KARAKTERISTIK MARKA GENETIK DNA MITOKONDRIA SEBAGAI ACUAN KONSERVASI GENETIK HARIMAU SUMATERA ULFI FAIZAH

(1)

KARAKTERISTIK MARKA GENETIK DNA MITOKONDRIA

SEBAGAI ACUAN KONSERVASI GENETIK

HARIMAU SUMATERA

ULFI FAIZAH

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2008

(2)

SURAT PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN

SUMBER INFORMASI

Denga ini saya menyatakan bahwa tesis Karakteristik Marka Genetik DNA Mitokondria sebagai Acuan Konservasi Genetik Harimau Sumatera adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.

Bogor, Desember 2008 Ulfi Faizah NIM G351060341

(3)

ABSTRACT

ULFI FAIZAH. The Characteristic of Mitochondrion DNA Genetic Marker as Sumatran Tiger Genetic Conservation Reference. Under direction of DEDY DURYADI SOLIHIN and LIGAYA ITA TUMBELAKA

Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae) now is decreasing and threatened for extinction. Therefore, the conservation effort must be done, including genetic conservation. Cytochrome b (Cyt. b) and D-loop at DNA mitochondrial have been used a lot to learn genetic diversity and phylogenetic relationship. The aims of this research are (1) to analyze genetic diversity based on genetic marker with partial Cyt. b region and HVS-I of D-loop region from Sumatran tiger; and (2) to determine Sumatran tiger phylogeny between individual and between tigers subspecies in the world. Amplification with PCR method in whole Cyt. b region used primers UF-05 and UF-07 (1299 bp), partial Cyt. b used primer UF-06 and UF-07 (675 bp), HVS-I of D-Loop used primer UF-03 and UF-04 (567 bp). Next, all PCR products sequenced. Data analyzed by MEGA-IV software using multiple alignments with other tigers sequence from GenBank. Phylogeny reconstruction analyzed by Neighbor-Joining method with 1000 bootstrapped. The result are (1) Based on partial Cyt b genetic marker, there are two specific nucleotide sites on Sumatran tiger (sites 118 (G) and 369 (A)), and one specific amino acid site (site 40 (V)). Based on HVS-I of D-Loop genetic marker there are 12 specific nucleotide sites (sites 24 (G), 74 (A), 76 (A), 88 (C), 179 (C) 302 (G), 318 (T), 393 (T), 406 (G) 417 (A), 430 (A), 488 (G)). From this research, Cyt b genetic marker is suitable to differentiate between subspecies of tiger while HVS-I of D-loop is suitable to differentiate between subspecies and individual; (2) Based on HVS-I of D-loop genetic marker shows that the phylogeny of Sumatran tiger from Jambi has close relation with ones from Riau. In additional, both are closer with Sumatran tiger from Medan rather than the ones from Bengkulu. Compared to other tiger subspecies in the world, The Sumatran tiger has the closest relation with the Indian tiger and the farthest relation with the South Chinese tiger.

(4)

RINGKASAN

ULFI FAIZAH. Karakteristik Marka Genetik DNA Mitokondria sebagai Acuan Konservasi Genetik Harimau Sumatera. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan LIGAYA ITA TUMBELAKA.

Harimau Sumatera merupakan satu-satunya subspesies harimau yang masih bertahan hidup di Indonesia dan saat ini keberadaannya terancam punah. Dengan mengetahui status genetik dan keragaman genetik suatu populasi dapat dirancang suatu program konservasi untuk menghindari kepunahan dan membantu pengembangan rencana pengelolaan kelangsungan hidupnya (Damayanti 2007). Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan molekuler menggunakan Deoxyribonucleic Acid (DNA), baik dari DNA inti dan DNA mitokondria (mtDNA) akan mengungkapkan perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan intra dan interspesies yang menyangkut tentang struktur, komposisi, dan organisasi genom pada tingkat DNA (Duryadi 1994). Cytochrome b (Cyt. b) merupakan fragmen di dalam genom yang biasa digunakan untuk mengetahui hubungan spesies dari genus atau famili yang sama. Sedangkan daerah Displacement loop (D-loop) biasa digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan sampai tingkatan intraspesies karena dua domainnya yaitu HVS-I (Hypervariable Segments I) dan HVS-II memiliki mutasi yang tinggi (Widayanti 2006). Penelitian ini bertujuan (1) Untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan marka genetik daerah Cyt. b parsial dan daerah D-loop bagian HVS-I pada Harimau Sumatera; dan (2) Untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar individu Harimau Sumatera dan antar subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya di dunia.

Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Studi Sumber Daya Hayati dan Bioteknologi, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat, Institut Pertanian Bogor. Penelitian dilaksanakan mulai Bulan Juni 2007 sampai dengan Mei 2008. Bahan penelitian berupa DNA Harimau Sumatera yang berasal dari darah empat ekor Harimau Sumatera dari Taman Safari Indonesia, Cisarua-Bogor yang berasal dari empat daerah berbeda di Sumatera yaitu Medan, Riau, Jambi, dan Bengkulu. Pengambilan sampel darah Harimau Sumatera dilakukan dengan dua cara yaitu (1) Harimau dibius total kemudian diambil darahnya dari vena savena (paha kaki belakang); (2) Harimau ditempatkan di kandang jepit kemudian diambil darahnya dari vena coccygea (ekor). Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode ekstraksi fenol (Duryadi 1997, 2005). Amplifikasi dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) pada daerah Cyt b utuh menggunakan primer UF-05 dan UF-07 (1299 pb), daerah Cyt. b parsial menggunakan primer UF-06 dan UF-07 (675 pb), daerah D-loop bagian HVS-I menggunakan primer UF-03 dan UF-04 (567 pb). Proses sekuensing dilakukan di PT. Charoen Pokphand Indonesia Tbk. dan First BASE Laboratories Sdn Bhn-Malaysia. Data hasil pembacaan sekuen dianalisis dengan menggunakan program MEGA IV (Moleculer Evolutionary Genetic Analysis IV) (Tamura et al. 2007). Hasil analisis basa nukleotida dan asam amino berupa matriks perbandingan perbedaan jumlah (number of differences) dan matriks perbandingan “jarak genetik p” (genetics pairwise distance matrix) menggunakan model p-Distance. Analisis filogeni menggunakan metode

(5)

bootstrapped Neighbor-Joining dengan 1000 kali pengulangan. Multiple alignment menggunakan data sekuen harimau dari GenBank sebagai pembanding. Amplifikasi daerah Cyt. b utuh menghasilkan produk PCR berukuran 1299 pb. Sedangkan hasil amplifikasi daerah Cyt. b parsial menghasilkan produk PCR berukuran 675 pb. Hasil multiple alignment menunjukkan sembilan buah situs basa nukleotida yang beragam dari berbagai subspesies harimau. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pada daerah Cyt. b parsial Harimau Sumatera mempunyai dua situs basa nukleotida spesifik yang terdiri dari situs nukleotida No. 130 (G atau Guanin) dan No. 369 (A atau Adenin) serta satu situs asam amino yang spesifik pada No. 40 (V atau Valin). Rekonstruksi filogeni antara berbagai subspesies harimau berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida Cyt. b parsial menunjukkan kelompok harimau Sumatera terpisah jelas dengan kelompok subspesies harimau yang lain. Sedangkan rekonstruksi filogeni berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) asam amino Cyt. b hasilnya sama dengan hasil basa nukleotida. Amplifikasi daerah D-loop bagian HVS-I menghasilkan produk PCR berukuran 567 pb. Dari hasil multiple alignment didapat keragaman situs nukleotida sebanyak 194 buah situs. Harimau Sumatera mempunyai 12 situs basa nukleotida yang spesifik di daerah HVS-I pada D-loop dibandingkan dengan subspesies harimau yang lain yaitu situs basa nukleotida No. 24 (G), 74 (A), 76 (A), 88 (C) 179 (C), 302 (G), 318 (T), 393 (T), 406 (G) 417 (A), 430 (A), 488 (G). Rekonstruksi filogeni antara individu Harimau Sumatera berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida daerah D-loop bagian HVS-I menunjukkan Harimau Sumatera yang berasal dari Bengkulu terpisah dengan tiga harimau yang lain. Sedangkan rekonstruksi filogeni antara berbagai subspesies harimau berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa nukleotida daerah D-loop bagian HVS-I juga menunjukkan kelompok harimau Sumatera terpisah jelas dengan kelompok subspesies harimau yang lain.

