• Tidak ada hasil yang ditemukan

Doking Molekuler feoforbid a dan Turunannya terhadap Reseptor Serum Albumin Manusia (HSA) dan Reseptor Periferal Benzodiazepin (PBR) sebagai Fotosensitizer Terapi Kanker secara Fotodinamik - repository perpustakaan

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2019

Membagikan "Doking Molekuler feoforbid a dan Turunannya terhadap Reseptor Serum Albumin Manusia (HSA) dan Reseptor Periferal Benzodiazepin (PBR) sebagai Fotosensitizer Terapi Kanker secara Fotodinamik - repository perpustakaan"

Copied!
16
0
0

Teks penuh

(1)

i

Doking Molekuler feoforbid a dan Turunannya terhadap Reseptor Serum Albumin Manusia (HSA) dan Reseptor Periferal Benzodiazepin (PBR)

sebagai Fotosensitizer Terapi Kanker secara Fotodinamik

SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

Diajukan Oleh :

Cony Suita Rama

1008010018

Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto Purwokerto

(2)
(3)

iii

HALAMAN PENGESAHAN

Doking Molekuler feoforbid a dan Turunannya terhadap Reseptor Serum Albumin Manusia (HSA) dan Reseptor Periferal Benzodiazepin (PBR)

sebagai Fotosensitizer Terapi Kanker secara Fotodinamik

Cony Suita Rama 1008010018

Telah dipertahankan didepan Panitia Ujian Skripsi Pada hari Sabtu tanggal 9 Agustus 2014

SUSUNAN PANITIA

Ketua Sekretaris

Dr. Nunuk Aries N., M. Si., Apt Wiranti Sri Rahayu, M. Si., Apt NIK. 2160217 NIK. 2160348

Penguji I Penguji II

Dr. Asmiyenti D. D., M. Si Suparman, M. Sc., Apt NIK.19740522200012200 NIK. 2160446

Mengetahui Dekan Fakultas Farmasi

(4)

PERNYATAAN

Yang bertanda tangan dibawah ini, saya:

Nama : Cony Suita Rama

NIM : 1008010018

Program studi : Farmasi

Fakultas/Universitas :Farmasi/Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari

proses penelitian saya yang telah dilakukan sesuai dengan prosedur penelitian

yang benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil

penjiplakan dari hasil karya orang lain atau terdapat karya yang pernah

diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan

sepanjang pengetahuan penulis juga tidak terdapat karya atau pendapat yang

pernah ditulis atau diterbitkan orang lain kecuali yang secara tertulis diacu

dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada

unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai

dengan ketentuan yang berlaku.

Purwokerto, Agustus 2014

Yang menyatakan,

(5)

v

Intisari

Cony Suita Rama. Doking Molekuler feoforbid a dan Turunannya terhadap Reseptor Serum Albumin Manusia (HSA) dan Reseptor Periferal Benzodiazepin (PBR) sebagai Fotosensitizer Terapi Kanker secara Fotodinamik.

Dibawah bimbingan Dr. Asmiyenti D.D, M. Si dan Suparman, M. Sc., Apt

Latar Belakang : Kanker merupakan tumor berbahaya yang disebabkan oleh pertumbuhan sel secara tidak normal. Terapi kanker yang saat ini masih digunakan dirasa kurang efisien karena menimbulkan beberapa kerugian. Seperti pada pembedahan hanya untuk kanker yang terlokalisasi, terapi dengan radiasi dapat menyebabkan kerusakan pada sel normal. Sehingga dibutuhkan penanganan terhadap penyakit kanker yang lebih prospektif dan menjanjikan. Terapi yang mulai menjadi perhatian karena dinilai lebih porspektif sebagai terapi kanker, yaitu photodynamic therapy (PDT). PDT didasarkan pada cahaya dan fotosensitizer. Fotosensitizer yang ada pada saat ini masih berkendala pada penetrasi cahaya sehingga diperlukan senyawa yang berpotensi sebagai fotosensitizer dengan penetrasi yang lebih baik.

