commit to user
i
KEANEKARAGAMAN ARCHAEA METANOGENIK PADA PROSES FERMENTASI ANAEROB LIMBAH ORGANIK RUMAH TANGGA
Skripsi
Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh gelar Sarjana Sains
Oleh:
Nunung Ria Nursanti NIM. M 0409045
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SEBELAS MARET
commit to user
ii 2014
commit to user
iii
PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi ini adalah hasil penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, serta tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Apabila di kemudian hari dapat ditemukan adanya unsur penjiplakan maka gelar kesarjanaan yang telah diperoleh dapat ditinjau dan/atau dicabut.
Surakarta, Januari 2014
Nunung Ria Nursanti NIM. M 0409045
commit to user
iv
KEANEKARAGAMAN ARCHAEA METANOGENIK PADA PROSES FERMENTASI ANAEROB LIMBAH ORGANIK RUMAH TANGGA
NUNUNG RIA NURSANTI
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
ABSTRAK
Energi merupakan komponen penting dalam kehidupan manusia. Pendayagunaan energi yang tidak dapat diperbaharui secara berlebihan dapat mengakibatkan krisis energi. Untuk itu diversifikasi energi perlu dilakukan. Salah satu sumber energi alternatif adalah biogas dari limbah organik rumah tangga. Hal ini dikarenakan adanya potensi menghasilkan gas metan oleh metanogen yang tinggi pada limbah organik rumah tangga. Untuk itu penelitian mengenai keanekaragaman metanogen pada tahap fermentasi perlu dilakukan guna memaksimalkan jumlah biogas yang dihasilkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman metanogen pada proses fermentasi anaerobik dengan metode ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis).
Limbah organik rumah tangga yang telah difermentasi secara anaerob, kemudian dilakukan ekstraksi DNA, diamplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan metode ARDRA, selanjutnya dilakukan kloning, setelah itu direstriksi menggunakan enzim MspI dan AluI dan disekuens pada pola yang berbeda. Analisis data dilakukan dengan menggunakan Indeks Shannon-Wiener (H’) dan evenness (E) untuk menggambarkan keanekaragaman metanogen dan nilai penting relatif dari tiap filotipe dalam keanekaragaman tersebut.
Berdasarkan analisis menggunakan metode ARDRA 38 klon pustaka 16S rRNA dari limbah organik rumah tangga didapatkan nilai keanekaragaman yang rendah berdasar indeks Shannon-Wiener yakni 0 dan tingkat keseragaman (Evenness) yang tinggi yakni 1. Berdasar hasil analisis sekuensing gen 16S rRNA klon tersebut berkerabat dekat dengan Methanobrevibacter acididurans dan merupakan spesies yang mendominasi metanogen dalam limbah organik rumah tangga.
Kata Kunci : Limbah organik rumah tangga, fermentasi anaerob, archaea, metanogen, ARDRA
commit to user
v
DIVERSITY OF METHANOGENIC ARCHAEA IN ANAEROB FERMENTATION PROCESS OF HOUSEHOLD ORGANIC WASTE
NUNUNG RIA NURSANTI
Departement of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Sebelas Maret University, Surakarta
ABSTRACT
One of the important component for human life was energy. Over used of non-renewable energy can lead an excessive energy crisis. For that reason, the diversification of energy should be done. Biogas from household organic waste was one of an alternative energy source. It was potentialy produce methane by methanogens. In order to increase the amount of biogas produced, the study of the diversity of methanogens in the fermentation stage needs to be done. This study aims to determine the diversity of methanogens in anaerobic fermentation by ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) method.
Household organic waste was anaerobically fermented, then performed DNA extraction, used ARDRA method to amplified genes that coding 16S rRNA, performed the cloning, restricted using MspI and AluI enzyme then sequenced in a different pattern. Analysis was performed using the Shannon-Wiener index (H') and evenness (E) to illustrate the diversity of methanogens and the relative importance of each filotipe in such diversity .
Bases on ARDRA method, 38 positive clones of cloned 16S rRNA genes from household organic waste showed that the level of diversity (Shannon-Wiener index) was low, obtain result 0 and the level of uniformity (evenness) were high with obtain result 1. Bases on sequencing analysis cloned of 16S rRNA have similirity with Methanobrevibacter acididurans which was methanogenic species that dominate in household organic waste.
Keywords : Household organic waste, anaerob fermentation, methanogens, archaea, ARDRA
commit to user
vi MOTTO
“Bismillahirrahmanirrahim... SEMANGAT !!”
