# Ko r esp o n d e n si: Balai Be sar Riset Bu d id aya Lau t d an Pe n yu lu h an Pe r ikan an . Jl. Br. Go n d o l Ke c. Ge ro kg ak Kab . Bu le le n g , Po . Bo x 1 4 0 , Sin g ar aja 8 1 1 5 5 , Bali, In d o n e sia. Te l. + 6 2 3 6 2 9 2 2 7 2
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
PERTUM BUHAN DAN VARIASI GENETIK IKAN BANDENG, Chanos chanos
DARI PROVINSI ACEH, BALI, DAN GORONTALO, INDONESIA
Sari Budi M oria Sembiring#, Gigih Setia W ibawa, Tony Setiadharm a, dan Haryanti
Balai Besar Riset Bu didaya Laut dan Penyu luhan Pe rikanan
(Naskah dit erima: 28 November 2017; Revisi final: 2 Januari 2018; Diset ujui publikasi: 2 Januar i 2018)
ABSTRAK
Ikan bandeng, Chanos chanos merupakan salah satu ikan ekonomis penting di Asia. Sejak tahun 1995, di Indonesia sebagian besar benih bandeng diproduksi dari hat chery sekitar Dusun Gondol, Bali Utara baik untuk pasar domestik maupun perdagangan internasional. Dalam rangka meningkatkan kualitas benih, perlu dilakukan perbaikan induk secara genetik menggunakan populasi yang unggul. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan data laju pe rtumbuhan dan variasi ge netik induk ikan bandeng yang berasal dari lokasi perairan Aceh, Bali, dan Gorontalo. Pertumbuhan ikan bandeng diamati melalui pengukuran panjang dan bobot benih hingga ukuran 500 g (calon induk), serta variasi genetik diamati menggunakan metode RFLP DNA. Be n ih d a n calo n in d u k m asin g -m asin g d ian alisis s e b an yak 15 e ko r. Has il p e n gam a t an pe rt um bu han ikan b an de ng mu lai dari be nih h in gga men jadi calo n in duk, me nu nju kkan bahwa ikan b an d e ng d ari Aceh d an Bali m e m p u n yai p e rt u m b u han p an jan g d an b o b o t yan g re lat if le b ih t in ggi dibandingkan dengan ikan bandeng dari Gorontalo, walaupun secara statistik tidak berbeda nyata (P< 0,05). Hasil analisis variasi genetik terdapat lima komposit haplotipe dari empat enzim restriksi yaitu M bo I, Hae III, Hha I, dan Nla IV pada sekuens cyt ochrome-b. Jumlah rata-rata rest rict ion sit e adalah 1-3 haplotipe. Populasi Aceh dan Bali memiliki nilai keragaman genetik yang lebih rendah (0,080 dan 0,000) dibandingkan dengan calon induk dari benih Gorontalo (0,115).
KATA KUNCI: genetik; pertumbuhan; bandeng; Chanos chanos; Indonesia
ABSTRACT: Growth and genetic variations of milkfish, Chanos chanos, from Aceh, Bali, and Gorontalo Province,
Indonesia. By: Sari Budi M oria Sembiring, Gigih Setia W ibawa, Tony Setiadharma, and Haryanti
M ilkfish, Chanos chanos is one of t he economically import ant fish in Asia. Since 1995, milkfish seed most ly produced in Gondol area, Nort hern part of Bali, and supplet ed bot h domest ic and int ernat ional market s. In order t o improve it s seed qualit y t he improvement of milkfish broodst ock genet ic is required through select ion of superior populat ion. The aims of t his research were to evaluat e t he growth performance and genet ic variat ion of milkfish populat ions from Aceh, Bali, and Goront alo Province. The lengt h and weight of fry up t o 500 g was measured as well as t he genet ic variat ion was det ect ed using RFLP DNA met hod. Fry and young broodst ock in t he DNA analyses were 15 individuals. The result s showed t hat t he growt h in lengt h and weight milkfish seed from fry t o young broodst ock (size up t o 500 g) from Aceh and Bali was slight ly higher t han t hat of Goront alo, but no significant differences (P> 0.05) were observedamong t he populat ions. The genet ic analysis showed five haplot ypes composit e from four rest rict ion enzymes i.e., M bo I, Hae III, Hha I, and Nla IV at on cytochrome-b sequen. The average number of rest rict ion sit e was 1-3 haplotypes. Aceh and Bali populat ions have lower genet ic variat ions (0.080 and 0.000) compared t o Goront alo (0.115).
KEYW ORDS: genetic; growth; milkfish; Chanos chanos; Indonesia
PENDAHULUAN
Ikan bandeng merupakan makanan yang san gat d im inat i d i Asia Te nggara (Shiau , 2 01 0 ). Bud id aya bandeng t radisional pert ama di mulai di Indonesia pada
it u, maka d ipe rlukan t ero b o san dalam p en yed iaan benih unggul yang t erjamin kualit asnya baik secara feno t ipe maupun secara geno t ipe.
Da lam u p aya p e n ye d ia an b e n ih u n ggu l, t e lah dilakukan pro gram seleksi yang diawali dengan cara mengumpulkan benih-benih (nener) bandeng alam dari berbagai sumber penangkapan nener di perairan pant ai di Timur Sumat era (Aceh), Sulawesi (Go ro nt alo ), dan Ba li. Te m p at p e n ga m b ilan b e n ih t e rse b u t d ip ilih berdasarkan po t ensinya sebagai sumber benih (nener) alam. Po pulasi benih ikan bandeng di alam dipengaruhi o le h arah aru s. Pe rge rakan arus se lat an d ari Lau t Arafura hingga ke Samudera Hindia dan pergerakan Laut Cina Selat an hingga Samudera Pasifik. Menurut Bako surt anal (2 012), t erd apat pergerakan dua arus besar di Indo nesia, yait u pergerakan arus hangat di selat an dari Laut Arafura hingga ke Samudera Hindia, dan pergerakan arus hangat di Laut Cina Selat an hingga Samudera Pasifik juga sebaliknya. Arus hangat tersebut kaya akan bahan makanan sehingga rant ai makanan m e n jad i ko m p le ks. Hal in ilah yan g d id u ga b e n ih bandeng alam t erdapat di t iga perairan t ersebut .
Be berapa st udi yang berkait an d engan st rukt ur po pulasi b ande ng t elah dilapo rkan (Win ans, 198 5; Ravago -Go tanco & Juinio -Menez, 2004), menunjukkan b a h w a k a ra k t e r m e r is t ik d a n m o r fo m e t r ik ik a n bandeng d ari lima belas lo kasi di Samudera Pasifik (Ke p u lau a n Filip in a d i b a g ian b ar a t ), s e p a n ja n g Samud era Pasifik Khat ulist iwa t e rmasuk Tahit i d an Kepulauan Hawaii, secara meristik tidak ada perbedaan ikan bandeng, namun secara mo rfomet rik sampel dari Haw aii d a n Sam u d e ra Pasifik u m u m n ya m e m iliki bent uk kepala lebih besar dengan ukuran eko r yang lebih kecil dibandingkan dengan sampel dari Filipina. Selanjutnya menurut Winans (1985), dari hasil struktur po pulasi genet ik, menunjukkan bahwa po pulasi ikan b an d en g d i Samu d e ra Pasifik t iga ke lo m p o k yan g b e r b e d a : Ke p u la u a n Filip in a ; Sa m u d e r a Pa s ifik Khat ulist iwa, t ermasuk Tahit i dan Kepulauan Hawaii.
Dalam ran gka pen gem ban gan pem ben ihan ikan band eng skala ko mersial dan berke lan ju t an, maka informasi keragaman genetik populasi bandeng sangat dibut u hkan . Hal ini d ikarenakan penu run an variasi ge ne t ik akan be rd amp ak p ad a p ert u m bu h an , d an rent an t erhadap serangan penyakit , sert a perubahan lin g ku n g an (St rin g we ll et al., 2 0 1 4 ). Pe n u r u n a n keragaman dapat t erjadi menggunakan induk dalam ju mlah yang t erb at as dan berke rabat d ekat akib at t e rjadin ya pe nin gkat an inbr eeding yan g berdamp ak perfo rma (Christie et al., 2012; Fisch et al., 2015). Oleh karena it u, perlu dilakukan pengamat an variasi genetik dan pertumbuhan benih bandeng hingga menjadi calon induk dari lo kasi yang berbeda. Tujuan dari penelit ian
ini adalah mendapatkan dat a pertumbuhan dan variasi g e n e t ik b e n ih b an d e n g yan g b e ra sa l d a ri lo k as i perairan Aceh, Bali, dan Go ro nt alo sehingga diperoleh induk bandeng yang berkualit as.
BAHAN DAN M ETODE
Hewan Uji
Hewan uji pada penelit ian ini berupa benih ikan bandeng, Chanos chanos hasil t angkapan dari alam di perairan Aceh, Bali, dan Go ro nt alo yang merupakan calo n induk F-1. Rat a-rat a ukuran panjang dan bo bo t awal benih (nener) alam dari t iga lokasi perarian adalah 2,28 ± 0,16 cm; 0,27 ± 0,01 g.
