PROFIL PROTEIN DAGING SAPI DAN DAGING BABI MENGGUNAKAN SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate-
polyacrylamide gel electrophoresis)
SKRIPSI
Oleh :
RIYAN AGUSTIAN B.1910153
JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN DAN GIZI FAKULTAS ILMU PANGAN HALAL
UNIVERSITAS DJUANDA BOGOR
2023
PROFIL PROTEIN DAGING SAPI DAN DAGING BABI MENGGUNAKAN SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate-
polyacrylamide gel electrophoresis)
Oleh :
RIYAN AGUSTIAN B.1910153
SKRIPSI
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Teknologi Pangan pada Jurusan Teknologi Pangan dan Gizi, Fakultas Ilmu Pangan Halal,
Universitas Djuanda Bogor
JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN DAN GIZI FAKULTAS ILMU PANGAN HALAL
UNIVERSITAS DJUANDA BOGOR
2023
ABSTRACT
Riyan Agustian. B.1910153. Profile Of Beef And Pork Protein Using Sds-Page (Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis). Supervised by Lia Amalia dan Rodiana Nopianti.
Limited stock of beef accompanied by soaring demand for beef ahead of national religious holidays (HBKN) often leads to rising beef prices. This is sometimes misused by some unscrupulous traders who want to get more profit, one of which is to commit falsification (food fraud) by mixing halal beef with non-halal meat such as pork. pork based on its molecular weight using the SDS- PAGE method (Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis). Data analysis was carried out qualitatively based on the calculation of the molecular weight (MW) of each protein based on available markers. Calculations are made by measuring the total tracking distance from the stacking gel to the separating gel (a), followed by measuring the tracking distance from the stacking gel to each protein band, then looking for the retardation factor (Rf), the results of the SDS- PAGE analysis can distinguish specific gravity protein molecules in beef and pork but in the profile of the type of protein in beef, pork, they experience the same name in the name of the protein type. For the type of protein in cattle based on research results found Miosin, Lysozyme. Ovalbumin. While in pigs found types of protein Miosin, Lysozyme, Aprotinin. Soybean Trypin Inhibitor. Ovalbumin, Carbonic Anhydrase
Keywords: sds-page, molecular weight, beef, pork
ABSTRAK
Riyan Agustian. B.1910153. Profil Protein Daging Sapi Dan Daging Babi Menggunakan Metode SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate- polyacrylamide gel electrophoresis). Skripsi. Di bawah bimbingan oleh Lia Amalia dan Rodiana Nopianti.
Stok daging sapi yang terbatas dan permintaan daging sapi yang tinggi jelang Hari Besar Keagamaan Nasional (HBKN) kerap berimbas pada kenaikan harga daging sapi. Hal ini kadang disalahgunakan oleh beberapa oknum pedagang yang ingin mendapatkan keuntungan lebih banyak, salah satunya yaitu melakukan pemalsuan (food fraud) dengan cara mencampurkan daging sapi yang halal dengan daging yang tidak halal seperti babi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan jenis protein pada daging sapi dan daging babi berdasarkan berat molekulnya menggunakan metode SDS-PAGE (Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis). Analisis ata dilakukan dengan cara kuantitatif berdasarkan perhitungan berat molekul (BM) dari masing-masing protein yang didasarkan pada marker yang tersedia. hasil analisis sds-page dapat membedakan berat jenis molekul protein pada daging sapi dan daging babi namun pada profil jenis protein daging sapi daging babi mengalami kesama dalam nama jenis protein. Untuk dari jenis protein pada sapi berdasarkan hasil penelitian ditemukan miosin, lysozyme. ovalbumin. Sedangkan pada babi ditemukan jenis protein miosin, lysozyme, aprotinin. Soybean-trypin-inhibitor. ovalbumin, carbonic anhydrase.
Kata kunci: sds-page, berat molekul, daging sapi, daging babi
Judul : Profil Protein Daging Sapi Dan Daging Babi Menggunakan Metode SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis)
Nama : Riyan Agustian
NIM : B.19101513
Program Studi : Teknologi Pangan
Jurusan : Teknologi Pangan dan Gizi Fakultas : Ilmu Pangan Halal
Disetujui, Bogor, 8 Juni 2023
Dr. Lia Amalia,S.T.,SS.,M.T Pembimbing Utama
Dr. Rodiana Nopianti, S.Pi., M.Sc.
Pembimbing Pendamping
Disahkan Oleh,
Dekan Fakultas Ilmu Pangan Halal Universitas Djuanda Bogor
Dr. Ir. Helmi Haris, M.S NPP 213 870 972
Tanggal lulus : 09-Juni-2023
SURAT PERNYATAAN ORISINALITAS
Saya yang betanda-tangan dibawah ini :
Nama : Riyan Agustian
Nomor Induk Mahasiswa (NIM) : B.1910153
Program Studi : Teknologi Pangan
Fakultas : Ilmu Pangan Halal
Jenis Karya Ilmiah : Skripsi
Alamat : Kp. Kongsi Rt. 003/005, Sukabumi
Menyatakan dengan sesungguhnya bahwa Skripsi yang saya buat ini dengan judul : Profil Protein Daging Sapi Dan Daging Babi Menggunakan Metode SDS-PAGE (Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis). Adalah karya saya sendiri dan semua sumber, baik yang dikutip maupun yang dirujuk telah saya nyatakan dengan sebenar-benarnya.
Demikian surat pernyataan ini saya buat dengan sesungguhnya dan dipergunakan sebagaimana mestisnya
Dibuat di : Bogor Pada Tanggal :08 Juni 2023 yang membuat pernyataan
(Riyan Agustian)
SURAT PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN PENGEMBANGAN
ILMU PENGETAHUAN (AKADEMIS)
Saya Yang bertanda-tangan dibawah ini :
Nama Lengkap : Riyan Agustian
Tempat Tanggal Lahir : Sukabumi, 20 Agustus 2000 Nomor KTP (NIK) : 3202162008000001
Program Studi : Teknologi Pangan
Fakultas : Ilmu Pangan Halal
Jenis Karya Ilmiah : Skripsi
Untuk pengembangan ilmu pengetahuan, maka saya menyetujui untuk memberikan kepada Universitas Djuanda Bogor Hak Bebas Royalti Non-ekslusif beserta perangkat yang ada (jika diperlukan) atas karya ilmiah saya yang berjudul:
Profil Protein Daging Sapi Dan Daging Babi Menggunakan Metode SDS-PAGE (Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis).
Dengan pemberian Hak Bebas Royalti Non-ekslusif ini, maka Universitas Djuanda Bogor berhak menyimpan mengalihmedia (atau dalam bentuk lainnya), mengelola dalam bentuk pangkalan data, merawat dan mempublikasikan skripsi tanpa seizin saya, dan tetap mencantumkan nama saya dan pembimbing Skripsi tersebut.
Oleh karena itu, pernyataan ini saya buat dengan sungguh-sungguh, tanpa ada tekanan dari pihak manapun. Terima kasih banyak
Dibuat di : Bogor Pada Tanggal : 08 Juni 2023 Saya yang membuat pernyataan
(Riyan Agustian)
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan pada tanggal 20 Agustus 2000 di Kp. Kongsi Rt.
003/005, Cicurug, Sukabumi, Jawa Barat. Putra pertama dari Bapak yang bernama Asep Saepuloh dan Ibu yang bernama Iar Sutiarsih.
Penulis menempuh pendidikan formal di SDN 3 CICURUG dari tahun 2007 sampai 2013, Masuk MTS Al-Amin pada tahun 2013 sampai tahun 2016, kemudian melanjutkan ke SMAN 1 CICURUG sampai tahun 2019. Penulis terdaftar sebagai mahasiswa program strata satu (S1) jurusan Teknologi Pangan pada tahun 2019, bukan hanya mencari ilmu secara formal saja, penulis juga aktif belajar di non-formal tepatnya di Rumah Pintar.
