I. PENDAHULUAN
Daerah Aliran Sungai merupakan suatu sistem sungai atau kesatuan hidrologi yang dibatasi oleh topgrafi yang merupakan kesatuan kosistem (Linsley et.al (1980) dalam Purnama (2010). DAS Serayu merupakan DAS terluas di Provinsi
Jawa Tengah, yang mana DAS ini hampir meliputi sebagian wilayah selatan bagian Provinsi Jawa Tengah. Temanggung, Wonosobo, Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas dan Cilacap merupakan beberapa kabupaten yang berada dalam aliran DAS ini Purnama (2010).
DAS Serayu merupakan kesatuan ekosistem (Linsley et.al (1980) dalam Purnama (2010), merupakan kawasan terpenting di Karesidenan Banyumas. Hewan, tumbuhan bahkan manusia sangat bergantung hidupnya pada keberadaannya. Sulistyo dan Setijanto (2002), dalam Rukayah et al. (2003), juga melaporkan, sungai Serayu dan Klawing merupakan habitat bagi genus Mystus salah satunya Mystus nigriceps.
M. nigriceps (Ikan Senggaringan) (Saanin, 1986) merupakan ikan air tawar yang mempunyai nilai ekonomis. Akhir-akhir ini, Ikan Senggaringan lebih mendapat perhatian dari para peneliti dan diharapkan menjadi salah satu komoditi akuakultur. Ikan ini memiliki fase bertelur dalam waktu yang cukup panjang (Hendri, 2010) dan produksinya dapat mencapai 700 ton per tahun (Murnami dan Pramono, (2009). Seperti di kabupaten Purbalingga Jawa Tengah, ikan ini memiliki potensi untuk dibudidayakan, hal ini ditandai dengan pemanfaatan untuk konsumsi masyarakat karena memiliki cita rasa yang lezat (Kasprijo dan Sanjayasari, 2010).
Kebutuhan akan ikan Senggaringan cenderung meningkat, namun hingga saat ini masih bergantung dari tangkapan alam. Tidak adanya upaya pelindungan dan penangkapan yang dilakukan terus menerus, keberadaan ikan ini sekarang jarang ditemukan. Mujkherjee et al. (2002) dan Arockiaraj et al. (2004) melaporkan, bahwa genus Mystus ini sudah terancam kehidupannya sebagai akibat dari industrialisasi yang mengganggu habitat, pemanfaatan air secara berlebihan dan polusi perairan. Kondisi terburuk adalah spesies ini akan hilang bahkan sampai punah jika tidak ada upaya konservasi.
Pengelolaan sumberdaya hayati spesies M. nigriceps agar tidak punah dan tetap terjaga keberadaanya perlu dilakukan suatu upaya yang tepat, diantaranya yaitu dengan domestikasi melalui kegiatan budidaya dan memanipulasi habitatnya
2
(Sanjayasari dan Pramono, ( 2009) dan Hendri, (2010) sebagai usaha mendapatkan stok dalam rangka restoking (Hendri, 2010) dan pemenuhan nutrisi karena pertumbuhan dapat terjadi jika kebutuhan akan nutrisi terutama protein terpenuhi dengan baik (Kasprijo dan Sanjayasari, 2010). Meskipun demikian, upaya budidayanya masih mengalami kegagalan karena dalam proses reproduksinya sangat dipengaruhi oleh musim. Budidaya dikategorikan berhasil jika ikan sudah dapat didomestikasi dan menguasai aspek biologinya (Hendri, 2010).
Pengembangan budidaya tanpa didukung oleh pengelolaan indukan yang baik dapat menyebabkan penurunan kualitas genetik. Dan pada ikan M. nigriceps kondisi tersebut disebabkan oleh penurunan laju pertumbuhan, kematangan gonad usia dini dan ukuran individu yang sangat kecil (Arifin dan Kurniasih, 2007 dalam Destiana (2011). Penurunan kualitas genetik yang disebabkan oleh penurunan variasi genetik ini juga terjadi karena meningkatnya peluang perkawinan sekerabat (inbreeding) yang berpotensi menimbulkan inbreeding depression (tekanan silang dalam) (Hart and Jones, 2009), kondisi ini seperti yang terjadi pada lele dumbo (Clarias gariepinus) (Rustidja, 1999, dalam Ulfah (2012). Populasi ikan dengan keanekaragaman genetik yang tinggi justru akan memiliki peluang kelangsungan hidup yang tinggi pula karena memiliki kemanpuan untuk beradaptasi dengan lingkungannya. Sebaliknya keanekaragaman genetik yang rendah menyebabkan ketidak mampuan spesies dalam beradptasi dengan lingkungan sekitar (Permana et al., 2007).
Dunham (2004) mengungkapkan bahwa keanekaragaman genetik merupakan hal terpenting untuk menjaga kelestarian jangka panjang bagi sebuah spesies bahkan suatu populasi. Studi keanekaragaman genetik merupakan hal paling penting untuk mengetahui besarnya keanekaragaman genetik dalam suatu populasi sebagai dasar untuk pemuliaan dan konservasi (Restu dan Mukrimin, 2007), karena keanekaragaman genetik dipengaruhi oleh keberadaannya di alam (Dunham, 2004). Salah satu tindakan konservasi yang perlu dilakukan adalah konservasi genetik dengan kajian awalnya mengenai tingkat keanekaragaman dari populasi, karena ini merupakan modal dasar aplikasi teknologi dalam pemanfaatan sumber daya perikanan (Yulita dan Partomihardjo, 2011).
Keanekaragaman genetik baik pada tingkat populasi, individu atau jenis dapat diestimasi melalui profil berbagai marka molekuler maupun protein. Marka yang umum digunakan antara lain RAPD, AFLP, RFLP, SSR, isozyme dan allozyme
3
(Yulita dan Partomihardjo, 2011). Penanda-penanda DNA ini merupakan bagian kecil dari molekul DNA yang memperlihatkan polimorfisme sekuens pada individu-individu yang berada dalam suatu populasi. Penanda DNA ini juga dapat digunakan untuk mengetahui pemetaan gen dan penandaan gen, homozigositas, mapping Quantitative Trait Loci (QTL) (Pandin, 2009, dalam Ulfah, (2011), DNA
fingerprinting, analisis taksonomi (Garg, et al., 2009) dan estimasi variasi genetik
(Leesanga, et al., 2004).
Idealnya teknik yang digunakan untuk menguji keanekaragaman genetik harus memenuhi beberapa persyaratan sebagai berikut: murah dan efisien, menghasilkan marka independen, memberikan resolusi yang baik untuk membedakan variasi genetik, dapat diulang, menggunakan sampel DNA dalam jumlah sedikit, tidak memerlukan keahlian molekuler yang tinggi dan tidak memerlukan informasi sebelumnya tentang genom organisme tersebut (Ubaidillah dan Sutrisno, 2009).
Dari uraian di atas dapat dirumuskan permasalahan sebagai beriku : 1) Primer apa saja yang dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan polimorfik pada ikan M. nigriceps dari DAS Serayu; dan 2) Bagaimana keanekaragaman genetik di antara M. nigriceps dari DAS Serayu.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan primer yang dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan memiliki pita polimorfik pada DNA genom M. nigriceps serta untuk mempelajari keanekaragaman genetik Mystus nigriceps dari DAS Serayu dengan teknik RAPD.
Penelitian ini diharapkan mampu memberikan informasi dasar mengenai keanekaragaman genetik ikan M. nigriceps di DAS Serayu sebagai landasan dalam strategi konservasi.