Benih dipelihara di Instalasi Tambak Percobaan Balai Besar Riset Budidaya Laut dan Penyuluhan Perikanan. Sumber dan pergant ian air dalam t ambak perco baan berasal dari pasang surut , salinit as air t ambak selama p elaksanaan pe rco b aan b e rkisar an t ara 35 -40 pp t (Tabel 1). Pet akan t ambak yang digunakan berukuran 8 .1 00 m2 d an d ib agi m e n jad i t iga b agian d e n gan
menggunakan sekat ganda sehingga masing-masing memiliki luas 2.700 m2. Pada masing-masing luasan
sekat , dibuat pet ak pendederan (kolam kecil) di dalam tambak dengan ukuran 10 m x 10 m untuk pembesaran nener sebelum dilepas ke dalam t ambak.
Tambak diberi pupuk o rganik berupa ko t oran ayam d e n g a n ju m la h 1 t o n /h a . Se t e la h e m p a t h a r i pemupukan, kemudian level air dinaikkan hingga 60 cm dan nener mulai dit ebar. Jumlah nener yang dit ebar dalam ipukan sebanyak 20.000 eko r lalu dipelihara selama 45 hari. Seb e lu m n e ne r/b e nih dilep as d ari ipukan ke t ambak, sebanyak 15 eko r benih diambil u n t u k p e n g u k u r a n p e r t u m b u h a n , s e la n ju t n ya pe ngambilan sampe l d ilakukan set iap bulan unt uk menent ukan laju pert umbuhan ket iga sumber benih yang digunakan dalam perco baan ini.
Analisis Variasi Genet ik Ikan Bandeng
Karakt er variasi genet ik ikan ban deng dianalisis menggunakan penanda mo lekuler Rest riction Fragment Lengt h Polymor phism (RFLP) DNA. Tahap an an alisis variasi genet ik dengan penanda RFLP sebagai berikut :
Ekst raksi dan Purifikasi Template DNA
Mat eri DNA diambil dari keseluruhan t ubuh sampel b en ih ikan b and en g, se dangkan p ad a calo n in du k diambil dari bagian daging. Ekst raksi DNA dilakukan dengan menggunakan 10% Chelex-100 dalam TE buffer
pH-8 dan 7,0 µL prot einase K (20mg/mL), diinkubasi
ekst raksi, dipurifikasi menggunakan kit Qiaquick puri-fication (USB) dan prosedur purifikasi mengikuti manual dari kit t ersebut .
Am plifikasi mt -DNA
Prim e r yan g d igu n akan u nt u k m e n gam p lifikasi geno m DNA sampel ikan bandeng adalah primer cyt o-chrome-b (F: 5’-ATG GCA AGC CTA CGA AAA ACC CAC C-3’ dan R: 5’-GGC TCA TTC AAG GGC TTT GTT TTC G-3’). Am plifikasi DNA disesuaikan de ngan ko ndisi PCR, yaitu sat u siklus denaturasi pada suhu 95°C selama sat u menit , 36 siklus pada 95°C selama 45 det ik, 30 detik pada suhu annealing 66°C dan 45 det ik pada 72°C, selanjut nya satu siklus t erakhir pada suhu 72°C selama lima menit . Unt uk menget ahui po la pit a t unggal yang d ih a silkan d ari a m p lifik asi PCR, m aka d igu n akan agaros gel 1,5% dalam Tris-Boric-EDTA (TBE) buffer dan d ia m a t i d e n g a n t r a n si l l u m i na t or (UV), s e r t a dido kument asikan dengan Gel-doc kamera.
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
Unt uk mengetahui variasi susunan nukleo t ida DNA antar po pulasi ikan bandeng, template DNA dari produk amplifikasi PCR dipo t o ng dengan enzim rest riksi M bo I, Hae III, Hha I, dan Nla IV. Hasil rest riksi kemudian dipisahkan secara elektro fo resis menggunakan agaros gel 2% dalam Tris-Boric-EDTA (TBE) buffer pada 125 mA selama 40 menit dan diamat i dengan t ransilluminat or (UV).
Analisis Dat a
Dat a pert umbuhan panjang t o t al dan bo bo t badan mulai dari benih hingga mencapai ukuran 500 g dari perairan yang berbeda disajikan dalam bent uk grafik. Unt uk menget ah ui adanya perbedaan pert am bahan panjang dan bo bo t t ersebut , dilakukan analisis secara st at ist ik m e n ggu n a kan soft w ar e R ve r sio n 3 .3 .2 . (Ano va) pada selang kepercayaan 95%.
Ke ragaman gen et ik dianalisis de ngan descript ive st at ist i cs, exact t est f or populat i on di f f er ent i at i on (Raymond & Rousset , 1995 dalam Miller, 1997) dengan me nggun akan pro gram TFPGA (Tools for Populat ion
Gen et i c Ana l ysi s). Ke k e r a b a t a n a n t a r p o p u la s i berdasarkan jarak genet ik dan dendro gram dianalisis menggunakan UPGMA (Unweight ed Pair Group M et hod wit h Arit hmet ic M ean) Wright (1978) mo difikasi Ro gers (1972) dalam Miller (1997) dari so ft ware TFGPA.
