 ayam walik dan 4 ayam arab). Berdasarkan hasil alignment panjang sekuen yang dihasilkan adalah 554 bp.

Rendahnya kualitas hasil sekuensing dapat disebabkan adanya Slippage, yaitu terdapat homopolymer A region atau T region yang panjang karena diduga kedua strand tidak berpasangan dengan tepat selama polimerisasi yang kemudian membentuk fragmen dengan panjang homopolymer yang berbeda namun dengan sekuen yang sama pada region tersebut (Viguera et al. 2001).

Produk hasil PCR diduga juga berpengaruh pada hasil sekuensing. Oleh karena itu sebaiknya dilakukan deteksi tingkat kemurnian DNA hasil ekstraksi dengan menghitung rasio antara nilai OD260 dan nilai OD280 menggunakan alat spektrofotometer. Rasio yang baikberkisar antara 1.8 sampai 2.0 (Muladno 2010). Selain itu, komposisi bahan pereaksi perlu diperhatikan karena mungkin kuali-tasnya telah menurun yang disebabkan salah satunya bahan yang digunakan telah kadaluarsa.

Karakteristik Gen GHRL pada Ayam Lokal Indonesia Homologi Gen GHRL

Hasil analisis homologi menunjukkan bahwa fragmen gen GHRL pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab memiliki persen-tase kesamaan yang tinggi yaitu sebesar 99% terhadap sekuen DNA gen GHRL yang diacu pada GenBank dengan kode akses AB158617 (Gallus gallus). Hasil analisis homologi dapat dilihat pada Tabel 1.

Tabel 1 Persentase homologi fragmen gen GHRL pada promotor, ekson 1 dan parsial intron 1

Kode Akses Deskripsi Homologi (%)

AB158617 Gen ghrelin pada Gallusgallus 99

AY303688 Gen ghrelin pada Gallus gallus 99

EU477526 Gen ghrelin pada ayam lokal china 99

6

(EU477526) dan juga terhadap ayam lokal China (AY303688) memiliki nilai yang sama yaitu sebesar 99%. Tingginya tingkat homologi sekuens fragmen gen GHRL memberikan keyakinan bahwa DNA ayam yang diuji adalah fragmen gen ghrelin (GHRL).

Deteksi Mutasi Gen Ghrelin

Perubahan pada sekuens DNA dapat menyebabkan mutasi. Hasil alignment fragmen gen GHRL pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab menunjukkan adanya situs mutasi sebanyak 3 situs (Tabel 2). Terjadi perubahan basa adenina (A) menjadi basa sitosina (C) yang merupakan mutasi tipe transversi, sedangkan mutasi tipe transisi terjadi antara basa timina (T) dengan basa sitosina (C) (Elrod 2006).

Tabel 2 Mutasi basa nukleotida fragmen gen GHRL pada promotor, ekson 1 dan parsial intron 1 Keterangan : * posisi mutasi berdasarkan GenBank AB158617

Sampel-sampel yang diteliti tidak memiliki perbedaan yang spesifik, karena perubahan basa yang terjadi pada setiap posisi mutasi sama atau seragam pada ayam-ayam yang diteliti. Hal ini dikarenakan letak dari fragmen gen GHRL masih parsial, jadi kemungkinan akan terjadi perbedaan pada ekson dan intron yang lain selain ekson dan intron 1.

Komposisi Basa Nukleotida Gen Ghrelin

Secara umum, komposisi nukleotida fragmen gen GHRL pada ayam kam-pung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab menunjukkan komposisi yang sama (Tabel 3). Komposisi A dan T dari gen GHRL pada ayam-ayam tersebut adalah 65.2% sedangkan komposisi C dan G adalah 34.8%.

Tabel 3 Rataan komposisi basa nukleotida sekuen fragmen gen GHRL*

7 Rataan komposisi basa nukleotida sekuen fragmen gen GHRL pada ayam-ayam yang ditealiti menunjukkan bahwa persentase komposisi A dan T lebih tinggi dibandingkan komposisi C dan G. Hal ini dikarenakan sebagian besar frag-men gen GHRL terletak pada promotor yang merupakan awal terjadinya proses transkripsi dimana DNA akan berubah menjadi untai tunggal. Pasangan A dan T akan lebih cepat terpisah menjadi untai tunggal dibandingkan pasangan basa G dan C karena pasangan A dan T memiliki dua ikatan hidrogen sedangkan basa G dan C memiliki tiga ikatan hidrogen (Muladno 2010). Oleh karena itu, komposisi basa A dan T baik pada fragmen gen GHRL ayam-ayam yang diteliti maupun pada sekuen GenBank lebih tinggi dibandingkan basa G dan C.

Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik Fragmen Gen GHRL Jarak Genetik Fragmen Gen GHRL

Hasil analisis fragmen pada ayam lokal Indonesia diperoleh data jarak genetik seperti disajikan pada Tabel 4. Jarak genetik menghasilkan nilai terendah 0.000 dan tertinggi 0.015. Jarak genetik antara ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab memiliki nilai yang sama. Hal ini dikarenakan daerah parsial 554 bp memiliki basa nukleotida yang sama antar individu ayam.

Tabel 4 Jarak genetik berdasarkan metode pairwise distance

Jarak genetik dimaksudkan untuk mengukur kekerabatan antar masing-masing ayam yang diteliti. Semakin tinggi jarak genetik setiap individu ayam maka semakin jauh kekerabatan antar ayam tersebut, sebaliknya semakin rendah jarak genetiknya maka kekerabatannya semakin dekat.

