ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS
MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS
Channa striata
(Bloch, 1793)
TIA OKTAVIANI
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793)” adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.
ABSTRAK
TIA OKTAVIANI. Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793). Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan RUDHY GUSTIANO.
Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi sumber daya genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. Analisis RAPD dilakukan dengan menggunakan primer OPA-02, OPA-04, dan OPA-07. Truss morfometrik dilakukan dengan mengukur 21 karakter pada tubuh ikan yang diamati. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi dari Sumatera dan Kalimantan, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi Kalimantan dan Jawa memiliki jarak genetik tertinggi yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan pengukuran truss morfometrik dari populasi Sumatera dan Kalimantan mencapai 50%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik populasi Kalimantan memiliki nilai yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi dari Jawa dan Sumatera. Kata kunci: RAPD, morfometrik, ikan gabus, Channa
ABSTRACT
TIA OKTAVIANI. Analysis Genetic Variability and Truss Morphometric Three Populations of Snakehead Fish Channa Striata (Bloch, 1793). Survised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and RUDHY GUSTIANO.
In order to manage genetic resouces for aquaculture development of snakehead fish, the evaluation of genetic variability of three populations from different geographical areas is needed to be performed. The purpose of this study is to identify the genotype and phenotype of snakehead fish from Jawa, Sumatera and Kalimantan using RAPD and truss morphometric. RAPD method used OPA-02, OPA-04 and OPA-07 primers was conducted to type the genotypes. Twenty one measurement of truss morphometric was done on the body of fish observed. The results showed that population from Java had highest percentage of polymorphism and heterozygosity than Sumatera and Kalimantan fish population that was, 83,33% and 0,3655. The population from Kalimantan and Jawa had the highest genetic distance was 0,1908. Population from Sumatera and Kalimantan had interpopulation relationship based on the similarity of truss morphometric was 50%. Coefficien of morphometric variation data showed that population of snakehead fish from Kalimantan was higher than Jawa and Sumatera.
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan
pada
Departemen Budidaya Perairan
TIA OKTAVIANI
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
2013
ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS
MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS
Judul Skripsi : Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793)
Nama : Tia Oktaviani NIM : C14090013
Program Studi : Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya
Disetujui oleh
Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA Pembimbing I
Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir Sukenda, M Sc Ketua Departemen
PRAKATA
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunianya sehingga penyusunan skripsi dengan judul “Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793)” dapat diselesaikan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari 2013 sampai Mei 2013 bertempat di Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar Bogor, Jawa Barat.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Ayahanda E. Kusnadi dan Ibunda E. Muryati, serta Kakak Sri Mulyani atas doa, kasih sayang, dan dukungannya.
2. Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA selaku pembimbing I serta Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc selaku pembimbing II atas segala bimbingan, arahan, nasehat serta motivasinya dalam menyelesaikan skripsi ini.
3. Dr Ir Sukenda, M Sc selaku Pembimbing Akademik dan Dosen Penguji Tamu yang telah memberikan arahan dan motivasi kepada penyusun.
4. Ibu Irin Iriana, Mba Sri Sundari, Mba Vera, Mas Glen, Ibu Iis serta seluruh pegawai BPPBAT atas bantuannya selama penelitian berlangsung.
5. Teman-teman terbaik (Peni, Yumi, Orin, Atul, Ita, Sharah, Puji) yang telah menemani hari-hari selama masa perkuliahan dan penelitian.
6. Keluarga besar BDP 46 terimakasih atas persahabatan, bantuan, dukungan, kerjasama, dan kebersamaannya selama ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Juli 2013
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL ... vii
DAFTAR GAMBAR ... vii
DAFTAR LAMPIRAN ... vii
PENDAHULUAN ... 1
Latar Belakang ... 1
Tujuan Penelitian ... 2
METODE ... 2
Materi Uji ... 2
Metode Penelitian ... 2
Analisis RAPD ... 2
Karakterisasi Fenotip Morfometrik ... 4
Prosedur Analisis Data ... 5
HASIL DAN PEMBAHASAN ... 5
Hasil ... 5
Profil RAPD ... 5
Keragaman Genetik Intrapopulasi ... 6
Uji Perbandingan Fst ... 6
Jarak Genetik ... 7
Karakter Morfometrik ... 7
Keragaman Fenotip Intrapopulasi... 8
Keragaman Fenotip Interpopulasi... 9
Koefisien keragaman (CV) Karakter Truss Morfometrik Ikan Gabus ... 9
Pembahasan ... 10
KESIMPULAN DAN SARAN ... 12
Kesimpulan ... 12
Saran ... 12
DAFTAR PUSTAKA ... 12
LAMPIRAN ... 14
DAFTAR TABEL
1 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus ... 3
2 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik ikan gabus ... 4
3 Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) populasi ikan gabus ... 6
4 Persentase polimorfisme dan heterozigositas tiga populasi ikan gabus ... 6
5 Uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus ... 7
6 Jarak genetik tiga populasi ikan gabus ... 7
DAFTAR GAMBAR
1 Pengukuran karakter truss morfometrik ... 42 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-02 ... 5
3 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-04 ... 5
4 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-07 ... 6
5 Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus ... 7
6 Rata-rata 21 karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus berdasarkan OPA-02, OPA-04, OPA-07 ... 8
7 Dendogram keragaman hubungan 21 fenotip truss morfometrik tiga populasi ikan gabus ... 8
8 Dendogram hubungan interopulasi tiga populasi ikan gabus berdasarkan kemiripan 21 fenotip truss morfometrik ... 9
9 Koefisien Keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik ... 10
DAFTAR LAMPIRAN
1 Hasil amplifikasi DNA pada tiga populasi ikan gabus ... 142 Rata-rata 21 karakter morfometrik (cm) ikan gabus ... 15
3 Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan gabus ... 16
4 Uji MANOVA (Levene’s Test) ... 16
5 Data truss morfometrik ikan gabus Jawa ... 17
6 Data truss morfometrik ikan gabus Sumatera ... 18
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Channa striata yang dikenal dengan beberapa nama lokal seperti gabus, haruan, gapo, delek atau jilo adalah salah satu ikan asli perairan Indonesia yang merupakan ikan konsumsi penting. Ikan gabus ini bernilai ekonomis, di daerah Banjar, Kalimantan Selatan, harga ikan gabus ini berkisar Rp 25 000 – Rp 60 000 per kilogram (Bijaksana 2010). Selain untuk konsumsi, ikan gabus juga banyak dimanfaatkan di bidang kesehatan. Saat ini, diketahui bahwa daging ikan gabus mengandung protein hingga 70% dan albumin hingga 21% (Kordi 2010). Menurut Shafri et al. (2012) kegunaan daging ikan gabus tersebut di bidang kesehatan dapat membantu mempercepat proses penyembuhan luka, ketahanan tubuh, anti nyeri, anti jamur dan anti bakteri. Selain itu juga, ekstrak ikan gabus juga digunakan sebagai pengganti serum albumin yang biasanya digunakan untuk penyembuhan luka operasi.
Ikan gabus sudah sejak lama dibudidayakan di Kalimantan, Sumatera, serta Sulawesi dengan cara membesarkan benih dari alam. Upaya pembenihannya secara terkontrol kini telah dilakukan di Balai Budidaya Air Tawar (BBAT) Mandiangin, Kalimantan Selatan (Kordi 2010). Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi keragaman genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan.
Keragaman genetik mempengaruhi kemampuan spesies untuk merespon perubahan lingkungan baik buatan maupun alami dalam proses adaptasi agar bertahan hidup. Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi memiliki peluang hidup yang lebih tinggi, karena banyak alternatif gen atau kombinasi gen yang tersedia untuk merespon perubahan kondisi lingkungan yang dihadapi (Dunham 2004). Oleh karena itu, evaluasi keragaman sumber daya genetik ikan gabus penting dilakukan untuk melihat potensi populasi bagi kepentingan program perbaikan genetik dan mengelola peranannya sebagai sumber biodiversitas dalam keseimbangan ekosistem.
Informasi keragaman genetik, status genetik, dan keunggulan sifat suatu populasi menjadi dasar kegiatan dalam melakukan program budidaya yang lestari dan pemuliaannya. Mempertahankan keragaman genetik populasi diharapkan dapat menghasilkan produksi benih unggul yang berkualitas secara kontinyu (Mulyasari 2009). Dalam hal ini, program seleksi genetis umum digunakan dalam kegiatan pembenihan diantaranya seleksi famili, yang dapat dilanjutkan dengan persilangan acak maupun terarah untuk stabilisasi populasi dan peningkatan jumlah populasi.
2
Keragaman genetik dapat pula diidentifikasi berdasarkan variasi fenotip morfologi diantaranya dengan metode truss morfometrik. Metode ini melakukan pengukuran dengan cara menghubungkan titik-titik spesifik pada tubuh ikan (Strauss dan Fuiman 1985). Keragaman genetik berdasarkan karakter morfologi pada umumnya lebih tinggi dibanding dengan ragam genetik karena dipengaruhi oleh faktor lingkungan eksternalnya. Teknik pengukuran keragaman genetik dengan metode pengukuran morfologi tetap dibutuhkan karena dapat dijadikan marka yang dapat dilihat secara langsung dan mudah dilakukan.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari tiga lokasi berbeda (Jawa, Sumatera, dan Kalimantan) menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik.
METODE
Materi Uji
Ikan gabus yang digunakan pada penelitian ini berasal dari tiga lokasi yaitu Jawa (Parung), Sumatera (Jambi), dan Kalimantan Selatan (Banjar). Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sebanyak 10 ekor setiap populasi. Sedangkan untuk pengukuran karakteristik morfometrik jumlah sampel yang digunakan sebanyak 22 ekor untuk populasi gabus Jawa, 14 ekor untuk populasi gabus Sumatera, dan 30 ekor untuk populasi gabus Kalimantan.
Metode Penelitian
Profil genotip ikan dianalisis menggunakan metode RAPD yang diawali dengan proses ekstraksi DNA genom, amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR dan elektroforesis. Sedangkan profil fenotip ikan gabus dianalisis menggunakan metode pengukuran karakter morfometrik.
Analisis RAPD
Proses ekstraksi DNA dimulai dengan diambilnya sirip dari setiap sampel ikan sebanyak 5-10 mg, yang kemudian dibilas dengan akuades sebanyak dua kali, dikeringkan dengan tissue, sirip dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml yang kemudian dilisiskan dengan menambahkan larutan urea sebanyak 500 μl dan
3
sebanyak 1000 μl dan Na-asetat sebanyak 10 μl yang kemudian divortex dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Setelah disentrifugasi, supernatan dibuang dan pellet DNA dikering anginkan hingga etanol menguap. Terakhir pellet DNA dilarutkan dengan menambahkan rehydration solution atau TE-EDTA buffer sebanyak 100 μl. DNA yang belum akan digunakan dalam jangka waktu lama disimpan pada suhu 2-8°C.
Proses amplifikasi DNA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) diawali dengan seleksi primer. Hal ini dilakukan untuk mendapatkan jenis primer yang sesuai. Primer-primer yang diuji cobakan, yaitu primer OPA-09, OPA-11, OPA-15, OPA-16, dan OPA-20. Program PCR yang diuji cobakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 5 menit, annealing pada suhu 55 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 1,5 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 5 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 45 siklus (Ambak et al. 2006). Namun dari hasil PCR ini tidak didapat DNA yang teramplifikasi. Selanjutnya dilakukan kembali uji coba dengan menggunakan primer OPA-02, OPA-03, OPA-04, OPA-07, OPA-11, OPA-20, dan OPC-05 Program PCR yang digunakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 40 detik, annealing pada suhu 35 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 2 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 40 siklus (Hassanien et al. 2004). Hasil PCR dari ketiga primer, yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 menghasilkan amplifikasi DNA lebih banyak dibandingkan primer-primer yang lain. Berdasarkan hal tersebut maka ketiga primer inilah yang digunakan pada penelitian kali ini. Berikut ini merupakan deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus.
Tabel 1 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus
Primer Urutan Basa (5’-3’)
OPA-02 GAAACGGGTG
OPA-04 AATCGGGCTG
OPA-07 TGCCGAGCTG
Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan metode PCR dengan komposisi
bahan 1 μl DNA template, 1 μl primer, 10,5 μl akuades,dan 12,5 μl taq polymerase dengan volume total sebanyak 25 μl. Setelah itu dihomogenkan dengan vortex dan spindown yang kemudian dimasukkan ke dalam mesin PCR. Program PCR yang digunakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 40 detik, annealing pada suhu 35 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 2 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 40 siklus.