HASIL DAN BAHASAN
Perform a Pert um buhan Ikan Bandeng
Ke r agaa n p e rt u m b u h a n ik an b an d e n g m e lalu i pengukuran panjang t o t al dan bo bot badan mulai dari benih alam hingga menjadi calo n induk t erlihat pada Gambar 1 dan 2.
Fak t o r ya n g m e m e n g ar u h i t e r h a d a p a d a p t as i mo rfo lo gi ikan bandeng dapat berupa kualit as air dan ko mpo sisi pakan yang diberikan. Benih ikan bandeng akan t u mb uh leb ih baik jika ko nd isi kulit as air d i t ambak dan kualit as pakan yang diberikan memadai se h in g ga d ap at m e n d u k u n g p e rt u m b u h an b e n ih t ersebut . Pada t ambak dengan salinit as t inggi (> 34 ppt ) pada umumnya akan memberikan pert umbuhan ikan yang lambat dibandingkan salinit as payau (15-20 p pt ) (Biswas et al., 2 01 1). Hasil p en gam at an p ad a p e r t u m b u h a n b e n ih ik a n b a n d e n g a s a l Ace h , Go ro nt alo , d an Bali me miliki po la yang cen deru ng berbeda. Tiga bulan awal pemeliharaan pert umbuhan be nih bande ng asal Go ro n t alo m emiliki kece pat an t u m b u h yan g jau h le b ih t in ggi b ila d ib an din gkan dengan benih bandeng asal Aceh maupun Bali. Namun p ad a saat m u sim ke m arau d e n gan su h u p e rairan berkisar ant ara 29°C-34°C dan salinit as mencapai > 50 ppt (Tabel 1), bo bo t benih dari Aceh dan Bali t idak mengalami penurunan dibandingkan dengan benih asal Go ro nt alo , ini diduga karena benih dari Bali dan Aceh sudah beradapt asi t erhadap ko ndisi air di t ambak. Di samping it u, juga dilihat dari nilai variasi genet ik pada be nih dari Ace h dan Bali le bih ke cil diband in gkan dengan benih dari Go ro nt alo (Tabel 2). Menurut Dun-ham (2011) dan Bernatchez (2016), keragaman genetik memengaruhi kemampuan spesies unt uk merespo ns perubahan lingkungan baik buatan maupun alami dalam pro ses adapt asi agar bert ahan hidup. Po pulasi dengan keragaman genetik yang t inggi memiliki peluang hidup Tabel 1. Nilai paramet er kualit as air di t ambak pemeliharan ikan bandeng, Chanos chanos
Table 1. Wat er qualit y variat ions in t he eart hen ponds used for milkfish, Chanos chanos cult ure
Param et er (Par ameter s) Musim huj an (Januari -Juni ) Rainy season (Januar y-June)
M usi m kem arau (Jul i-Okt ober) Dry season (July-October)
Salinitas (Salinity) (p p t) 3 5-4 0 6 0 -67
yang lebih t inggi, karena banyak alt ernat if gen at au k o m b in a s i g e n ya n g t e r s e d ia u n t u k m e r e s p o n s perubahan ko ndisi lingkungan yang dihadapi.
Tave (1 99 4 ) d an So eward i (2 0 07 ), m en yat akan bahwa karakt er feno t ipe sepert i panjang, bo bo t , dan kecepat an t umbuh dipengaruhi o leh fakt o r genet ik
perairan Aceh, Bali, dan Go ro nt alo .
Figure 1. Gr ow t h in t ot al lengt h of milkfish, Chanos chanos from Aceh, Bali, and Goront alo Wat ers.
Gambar 2. Pert umbuhan bo bo t badan ikan bandeng, Chanos chanos dari lo kasi perairan Aceh, Bali, dan Go ro nt alo .
Figure 2. Growt h in body weight of milkfish, Chanos chanos from Aceh, Bali, and Goront alo Wat ers.
Me i'12 Jul'12 Sep.'12 No p.'12 Mar.'13 Me i'13 Jul.'13
P
Jul'12 Sep.'12 No p.'12 Mar.'13 Me i'13 Jul.'13
osmo regulasi dan kemampuan unt uk mencerna pakan. Pa d a s alin it a s t in g gi, e n e rgi yan g d ip e r o le h d a ri k e c e r n a a n p a k a n h a n ya d ig u n a k a n u n t u k m e m p e r t a h a n k a n o s m o r e g u la s i, s e h in g g a pembent ukan jaringan o t ot unt uk pert umbuhan tidak o pt imum (Cast illo -Vargasmachuca et al., 2013).
Variasi Genetik Ikan Bandeng
Susunan nukleo t ida DNA pada cyt ochrome-bregion ikan bandeng hasil amplifikasi PCR mempunyai panjang mo lekul sekit ar 1.200 bp. Dari empat enzim rest riksi (M bo I, Hae III, Hha I, dan Nla IV) yang digunakan unt uk p e m o t o n gan se ku e n s DNA h as il am p lifik as i PCR t ern yat a po la po limo rfisme d idapat kan hanya pada enzim rest riksi M bo I, Hae III, dan Nla IV, sedangkan Hha I b ersifat mo no mo rfisme. Sat u di ant ara po la po limo rfisme enzim rest riksi M bo I t ercant um pada Gam b ar 3 . Se cara st at ist ik d e n gan m e n ggu n akan ANOVA m e n u n ju kkan b ah wa t e rd ap at p e rb e d aan genet ik secara nyat a (P< 0,05) ant ara po pulasi benih ikan banden g yan g diuji Aceh, Bali, dan Go ro nt alo berdasarkan pada haplo t ipenya (Tabel 2).
Se ca r a k e s e lu r u h a n t e r d a p a t lim a k o m p o s it haplo t ipe yang diident ifikasi berdasarkan empat jenis en zim rest riksi p ad a DNA cyt ochrome-b region ikan banden g yang diamat i. Ju mlah ko mpo sit hap lo t ipe yang dimiliki o leh masing-masing ikan banden g uji berkisar ant ara 1-3. Jumlah yang t erkecil diamat i pada bandeng dari Aceh, sedangkan yang t ertinggi bandeng dari Go ro nt alo. Terlihat bahwa bandeng dari Go ro nt alo d id o m in asi o le h ko m p o sit h ap lo t ip e 1 , 4 , d an 5 , sedangkan bandeng dari Bali lebih dido minasi o leh ko mpo sit haplo t ip e 1 , 4; dan Aceh o leh ko m po sit haplo t ipe 1, 3. Secara keseluruhan ikan bandeng yang diuji mempunyai ko mpo sit haplo t ipe-1 (Tabel 2).
Nilai diversit as haplo t ipe benih ikan bandeng dari p e rairan Ace h d an Bali t id ak b erb e d a n yat a yait u sebe sar 0,0 31; sem ent ara n ilai diversit as haplo t ipe
sebesar 0,089 t erdapat pada benih ikan bandeng dari perairan Go ro nt alo . Hal yang sama t erlihat pada calo n induk bandeng, mempunyai nilai diversit as haplo t ipe sebesar 0,080 p ada calo n induk ikan bandeng dari perairan Aceh dan 0,115 pada calon induk ikan bandeng dari Go ro nt alo . Hasil analisis t idak memberikan nilai diversit as haplo t ipe pada calo n induk bandeng dari perairan Bali.
Secara umum, keseluruhan po pulasi ikan bandeng (b e n ih d a n ca lo n in d u k ) ya n g d iu ji m e m p u n ya i k o m p o s it h a p lo t ip e u t a m a ya n g s e r u p a . In i menandakan bahwa ada kemungkinan ikan t ersebut mempunyai sumber genet ik yang sama. Haplo t ipe-1 (AAAA) dapat t erlihat dari frekuensi yang besar pada set iap po pulasi, baik pada populasi benih maupun calon in duk ikan ban den g. Fre ku ensi h aplo t ipe-2 (ABAA) re lat if rend ah dan han ya t e rdapat p ad a b en ih dari perairan Aceh dan Bali (6,7%); sedangkan haplo t ipe-3 (AAAB), frekuensi lebih rend ah dan hanya t erdapat pada calo n induk bandeng dari Aceh. Pada haplo t ipe-4 (AAAC) t erlihat adanya frekuensi sebesar 13,3% pada benih ikan bandeng dari Go ro nt alo , sedangkan pada ca lo n in d u k (Go ro n t a lo ) m e m p u n yai h ap lo t ip e -4 (AAAC) dan 5 (AAAD) masing-masing dengan frekuensi (10%) dan 20%. Satu hal yang mungkin menjadi penyebab feno mena ini adalah adanya penyisipan sifat /genet ic int rogression p ada ket iga po p ulasi be nih dan calo n induk ikan bandeng t ersebut .
