ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PENGHASIL
AHL-LAKTONASE ASAL LAHAN PERTANIAN LUAR
PULAU JAWA
AIDATUN FITRIYAH
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
ABSTRAK
AIDATUN FITRIYAH. Isolasi dan karakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase asal lahan pertanian luar pulau Jawa. Dibimbing oleh IMAN RUSMANA dan ALINA AKHDIYA.
Quorum sensing (QS) adalah komunikasi antar sel bakteri yang dimediasi oleh autoinduser (AI) untuk mengatur ekspresi gen-gen tertentu ketika populasi sel bakteri telah mencapai quorum. AI bakteri Gram negatif adalah N-acyl homoserine lactone (AHL). Sistem QS bekerja pada gen-gen untuk perilaku populasi bakteri seperti pembentukan biofilm, virulensi pada inang, bioluminescence, dan pembentukan antibiotik. Proses QS dapat dirusak oleh senyawa anti-QS. AHL-laktonase merupakan salah satu senyawa anti-QS yang disandikan oleh gen aiiA. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase asal 16 lahan pertanian luar pulau Jawa. Bioesai aktivitas degradasi AHL dilakukan menggunakan
Chromobacterium violaceum sebagai bioindikator. Gen aiiA dideteksi dengan menggunakan primer spesifik aiiAF dan aiiAR, sedangkan identifikasi molekuler dilakukan berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Sebanyak 58 isolat bakteri berhasil diisolasi dan enam diantaranya memiliki aktivitas degradasi AHL (PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7). Di antara enam isolat tersebut, hanya isolat NTT3a dan NTT3e yang menunjukkan amplikon berukuran 800 bp ketika diamplifikasi menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Analisis terhadap sekuen gen aiiA
pada isolat NTT3a dan NTT3e menunjukkan tingkat homologi 99% dengan gen AHL-laktonase
Bacillus sp. 91.
Kata kunci: quorum sensing, autoinduser, AHL-laktonase, gen aiiA.
ABSTRACT
AIDATUN FITRIYAH. Isolation and characterization of AHL-lactonase producing bacteria from agricultural land outside Java. Under supervision of IMAN RUSMANA and ALINA AKHDIYA.
Quorum sensing (QS) is communication between bacterial cells mediated by autoinducer (AI) to regulate the expression of specific genes in certain bacterial population quorum. AI of Gram negative bacteria is N-acyl homoserine lactone (AHL). QS system controls behaviors of bacterial population on biofilm formation, virulence, bioluminescence, and formation of antibiotics. QS process can be inhibited by anti-QS compound. AHL-lactonase is one of anti-QS compound encoded by aiiA gene. The aims of this study were to isolate and characterize bacteria producing AHL-lactonase from agricultural land outside Java. Soil samples were taken from 16 locations of agricultural lands. Bioassay was performed by AHL degradation of Chromobacterium violaceum. Detection of aiiA gene was conducted using specific primer aiiAF and aiiAR, while molecular identification was conducted based on 16S rRNA gene sequence. It was found that from 58 isolates, six isolates had AHL degradation activity i.e. PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7 isolates. Two isolates (i.e. NTT3a and NTT3e isolates) had aiiA gene. And indicated by 800 bp product. They were 99% closely related to AHL-lactonase gene from Bacillus
sp 91.
ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PENGHASIL
AHL-LAKTONASE ASAL LAHAN PERTANIAN LUAR
PULAU JAWA
AIDATUN FITRIYAH
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains pada
Departemen Biologi
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Judul
: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Penghasil AHL-laktonase Asal
Lahan Pertanian Luar Pulau Jawa
Nama
: Aidatun Fitriyah
NIM
: G34070072
Menyetujui,
Mengetahui,
Ketua Departemen Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Pertanian Bogor
Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena, M.S
NIP 196410021989031002
Tanggal Lulus:
Pembimbing I
Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si
NIP 196507201991031002
Pembimbing II
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Judul yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan November 2010 hingga Mei 2011 ini ialah Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Penghasil AHL-laktonase Asal Lahan Pertanian Luar Pulau Jawa.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si dan Ibu Alina Akhdiya, M.Si atas bimbingan, bantuan pendanaan, dan pengarahan yang diberikan selama penelitian dan penyusunan skripsi ini. Terima kasih kepada Ibu Dr. Ir. Y. M. Diah Ratnadewi atas saran dan masukan yang telah diberikan sehingga tulisan ini menjadi lebih baik. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada Ayah, Ibu, Ka Isma Haryanti, Ka Iyus Husniyati, Rizqy Rahman, dan Dede Fina atas segala doa dan kasih sayangnya. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Fadhila Achmad S, Astri, Maulina, Yoshita, Syifa, Wika, Dina, Rizki, Ashna, Nisyful, Komal, Henny, Fahmi, Rahmah, Rindi, Tira, Chintya, Ka Fina, Rani, teman-teman yang melakukan penelitian di laboratorium Mikrobiologi, Yakub, Nia, Rina, Nita, Hokie, Debie, Susan, Adian, Aya, Alma, Bang Jo, Ivan, Hana, Vita dan teman-teman yang telah membawakan sampel tanah, Sepri, Made, Kokom, Adhi, serta seluruh teman-teman Biologi 44 atas segala doa, dukungan, dan perhatiannya. Serta pihak-pihak yang secara tidak langsung telah membantu dalam pengumpulan data karya ilmiah ini.
Semoga karya Ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Juli 2011
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Indramayu pada tanggal 12 Juli 1988 dari ayah Bahrudin dan Ibu Suprihatin. Penulis merupakan anak ketiga dari empat bersaudara.
Tahun 2007 penulis lulus dari SMA Negeri 4 Cirebon dan pada tahun yang sama lulus seleksi masuk IPB melalui Undangan Seleksi Masuk IPB. Penulis memilih program studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif menjadi anggota Divisi Pengembangan Sumber Daya Manusia (PSDM) Himpunan Mahasiswa Biologi (Himabio) dan anggota Divisi Kekeluargaan Ikatan Kekeluargaan Cirebon (IKC) pada tahun 2008-2009, Sekretaris Divisi PSDM Himabio tahun 2009-2010, Ketua Panitia Grand Biodiversity Biologi IPB tahun 2010, Ketua Divisi Hubungan Masyarakat Workshop dan Diskusi Artikel Ilmiah Populer Biologi tahun 2010, dan Ketua Divisi Konsumsi Seminar dan Pelatihan PKM tahun 2009. Penulis menjadi asisten praktikum mata kuliah Biologi Tingkat Persiapan Bersama pada tahun ajaran 2009/2010-2010/2011, mata kuliah Mikrobiologi Dasar pada tahun ajaran 2009/2010-2010/2011, dan mata kuliah Ilmu Lingkungan pada tahun ajaran 2010/2011.