Pohon Filogenetik Fragmen Gen GHRL

8

Gambar 3 Konstruksi pohon filogenetik antar individu ayam berdasarkan metode Neighbor-Joining.

Konstruksi pohon filogenetik menghasilkan 2 kelompok. Kelompok yang pertama adalah ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab yang berada satu kelompok dengan sekuen GenBank AB158617 dan EU477526. Hal ini mengindikasikan bahwa sekuen fragmen gen GHRL ayam yang diteliti sangat mirip dengan Gallus gallus (Red Jungle Fowl). Sebaliknya fragmen gen GHRL ayam yang diteliti terpisah dari kelompok kedua yang merupakan sekuen dari GenBank ayam lokal China dengan kode akses AY303688.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Hasil karakterisasi sekuen gen GHRL pada ayam kampung, ayam leher gundul, ayam walik dan ayam arab terdapat beberapa situs mutasi yaitu perubahan basa adenina menjadi sitosina, timina menjadi sitosina dan sitosina menjadi timina. Komposisi nukleotida antara adenina dengan timina dan sitosina dengan guanina tidak berbeda baik pada semua sampel penelitian maupun pada sekuen Genbank. Berdasarkan rekonstruksi pohon filogenetik ayam-ayam yang diteliti belum dapat dibedakan menggunakan fragmen parsial gen GHRL, sedangkan apabila diban-dingkan dengan GenBank terdapat perbedaan dengan sekuen dari ayam lokal China.

Saran

Perlu dilakukan penelitian untuk karakterisasi fragmen gen ghrelin ayam lokal Indonesia secara total. Selain itu, perlu dilakukan analisis lebih lanjut pada titik mutasi yang ditemukan dengan menentukan genotipe menggunakan

AB158617 Gallus gallus

Ayam Kampung

Ayam Leher gundul

Ayam Arab

EU477526 Gallus gallus

Ayam Arab(3)

Ayam Arab(2)

Ayam Arab(4)

Ayam Leher gundul(2)

Ayam Walik

AY303688 Gallus gallus (ayam lokal China)

9 katan PCR Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) yang diharapkan dapat berpotensi sebagai Marker Assisted Selection (MAS) untuk menunjang program seleksi secara molekuler.

DAFTAR PUSTAKA

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipmsn DJ. 1990. Basic local alignment tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.

[DPKH] Direktorat Jendral Peternakan dan Kesehatan Hewan. 2012. Statistik Peternakan dan Kesehatan Hewan 2011. Jakarta (ID): Departemen Pertanian RI.

Elrod SL, Stansfield WD. 2006. Schaum’s outlines: Genetika. Ed ke-4. Jakarta (ID): Penerbit Erlangga.

Kaiya, HS, Van Der Geyten, Kojima M, Hosoda H, Kitajima Y, Matsumoto M, Geelissen S, Darras VM, Kangawa K. 2002. Chicken ghrelin: Purification, cDNA cloning, and biological activity. Endocrinology. 143:3454-3463. doi:10.1210/en.2002-220255.

Korbonits M, Goldstone AP, Gueorguiev M, Grossman AB. 2004. Ghrelin a hormone with multiple functions. Neuroendocrinol. 25:27–68.

Kojima M, Kangawa K. 2005. Ghrelin: structure and function. Physiol Rev. 85:495-522. doi:10.1152/physrev.00012.

Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Ed ke-2. Bogor (ID): IPB Pr. Nataamijaya AG. 2000. The native chickens of Indonesia. Bul. Plasma Nutfah.

6(1): 16.

Nie Q, Lei M, Oouyang Z, Zeng H, Yang G, Zhang X. 2005. Identification and characterization of single nucleotide polymorphism in 12 chicken growth-correlated genes by denaturing high performance liquid chromatography. Gen Sel. 37:339-360.doi:10.1051/gse:2005005.

[PPRI] Peraturan Pemerintah Republik Indonesia. 2011. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 2011 tentang Sumberdaya Genetik dan Pembibitan Ternak. Jakarta (ID): Presiden RI.

Richards MP, Poch SM, McMurtry JP. 2006. Characterization of turkey and chicken ghrelin genes, and regulation of ghrelin and ghrelin receptor mRNA levels in broiler chickens. Endocrinology. 145:298-310.

Saitou N, Nei M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for recons-truction of phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 4:406-25.

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. USA (US): CSH Laboratory Pr.

Tamura K, Kumar S. 2012. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Software. Arizona (US): Arizona State University.

Van Der Lely AJ, Tschop M, Heiman ML, Ghigo E. 2004. Biological, physiological, pathophysiological and pharmacological aspects of ghrelin. Endocrine Rev. 25(3):426-457. doi:10.1210/er.2002-0029.

10

LAMPIRAN

Lampiran 1 Panjang fragmen gen GHRL berdasarkan GenBank dengan kode akses AB158617

Keterangan:

11

Lampiran 2 Hasil alignment (pensejajaran) sekuens fragmen gen GHRL dengan sekuen GenBank kode akses AB158617

12

AB158617 ACATACAGGT AAAAAGTCAG AATAATGCTT TTTTGAAATT GTCTTCCTCT AY303688 ... ... ... ... ...

13

Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 4 Mei 1991 sebagai anak tunggal dari pasangan bapak Ading Santosa dan ibu Onih Liani. Penulis mengenyam pendidikan selama tiga tahun (2003-2006) di SMP PGRI Gunung Picung. Pada tahun 2009 penulis lulus dari SMA Negeri 1 Cibungbulang dan pada tahun yang sama penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB dan diterima di Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan.