STRUKTUR GENETIK PENYU HIJAU (Chelonia Mydas) DI LOKASI PANTAI PENELURAN PALOH KALIMANTAN BARAT
SKRIPSI
Diajukan Untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Diajukan Oleh: Maulid Dio Suhendro
1009005053
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR 2014
Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh-sungguh kami berpendapat bahwa tulisan ini baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat diajukan sebagai skripsi untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan.
Ditetapkan di……….. tanggal………...
Panitia Penguji:
Drh. Ida Bagus Windia Adnyana, Ph.D Ketua
Prof .Dr. drh I Gusti Ngurah Kd Mahardika Sekretaris
Dr. drh I Nengah Wandia MS Anggota
drh. Sri Karyati Widiastuti MSi. Anggota
Dr. drh I Ketut Suatha MSi Anggota
LEMBAR PENGESAHAN
STRUKTUR GENETIK PENYU HIJAU (CHELONIA MYDAS) DI LOKASI PANTAI PENELURAN PALOH KALIMANTAN BARAT
SKRIPSI
Diajukan Untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Diajukan Oleh: Maulid Dio Suhendro
1009005053
Menyetujui/Mengesahkan Pembimbing I
drh. Ida Bagus Windia Adnyana,Ph.D NIP. 196404011990031002
Pembimbing II
Prof. Dr. drh I Gusti Ngurah Kd Mahardika NIP. 196310271989031004
Dekan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana
Dr.drh I Nyoman Adi Suratma MS NIP. 19600305 198703 1 001
DAFTAR ISI Halaman RIWAYAT HIDUP ... i ABSTRAK ... ii ABSTRACT... iii UCAPAN TERIMAKASIH ... iv DAFTAR ISI ... vi
DAFTAR TABEL ... viii
DAFTAR GAMBAR ... ix DAFTAR LAMPIRAN ... xi BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang ... 1 1.2 Rumusan Masalah ... 4 1.3 Tujuan Penelitian ... 4 1.4 Manfaat Penelitian ... 5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Taksonomi Penyu hijau ... 6
2.2 Morfologi Penyu hijau ... 7
2.3 Siklus Hidup ... 9
2.4 Habitat Peneluran Penyu hijau ... 11
2.5 DNA Mitokondria ... 12
2.6 (PCR)Polymerase chain reaction ... 14
2.7 Kerangka Konsep... 16
BAB III MATERI DAN METODE 3.1 Materi Penelitian ... 18 3.1.1 Obyek ... 18 3.1.2 Alat ... 18 3.1.3 Bahan ... 18 3.2 Metode Penelitian ... 19 3.2.1 Rancangan Penelitian ... 19 3.2.2 Variabel Penelitian ... 19
3.2.3 Cara Pengumpulan Data ... 20
3.2.4 Prosedur Penelitian... 20
a) Pengambilan sampel jaringan ... 20
b) Ekstraksi DNA ... 20
c) PCR dan sekuensing ... 21
3.3 Jenis dan Sumber data ... 23
3.4 Analisis Data ... 24
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil ... 21
4.1.1 Hasil Struktur Genetik Penyu hijau... 21
4.1.2 Keragaman Haplotipe dan Jarak Genetik ... 28
4.2 Pembahasan ... 38
BAB V SIMPULAN DAN SARAN 5.1 Simpulan ... 39
5.2 Saran ... 40 DAFTAR PUSTAKA ... LAMPIRAN ...
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1. Daftar pembuatan produk PCR ... 22
2. Polimorfic Sites ... 27
3. Jenis dan Frekuensi haplotipe ... 27
4. Analisis Jarak Genetik ... 28
5. Analisis Arliquin Pantai Peneluran Australasia ... 31
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Morfologi Penyu hijau ... 8
2. Siklus Hidup penyu ... 10
3. Bagan Kerangka Pemikiran ... 17
4. Lokasi Pantai Peneluran Paloh. Kalimantan Barat. ... 25
5. Elektroforesis produk PCR ... 26
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Lampiran haplotipe ... 45 2. Hasil pengurutan sequencing ... 46 3. Hasil Sequencing haplotipe ... 47
RIWAYAT HIDUP
Maulid Dio Suhendro dilahrikan di Kota Singkawang, Provinsi Kalimantan Barat, pada tanggal 10 September 1992, sebagai anak keempat dari pasangan Suparno dan Nanik Minarsih.
