Dalam penyelenggaraan negara terjadi hubungan antar Lembaga Negara yang satu dengan yang lain. Hubungan tersebut diatur dalam UUD 1945, UU No.22 Tahun 2003, UU No.24 Tahun 2003, UU No.5 Tahun 2004, UU No.5 Tahun 1973, UU No.23 Tahun 1999 dan peraturan perundang-undangan lain yang terkait.
1. MPR dengan Presiden
a. Presiden dan wakil Presiden dilantik oleh MPR;
b. Sebelum memangku jabatannya, Presiden dan Wakil Presiden bersumpah menurut agama, atau berjanji dengan sungguh-sungguh dihadapan MPR atau DPR;
Jika MPR dan DPR tidak dapat mengadakan sidang, Presiden dan Wakil Presiden bersumpah atau berjanji dihadapan Pimpinan MPR disaksikan oleh Pimpinan MA;
c. Apabila Wakil Presiden berhalangan, Presiden dan/atau DPR dapat meminta MPR mengadakan Sidang Istimewa untuk memilih Wakil Presiden;
d. Presiden dan Wakil Presiden dapat diberhentikan oleh MPR sebelum habis masa jabatannya, baik apabila telah terbukti telah melakukan pelanggaran hukum berupa pengkhianatan terhadap negara, korupsi, penyuapan, tindak pidana berat lainnya, atau perbuatan tercela maupun apabila tidak lagi memenuhi syarat sebagai Presiden dan/atau Wakil Presiden; e. Dalam hal terjadi kekosongan jabatan Wakil Presiden MPR memilih Wakil Presiden dari dua calon yang diusulkan oleh Presiden;
f. Presiden dan Wakil Presiden menyampaikan pengadilan dalam sidang paripurna MPR sebelum MPR memutuskan usul DPR mengenai pemberhentian Presiden dan/atau Wakil Presiden;
g. Presiden meresmikan keanggotaan MPR dengan Keputusan Presiden.
2. MPR dengan DPR
a. Anggota DPR adalah anggota MPR yang dipilih melalui Pemilu;
b. DPR mengusulkan pemberhentian Presiden dan/atau Wakil Presiden kepada MPR dan MPR mengadakan sidang untuk memutus usul DPR.
3. MPR dengan DPD
a. Anggota DPD adalah anggota MPR yang dipilih melalui pemilu;
b. Pimpinan MPR terdiri atas seorang Ketua dan tiga orang Wakil Ketua yang mencerminkan unsur DPD.
4. Presiden dengan DPR
a. Presiden bekerjasama dengan DPR, tetapi tidak ber- tanggungjawab kepada DPR dan tidak dapat membekukan dan/atau membubarkan DPR, sebaliknya DPR tidak dapat memberhentikan Presiden;
b. DPR berkewajiban mengawasi tindakan-tindakan Presiden dalam menjalankan UU;
c. Sebelum memangku jabatannya Presiden dan wakil Presiden bersumpah menurut agama atau berjanji dengan sungguh- sungguh dihadapan MPR atau DPR;
d. DPR bersama Presiden menjalankan fungsi legislatif; e. Presiden dengan persetujuan DPR menyatakan perang,
membuat perdamaian dan perjanjian dengan negara lain; f. Presiden mengangkat duta dan menerima penempatan duta
dari negara lain dengan memperhatikan pertimbangan DPR; g. Presiden memberi amnesti, abolisi dengan memperhatikan
pertimbangan DPR;
h. Presiden menetapkan Hakim Agung dan meresmikan anggota BPK yang telah diplih dan disetujui DPR dan 3 orang hakim konstitusi yang diajukan DPR serta mengangkat dan memberhentikan anggota Komisi Yudisial dengan persetujuan DPR.
5. Presiden dengan DPD
a. DPD dapat melakukan pengawasan atas pelaksanaan undang-undang mengenai otonomi daerah, pembentukan,
pemekaran dan penggabungan daerah, hubungan pusat dan daerah, pengelolaan sumber daya dan belanja negara, pajak, pendidikan dan agama yang dilaksanakan oleh Presiden. b. Presiden meresmikan keanggotaan DPD;
c. Pimpinan DPD berkonsultasi dengan Presiden sesuai putusan DPD.
