SKRIPSI
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI YANG
BERSIMBIOSIS DENGAN SPONS Haliclona Sp. DARI PERAIRAN PANTAI UTARA SITUBONDO, JAWA TIMUR
PROGRAM STUDI S-1 BUDIDAYA PERAIRAN
Oleh:
BAYU JALASENA BREBES – JAWA TENGAH
FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
SURABAYA 2016
Yang bertanda tangan di bawah ini :
N a m a : Bayu Jalasena
N I M : 141111129
Tempat, tanggal lahir : Brebes, 27 Oktober 1993
Alamat : Perumahan Tanggulangin Anggun Sejahtera II, Blok P2 /
50, Tanggulangin, Sidoarjo. / HP : 085648992744
Judul Skripsi : Isolasi dan Identifikasi Bakteri yang Bersimbiosis dengan
Spons Haliclona Sp. dari Perairan Pantai Utara Situbondo, Jawa Timur.
Pembimbing : 1. Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si.
2. Sapto Andriyono, S.Pi., MT.
Menyatakan dengan sebenarnya bahwa hasil tulisan laporan Skripsi yang saya buat adalah murni hasil karya saya sendiri (bukan plagiat) yang berasal dari Dana Penelitian Dosen.
Di dalam skripsi / karya tulis ini tidak terdapat keseluruhan atau sebagian tulisan atau gagasan orang lain yang saya ambil dengan cara menyalin atau meniru dalam bentuk rangkaian kalimat atau simbol yang saya aku seolah-olah sebagai tulisan saya sendiri tanpa memberikan pengakuan pada penulis aslinya, serta kami bersedia :
1. Dipublikasikan dalam Forum Ilmiah International Conference of Live Science and Biotechnology 2015;
2. Memberikan ijin untuk mengganti susunan penulis pada hasil tulisan skripsi / karya tulis saya ini sesuai dengan peranan pembimbing skripsi; 3. Diberikan sanksi akademik yang berlaku di Universitas Airlangga,
termasuk pencabutan gelar kesarjanaan yang telah saya peroleh (sebagaimana diatur di dalam Pedoman Pendidikan Unair 2010/2011 Bab. XI pasal 38 – 42), apabila dikemudian hari terbukti bahwa saya ternyata melakukan tindakan menyalin atau meniru tulisan orang lain yang seolah-olah hasil pemikiran saya sendiri
Demikian surat pernyataan yang saya buat ini tanpa ada unsur paksaan dari siapapun dan dipergunakan sebagaimana mestinya.
SKRIPSI
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI YANG
BERSIMBIOSIS DENGAN SPONS Haliclona Sp. DARI PERAIRAN PANTAI UTARA SITUBONDO, JAWA TIMUR
Skripsi sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan
Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Oleh: BAYU JALASENA NIM: 141111129 Menyetujui, Komisi Pembimbing
SKRIPSI
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI YANG
BERSIMBIOSIS DENGAN SPONS Haliclona Sp. DARI PERAIRAN PANTAI UTARA SITUBONDO, JAWA TIMUR
Oleh:
BAYU JALASENA NIM: 141111129
Telah diujikan pada
Tanggal :30 November 2015 KOMISI PENGUJI SKRIPSI
Ketua : Prof. Dr. Sri Subekti, DEA., drh.
Anggota : Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M.Agr.
Rahayu Kusdarwati, Ir., M.Si. Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si Sapto Andriyono, S.Pi, M.T.
RINGKASAN
BAYU JALASENA. Isolasi dan Identifikasi Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. dari Perairan Pantai Utara Situbondo, Jawa Timur. Dosen Pembimbing Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si. dan Sapto Andriyono, S.Pi., M.T.
Spons merupakan hewan avertebrata yang termasuk dalam filum Porifera. Kebiasaan makan spons sebagai filter feeder, menjadikan spons sebagai habitat atau inang bagi mikroorganisme, seperti alga, bakteri, fitoplankton dan jamur. Mikroorganisme mempunyai dua peran penting dalam sistem biologi spons, yaitu sebagai sumber makanan dan hidup bersimbiosis. Bakteri yang bersimbiosis dengan spons Haliclona Sp. cukup beragam. Empat filum bakteri ditemukan bersimbiosis dalam spons, diantaranya adalah filum Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes dan Proteobacteria.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat dan mengetahui jenis serta mengetahui karakteristik isolat bakteri yang bersimbiosis dengan spons Haliclona Sp. asal perairan pantai Utara Situbondo Jawa Timur khususnya dalam aktivitas penghasil enzim ekstraseluler (amilolitik, proteolitik dan selulolitik). Penelitian ini dilakukan secara kualitatif dengan menggunakan metode deskriptif,analisis data disajikan dalam bentuk uraian teks bersifat naratif, Tabel dan Gambar.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa keseluruhan isolat bakteri yang bersimbiosis dengan spons Haliclona Sp. memiliki aktivitas dalam memproduksi enzim amilase, protease dan selulase. Bakteri yang memiliki aktivitas terbaik dalam memproduksi enzim teridentifikasi sebagai Enterobacter cloacae.