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL ... viii
DAFTAR GAMBAR ... viii
DAFTAR LAMPIRAN ... viii
PENDAHULUAN ... 1
Latar Belakang... 1
Tujuan ... 1
Waktu dan Tempat ... 1
BAHAN DAN METODE ... 1
Pengambilan Contoh Tanah... 1
Isolasi dan Penyimpanan Bakteri ... 2
Bioesai Aktivitas Degradasi AHL ... 2
Isolasi Genom dan Amplifikasi Gen Penyandi AHL-laktonase ... 2
Identifikasi Isolat Pendegradasi AHL ... 2
HASIL ... 3
Isolasi dan Penyimpanan Bakteri ... 3
Bioesai Aktivitas Degradasi AHL ... 3
Amplifikasi Gen Penyandi AHL-laktonase ... 3
Identifikasi Isolat Pendegradasi AHL ... 4
Analisis Filogenetik Gen Pendegradasi AHL ... 4
PEMBAHASAN... 5
SIMPULAN ... 6
SARAN ... 6
DAFTAR PUSTAKA ... 6
DAFTAR TABEL
Halaman
1 Sampel tanah bahan isolasi bakteri... 2
2 Isolat bakteri yang diperoleh dari setiap sampel tanah ... 3
3 Diameter zona degradasi AHL enam isolat terpilih... 3
4 Hasil analisis gen aiiA pada isolat NTT3a dan NTT3e ... 4
5 Hasil analisis gen 16S rRNA isolat-isolat pendegradasi AHL ... 4
DAFTAR GAMBAR
Halaman 1 Zona degradasi AHL oleh supernatan isolat PAD1a (A), BAL2a (B), NTT3e (C), NTT3a (D), NTT6B6 (E), NTT6B7 (F), dan kontrol negatif (G) ... 32 Visualisasi pita DNA hasil amplifikasi gen aiiA pada isolat NTT3a dan NTT3e (kiri-kanan; ladder 1 kb, NTT3e, dan NTT3a) ... 4
3 Visualisasi pita DNA hasil amplifikasi gen 16S rRNA pada isolat pendegradasi AHL (kiri-kanan; PAD1a, BAL2a, NTT6B6, NTT6B7, NTT3e, NTT3a, dan ladder 1 kb) ... 4
4 Pohon filogenetik gen aiiA NTT3e dan NTT3a dibandingkan dengan beberapa spesies penghasil AHL-laktonase dan AHL-acylase menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dengan boostrap 1000x ... 5
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman 1 Komposisi media pertumbuhan bakteri ... 92 Hasil pewarnaan Gram isolat-isolat pendegradasi AHL ... 10
3 Hasil pewarnaan endospora isolat NTT6B7 ... 11
4 Hasil sekuen gen aiiA, BLAST-N, dan BLAST-X isolat NTT3a dan NTT3e ... 12
5 Hasil sekuen gen 16S rRNA dan BLAST-N isolat PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7 ... 15
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Quorum sensing (QS) adalah komunikasi antar sel bakteri yang dimediasi oleh autoinduser (AI) pada quorum populasi tertentu untuk mengatur ekspresi gen-gen tertentu (Rukayadi & Hwang 2009). AI adalah senyawa berbobot molekul rendah yang disekresikan bakteri dan diakumulasikan sehingga AI dikenali sel bakteri lainnya kemudian diserap kembali. AI bakteri Gram negatif berbeda dengan Gram positif. Gram negatif menggunakan N-acyl homoserine lactone (AHL), sedangkan Gram positif menggunakan senyawa peptida yang dihasilkan melalui jalur ATP Binding Cassette
(ABC) (Rukayadi & Hwang 2009). Sistem QS bekerja pada gen-gen yang berhubungan dengan perilaku populasi bakteri seperti pembentukan biofilm, virulensi pada inang, bioluminescence, dan pembentukan antibiotik (Gera & Srivastava 2006).
Anti-quorum sensing (anti-QS) merupakan salah satu alternatif pengendalian penyakit tanpa mematikan bakteri patogen. Senyawa anti-QS dapat memblok atau mengacau proses QS. Senyawa anti-QS dapat dikelompokkan menjadi tiga jenis, yaitu: (1) senyawa pendegradasi (degradator) yaitu senyawa yang dapat mendegradasi AI atau komponen pengatur QS lainnya dan senyawa ini biasanya berupa enzim, (2) senyawa antagonis, dan (3) senyawa kompetitor yaitu senyawa yang dapat berkompetisi dengan AI membentuk kompleks dengan protein reseptor (Rukayadi & Hwang 2009). Proses QS juga dapat dicegah oleh reaksi laktonolisis (terbukanya cincin lakton) akibat peningkatan pH >7 di sekitar sel target. Namun ketika pH kembali turun (asam) cincin lakton kembali terbentuk (Rasmussen & Givskov 2006). Degradasi enzimatik molekul AHL merupakan cara yang efektif dalam mengcegah proses QS. Ada dua jenis enzim pendegradasi AHL, yaitu AHL– acylase dan AHL-laktonase.
AHL-acylase adalah enzim penghidrolisis ikatan peptida pada rantai acyl molekul AHL dan menghasilkan asam lemak bebas serta
homoserine lacton. Produk degradasi tersebut digunakan kembali untuk proses metabolisme bakteri yaitu sebagai sumber energi, nitrogen, dan karbon. Beberapa gen yang menyandikan AHL-acylase telah ditemukan yaitu aiiD dari
Ralstonia eutropha, PvdQ dan QuiP dari
Pseudomonas, AhlM dari Streptomyces sp.,
dan aiiC dari Anabaena sp. PCC7120 (Czajkowski & Jafra 2009).
AHL-laktonase merusak proses QS melalui hidrolisis enzimatis cincin lakton molekul AHL. Salah satu gen penyandi AHL-laktonase adalah gen aiiA. Gen aiiA pertama kali ditemukan pada Bacillus sp. strain 240B1 (Dong et al. 2000). AHL-laktonase terdiri dari dua klaster yaitu klaster aiiA pada genus
Bacillus dan Attm pada Agrobacterium tumefaciens, Arthrobacter sp., dan Klebsiella pneumonia (Dong & Zhang 2005). Homologi
aiiA kemudian ditemukan pada beberapa spesies Bacillus lainnya yaitu B. subtilis, B. cereus, B. mycoides dan beberapa strain dari
B. thuringiensis (Dong et al. 2002).
Kemampuan suatu bakteri dalam mendegradasi AHL dapat diuji dengan menggunakan Chromobacterium violaceum
sebagai bioindikator. Chromobacterium violaceum menggunakan proses QS untuk mengatur ekspresi gen Vio yang menyandikan pigmen berwarna ungu yang disebut violacein (August et al. 2000).
Penelitian mengenai QS memiliki potensi dan manfaat yang sangat besar karena dapat dijadikan alternatif pengendalian bakteri patogen yang ramah lingkungan dan tidak memicu resistensi. Isolasi dan karakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase dari lahan pertanian dapat dijadikan sebagai langkah awal memanfaatkan mekanisme anti-QS untuk mengendalikan bakteri patogen terutama pada tanaman.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase asal lahan pertanian di luar Pulau Jawa.
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan dari bulan November 2010 sampai Mei 2011 di Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
BAHAN DAN METODE
Pengambilan Contoh Tanah
2
Tabel 1 Sampel tanah bahan isolasi bakteri
No. Provinsi Desa/Kecamatan/Kabupaten Jumlah
sampel Kode sampel 1. Bangka
Belitung
Kelubi, Manggar, Belitung
Timur 1 BLT1
2. Bali Tibubiyu, Kerambitan,
Tabanan 1 BAL1
3. Bali Beraban, Selemadeg, Tabanan 1 BAL2 4. Sumatera
Barat
Ladang Darek, Kamang
Magek, Agam 1 PAD1 5. Papua Barat Danaweria, Fak-Fak 2 PAP1, PAP2 6. Lampung Bandung Baru, Adiluwih,
Pringsewu 2 LMP1, LMP2 7. Nusa Tenggara
Timur
Lambanapu, Kambera, Sumba
Timur 8
NTT1, NTT2, NTT3, NTT4, NTT5, NTT6, NTT7, NTT8
Isolasi dan Penyimpanan Bakteri
Sebanyak 1 g tanah disuspensikan dengan garam fisiologis 0.85% kemudian diencerkan secara serial sampai pengenceran 10-6, 10-7, dan 10-8. Masing-masing hasil pengenceran
diambil 100 µl dan disebarkan pada media nutrient agar (NA) (Lampiran 1). Sisa hasil pengenceran dipanaskan pada suhu 80º C
selama 10 menit lalu diambil sebanyak 100 µl
untuk disebarkan ke media NA yang baru. Media NA yang telah diinokulasi kemudian diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37º C. Koloni tunggal yang tumbuh dimurnikan dengan metode cawan gores pada media dengan bahan komposisi yang sama. Setelah didapatkan koloni murni, isolat dipindahkan pada media NA miring kemudian disimpan dalam lemari pendingin sampai saat digunakan.
