ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD
PADA SAWO
SKRIPSI
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian
di Fakultas Pertanian
Universitas Sebelas Maret
Oleh
Agus Santika Sitepu
H0713012
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD
PADA SAWO
Agus Santika Sitepu
H0713012
Pembimbing Utama
Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si
NIP. 197006091994022001
Pembimbing Pendamping
Dr. Ir. Parjanto, MP
NIP. 196203231988031001
Surakarta, 31 Agustus 2017
Program Studi Agroteknologi
Kepala,
Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S. NIP. 195602251986011001
ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD
PADA SAWO
Yang dipersiapkan dan disusun oleh:
Agus Santika Sitepu
H0713012
Telah dipertahankan di depan Tim Penguji
Pada tanggal:
Dan dinyatakan telah memenuhi syarat
untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian
Program Studi Agroteknologi
Susunan Tim Penguji
Ketua
Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si
NIP. 197006091994022001
Dengan ini saya Nama: Agus Santika Sitepu NIM: H0713012 Program Studi :
Agroteknologi menyatakan bahwa dalam
skripsi saya yang berjudul “
ISOLASI DNA
tidak terdapat karya yang
pernah diajukan untuk memperoleh gelar akademik dan
sepanjang
pengetahuan penulis juga tidak ada unsur plagiarisme, falsifikasi,
fabrikasi
karya, data, atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh penulis
lain,
kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar
pustaka.
Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila dikemudian
hari terbukti ada penyimpangan dari pernyataan tersebut, maka saya bersedia
menerima sanksi sesuai ketentuan yang berlaku.
Surakarta, 31 Agustus 2017
Yang menyatakan
KATA PENGANTAR
Puji Syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah
melimpahkan segala rahmat dan berkat-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan
penelitian sekaligus penyusunan sktipsi ini. Dalam penulisan skripsi ini tentunya penulis
tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karenanya, penulis mengucapkan terimakasih
kepada :
1. Prof. Dr. Ir. Bambang Pujiasmanto, MS., selaku Dekan Fakultas Pertanian Universitas
Sebelas Maret Surakarta.
2. Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si, selaku pembimbing utama yang telah memberikan
banyak arahan, masukan, saran, ide, dan nasehat untuk penulisan skripsi ini.
3. Dr. Ir. Parjanto, M.P. selaku pembimbing pendamping yang telah memberikan koreksi,
bimbingan dan saran dalam penulisan skripsi ini.
4. Ir. Sukaya, M.S. selaku dosen penguji saya yang telah memberikan koreksi, bimbingan
serta saran dalam penulisan skripsi ini.
5. Dr. Ir. Pardono, M. S, selaku dosen pembimbing akademik yang telah memberikan
bimbingan dan nasehat selama perkuliahan.
6. Mamak dan Bapak tercinta, serta adik-adikku, Cheptiana, Sonia dan Okta yang telah
memberikan kasih sayang tak terhingga, doa, nasehat, dan dukungan.
7. Hisyan Fery Yando yang selalu memberikan semangat, doa, dan dukungan
8. Keluarga Alsfifagetsu-Fe yang selalu memberi dukungan dan doa
9. Keluarga Naposo HKBP Solo, Naposo Angkatan 2013, khususnya Ade Indah, Vania,
Grace, Abdi dan Julio yang telah memberikan pengalaman luar biasa, suka, duka, dan
semangat yang diberikan kepada saya.
10. Keluarga Agroteknologi 2013, Keluarga PMK UNS dan PMK FP yang senantiasa
memberikan doa dan dukungan.
Penulis menyadari bahwa dalam pembuatan skripsi ini masih banyak kekurangan.
Oleh karena itu, saran dan kritik yang bersifat membangun sangat diharapkan agar dapat
lebih baik. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat bagi
penulis sendiri khususnya dan bagi para pembanya pada umumnya.