Simpulan dari penelitian ini adalah (1) Berdasarkan analisis marka genetik daerah Cyt. b parsial pada Harimau Sumatera didapatkan dua buah situs basa nukleotida spesifik dan sebuah situs asam amino spesifik. Sedangkan pada daerah D-loop bagian HVS-I pada Harimau Sumatera diperoleh 12 situs basa nukleotida spesifik. Marka genetik Cyt. b cocok digunakan untuk membedakan antar subspesies Harimau Sumatera sedangkan marka genetik D-loop bagian HVS-I cocok digunakan untuk membedakan antar subspesies dan antar individu dalam suatu kelompok Harimau Sumatera; (2) Berdasarkan rekonstruksi filogeni menggunakan marka genetik daerah D-loop bagian HVS-I diketahui bahwa hubungan kekerabatan antar individu Harimau Sumatera dalam penelitian ini adalah Harimau Sumatera asal Jambi dekat dengan harimau Sumatera asal Riau, namun keduanya lebih dekat dengan Harimau Sumatera asal Medan dibandingkan dengan Harimau Sumatera asal Bengkulu. Sedangkan hubungan kekerabatan subspesies Harimau Sumatera dengan subspesies harimau lainnya adalah Harimau Sumatera paling dekat dengan Harimau India dan paling jauh dengan Harimau China Selatan.

(6)

@ Hak Cipta Milik IPB, tahun 2008 Hak Cipta dilindungi Undang-undang

1. Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumber

a. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah.

b. Pengutipan tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB.

2. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis dalam bentuk apapun tanpa izin IPB.

(7)

KARAKTERISTIK MARKA GENETIK DNA MITOKONDRIA

SEBAGAI ACUAN KONSERVASI GENETIK

HARIMAU SUMATERA

ULFI FAIZAH

Tesis

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada

Departemen Biologi

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2008

(8)

(9)

Judul Tesis : Karakteristik Marka Genetik DNA Mitokondria sebagai Acuan Konservasi Genetik Harimau Sumatera

Nama : Ulfi Faizah

NIM : G351060341

Disetujui Komisi Pembimbing

Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Ketua

Dr. drh. Ligaya ITA Tumbelaka, Sp.MP., M.Sc. Anggota

Diketahui

Ketua Program Studi Biologi

Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA.

Dekan Sekolah Pascasarjana

Prof. Dr. Ir. Khairil Anwar Notodiputro, MS.

(10)

PRAKATA

Puji dan syukur Alhamdulillah penulis panjatkan kepada Allah SWT dan Nabi Muhammad SAW atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Juni 2007 sampai dengan Mei 2008 ini ialah keragaman genetik, dengan judul Karakteristik Marka Genetik DNA Mitokondria sebagai Acuan Konservasi Genetik Harimau Sumatera.

Terima kasih penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA selaku ketua komisi pembimbing dan Ibu Dr. drh. Ligaya ITA Tumbelaka, Sp.MP., M.Sc. selaku anggota komisi pembimbing yang telah memberikan bimbingan yang terbaik demi terwujudnya karya ilmiah ini, Prof. Dr. Ir. Ronny R. Noor, M.Rur., Sc. selaku penguji luar komisi yang telah memberikan banyak masukan yang berguna untuk karya ilmiah ini.

Penelitian ini dapat terlaksana dengan adanya dukungan dari banyak pihak, sehingga penulis mengucapkan terima kasih kepada kepada Bapak Sunarto dan rekan-rekan dari WWF Indonesia-Riau yang telah membantu dana penelitian melalui Program Beasiswa Penelitian Tugas Akhir Mahasiswa bertema Melestarikan Harimau Sumatera dengan Pemahaman Masalahnya. Ucapan terima kasih disampaikan juga kepada pimpinan-pimpinan Taman Safari Indonesia (TSI) Cisarua-Bogor yaitu Bapak Jansen Manansang, Bapak Frans Manansang, dan Bapak Tony Sumampau serta kepada tenaga dokter hewan dari TSI Cisarua-Bogor yaitu Ibu Dr. drh. Ligaya ITA Tumbelaka, Sp.MP., M.Sc. dan Ibu drh. Yohana dan para keeper yang telah membantu tersedianya sampel penelitian.

Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada kedua orang tua, Bapak Abdul Muiz Hamzah (alm.) dan Ibu Anik Sri Utami, suami Junaidi Budi Prihanto, dua putri tercinta Sophie Mutiara Annisa (alm.) dan Sofia Syarafina Khairunnisa, serta seluruh keluarga dan sahabat atas segala doa dan kasih sayangnya.

Semoga karya ilmiah ini dapat memberikan manfaat bagi perkembangan ilmu genetika konservasi pada umumnya dan usaha konservasi Harimau Sumatera pada khususnya.

Bogor, Desember 2008 Ulfi Faizah

(11)

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Sidoarjo pada tanggal 21 September 1978 dari pasangan Bapak Abdul Muiz Hamzah (alm.) dan Ibu Anik Sri Utami. Penulis merupakan putri pertama dari dua bersaudara.

Pendidikan Sekolah Dasar di SD Muhammadiyah II Sidoarjo (1985-1991), Sekolah Menengah Pertama di SMP Negeri I Sidoarjo (1991-1994), dan Sekolah Menengah Atas di SMA Widya Dharma Turen-Malang (1994-1997). Melalui jalur PMDK (Penelusuran Minat dan Kemampuan) melanjutkan pendidikan sarjana di Program Studi Pendidikan Biologi, Fakultasa Matematika dan Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang (1997-2001). Pada tahun 2006, penulis diterima di Program Studi Biologi pada Program Pascasarjana IPB dengan memperoleh Beasiswa Pendidikan Pascasarjana dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Republik Indonesia.

Pada tahun 2002-2005 penulis bekerja sebagai staf di OLH (Organisasi Lingkungan Hidup) Raditya Lestari, Malang. Sejak tahun 2005 sampai sekarang penulis bekerja sebagai dosen untuk mata kuliah Taksonomi Hewan di Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Surabaya.

Penulis menikah pada tanggal 08 Juli 2006 dengan Junaidi Budi Prihanto dan telah dikaruniai dua orang putri, Sophie Mutiara Annisa (alm.) dan Sofia Syarafina Khairunnisa.

(12)

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR TABEL ... xiii

DAFTAR GAMBAR ... xiv

DAFTAR LAMPIRAN ... xv

DAFTAR SINGKATAN ... xvi

PENDAHULUAN ... 1 Latar Belakang ... 1 Perumusan Masalah ... 4 Tujuan Penelitian ... 4 Hipotesis ... 4 Manfaat Penelitian ... 4 TINJAUAN PUSTAKA ... 5

Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae) ... 5

Konservasi Harimau Sumatera ... 10

DNA Mitokondria ... 14

Peranan Marka DNA Mitokondria dalam Konservasi Genetik ... 15

BAHAN DAN METODE ... 19

Waktu dan Tempat Penelitian ... 19

Tahapan Penelitian ... 19

Bahan Penelitian ... 20

Metode Penelitian ... 20

HASIL DAN PEMBAHASAN ... 28

Amplifikasi Daerah Cytochrome b ... 28

Sekuensi Daerah Cytochrome b Parsial ... 29

Keragaman Runutan Basa-Basa Nukleotida dan Asam Amino serta Marka Genetik yang Spesifik pada Daerah Cytochrome b Parsial ... 30

Hubungan Kekerabatan Harimau Sumatera Berdasarkan Runutan Basa Nukleotida dan Asam Amino pada Daerah Cytochrome b Parsial ... 34

Amplifikasi Daerah D-Loop Bagian HVS-I ... 38

Sekuensi Daerah D-Loop Bagian HVS-I ... 39

Keragaman Runutan Basa-Basa Nukleotida dan Marka Genetik yang Spesifik pada Daerah D-Loop Bagian HVS-I ... 40

Hubungan Kekerabatan Harimau Sumatera Berdasarkan Runutan Basa Nukleotida pada Daerah D-Loop Bagian HVS-I ... 41

(13)

PEMBAHASAN UMUM ... 49

SIMPULAN DAN SARAN ... 55

Simpulan ... 55

Saran ... 56

DAFTAR PUSTAKA ... 57

(14)