Nilai diversit as haplo t ipe po pulasi benih bandeng dari perairan Aceh dan Bali lebih rendah dibandingkan d e n g a n b e n ih d a r i Go r o n t a lo . Re n d a h n ya n ila i diversit as haplo t ipe benih dari Aceh dan Bali, diduga selain karena benih nener dari Bali dan Aceh berasal hasil perbenihan di hat chery yang lepas ke alam, juga dalam pro ses mencari makanan, ikan bandeng yang hidup di laut lepas sekit ar Aceh dan Bali cenderung mengarah ke Samudera Hindia mengikut i pergerakan arus air hangat , sedangkan ikan bandeng yang terdapat
Gambar 3. Pola rest riksi dari pro duk amplifikasi DNA ikan bandeng, Chanos chanos menggunakan enzim M bo I.
di Goro nt alo akan lebih mudah menjangkau Samudera Pasifik maupun Laut Cina Selat an. Pergerakan mencari makan di Samudera Hindia akan membuat membuat pola migrasi yang berat uran dalam rent ang waktu yang lama sehingga t erdapat kemiripan bahkan kesamaan ant ara po pulasi ikan bandeng Aceh dan Bali.
Jarak genet ik yang dihit ung menurut Nei (1978), berdasarkan sit us rest riksi dari empat enzim rest riksi se cara ko m p u t asi d e n gan p ro gram TFPGA an t ara po pulasi benih bandengdari t iga lo kasi t ert era pada Tabel 3.
Berdasarkan perhit ungan jarak genet ik dari t iga po pulasi benih bandeng dipero leh nilai jarak genet ik t erdekat adalah ant ara po pulasi Aceh dan Bali yait u se b e s ar 0 ,0 0 1 0 ; ke m u d ian an t ar a p o p u lasi Ace h dengan po pulasi Go ro nt alo yait u 0,0047. Sedangkan jarak paling jauh adalah jarak genet ik ant ara po pulasi Bali de ngan p o p ulasi dari Go ro n t alo d en gan jarak genet ik sekit ar 0,0066.
De n d o g ram yan g d ib e n t u k b e rd as ar kan jar ak ge n e t ik t e rs e b u t d e n ga n m e n g gu n aka n p r o gr am
Unw eight ed Pair Gr oup Arit hmat ic Average (UPGMA) menunjukkan bahwa ant ara po pulasi benih bandeng dari perairan Aceh dan Bali mempunyai kekerabat an yang lebih dekat dibandingkan dengan kekerabat an antara keduanya dengan benih bandeng dari Gorontalo (Gambar 4).
Berdasarkan den do gram (Gambar 4), ke dekat an jarak gen e t ik an t ara p o pu lasi b e nih ban de n g d ari perairan Aceh dan Bali, mungkin selain disebabkan oleh g enet i c i n t r og r essi on m e la lu i b e r b a g a i ca r a (p e rdagan gan ) b e n ih b an d e n g t e rse b u t m asu k ke perairan Aceh at au sebaliknya, dan akhirnya akan terjadi perkembangbiakan po pulasi, juga dipe ngaruhi o leh fakt o r arus laut . Hal ini t erlihat dari beberapa hasil penelit ian menunjukkan bahwa variasi habit at , tingkah laku lar va, durasi t ahap pelagis, dan t o po grafi t elah t erbukt i menjadi hambat an ut ama t erhadap aliran gen pad a be rberapa spesies lain (Wiadnya et al., 201 5; Takamura & Nakahara, 2015).
Pemilik hat cheri bandeng menggunakan sumber in d u k d a r i p e m b u d id a ya d i lo k a s i la in d e n g a n Tabel 2. Dist ribusi frekuensi haplo t ipe ikan bandeng, Chanos chanos berdasarkan cyt ochrome-b yang direst riksi
dengan menggunakan empat lo kus enzim, M bo I, Hae III, Hha I, dan Nla IV
Table 2. Frequency dist ribut ion of haplot ype of milkfish, Chanos chanos based on cyt ochrome-b and was rest rict ed by four loci enzyme, M bo I, Hae III, Hha I, and Nla IV
Benih Fingerling
Calon induk Young broodst ock
Benih Fingerling
Calon induk Young broodstock
Benih Fingerling
Calon induk Young broodstock
AAAA 0.933 0.800 0.933 1,000 0.867 0.700
ABAA 0.067 0.000 0.067 0.000 0.000 0.000
AAAB 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
AAAC 0.000 0.000 0.000 0.000 0.133 0.100
AAAD 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
N-sampe l (N-sampl e) 15 10 15 10 15 10
N-haplotipe (N-haplot ype) 2 2 2 1 2 3
Dive rsit as ge ne t ik (Gene diver sit y) 0.031a 0.080 0.031a 0 0.089b 0.115
Gorontalo Provinsi (Province)
Haplotipe Haplotype
Aceh Bali
Aceh Bali Goront alo
Aceh = = = = 0 .0 0 1 0 0.0 04 7
Bali = = = = = 0.0 06 6
Go r o ntalo = = = = =
Tabel 3. Jarak genet ik Nei ant ara benih ikan bandeng, Chanos chanos dari perairan Aceh, Bali, dan Go ro nt alo
Gambar 4. Dendogram benih bandeng, Chanos chanos dari perairan Aceh, Bali, dan Go ro ntalo . Figure 4. Dendogr am of milkfish, Chanos chanos fingerling collect ed fr om Aceh, Bali, and
Goront alo wat ers.