4
sumur gel dengan menggunakan sisir gel. Gel dibiarkan membeku, setelah membeku sisir gel diambil dengan hati-hati. Gel kemudian ditempatkan pada alat tangki elektroforesis dengan posisi lubang berada pada kutub negatif. DNA hasil
PCR sebanyak 10 μl dicampurkan dengan loading dye sebanyak 3 μl agar pita DNA dapat terlihat pada cahaya ultraviolet. Campuran tersebut dimasukkan ke dalam sumur-sumur yang kemudian dielektroforesis pada gel agarose 2% (w/v) dalam larutan TBE dan tegangan 100 volt selama ±30 menit untuk mengukur laju migrasi DNA. Gene Ruler 100bp DNA Loader digunakan sebagai standar untuk menentukan ukuran fragmen hasil amplifikasi. Gambar difoto dengan menggunakan kamera pollaroid serta kamera digital untuk keperluan dokumentasi.
Karakterisasi fenotip morfometrik
Ikan gabus pada setiap populasi dipilih berdasarkan kelengkapan anggota tubuhnya. Selanjutnya dilakukan pemilihan titik-titik truss di tubuh ikan (Gambar 1). Metode pengukuran dilakukan dengan menghubungkan jarak titik-titik spesifik yang bersifat pasti padatubuh (Tabel 2).
Gambar 1 Pengukuran karakter truss morfometrik Tabel 2 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik ikan gabus
No Bidang Truss Kode Deskripsi Jarak
1 Kepala A1 Ujung mulut bagian atas - bagian akhir tulang kepala 2 A2 Ujung mulut bagian atas - ujung bawah operculum 3 A3 Ujung bawah operculum - awal sirip perut 4 A4 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip perut 5 A5 Ujung mulut bagian atas - awal sirip perut
6 A6 Ujung bawah operculum - bagian akhir tulang kepala 7 Tengah Tubuh B1 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip punggung
8 B2 Awal sirip perut - awal sirip anal
9 B3 Awal sirip punggung - awal sirip anal
10 B4 Awal sirip perut - awal sirip punggung 11 B5 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip anal 12 Tubuh Belakang C1 Awal sirip punggung - akhir sirip punggung 13 C2 Awal sirip anal - akhir sirip anal
14 C3 Akhir sirip punggung - akhir sirip anal
15 C4 Awal sirip punggung- akhir sirip anal
5
Prosedur Analisis Data
Keragaman genetik dan uji perbandingan Fst dianalisis menggunakan program TFPGA (Tools for Population Genetic Analysis). Sedangkan hubungan kekerabatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program UPGMA (Unweighted Pair Methods with Arithmetic Average) dan disajikan dalam bentuk dendrogram. Data seluruh pengukuran morfometrik dikonversi ke dalam rasio antara setiap pengukuran dibagi dengan panjang standar. Data rasio ukuran dianalisis menggunakan analisa pengelompokkan (cluster analysis) untuk mengevaluasi keragaman intrapopulasi dan interpopulasi ikan gabus. Analisis keragaman morfologis antar lokasi dilakukan secara deskriptif dengan membandingkan koefisien keragaman (CV).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Profil RAPD
Hasil amplifikasi DNA menggunakan tiga primer, yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 pada ketiga populasi ikan gabus disajikan pada Gambar 2, 3 dan 4. DNA teramplifikasi pada setiap lokus populasi dan bervariasi dalam jumlah situs amplifikasinya. Hasil amplifikasi DNA selengkapnya disajikan pada Lampiran 1.
Gambar 2 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-02
6
Gambar 4 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-07 Keragaman profil RAPD yang meliputi jumlah dan ukuran fragmen DNA pada tiga populasi ikan gabus disajikan pada tabel 3. Jumlah fragmen dari tiga lokus RAPD pada ketiga populasi berkisar paling sedikit 13 fragmen dan paling banyak 27 fragmen. Ikan gabus Kalimantan memiliki jumlah fragmen berkisar 19-27. Ikan gabus Jawa dan Sumatera masing-masing memiliki jumlah fragmen berkisar 13-25 dan 17-25. Kisaran ukuran fragmen populasi gabus Jawa dan Kalimantan memiliki nilai yang sama yaitu 120-3000 bp, sedangkan ikan gabus sumatera memiliki kisaran ukuran lebih pendek yaitu 120-2000 bp.
Tabel 3 Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) tiga populasi ikan gabus
Populasi Ikan Gabus Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Fragmen
(bp)
Jawa 13 – 25 120 – 3000
Sumatera 17 – 25 120 – 2000
Kalimantan 19 – 27 120 – 3000
Keragaman Genetik Intrapopulasi
Tabel 4 dibawah ini menunjukkan persentase polimorfisme dan heterozigositas pada ketiga populasi ikan gabus. Populasi ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi lainnya, yaitu 83,33% dan 0,3655. Sedangkan pada ikan gabus Kalimantan sebesar 80,55% dan 0,3552, serta ikan gabus Sumatera sebesar 69,44% dan 0,2811.
Tabel 4 Persentase polimorfisme dan heterozigositas tiga populasi ikan gabus
Populasi Ikan Gabus Polimorfisme (%) Heterozigositas
Jawa 83,33 0,3655
Sumatera 69,44 0,2811
Kalimantan 80,55 0,3252
Uji Perbandingan Fst
7 genetik yang nyata antara populasi gabus Jawa dengan gabus Sumatera dan Kalimantan (p≤ 0,05), dan tidak terdapat perbedaan yang nyata antara populasi gabus Kalimantan dengan Sumatera.