DAFTAR TABEL

Halaman 1 Perbedaan morfologi sembilan subspesies harimau di dunia ... 6 2 Daftar sampel yang digunakan dalam penelitian ... 20 3 Primer-primer yang digunakan untuk mengamplifikasi daerah

Cyt. b utuh, Cyt. b parsial, dan D-loop parsial mtDNA Harimau Sumatera ... 24 4 Komposisi PCR untuk mengamplifikasi daerah Cyt. b utuh, Cyt. b

parsial, dan D-loop parsial ... 25 5 Kondisi PCR untuk mengamplifikasi daerah Cyt. b utuh, Cyt. b

parsial, dan D-loop parsial ... 26 6 Data sekuen beberapa subspesies harimau dari GenBank yang

digunakan sebagai pembanding ... 27 7 Sembilan situs basa nukleotida yang beragam di daerah Cyt. b

parsial (549 pb) pada beberapa subspesies harimau (Sekuen acuan

Panthera tigris [Pt. x], EF551003) ... 31 8 Tiga situs asam amino yang beragam di daerah Cyt. b parsial

(183 asam amino) pada beberapa subspesies harimau (Sekuen acuan Panthera tigris [Pt. x], EF551003) ... 32 9 Ilustrasi penterjemahan asam amino ke-40 dan 123 pada daerah

Cyt. b parsial pada Harimau Sumatera dibandingkan dengan subspesies harimau yang lain ... 33 10 Matrik jumlah rata-rata dari perbedaan basa nukleotida di daerah

Cyt. b parsial (549 pb) beberapa subspesies harimau ... 34 11 Matrik rata-rata “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa

nukleotida di daerah Cyt. b parsial (549 pb) beberapa subspesies

harimau ... 35 12 Matrik jumlah rata-rata dari perbedaan asam amino di daerah

Cyt. b parsial (183 asam amino) beberapa subspesies harimau ... 36 13 Matrik rata-rata “jarak genetik p” (p-distance) dari asam amino di

daerah Cyt. b parsial (183 asam amino) beberapa subspesies harimau ... 37 14 Dua belas situs basa nukleotida yang spesifik untuk Harimau

Sumatera di daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb)... 41 15 Matrik perbedaan nukleotida di daerah D-loop bagian HVS-I

(514 pb) ke empat individu Harimau Sumatera ... 41 16 Matrik “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida di

daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb) ke empat individu Harimau

Sumatera ... 42 17 Matrik jumlah rata-rata dari perbedaan nukleotida di daerah D-loop

bagian HVS-I (514 pb) beberapa subspesies harimau ... 45 18 Matrik rata-rata “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa

nukleotida di daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb) beberapa subspesies harimau ... 45

(15)

DAFTAR GAMBAR

Halaman

1 Sembilan subspesies harimau di dunia ... 5

2 Daerah penyebaran sembilan subspesies harimau di dunia ... 6

3 Daerah penyebaran Harimau Sumatera di Pulau Sumatera ... 8

4 Struktur genom mitokondria Felis catus (Lopez et al. 1996) ... 15

5 Bagan prosedur penelitian ... 19

6 Pengambilan darah dari vena savena (paha kaki belakang) ... 20

7 Pengambilan darah dari vena coccygea (ekor) ... 20

8 Ilustrasi letak penempelan primer-primer yang digunakan untuk mengamplifikasi daerah Cyt. b utuh, Cyt. b parsial, dan D-loop parsial mtDNA pada Harimau Sumatera... 24

9 Hasil amplifikasi daerah Cyt. b utuh (menggunakan pasangan primer UF-05 dan UF-07) ... 28

10 Hasil amplifikasi daerah Cyt. b parsial (menggunakan pasangan primer UF-06 dan UF-07) ... 29

11 Filogeni berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida di daerah Cyt. b parsial (549 pb) beberapa subspesies harimau ... 35

12 Filogeni berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari asam amino di daerah Cyt. b parsial (183 asam amino) beberapa subspesies harimau ... 37

13 Hasil amplifikasi daerah D-loop bagian HVS-I (menggunakan pasangan primer UF-03 dan UF-04) ... 39

14 Filogeni berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida di daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb) ke empat individu sampel Harimau Sumatera ... 42