Bioesai Aktivitas Degradasi AHL
Sebanyak satu lup kultur bakteri diinokulasikan ke dalam 3 ml media luria broth (LB) (Lampiran 1) lalu diinkubasi pada suhu ruang. Setelah 16-18 jam, kultur disentrifugasi (12000 rpm, 10 menit) untuk diambil supernatannya. Sebanyak 100 µL supernatan diteteskan pada paper disc di atas media luria agar (LA) semi-padat (Lampiran 1) yang telah diinokulasikan dengan 1% kultur Chromobacterium violaceum. Selanjutnya cawan LA tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam. Paper disc
yang dikelilingi oleh zona berwarna tidak ungu menunjukkan adanya aktivitas degradasi AHL oleh enzim yang dieksresikan oleh isolat bakteri yang diuji.
Isolasi Genom dan Amplifikasi Gen Penyandi AHL-laktonase
DNA bakteri diisolasi menggunakan metode Lazzo (Sambrook & Russell 2001). DNA total yang diperoleh digunakan sebagai
template untuk amplifikasi gen penyandi AHL-laktonase menggunakan primer aiiAF (5’- ATC GGA TCC ATG ACA GTA AAG AAG CTT TAT TTC G-3’) dan aiiAR (5’-GTC GAA TTC CTC AAC AAG ATA CTC CTA ATG ATG T-3’) (Dong et al. 2000). Campuran reaksi PCR yang digunakan terdiri
dari 32 µl ddH2O, 5 µl 10x buffer, 3 µl 25
mM MgSO4, 5 µl dNTPS, 1,5 µl masing-masing primer, 1 µl template, dan 1 µl DNA
polymerase (KOD hot start). Amplifikasi dilakukan selama 32 siklus dengan kondisi pra-denaturasi (94ºC, 10 menit), denaturasi (94ºC, 30 detik), annealing (52ºC, 30 detik), elongasi (72ºC, 1 menit), dan post-elongasi (72ºC, 5 menit) (Chan et al. 2007). Hasil PCR kemudian dilarikan pada 1% gel elektroforesis dan diwarnai dengan Ethidium Bromide
(EtBr).
HASIL
Isolasi dan Penyimpanan Bakteri
Sebanyak 58 isolat berhasil diisolasi dan enam di antaranya memiliki aktivitas degradasi AHL (Tabel 2). Keenam isolat tersebut merupakan bakteri Gram positif berbentuk batang. Lima di antaranya membentuk endospora (Tabel 3) (Lampiran 2 & 3).
Tabel 2 Isolat bakteri yang diperoleh dari setiap sampel tanah
No. Kode sampel Isolat yang diperoleh Jumlah isolat positif bioesei 1. BLT1 4 - 2. BAL1 3 - 3. BAL2 2 1 4. PAD1 1 1 5. PAP1 4 - 6. PAP2 2 - 7. LMP1 6 - 8. LMP2 3 - 9. NTT1 2 - 10. NTT2 - - 11. NTT3 6 2 12. NTT4 2 - 13. NTT5 9 - 14. NTT6 11 2 15. NTT7 1 - 16. NTT8 2 - Total 58 6
Bioesai Aktivitas Degradasi AHL
Isolat PAD1a menunjukan diameter zona degradasi AHL terbesar yaitu 0.9 cm. Sedangkan isolat NTT3a, NTT3e, dan NTT6B7 memiliki diameter zona degradasi AHL yang paling kecil yaitu sebesar 0.3 cm (Tabel 3) (Gambar 1).
Amplifikasi Gen Penyandi AHL-laktonase Hasil amplifikasi gen aiiA menunjukkan terdapat dua isolat yang mengandung gen
aiiA. Dua isolat tersebut adalah NTT3a dan NTT3e. Ukuran amplikon 800 bp (Gambar 2). Hasil analisis BLAST-N dan BLAST-X menunjukkan gen aiiA isolat NTT3a dan NTT3e homolog dengan AHL-laktonase
Bacillus sp. 91 (Lampiran 4) (Tabel 4).
Tabel 3 Diameter zona degradasi AHL enam isolat terpilih
No. Kode isolat Diameter zona degradasi (cm) Morfologi sel
1. PAD1a 0.9 Gram positif, batang, tidak berendospora 2. BAL2a 0.4 Gram positif,
batang, berendospora 3. NTT3e 0.3 Gram positif,
batang, berendospora 4. NTT3a 0.3 Gram positif,
batang, berendospora 5. NTT6B6 0.5 Gram positif,
batang, berendospora 6. NTT6B7 0.3 Gram positif,
batang, berendospora
Gambar 1 Zona degradasi AHL oleh supernatan isolat PAD1a (A), BAL2a (B), NTT3e (C), NTT3a (D), NTT6B6 (E), NTT6B7 (F), dan kontrol negatif (G).
A B
D
E
G
4
Tabel 4 Hasil analisis gen aiiA pada isolat NTT3a dan NTT3e
Kode isolat Homologi bakteri (BLAST-N) (a)
Homologi protein (BLAST-X)
(b) Nilai identitas NTT3a Bacillus sp. 91
AHL-lactonase gene Length= 753
AHL-lactonase [Bacillus sp. 91] Length= 250
724/725 (99%) (a), 239/240 (99%) (b)
NTT3e Bacillus sp. 91
AHL-lactonase gene Length= 753
AHL-lactonase [Bacillus sp. 91] Length= 250
724/725 (99%) (a), 239/240 (99%) (b)
Tabel 5 Hasil analisis gen 16S rRNA isolat-isolat pendegradasi AHL Kode isolat Homologi bakteri
(BLAST-N) Nilai identitas PAD1a Microbacterium sp. Bg-7 Length=1383 1025/1039 (99%) BAL2a Uncultured bacterium clone ncd1261e03c1
Length=1372
609/683 (89%)
NTT3a Bacillus sp. AF-777 Length=1522 455/471 (99%) NTT3e Bacillus sp. NIOT-3 Length=1445 807/814 (97%) NTT6B6 Bacillussubtilis strain HU48 Length=1427 1147/1149 (99%) NTT6B7 Bacillussubtilis strain GD1 Length=1452 1025/1028 (99%)
Identifikasi Isolat Pendegradasi AHL Berdasarkan hasil bioesai dan deteksi gen aiiA dilakukan identifikasi gen 16S rRNA terhadap enam isolat yang memiliki aktivitas degradasi AHL. Amplikon berukuran 1300 bp (Gambar 3). Analisis gen 16S rRNA menunjukkan isolat NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7 termasuk kedalam genus Bacillus, isolat PAD1a mirip dengan Microbacterium sp. Bg-7, dan isolat BAL2a mirip dengan Uncultured bacterium clone ncd1261e03c1 (Lampiran 5) (Tabel 5).