Tabel 5 Uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus
Populasi Ikan Gabus Jawa Sumatera Kalimantan
Jawa ***** ***** *****
Sumatera 0,0020* ***** *****
Kalimantan 0,0137* 0,1003 *****
Keterangan : * berbeda nyata (p≤ 0,05)
Jarak Genetik
Tabel 6 berikut ini menyajikan jarak genetik masing masing populasi ikan gabus berdasarkan keragaman RAPD menggunakan primer OPA-02, OPA-04, dan OPA-07. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Sumatera memiliki jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan jarak genetik tertinggi adalah antara populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Populasi ikan gabus Sumatera dan gabus Jawa memiliki nilai jarak genetik sebesar 0,1755. Hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus dapat digambarkan dalam bentuk dendrogram interpopulasi (Gambar 5). Dendrogram merupakan hasil gabungan analisis dari tiga primer yang mengelompokkan populasi berdasarkan tingkat kemiripan genetik. Pada Gambar 5 terlihat bahwa hubungan kekerabatan genetik populasi gabus Sumatera dengan gabus Kalimantan membentuk satu cluster, sedangkan populasi gabus Jawa terpisah dari cluster pertama.
Tabel 6 Jarak genetik tiga populasi ikan gabus
Populasi Ikan Gabus Jawa Sumatera Kalimantan
Jawa ***** ***** *****
Sumatera 0,1755 ***** *****
Kalimantan 0,1908 0,1170 *****
Gambar 5 Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus berdasarkan keragaman OPA-02,OPA-04, OPA-07
Karakter Morfometrik
8
digambarkan dalam diagram batang (Gambar 6) serta disajikan dalam tabel distribusi (Lampiran 2).
Gambar 6 Rata-rata 21 karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus
Diagram batang di atas menunjukkan bahwa karakter C1 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung) pada setiap populasi memiliki nilai rata-rata tertinggi dibandingkan dengan karakter lainnya. Sedangkan karakter D1 (akhir sirip punggung-awal sirip ekor atas) memiliki nilai rata-rata terendah dibandingkan dengan karakter lainnya. Pada Gambar 6 juga terlihat bahwa populasi gabus Sumatera memiliki nilai rata-rata lebih tinggi dibanding populasi lainnya, sedangkan populasi gabus Jawa memiliki nilai rata-rata lebih rendah dibanding dua populasi lainnya.
Keragaman Fenotip Intrapopulasi
Keragaman morfometrik antar individu dalam populasi berdasarkan 21 karakter fenotipe morfometrik pada tiga populasi ikan gabus disajikan pada Gambar 7. Berdasarkan hubungan 21 fenotip morfometrik populasional menunjukkan pemisahan variasi sebaran karakter dalam dua cluster. Kelompok 1 (A1, B4, B2, D2, B3, C2, C1, C4, D3, C5, dan D5) memiliki kemiripan karakter berkisar 56,4 - 99,9%. Karakter kelompok 2 (A2, A5, A6, A4, B5, B1, D4, C3, D1, dan A3) memilki kemiripan karakter berkisar 50,6 - 99,9%. Berdasarkan uji MANOVA (Levene’s Test) keragaman karakter B4 berbeda nyata (p≤0,05) terhadap karakter lainnya (Lampiran 4).
9
Keragaman Fenotip Interpopulasi
Berikut ini merupakan dendrogram hubungan kemiripan karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus (Gambar 8). Berdasarkan hubungan kemiripan fenotip morfometrik tiga populasi ikan gabus yang digambarkan dalam bentuk dendrogram di atas menunjukkan hubungan yang dekat antara gabus Sumatera dan gabus Kalimantan, sedangkan gabus Jawa memiliki hubungan yang lebih jauh dibandingkan dengan dengan dua populasi lainnya. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%.
Gambar 8 Dendrogram hubungan interpopulasi tiga populasi ikan gabus berdasarkan kemiripan 21 fenotip truss morfometrik
Koefisien Keragaman (CV) Karakter Truss Morfometrik Ikan Gabus
10
Gambar 9 Koefisien Keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik
Pembahasan
Adanya perbedaan jumlah fragmen dan kisaran situs fragmen sangat menentukan tingkat polimorfisme. Menurut Mardiana (2007), perbedaan polimorfisme pita DNA yang dihasilkan tergantung pada situs penempelan primer dan dapat digunakan untuk memberikan gambaran mengenai tingkat keragaman genetik suatu populasi. Populasi ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas paling tinggi dibandingkan populasi lainnya. Diikuti oleh populasi ikan gabus Kalimantan dan Sumatera. Polimorfisme dan heterozigositas menunjukkan potensi kemampuan adaptasi terhadap lingkungannya, karena semakin tinggi heterozigositas maka semakin banyak pula gen yang terlibat dalam menyumbangkan tingkat kebugaran suatu populasi. Polimorfisme adalah ukuran keragaman genetik yang didasarkan pada besarnya proporsi lokus polimorf terhadap total lokus yang teridentifikasi. Heterozigositas adalah ukuran keragaman genetik berdasarkan jumlah individu heterozigot dari seluruh individu dalam contoh (Soewardi 2007).
Ketiga populasi ikan gabus yang diamati terlihat memiliki nilai polimorfisme dan heterozigositas yang tinggi dan diharapkan memiliki peluang hidup yang lebih baik untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Pada populasi di alam tingkat keragaman genetiknya lebih tinggi dibandingkan dengan populasi budidaya. Keragaman genetik yang lebih tinggi menunjukkan kemampuan berdaptasi lebih baik dengan perubahan lingkungan yang fluktuatif sehingga bisa bertahan hidup. Spesies yang berada di alam memiliki variasi genetik yang lebih besar dan terbentuk selama proses adaptasi terhadap kondisi alam yang fluktuatif (Tave 1986).
Uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan terdapat perbedaan keragaman genetik yang nyata antara populasi gabus Sumatera dengan gabus Jawa (p≤0,05), dan antara populasi gabus Kalimantan dengan gabus Jawa, sedangkan gabus Kalimantan dengan gabus Sumatera tidak berbeda nyata. Menurut Mulyasari (2009), beda nyata antar populasi mengindikasikan adanya perbedaan keragaman genetik antar populasi tersebut. Sedangkan populasi yang tidak berbeda nyata menunjukkan banyaknya kesamaan genetik antar populasi.