SUMMARY
BAYU JALASENA. Isolation and Identification of Bacteria that Symbiosis with Sponge Haliclona Sp. from Situbondo Coastal Waters Of The North, East Java. Academic Advisors Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si. and Sapto Andriyono, S.Pi., M.T.
Sponges are invertebrates included in the phylum Porifera. Sponge feeding habits as a filter feeder, make sponge habitat or host for microorganisms, such as alga, bacteria, phytoplankton and fungi. Microorganisms have two important roles in biological systems sponges, namely as a source of food and living in symbiosis. Bacterial symbiosis with sponges Haliclona Sp. quite diverse. Four phyla of bacteria found in symbiosis with sponges, including the phylum Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes and Proteobacteria.
This study aims to gain isolate and determine the type and determine the characteristics of symbiotic bacteria with a sponge Haliclona Sp. the coastal waters of northern origin Situbondo, East Java, especially in the activity of producing extracellular enzymes (amylolytic, proteolytic and cellulolytic). This research was conducted qualitatively by using descriptive methods, data analysis is presented in narrative form text description, Tables and Images.
The results showed that the overall bacteria symbiotic with sponges Haliclona Sp. had activity in producing the enzyme amylase, cellulase and protease. Bacteria that have the best activity in producing an enzyme identified as Enterobacter cloacae.
KATA PENGANTAR
Dengan menjunjung tinggi semangat Pancasila dan nilai luhur Undang-Undang Dasar 1945 penulis telah berhasil menyelesaikan penulisan skripsi dengan judul isolasi dan identifikasi bakteri yang bersimbiosis dengan spons Haliclona Sp. dari perairan pantai Utara Situbondo, Jawa Timur. Skripsi ini disusun berdasarkan penelitian yang telah dilaksanakan di Fakultas Perikanan dan Kelautan, Universitas Airlangga dan Badan Karantina Ikan Kelas I Surabaya pada bulan April sampai Mei 2015.
Penulis menyadari bahwa dalam pelaksanaan penelitian dan penulisan skripsi ini banyak melibatkan orang – orang yang sangat berjasa bagi penulis. Oleh sebab itu, pada kesempatan ini penulis menyampaikan rasa hormat serta ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:
1. Ibu Dr. Mirni Lamid, drh., M.P. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
2. Ibu Dr. Kismiyati, Ir., M.Si selaku Dosen Wali yang selalu berkenan memberikan waktu dan arahan kegiatan akademik kepada penulis.
3. Bapak Sapto Andriyono, S.Pi, M.T. serta Ibu Wahju Tjahjaningsih, Ir., M.Si. selaku Dosen Pembimbing yang telah berkenan meluangkan waktu serta membagi ilmunya kepada penulis dalam pelaksanaan penelitian dan penulisan skripsi.
4. Ibu Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA, Bapak Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M.Agr. serta Ibu Rahayu Kusdarwati, Ir., M.Kes. selaku Komisi Penguji yang telah banyak memberi masukan dalam memperkaya materi skripsi.
5. Bapak Heru Pramono, S.Pi, M.Biotech. yang telah memberikan dukungan berupa ilmu, moril maupun materi kepada penulis untuk menyukseskan penelitian dan penulisan skripsi.
6. Bapak Agustono, Ir., M.Kes. selaku Koordinator Skripsi yang telah memberikan banyak dukungan dan bantuan kepada penulis agar dapat menyelesaikan studi tepat waktu.
7. Seluruh staff pengajar, staff kependidikan dan staff kemahasiswaan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga atas segala ilmu dan bantuan yang diberikan.
8. Kedua orang tua Bapak Akh. Junaedi M. serta Ibu Kumiati yang kiranya tak pernah berhenti mencurahkan doa, motivasi, semangat dan dukungan baik secara moril dan materi kepada penulis.