Aceh
Bali
Goront alo
2.000 1.000 0.000
0.0010
0.0057
info rmasi genet ik yang t erbat as, sert a jumlah induk yan g se d ikit (Su d rad jat & Su gam a, 2 0 1 0 ). Pro se s p e m b e n ih a n ya n g d e m ik ia n in i, c e n d e r u n g me nyebabkan hilan gn ya variasi gene t ik yan g leb ih t inggi (gen et ik drift dan e fek inbreeding) (Yu et al., 2012; O’Leary et al., 2013), terutama pada ikan bandeng yan g me mpun yai feku ndit as t inggi seh ingga un t uk mempro duksi t elur cenderung menggunakan jumlah in d u k yan g le b ih se d ikit d alam m e m e n u h i t arge t pro duksi. Dari info rmasi keragaman genet ik t ersebut dapat digu nakan sebagai acuan pe nggu naan ind uk b an d e n g u n t u k p e m u liaan d an p e m b e n ih an a gar d ip ero le h b en ih yan g b e rku alit as. Info rm asi yan g d ip e ro le h u nt u k m e ran can g p ro gram p en gelo laan induk ikan bandeng (broodst ock management) jangka panjang sepert i perbaikan genet ik dengan pro gram selekt if breeding.
KESIM PULAN DAN SARAN
Pertumbuhan calo n induk yang bersumber dari t iga lo kasi t idak berbeda nyat a. Variasi genet ik po pulasi calo n in d u k b an d e n g d a r i b e n ih a sa l Go r o n t alo m e m p u n yai n ilai t e rt in gg i (0 ,1 1 5 ) d iku t i d e n g an po pulasi Aceh (0,080); dan Bali (0,000). Po pulasi benih dan calon induk dari perairan Aceh dan Bali mempunyai pasangan alel yang hampir sama dengan jarak genet ik yang dekat (0,0010) sedangkan po pulasi Go ro nt alo mempunyai jarak yang genet ik paling jauh (0,0057) t erhadap dua populasi lainnya.
Kajian lebih lanjut perlu dilakukan unt uk melihat keragaman genet ik benih hasil penggabungan induk yang berasal dari Pro vinsi Aceh, Bali, dan Go ro nt alo t ersebut unt uk mendukung pro duksi benih unggul.
UCAPAN TERIM A KASIH
Uca p a n t e r im a k a s ih ya n g s e b e s a r -b e s a r n ya terhadap DIPA Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Budidaya Laut Gondo l Tahun Anggaran 2014 yang t elah membiaya kegiat an penelit ian ini.
DAFTAR ACUAN
Bagarinao , T. (1998). Hist o rical and current t rends in milkfish farming in t he Philippines. Academic Press, San Diego. In: Trop. M aricult ure, p. 381-422. Bako surt anal. (2012). At las Nasio nal Indo nesia. ht t p:/
/bako surt anal.go .id. Diakses t anggal 6 Desember 2012 pukul 09.40 BTWI.
Bardach, J.E., Ryt her, J.H., & McLarney, W.O. (1972). Milkfish cult ure. Jo hn Wiley & So ns, To ro nt o . In: Aquacult . Far ming Husbandr y Freshw at er M arine Organisms, p. 313-349.
Bernat chez, L. (2016). On t he maint enance o f genet ic variat io n and adapt at ion to environmental change: co n s id e r at io n s fro m p o p u lat io n ge n o m ics in fishes. Journal of Fish Biology, 89, 2519-2556. Biswas, G., Sundaray, J.K., Thirunavukkarasu, A.R., &
Kailasam, M. (2011). Lengt h-weight relat io nship a n d va ria t io n in co n d it io n o f Chanos chanos (Fo rs sk al, 1 7 7 5 ) fro m t id e -fe d b ra ckish wat e r po nds o f t he Sunderbans - India. Indian Journal of Geo-marine Science, 40(3), 386-390.
Ca s t illo -Va rg a s m a ch u ca , S., Po n ce -Pa la fo x, J.T., Ro d rigue z-Chavez, G., Arredo n do -Figuero a, J.L., Chavez-Ort iz, E., & Seidavi, A. (2013). Effect s o f t emperat ure and salinit y o n gro wt h and sur vival o f t he Pacific red snapper Lut j anus peru (Pisces: Lut janidae) juvenile. Lat . Am. J. Aquat . Res., 41(5), 1013-1018.
Chen, Y.C., & Hsu, C.Y. (2 006). Eco lo gical co nsider-at io ns o f cage aquacult ure in Taiwan. J. Fish. Soc. Taiwan, 33, 139-146.