Tujuan Penelitian : Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui seberapa besar kemampuan feoforbid a dan turunannya dalam berikatan dengan reseptor HSA dan PBR sebagai fotosensitizer dalam terapi fotodinamik dengan metode doking molekuler.

Metode Penelitian : Penelitian ini merupakan penelitian non eksperimental berbasis komputasi kimia dengan menggunakan perangkat komputer.

Hasil : Dari hasil doking terhadap feoforbid a dan turunannya sebagai senyawa uji terhadap HSA dan PBR, pada HSA ikatan paling stabil dan kuat dibentuk oleh 1-hidroksi feoforbid a dengan nilai ∆G sebesar +1,01x103 kcal/mol. Sedangkan ikatan paling stabil dan kuat pada PBR dibentuk oleh senyawa feoforbid a dengan

nilai ∆G sebesar +1,86x103 kcal/mol. Dari hasil modifikasi asam amino, yang memiliki ikatan paling baik dan stabil pada HSA maupun PBR adalah serin feoforbid a dibandingkan arginin feoforbid a dan lisin feoforbid a.

Kesimpulan : Serin feoforbid a merupakan senyawa dengan modifikasi asam amino yang memiliki ikatan paling stabil terhadap HSA dan PBR dibandingkan arginin feoforbid a dan lisin feoforbid a.

(6)

Abstract

Background: Cancer is a dangerous tumor caused by abnormal cell growth. Cancer therapy that are currently used is less efficient because it raises some disadvantages. As in the surgery only for localized cancer, radiation therapy can cause damage to normal cells. So it takes the handling of cancer more prospective and promising. Therapy was started to be a concern because it is considered more porspektif as cancer therapy, the photodynamic therapy (PDT). PDT is based on light and photosensitizers. Photosensitizer in this moment still have constraints on light penetration so necessary compounds that have potential as photosensitizers with better penetration.

Objective: This study purpose to know the capabilities of pheophorbide a and its derivatives bind to receptors in the HSA and PBR as photosensitizers in photodynamic therapy with molecular docking method.

Methods: This study was a non-experimental research based chemical computation using the computer.

Results: From the results of the docking pheophorbide a and its derivatives as a test compound to HSA and PBR, in HSA most stable and strong bond formed by 1-hydroxy pheophorbide a ΔG value of +1,01x103 kcal/mol. While most stable and strong bond to PBR pheophorbide a compound formed by the ΔG value of +1,86x103 kcal/mol. From the results of amino acid modification, which has the most excellent and stable bonding to the HSA and the PBR is serine pheophorbide

a compared with arginine pheophorbide a and lysine pheophorbide a.

Conclusion: Serine pheophorbide a compound with an amino acid modifications that have the most stable binding to HSA and PBR compared with arginine pheophorbide a and lysine pheophorbide a.

(7)

vii

Halaman Persembahan

Dengan penuh cinta kasih skripsi ini penulis persembahkan kepada kedua orang tua penulis yang telah bekerja keras dalam memberikan penulis yang terbaik dalam segala hal. Kepada adik penulis yang mulai beranjak remaja, semoga

selalu menikmati setiap menit waktu remajanya dengan penuh syukur.

Penulis juga mempersembahkan skripsi ini kepada teman-teman Fakultas Farmasi angkatan 2010, semoga semua hal baik yang didapat dapat disalurkan

dan dibagikan untuk hal-hal baik juga.

(8)

Motto

Orang lain mungkin ada untuk membantu kita, menolong kita, membimbing kita melangkah dijalan kita. Tapi pelajaran yang dipelajari selalu milik kita. Berhentilah menggantungkan segala yang menjadi urusan dan kesuksesanmu

kepada orang lain.