15 Peta Pulau Sumatera ... 43

16 Bukit Barisan ... 44

17 Filogeni berdasarkan “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida di daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb) beberapa subspesies harimau ... 46

18 Peta Benua Asia dan daerah penyebaran harimau ... 48

19 Skenario asal Harimau Sumatera dari Semenanjung Malaysia ... 52

(16)

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman 1 Ilustrasi letak penempelan primer UF-05, UF-06, UF-07, UF-03,

dan UF-04 pada genom Panthera tigris utuh (Genbank EF551003) .. 62 2 Data sekuen subspesies harimau pembanding untuk daerah Cyt. b

parsial ... 64 3 Data sekuen subspesies harimau pembanding untuk daerah D-loop

bagian HVS-I ... 65 4 Hasil multiple alignment dari basa-basa nukleotida di daerah Cyt. b

parsial sekuen harimau ... 66 5 Hasil multiple alignment dari asam amino di daerah Cyt. b parsial

sekuen harimau ... 73 6 Matrik perbedaan jumlah basa-basa nukleotida di daerah Cyt. b

parsial (549 pb) beberapa subspesies harimau ... 75 7 Matrik “jarak genetik p” (p distance) basa-basa nukleotida di

daerah Cyt. b parsial (549 pb) beberapa subspesies harimau ... 76 8 Matrik perbedaan jumlah asam amino di daerah Cyt. b parsial

(183 asam amino) beberapa subspesies harimau ... 77 9 Matrik “jarak genetik p” (p distance) asam amino di daerah Cyt. b

parsial (183 asam amino) beberapa subspesies harimau ... 78 10 Hasil multiple alignment dari basa-basa nukleotida di daerah

D-loop bagian HVS-I sekuen harimau ... 79 11 Situs-situs basa nukleotida yang beragam pada beberapa

subspesies harimau di daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb)

(Sekuen acuan Panthera tigris [Pt. x], EF551003) ... 82 12 Matrik perbedaan jumlah basa-basa nukleotida di daerah D-loop

bagian HVS-I (514 pb) beberapa subspesies harimau ... 87 13 Matrik “jarak genetik p” (p-distance) dari basa-basa nukleotida di

daerah D-loop bagian HVS-I (514 pb) beberapa subspesies harimau ... 88

(17)

DAFTAR SINGKATAN

A : Adenin C : Citosin Cyt. B : Cytochrome b D-loop : Displacement loop DNA : Deoxyribonucleic Acid G : Guanin

HS1 : Harimau Sumatera 1. Kode sampel darah untuk Harimau Sumatera dari Medan.

HS2 : Harimau Sumatera 2. Kode sampel darah untuk Harimau Sumatera dari Riau.

HS3 : Harimau Sumatera 3. Kode sampel darah untuk Harimau Sumatera dari Jambi.

HS4 : Harimau Sumatera 4. Kode sampel darah untuk Harimau Sumatera dari Bengkulu.

HS1C : Harimau Sumatera 1 Cytochrome b utuh. Kode sampel produk PCR dari HS1 untuk target daerah Cytochrome b utuh.

HS2C : Harimau Sumatera 2 Cytochrome b utuh. Kode sampel produk PCR dari HS2 untuk target daerah Cytochrome b utuh.

HS1c : Harimau Sumatera 1 Cytochrome b parsial. Kode sampel produk PCR dari HS1 untuk target daerah Cytochrome b parsial.

HS1d : Harimau Sumatera 1d-loop bagian HVS-I. Kode sampel produk PCR dari HS1 untuk target daerah d-loop bagian HVS-I.

HVS : Hypervariable Segments Indel : Insersi delesi

mtDNA : mitochondria DNA (DNA mitokondria) P. t. : Panthera tigris

pb : pasang basa (base pairs [bp]) PCR : Polymerase Chain Reaction RNA : Ribonucleic Acid

(18)

rpm : revolution per minute rRNA : ribosomal RNA T : Timin

Ti : Transisi tRNA : transfer RNA

tRNAGlu : tRNA asam glutamat tRNAPro : tRNA prolin

tRNAThr : tRNA treonin Tv : Transversi V : Valin