Gambar 3 Visualisasi pita DNA hasil amplifikasi gen 16S rRNA pada isolat pendegradasi AHL (kiri-kanan; PAD1a, BAL2a, NTT6B6, NTT6B7, NTT3a, NTT3e, dan ladder 1 kb).
Analisis Filogenetik Gen Pendegradasi AHL
Analisis filogenetik gen pendegradasi AHL menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) (Tamura et al. 2007) dengan boostrap 1000x menunjukkan bahwa isolat NTT3e dan isolat NTT3a terletak dalam satu klaster dengan bakteri penghasil AHL-laktonase Bacillus Sp. 91 dengan nilai konsistensi boostrap hanya 47%. Pohon filogenetik tersebut membentuk dua klaster besar yang terpisah yaitu klaster bakteri yang menghasilkan AHL-laktonase dan AHL-acylase (Gambar 4).
1500
1000
750
500
250
Gambar 2 Visualisasi pita DNA hasil amplifikasi gen aiiA pada isolat NTT3a dan NTT3e (kiri-kanan;
ladder 1 kb, NTT3e, dan NTT3a).
Gambar 4 Pohon filogenetik gen aiiA NTT3e dan NTT3a dibandingkan dengan beberapa spesies penghasil AHL-laktonase dan AHL-acylase menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dengan boostrap 1000x.
PEMBAHASAN
Hasil bioesai menunjukkan dari 58 isolat yang diperoleh, enam isolat di antaranya memiliki aktivitas degradasi AHL. Hal ini ditunjukkan dengan hilangnya pigmen ungu pada kultur Chromobacterium violaceum
setelah diinkubasi selama 24 jam (Gambar 1). Isolat PAD1a menunjukkan aktivitas degradasi terbaik dengan diameter zona degradasi 0.9 cm. Dibandingkan dengan diameter zona degradasi AHL empat isolat lainnya, diameter zona degradasi AHL isolat NTT3a dan NTT3e relatif lebih kecil. Walaupun demikian, dari enam isolat yang menunjukkan hasil positif pada bioesai degradasi AHL hanya isolat NTT3a dan NTT3e yang berhasil diamplifikasi gen
aiiAnya. Isolat BAL2a, NTT6B6, PAD1a, dan NTT6B7 merupakan isolat-isolat yang memiliki aktivitas degradasi AHL namun tidak menunjukkan produk amplifikasi gen
aiiA. Hal ini dapat disebabkan oleh perbedaan gen penyandi AHL-laktonase yang dimiliki oleh isolat-isolat tersebut. Selain AHL-laktonase degradasi AHL juga dapat disebabkan oleh aktivitas AHL-acylase.
Amplifikasi gen aiiA pada isolat NTT3a dan NTT3e menunjukkan amplikon yang berukuran 800 bp (Gambar 2), hal ini sesuai dengan penelitian Chan et al. (2007) yang membuktikan bahwa amplikon hasil PCR gen
aiiA pada bakteri tanah sebesar 800 bp. Analisis sekuen gen aiiA isolat NTT3e dan
NTT3a berdasarkan BLAST-N dan BLAST-X masing-masing menunjukkan tingkat homologi 99% dengan AHL-laktonase pada
Bacillus sp. 91. AHL-laktonase spesifik mendegradasi molekul AHL karena hanya menunjukkan aktivitas degradasi terhadap L-homoserine lacton dan tidak menunjukkan aktivitas degradasi pada non-cyclic ester. Enzim ini aktivitasnya stabil pada suhu di bawah 37ºC tetapi tidak stabil pada suhu yang tinggi (Wang et al. 2004).
Amplifikasi gen 16S rRNA isolat PAD1a, BAL2a, NTT3e, NTT3a, NTT6B6, dan NTT6B7 menghasilkan amplikon berukuran 1300 bp (Gambar 2). Analisis gen 16S rRNA isolat PAD1a menunjukkan kemiripan dengan
Microbacterium sp. Bg-7 (nilai identitas 99%). Wang et al. (2010) juga melaporkan adanya aktivitas degradasi AHL pada
Microbacterium testaceum StLB037 yang diisolasi dari daun kentang. Aktivitas degradasi AHL pada bakteri ini mirip dengan aktivitas degradasi AHL pada beberapa bakteri yang memiliki AHL-laktonase seperti
Bacillus sp., Arthrobacter sp., Agrobacterium tumefaciens, dan Rhodococcus erythropolis. AHL-laktonase pada Microbacterium testaceum StLB037 disandikan oleh gen aiiM. Hasil analisis 16S rRNA menunjukkan isolat BAL2a mirip dengan Uncultured bacterium clone ncd1261e03c1 (nilai identitas 89%), isolat NTT6B6 mirip dengan Bacillus subtilis
strain HU48 (nilai identitas 99%). Hasil analisis 16S rRNA isolat NTT6B7 mirip dengan Bacillus subtilis strain GD1 (nilai NTT3e
NTT3a
Bacillus sp. 91 (ABQ42910.1)
Bacillus thuringiensis (ABN11118.1)
Bacillus sp. EGU18 (AEB20400.1)
Bacillus cereus (AEA48310.1)
Agrobacterium tumefaciens (AAL13075.1)
Pseudomonas sp. THA3 (AAP68798.1)
Pseudomonas sp. 130 (AAC34685.2)
Streptomyces sp. M664 (AAT68473.1)
Ralstonia sp. XJ12B (AAO41113.1)
Ralstonia solanacearum GMI1000 (NP 52066)
6
identitas 99%), isolat NTT3e mirip dengan
Bacillus sp. NIOT-3 (nilai identitas 99%), dan isolat NTT3a mirip dengan Bacillus sp. AF-777 (nilai identitas 97%). Menurut Dong et al.
(2002), genus Bacillus sebagian besar memiliki gen aiiA yang menyandikan AHL-laktonase. Chan et al. (2007) juga melaporkan bahwa sebanyak 12 isolat dari 50 isolat
Bacillus yang diisolasi dari tanah tropis memiliki gen yang homolog dengan gen aiiA. Analisis filogenetik gen pendegradasi AHL menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dengan boostrap 1000x menunjukkan bahwa isolat NTT3a dan isolat NTT3e terletak dalam satu klaster dengan bakteri penghasil AHL-laktonase Bacillus Sp. 91 (Gambar 4). Nilai konsistensi boostrap antara NTT3a dan NTT3e mencapai 90% yang menunjukkan bahwa gen aiiA pada kedua isolat ini sangat mirip. Pohon filogenetik tersebut membentuk dua klaster besar yang terpisah yaitu klaster bakteri yang menghasilkan AHL-laktonase dan acylase. Sekuen enzim AHL-laktonase terdistribusi luas pada beberapa organisme meliputi Actinobacteria, Acido-bacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Deino-coccus-Thermus, Firmicutes, α -Proteobac-teria, β-Proteobacteria, γ-Proteobacteria, δ -Proteobacteria, Euryarchaeota, Crenarchaeota, Sphingobacteria, Spirochaetales, Nitrospira-les, and Planctomycetes. Namun hanya dua kelompok yaitu Firmicutes (12 genus dan 22
spp.) dan α-Proteobacteria (18 genus dan 22 spp.) yang memiliki aktivitas AHL-laktonase. Distribusi sekuen AHL-acylase lebih sempit dibandingkan sekuen AHL-laktonase. Distribusi sekuen enzim AHL-acylase meliputi Actinobacteria, Cyanobacteria, Bac-teroidetes, Deinococcus-Thermus, Firmicutes,
α-Proteobacteria, β-Proteobacteria, γ -Proteo-bacteria, δ-Proteobacteria, Euryarchaeota dan Crenarchaeota. Distribusi sekuen acylase sangat berbeda dengan sekuen AHL-laktonase. γ-Proteobacteria merupakan kelompok terbesar yang mengandung aktivitas AHL-acylase (20 genus dan 31 spp.) (Kalia et al. 2011).
SIMPULAN
Isolat NTT3e dan NTT3a memiliki gen
aiiA yang homolog dengan AHL-laktonase pada Bacillus sp. 91. Gen 16S rRNA isolat NTT3e mirip dengan Bacillus sp. NIOT-3 (nilai identitas: 99%). Sedangkan isolat NTT3a mirip dengan Bacillus sp. AF-777 (nilai identitas: 97%). Isolat PAD1a, BAL2a, NTT6B6, dan NTT6B7 memiliki aktivitas
degradasi AHL namun tidak berhasil diamplifikasi gen aiiAnya. Berdasarkan analisis gen 16S rRNA, isolat PAD1a mirip dengan Microbacterium sp. Bg-7, BAL2a mirip dengan Uncultured bacterium clone
ncd1261e03c1, NTT6B6 mirip dengan
Bacillus subtilis strain HU48, dan NTT6B7 mirip dengan Bacillussubtilis strain GD1.
SARAN
Perlu dilakukan karakterisasi molekuler gen pendegradasi AHL pada isolat yang memiliki aktivitas degaradasi AHL namun tidak berhasil diamplifikasi gen aiiAnya menggunakan primer aiiAF dan aiiAR.
DAFTAR PUSTAKA
August PR, Grossman TH, Minor C, Draper MP, MacNeil IA, Pemberton JM, Call KM, Holt D, Osburne S. 2000. Sequence analysis and functional characterization of the violacein biosynthetic pathway from
Chromobacterium violaceum. J Mol Microbiol Biotechnol 2: 513-519.
Chan KG, Tiew SZ. Ng CC. 2007. Rapid isolation method of soil bacilli and screening of their quorum quenching activity. Asia Pacific J Mol Biol and Biotechnol 15: 153-156.
Czajkowski R, Jafra S. 2009. Quenching of acyl-homoserine lactone-dependent quorum sensing by enzymatic disruption of signal molecules. Acta Biochim Polonica 56: 1-16.
Dong YH, Xu JL, Li XC, Zang LH. 2000.
aiiA, a novel enzyme inactivates acyl homoserine-lactone quorum-sensing signal and attenuates the virulence of Erwinia carotovora. Proc Natl Acad Sci 97:3526– 3531.
Dong YH, Gusti AR, Zhang Q, Xu JL, Zhang LH. 2002. Identification of quorum-quenching N-acyl homoserine lactonases from Bacillus species. Appl Environ Microbiol 68:1754–1759.
Dong YH, Zhang LH. 2005. Quorum sensing and quorum-quenching enzymes. J Microbiol 43: 101-109.
Gera C, Srivastava S. 2006. Quorum sensing: the phenomenon of microbial communication. Current Sci 90: 666-675. Kalia VC, Raju SC, Purohit HJ. 2011.
enzymes: acyl-homoserine lactone-acylase and –lactonase. Open Microbiol J 5: 1-13. Marchesi JR, Sato T, Weightman AJ, Martin
TA, Fry JC, Hiom SJ, Wade WG. 1998. Design and evaluation of useful bacterium-specific PCR primer that amplify genes coding for bacterial 16S rRNA. Appl Environ Microbiol 64: 795-799.
Rasmussen TB, Givskov M. 2006. Quorum sensing inhibitors: a bargain of effects.
Microbiology 152: 895-904.
Rukayadi Y, Hwang JK. 2009. Pencegahan
quorum sensing: suatu pendekatan baru dalam mengatasi infeksi bakteri.
Medicinus 22: 22-27.
Sambrook J, Russell DW. 2001. Molecular Cloning: a Laboratory Manual Third Edition. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Pr.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2007. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0.
Mol Biol Evol 24: 1596-1599.
Wang LH, Weng LX, Dong YH, Zhang LH. 2004. Specifity and enzyme kinetics of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone lactonase (AHL-lactonase). J Biol Chem 279: 13645-13651.
Wang WZ, Morohoshi T, Ikenoya M, Someya N, Ikeda T. 2010. AiiM, a novel class of N-acylhomoserine lactonase from the leaf-associated bacterium Microbacterium testaceum. Appl and Environ Microbiol
Lampiran 1 Komposisi media pertumbuhan bakteri
1. Nutrient Agar (NA)
0.8 g nutrient broth (NB)
1.5 g agar
100 ml akuades
2. Luria Broth (LB)
1 g Trypton 1 g NaCl
0.5 g yeast extract 100 ml akuades
3. Luria Agar (LA) untuk pertumbuhan Chromobacterium violaceum 1 g Trypton
1 g NaCl
0.5 g yeast extract 0.1 g CaCO3 1.5 g agar
100 ml akuades
4. Luria Agar (LA) semi padat
1 g Trypton 1 g NaCl
0.5 g yeast extract 0.1 g CaCO3 1 g agar
10
Lampiran 2 Hasil pewarnaan Gram isolat-isolat pendegradasi AHL
PAD1a
(perbesaran 100 x 10)
BAL2a (perbesaran 100 x 10)
NTT6B6 (perbesaran 100 x 10) NTT6B7
(perbesaran 100 x 10)
NTT3e (perbesaran 100 x 10) NTT3a
Lampiran 3 Hasil pewarnaan endospora isolat NTT6B7
12
Lampiran 4 Hasil sekuen gen aiiA, BLAST-N, dan BLAST-X isolat NTT3a dan NTT3e
A) Urutan nukleotida gen aiiA isolat NTT3a
TTTTCAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATTTATTGAA CTTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAGATACAGGTATGCCAGAA AGTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTGAAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTG AAGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTGTAGGGTATGAGCCGGACGACCTTTTATATATTATTAG TTCTCACTTACATTTTGATCATGCAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGA ACGGAATATGAGGCAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTAC AAAATTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACTAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATTCTCCAG GCCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGATTGATGCATCTTATAC GAAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATTCGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAA CGTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAATTATTTTCTTTGGTCATGATATAGAGCAGGAAAAG GGTTGTAAAGTGTTCCCGGAATATATATAGTGCAAAAAGTCATGAGCTTACGTGCTCATGACTTTTTCGT TTAAATAATTTTTTTGAATAAGTTATAAACCTTTTTTGAGCTATCTTCATTTAATTGATAGTACTTGAGGTT TACATCATTAGGAGTATCTTGTTGAGAAAATTCGACAAAANNNAAAAAAGAA
B) Hasil BLAST-N sekuen gen aiiA isolat NTT3a dengan data Genbank
|EF537015.1| Bacillus sp. 91 AHL-lactonase gene, complete cds
Length = 753; Score = 1334 bits (722); Expect = 0.0; Identities = 724/725 (99%); Gaps = 0/725 (0%); Strand = Plus/Plus
Query 6 CAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATT 65 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 29 CAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATT 88
Query 66 TATTGAACTTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAG 125 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 TATTGAACTTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAG 148
Query 126 ATACAGGTATGCCAGAAAGTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTG 185 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 ATACAGGTATGCCAGAAAGTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTG 208
Query 186 AAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTGAAGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTG 245 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 AAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTGAAGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTG 268
Query 246 TAGGGTATGAGCCGGACGACCTTTTATATATTATTAGTTCTCACTTACATTTTGATCATG 305 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TAGGGTATGAGCCGGACGACCTTTTATATATTATTAGTTCTCACTTACATTTTGATCATG 328
Query 306 CAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGAACGGAATATGAGG 365 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 CAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGAACGGAATATGAGG 388
Query 366 CAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTACAAAA 425 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 CAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTACAAAA 448
Query 426 TTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACTAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATT 485 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 TTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACCAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATT 508
Query 486 CTCCAGGCCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGA 545 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 CTCCAGGCCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGA 568
Query 546 TTGATGCATCTTATACGAAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATT 605 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 TTGATGCATCTTATACGAAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATT 628
Query 606 CGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAACGTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAA 665 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 CGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAACGTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAA 688
Sbjct 689 TTATTTTCTTTGGTCATGATATAGAGCAGGAAAAGGGTTGTAAAGTGTTCCCGGAATATA 748
Query 726 TATAG 730 |||||
Sbjct 749 TATAG 753
C) Hasil BLAST-X sekuen gen aiiA isolat NTT3a dengan data Genbank
|ABQ42910.1| AHL-lactonase [Bacillus sp. 91]
Length = 250; Score = 488 bits (1256); Expect = 5e-136; Identities = 239/240 (99%); Positives = 239/240 (99%); Gaps = 0/240 (0%); Frame = +1
Query 8 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE 187 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE Sbjct 11 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE 70
Query 188 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA 367 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA Sbjct 71 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA 130
Query 368 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVVLGVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI 547 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVV GVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI Sbjct 131 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVVPGVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI 190
Query 548 DASYTKENFEDEVPFAGFDSELALSSIKRLKEVVAKEKPIIFFGHDIEQEKGCKVFPEYI 727 DASYTKENFEDEVPFAGFDSELALSSIKRLKEVVAKEKPIIFFGHDIEQEKGCKVFPEYI Sbjct 191 DASYTKENFEDEVPFAGFDSELALSSIKRLKEVVAKEKPIIFFGHDIEQEKGCKVFPEYI 250
D) Urutan nukleotida gen aiiA isolat NTT3e
TTTCAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATTTATTGAAC TTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAGATACAGGTATGCCAGAAA GTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTGAAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTGA AGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTGTAGGGTATGAGCCGGACGACCTTTTATATATTATTAGT TCTCACTTACATTTTGATCATGCAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGAA CGGAATATGAGGCAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTACA AAATTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACTAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATTCTCCAGG CCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGATTGATGCATCTTATACG AAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATTCGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAAC GTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAATTATTTTCTTTGGTCATGATATAGAGCAGGAAAAGG GTTGTAAAGTGTTCCCGGAATATATATAGTGCAAAAAGTCATGAGCTTACGTGCTCATGACTTTTTCGTTT AAATAATTTTTTTGAATAAGTTATAAACCTTTTTTGAGCTATCTTCATTTAATTGATAGTACTTGAGGTTT ACATCATTAGGAGTATCTTGTTGAGGAATTCAACAAAAAAAATATGCGNTAGATGTTAGCGTTCTGGTTG GAAATCCGCATCAATAGTCGGTACATCTTCACCGACTAGNACGTGTAGC
E) Hasil BLAST-N sekuen gen aiiA isolat NTT3e dengan data Genbank
|EF537015.1| Bacillus sp. 91 AHL-lactonase gene, complete cds
Length = 753; Score = 1334 bits (722); Expect = 0.0; Identities = 724/725 (99%); Gaps = 0/725 (0%); Strand=Plus/Plus
Query 4 CAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATT 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 29 CAGCAGGTCGTTGTATGTTAGATCATTCTTCTGTTAATAGTACACTCGCGCCGGGGAATT 88
Query 64 TATTGAACTTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAG 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 TATTGAACTTACCTGTATGGTGTTATCTTTTGGAGACAGAAGAGGGGCCTATTTTAGTAG 148
Query 124 ATACAGGTATGCCAGAAAGTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 ATACAGGTATGCCAGAAAGTGCAGTTAATAATGAAGGGCTTTTTAACGGTACATTTGTTG 208
Query 184 AAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTGAAGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 AAGGACAGATTTTACCGAAAATGACTGAAGAAGATAGAATCGTGAATATATTAAAACGTG 268
14
Sbjct 269 TAGGGTATGAGCCGGACGACCTTTTATATATTATTAGTTCTCACTTACATTTTGATCATG 328
Query 304 CAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGAACGGAATATGAGG 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 CAGGAGGAAACGGTGCTTTTACAAATACACCGATTATTGTGCAACGAACGGAATATGAGG 388
Query 364 CAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTACAAAA 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 CAGCACTTCATAGAGAAGAATATATGAAAGAATGTATATTACCGCATTTGAACTACAAAA 448
Query 424 TTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACTAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATT 483 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 TTATTGAAGGGGATTATGAAGTGGTACCAGGTGTGCAATTATTGTATACGCCAGGCCATT 508
Query 484 CTCCAGGCCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGA 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 CTCCAGGCCATCAGTCGCTATTAATTGAGACAGAAAAATCCGGTCCTGTATTATTAACGA 568
Query 544 TTGATGCATCTTATACGAAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATT 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 TTGATGCATCTTATACGAAAGAAAATTTTGAAGATGAAGTGCCGTTCGCGGGATTTGATT 628
Query 604 CGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAACGTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAA 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 CGGAATTAGCTTTATCTTCCATTAAACGTTTAAAAGAAGTTGTGGCGAAAGAGAAACCAA 688
Query 664 TTATTTTCTTTGGTCATGATATAGAGCAGGAAAAGGGTTGTAAAGTGTTCCCGGAATATA 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 TTATTTTCTTTGGTCATGATATAGAGCAGGAAAAGGGTTGTAAAGTGTTCCCGGAATATA 748
Query 724 TATAG 728 |||||
Sbjct 749 TATAG 753
F) Hasil BLAST-X sekuen gen aiiA isolat NTT3e dengan data Genbank
|ABQ42910.1| AHL-lactonase [Bacillus sp. 91]
Length = 250; Score = 488 bits (1256); Expect = 6e-136; Identities = 239/240 (99%); Positives = 239/240 (99%); Gaps = 0/240 (0%); Frame = +3
Query 6 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE 185 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE Sbjct 11 AGRCMLDHSSVNSTLAPGNLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNNEGLFNGTFVE 70
Query 186 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA 365 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA Sbjct 71 GQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTPIIVQRTEYEA 130
Query 366 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVVLGVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI 545 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVV GVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI Sbjct 131 ALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVVPGVQLLYTPGHSPGHQSLLIETEKSGPVLLTI 190
Lampiran 5 Hasil sekuen gen 16S rRNA dan BLAST-N isolat PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7
A) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat PAD1a
TTTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCA AGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCC TACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGG ATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGCAGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAAAA GCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGG CGTAAAGAGCTCGTACGCGGTTTGTCGCGTCTGCTGTGAAATCCCGAGGCTCAACCTCAGGCCTGCAGTG AGTACGGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATAT CAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGGGTGGG GAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGGAACTAGTTGTGGGGTCCATTCC ACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTC AAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACC TTACCAAGGCTTGACATATACGAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTAAACAGGTG GTGCATGGTTGTCATCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGAGCAACCCTCGTTC TATGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGGAACTCATGGGATACTGCCCGGGTCCACTTCGAAGGAAGGTGGG GATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAAGGTCTTGGGCTTCAAGCATGCTACAATGGCCAGGTACAAAGG GC
B) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat PAD1a dengan data Genbank
|HQ916747.1| Microbacterium sp. Bg-7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Length = 1383; Score = 1838 bits (995); Expect = 0.0; Identities = 1025/1039 (99%); Gaps = 4/1039 (0%); Strand = Plus/Plus
Query 1 TTTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TTTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAA 204
Query 61 TGGCTCACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACT 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 TGGCTCACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACT 264
Query 121 GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAA 180 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 GAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAA 324
Query 181 GCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGC 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 GCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGC 384
Query 241 AGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAAAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCA 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 AGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAAAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCA 444
Query 301 GCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTA 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTA 504
Query 361 CGCGGTTTGTCGCGTCTGCTGTGAAATCCCGAGGCTCAACCTCAGGCCTGCAGTGAGTAC 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 505 GGCGGTTTGTCGCGTCTGCTGTGAAATCCCGAGGCTCAACCTCGGGCCTGCAGTGGGTAC 564
Query 421 GGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAG 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 GGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAG 624
Query 481 ATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAG 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 ATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAG 684
Query 541 CGAAAGGGTGGGGAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGG 600 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16
Query 601 AACTAGTTGTGGGGTCCATTCCACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCG 660 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 AACTAGTTGTGGGGTCCATTCCACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCG 804
Query 661 CCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCG 720 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 CCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCG 864
Query 721 GCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATATAC 780 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 GCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATATAC 924
Query 781 GAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTAAACAGGTGGTGCATGGTTGT 840 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 GAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTAAACAGGTGGTGCATGGTTGT 984
Query 841 CATCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGAGCAACCCTCGTTCTA 900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 985 CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCTA 1044
Query 901 TGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGGAACTCATGGGATACTGCCCGGGTCCACTTCGAAGGA 960 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||
Sbjct 1045 TGTTGCCAGCACGTAATGGTGGG-AACTCATGGGATACTGCCGGGGTCAACT-CGGAGGA 1102
Query 961 AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAAGGTCTTGGGCTTCAAGCATGCTACA 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1103 AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG-TCTTGGGCTTCACGCATGCTACA 1161
Query 1021 ATGGCCAGGTACAAAGGGC 1039 |||||| ||||||||||||
Sbjct 1162 ATGGCC-GGTACAAAGGGC 1179
C) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat BAL2a