Semasa kuliah penulis aktif di organisasi internal fakultas terutama di jurusan, penulis menjabat sebagai koordinator PPSDM Himpunan Mahasiswa Teknologi Pangan (HIMATEPA).
PRAKATA
Segala puji bagi Allah SWT yang telah melimpahkan kesehatan dan kebahagiaan kepada penulis. Untungnya, dengan izinnya, penulis dapat menyelesaikan disertasinya tentang profil protein daging sapi dan babi menggunakan SDS-PAGE (elektroforesis gel poliakrilamida sodium dodesil sulfat). Sehubungan dengan itu, penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada:
1. Dr. Ir. Helmi Haris, M.S, sebagai dekan Fakultas Ilmu Pangan Halal Universitas Djuanda Bogor
2. Dr. Lia Amalia,S.T.,S.S., M.T, selaku pembimbing Utama yang telah meluangkan waktu dan banyak membantu penulis dalam pelaksanaan penelitian skripsi ini.
3. Dr. Rodiana Nopianti,S.Pi., M.Sc., selaku Pembimbing Pendamping yang telah meluangkan waktu untuk membimbing dan memberikan pengarahan serta masukan kepada penulis dalam pelaksanaan penelitian skripsi ini.
Terima kasih atas segala bimbingan, kepemimpinan dan pengorbanan yang telah diberikan kepada penulis dalam penciptaan karya ini. Semoga disertasi penulis dapat bermanfaat, khususnya bagi penulis sendiri dan bagi semua peserta serta yang membutuhkan informasi dalam disertasi ini.
Bogor, 08 Juni 2023 Penulis
UCAPAN TERIMA KASIH
Dalam perjalanan pendidikan sampai laporan skripsi ini terselesaikan, penulis menyadari banyak pihak yang membantu bauk moril, materil maupun do’anya. Oleh karena itu, pada kesempatan ini saya sampaikan terimakasih kepada:
1. Orang tua dan keluarga besar Bapak M.Yusuf dan Keluarga Besar H.
Abdullah yang telah memberikan dorongan moril dan materil serta doa yang tulus kepada penulis.
2. Wisnu Pamungkas, Akram Dzulfiqar, Azi Permana, Galih Purnama terima kasih kalian telah memberikan motivasi, canda tawa kepada penulis
3. Teman seperjuangan seluruh FIPHAL 19 yang tidak dapat disebutkan satu persatu
4. Semua anggota Bascamp CANDRADIMUKA dan Rumah Pintar Terangi Bumi yang telah memberikan saya motivasi dan pemikiran untuk bisa senantiasa menuntut ilmu.
5. Teman-teman satu perjuangan di Himpunan Mahasiswa Teknologi Pangan (HIMATEPA), yang telah memberikan support untuk penulis sehingga dapat menyelesaikan skripsi ini.
Mudah-mudahan setiap tetes peluh yang keluar dari semua pihak dapat menjadi ladang kebaikan untuk mendapatkan kebaikan yang hakiki. Amin.
Bogor, 08 Juni 2023
Penulis
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR ISI... i
DAFTAR TABEL... ii
DAFTAR GAMBAR... iii
DAFTAR LAMPIRAN... iv
I PENDAHULUAN... 1
1.1 Latar Belakang... 1
1.2 Tujuan... 2
II TINJUAN PUSTAKA... 3
2.1 Daging Sapi... 3
2.2 Daging Babi... 3
2.3 Protein... 5
2.4 SDS-PAGE... 7
2.5 Berat Molekul Protein... 10
III METODE PENELITIAN... 11
3.1 Alat dan Bahan... 11
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian... 11
3.3 Prosedur Penelitian... 11
3.4 Analisa Data... 13
IV HASIL DAN PEMBAHASAN... 14
V KESIMPULAN DAN SARAN... 22
5.1 Kesimpulan... 22
5.2 Saran... 22
DAFTAR PUSTAKA... 23
DAFTAR TABEL
Halaman
1. Jenis Protein dan Berat Molekul... 10
2. Hasil Sampel dan Jenis Protein... 16
3. Hasil Sampel dan bm pada gel pertama... 18
4. Hasil Sampel dan bm gel kedua... 19
5. Hasil Sampel dan bm gel ketiga... 20
ii
DAFTAR GAMBAR
Halaman
1. Nama Bagian-Bagian Pada Sapi... 3
2. Daging Sapi Bagian Paha... 3
3. Nama Bagian-Bagian Pada Babi... 4
4. Daging Babi Bagian Pahaa... 4
5. Struktur Primer... 5
6. Struktur Sekunder α-heliks... 6
7. Struktur Sekunder β-pleated... 6
8. Struktur Tersier... 7
9. Skema Alur Elektroforesis... 8
10. Alur Kerja SDS-PAGE... 9
11. Hasil Elektroforesis Marker dan Protein Sampel... 15
12 . Hasil Kurva Standar Nilai Rf Gel Elektroforesis pertama Error! Bookmark not defined.5 13. Hasil Stacking Gel Pertama... 22
14. Hasil Stacking Gel Kedua... 22
15. Hasil Stacking Gel Ketiga... 23
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman 1. Alir Proses Penelitian... 28 2. Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada
Gel Elektroforesis pertama... 30 3. Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada
Gel Elektroforesis kedua ... 30 4. Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada
Gel Elektroforesis ketiga ... 31 5. Hasil Kurva Standar Nilai Rf Gel Elektroforesis kedua... 31 6. Hasil Kurva Standar Nilai Rf Gel Elektroforesis ketiga... 32
iv
I PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Stok daging sapi yang terbatas dibandingkan dengan permintaan daging sapi yang melonjak menjelang hari besar keagamaan nasional (HBKN) mengakibatkan naiknya harga daging sapi. Hal ini dimanfaatkan oleh beberapa oknum pedagang yang ingin mendapatkan keuntungan lebih banyak dengan melakukan pemalsuan (food fraud), yaitu mencampurkan daging sapi yang halal dengan daging yang tidak halal seperti babi (Nida et al., 2020). Salah satu penyebab penggunaan daging babi sebagai pengoplos daging sapi adalah karena kesamaan warna, tekstur dan seratnya (Rahma, 2016).
Menurut Pasal 1 Ayat 5 Peraturan Pemerintah No. 69 Tahun 1999 (PP 69/1999) Pemerintah Republik Indonesia tentang Label dan Iklan Pangan, pangan halal adalah pangan yang tidak mengandung zat atau bahan apa pun yang cocok atau dilarang untuk dikonsumsi secara Islami, serta bahan baku, bahan tambahan dan bahan penolong genetik lainnya, termasuk bahan penolong motor genetik dengan bahan penolong yang Islami, yang dilaksanakan dalam Islam oh hukum agama. Pangan merupakan kebutuhan dasar manusia, sehingga perhatian yang besar harus diberikan pada ketersediaannya.
. Sifat halal pangan merupakan aspek yang sangat penting dalam konsumsi pangan. Makanan halal harus bebas babi, baik sebagai bahan dasar, sebagai bahan tambahan maupun dalam proses produksinya. (Andriyani et al. 2019). Adanya komponen babi, sekecil apapun konsentrasinya dalam bahan makanan, membuat makanan tersebut tidak halal untuk dikonsumsi.
Berbagai metode analisis telah dilakukan pada penelitian dengan tujuan untuk mengetahui adanya pemalsuan pada daging antara lain: Solid Phase Microextraction Gas Chromatography-Mass Spectroscopy (SPME-GC/MS) yang dapat mengidentifikasi pemalsuan daging sapi dengan daging celeng (Amalia et al., 2022). Metode elektroforesis digunakan untuk mengindentifikasi protein dari daging babi, sapi, kuda dan domba (Montowska dan Pospiech 2007), metode Fourier-transform Infrared Spectroscopy (FTIR) digunakan untuk autentifikasi daging unggas (Ellis et al. 2005). Metode analisis lainnya adalah Real-Time PCR yang telah digunakan untuk membedakan daging babi, ayam, kambing, sapi, dan unta (Cheng et al. 2015), juga pemalsuan daging sapi oleh daging tikus (Suryawan
et al. 2020). Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS- PAGE) pernah digunakan untuk mengindentifikasi protein dari daging sapi, domba, kuda, rusa merah, kambing dan kelinci berdasarkan identifikasi protein otot dan sarkoplas (Montowska dan Pospiech 2007).
Identifikasi protein pada daging sapi dan daging babi menggunakan salah satu jenis elektroforesis SDS gel poliakrilamida, SDS PAGE sendiri dapat diniliai lebih menguntungkan. Hal ini disebabkan karena waktu pengujiannya relatif lebih singkat dan besarnya pori medium penyangga serta adanya perbandingan konsentrasi akrilamida dan bis-metilen-akrilamida. Selain itu gel ini tidak menimbulkan konveksi dan bersifat transparan (Bintang, 2010)
Pada penelitian ini diteliti profil protein daging sapi dan daging dan daging babi menggunakan berdasarkan dari berat molekul proteinnya untuk mengetahui apakah jenis protein dapat diketahui menggunakan metode SDS-PAGE.
I.2 Tujuan
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui perbedaan jenis protein pada daging sapi dan daging babi berdasarkan berat molekulnya menggunakan metode SDS-PAGE.
2
II TINJUAN PUSTAKA
II.1 Daging Sapi
Daging sapi didefinisikan sebagai semua jaringan hewan dan semua produk yang dimodifikasi oleh jaringan tersebut yang layak untuk dikonsumsi dan tidak menimbulkan gangguan kesehatan bagi yang mengkonsumsinya. Daging sapi berwarna merah cerah, tidak jarang dan berkilau. Dari segi tampilan dagingnya agak keras, elastis dan tidak lembek, terasa lembab saat disentuh dan tidak lengket di tangan, dari segi rasa daging sapi sangat khas (enak). Kandungan protein daging sapi 18,80% (Usmiati, 2010)
Daging sapi merupakan salah satu bahan pangan yang berasal dari ternak yang mengandung nutrisi berupa air, protein, lemak, mineral dan sedikit pati, sehingga kandungan ini merupakan lingkungan yang baik bagi bakteri untuk tumbuh dan mudah busuk. (Nurwantoro et al., 2012 ). Pangan asal hewan menjadi berbahaya dan percuma apabila tidak aman, sehingga mutlak perlu memperhatikan keamanan pangan agar bermanfaat bagi tubuh. (Bahri, 2008).
II.2 Daging Babi
Babi adalah salah satu hewan yang dipelihara untuk diambil dagingnya.
Daging babi jenis ini biasanya dipasarkan mulai usia 5-12 bulan dengan cara mengambil dagingnya. Hal ini dilakukan untuk menghindari penumpukan lemak yang berlebihan. Babi menurut negaranya dapat diklasifikasikan ke dalam kelas Mammalia, ordo Artiodactyla, genus Sus, spesies termasuk Sus scrofa, Sus vittatus, Sus cristatus, Susleucomystax, Sus celebensis, Sus verrucosus dan Sus
barbatus. Berdasarkan negaranya, daging babi dapat dibagi menjadi tiga kategori menurut kelasnya, yaitu lemak, daging, dan dwi guna (Bacon) (Budiasa et al . 2013).
Daging babi memiliki karakteristik yang berbeda dengan daging lainnya.
Ciri-ciri daging babi adalah aroma khas, daging alot dan melar, cenderung lebih encer, warna lebih terang, harga pasar lebih murah dari daging sapi, bulir lebih halus dari daging sapi, lemak tebal, putih dan melar. Kemudian lemak babi juga sangat lembek dan sulit dipisahkan dari dagingnya (Kumari, 2009).
Gambar 3. Nama Bagian-Bagian pada Babi
Sumber. www.biolib.cz
Gambar 4. Daging Babi Bagian Paha Sumber. www.foodsafetynews.com
Komposisi kimiawi daging bervariasi berdasarkan spesies, ras, atau ternak.
Hal ini dipengaruhi oleh faktor genetik, lingkungan dan nutrisi. Nilai gizi daging berkaitan dengan kandungan protein, lipid, karbohidrat, mineral dan vitamin yang terkandung di dalam daging. Kalori daging berasal dari komponen protein, lemak, dan karbohidrat dalam jumlah terbatas. Sedangkan sumber kalori yang lebih penting sebagai bahan makanan berasal dari protein, beberapa mineral dan vitamin B (Suardana & Swacita, 2008). Komposisi kimia daging babi terdiri dari 60-70% air, 6-10% lemak dan 20-28% protein. (USDA, 2009; Veerman, 2013)
Beberapa orang makan babi tetapi beberapa tidak. Salah satu penyebabnya bisa karena berbagai resiko penyakit yang bisa ditularkan oleh babi, seperti arteriosklerosis, hipertensi, angina dan peradangan atau nyeri pada persendian tubuh. (Arifin, 2014).
4
II.3 Protein
Protein adalah makanan yang mengandung nitrogen yang dianggap sebagai unsur penting untuk fungsi tubuh, sehingga kehidupan tidak bisa tanpa protein. (Muchtadi, 2010). Protein adalah makromolekul yang terdiri dari rantai asam amino yang disatukan oleh ikatan peptida untuk membentuk rantai peptida dengan panjang bervariasi dari dua asam amino (dipeptida), 4 hingga 10 peptida (oligopeptida) dan lebih dari 10 asam amino (polipeptida). (Gandy. 2014)
Semua protein terdiri dari urutan dan kombinasi dari 20 asam amino.
Setiap jenis protein memiliki jumlah dan urutan asam amino yang unik. Di dalam sel, protein juga terdapat pada membran plasma dan membran dalam yang menyusun organel sel seperti mitokondria, retikulum endoplasma, nukleus, dan badan Golgi dengan fungsi yang berbeda tergantung lokasinya. Sebagian besar protein yang terlibat dalam reaksi biokimia dalam bentuk enzim ditemukan di sitoplasma dan beberapa ditemukan di kompartemen organel sel. (Subekti, 2012).
Setiap jenis protein memiliki jumlah dan distribusi asam amino penyusunnya yang berbeda. Berdasarkan susunan atom, protein mengandung atom karbon (C), atom oksigen (O), atom nitrogen (N), atom hidrogen (H), dan atom belerang (S), dan kadang-kadang unsur logam dan tembaga (Winarno 2004).
Ada empat jenis struktur protein sebagai struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier dan struktur kuaterner. Berikut adalah penjelasan dari masing- masing struktur protein :
a. Struktur primer
Struktur Primer protein menggambarkan urutan linier residu asam amino dalam suatu protein. Urutan asam amino selalu dituliskan dari gugus terminal amino ke gugus terminal karboksil. Struktur sekunder, tersier, dan kuartener. Faktor yang menentukan untuk menjaga atau menstabilkan ketiga tingkat struktur tersebut adalah ikatan kovalen yang terdapat pada struktur primer (Fatchiyah et al, 2011).
Gambar 5. Struktur Primer 6 Sumber. Campbell et al., (2009)
b. Struktur Sekunder
Ini adalah kombinasi dari struktur primer linier yang distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang tulang punggung polipeptida. Contoh struktur sekunder adalah heliks lipat α dan β. Struktur ini memiliki segmen dalam polipeptida yang digulung atau dilipat beberapa kali. (Campbell et al., 2009; Conn, 2008).
c. Struktur Tersier
...Protein adalah tumpang tindih dari pola struktural sekunder yang terdiri dari ikatan heliks tidak beraturan antara rantai samping (gugus R) dari asam amino yang berbeda. Struktur ini merupakan struktur tiga dimensi yang mengacu pada hubungan spasial antar struktur sekunder.