(9)

ix

Prakata

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala limpahan

rahmat, nikmat serta karunianya yang tidak terhingga. Atas limpahan dan

karuniaNya, penulis dapat menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsi sebagai

syarat dalam mendapatkan gelar Sarjana Farmasi pada Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

Karya tulis ini dapat terselesaikan atas bantuan, bimbingan dan motivasi

dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis mempersembahkan karya tuis ini

sebagai ucapan terima kasih kepada:

1. Allah SWT, atas segala nikmat, rahmat dan ridhonya sehingga skripsi ini

dapat terselesaikan dengan penuh kesabaran.

2. Bapak dan ibu, serta keluarga yang selalu memberikan dukungan secara

moril, materi dan doa yang tidak pernah putus.

3. Dr. Asmiyenti D.D., M. Si., dan Suparman M. Sc., Apt, selaku

pembimbing penelitian dan penulisan skripsi ini. Terima kasih atas segala

bentuk bimbingan, bantuan dan motivasi yang telah diberikan kepada

penulis.

4. Indri Hapsari, S.F. M.Si., Apt, selaku pembimbing akademik yang telah

memberikan nasehat selama perkuliahan.

5. Rekan-rekan penelitian (Ananta Wijaya, Khaeriyah, dan Teddy Yulianto)

yang telah memberikan semangat dan berbagi pengetahuan selama proses

penelitian berlangsung.

6. Teman-teman Farmasi angkatan 2010, semoga kita masih bisa berkumpul

lagi.

7. Teman-teman FSOA angkatan 2010, untuk semester-semester penuh

kerjasama.

8. Untuk yang terkasih, Al Qarana Novandi terima kasih untuk doa dan

(10)

9. Teman-teman Madridista Purwokerto, Meita Lala, Sintia, Anieta, Dicky,

Ikbal, Bang Arief, Ajidh, Azzam, Andiko terima kasih doa dan

dukungannya.

10.Semua pihak yang sudah mendoakan, mendukung dan membantu

penelitian ini.

Semoga Allah SWT membalas segala bentuk doa, dukungan dan bantuan

semua pihak yang terkait dalam pembuatan skripsi ini. Semoga dengan

terselesaikannya skripsi ini, dapat menjadi inspirasi dan memberikan manfaat

dalam perkembangan ilmu pengetahuan.

Penulis

(11)

xi

Riwayat Hidup

Nama : Cony Suita Rama

Tempat, tanggal lahir : Purwokerto, 2 Juni 1992

Nama Bapak : Joko Santoso

Nama Ibu : Dwi Asih

Nama Adik : Gita Dwi Larasati

Riwayat Pendidikan :

TK : TK Ibu Is Purwokerto

SD : SDN 5 Kranji Purwokerto

SMP : SMP Negeri 6 Purwokerto

SMA : SMA Negeri 5 Purwokerto

(12)

DAFTAR ISI

Halaman Judul ... i

Halaman Pengesahan ... ii

Pernyataan ... iii

Intisari ... iv

Abstract ... v

Halaman Persembahan ... vi

Motto ... vii

Peripheral Benzodiazepine Receptor (PBR) ... 12

Doking Molekuler ... 14

BAB III. METODE PENELITIAN ... 16

A. Jenis dan Rancangan Penelitian ... 16

B. Variabel Penelitian ... 16

C. Waktu dan Tempat Operasional ... 16

D. Bahan dan Alat ... 16

E. Cara Penelitian ... 16

Penggambaran Struktur Molekul Feoforbid a dan Turunannya ... 16

Optimasi Struktur Feoforbid a dan Turunannya ... 16

Penyiapan Molekul Protein HSA dan PBR ... 17

Preparasi Struktur HSA dan PBR ... 17

Preparasi Ligan m-THPP, PPIX, Feoforbid a dan Turunannya ... 17

Validasi Metode Doking ... 17

Doking Feoforbid a dan Turunannya Terhadap HSA dan PBR ... 18

(13)

xiii

A. KESIMPULAN ... 37

B. SARAN ... 37

DAFTAR PUSTAKA ... 38

(14)

