Masalah Separatis di Papua sudah berlangsung di awal tahun 60 -an, ditandai dengan proses integrasi Papua ke dalam wilayah kesatuan republik In don esia.
Sengketa antara Belanda dan Indonesia tentang Papua m ulai dibahas dalam Konferensi Meja Bundar di Den Haag – Belanda. Kom isi PBB u n tu k u r u san In d on esia akh ir n ya m en yep akati Piagam Pen y erahan Kedaulatan yang isinya:
a . Pasal 1: Belan da m en yerahkan kedaulatan atas In don esia kepada RIS tanpa syarat sebagai suatu negara m erdeka dan b er d a u la t p en u h . Ked a u la t a n t er seb u t a ka n d iser a h ka n selam bat-lam batnya pada tanggal 30 desem ber 1949. b . Pasal 2: Belan d a tid ak m en yer ah kan Ker esid en an Papu a
(Niuew Guin ea) kepada In don esia tetapi m asih di bawah kekuasaan kerajaan Belanda sam pai akan dibicarakan kem bali setahun kem udian pada tahun berikutnya.
Akibat ket egan gan yan g ber lan gsu n g san gat cep at an t ar a pem erintah Belanda dengan Indonesia m aka Gubernur Belanda di Papua m erasa perlu m em bentuk suatu Kom ite Nasional yang beran ggotakan 21 oran g, kom ite in i kem udian dilen gkapi 70 p u t r a P a p u a ya n g b er p en d id ika n d a n b er h a sil m ela h ir ka n m an ifesto:
1. Menentukan nam a negara: Papua Barat
2 . Menentukan lagu kebangsaan: Hai Tanahku Papua 3 . Menentukan bendera: Bintang Kejora
4 . Menentukan bahwa bendera Bin tan g Kejora dikibarkan pada tanggal 1 Novem ber 1961.
Pem erintah Belanda lantas m engum um kan bahwa m anifesto in i sebagai suara rakyat Papua yan g m en gin gin kan m erdeka. Ren can a pen gibaran ben dera pada tan ggal 1 Novem ber 1961 t id a k t er la ksa n a ka r en a b elu m m en d a p a t p er set u ju a n d a r i pem erintah Belanda di Belanda tapi setelah persetujuan diberikan
m aka tanggal 1 Desem ber 1961 bendera Bintang Kejora dikibarkan di J ayapura sekaligus deklarasi kem erdekaan Papua Barat.
Selain itu gun a m em en uh i tun tutan rakyat Papua m aka pem er in tah an Belan da m em ben tuk suatu badan per wujudan dem okrasi yan g diberi n am a: Nieuw Guin ea Raad, Dewan in i m erupakan badan legislatif dan bersam a gubernur m engeluarkan sejum lah peraturan .
Menanggapi kegiatan kem erdekaan Papua yang dilakukan oleh p em er in tah Belan d a m aka p em er in tah In d on esia p ad a tanggal 11 Desem ber 1961 m em bentuk Dewan Pertahanan Nasional ya n g b e r t u ga s m e n gh im p u n s e lu r u h k e k u a t a n u n t u k m em bebaskan Papua Barat. Kem udian pada tanggal 19 Desem ber 1961 presiden Soekarno m engeluarkan Trikora dan pada tanggal 2 J anuari 1962 presiden m em bentuk Kom ando Mandala untuk m em bebaskan Papua dari Belanda.
Selam a pen yelesaian sen gketa atas Papua Barat tersebut rakyat Papua berada dalam posisi yang pasif dan tidak dilibatkan. Pem erintah Am erika Serikat m enekan pem erintah Belanda – m elalui PBB – untuk m enerim a dan m enyetujui proposal Bunker yang kem udian dikenal sebagai New York Agrrem ent. Alasan pen ekan an ter sebut m en ur ut Am er ika Ser ikat adalah san gat berbahaya jika terjadi perang terbuka di kawasan sengketa karena bila terjadi m aka pihak Belanda dan Blok Barat akan kalah dan yang akan m em etik keuntungan adalah Blok Tim ur (Kom unis).
