DIFERENSIASI EMPAT ISOLAT
RICE TUNGRO
BACILLIFORM BADNAVIRUS
DENGAN PCR-RFLP
Oleh :
ARFIANIS
A44101008
PROGRAM STUDI HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN
FAKULTAS PERTANIAN
ABSTRAK
ARFIANIS. Diferensiasi empat isolat rice tungro bacilliform badnavirus dengan PCR-RFLP . Dibimbing oleh ENDANG NURHAYATI.
Kehadiran rice tungro bacilliform badnavirus (RTBV) yang dibantu oleh
rice tungro spherical waikavirus (RTSV) pada tanaman padi menyebabkan gejala penyakit tungro yang berat. Beberapa isolat RTBV dilaporkan mempunyai keragaman genetik yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk membedakan empat isolat RTBV dari beberapa daerah endemik tungro di Jawa Barat dengan teknik PCR-RFLP .
Penelitian ini dila kukan di Rumah Kaca Cikabayan dan Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, pada November 2005 sampai Januari 2006.
Empat isolat virus tungro diambil dari daerah endemik tungro di Jawa Barat yaitu: Cianjur, Kuningan, Purwakarta, dan Bogor. Perbanyakan virus tungro dilakukan pada tanaman padi varietas IR64 dengan inokulasi menggunakan vektor
Nephotettix virescens Distant (Homoptera: Cicadellidae). Tanaman yang menunjukkan gejala penyakit tungro umur 10-15 hari setelah inokulasi dipanen. DNA total tanaman terinfeksi virus tungro diekstraksi dan gen protein selubung RTBV diamplifikasi menggunakan sepasang primer spesifik RTBV-2L da n RTBV-2R. Hasil amplifikasi dipotong dengan 3 enzim restriksi yaitu EcoRV, PstI, dan BclI.
Tanaman padi dengan gejala daun kuning sampai orange yang diambil dari pertanaman padi milik petani di Cianjur, Kuningan, Purwakarta dan Bogor ini terinfeksi RTBV. Dengan teknik PCR-RFLP empat isolat RTBV di Jawa Barat tersebut menunjukkan keragaman pada gen protein selubungnya.
DIFERENSIASI EMPAT ISOLAT
RICE TUNGRO
BACILLIFORM BADNAVIRUS
DENGAN PCR-RFLP
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian pa da Fakultas Pertanian
Institut Pertanian Bogor
Oleh: Arfianis A44101008
PROGRAM STUDI HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN
FAKULTAS PERTANIAN
Judul : DIFERENSIASI EMPAT ISOLAT RICE TUNGRO BACILLIFORM BADNAVIRUS DENGAN PCR-RFLP
Nama : ARFIANIS
NRP : A44101008
Menyetujui, Pembimbing
Dr. Ir. Endang Nurhayati, MS. NIP: 131 642 502
Mengetahui, Dekan Fakultas Pertanian
Prof. Dr. Ir. H. Supiandi Sabiham, M.Agr. NIP: 130 422 698
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Lintau Buo, Sumatera Barat pada tanggal 10 Oktober 1982. Penulis adalah putri tunggal dari pasangan Bapak Kamarudin dan Ibu Nurhayati.
Tahun 2001 penulis menamatkan Sekolah Menengah Umum Negeri I Lintau Buo dan pada tahun yang sama penulis diterima di Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Ujian Seleksi Masuk IPB). Penulis memilih Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan, Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
PRAKATA
Puji syukur Alhamdulillah penulis ucapkan kepada Allah
Subhanahuwata’ala yang telah melimpahkan nikmat dan karunia -Nya sehingga laporan tugas akhir ini dapat diselesaikan. Laporan tugas akhir ini merupakan persyaratan untuk memperoleh gelar sarjana pada Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Ins titut Pertanian Bogor. Penelitian dilakukan pada November 2005 sampai Januari 2006, dengan judul Diferensiasi empat isolat rice tungro bacilliform badnavirus dengan PCR-RFLP.
Pada kesempatan ini penulis menyampaikan terima kasih kepada Dr. Ir. Endang Nur hayati, MS. sebagai dosen pembimbing utama tugas akhir atas bantuan, waktu, masukan dan saran yang diberikan, serta Dr. Ir. Hermanu Triwidodo MSc. sebagai dosen penguji tamu atas kritik dan sarannya demi perbaikan laporan ini. Terima kasih juga ditujukan kepada Ir. Djoko Prijono, MAgrSc. yang telah memberikan bimbingan untuk penulisan laporan tugas akhir pada mata kuliah Teknik Penyajian Ilmiah. Terima kasih juga disampaikan kepada Dr. Ir. Kikin H Mutaqin MSc. atas saran dan bantuannya mendokumentasikan hasil penelitian ini. Kepada seluruh staf pengajar pada Departemen Proteksi Tanaman penulis ucapkan terima kasih atas ilmu dan bimbingan yang diberikan selama menuntut ilmu di Departemen Proteksi Tanaman. Ucapan terimakasih juga disampaikan kepada Ayah dan Bundaku tercinta yang selalu mendoakan dan memberikan dukungan selama melaksanakan pendidikan. Terima kasih juga kepada teman-teman di Departemen Proteksi Tanaman dan teman-teman Senior Recident Asrama TPB IPB yang selalu setia memberikan bantuan, semangat, dan nasehat selama pelaksanaan tugas akhir. Terima kasih juga disampaikan kepada anggota laboratorium Virologi Tumbuhan (Mbak Tuti, Bapak Edi, Mas Supri) yang selalu membantu dalam pelaksanaan penelitian.
Penulis menyadari bahwa laporan ini masih banyak kekurangannya, oleh karena itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran demi perbaikan laporan tugas akhir ini. Akhirnya semoga karya kecil ini dapat bermanfaat bagi penulis dan bagi siapa pun yang membutuhkan.
Bogor, Februari 2006
DAFTAR ISI
Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Poly morphism (PCR-RFLP) ... 15
Pemotongan DNA RTBV dengan Enzim Restriksi ... 19
HASIL DAN PEMBAHASAN ... 21
Isolat Virus Tungro ... 21
Deteksi RTBV dengan Teknik PCR ... 21
Diferensiasi RTBV dengan Teknik PCR-RFLP ... 21
KESIMPULAN dan SARAN ... 27
DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
1. Kerusakan lahan pertanaman padi akibat penyakit tungro di Indonesia pada tahun 1967-1995 ... 7
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
1. Gejala penyakit tungro pada daun tanaman padi ... 9 2. Gambaran skematik genom RTBV, polyprotein P3 dan coat protein . 11 3. Serangga vektor virus tungro N. Virescens ... 12 4. Ukuran fragmen yang terbentuk pada pemotongan gen protein selubung empat strain RTBV dari Philipina menggunakan enzim EcoRV, PstI, BclI (analisis restriksi dengan Program Primer Premier 5 (Premier
Biosoft International 2004) ... 14 5. Visualisasi amplifikasi gen protein selubung empat isolat RTBV
di Jawa Barat dengan PCR menggunakan primer RTBV-2R dan
RTBV-2L ... 22 6. Visualisasi PCR-RFLP gen protein selubung empat isoalt RTBV