DAFTAR TABEL

Daftar Tabel Halaman

Tabel 1. Hasil Optimasi Struktur Feoforbid a dan Turunannya ... 22

Tabel 2. Parameter Grid Box ... 29

Tabel 3. RMSD HSA ... 29

Tabel 4. Binding site asam amino HSA ... 30

Tabel 5. RMSD PBR ... 30

Tabel 6. Binding site asam amino PBR ... 31

Tabel 7. Scoring hasil doking senyawa uji ... 32

Tabel 8. Binding site asam amino yang terbentuk pada HSA ... 34

(15)

xv

DAFTAR GAMBAR

Daftar Gambar Halaman

Gambar 1. Ilustrasi Tahapan Proses PDT ... 6

Gambar 2. Mekanisme fotofisika dan fotokimia PDT ... 7

Gambar 3. Porfirin dan turunannya ... 7

Gambar 4. Modifikasi spektrum panjang gelombang ... 8

Gambar 5. Protoporfirin IX (PPIX) ... 9

Gambar 6. Skema degradasi klorofil pada pembentukan pheophorbide ... 9

Gambar 7. Struktur feoforbid a dan turunannya ... 10

Gambar 8. Molekul HSA ... 12

Gambar 9. Molekul PBR atau TSPO ... 14

Gambar 10. Struktur feoforbid a dan turunannya sebelum dioptimasi ... 21

Gambar 11. Visualisasi layar situs pencarian HSA pada RSCB PDB ... 24

Gambar 12. Visualisasi layar situs pencarian PBR pada RSCB PDB ... 25

Gambar 13. Visualisasi rantai pada molekul HSA (www.rscb/pdb.com) ... 26

Gambar 14. Visualisasi struktur PBR ... 27

Gambar 15. Visualisasi letak file adt, ligan dan reseptor yang akan didoking ... 28

Gambar 16. Visualisasi binding sites asam amino validasi metode doking HSA. 30 Gambar 17. Visualisasi binding sites asam amino validasi metode doking PBR. . 31

Gambar 18. Visualisasi hasil doking pada binding sites asam amino HSA ... 35

(16)

DAFTAR LAMPIRAN

Daftar Lampiran Halaman

Gambar

Tabel 1. Hasil Optimasi Struktur Feoforbid a dan Turunannya  ..........................

Referensi

Dokumen terkait

Qur’an di Pondok Pesantren Darussalam Sumbersari Kecamatan Kepung Kabupaten Kediri? Penelitian ini adalah penelitain kuantitatif. Jumlah populasinya adalah 309 reponden,

Hendry Kurniawan , penulis skripsi yang berjudul Penetapan Kadar Florotanin dalam Fraksi Etil Asetat Alga Merah ( Laurencia papillosa (Forskal) Graville) dengan

Dermatitis atopik merupakan penyakit peradangan kulit kronik spesifik yang terjadi pada kulit atopik, ditandai rasa gatal, disebabkan oleh hiperaktivitas kulit yang

Oleh karena itu, untuk menaikkan etos kerja dan produktivitas masyarakat harus didukung dengan SDA dan SDM yang bagus, serta jaminan kesehatan dan pendidikan yang

Berdasarkan hasil penelitian dan pembahasan, maka diperoleh kesimpulan bahwa penalaran matematis subjek dengan gaya kognitif Field Dependent dalam pemecahan masalah

• Foto terjadi karena cahaya yang jatuh pada permukaan media perekam (film atau sensor digital), sehingga terjadi citra di atas media perekam tersebut.. • Dengan media perekam,

Minangkabau is identical with the system of matrilineal in which the kinship is from maternal line. This matrilineal system brings about the welfare of women in Minangkabau due

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT karena rahmat dan hidayah-Nya yang telah diberikan kepada kami, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi