Fitri Rohmasari, 2015
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ...i
ABSTRAK ... iii
DAFTAR ISI ... v
DAFTAR TABEL ... vii
DAFTAR GAMBAR ... viii
DAFTAR LAMPIRAN ... x
BAB I PENDAHULUAN ... 1
A. Latar Belakang ... 1
B. Rumusan Masalah ... 4
C. Pertanyaan Penelitian ... 4
D. Batasan Masalah... 5
E. Tujuan Penelitian ... 5
F. Manfaat Penelitian ... 5
BAB II KARAKTERISTIK BAKTERI Aeromonas hydrophila DAN STUDI ANALISIS FILOGENETIKA MENGGUNAKAN SIKUEN GEN Gyr B ... 6
A. Deskripsi Bakteri A. hydrophila ... 6
B. Aeromonas spp. dan Air ... 7
C. Patogenitas Aeromonas hydrophila ... 8
D. Karakterisasi dan Identifikasi Morfologi dan Biokimia Bakteri Aeromonas hydrophila ... 9
E. Identifikasi Molekular ... 18
F. Gen Lipase... 19
G. Gen Housekeeping (gyr B) ... 20
H. Sequencing ... 21
I. Filognetika Molekuler ... 22
J. Tahapan Dalam Analisis Filogenetika Molekuler... 24
BAB III METODE PENELITIAN ... 27
B. Populasi dan Sampel ... 27
C. Waktu dan Tempat Penelitian ... 27
D. Alat dan Bahan ... 27
E. Prosedur Penelitian ... 27
1. Persiapan Penelitian dan Pra Penelitian ... 27
2. Subkultur A. hydrophila Pada Medium RS ... 28
3. Pemurnian Koloni Bakteri Biokimia ... 28
4. Uji Morfologi dan Biokimia Bakteri ... 28
5. Pembuatan Cryo Bakteri ... 31
6. Identifikasi Aeromonas hydrophila Secara Molekular ... 32
F. Pra Sikuensing ... 33
1. Identifikasi Gen gyrB dengan Metode PCR ... 33
2. Mengukur Kemurnian dan Konsentrasi DNA Hasil Amplikon ... 34
G. Elektroforesis Hasil PCR Gen Lipase dan Gen gyr B ... 35
H. Sikuensing ... 35
I. Analisis Data Bioinformatika ... 36
J. Alur Penelitian ... 37
BAB IV HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ... 38
A. Karakterisasi dan Sub Kultur Bakteri A. hydrophila ... 39
B. Karakterisasi Morfologi dan Biokimia A. hydrophila (SNI 7303) ... 42
C. Karakterisasi Morfologi dan Biokimia Tambahan ... 51
D. Karakterisasi Molekular Bakteri A. hydrophila ... 63
E. Pra Sekuensing ... 67
F. Analisa Hasil Sikuensing ... 69
G. Analisa Filogenetik Gen gyr B ... 80
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ... 91
A.Kesimpulan ... 91
B.Saran ... 91
DAFTAR PUSTAKA ... 92
Fitri Rohmasari, 2015
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
3.1 Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen Lipase pada A. hydrophila ... 32
3.2 Primer yang Digunakan Dalam PCR Sekuen Gen gyr B ... 33
3.3 Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen gyr Penelitian ... 34
4.1 Hasil Sub Kultur Bakteri pada Medium RS ... 41
4.2 Hasil Uji Morfologi dan Biokimia (SNI 7303) Isolat Bakteri ... 43
4.3 Hasil Uji Morfologi dan Biokimia Tambahan Isolat Bakteri ... 51
4.4 Tabel Rekapan Hasil Identifikasi Biokimia Isolat Bakteri ... 62
4.5 Hasil Spektrofotometer DNA Isolat A. hydrophila ... 64
4.6 Hasil Spektrofotometer Amplifikasi Gen gyr B Isolat A. hydrophila ... 68
4.7 Hasil Sikuensing Pada Aeromonas Isolat Air Kolam ... 71
4.8 Hasil Blast Sikuen Isolat Aeromonas Isolat ATCC 7966 ... 73