9. Rekan-rekan Dewan Legislatif Mahasiswa Universitas Airlangga, Majelis Perwakilan Mahasiswa Universitas Airlangga serta Badan Legislatif Mahasiswa Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga masa bakti 2014 yang telah banyak memberikan motivasi maupun inspirasi selama sebelum maupun sesudah kegiatan penelitian dan penulisan skripsi.
10. Chairul Anam, S.T., Ira Ayu Andreeliya, S.Pd., Iensi Annisak, S.Pd., Ulin Nuha, S.Pd., Rudy Widiyantoro, Yosep Adi dan Satria Permana yang selalu memberikan motivasi dan dorongan agar penulis dapat dengan segera menyelesaikan penelitian serta penulisan skripsi.
11. Pipin Suciati, Tiara Hapsari, Mutia Adinda dan Shabrina Putri selaku tim penelitian mikrobiologi, serta Fitrotin Chasanah yang telah memberikan bantuan serta dukungan selama penelitian berlangsung.
12. Andre Mahardhika H., S.Ked. dan Vito Daryfauzi, S.Psi. yang selalu memberikan dukungan moril dan motivasi selama pelaksanaan penelitian dan penulisan skripsi.
13. Mbak Dyah Sunaring, S.Pi., Gusti N.S., Hari S., Mizar D., Fahmi H.A., Lailatul M., Tasyarrafa N.S., Tatak D.C., Kurnia A.K.W., Surono D.S., A. Romadhoni, Novi S., Julius H., Khairanita K. serta rekan-rekan S1 Budidaya Perairan angkatan 2011 - OCTOPUS yang selalu memberikan semangat yang tiada henti.
14. Semua pihak yang telah membantu dalam penelitian dan penulisan skripsi yang kiranya tidak dapat saya sebutkan satu persatu, saya sampaikan banyak terima kasih atas kesediaannya membantu. Semoga dharma yang telah saudara berikan dapat terberkati serta mendapatkan balasan kebaikan oleh Tuhan Yang Maha Esa.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari sempurna, sehingga kritik dan saran dari semua pihak yang bersifat membangun sangat diharapkan. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat dan memberikan informasi bagi semua pihak.
Surabaya, 30 November 2015
DAFTAR ISI
Halaman
RINGKASAN ... i
SUMMARY ... ii
KATA PENGANTAR ... iii
DAFTAR ISI ... vi
DAFTAR GAMBAR ... x
DAFTAR TABEL ... xi
DAFTAR LAMPIRAN ... xii
I PENDAHULUAN ... 1 1.1 Latar Belakang ... 1 1.2 Rumusan Masalah ... 4 1.3 Tujuan ... 4 1.4 Manfaat ... 4 II TINJAUAN PUSTAKA ... 6
2.1 Biologi Spons Haliclona Sp. ... 6
2.1.1 Klasifikasi ... 6
2.1.2 Morfologi ... 7
A. Struktur Tubuh ... 7
B. Sistem Kerangka ... 8
C. Sistem Saluran ... 9
2.1.3 Kebiasaan Makan dan Pakan ... 10
2.1.4 Habitat ... 10
2.2 Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons ... 11
2.2.1 Interaksi Spons dengan Bakteri ... 12
2.2.2 Aktivitas Bakteri Simbion pada Spons Sbagai Penghasil Enzim Ekstraseluler ... 12
III KERANGKA KONSEPTUAL ... 15
3.1 Kerangka Konseptual Penelitian ... 15
IV METODOLOGI PENELITIAN ... 18
4.1 Tempat dan Waktu ... 18
4.2 Materi Penelitian ... 18 4.2.1 Alat Penelitian ... 18 4.2.2 Bahan Penelitiian ... 18 4.3 Metode Penelitian ... 19 4.3.1 Rancangan Penelitian ... 19 4.4 Prosedur Penelitian ... 19
4.4.1 Sterilisasi Alat dan Bahan ... 19
4.4.2 Pengambilan Sampel ... 20
A. Pengambilan Sampel Spons Haliclona Sp. ... 20
B. Pengambilan Sampel Lingkungan Perairan Spons Haliclona Sp. ... 20
4.4.3 Persiapan Media Isolasi dan Uji Aktivitas ... 20
4.4.4 Isolasi Bakteri ... 21
A. Isolasi Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. ... 21
B. Isolasi Bakteri dari Lingkungan Perairan Spons Haliclona Sp. ... 22
4.4.5 Pemurnian Isolat Bakteri ... 22