Struktur ini distabilkan oleh empat jenis ikatan, yaitu ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik. Dalam struktur ini, ikatan hidrofobik penting untuk protein. Asam amino yang bersifat hidrofobik akan berikatan di dalam protein globular yang tidak terikat air,
Gambar 6. Struktur Sekunder α-heliks Sumber. Murray et al, (2009)
Gambar 7. Struktur Sekunder β-pleated Sumber. Campbell et al., (2009)
sedangkan asam amino hidrofilik umumnya akan berada di permukaan luar yang terikat dengan air di sekitarnya. Struktur ini termasuk struktur sekunder di antara mereka. Struktur tersier protein adalah struktur yang
mewakili rantai polipeptida yang terlipat
sempurna (Fatchiyah, 2011).
d. Struktur Kuartener
...Struktur kuartener melibatkan asosiasi dua atau lebih rantai polipeptida yang membentuk multi-subunit atau protein oligometrik.
Rantai polipeptida yang menyusun protein oligometri dapat berbeda atau identik (Fatchiyah, 2011).
Penanda protein adalah campuran penanda protein murni yang digabungkan secara kovalen dengan pewarna biru yang dapat dipecah menjadi 8 pita selama elektroforesis. Konsentrasi protein secara hati-hati diseimbangkan untuk setiap intensitas. Ikatan kovalen pewarna dengan protein memengaruhi sifat elektroforesis (pemisahan) gel SDS-PAGE untuk setiap protein Pita penanda protein digunakan sebagai referensi utama dari protein yang dianalisis. (Mannuchi et al, 1998).
II.4 SDS-PAGE (Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis) Elektroforesis adalah metode pemisahan bagian-bagian campuran berdasarkan pergerakan pembawa muatan koloid di bawah pengaruh medan listrik. Metode elektroforesis telah digunakan untuk menganalisis virus, asam nukleat, enzim dan protein lain, serta molekul dengan berat molekul rendah seperti asam amino. (Saputra, 2014).
Salah satu jenis elektroforesis yang banyak digunakan saat ini adalah
8 Gambar 8. Struktur Tersier
Sumber. biologydictionary.net
elektroforesis gel poliakrilamid SDS (SDS-PAGE). SDS-PAGE dianggap lebih bermanfaat daripada elektroforesis kertas dan elektroforesis pati. Hal ini disebabkan ukuran pori media penyangga yang besar, serta rasio konsentrasi akrilamida dan bis-metilen akrilamida. Selain itu, gel ini bersifat non- convectional dan transparan (Saputra, 2014).
Fungsi dan sifat protein dapat diketahui melalui tahapan pemisahan
protein. Protein dapat dipisahkan dari
protein lain atau molekul lain
berdasarkan ukuran, kelarutan, muatan,
dan afinitas pengikatan. (Nelson, 2004). Gel
yang digunakan pada SDS-PAGE adalah
stacking gel dan running gel seperti
pada gambar 9.
SDS adalah deterjen anionik yang dapat melapisi protein, sebagian besar sebanding dengan berat molekulnya, dan memberi muatan negatif pada semua protein dalam sampel. SDS memiliki efek mendenaturasi protein karena SDS berperan sebagai detergen yang menyebabkan ikatan pada protein putus sehingga membentuk protein yang dapat terelusi dalam gel. (Saputra, 2014).
Penggunaan elektroforesis meliputi (1) penentuan berat molekul, (2) deteksi kontaminasi bahan, (3) deteksi kerusakan bahan seperti protein selama pemrosesan dan penyimpanan, (4) pemisahan kualitatif dan kuantitatif spesies molekul berbeda, yang kemudian dapat dianalisis untuk setiap spesies, (5) penentuan titik isoelektrik protein. (Yuwono, 2005)
Gambar 9. Skema Alur Elektroforesis Sumber.william
s.chemistry
Prinsip dasar
SDS-PAGE adalah bahwa
protein didenaturasi oleh
sodium dedosil sulfat
dan kemudian
dipisahkan dari molekul
menurut berat
molekulnya dengan elektroforesis menggunakan gel.
1. Protein yang disentrifugasi ditempatkan di dalam tabung.
2. Larutan protein yang akan dianalisis telah dicampur terlebih dahulu dengan SDS SDS adalah detergen anionik, yang bila dilarutkan akan membawa muatan negatif pada rentang pH yang luas. Muatan negatif SDS mendenaturasi sebagian besar struktur kompleks protein dan sangat tertarik ke anoda ketika ditempatkan di medan listrik. 3. Ketika arus listrik dialirkan, molekul bergerak melalui gel poliakrilamida, menuju anoda (anoda), molekul kecil akan bergerak lebih cepat daripada molekul besar, sehingga akan terjadi pemisahan.
3. Ketika arus listrik dialirkan, molekul bergerak melalui gel poliakrilamida, menuju anoda (anoda), molekul kecil akan bergerak lebih cepat daripada molekul besar, sehingga akan terjadi pemisahan.
4. Elektroforesis dengan SDS dilakukan di polyacrylamide, molekul protein akan melewati pori-pori gel, sehingga kemudahan pergerakan melalui pori tergantung pada diameter molekul. Molekul yang lebih besar akan diblokir dan karena itu akan bergerak lebih lambat, karena molekul terdenaturasi,
10 Gambar 10. Alur Kerja SDS-PAGE
Sumber.Saputra, (2014)
diameternya bergantung pada berat molekul. Semakin besar diameter molekul, semakin lambat gerakannya. Oleh karena itu, SDS-PAGE akan memisahkan molekul berdasarkan BM-nya
5. Untuk melihat pita yang terbentuk, gel diwarnai dengan pewarna khusus.
Pewarnaan untuk SDS-PAGE meliputi:
a. CBB (Comasive Briliant Blue): terikat secara spesifik pada protein melalui ikatan kovalen
b. Silver Salt Staining : memiliki karakteristik yang lebih sensitif dan akurat namun membutuhkan (Saputra, 2014).
II.5 Berat Molekul Protein
Protein terbentuk dari susunan asam amino yang dihubungkan bersama oleh ikatan peptida. Ikatan peptida terbentuk dari ikatan satu asam amino dengan asam amino lainnya. Atom H dari gugus amina terikat pada atom OH dari gugus hidroksil untuk membentuk air. (Mustollah, 2016).
Analisis profil protein dilakukan dengan metode SDS-PAGE, metode ini memisahkan protein berdasarkan berat molekul (MB). Elektroforesis tidak peka terhadap perbedaan massa molekul atau muatan yang cukup rendah dan tidak mempengaruhi struktur biopolimer (Hemes,1998). Gel poliakrilamida dapat digunakan untuk memisahkan protein yang berbeda dan membandingkan berat molekul protein. Setiap jenis protein memiliki rentang berat molekul yang berbeda Tabel 1.
Tabel 1. Jenis Protein dan Berat Molekul
Sumber : Bio-Rad Laboratories
Jenis Protein Berat Molekul
Miosin 119 - 250 kDa
β-Galactosidase 87 - 118 kDa
Bovine Serum Albumine 51.5 - 86 kDa
Ovalbumin 34 - 51.6 kDa
Carbonic Anhidrase 28 - 34.1 kDa
Soybean Trypin Inhibitor 19.1 - 29 kDa
Lysozyme 7.4 - 19.2 kDa
Aprotinin 5.15 - 7,5 kDa
III METODE PENELITIAN
III.1 Alat dan Bahan
Bahan yang digunakan dalam proses ekstraksi antara lain sampel daging sapi dan babi, air dan dapar fosfat pH 7, sodium dodesil sulfat, tri-HCl pH 6,8 dan 8,8, TEMED, mercaptoethanol, dan protein tracer. Dan alat yang digunakan antara lain hot plate, beaker, tabung reaksi, dudukan tabung reaksi, penjepit, pisau pengaduk, lumpang, tabung centrifuge.