“Saat aku lelah menulis dan membaca, di atas buku-buku kuletakkan kepala. Dan saat pipiku menyentuh sampulnya, hatiku tersengat. Kewajibanku masih berjebah,
bagaimana mungkin aku beristirahat” — Imam an-Nawawi
commit to user
vii
PERSEMBAHAN
Skripsi ini saya persembahkan untuk:
Bapak dan Mamak tercinta atas ilmu,
kepercayaan penuh, semangat, doa dan harapan yang selalu menjadi percikan api semangat
Mas Nanang Sutarmanto dan Mbak Dewi
Kusumowati atas nasehat, kepercayaan dan dukungannya selama ini
Sahabat Bioromantika Biologi 2009
Rekan-rekan KS Bioteknologi dan KS Kepak
Sayap
Mereka yang tak dapat disebutkan namun keberadaannya senantiasa dalam benak dan ingatan
commit to user
viii
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah Ta’ala yang telah memberi limpahan rahmat dan hidayah sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan penyusunan skripsi yang berjudul “Keanekaragaman Archaea Metanogenik pada Proses Fermentasi Anaerob Limbah Organik Rumah Tangga”. Penyusunan skripsi ini merupakan suatu syarat untuk memperoleh gelar kesarjanaan strata 1 (S1) pada Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Dalam melakukan penelitian dan penyusunan skripsi, penulis telah memperoleh saran, bantuan, dukungan, dan bimbingan dari berbagai pihak yang bermanfaat secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:
1. Bapak, Ibu, dan keluarga tercinta yang telah memberikan dukungan, semangat, kasih sayang, dan do’anya untuk kelancaran studi penulis.
2. Ir. Ari Handono Ramelan, M.Sc.(Hons)., Ph.D., selaku Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah memberikan ijin penelitian untuk keperluan skripsi. 3. Dr. Agung Budiharjo, M.Si., selaku Pembimbing Akademik sekaligus Ketua
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah memberikan ijin penelitian untuk keperluan skripsi dan telah memberikan do’a terbaik bagi penulis. 4. Dr. Artini Pangastuti, M.Si., selaku dosen pembimbing I dan penguji yang
telah memberikan proyek penelitian, saran dan bimbingan selama penelitian sampai selesainya penyusunan skripsi.
5. Dr. Edwi Mahajoeno, M.Si., selaku dosen pembimbing II dan penguji yang telah memberikan saran dan bimbingan selama penelitian sampai selesainya penyusunan skripsi.
commit to user
ix
6. Dr. Sunarto, M.S., selaku dosen penelaah I dan penguji yang telah memberikan proyek penelitian, saran dan masukan selama penelitian sampai selesainya penyusunan skripsi ini.
7. Dr. Ari Susilowati, M.Si., selaku dosen penelaah II dan penguji yang telah memberikan saran dan masukan selama penelitian sampai selesainya penyusunan skripsi.
8. Dosen-dosen di Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret, Surakarta yang telah mendidik dan memberikan dorongan baik moral maupun spiritual sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
9. Staf administrasi Jurusan Biologi serta laboran yang telah membantu kelancaran penelitian ini.
10. Majedha Hayun Alifiyanti Fatchurrohman, Hanni Tsaaqifah, dan Puput Nelasari, rekan seperjuangan proyek Metanogen, yang membersamai, membantu dan selalu memberikan semangat kepada penulis.
11. Seluruh rekan-rekan KS Bioteknologi dan KS Kepak Sayap atas kebersamaan dan semangat yang senantiasa diberikan kepada penulis selama ini.
12. Teman-teman Bioromantika 2009, Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta atas doa dan dukungan selama masa perkuliahan serta semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu per satu yang telah memberikan bantuannya.
Penulis menyadari bahwa dalam melakukan penelitian dan penyusunan skripsi ini masih jauh dari sempurna. Oleh karena itu, masukan yang berupa saran dan kritik yang membangun dari pembaca akan sangat membantu. Semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi kita semua dan pihak-pihak yang terkait.