4.4.6 Pemeliharaan Isolat Murni Bakteri ... 22
4.4.7 Uji Aktivitas Penghasil Enzim Ekstraseluler (Amilolitik, Proteolitik dan Selulolitik) pada Isolat Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. ... 23
A. Uji Aktivitas Amilolitik ... 23
B. Uji Aktivitas Proteolitik ... 23
4.4.8 Pengamatan Aktivitas Isolat Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. dalam menghasilkan Enzim
Ekstraseluler ... 24
4.4.9 Identifikasi Isolat Bakteri ... 25
A. Pengamatan Morfologi Koloni ... 25
B. Pewarnaan Gram ... 25
C. Uji Katalase ... 25
D. Uji Oksidase ... 26
E. Uji Motilitas dan Produksi Senyawa Indol ... 26
F. Uji O/F (Oksidatif/Fermentatif) ... 26
G. Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar) ... 27
H. Uji Gula ... 28
4.5 Parameter Pengamatan ... 29
4.5.1 Parameter Utama ... 29
4.5.2 Parameter Pendukung ... 29
4.6 Analisis Data ... 30
V HASIL DAN PEMBAHASAN ... 32
5.1 Hasil ... 32
5.1.1 Isolasi Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. ... 32
5.1.2 Isolasi Bakteri dari Lingkungan Perairan Spons Haliclona Sp. ... 33
5.1.3 Uji Aktivitas Penghasil Enzim Ekstraseluler (Amilolitik, Proteolitik dan Selulolitik) pada Isolat Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. ... 34
A. Uji Aktivitas Amilolitik ... 34
B. Uji Aktivitas Proteolitik ... 34
C. Uji Aktivitas Selulolitik ... 34
5.1.4 Identifikasi Isolat Bakteri yang Bersimbiosis dengan Spons Haliclona Sp. ... 35
5.1.5 Identifikasi Isolat Bakteri dari Lingkungan Perairan Spons
Haliclona Sp. ... 37
5.2 Pembahasan ... 39
VI SIMPULAN DAN SARAN ... 47
5.1 Simpulan ... 47
5.2 Saran ... 47
DAFTAR PUSTAKA ... 48
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Spons Haliclona Sp. ...5
2. Kerangka Konsep Penelitian ...15
3. Diagram Alir Penelitian ...29
4. Isolat dan Isolat Murni Bakteri Simbion Spons Haliclona Sp. ...31
5. Isolat dan Isolat Murni Bakteri dari Lingkungan Perairan Spons Haliclona Sp. ...32
DAFTAR TABEL
Gambar Halaman
1. Hasil Uji Identifikasi Bakteri yang Bersimbiosis dengan
Spons Haliclona Sp. ... 35 2. Hasil Uji Identifikasi Bakteri dari Lingkungan Perairan
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Komposisi Media Isolasi dan Uji Aktivitas Penghasil
Enzim Ekstraseluler ... 52 2. Tabel Hasil Isolasi Pertama Isolat Bakteri yang Bersimbiosis dengan
Spons Haliclona Sp. ... 54 3. Tabel Hasil Uji Aktivitas Amilolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis
Dengan Spons Haliclona Sp. ... 56 4. Gambar Hasil Uji Aktivitas Amilolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis Dengan Spons Haliclona Sp. ... 57 5. Tabel Hasil Uji Aktivitas Proteolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis
Dengan Spons Haliclona Sp. ... 58 6. Gambar Hasil Uji Aktivitas Proteolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis Dengan Spons Haliclona Sp. ... 59 7. Tabel Hasil Uji Aktivitas Selulolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis
Dengan Spons Haliclona Sp. ... 60 8. Gambar Hasil Uji Aktivitas Proteolitik Isolat Bakteri yang Bersimbiosis Dengan Spons Haliclona Sp. ... 61 9. Tabel Hasil Pengamatan Parameter Kualitas Air di Lingkungan Perairan yang Menjadi Habitat Spons Haliclona Sp. ... 62 10. Tabel Hasil Pewarnaan Gram Bakteri yang bersimbiosis dengan Spons
Haliclona Sp. (Perbesaran 1.000X) . ... 62 11. Tabel Hasil Pewarnaan Gram Bakteri Lingkungan Perairan yang Menjadi