III.2 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan di Laboratorium Kimia Pengolahan Pangan, Departemen Ilmu Pangan Halal, Universitas Djuanda dan Laboratorium Bioteknologi, Pusat Penelitian Primata, Institut Pertanian Bogor, pada November 2022 hingga Maret 2023.
III.3 Prosedur Penelitian 1. Ekstraksi Protein
Setiap sampel daging dipotong dengan ukuran 1x1x1 cm. Sampel daging direbus masing-masing 15 menit setelah air mendidih. Hingga 5 g daging rebus segar dicincang lalu ditumbuk dalam lesung. Daging yang sudah dimurnikan ditambahkan 5 ml buffer 0,1 M dengan pH 7,0 dan disentrifugasi pada 3000 rpm selama 10 menit menggunakan centrifuge dingin. (Widodo, et al.,2015)
Pembuatan Larutan Buffer Posfat
a) Larutan A : 0,2 M larutan Na-phosphat monobasis (27,8 g dalam 1000 ml)
b) Larutan B : 0,2 M larutan Na-phosphat dibasis (52,65 g Na2HPO47H2O atau 71,7 g Na2HPO4 12H2O dalam. 1000 ml)
c) Perhitungan : x ml larutan A + y ml larutan B, diencerkan sampai 200 ml.
2. Pembuatan Gel Pemisah
Siapkan gel run pada konsentrasi 12,5% (solusi gel/lapisan bawah) yang terdiri dari 3200 μl dH2O ditambah 2500 μl Tris-HCL 1,5 M pH 8,8; 100μl 10% larutan SDS; 4.050 μl larutan akrilamida 30%; 50 µl larutan APS 10%; 16 μl TEMED) dan gel susun 4% (lapisan atas) 12
yang terdiri dari 3050 μl dH2O dengan 1250 μl 0,5 M Tris-HCL pH 6,8 ditambahkan; 50μl 10% larutan SDS; 650 μl larutan akrilamida 30%; 25 µl larutan APS 10%; 6µl TEMED) (harus selalu baru dilarutkan). Untuk sediaan gel, kolektor (tumpukan gel) dicetak menggunakan sisir untuk membuat sumur untuk dimasukkan ke dalam sampel yang akan dipisahkan. Ketebalan gel yang dihasilkan adalah 4mm. Gel yang dihasilkan kemudian dipasang hingga gel mengeras kemudian sisir dilepas.
3. Pembuatan Sampel Buffer
Buffer persiapan sampel termasuk 4 mL dH20; 1 ml larutan Tris- HCL 0,5M, pH 6,8; 0,8 ml gliserol; 1,6 ml larutan SDS 10%; 0,4 ml larutan β-mercaptoethanol; 0,2 ml larutan biru bromofenol 0,05%.
Supernatan diambil sebanyak 20 μl. Setelah pendinginan, 30 μl ditambahkan ke sumur, setelah itu sampel atau strip dianalisis dengan elektroforesis.
4. Teknik Pemisahan Protein
Elektroforesis pemisahan protein dilakukan dalam tiga langkah.
Ketiga langkah tersebut adalah ekstraksi protein dari sampel, preparasi gel dengan SDS-PAGE dan pemisahan protein dengan elektroforesis, dilanjutkan dengan deteksi pita atau fraksi protein yang terbentuk.
5. Elektroforesis
Pemisahan protein menggunakan buffer umum yang terdiri dari 9g Tris-HCL; glisin 43,2g; SDS 10% 3 g dan H2O hingga 600 ml.
Penyangga elektroforesis dimasukkan dan perangkat elektroforesis dirakit. Sampel kemudian dimasukkan ke dalam sumur dengan pipet mikro hingga 10-20 µl tergantung pada ketebalan pita protein yang diinginkan. Alat elektroforesis dioperasikan pada suhu rendah dengan tegangan 100 volt dan arus 125 mA selama 1 sampai 1,5 jam hingga warna biru bromofenol mencapai 1 cm dari dasar gel.
Setelah elektroforesis selesai, gel difiksasi dengan larutan Commassie Brilliant Blue R-250 (larutan commassie blue 0,05% dengan massa 0,50 g dilarutkan dalam 225 ml metanol 45% dan 50 ml asam etik 10% dalam 45%
dH2O), kemudian gel diputihkan dengan larutan pemutih yang terdiri dari campuran 50% dH2O, 250 ml; Asam asetat 10% 50ml; 200 ml metanol 40%, gel direndam dalam campuran pewarna biru (sambil diaduk) selama 24 jam. Pita protein yang muncul dan hasil SDS-PAGE dihitung faktor retardasi (Rf) dengan menggunakan rumus (Cavalli et al., 2006) :
Rf = jarak gerak pita protein awal (cm)/jarak gerak warna pelacak awal (cm)
Berdasarkan nilai Rf berat molekul dihitung dengan persamaan regrasi logaritma dengan rumus :
Y = ( a x Ln(X)) + b.
Keterangan : Y = berat molekul X = nilai Rf sampel a = nilai koefisien b = nilai konstanta.
Persamaan ini diperoleh dari grafik antar Log BM sebagai ordinat dan Rf sebagai absis. Berdasarkan kurva kalibrasi maka dapat dihitung BM masing masing pita protein.
III.4 Analisis Data
Analisis data dilakukan secara kuantitatif berdasarkan perhitungan berat molekul (MW) masing-masing protein sesuai dengan marka yang tersedia.
Perhitungan dilakukan dengan mengukur total jarak tracking dari stacking gel ke gel pemisah (a), kemudian mengukur jarak tracking dari stacking gel ke setiap pita protein, kemudian mencari koefisien histeresis (Rf) dengan membagi jarak pita protein dengan jarak migrasi warna awal marker, kemudian menghitung nilai log BM setiap band marker BM. Pita polipeptida B dalam sampel dihitung menurut persamaan Y = (a x (X)) + b) dimana nilai Rf adalah sumbu X dan nilai log BM adalah sumbu Y. (Hemanto,et al, 2014)
14
IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Pada penelitian ini terdapat dua jenis daging yaitu daging sapi dan babi yang dilakukan pengujian elektroforesis gel. Penelitian ini menggunakan 3 gel elektroforesis yang masg- masing gel berisi 8 sumuran. Dari hasil penelitian diperoleh gel pertama yang dilakukan skrining pita protein untuk menentukan nilai koefisien retensi (Rf) dan berat molekul (BM).
Penentuan nilai Rf pita penanda protein dihitung dengan membagi celah pita (jarak sumur ke pita) dengan titik ujung garis elektroforesis. Dua belas pita protein penanda dibentuk dengan berat molekul masing-masing 250 kDa, 150 kDa, 100 kDa, 75 kDa, 50 kDa, 37 kDa, 25 kDa, 20 kDa, 15 kDa, 10 kDa, 5 KDa, 2 KDa. Berat molekul penanda protein yang diketahui kemudian dihitung untuk
nilai BM-nya. Perhitungan logaritma nilai BM dan Rf dapat diperoleh dari elektroforesis protein dan pelabelan protein sampel terdapat pada Gambar 11.
Analisis dimulai dengan menghitung regresi linier deret logaritmik berat molekul pita yang dipisahkan tanda sebagai sumbu y dan nilai Rf sebagai sumbu x. Untuk menghitung regresi linier pada elektroforesis gel pertama. Nilai penanda log BM pada elektroforesis gel pertama dapat dilihat pada Catatan Tambahan 2.
Kemudian dihasilkan kurva standar nilai Rf yang diperoleh terhadap nilai Log BM, seperti dapat dilihat pada Gambar 12.
Gambar 11.Profil Pita Protein yang Dihasilkan, (a) Gel pertama M=Marker;
BM=Berat Molekul; 1=S2 2=S4; 3=S6; 4=S7; 8=B1, (b) Gel kedua M=Marker; BM=Berat Molekul; 1=S5; 2=S8; 3=B8; 4=B6; 5=S3; 6=B2;
(c) Gel ketiga M=Marker; BM=Berat Molekul;; 2=S1; 3=B7; 4=B5;7=B4;
8=B8 (a)
(b)
(c)
Gambar 12.
