i KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI
SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG
SKRIPSI
Oleh :
BAGUS PRADITYA SN
PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO SEMARANG
ii KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI
SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG
Oleh :
BAGUS PRADITYA SN 23010112140207
Salah Satu Syarat untuk Memperoleh
Gelar Sarjana Peternakan pada Program Studi S1 Peternakan Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro
PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO SEMARANG
v RINGKASAN
BAGUS PRADITYA SETYO NUGROHO 23010112140207. Keragaman Genetik Melalui Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan Jengger Hitam Di Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung. (Genetic Blood Protein Diversity Through Polymorphism of Red Comb and Black Comb Kedu
Chicken at Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung)(Pembimbing :SUTOPO
dan EDY KURNIANTO)
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman protein darah pada ayam Kedu generasi G0 jengger merah dan jengger hitam di Satuan Kerja Non
Ruminansia Maron, Temanggung. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan Agustus 2015 – Maret 2016 bertempat di Satuan Kerja Non Ruminansia Maron, Temanggung. Sampel dianalisis di Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada Yogyakarta pada bulan Februari 2016.
Materi penelitian adalah ayam Kedu jengger merah dan jengger hitam. Metode yang digunakan adalah observasional pada hasil elektroforesis PAGE
(Polyacrylamid Gel Electrophoresis). Mengamati lokus pre albumin, albumin,
ceruloplasmin, transferin, post transferin, amylase-I dan menghitung frekuensi gen setiap lokus. Perhitungan nilai ragam genetik dihitung dengan rumus heterozigositas individu dan rataan heterozigositas. Jarak genetik diukur dengan menggunakan DISPAN dan MEGA 6.06. Nilai keseimbangan Hardy-Weinberg dihitung dengan chi-square (X2).
Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam Kedu jengger merah dan jengger hitam memiliki sifat polimorfik pada 6 lokus yang diamati. Nilai heterozigositas individual tertinggi terdapat pada ayam Kedu jengger hitam (0,500). Rataan heterozigositas menunjukkan bahwa ayam kedu jengger hitam lebih tinggi dari pada ayam Kedu jengger merah. Hasil perhitungan chi-square menunjukkan bahwa semua lokus pada setiap jengger berada dalam keseimbangan Hardy Weinberg kecuali pre albumin pada ayam Kedu jengger merah.
vi KATA PENGANTAR
Pelestarian ayam lokal diperlukan dalam mengembangkan bibit yang berkualitas. Salah satu ayam lokal yang sangat terkenal yaitu ayam Kedu. Ayam Kedu memiliki produktivitas yang cukup tinggi dan ketahanan tubuh yang cukup baik. Sehingga ayam Kedu sangat baik untuk dikembangkan dan dibudidayakan.
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan menulis laporan skripsi yang berjudul“Keragaman Genetik Melalui Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan Jengger Hitam Di Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung”.
Puji syukur kepada Allah SWT karena atas rahmat dan hidayahNya penulis dapat menyelesaikan skripsi ini. Ucapan terimakasih penulis sampaikan kepadaDr. Ir. Sutopo, M.Sc. selaku dosen Pembimbing Utama dan Prof. Dr.Ir. Edy Kurnianto, M.S., M. Agr. selaku dosen Pembimbing Anggota yang telah memberikan bimbingan dan arahan selama penelitian dan penyusunan skripsi, Prof. Dr. Ir. Mukh. Arifin, M.Sc. selaku Dekan Fakultas Peternakan dan Pertanian yang telah memberikan izin dan kesempatan untuk melakukan penelitian dan menulis skripsi guna memperoleh gelar Sarjana Peternakan, Prof. Dr. Ir. Bambang Sukamto, S.U. selaku Ketua Jurusan Peternakan dan Ketua Program Studi S1 PeternakanDr. Ir. Hanny Indrat Wahyuni, M.Sc. atas bimbingannya dan kesempatan melakukan penelitian, Dr. drh. Enny Tantini Setiatin, M.Sc. selaku panitia ujian akhir program yang memberikan masukan selama revisi, Dr. Ir. Yon
vii Soepri Ondho, M.S. dan Ir. Barep Sutiyono, M.S. selaku dosen penguji yang memberikan masukan dan saran selama revisi.
Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Bapak Prasetyo dan Ibu Myra Kartika, adik penulis Arya, Nabila, dan Marta yang senantiasa menjadi semangat dan memberikan dorongan materil dan moril selama penulis melakukan penelitian dan penyususnan skripsi. Terima Kasih juga penulis ucapkan kepada Fauzia Kusuma Wulandari selaku orang tercinta dan terkasih yang memberikan semangat selama penelitian dan penyusunan skripsi.Teman-teman seperjuangan kelas D 2012 yang senantiasa melewati suka duka bersama selama empat tahun dalam menempuh pendidikan S1 Peternakan.Terima kasih kepada teman-teman Tim Maron yaitu Andi S, Ustadha, Latifa dan Siti yang telah membantu penulis dalam melakukan penelitian.Terima kasih diberikan penulis kepada Taufik Riza, Bastiyar Masri, Fatan Dwi, Alfian Bayu, Nastiti, Nunik, Mbak Dela, Mbak Riri yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian dan penyusun skripsi.Terima kasih pula kepada Tim KKN II 2015 Kabupaten Magelang Kecamatan Pakis Desa Muneng yaitu Adi, Agus, Vivi, Yuyun, Mawar, Winda, Favo, Eva, dan Cathy yang telah memberikan semangat kepada penulis dalam menyelesaikan skripsi.
Semarang, Juni 2016
viii DAFTAR ISI Halaman KATA PENGANTAR ... vi DAFTAR TABEL ... ix DAFTAR ILUSTRASI ... x DAFTAR LAMPIRAN ... xi BAB I. PENDAHULUAN ... 1
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA ... 3
2.1. Ayam Lokal ... 3 2.2. Darah... 4 2.3. Elektroforesis ... 5 2.4. Polimorfisme Protein ... 6 2.5. Heterozigositas ... 8 2.6. Keseimbangan Hardy-Weinberg ... 9
BAB III. MATERI DAN METODE ... 10
3.1. Materi ... 10
3.2. Metode ... 11
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ... 17
4.1. Keragaman Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan Jengger Hitam ... 17
4.2. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam Kedu Jengger Merah dan Jengger hitam ... 23
4.3. Jarak Genetik Ayam Kedu Berdasarkan Protein Darah ... 24
4.4. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan Jengger Hitam ... 26
ix DAFTAR PUSTAKA ... 29 LAMPIRAN ... 32
x DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
1. Materi Penelitian Analisis Protein Darah ... 10 2. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Pre albumin ... 17 3. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Albumin ... 18 4. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Ceruloplasmin ... 29 5. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Transferin ... 20 6. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Post Transferin ... 21 7. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Amylase-I ... 22 8. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam
Kedu ... 23 9. Matriks Jarak Genetik Ayam Kedu ... 24 10. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan
xi DAFTAR ILUSTRASI
Nomor Halaman
1. Pengambilan Sampel Darah Pada Ayam Kedu ... 12 2. Jarak Genetik ... W 25
xii DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Halaman
1. Skater Hasil Elektroforesis Ayam Kedu Jengger Merah dan
Jengger Hitam ... 32 2. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu
Jengger Merah ... W 36 3. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu
Jengger Hitam ... 37
4. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Pre Albumin ... 38
5. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Albumin ... 39
6. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Ceruloplasmin ... 40
7. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Transferin ... 41
8. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Post Transferin... 42
9. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Amylase-I ... 43
10. Perhitungan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan
Jengger Hitam ... 44
11. Perhitungan Rataan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger
Merah dan Jengger Hitam ... 45
12. Perhitungan Genotip Chi Square Lokus Pre Albumin Jengger
Merah ... 46
13. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Pre Albumin Jengger
Hitam ... 47 14. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger
xiii 15. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger
Hitam ... 49
16. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger Merah ... 50
17. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger Hitam ... 51
18. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger Merah ... 52
19. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger Hitam ... 53
20. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger Merah 54
21. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger Hitam 55
22. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger Merah ... 56
23. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger Hitam ... 57
24. Bahan-Bahan Elektroforesis ... 58
25. Menjalankan Program DISPAN ... 59