GCNCNGTGANTTAGCGGCGGACGGGAGAGTCACACGTGGGTCACCTACCTATNAGACTGGTATCACTCC GGGAAACCGGGGCTAATGCCGGATAACATTTAGAACCGCGTGGTTCTCAAGTGAAGGATGGTTTTGCTAT CACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTGGGGAGGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATACGT ACCCGACCTGAAAGGGGGATCGGCCCCCCGGGAACGGAAACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGC ATTAGGGAATCTTCCGCAAGGGGCAAAAGCCTGACGGANCACCGCCCCGGGGGTGATGAAGGTCTTCGA ATCGAAAAATTTTGTTATTAGGGAAAAACAAATGTGTAAGTAACTGGGCGCGTCTTGACGGTACCTAATC AGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTA TTGGGCGTAAGGGCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAGCCCCGGCTCANNGGNGAGGTCATT GGAACTGGAACTTGAGTGCAGANAGAAGTGNATTCNTGTGTAGCGTGAATGCGCAGAGATATGAGNNCA CNGTGCGAAGCGANTTCTGTCTGTACTGACGCTGATGNGCGAAGCGTNNNNCNNCAGNTAGATACNTGT AGTCACGCNTAANGATGAGTGCTAGTGTAGGNNNNCNNNNTAGTGCTGCAGCTANGCATTAGCA
D) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat BAL2a dengan data Genbank
|JF072163.1| Uncultured bacterium clone ncd1261e03c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Length = 1372; Score = 854 bits (462); Expect = 0.0; Identities = 609/683 (89%); Gaps = 24/683 (4%); Strand = Plus/Plus
Query 11 TTAGCGGCGGACGGGAGAGTCACACGTGGGTCACCTACCTATNAGACTGGTATCACTCCG 70 ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 70 TTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGAATAACTCCG 129
Query 71 GGAAACCGGGGCTAATGCCGGATAACATTTAGAACCGCGTGGTTCTCAAGTGAAGGATGG 130 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||
Sbjct 130 GGAAACCGGGGCTAATGCCGGATAACATTTAGAACCGCATGGTTCTAAAGTGAAAGATGG 189
Query 131 TTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTGGGGAGGGTAACGGCTT 190 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||
Sbjct 190 TTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTT 249
Query 191 ACCAAGGCAACGATACGTACCCGACCTGAAAGGGGGATCGGCCCCCCGGGAACGGAAACA 250 ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| | | ||||| || |||
Sbjct 250 ACCAAGGCAACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACA 309
||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 310 CGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGA 369
Query 311 CGGANCACCGCCCCGGGGGTGATGAAGGTCTTCGAATCGAAAAATTTTGTTATTAGGGAA 370 |||| || |||| || |||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||
Sbjct 370 CGGAGCAACGCCGCGTGGGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAA 429
Query 371 AAACAAATGTGTAAGTAACTGGGCGCGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTA 430 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 GAACAAATGTGTAAGTAACTGTGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTA 489
Query 431 ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGC 490 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 490 ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGC 549
Query 491 GTAAGG-GCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAA-GCCC-CGGCTCANNGGNG-A 546 |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | | |
Sbjct 550 GTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGA 609
Query 547 GG-TCATTGGAA-CTGG-AA-CTTGAGTGCAGAN-AG-AA-GTGNA-TTCN-TGTGTAGC 597 || ||||||||| |||| || |||||||||||| || || ||| | ||| ||||||||
Sbjct 610 GGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGC 669
Query 598 G-TGAA-TGCGCAGAGATATG-AGNN-CACN-GTG-CGAAG-CGANTT-CTG-TCTGTA- 647 | |||| |||||||||||||| || ||| ||| ||||| ||| || ||| ||||||
Sbjct 670 GGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAA 729
Query 648 CTGACGCTGATGNGCGAA-GCGT 669 |||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 730 CTGACGCTGATGTGCGAAAGCGT 752
E) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat NTT3a
GGGAGAAGTATAGAGCTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGTGTAACCTGCC CATAAGACTGGTATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGAATAATATTTTGAACCGCATGGTTCGC AATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCTTTAGCTATGTGGTGAGGTAACG GCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGGCACACTGGGACTGACACGCGGCC CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGC GTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGC TGGCACCTTGACGGTACCTAACCATAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCACCCGCGATTATACT
F) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat NTT3a dengan data Genbank
|FJ611939.1| Bacillus sp. AF-777 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Length = 1522; Score = 776 bits (420); Expect = 0.0; Identities = 455/471 (97%); Gaps = 5/471 (1%); Strand = Plus/Plus
Query 12 AGAGC-TGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGTGTAACCTGCCC 70 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 71 AGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGG-GTAACCTGCCC 129
Query 71 ATAAGACTGGTATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGAATAATATTTTGAACCGCA 130 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 130 ATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGG-ATAATATTTTGAACCGCA 188
Query 131 TGGTTCGCAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCTTTAG 190 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 189 TGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAG 248
Query 191 CTATG-TGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGA 249 ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 249 CTA-GTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGA 307
Query 250 TCGGGCACACTGGGACTGACACGCGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATC 309 |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 TCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATC 367
Query 310 TTCCACAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGT 369 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18
Query 370 CGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGG 429 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 CGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGG 487
Query 430 TACCTAACCATAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCACCCGCGATTATAC 480 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||
Sbjct 488 TACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAC 538
G) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat NTT3e
GGGGAAGGGTTAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCC CATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAA ATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT GAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTG GCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCC CACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCA TGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAAC TGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTTAAACG ATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTACTGCTGCAGTTTAACGCATTTAATAATTTC
H) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat NTT3e dengan data Genbank
|AM981260.1| Bacillus sp. NIOT-3 partial 16S rRNA gene, isolate NIOT-3
Length = 1445; Score = 1461 bits (791); Expect = 0.0; Identities = 807/814 (99%); Gaps = 3/814 (0%); Strand = Plus/Plus
Query 4 GAAGGGTTAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAA 63 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 GAAGGATTAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAA 87
Query 64 CCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGA 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 88 CCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGA 147
Query 124 ACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 ACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCG 207
Query 184 CATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCA-CAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG 242 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 208 CATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG 267
Query 243 GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGG 302 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGG 327
Query 303 GAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTT 362 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 GAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTT 387
Query 363 CGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTT 422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 CGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTT 447
Query 423 GACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG 482 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 GACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG 507
Query 483 GTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCT 542 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 GTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCT 567
Query 543 GATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCA 602 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query 603 GAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACC 662 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 GAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACC 687
Query 663 AGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCA 722 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 AGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCA 747
Query 723 AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGG 782 ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGT-AAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGG 806
Query 783 GTTTCCGCCCTTTACTGCTGCAGTTTAACGCATT 816 |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||
Sbjct 807 GTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTT-AACGCATT 839
I) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat NTT6B6
GGGGGGGAAAAGGGACTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCT GTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAAC ATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCC AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCG TGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGC GGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG TGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGC CCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCC ACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAA CTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGG GAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTT TAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCC CCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC CCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGA CAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCT
J) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat NTT6B6 dengan data Genbank
|EF101707.1| Bacillus subtilis strain HU48 16S ribosomal RNA (rrnE) gene, partial sequence Length = 1427; Score = 2109 bits (1142); Expect = 0.0; Identities = 1147/1149 (99%); Gaps = 1/1149 (0%); Strand = Plus/Plus
Query 5 gggAAAAGGGACTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACC 64 |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGGAGAAGGGACTTGCT-CCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACC 59
Query 65 TGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAAC 124 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAAC 119
Query 125 CGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCA 184 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCA 179
Query 185 TTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGG 244 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGG 239
Query 245 TGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGA 304 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGA 299
Query 305 ATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCG 364 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCG 359
20
Sbjct 360 GATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGA 419
Query 425 CGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT 484 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT 479
Query 485 GGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGA 544 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGA 539
Query 545 TGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGA 604 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGA 599
Query 605 AGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAG 664 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAG 659
Query 665 TGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAA 724 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAA 719
Query 725 CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTT 784 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTT 779
Query 785 TCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAA 844 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAA 839
Query 845 GACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT 904 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT 899
Query 905 CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGA 964 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGA 959
Query 965 CGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAG 1024 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAG 1019
Query 1025 ATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTG 1084 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTG 1079
Query 1085 GGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAT 1144 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAT 1139
Query 1145 CATGCCCCT 1153 |||||||||
Sbjct 1140 CATGCCCCT 1148
K) Urutan nukleotida gen 16S rRNA isolat NTT6B7
L) Hasil BLAST-N sekuen gen 16S rRNA isolat NTT6B7 dengan data Genbank
|HM055597.1| Bacillus subtilis strain GD1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Length = 1452; Score = 1879 bits (1017); Expect = 0.0; Identities = 1025/1028 (99%); Gaps = 3/1028 (0%); Strand = Plus/Plus
Query 7 ggA-AAATGGGAGCTTGCT-CCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAA 64 ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 GGACAAATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAA 91
Query 65 CCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGA 124 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 92 CCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGA 151
Query 125 ACCGCATGGTTCAAACATAAAAGG-GGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCG 183 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 ACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCG 211
Query 184 CATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 CATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG 271
Query 244 GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGG 303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGG 331
Query 304 GAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTT 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 GAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTT 391
Query 364 CGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTT 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 CGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTT 451
Query 424 GACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 GACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG 511
Query 484 GTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCT 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 GTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCT 571
Query 544 GATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCA 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 GATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCA 631
Query 604 GAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACC 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 GAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACC 691
Query 664 AGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCG 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 AGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCG 751
Query 724 AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGG 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGG 811
Query 784 TTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGC 843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 TTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGC 871
Query 844 AAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 AAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAA 931
Query 904 TTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAG 963 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22
Query 964 GACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG 1023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 GACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG 1051
Query 1024 AGATGTTG 1031 ||||||||
ABSTRAK
AIDATUN FITRIYAH. Isolasi dan karakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase asal lahan pertanian luar pulau Jawa. Dibimbing oleh IMAN RUSMANA dan ALINA AKHDIYA.
Quorum sensing (QS) adalah komunikasi antar sel bakteri yang dimediasi oleh autoinduser (AI) untuk mengatur ekspresi gen-gen tertentu ketika populasi sel bakteri telah mencapai quorum. AI bakteri Gram negatif adalah N-acyl homoserine lactone (AHL). Sistem QS bekerja pada gen-gen untuk perilaku populasi bakteri seperti pembentukan biofilm, virulensi pada inang, bioluminescence, dan pembentukan antibiotik. Proses QS dapat dirusak oleh senyawa anti-QS. AHL-laktonase merupakan salah satu senyawa anti-QS yang disandikan oleh gen aiiA. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL-laktonase asal 16 lahan pertanian luar pulau Jawa. Bioesai aktivitas degradasi AHL dilakukan menggunakan
Chromobacterium violaceum sebagai bioindikator. Gen aiiA dideteksi dengan menggunakan primer spesifik aiiAF dan aiiAR, sedangkan identifikasi molekuler dilakukan berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Sebanyak 58 isolat bakteri berhasil diisolasi dan enam diantaranya memiliki aktivitas degradasi AHL (PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7). Di antara enam isolat tersebut, hanya isolat NTT3a dan NTT3e yang menunjukkan amplikon berukuran 800 bp ketika diamplifikasi menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Analisis terhadap sekuen gen aiiA
pada isolat NTT3a dan NTT3e menunjukkan tingkat homologi 99% dengan gen AHL-laktonase
Bacillus sp. 91.
Kata kunci: quorum sensing, autoinduser, AHL-laktonase, gen aiiA.
ABSTRACT
AIDATUN FITRIYAH. Isolation and characterization of AHL-lactonase producing bacteria from agricultural land outside Java. Under supervision of IMAN RUSMANA and ALINA AKHDIYA.
Quorum sensing (QS) is communication between bacterial cells mediated by autoinducer (AI) to regulate the expression of specific genes in certain bacterial population quorum. AI of Gram negative bacteria is N-acyl homoserine lactone (AHL). QS system controls behaviors of bacterial population on biofilm formation, virulence, bioluminescence, and formation of antibiotics. QS process can be inhibited by anti-QS compound. AHL-lactonase is one of anti-QS compound encoded by aiiA gene. The aims of this study were to isolate and characterize bacteria producing AHL-lactonase from agricultural land outside Java. Soil samples were taken from 16 locations of agricultural lands. Bioassay was performed by AHL degradation of Chromobacterium violaceum. Detection of aiiA gene was conducted using specific primer aiiAF and aiiAR, while molecular identification was conducted based on 16S rRNA gene sequence. It was found that from 58 isolates, six isolates had AHL degradation activity i.e. PAD1a, BAL2a, NTT3a, NTT3e, NTT6B6, dan NTT6B7 isolates. Two isolates (i.e. NTT3a