Surakarta, Januari 2014
commit to user x DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL ... i HALAMAN PERSETUJUAN ... ii
HALAMAN PERNYATAAN... iii
ABSTRAK ... iv
ABSTRACT ... v
HALAMAN MOTTO ... vi
HALAMAN PERSEMBAHAN ... vii
KATA PENGANTAR ... viii
DAFTAR ISI ... x
DAFTAR TABEL ... xiii
DAFTAR GAMBAR ... xiv
DAFTAR LAMPIRAN ... xiv
DAFTAR SINGKATAN ... xvi
BAB I. PENDAHULUAN ... 1
A. Latar Belakang Masalah ... 1
B. Rumusan Masalah ... 3
C. Tujuan Penelitian ... 4
D. Manfaat Penelitian ... 4
BAB II. LANDASAN TEORI ... 5
A. Tinjauan Pustaka ... 5
1. Sampah Organik Rumah Tangga ... 5
2. Fermentasi Anaerob ... 8 a. Hidrolisis ... 8 b. Asidogenesis ... 9 c. Asetogenesis. ... 9 d. Metanogenesis . ... 10 3. Analisis Mikroorganisme . ... 13
commit to user
xi
a. Gen 16S rRNA. ... 13
b. PCR (Polymerase Chain Reaction) ... 15
c. Metode ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) . ... 16
B. Kerangka Penelitian ... 17
BAB III. METODE PENELITIAN ... 19
A. Waktu dan Tempat Penelitian ... 19
B. Alat dan Bahan ... 19
1. Alat ... 19
2. Bahan . ... 20
C. Cara Kerja ... 21
1. Persiapan Substrat ... 21
2. Pembuatan Biogas ... 21
3. Pengukuran pH dan Suhu ... 22
4. Ekstraksi DNA Sampel ... 23
5. Amplifikasi Gen 16S rRNA untuk ARDRA. ... 23
6. Trasnformasi Produk PCR Gen 16S rRNA. ... 23
7. Metode ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) . ... 24
8. Sekuensing Gen Penyandi 16S rRNA . ... 25
D. Analisis Data ... 25
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ... 26
A. Biogas dari Limbah Organik Rumah Tangga ... 26
B. Amplifikasi Gen 16S rRNA ... 27
C. Transformasi Gen 16S rRNA ... 30
D. Sekuensing Gen Penyandi 16S rRNA ... 35
E. Analisis Keanekaragaman Achaea Metanogenik . ... 37
BAB V. PENUTUP ... 40
A. Kesimpulan ... 40
B. Saran ... 40
commit to user
xii
LAMPIRAN ... 47 RIWAYAT HIDUP PENULIS ... 53
commit to user
xiii
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Kandungan Kimia Sampah Organik Rumah Tangga ... 7 Tabel 2. Hasil Analisis BLASTn berdasar gen penyandi 16S rRNA
archaea dari proses fermentasi anaerob limbah organik
rumah tangga ... 36 Tabel 3. Keanekaragaman dan keseragaman komunitas archaea dari
commit to user
xiv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Skema fermentasi metana pada proses anaerobik ... 11 Gambar 2. Skema Kerangka Pemikiran ... 18 Gambar 3. Elektroforegram DNA archaea asal limbah organik rumah
tangga hasil PCR ... 29 Gambar 4. Peta vektor kloning dari pTZ57R/T dan situs
pemotongannya ... 31 Gambar 5. Koloni biru-putih hasil kloning gen 16S rRNA ke dalam
E.coli JM107 ... 32 Gambar 6. Elektroforegram amplikon insert dari hasil kloning
sampel limbah organik rumah tangga ... 33 Gambar 7. Elektroforegram digesti gen 16S rRNA menggunakan
enzim restriksi Msp1 (A) dan enzim restriksi Alu1 (B) yang keduanya menunjukkan 1 tipe potongan enzim
commit to user
xv
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman Lampiran 1. Gambar pembuatan biogas limbah organik rumah
tangga ... 48 Lampiran 2. Gambar pola restriksi dengan enzim restriksi AluI ... 49 Lampiran 3. Gambar pola restriksi dengan enzim restriksi MspI ... 50 Lampiran 4. Urutan produk sekuens parsial DNA archaea dari proses
fermentasi anaerob limbah organik rumah tangga yang
tertinggi dengan BLASTn ... 51 Lampiran 5. Susunan basa nukleotida hasil sekuensing DNA archaea
dari proses fermentasi anaerob limbah organik rumah
commit to user
xvi
DAFTAR SINGKATAN
Singkatan Kepanjangan
ARDRA Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis BLAST Basic Local Alignment Search Tool
DNA Deoxyribose Nucleaic Acid
LB Luria Bertani
LORT Limbah Organik Rumah Tangga
MCS Multiple Cloning Site
PCR Polymerase Chain Reaction
T-RFLP Terminal Restriction Fragment DNA Polymorphism X-gal 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside µM µl ml bp kb Mikromolar Mikroliter Mililiter Basepair Kilo basepair