Pada tahun 1998 penulis menyelesaikan pendidikan Taman Kanak-kanak Pembina-Singkawang, kemudian menyelesaikan pendidikan di Sekolah Dasar Negeri 21-Singkawang pada tahun 2004. Pada tahun 2007 menyelesaikan pendidikan di Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama Negeri 3- Singkawang dan di tahun 2010 penulis menyelesaikan pendidikan di Sekolah Menengah Atas Negeri 1-Singkawang.
Penulis diterima di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana pada tahun 2010 melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB) pada bulan agustus. Bulan April 2014 penulis melakukan penelitian dengan judul “STRUKTUR GENETIK PENYU HIJAU (CHELONIA MYDAS) DI LOKASI PANTAI PENELURAN PALOH KALIMANTAN BARAT” sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan(SKH) pada Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
ABSTRAK
STRUKTUR GENETIK PENYU HIJAU (Chelonia mydas) DI LOKASI PANTAI PENELURAN PALOH KALIMANTAN BARAT
Oleh:
Maulid Dio Suhendro 1009005053
Penyu merupakan satwa liar yang di lindungi. Konsep ini diambil berdasarkan pada perjalanan hidup penyu mulai dari tukik hingga dewasa yang penuh dengan perjuangan dan migrasi. Sikap penyu yang selalu bermigrasi dapat ditentukan dengan tekhnik genetik molekuler yang berguna untuk identifikasi hubungan antar struktur populasi penyu pada suatu pantai peneluran dengan pantai peneluran lainnya, hal ini sangat diperlukan untuk menentukan menejemen unit dan konservasinya. Penelitian ini dilakukan untuk mengungkap genetik penyu hijau yang bertelur di Paloh Kalimantan Barat.
Penelitian ini menggunakan 25 sampel jaringan dari 25 individu penyu Hijau yang diambil di habitat peneluran. Isolasi mtDNA dilakukan melalui teknik PCR (Polimerase Chain Reaction). Analisis hasil sekuen DNA dilakukan dengan menggunakan program MEGA5. Analisis Fst dilakukan dengan program Arlequin dan dibandingkan dengan 29 lokasi peneluran di Australasia.
Haplotipe dominan yang ditemukan pada penyu hijau di Paloh adalah C3 (60%) diikuti dengan haplotipe C4 (36 %) dan B5 (4%). Habitat peneluran Paloh secara genetik memiliki kesamaan yang signifikan dengan pantai peneluran P. Redang Serawak Malaysia dan Sukamade, Indonesia. Serta memiliki kesamaan dengan pantai peneluran Pengumbahan Indonesia, dan Sipadan, Paka Island Malaysia.
Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa sebagian populasi penyu Hijau yang berada pada habitat peneluran pantai Paloh, berasal dari habitat peneluran disekitar Perairan Laut Cina Selatan, mencakup peneluran didaerah P.Redang, Sipadan dan Paka Malysia Turtle Islands. Studi yang lebih mendalam diperlukan yang mencakup wilayah yang lebih luas.
ABSTRACT
GENETIC STRUCTURE OF GREEN TURTLE (Chelonia mydas) In Nesting beaches Paloh “WEST KALIMANTAN”
By
Maulid Dio Suhendro 1009005053
Turtle is a protected wildlife. This concept was based on the life of the turtle from hatchling to adulthood filled with struggle and migration. Attitudes are always migrating turtles can be determined by molecular genetic techniques that are useful for the identification of the relationship between the structure of the turtle population at nesting beaches with other nesting beaches, it is indispensable to define the management and conservation unit. This research was conducted to reveal genetic green turtles laying Paloh West Kalimantan.
This study used 25 tissue samples from 25 individuals were taken in the Green turtle nesting habitat. Isolation of mtDNA done through PCR (Polymerase Chain Reaction). DNA sequence analysis of the results is done by using MEGA5 program. FST analysis done with the program Arlequin and compared with 29 nesting sites in Australasia.