Hasil Kurva Standar
Nilai Rf Gel
Elektroforesis Pertama
Hasil regresi linier pada elektroforesis gel pertama kali digunakan untuk menghitung berat molekul pita pemisahan protein. Berdasarkan perhitungan diperoleh nilai a = -2.0322, b = 2.4706 dan r = 0.9692. maka diperoleh rumus y = -2.0322x + 2.4706, dengan rumus yang didapat dapat menentukan nilai Rf, BM dan Log BM dari pita protein sampel yang terbentuk. Untuk hasil regresi linier pada elektroforesis gel kedua, hasil nilai Rf dan Log BM dapat dilihat pada Lampiran 3 dan plot kurva nilai Rf standar pada Lampiran 5.
Dari perhitungan diperoleh nilai a = -1.8483, b = 2.4013 dan nilai r = 0.934. maka dapatkan rumus y = -1,8483x + 2,4013. Untuk hasil regresi linier pada elektroforesis gel ketiga, hasil nilai Rf dan Log BM dapat dilihat pada lampiran 4 dan kurva standar untuk nilai Rf pada lampiran 6. Berdasarkan perhitungan, nilai a = -2,2194, b = 2,2838 dan nilai r = 0,9723 menghasilkan rumus y = -2 . diperoleh 2194x + 2,2838.
Berdasarkan hasil ketiga gel yang sudah dihitung dari berat molekul pada sampel sapi dan babi mendapatkan hasil berat molekul beserta jenis protein berdasarkan berat molekulnya untuk rentang berat molekul 119 – 250 kDa (Miosin), 87-118 (β-galactosidase), 51.5 – 86 kDa (Bovine Serum Albumine), 34 – 51.6 (Ovalbumin), 28 – 34.1 kDa (Carbonic Anhidrase), 19.1 – 29 kDa (Soybean Trypin Inhibitor), 7.4 – 19.2 kDa (Lysozyme), 5.15 – 7.5 (Aprotinin).
Untuk hasil penelitian ini terdapat pada tabel 2.
16
Sample Myosin Ovalbumi n
Lysozym e
Soybean Trypin Inhibitor
Carboni c
Anhidres
Aprotini n
S1
S2
S3
S4
S5
S6
S7
S8
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
Dari hasil penelitian elektroforesis yang dilakukan pada sampel daging sapi dan babi dengan menggunakan tiga gel elektroforesis diperoleh pita protein.
Panjang pita yang terbentuk dihitung atau Rf untuk mendapatkan BM sampel.
Dalam studi ini, 9 sumur dihasilkan untuk tiga jenis gel elektroforesis yang berfungsi sebagai titik masuk sampel.
Pada gel pertama dimasukkan pada sumuran diisi dengan protein marker.
Marker yang digunakan yaitu broad-range yang memiliki berat molekul 2-250 kDa. Sumuran selanjutnya berturut-turut diinject dengan sampel daging sapi dan babi, yang terdiri atas S2, S4, S6, S7, dan B1. Sumuran pada gel yang pertama terdapat pada gambar 13.
Tabel 2. Hasil Sampel dan Jenis Protein
Pada hasil stacking gel (gel pemisah) yang pertama dari sumur 1 untuk sampel dan berat molekul yang dihasilkan dapat dilihat pada Tabel 3.
No Sampel Sumur BM
1 S2 1 225.63 kDa, 172.26 kDa, 37.3 kDa,
7.38 kDa
2 S4 2 225.63 kDa, 172.26 kDa, 37.3 kDa,
7.38 kDa
3 S6 3 225.63 kDa, 172.26 kDa, 37.3 kDa,
7.38 kDa
4 S7 4 225.63 kDa, 172.26 kDa, 37.3 kDa,
7.38 kDa
5 B1 8 225.42 kDa, 157.43 KDa, 12.67 kDa,
8.07 kDa, 5.15 kDa.
Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan pada gel pertama, terdapat perbedaan ukuran berat molekul sampel daging sapi dan babi, karena pada sampel daging sapi semua didapatkan berat molekul yang sama dengan protein Myosin, Ovalbumin, Lysozyme. Mengenai protein pada daging babi, ada protein yang tidak dimiliki daging sapi, seperti miosin, lisozim, dan aprotinin.
Pada gel kedua dimasukkan pada sumuran diisi dengan protein marker.
Marker yang digunakan yaitu broad-range (Bio-Rad). Memiliki berat molekul 2- 250 KDa. Sumuran selanjutnya berturut-turut diinjek sampel daging sapi dan babi, yang terdiri S5, S8, B8, B6, S3, B2. Untuk letak sumuran pada gel yang kedua terdapat pada gambar 14.
18 Gambar 13. Hasil Stacking Gel pertama M=Marker; BM=Berat Molekul; 1=S2;
2=S4; 3=S6; 4=S7; 8=B1
Tabel 3. Hasil sampel dan bm pada gel pertama
Pada hasil stacking gel (gel pemisah) yang kedua dari sumur 1 untuk sampel dan berat molekul yang dihasilkan terdapat pada table 4.
No Sampel Sumur BM
1 S5 1 184.88 kDa, 135.67 kDa, 10,55 kDa
2 S8 2 184.88 kDa , 135.62 kDa, 39.27 kDa
9.77 kDa
3 B8 3 184.88 kDa, 171.11 kDa, 135.67 kDa,
31.18 kDa, 8.36 kDa
4 B6 4 184.88 kDa, 135.67 kDa, 39.33 kDa,
24.72 kDa, 8.39 kDa
5 S3 5 184.88 kDa, 135.67 kDa, 18.14 kDa,
9.77 kDa
6 B2 6 199.75 kDa, 146.58 kDa, 17.4 kDa
Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan pada gel kedua terdapat perbedaan jenis protein yang ditemukan pada sampel daging sapi dan daging babi.
Jenis protein yang terdapat pada daging sapi adalah Miosin, Ovalbumin, Lysozyme, sedangkan pada daging babi ditemukan protein Soybean Trypin Inhibitor yang tidak ditemukan pada daging sapi.
Pada gel ketiga, sumuran diisi dengan protein marker. Marker yang digunakan yaitu broad-range (Bio-Rad), yang memiliki berat molekul 2-250 KDa. Sumuran selanjutnya diinject dengan sampel daging sapi dan babi, yang terdiri atas S1, B7, B5, B4, B3. Untuk letak sumuran pada gel yang ketiga dapat dilihat pada pada gambar 15.
Gambar 14. Hasil Stacking Gel kedua M=Marker; BM=Berat Molekul;
1=S5; 2=S8; 3=B8; 4=B6; 5=S3; 6=B2
Tabel 4. Hasil sampel dan bm pada gel kedua
Hasil stacking gel (gel pemisah) yang ketiga dari sumur 1 untuk sampel dan berat molekul yang dihasilkan dapat dilihat pada table 5.
No Sampel Sumur BM
1 S1 2 182.64 kDa, 156,71 kDa, 14.93 kDa
2 B7 3 182.64 kDa, 173.58 kDa
3 B5 4 182.64 kDa, 173.58 kDa
4 B4 7 182.64 kDa, 173.58 kDa, 16.53 kDa
5 B3 8 182.64 kDa, 173.58 kDa, 24.87 kDa
Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan pada gel ketiga terdapat perbedaan jenis protein yang ditemukan pada sampel daging sapi dan daging babi.
Jenis protein yang terdapat pada daging sapi adalah Miosin, Ovalbumin, Lysozyme. Jenis protein pada daging babi yaitu Soybean Trypin Inhibitor tidak ditemukan pada daging sapi.
Perbedaan pola protein pada masing-masing sampel yang diteliti daging sapi dan daging babi dapat dilihat pada Gambar 13, 14 dan 15. Perbedaan tersebut dapat dilihat dari tingkat ketebalan maupun jumlah protein yang muncul.