Analisa terhadap kekerabatan memperlihatkan bahwa jarak genetik populasi ikan gabus Kalimantan dan Sumatera lebih dekat dibandingkan dengan
0,000
A1A2A3A4A5A6B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5D1D2D3D4D5
11 populasi dari Jawa. Secara umum semakin rendah jarak genetik diantara populasi-populasi yang diamati, maka semakin banyak kemiripan antar populasi-populasi tersebut. Sehingga dapat dikatakan bahwa populasi gabus Kalimantan memiliki banyak kemiripan genetik dengan populasi gabus Sumatera. Jarak genetik yang dekat antar populasi ini menunjukan adanya aliran genetik (gene flow) antar populasi tersebut, serta adanya interaksi genetik dari reproduksi.
Hal tersebut diduga terjadi karena pada masa Cenozoic dan Pliestocene, Semenajung Malaya, Sumatera, Kalimantan dan Jawa bersatu yang disebut juga Paparan Sunda. Di wilayah tersebut, terutama di Malaya Timur dan Barat Daya, Sumatera Utara, Kalimantan Barat dan Barat Daya serta Laut Jawa mengalir sebuah sungai yang dikenal dengan nama Sungai Sunda Besar. Pada saat itu kemungkinan ikan-ikan yang hidup di sungai tersebut meluas dan menyebar keseluruh wilayah yang dialirinya. Salah satu ikan yang terdapat di sungai tersebut adalah ikan gabus (Hadiaty 2001). Namun ketika bumi berevolusi dan es mencair, wilayah tersebut menjadi daratan yang terpisah satu dengan lainnya yang menyebabkan populasi ikan gabus terisolasi secara geografis dan kemudian membentuk populasinya masing-masing.
Pengujian terhadap hubungan 21 karakter morfometrik populasi menunjukkan adanya pemisahan dalam dua cluster, yang menunjukkan bahwa dalam cluster yang sama populasi memiliki kemiripan morfometrik yang kuat. Karakter B4 merupakan satu-satunya karakter yang memiliki yang berbeda nyata. Karakter B4 ini diduga menjadi pembeda antara ketiga populasi ikan gabus dan sangat dipengaruhi oleh lingkungan. Hal ini sesuai dengan pernyataan Mulyasari (2009) bahwa ekspresi fenotip truss morfometrik sangat dipengaruhi oleh lingkungan dan selebihnya merupakan kontribusi yang berasal dari penjumlahan keragaman genetik serta interaksi antara variasi lingkungan dan genetik.
Populasi gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman lebih tinggi dibanding dua populasi lainnya. Hal ini diduga terjadi karena adanya masalah ekspresi fenotip pada populasi gabus Kalimantan yang dipengaruhi oleh faktor lingkungannya. Menurut Slamat (2009) salah satu jenis ekosistem perairan yang cukup luas yang terdapat di Kalimantan adalah perairan rawa. Keadaan lingkungan di perairan rawa bersifat dinamik dan berfluktuatif secara periodik. Perubahan kulitas air berganti karena perubahan musim, yaitu pada kondisi banjir kualitas air normal, namun pada saat surut kualitas airnya menjadi bangai atau kondisi kualitas air menjadi buruk akibat pembusukan bahan organik sehingga menyebabkan ikan mengalami stress.
12
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi gabus Kalimantan dan gabus Sumatera, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Sumatera memiliki nilai jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan jarak genetik tertinggi adalah antara populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik ikan gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman yang lebih tinggi dibanding populasi Jawa dan Sumatera.
Saran
Tingkat keragaman genetik yang tinggi dapat dipertimbangkan sebagai dasar seleksi populasi dalam pembentukan calon induk untuk kegiatan budidaya. Perlu dilakukan analisis ragam genetik populasi dari daerah penyebaran ikan gabus di Indonesia selain Jawa, Sumatera, Kalimantan.
DAFTAR PUSTAKA
Ambak MA, Abol MAB, Patimah I, Bui MT. 2006. Genetic variation of snakehead fish (Channa striata) population using random amplified polymorphic DNA. Biotechnology. 5 (1): 104-110.
Bijaksana U. 2010. Kajian fisiologi reproduksi ikan gabus, Channa striata Blkr di dalam wadah dan perairan rawa sebagai upaya domestikasi [disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Dunham RA. 2004. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach. Cambridge (US): CABI Publishing.
Hadiaty RK. 2001. Fauna ikan di cagar alam Muara Kendawang, Kalimantan Barat. Jurnal Iktiologi Indonesia. 1(2): 1-9.
Hassanien HA, Mohumad E, Ali O, Hania I. 2004. Genetic diversity of nile tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Aquaculture Research: 35, 587-593.
Kordi M. 2010. Buku Pintar Pemeliharaan 14 Ikan Air Tawar Ekonomis di Keramba Jaring Apung. Yogyakarta (ID): Lily Publisher.
Lestari D. 2012. Evaluasi kergaman fenotipe truss morfometrik ikan nilem untuk pengembangan budidaya ikan nilem [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
13 Mulyasari. 2009. Karakteristik fenotipe morfometrik dan keragaman genotipe
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ikan nilem (Osteochilus hasselti) di Jawa Barat [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Shafri MA, Abdul M. Therapeutic potential of haruan (Channa striata): from food to medicinal uses. Mal J Nutr. 18(1): 125-136.
Slamat. 2009. Keragaman genetik ikan betok (Anabas testudineus Bloch) pada tiga tipe ekosistem perairan rawa di Provinsi Kalimantan Selatan [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdata Perikanan dan Kelautan. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Strauss RE, Fuiman LA. 1985. Quantitative comparisons of body form and allometry in larval and adult Pacific sculpin (Teleostei: Cottidae). Can. J. Zool. 63: 1582-1589.