6. Presiden dengan BPK
a. BPK memeriksa semua pelaksanaan Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara;
b. Presiden meresmikan Anggota BPK dari calon-calon yang telah dipilih dan disetujui oleh DPR.
7. Presiden dengan MA
a. MA dapat memberikan pertimbangan-pertimbangan hukum kepada Presiden, baik diminta maupun tidak;
b. MA memberikan nasehat hukum kepada Presiden/Kepala Negara untuk pemberian/penolakan grasi dan rehabilitasi; c. Hakim agung ditetapkan oleh Presiden atas calon yang
diusulkan oleh Komisi Yudisial dan telah disetujui DPR; d. MA mengajukan tiga calon untuk ditetapkan sebagai hakim
konstitusi oleh Presiden.
8. Presiden dengan MK
a. MK memberikan putusan tentang dugaan pelanggaran oleh Presiden dan/atau Wakil Presiden;
b. Presiden menetapkan hakim konstitusi;
c. Putusan MK mengenai perjanjian UU terhadap UUD 1945 disampaikan kepada Presiden;
d. Putusan MK mengenai sengketa kewenangan lembaga negara yang kewenangannya diberikan oleh UUD disampaikan kepada Presiden;
e. Putusan MK mengenai perselisihan hasil Pemilu disampaikan kepada Presiden.
9. DPR dengan DPD
a. DPD dapat mengajukan kepada DPR rancangan undang- undang yang berkaitan dengan otonomi daerah, hubungan pusat dan daerah, pembentukan dan pemekaran serta penggabungan daerah, pengelolaan sumber daya alam dan sumber daya ekonomi lainnya serta yang berkaitan dengan perimbangan keuangan pusat dan daerah.
b. DPD ikut membahas rancangan undang-undang tentang hal- hal tersebut butir “a” serta memberikan pertimbangan kepada DPR atas rancangan undang-undang tentang APBN dan yang berkaitan dengan pajak, pendidikan dan agama. c. DPD menyampaikan kepada DPR hasil pengawasan
pelaksanaan undang-undang yang dimaksud butir a dan b. d. DPD memberikan pertimbangan kepada DPR dalam
pemilihan Anggota BPK.
10. DPR dengan BPK
Hasil pemeriksaan BPK tentang keuangan negara diserahkan kepada DPR.
11. DPR dengan MA
a. MA dapat memberikan pertimbangan hukum kepada DPR, baik diminta maupun tidak;
b. DPR memberikan persetujuan calon untuk ditetapkan sebagai hakim agung oleh Presiden yang diusulkan DPR;
c. DPR mengajukan usulan Calon Ketua dan Wakil Ketua MA.
12. DPR dengan MK
a. DPR mengajukan tiga orang anggota Hakim Konstitusi untuk ditetapkan dengan Keppres;
b. DPR mengajukan permintaan kepada MK untuk memeriksa, mengadili dan memutus pendapatnya bahwa Presiden dan/ atau Wakil Presiden telah melakukan pelanggaran hukum atau perbuatan tercela dan/atau pendapat bahwa Presiden dan Wakil Presiden tidak lagi memenuhi syarat sebagai Presiden dan/atau Wakil Presiden;
c. Peraturan MK mengenai pendapat DPR wajib disampaikan kepada DPR.
13. BPK dengan MA
a. MA dapat memberikan pertimbangan-pertimbangan hukum kepada BPK, baik diminta maupun tidak;
b. Pengambilan sumpah/janji keanggotaan BPK dilakukan oleh Ketua MA.
14. BPK dengan DPD
Hasil pemeriksaan BPK tentang Keuangan Negara diserahkan kepada DPD.
15. MA dengan MK
a. MA mengajukan tiga orang calon Anggota Hakim Konstitusi untuk ditetapkan oleh Presiden;
b. MK memberitahukan kepada MA adanya permohonan perjanjian UU dalam jangka waktu paling lambat tujuh hari kerja sejak permohonan dicatat dalam Buku Registrasi Perkara Konstitusi;
c. Perjanjian peraturan perundang-undangan di bawah UU yang sedang dilakukan MA wajib dihentikan bila UU yang menjadi dasar perjanjian itu sedang dalam proses pengujian MK sampai ada putusan MK;
d. MA tidak dapat menjadi pihak dalam sengketa kewenangan lembaga negara yang kewenangannya diberikan oleh UUD 1945 kepada MK.