Dominant haplotype found in green turtles in Paloh is C3 (60%) followed by C4 haplotypes (36%) and B5 (4%). Paloh genetically nesting habitat has significant similarities with P. Redang nesting beaches and Sukamade Sarawak, Malaysia, Indonesia. As well as having similarities with nesting beaches Pengumbahan Indonesia and Sipadan, Malaysia Paka Island.
From these results it can be concluded that most of the population of green turtles nesting habitat located on the beach Paloh, derived from nesting habitat around the South China Sea waters, including spawning areas P.Redang, Sipadan and Paka Malysia Turtle Islands. Deeper study is needed that covers a larger area. Keywords: nesting habitat, PCR, haplotype, Management Unit.
UCAPAN TERIMAKASIH
Puji Syukur penulis ucapkan kehadiran Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan rahmatnya dan kemampuan kepada penulis untuk menyelesaikan skripsi dengan judul “STRUKTUR GENETIK PENYU HIJAU (CHELONIA MYDAS) DI LOKASI DI PANTAI PENELURAN PALOH KALIMANTAN BARAT”.
Penulisan Skripsi ini disusun guna melengkapi syarat memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana. Dalam Penulisan ini banyak dijumpai hambatan dan kesulitan yang memperlambat proses penulisan skripsi.
Melalui kesempatan ini penulis menyampaikan rasa terima kasih yang tulus kepada :
1. Bapak Dr.drh.I Nyoman Adi Suratma.Ms selaku dekan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
2. Bapak drh. Ida Bagus Windia Adnyana, Ph.D, selaku pembimbing I atas bimbingan , petunjuk dan sarannya selama penelitian dan penyusunan skripsi ini.
3. Bapak Prof. I Gusti Ngurah Kadek Mahardika, selaku pembimbing II atas bimbingan, petunjuk dan sarannya selama penelitian dan penyusunan skripsi ini.
4. Para Dosen Penguji Dr.drh I Nengah Wandia.M.Si., drh.Srikaryati Widiastuti dan Prof.Dr.drh Iwan Harjono Utama MS
5. Orang tua saya. Suparno dan Nanik Minarsih, Abang (Eko Suprapto dan Tri Anggoro) Kakak (drh.Dwi Suprapti Msi) serta Keluarga besar di Singkawang yang senantiasa memberikan dorongan dan motivasi.
6. Ni Kadek Dita Cahyani, Andre Sembiring, Samsul Bahri, Yuli, Angka, dan drh.Jaya Ratha, M.Si. drh.Hidayatul Annisa atas dukungan dan bimbingan sehingga skripsi ini dapat diselesaikan dengan baik.
7. Minpro Rothschildi yang selalu menjadi semangat saya dan LPM Suara Satwa yang selalu mengajarkan saya menulis.
8. Seluruh angkatan 2010 yang selalu mendukung dan membantu selama proses terlaksananya seminar usulan penelitian proposal hingga sidang skripsi, Khamid, Eggy, Agung, Ilham, Rio, Annas,Elda, Deny, Ratna Bayu, Gilang, Vany, Galuh, Isnan, Fiki, Central dan lainnya. Serta kakak-kakak kelas yang memberikan bimbingan Mas Dodi, Eka randi, mba Ruth, Mas Dinar, Wahyu”temon”, Madhan, dan Angkatan 2011,2012 dan 2013. 9. Terima Kasih saya ucapkan penghuni “Kontrakan Sadar20” Fahri
“Musang”, Fidry “Panjul”, Bina, Afri “Gendut”, Agar “Dodo”, Yoga “Agoy”, Tegar “Arga”, Andre “Bang Ocid”,ilham, Resha,Opant dan Kiki yang selalu meramaikan kontrakan seperti biasa.
Karena itu saran dan kritik membangun sangat diharapkan guna kesempurnaan isi dan Penyusunan Skripsi.
Akhir kata, Semoga Bermanfaat bagi kita semua.
Denpasar, 11 Juli 2014