14
LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil amplifikasi DNA pada 3 populasi ikan gabus
(Gabus Jawa OPA-02) (Gabus Kalimantan OPA-02)
(Gabus Sumatera OPA-02) (Gabus Jawa OPA-04)
(Gabus Kalimantan OPA-04) (Gabus Sumatera OPA-04)
(Gabus Jawa OPA-07) (Gabus Kalimantan OPA-07)
15 Lampiran 2 Rata-rata 21 karakter morfometrik (cm) ikan gabus
Karakter yang diukur Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan
A1 2,600±0,509 4,571±1,115 4,165±1,026
A2 2,866±0,476 4,500±1,024 4,043±0,934
A3 2,157±0,516 3,911±0,997 3,283±1,183
A4 3,093±0,496 5,246±1,216 4,413±1,387
A5 4,889±0,819 8,229±1,862 7,230±1,910
A6 2,041±0,352 3,436±0,929 3,013±0,788
B1 2,336±0,453 3,475±0,817 2,932±0,945
B2 2,802±0,506 5,064±1,438 4,528±1,314
B3 3,618±0,676 6,632±1,715 5,647±1,706
B4 2,309±0,377 4,143±0,978 3,727±1,766
B5 5,450±0,963 9,382±2,265 7,755±2,640
C1 7,893±1,500 15,061±4,286 12,947±3,895
C2 4,905±1,005 9,246±2,730 7,775±2,346
C3 1,375±0,323 2,436±0,618 2,030±0,649
C4 7,782±1,507 14,675±4,099 12,548±3,754
C5 5,582±1,134 10,400±3,038 8,747±2,635
D1 0,882±0,298 1,571±0,461 1,237±0,420
D2 1,155±0,242 2,004±0,468 1,788±0,579
D3 1,277±0,255 2,414±0,709 2,117±0,654
D4 1,552±0,296 2,739±0,666 2,345±0,711
16
Lampiran 3 Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan gabus
Karakter yang diukur Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan
A1 0,125 0,069 0,237
Lampiran 4 Uji MANOVA (Levene’s Test)
Lampiran 5 Data truss morfometrik gabus Jawa
No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5
1 GB1 0,223 0,232 0,156 0,228 0,379 0,156 0,161 0,259 0,268 0,179 0,442 0,567 0,362 0,170 0,571 0,406 0,076 0,089 0,129 0,138 0,161 2 GB2 0,215 0,211 0,193 0,237 0,396 0,156 0,170 0,207 0,281 0,174 0,411 0,585 0,330 0,089 0,574 0,370 0,056 0,096 0,085 0,119 0,111
3 GB3 0,185 0,220 0,155 0,233 0,366 0,168 0,177 0,228 0,254 0,181 0,384 0,608 0,379 0,095 0,595 0,418 0,047 0,078 0,095 0,108 0,121 4 GB4 0,203 0,174 0,189 0,209 0,355 0,137 0,174 0,218 0,267 0,134 0,401 0,599 0,375 0,078 0,602 0,390 0,058 0,067 0,084 0,099 0,105
5 GB5 0,166 0,218 0,140 0,212 0,345 0,132 0,179 0,199 0,267 0,142 0,402 0,580 0,376 0,093 0,580 0,409 0,062 0,098 0,093 0,106 0,124 6 GB6 0,157 0,202 0,169 0,242 0,359 0,089 0,206 0,206 0,262 0,165 0,427 0,609 0,371 0,089 0,597 0,411 0,060 0,093 0,089 0,153 0,121
7 GB7 0,177 0,188 0,177 0,222 0,357 0,132 0,169 0,213 0,258 0,152 0,404 0,607 0,368 0,084 0,590 0,407 0,062 0,073 0,090 0,098 0,121 8 GB8 0,201 0,225 0,168 0,254 0,381 0,156 0,180 0,201 0,295 0,197 0,426 0,598 0,357 0,107 0,598 0,639 0,066 0,086 0,102 0,127 0,135
9 GB9 0,195 0,258 0,137 0,247 0,389 0,205 0,179 0,221 0,279 0,189 0,426 0,568 0,347 0,089 0,568 0,384 0,063 0,063 0,084 0,100 0,111 10 GB10 0,216 0,212 0,187 0,244 0,389 0,155 0,170 0,191 0,290 0,184 0,413 0,633 0,413 0,131 0,629 0,442 0,067 0,095 0,117 0,141 0,145
11 GB11 0,177 0,206 0,152 0,235 0,352 0,139 0,174 0,219 0,281 0,181 0,416 0,584 0,361 0,097 0,584 0,403 0,068 0,081 0,097 0,119 0,126 12 GB12 0,172 0,209 0,149 0,239 0,347 0,142 0,194 0,216 0,287 0,175 0,429 0,586 0,358 0,086 0,582 0,396 0,060 0,090 0,090 0,112 0,116
13 GB13 0,167 0,210 0,171 0,254 0,369 0,147 0,222 0,206 0,266 0,175 0,440 0,567 0,341 0,139 0,552 0,393 0,048 0,091 0,095 0,111 0,119 14 GB14 0,194 0,202 0,169 0,236 0,364 0,157 0,202 0,219 0,264 0,178 0,421 0,570 0,347 0,107 0,554 0,405 0,066 0,091 0,099 0,116 0,140
15 GB15 0,171 0,186 0,171 0,233 0,349 0,147 0,178 0,198 0,271 0,178 0,407 0,597 0,372 0,093 0,585 0,419 0,062 0,101 0,093 0,116 0,128 16 GB16 0,167 0,255 0,137 0,230 0,363 0,167 0,196 0,265 0,304 0,142 0,471 0,627 0,353 0,098 0,608 0,407 0,064 0,098 0,093 0,118 0,123
17 GB17 0,206 0,238 0,140 0,234 0,364 0,168 0,173 0,206 0,280 0,187 0,411 0,584 0,355 0,103 0,579 0,402 0,061 0,093 0,093 0,117 0,126 18 GB18 0,233 0,179 0,183 0,200 0,358 0,150 0,150 0,175 0,208 0,150 0,333 0,588 0,421 0,092 0,571 0,458 0,096 0,075 0,083 0,108 0,113
19 GB19 0,238 0,234 0,164 0,242 0,385 0,193 0,160 0,197 0,270 0,213 0,385 0,574 0,361 0,107 0,549 0,422 0,074 0,111 0,107 0,143 0,148 20 GB20 0,209 0,205 0,162 0,232 0,354 0,185 0,152 0,205 0,265 0,199 0,381 0,603 0,377 0,119 0,589 0,430 0,066 0,076 0,096 0,126 0,126