Ch rist ie , M., Marine , M., Fre nch, R., Wap le s, R., & Blo uin, M.S. (2012). Effect ive size o f a wild salmo -n id p o p u lat io -n is great ly red u ced by h at ch er y supplement at io n. Heredit y, 109, 254-260.
Dunham, R.A. (2011). Aquacult ure and fisheries bio -t echno lo gy: Gene-t ic approaches. 2nd
Fisch , K.M., Ko zfkay, C.C., Ivy, J.J., Ryd e r, O.A., & Waples, R.S. (2015). Fish hat cher y genet ic man-age m e n t t e ch n iq u e s: in t e grat in g t h e o r y w it h implement at io n. Nort h American Journal of Aquac-ult ure, 77, 343-357.
Lee, C.S. (1998). Cult ure o f marine finfish species o f t he Pacific. Academic Press, San Diego . In: Trop. M aricult ure, p. 361-380.
Lisbo a, V., Barcaro lli, I.F., Sampaio , L.A., & Bianchini, A. (2015). Effect o f salinit y o n sur vival, gro wt h and bio chemical paramet ers in juvenile Lebranch mullet M ugil liza (Percifo rmes: Mugilidae). Neot ro-pical Icht hyology, 13(2), 447-452.
Miller, M.P. (1997). To o ls fo r po pulat io n genet ic analy-ses (TFPGA) [Do cument at io n file]. Available wit h t h e p ro gram ’s in st allat io n file s at h t t p ://www. marksgenet icso ft ware. net / t fpga.ht m.
Nei, M. (1978). Est imat io n o f average het ero zygo s-it y and genet ic dist ance fro m a small number o f individuals. Genet ics, 85, 583-590.
O’Lear y, S.J., Hice, L.A., Feldheim, K.A., Frisk, M.G., McElro y, A.E., Fast , M.D., & Chapman, D.D. (2013). Severe inbreeding and small effect ive number o f breeders in a fo rmerly abundant marine fish. Pub-lis h e d o n lin e 2 0 1 3 Ju n e 7 . d o i: 1 0 . 1 3 7 1 / journal.po ne.0066126.
Ravago -Go t anco , R.G., & Juinio -Menez, M.A. (2004). Po p u lat io n ge n e t ic st ru ct u r e o f t h e m ilkfis h , Chanos chanos, based o n PCR-RFLP analysis o f t he m it o ch o n d rial co n t ro l re gio n . M ar. Biol., 1 4 5 , 789-801.
Shiau, C.Y. (2010). Bio chemical charact eristics o f milk-fish (Chanoschanos). Nat io nal Taiwan Ocean Uni-versit y, Th e Fishe rie s So cie t y o f Taiwan , Asian Fis h e r ie s So cie t y, Wor l d Aquacul t ur e Soci et y, Keelung. In:M ilkfish Aquacult ure in Asia, p. 157-167.
So weardi, K. (2007). Pengelo laan kergaman genet ik sumberdaya perikanan dan kelaut an. Depart emen Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n , In s t it u t Pert anian Bo go r. Bo go r, 153 hlm.
Sudradjat , A., & Su gama, K. (20 10). Aquacult ure o f milkfish (bandeng) in Indo nesia: fr y and fingerling pro duct io n. Natio nal Taiwan Ocean Universit y. The Fisheries So ciet y o f Taiwan, Asian Fisheries So -ciet y, World Aquacult ure Societ y, Keelung. In: M ilk-fish Aquacult ure in Asia, p. 9-16.
St ringwell, R., Lo ck, A., St ut chbur y, C.J., Bagget t , E., Taylo r, J., Go ugh, P.J., & Garcia de Leaniz, C. (2014). Maladaptat io n and phenot ypic mismat ch in hatch-er y-reared At lant ic salmo n Salmo salar realeased in t he wild. J. of Fish Biol., 85, 1927-1945. Takamura, K., & Nakahara, M. (201 5). Int raspesific
invasion o ccurring in geographically iso lated po pu-lat io ns o f t he Japanese cyprinid fish Zacco plat y-pus. Limnology, 16(3), 161-170.
Tave , D. (1 9 9 4 ). Se le ct ive b re e d in g p ro gra m s fo r m e d iu m -size d fish farm . Ro m e : FAO Fish e rie s Technical paper, 122 pp.
Wiadnya, D.G.R., Wido do , Set yo hadi, D., & So emarno . (2015). Int ra-species variat io ns o f Phot opect oralis bindus (Family: Leio gnat hidae) co llect ed fro m t wo geo graphical areas in East Java, Indo nesia. Journal of Biodiver sit y and Envir onment al Sciences, 6 (1 ), 160-168.
Winans, G.A. (198 5). Geo graph ic variat io n in milk-fish Chanos chanos. II. Mult ivariat e mo rpho lo gical evidence. Copeia, 4, 890-989.
