ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.) Ivadlil Kamal H0713094

(1)

i

ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS

RAPD PADA SAWO (

ACHRAS ZAPOTA

_L.)

SKRIPSI

untuk memenuhi sebagian persyaratan

guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian

Di Fakultas Pertanian

Universitas Sebelas Maret

Oleh :

Ivadlil Kamal

H0713094

PROGRAM STUDI AGROTEKONOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

(2)

ii

SKRIPSI

ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS

RAPD PADA SAWO (

ACHRAS ZAPOTA

_L.)

Ivadlil Kamal

H0713094

Surakarta, Juli 2017

Fakultas Pertanian UNS

Dekan

Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S. NIP. 195602251986011001

Pembimbing Utama

Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si. NIP. 197006091994022001

Pembimbing Pendamping

(3)

iii

SKRIPSI

ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS

RAPD PADA SAWO (

ACHRAS ZAPOTA

_L.)

yang dipersiapkan dan disusun oleh :

Ivadlil Kamal

H0713094

Telah dipertahankan di depan Tim Penguji Pada tanggal : Juli 2017 Dan dinyatakan telah memenuhi syarat untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian

Program Studi Agroteknologi

Susunan Tim Penguji

Ketua

Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si. NIP. 197006091994022001

Anggota I

Dr. Ir. Parjanto, M.P. NIP. 196203231988031001

Anggota II

(4)

iv

PERNYATAAN

Dengan ini saya Nama : Ivadlil Kamal NIM : H0713094 Program Studi Agroteknologi menyatakan bahwa dalam skripsi saya yang berjudul “ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA

SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.)” _{ini tidak terdapat karya yang pernah diajukan}

untuk memperoleh gelar akademik dan sepanjang pengetahuan penulis juga

tidak ada unsur plagiarism, falsifikasi, fabrikasi karya, data atau pendapat yang

pernah ditulis atau diterbitkan penulis lain, kecuali yang secara tertulis diacu

dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila dikemudian hari

terbukti ada penyimpangan dari pernyataan tersebut, maka saya bersedia

menerima sanksi sesuai ketentuan yang berlaku.

Surakarta, Juli 2017

Yang menyatakan

(5)

v

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah

melimpahkan segala rahmat dan karunia-Nya, sehingga penulis dapat

menyelesaikan penelitian sekaligus penyusunan skripsi ini. Dalam penulisam

skripsi ini tentunya tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karenanya,

penulis ingin menucapkan terima kasih kepada :

1. Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S. selaku Dekan Fakultas Pertanian

Universitas Sebelas Maret Surakarta.

2. Dr. Ir. Hadiwiyono, M.Si selaku Ketua Jurusan Program Studi Agroteknologi.

3. Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S selaku Pembimbing Akademik atas

waktu, semangat, ilmu dan bimbingan yang diberikan.

4. Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si selaku Pembimbing Utama yang membiayai

pelaksanaan penelitian ini dan memberikan bimbingan dalam penelitian serta

ilmu.

5. Dr. Ir. Parjanto, M.P selaku Pembimbing Pendamping atas dorongan,

semangat, waktu, dan bimbingannya yang diberikan.

6. Kedua orang tua saya serta adik dan keluarga besar yang telah memberikan

dukungan baik secara materi dan spiritual serta tidak henti-hentinya

memberikan semangat yang luar biasa.

7. Teman-teman tim sawo dan sahabat saya Iffah, Levi, Moni dan Ardi yang

memberikan motivasi untuk saya.

8. Teman-teman seperjuangan Agroteknologi Angkatan 2013 “KLOROPLAS”

atas kebersamaan yang telah kita lalui dengan penuh suka dan duka serta

semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.

Penulis menyadari bahwa dalam pembuatan skripsi ini masih banyak

kekurangan. Oleh karena itu, saran dan kritik yang bersifat membangun

sangat diharapkan agar lebih baik. Akhrinya penulis berharap semoga skripsi

ini dapat memberikan manfaat bagi penulis sendiri khususnya dan bagi para

(6)

vi

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ... i

HALAMAN PENGESAHAN ... ii

HALAMAN PERSETUJUAN ... iii

KATA PENGANTAR ... v

III. METODOLOGI PENELITIAN ... 16

A. Tempat dan Waktu Penelitian ... 16

B. Bahan dan Alat Penelitian ... 16

C. Pelaksanaan Penelitian ... 16

D. Analisis Data ... 20

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ... 21

A. Isolasi DNA Sawo ... 21

B. Kualitas DNA Sawo ... 24

C. Amplifikasi DNA Sawo dengan Primer Acak ... 28

D. Analisis Pola Sidik Jari DNA Sawo ... 30

(7)

vii

DAFTAR ISI

(Lanjutan)