Akan tetapi m en in daklan juti piagam tersebut, m ulai dari p em b a h a sa n sa m p a i d en ga n p en a n d a t a n ga n t id a k p er n a h m elib a t ka n or a n g P a p u a . Seh in gga kom en t a r wa kil ket u a Presidium Dewan Papua Tom Beanal: “Kam i in i ibarat bin atan g y an g dipin dahkan dari satu kan dan g ke kan dan g y an g lain ……”. Pasal-pasal d ar i New Yor k Agr eem en t ter sebu tlah yan g m erupakan lan dasan bagi pen yerahan Papua oleh pem erin tah Belanda kepada penguasa dari PBB, pem erintahan sem entara yakni UNTEA untuk selanjutnya UNTEA akan m enyerahkan Papua kepada pem erintah RI.
Ditetapkan juga bahwa UNTEA akan m enerangkan secara lu a s t en t a n g ket en t u a n p ela ksa n a a n S elf Det er m in a t ion , Pem erintah Indonesia dan PBB akan m em berikan kesem patan pada rakyat wilayah tersebut un tuk m elaksan akan kebebasan m em ilih sesuai dengan praktek-praktek International yakni hak pilih untuk sem ua orang dewasa pria dan wanita (pasal 18 ).
Set ela h New Yor k Agr eem en t d ikelu a r ka n p em er in t a h Belanda dan Indonesia m elakukan pertem uan beberapa kali untuk m erealisasikan kesepakatan tersebut. Salah satun ya adalah di Rom a tanggal 30 Septem ber 1962 yang dikenal dengan R om a Agreem en t. Sam pai sekarang isi perjanjian tersebut m asih m enjadi bahan perdebatan .
Pada tahun 1969 dilaksanakan PEPERA di m ana sebelum nya dilakukan sosialisasi dan konsultasi oleh pem erintah Indonesia kepada m asyarakat di 8 (delapan) kabupaten tentang pelaksanaan PEPERA. Setelah itu dibentuklah Dewan Musyawarah PEPERA ( DM P ) , t u ga s n ya a d a la h m e n ye le n gga r a k a n p e m ilih a n , pengesahan dan pelantikan wakil rakyat yang duduk dalam dewan ter sebu t. Tetap i p ad a p r aktekn ya p em ilih an an ggota d ewan dilakukan langsung oleh penguasa dan m engontrol seluruh proses seleksi DMP. Sehingga sem ula yang m em punyai hak suara adalah sem ua laki-laki dan wanita dewasa (one m an one vote) berubah m enjadi sekitar 1.0 26 suara saja (one delegation one vote) yang m er u p a ka n a n ggot a DMP . Set ela h t er ja d i p en jin a ka n d a n intim idasi m aka PEPERA berjalan di bawah kendali pem erintah In d on esia d an m em ber ikan keu n tu n gan kep ad a p em er in tah Indonesia .
”…..Kem en an gan PEPERA 1969 adalah hasil rekayasa politik oleh m ilit er In d on esia , t er u t a m a m ela lu i OPSUS (Op er a si Khusus) yan g diketuai oleh Ali Murtopo. Dalam pelaksan aan OPSUS t er sebu t d ilaku kan seju m lah op er asi m ilit er , yakn i Op er asi Sad ar , Bh ar at ayu d h a, Wibawa, Pam u n gkas. Akibat dari operasi-operasi itu telah terjadi pelan ggaran H AM yan g lu a r b ia s a b e s a r , ya k n i p e n a n gk a p a n , p e n a h a n a n , p em bu n u h an , m an ip u lasi h ak ber p olit ik r akyat , p eleceh an
seksu al d an p eleceh an kebu d ayaan ... “(Agu s Alu a: Pap u a Barat dari Pangkuan ke Pangkuan, hal 62).