Surakarta, 31 Agustus 2017
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ... i
HALAMAN PENGESAHAN ... ii
HALAMAN PERSETUJUAN ... iii
PERNYATAAN ... iv
III. METODE PENELITIAN ... 13
A. Waktu dan Tempat Penelitian ... 13
B. Alat dan Bahan Penelitian... 13
C. Pelaksanaan Penelitian ... 13
D. Analisis Data... 18
IV. PEMBAHASAN ... 19
A. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Sawo ... 19
B. Identifikasi Keragaman Genetik Sawo ... 24
V. KESIMPULAN DAN SARAN ... 31
A. Kesimpulan ... 31
B. Saran ... 31
DAFTAR PUSTAKA
Nomor Judul Halaman A. Tabel 1. Hasil Uji Kuantitatif DNA Sawo (Achras Zapota) ... 22
B. Tabel 2. Jenis primer, urutan basa, jumlah lokus teramplifikasi dan polimorfisme DNA
sawo ... 27
C. Tabel 3. Matriks Koefisien Kemiripan Genetik Sawo Manyaran dengan sawo
Bojonegoro berdasarkan Amplifikasi DNA ... 29
DAFTAR GAMBAR
Nomor Judul Halaman
A. Gambar 1. Hasil Uji Kualitas DNA dengan Elektroforesis ... 23
B. Gambar 2. Interpretasi hasil amplifikasi DNA sawo menggunakan beberapa primer.
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Judul Halaman
A. Tabel 4. Data Mentah Pita (Alel) sawo (Achras zapota) Aksesi Manyaran dan
Bojonegoro ... 39
B. Gambar 3. Hasil elektroforesis DNA sawo (Achras zapota) menggunakan beberapa
RINGKASAN
ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO. Skripsi : Agus Santika Sitepu (H0713012). Pembimbing: Endang Yuniastuti, Parjanto. Program Studi : Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret Surakarta
Sawo merupakan salah satu tanaman hortikultura yang sangat berpotensial untuk dikembangkan. Akan tetapi penelitian mengenai sawo terutama di bidang molekuler masih sedikit dilakukan. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian mengenai sawo agar dapat dimanfaatkan untuk pemuliaan tanaman. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Januari sampai april 2017 di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Universitas Gajah Mada Yogyakarta.
Penelitian ini dilaksanakan dengan mengamati pita DN menggunakan mesin PCR dengan metode RAPD. Sampel terdiri dari dua aksesi yaitu aksesi Manyaran dan aksesi Bojonegoro. Isolasi DNA yang dilakukan menggunakan metode Doyle and Doyle. Hasil isolasi DNA sawo kemudian dianalisis dengan metode RAPD melalui seleksi primer. Primer yang digunakan yaitu OPA 11, OPA 12, OPA 13, OPA 14, OPA 15, OPA 16, OPA 17, OPA 18, OPA 19, dan OPA 20. Hasil amplifikasi DNA sawo diamati dengan elektroforesis.
SUMMARY
DNA ISOLATION WITH DOYLE AND DOYLE METHOD AND RAPD ANALYSIS ON SAPODILLA (ACHRAS ZAPOTA). Thesis : Agus Santika Sitepu (H0713012). Supervisor : Endang Yuniastuti, Parjanto. Study Program : Agrotechnology, Faculty of Agriculture,
Sebelas Maret University.
Spodilla horticultural crops is one of a very potentially expanded. However, resarch
of sapodilla especially in molecular field is still a bit to do. Therefore need to do research on
sapodilla so it can be used for plan breeding. The research was conducted from January to
april 2017 at the Laboratory of Genetica and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Gajah
Mada University.
This research was carried outby watching the band and using RAPD method with
PCR machine.the sample consist of two accessions, namely Manyaran accession and
Bojonegoro accession. DNA isolation is carried out using the method of Doyle and Doyle.
The result of the DNA isolation of sapodolla then analyzed by RAPD methode through
theprimer selection. The primer used is OPA 11, OPA 12, OPA 13, OPA 14, OPA 15, OPA
16, OPA 17, OPA 18, OPA 19 and OPA 20. Sapodilla DNA amplification result observed
with electrophoresis.
From the primer selection is done, found 7 primer that show a band of DNA, that is
OPA 11, OPA 13, OPA 16, OPA 18, OPA 19, and OPA 20. The total amount of DNA band
are band that have a range of 34 bands 200-900 BP. Presentation the most polymorphic
bands high is 50% obtained from amplification primer OPA 11 and OPA 19, while the
presentation of the most polimorphic low is amplification 33,33% obtained from OPA 20. The
genetic similarity of Manyaran sapodilla and Bojonegoro sapodilla calculated based on