Pada gel pertama yang terdapat 4 sampel daging sapi pada sumur (Sumur 1,2,3,4,) diperoleh 16 buah pita yang muncul dengan kisaran berat molekul yang spesifik. Sampel lain yang terdapat pada gel pertama terdapat 1 sampel daging babi pada sumur 5 diperoleh 5 buah pita protein dengan kisaran berat molekul
20 Gambar 15. Hasil Stacking Gel ketiga M=Marker; BM=Berat Molekul;
2=S1; 3=B7; 4=B5;7=B4; 8=B3.
Tabel 5. Hasil sampel dan bm pada gel ketiga
yang berbeda dengan berat molekul daging sapi. Untuk kisaran berat molekul yang terdapat pada gel pertama terdapat pada tabel 3.
Pada gel kedua yang terdapat 3 sampel daging sapi pada sumur (sumur 1,2 dan 5) diperoleh 11 buah pita yang muncul dari semua sampel daging sapi dengan kisaran berat molekul yang spesifik. Sampel lain yang terdapat pada gel kedua terdapat 3 sampel daging babi pada sumur (sumur 3, 4, 6) diperoleh 13 pita yang muncul dengan kisaran berat molekul yang berbeda untuk gel kedua ini antara sampel daging sapi dan daging babi memiliki berat molekul yang berbeda dan ditemukan 1 jenis protein yang tidak terdapat pada daging sapi. Untuk kisaran berat molekul yang terdapat pada gel pertama terdapat pada tabel 4
Pada gel ketiga yang terdapat 1 sampel daging sapi pada sumur (sumur 2) diperoleh 3 buah pita yang muncul dari semua sampel daging sapi dengan kisaran berat molekul yang berbeda dengan jenis protein Miosin, Ovalbumin, Lysozyme.
Sampel lain yang terdapat pada gel kedua terdapat 4 sampel daging babi pada sumur (sumur 3, 4, 7, 8) diperoleh 10 pita yang muncul dengan kisaran berat molekul yang berbeda untuk gel kedua ini antara sampel daging sapi dan daging babi memiliki berat molekul yang berbeda dan ditemukan 1 jenis protein yang tidak terdapat pada daging sapi.
Zilhadia et al. 2014) melaporkan adanya pita protein di dalam olahan sosis daging babi dan daging sapi dengan ukuran berat molekul 154.88 kDa (Miosin);
146.55 kDa (Miosin) ; 83.18 kDa (β-Galactosidase) ; 69.18 kDa (Bovine Serum Albumine) dan 61.66 kDa ( Bovine Serum Albumine). Hermanto dan Meutia (2009) melaporkan, dari elektroforesis yang sudah dikerjakan, pada kisaran berat molekul (BM) 21,5-116 kDa, daging sapi mentah menghasilkan 17 buah pita protein dan babi mentah menghasilkan 14 buah pita protein. Pita terbanyak terbentuk pada kisaran BM 31-66,2 kDa. Pada sapi mentah ditemukan 3 buah pita protein yang menjadi pita pembeda pada ekstrak daging sapi mentah yang tidak dimiliki daging babi mentah yaitu pada Rf 0,29; 0,71 dan 0,88 dengan BM secara berurut sekitar 89,2 kDa (β-Galactosidase), 36,4kDa (Ovalbumin) dan 25,3 kDa (Soybean Trypin Inhibitor).
Edy Susanto (2010) melaporkan adanya pita protein desmin dengan BM 54.45 kDa, troponin T dengan BM 40,67 kDa dan terdapat protein yang tidak
diketahui dengan BM 112.13 kDa dalam sampel daging sapi dan babi segar, daging sapi dan babi rebus, serta olahan daging sapi dan daging babi.
Pada daging babi mentah ditemukan pita protein pembeda yang tidak ditemukan pada daging sapi pada Rf 0,0885; 0,1435; 0,296 dan 0,6825 dengan berat molekul berturut-turut 54,71 kD (Bovine Serum Albumine); 46,64 kD (Ovalbumin); 29,96 kDa (Carbonic Anhidrase) dan 9,76 kDa (Lysozyme ), sedangkan pada sapi ditemukan pita protein pembeda yang tidak ditemukan pada babi pada Rf 0,0965 dengan berat molekul 53,46 kDa (Bovine Serum Albumine) dan Rf 0,827 dengan berat molekul 6,42 kDa (Aprotinin) (Purwaningsih, 2005).
22
V KESIMPULAN DAN SARAN
V.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan analisa SDS-PAGE pada protein daging sapi ditemukan protein Miosin (BM 119 – 225.5), Lysozyme (BM 7.4 - 19.2), dan Ovalbumin (BM 34 - 51.6), sedangkan pada daging babi ditemukan jenis protein Miosin (BM 119 – 182,4), Lysozyme (BM 7.4 - 19.2), Aprotinin (BM 5.15 - 7,5), Soybean Trypin Inhibitor (BM 19.1 – 29), Ovalbumin (BM 34 – 36.2), dan Carbonic Anhidrase (BM 28 - 34.1).
Terdapat jenis protein yang tidak terdapat pada daging sapi namun terdapat pada daging babi adalah Soybean Trypin Inhibitor dan Carbonic Anhidrase.
V.2 Saran
Penelitian selanjutnya sebaiknya dilakukan analisis kadar protein pada ekstrakn, agar pada saat dilakukan pengujian SDS-PAGE jumlah proteinnya dapat ditentukan sesuai kebutuhan (jumlah protein sama 15-25 mikro gram) sehingga kualitas protein dapat terlihat.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. 2009. Peraturan Menteri Pertanian Nomor 20 Tentang Pemasukan dan Pengawasan Peredaran Karkas, Daging, dan/atau Jeroan dari Luar Negeri. Jakarta.
AVMA. (2013). AVMA Guidelines for The Euthanasia of Animals. Schaumburg:
American Veterinary Medical Association (AVMA).
Andriyani, E., Fais, N. L., & Muarifah, S. 2019. Perkembangan Penelitian Metode Deteksi Kandungan Babi untuk Menjamin Kehalalan Produk Pangan Olahan. 4(1), 104-126.
Asuming-bediako, N., Jaspal, M.H., Hallett, K., Bayntun, J., Baker, A. and Sheard, P.R. (2014). Effects of replacing pork backfat with emulsified vegetable oil on fatty acid composition and quality of UK-style
sausages. Meat Science, 96(1), 187–194.
http://doi.org/10.1016/j.meatsci.2013.06.031
Bio-Rad Laboratories. 2021. iScript gDNA Clear cDNA synthesis Kit Catalog:
Bio-Rad Laboratories, Inc.
Badan Pusat Statistik. 2021. Rata-rata Konsumsi Daging Sapi/Kerbau Di
Indonesia 10 Tahun Terakhir. [Internet]
https://databoks.katadata.co.id/datapublish2022/10/09/ini-tren-
konsumsi-daging-sapi-di-indonesia-10-tahun terakhir#.~:text=Menurut
%20laporan%20Badan%20Pusat%20Statistik,minggu%20selama
%20periode%202017%2D2021 diakses pada 15 Desember 2022.
Biokids Inquiry of Diverse Species. Wild Boar (Sus Scrofa). [Internet]
http://www.biokids.umich.edu/critters/Sus_scrofa/ diakses pada 30 Desember 2022.
Cardoso, C.M.L., Mendes, R., Nunes, M.L., Cardoso, C.M.L., Mendes, R., Instrumental, M.L.N. and Nunes, M.L. (2017). Instrumental Texture and Sensory Characteristics of Cod Frankfurter Sausages. International Journal of Food Properties, 12, 625–643. http://
doi.org/10.1080/10942910801992959
Cahyaningsari, D., Latif, H., & Sudarnika, E. 2019. Identifikasi Penambahan Daging Babi pada Pangan Berbahan Dasar Daging Sapi Menggunakan ELISA dan qPCR.. Acta VETERINARIA Indonesiana.
https://doi.org/10.29244/avi.7.2.17-25.