4.9 Hasil Blast Parsial Sikuen Isolat Aeromonas ATCC 7966 ... 74
4.10 Hasil Blast Parsial Sikuen Isolat Aeromonas Air Kolam ... 76
4.11 Hasil Uji Biokimia dan Molekular Isolat Aeromonas Air Kolam ... 79
4.12 Karakteristik Aeromonas Isolat Air Beberapa Kota Secara Biokimia Maupun Molekuler ... 88
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
2.1 Bakteri Aeromonas hydrophila ... 7
2.2 Infeksi Bakteri Aeromonas spp. pada kulit Ikan ... 8
2.3 Beberapa Hasil Uji pada Bakteri Aeromonas ... 10
2.4 Hasil Isolasi Bakteri Aeromonas pada Medium RS ... 11
2.5 Penampakan Koloni Bakteri Pada Medium ... 11
2.6 Penentuan Bakteri Gram Negatif Pada Aeromonas Spp ... 12
2.7 Produksi ß-Hemolysis Oleh A. Hydrophila Pada Tryptone Soy Agar ... 13
2.8 Uji Motilitas Dan Produksi H2S Pada Bakteri Aeromonas Spp ... 14
2.9 Uji Oksidasi Pada Aeromonas Spp ... 15
2.10 Reaksi Positif Isolat Bakteri Aeromonas Spp. Pada Uji Oksidatif-Fermentatif ... 15
2.11 Reaksi Fermentasi Lakosa Pada Medium Mac Conkey ... 16
2.12 Hasil Uji Sitrat pada isolat Aeromonas spp ... 17
2.13 Hasil uji indol terhadap isolat bakteri Aeromonas ... 17
2.14 Hasil pengujian V-P pada isolat bakteri Aeromonas ... 18
2.15 Rekonstruksi Pohon filogenetika ... 24
3.1 Program PCR Gen Lipase ... 33
3.2 Program PCR Geng gyr B ... 34
3.3 Rumus Perhitungan Konsentrasi DNA ... 35
3.4 Bagan Alur Penelitian ... 37
4.1 Koloni Isolat Aeromonas Pada Mediu RS ... 39
4.2 Penampakan Morfologi Aeromonas sp diatas Medium RS ... 40
4.3 Hasil Pewarnaan Gram Isolat Bakteri Aeromonas ... 44
4.4 Indikator lengket yang ditunjukan oleh bakteri Aeromonas (gram negatif) dalam KOH string test ... 44
Fitri Rohmasari, 2015
4.7 Hasil Uji Oksidatif Isolat Bakteri Dalam Penelitian ... 48
4.8 Reaksi Positif Isolat Bakteri Pada Uji Oksidatif-Fermentatif ... 49
4.9 Hasil uji OF ... 49
4.10 Kemampuan Hemolisis Isolat Bakteri A. hydrophila ... 52
4.11 Kemampuan Hemolisis Isolat Bakteri A. hydrophila ... 53
4.12 Kemampuan Hemolisis Isolat Bakteri A. hydrophila dari Isolat Air ... 53
4.13 Hasil Uji Vouges-Praukover A. hydrophila ... 55
4.14 Hasil Uji VP Isolat Bakteri A. hydrophila ... 55
4.15 Hasil uji fermentasi Lactosa isolat Aeromonas Air Kolam pada medium Mac konkey ... 57
4.16 Hasil Uji Positif Fermentasi Laktosa ... 57
4.17 Hasil Uji negatif Fermentasi Laktosa ... 57
4.18 Hasil Uji Indole ... 59
4.19 Hasil Uji Indol ... 59
4.20 Hasil Uji Simons Sitrat ... 60
4.21 Elektroforesis Gen Lipase Isolat Aeromonas ... 64
4.22 Elektroforesis Hasil Amplifikasi Gen gyr B... 67
4.23 Elektrogram (Peak) Sikuen Isolat Aeromonas ATCC ... 70
4.24 Elektrogram (Peak) Sikuen Isolat Aeromonas AKC ... 70
4.25 Aligmnent sikuens gen gyr B ... 77
4.26 Urutan Aligment sikuen gen gyr B Isolat Aeromonas ... 77
4.27 Rekonstruksi Pohon Filogentika ... 85
Lampiran Halaman
1. Daftar Alat Penelitian ... 101
2. Daftar Bahan Penelitian ... 103
3. Protokol Pembuatan Medium ... 105
4. Hasil Sikuensing Gen gyr B Bakteri Aeromonas Isolat Air ... 110
5. Pohon Filogenetik 16s rRNA ... 118