21 GB21 0,229 0,236 0,162 0,225 0,391 0,158 0,151 0,204 0,268 0,173 0,391 0,599 0,387 0,134 0,581 0,419 0,039 0,085 0,113 0,116 0,120 22 GB22 0,215 0,285 0,115 0,250 0,396 0,177 0,158 0,200 0,304 0,204 0,415 0,608 0,377 0,092 0,612 0,415 0,146 0,085 0,088 0,088 0,119
Rata-rata 0,196 0,218 0,161 0,234 0,369 0,155 0,176 0,212 0,272 0,175 0,411 0,593 0,368 0,104 0,584 0,420 0,067 0,087 0,096 0,117 0,125 SD 0,024 0,027 0,020 0,014 0,017 0,024 0,019 0,020 0,020 0,021 0,027 0,018 0,021 0,022 0,020 0,052 0,021 0,012 0,011 0,016 0,013
18
Lampiran 6 Data truss morfometrik gabus Sumatera
No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5
1 GM1 0,200 0,190 0,155 0,217 0,337 0,139 0,121 0,172 0,252 0,164 0,344 0,625 0,378 0,098 0,607 0,421 0,071 0,087 0,098 0,122 0,130 2 GM2 0,196 0,170 0,180 0,216 0,343 0,141 0,129 0,217 0,283 0,168 0,389 0,647 0,382 0,103 0,621 0,441 0,065 0,080 0,100 0,106 0,139
3 GM3 0,183 0,183 0,165 0,217 0,340 0,137 0,165 0,217 0,267 0,165 0,397 0,620 0,383 0,100 0,597 0,437 0,058 0,080 0,112 0,118 0,130 4 GM4 0,187 0,171 0,166 0,192 0,318 0,161 0,129 0,223 0,273 0,176 0,369 0,640 0,390 0,111 0,610 0,455 0,053 0,084 0,110 0,102 0,150
5 GM5 0,165 0,173 0,134 0,189 0,304 0,114 0,137 0,217 0,282 0,152 0,383 0,642 0,423 0,077 0,640 0,451 0,072 0,078 0,093 0,105 0,119 6 GM6 0,175 0,171 0,147 0,215 0,316 0,131 0,131 0,231 0,273 0,167 0,385 0,625 0,382 0,096 0,604 0,433 0,071 0,064 0,104 0,109 0,147
7 GM7 0,193 0,210 0,181 0,245 0,390 0,105 0,160 0,236 0,305 0,188 0,443 0,640 0,371 0,140 0,633 0,417 0,062 0,074 0,119 0,136 0,136 8 GM8 0,186 0,203 0,139 0,189 0,333 0,117 0,125 0,206 0,283 0,158 0,372 0,617 0,386 0,100 0,611 0,428 0,083 0,094 0,103 0,119 0,147
9 GM9 0,193 0,155 0,203 0,218 0,342 0,158 0,152 0,203 0,266 0,168 0,389 0,598 0,367 0,130 0,598 0,408 0,060 0,104 0,108 0,133 0,149 10 GM10 0,202 0,208 0,161 0,238 0,372 0,146 0,164 0,229 0,298 0,185 0,432 0,625 0,366 0,101 0,616 0,417 0,063 0,092 0,107 0,122 0,131
11 GM11 0,217 0,233 0,160 0,228 0,385 0,157 0,154 0,186 0,259 0,173 0,382 0,610 0,380 0,105 0,592 0,429 0,068 0,081 0,097 0,110 0,139 12 GM12 0,184 0,197 0,161 0,234 0,353 0,153 0,179 0,213 0,274 0,179 0,413 0,600 0,374 0,103 0,592 0,416 0,068 0,087 0,095 0,121 0,129
13 GM13 0,194 0,180 0,189 0,265 0,361 0,185 0,178 0,194 0,285 0,201 0,425 0,616 0,397 0,082 0,598 0,445 0,055 0,091 0,075 0,098 0,110 13 GM14 0,208 0,211 0,157 0,228 0,353 0,180 0,132 0,206 0,277 0,190 0,383 0,629 0,373 0,094 0,609 0,424 0,066 0,089 0,086 0,112 0,122
Rata-rata 0,192 0,190 0,164 0,221 0,346 0,144 0,147 0,211 0,277 0,174 0,393 0,624 0,382 0,103 0,609 0,430 0,065 0,085 0,100 0,115 0,134 SD 0,013 0,021 0,019 0,022 0,025 0,024 0,020 0,018 0,014 0,013 0,027 0,015 0,015 0,016 0,015 0,014 0,008 0,010 0,011 0,011 0,012
19
Lampiran 7 Data truss morfometrik gabus Kalimantan
No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5
1 GK1 0,146 0,199 0,182 0,265 0,377 0,132 0,205 0,182 0,275 0,192 0,427 0,626 0,381 0,096 0,609 0,424 0,053 0,079 0,099 0,109 0,119 2 GK2 0,187 0,129 0,176 0,197 0,305 0,126 0,153 0,237 0,271 0,145 0,400 0,600 0,376 0,079 0,595 0,405 0,089 0,103 0,079 0,121 0,124
3 GK3 0,197 0,191 0,150 0,218 0,335 0,146 0,148 0,203 0,263 0,180 0,377 0,610 0,373 0,093 0,591 0,424 0,059 0,089 0,085 0,104 0,127 4 GK4 0,180 0,232 0,117 0,213 0,344 0,145 0,158 0,210 0,262 0,158 0,391 0,612 0,363 0,096 0,590 0,415 0,052 0,082 0,096 0,109 0,120
5 GK5 0,220 0,217 0,140 0,220 0,350 0,182 0,143 0,178 0,255 0,185 0,360 0,598 0,381 0,108 0,591 0,423 0,059 0,101 0,140 0,119 0,133 6 GK6 0,188 0,238 0,117 0,230 0,352 0,168 0,148 0,238 0,301 0,160 0,434 0,594 0,316 0,098 0,582 0,367 0,059 0,082 0,102 0,117 0,121
7 GK7 0,146 0,219 0,138 0,240 0,352 0,160 0,181 0,204 0,265 0,150 0,421 0,617 0,375 0,090 0,588 0,425 0,050 0,096 0,100 0,117 0,121 8 GK8 0,175 0,201 0,146 0,230 0,341 0,143 0,161 0,212 0,259 0,183 0,392 0,608 0,389 0,101 0,590 0,434 0,061 0,101 0,095 0,116 0,132
9 GK9 0,144 0,149 0,188 0,220 0,327 0,121 0,142 0,196 0,258 0,162 0,379 0,606 0,356 0,089 0,588 0,394 0,061 0,085 0,098 0,112 0,122 10 GK10 0,200 0,163 0,165 0,199 0,328 0,130 0,128 0,236 0,301 0,170 0,401 0,643 0,380 0,106 0,623 0,434 0,044 0,071 0,099 0,104 0,125
11 GK11 0,204 0,149 0,177 0,197 0,321 0,140 0,122 0,209 0,271 0,152 0,376 0,624 0,387 0,103 0,610 0,438 0,034 0,064 0,099 0,105 0,117 12 GK12 0,209 0,186 0,144 0,183 0,327 0,134 0,127 0,216 0,252 0,134 0,363 0,618 0,373 0,101 0,595 0,425 0,046 0,078 0,098 0,108 0,124
13 GK13 0,223 0,187 0,163 0,190 0,337 0,140 0,130 0,203 0,220 0,143 0,337 0,597 0,393 0,097 0,580 0,433 0,073 0,077 0,083 0,110 0,120 14 GK14 0,202 0,184 0,168 0,189 0,340 0,141 0,136 0,221 0,253 0,138 0,372 0,601 0,362 0,090 0,590 0,402 0,096 0,090 0,101 0,106 0,136
15 GK15 0,231 0,189 0,167 0,189 0,350 0,144 0,111 0,211 0,267 0,142 0,364 0,611 0,369 0,100 0,594 0,414 0,067 0,081 0,100 0,111 0,131 16 GK16 0,182 0,168 0,157 0,193 0,325 0,115 0,131 0,230 0,263 0,134 0,382 0,636 0,375 0,088 0,610 0,420 0,049 0,088 0,095 0,106 0,118
17 GK17 0,248 0,201 0,157 0,179 0,354 0,142 0,113 0,197 0,237 0,146 0,325 0,591 0,387 0,095 0,580 0,420 0,047 0,073 0,128 0,106 0,113 18 GK18 0,426 0,399 0,330 0,394 0,713 0,266 0,261 0,489 0,548 0,277 0,798 1,298 0,766 0,181 1,245 0,761 0,096 0,149 0,202 0,213 0,234
19 GK19 0,230 0,211 0,157 0,186 0,362 0,124 0,122 0,205 0,259 0,135 0,359 0,611 0,381 0,095 0,595 0,427 0,057 0,084 0,095 0,111 0,122 20 GK20 0,216 0,218 0,155 0,221 0,365 0,158 0,138 0,221 0,293 0,175 0,402 0,603 0,345 0,089 0,586 0,399 0,049 0,078 0,103 0,109 0,118
21 GK21 0,250 0,209 0,152 0,182 0,389 0,159 0,125 0,209 0,253 0,152 0,355 0,608 0,382 0,101 0,578 0,436 0,037 0,074 0,098 0,098 0,128 22 GK22 0,240 0,249 0,140 0,206 0,374 0,154 0,103 0,263 0,326 0,171 0,409 0,623 0,286 0,083 0,589 0,340 0,054 0,086 0,100 0,111 0,114
20
Lanjutan
Lampiran 7 Data truss morfometrik gabus Kalimantan
No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5
25 GK25 0,197 0,214 0,155 0,234 0,367 0,146 0,177 0,199 0,262 0,175 0,404 0,590 0,343 0,096 0,559 0,397 0,063 0,094 0,103 0,114 0,131
26 GK26 0,211 0,182 0,148 0,206 0,326 0,142 0,119 0,229 0,277 0,190 0,370 0,575 0,348 0,087 0,577 0,399 0,057 0,085 0,101 0,109 0,121 27 GK27 0,198 0,199 0,163 0,232 0,356 0,158 0,145 0,212 0,286 0,194 0,404 0,644 0,366 0,101 0,618 0,428 0,049 0,072 0,127 0,131 0,127
28 GK28 0,202 0,228 0,141 0,211 0,357 0,181 0,141 0,216 0,268 0,169 0,385 0,577 0,345 0,101 0,563 0,394 0,087 0,099 0,115 0,136 0,148 29 GK29 0,218 0,172 0,158 0,196 0,326 0,140 0,108 0,220 0,254 0,350 0,140 0,616 0,360 0,146 0,592 0,424 0,070 0,130 0,100 0,120 0,182
30 GK30 0,172 0,174 0,145 0,196 0,315 0,117 0,145 0,192 0,242 0,140 0,364 0,636 0,434 0,079 0,623 0,449 0,055 0,060 0,081 0,085 0,109
Rata-rata 0,208 0,203 0,159 0,215 0,357 0,149 0,143 0,223 0,276 0,179 0,382 0,634 0,381 0,099 0,614 0,426 0,061 0,087 0,104 0,115 0,130
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Sukabumi pada tanggal 15 Oktober 1990 dari pasangan Bapak E. Kusnadi dan Ibu E. Muryati. Penulis merupakan anak kedua dari dua bersaudara. Pendidikan formal yang telah ditempuh oleh penulis adalah TK Raudatul Athfal YASNI Sukabumi lulus pada tahun 1997, SD Sukamanah II Sukabumi lulus pada tahun 2003, SLTPN I Cisaat Sukabumi lulus pada tahun 2006, dan SMUN I Cisaat Sukabumi lulus pada tahun 2009. Pada tahun 2009 pula penulis lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) dan memilih program studi Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah magang di Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BPBAT) Sukabumi pada tahun 2011, dan Balai Pengembangan Budidaya Air Tawar (BRPBAT) Subang pada tahun 2012. Penulis juga pernah mengikuti kegiatan IPB Goes to Field di Kabupaten Brebes pada tahun 2011 dengan tema “Pengendalian pengembangbiakan ikan konsumsi (induced breeding)”. Pada tahun 2012, penulis pernah mengikuti kegiatan Praktek Lapang Akuakultur di Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) Sukamandi, Subang dengan judul laporan “Pembenihan Udang Galah (Macrobrachium Rosenbergii) Di Balai Penelitian Pemuliaan Ikan, Sukamandi, Subang, Jawa Barat”. Selain itu juga, penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Dasar-Dasar Mikrobiologi Akuatik 2011/2012 dan 2012/2013, serta asisten mata kuliah Fisiologi dan Reproduksi Akuatik 2012/2013.