A. Kesimpulan ... 37

B. Saran ... 37

(8)

viii

DAFTAR TABEL

Nomor Judul Halaman

1. Jenis primer, urutan basa, jumlah lokus teramplifikasi dan

polimorfisme ... 35

2. Data mentah pita (Alel) Achras zapota aksesi Manyaran dan

(9)

ix

DAFTAR GAMBAR

1. Hasil uji kualitatif dengan elektroforesis DNA sawo (Achras zapota)

aksesi Manyaran dan Bojonegoro dengan metode isolasi

Orozco-castillo ... 28

2. Pita DNA sawo (Achras zapota) hasil amplifikasi aksesi Manyaran

(1) dan aksesi Bojonegoro (2) menggunakan lima primer

(OPD-5;OPD-11;OPC-13;OPC-5;OPC-8) ... 33

3. Interpretasi hasil amplifikasi DNA sawo menggunakan lima primer

(OPD-5;OPD-11;OPC-13;OPC-5;OPC-8). 1 : sawo Manyaran; 2 :

(10)

x

DAFTAR LAMPIRAN

1. Prosedur kerja metode isolasi Orozco-castillo ... 43

2. Prosedur seleksi primer ... 44

3. Dokumentasi penelitian di UGM ... 46

(11)

RINGKASAN

ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA_{L.). Skripsi : Ivadlil Kamal (H0713094).} Pembimbing : Endang Yuni Astuti, Parjanto. Program studi : Agroteknologi, Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta.

Sawo (Achras zapota) merupakan salah satu komoditas buah yang memiliki nilai ekonomi tinggi di Indonesia dan memiliki potensi untuk berkembang menuju pasar internasional. Salah satu hal yang harus diperhatikan untuk meningkatkan pangsa pasar sawo adalah dengan meningkatkan kualitas produksi dari sawo tersebut. Peningkatan kualitas produksi sawo dapat dilakukan dengan perakitan varietas unggul dengan cara mengetahui keragaman genetik sawo. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui primer yang memunculkan pita DNA dan tingkat polimorfisme serta ukuran pita DNA sawo berdasarkan marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).

Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada Yogyakarta dimulai pada bulan Januari 2017 sampai Maret 2017. Penelitian ini dilaksanakan dengan mengamati pita DNA sawo yang dihasilkan dari amplifikasi PCR dengan metode RAPD. Sampel terdiri dari dua aksesi yaitu aksesi Manyaran dan aksesi Bojonegoro. Isolasi DNA menggunakan metode isolasi Orozco-castillo yang telah dimodifikasi. Hasil isolasi DNA sawo kemudian dianalisis berdasarkan metode RAPD menggunakan 5 primer acak yaitu OPC-5, OPC-8, OPC-13, OPD-5, OPB-2, OPB-5, OPH-18 dan OPD-11.

Hasil amplifikasi DNA sawo diamati dengan menggunakan elektroforesis. Pita DNA yang muncul kemudian diterjemahkan ke data biner. Nilai 0 memiliki arti tidak ada pita DNA yang muncul dan nilai 1 memiliki arti ada pita DNA yang muncul dengan ukuran tertentu. Pita DNA yang terlihat kemudian dibandingkan dengan DNA marker yang memiliki fungsi untuk mengukur besarnya pita DNA dalam satuan basepair (bp) pada amplifikasi DNA.

(12)

SUMMARY

ISOLATION OF DNA WITH OROZCO-CASTILLO METHODS AND ANALYSIS RAPD OF SAWO (ACHRAS ZAPOTA_{L.). S1-Thesis: Ivadlil Kamal (H0713094). Supervisor: Endang} Yuni Astuti, Parjanto. Study Program: Agrotechnology, Faculty of Agriculture of Sebelas Maret University (UNS) Surakarta.

Sawo (Achras zapota) is one of the fruit commodities that has the high economic value in Indonesia and the potential to be developed into international market. One of factors that must be considered to increase market segment of sawo is to improve the production quality of sapodilla. It can be done by assembling the superior varieties in terms of knowing the genetic diversity of sawo. This study aims to determine the primer that could show DNA bands and polimorphisme level along with size of DNA bands on RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker.

The research was conducted at Genetics and Plant Breeding Laboratory of Faculty of Agriculture, Universitas Gajah Mada, Yogyakarta, starting from January 2017 until March 2017. It observed the sapwood DNA tape resulted from PCR amplification with using RAPD method. The sample consisted of two accessions: Manyaran accession and Bojonegoro accession. DNA isolation uses the modified Orozco-castillo isolation method. The results of the isolation of Sapodilla DNA were then analyzed based on the RAPD method in terms of 5 random primers including OPC-5, OPC-8, OPC-13, OPD-5, OPB-2, OPB-5, OPH-18 and OPD-11.

The result of amplification of the brown DNA was observed by using electrophoresis. The emerging DNA bands are then translated to binary data. The value of 0 means that no DNA bands appear and the value of 1 means that there are DNA bands that appear with a certain size. The visible DNA bands were then compared to DNA markers in which its function is measuring the amount of DNA bands in the basepair (bp) unit on DNA amplification.