Cahyani, Sri., Tamrin dan Hermanto. 2019. Pengaruh Lama Suhu Pengeringan Terhadap Karakteristik Organoleptik, Aktivitas Antioksidan dan Kandungan Kimia Tepung Kulit Pisang Ambon (Musa Acuminata Colla). Jurnal Sains dan Teknologi Pangan Vol. 4 No.1, Universitas Halu Oleo.
Cavalli SV, Silva SV, CiminoC, Malcata FX, Priolo N. 2006. Hydrolysis of caprine and ovine milk proteins, brought about by aspartic peptidases from silybum marianum. J Plant Physiol, 1-7.
Ditjen PKH. 2021. Produksi Daging Sapi Di Indonesia Dalam 2 Tahun Terakhir.
[Internet] https://databoks.katadata.co.id/datapublish/2021/11/25/tren- produksi-daging -sapi-indonesia-menurun-dalam-2-tahun-terakhir diakses pada 30 Desember 2022.
Hermanto, S. dan Ode L. S. 2013. Differentiation of Bovine and Prochine Gelatin Based on Spectroscopic and Electrophoretic Analysis. Journal of Food and Phermaceutical Science 1 (2013) 68-73.ikolp,;pmk\
Hermanto, S., & Dhien K. Meutia, C. 2009. Perbedaan Profil Protein Produk Olahan ( Sosis ) Daging Babi dan Sapi Hasil Analisa SDS-PAGE, 181–
186.
Hermanto, S., Saputra, F. R., & Zilhadia. (2014). Aplikasi Metode Sds-Page (Sodium Dodecyl Sulphate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis ) Untuk Mengidentifikasi Sumber Gelatin Pada Kapsul Keras. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, 1(1), 1–59
Lia Amalia, Feri Kusnandar,Nancy Dwi Yuliana & Purwantiningsih Sugita. 2022.
Profiling of Volatile Compounds in Beef, Rat, and Wild Boar Meat using SPME-GC/ MS. Sains Malaysiana 51(9)(2022): 2897-2911 http://doi.org/10.17576/jsm-2022-5109-13
Mustollah, H. (2016). Analisa Profil Protein Gelatin Sapi dan Gelatin Babi Gummy Vitamin C Menggunakan Metode SDSPAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel Elektrophoresis).
Marselaonety La’lang. (2018). Analisis Profil Protein Daging Kerbau dengan Variasi Konsentrasi Garam Serta Pengasapan Berbasis SDS-PAGE Program Studi DIV Analis Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang, e-ISSN: 2549-9939
Nida, L. Pisestyani, H., & Basri, C. 2020. Studi Kasus: Pemalsuan Daging Sapi dengan Daging Babi Hutan di Kota Bogor. 8(2), 121-130.
Nakyinsige, K., Man, Y. B. C., & Sazili, A. Q. (2012). Halal authenticity issues in meat and meat products. Meat Science, 91(3), 207–
214. http://doi.org/10.1016/j. meatsci.2012.02.015
Rahman, F. S. (2014). Aplikasi Metode SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis) Untuk Mengidentifikasi Sumber Gelatin Pada Kapsul Keras.
Rahmawati, Sismindari, Raharjo, T.J., Sudjadi, & Rohman, A. (2016). Analysis of Pork Contamination in Abon Using Mitochondrial DLoop22 Primers Using Real Time Polymerase Chain Reaction Method. International Food Research Journal, 23, 370-374
Tan, A. (2018). The Function of a Tris Buffer in DNA Extraction. Accessed on 5 Januari 2019 from www.sciencing.com
The UniProt Consortium. (2019). UniProt: A Worldwide Hub Of Protein Knowledge. Nucleic Acid Research, 47, D506-D515.
The UniProt Consortium. (2021). UniProt: The Universal Protein Knowledgebase In 2021. Nucleic Acids Research, 49, D480-D489. organism:"Rattus norvegicus (Rat) [10116]" AND proteome:up000002494 in UniProtKB.
Widodo Cipto Subagyo, et al, 2015, Karakteristik Protein Daging Sapi Bali Dan Wagyu Setelah Direbus (THE PROTEIN CHARACTERISTICS OF BALI AND WAGYU BEEF BOILED), Laboratorium Histologi Veteriner Universitas Udayana, Buletin Veteriner Udayana Volume 7 No. 1: 17- 25 p-ISSN: 2085-2495.
Zaman, R., Hamzah, M.N., Abdurrazq, N.B., Hamzah, M.S., & Mohammad, T.T.
(2012). Effect of Different Methods of Slaughtering on Protein Expression in Chicken Meat, Engineering IIUM Journal, 13.
Widodo Cipto, S., Ni Ketut, S., I Nyoman, S. 2015. Karakteristik Protein Daging Sapi Bali Dan Wagyu Setelah Direbus. Buletin Veteriner Udayana p- ISSN:2085-2495 Vol 7 No. 1:17-25.
Worley B, Powers R. 2016. PCA as a Practical Indicator of OPLS-DA Model Reliability. Curr Metabolomics. 4(2):97-103.
Zilhadia, Betha, O. S., & Ummi, C. (2014). Protein Profilesof Beef ( Bos indicus ) Pork ( Sus domesticus ) , and SausagesBy Using SDS-PAGE ( Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis ) Method.
J.Food Pharm.Sci,2,46–51
LAMPIRAN
Lampiran 1. Proses Alur Peneitian
No Berat Molekul
Jarak Marker (CM)
Panjang Gel Rf Marker
Log BM
1 250 0.5 5.5 0.090909 2.39794
2 150 0.7 5.5 0.127273 2.176091
3 100 1.0 5.5 0.181818 2
4 75 1.2 5.5 0.218182 1.875061
5 50 1.8 5.5 0.327273 1.69897
6 37 2.3 5.5 0.418182 1.568202
7 25 3.1 5.5 0.563636 1.39794
8 20 3.5 5.5 0.636364 1.30103
9 15 4.1 5.5 0.745455 1.176091
10 10 4.9 5.5 0.890909 1
11 5 5.1 5.5 0.927273 0.69897
12 2 5.2 5.5 0.945455 0.30103
No Berat
Molekul
Jarak Marker (CM)
Panjang Gel Rf Marker
Log BM
1 250 0.03 5 0.006 2.39794
2 150 0.4 5 0.08 2.176091
3 100 0.6 5 0.12 2
4 75 0.8 5 0.16 1.875061
5 50 1 5 0.2 1.69897
6 37 - 5 -
7 25 1.7 5 0.34 1.39794
8 20 2.3 5 0.46 1.30103
9 15 2.6 5 0.52 1.176091
10 10 3.1 5 0.62 1
11 5 3.5 5 0.7 0.69897
12 2 - 5 -
Berat Molekul
Jarak Marker (CM)
Panjang Gel Rf Marker
Log BM
29 Lampiran 2.Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada Gel Elektroforesis pertama
Lampiran 3.Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada Gel Elektroforesis Kedua
Lampiran 4.Nilai Rf Marker dan Nilai Log BM Marker pada Gel Elektroforesis Ketiga
No
1 250 0.03 5 0.006 2.39794
2 150 0.4 5 0.08 2.176091
3 100 0.6 5 0.12 2
4 75 0.8 5 0.16 1.875061
5 50 1 5 0.2 1.69897
6 37 - 5 - -
7 25 1.7 5 0.34 1.39794
8 20 2.3 5 0.46 1.30103
9 15 2.6 5 0.52 1.176091
10 10 3.1 5 0.62 1
11 5 3.5 5 0.7 0.69897
12 2 - 5 - -
Lampiran 5.Hasil Kurva Standar Nilai Rf Gel Elektroforesis Ke Kedua
32 Lampiran 5.Hasil Kurva Standar Nilai Rf Gel Elektroforesis Ke Ketiga
