5 KERAGAMAN GENETIK KELAPA ( Cocos nucifera L.) INDONESIA BERDASARKAN MARKA SSR
5.3.5 Nilai Polimorfisme Marka SSR pada Populasi Kelapa Dalam dan Genjah
Nilai PIC menunjukkan tingkat informatif lokus yang digunakan sebagai indikator tingkat keragaman alel. Nilai PIC diklasifikasikan menjadi tiga kelas, yaitu PIC>0.7 sebagai sangat informatif, 0.4≤PIC≤0.7 sebagai moderat informatif, dan PIC<0.4 sebagai kurang informatif (Okoye et al. 2016). Sebanyak 20 marka SSR menunjukkan nilai polimorfisme yang sangat tinggi terhadap 41 aksesi kelapa. Pada populasi kelapa Dalam, nilai PIC tertinggi (lebih dari 0.7) terdapat pada 13 lokus SSR (CNZ 21, CNZ 51, CnCir 2, CnCir 123, CnCir H4, CnCir 1, CnCir H11, CnCir C5, CnCir 121, CnCir 87, CnCir C9, CnCir 119, CnCir E4). Sedangkan nilai PIC terendah kurang dari 0.4 terdapat pada marka CnCir A9, CnCir 226 dan CnCir E2 yaitu sebesar 0.0. Pada populasi kelapa Genjah, nilai PIC tertinggi kurang dari 0.7 terdapat pada lokus (CnCir 226) sebesar 0.63 dan terendah kurang dari 0.4 pada 5 lokus (CNZ 51, CnCir A9, CnCir H4, CnCir 73, CnCir E2) sebesar 0.0 (Tabel 5.6).
Tabel 5.6 Nilai PIC (Polymorphic Information Content) 20 lokus SSR untuk populasi kelapa Dalam dan Genjah
Popu-
lasi Z21 A9 Z51 2 56 123 226 H4 1 A3 H11 C5 73 121 87 C9 119 E4 E11 E2 Rerata
DAG 0.61 0.61 0.75 0.74 0.75 0.72 0.36 0.79 0.79 0.71 0.73 0.69 0.77 0.74 0.64 0.75 0.60 0.73 0.68 0.65 0.69 DAI 0.56 0.44 0.60 0.70 0.63 0.75 0.36 0.78 0.70 0.54 0.65 0.59 0.73 0.76 0.65 0.61 0.78 0.37 0.42 0.32 0.60 DBG 0.51 0.39 0.73 0.46 0.53 0.55 0.26 0.53 0.52 0.35 0.67 0.55 0.68 0.60 0.42 0.43 0.46 0.49 0.63 0.35 0.51 DBI 0.50 0.49 0.42 0.49 0.57 0 0.35 0.55 0.53 0.38 0.66 0.63 0.58 0.64 0.66 0.75 0.41 0.29 0.53 0.12 0.48 DIO 0.67 0.44 0.54 0.56 0.58 0.70 0.29 0.67 0.29 0.54 0.71 0.58 0.54 0.57 0.67 0.65 0.47 0.24 0.59 0.33 0.53 DJA 0.56 0.31 0.68 0.37 0.73 0.38 0.29 0.48 0.79 0.35 0.68 0.48 0.76 0.61 0.57 0.44 0.45 0.59 0.23 0.24 0.50 DKL 0.69 0.36 0.67 0.68 0.66 0.69 0.37 0.59 0.68 0.57 0.69 0.59 0.68 0.68 0.69 0.64 0.66 0.66 0.66 0.65 0.63 DKN 0.65 0.57 0.69 0.70 0.66 0.58 0.36 0.64 0.70 0.59 0.68 0.61 0.68 0.63 0.65 0.64 0.63 0.58 0.61 0.69 0.63 DKY 0.71 0.42 0.65 0.70 0.69 0.50 0.29 0.62 0.72 0.58 0.66 0.47 0.53 0.71 0.45 0.33 0.66 0.27 0.41 0.31 0.53 DLO 0.56 0.29 0.70 0.62 0.64 0.60 0.36 0.63 0.59 0.58 0.62 0.58 0.58 0.66 0.64 0.62 0.55 0.66 0.65 0.63 0.59 DLP 0.58 0.54 0.68 0.41 0.62 0 0.31 0.51 0.74 0.36 0.68 0.73 0.55 0.46 0.74 0.24 0.46 0.37 0.59 0.71 0.51 DMA 0.59 0.37 0.48 0.54 0.73 0.57 0.38 0.61 0.49 0.56 0.53 0.60 0.68 0.37 0.58 0.70 0.60 0.74 0.52 0.59 0.56 DMT 0.63 0.67 0.69 0.78 0.81 0.37 0.35 0.79 0.69 0.70 0.81 0.74 0.75 0.59 0.61 0.77 0.79 0.70 0.76 0.49 0.67 DMW 0.69 0.35 0.68 0.67 0.69 0.66 0.36 0.68 0.69 0.57 0.62 0.59 0.61 0.70 0.69 0.61 0.60 0.62 0.61 0.61 0.61 DPA 0.63 0.34 0.69 0.71 0.70 0.67 0.32 0.71 0.80 0.67 0.72 0.54 0.70 0.71 0.56 0.72 0.67 0.63 0.53 0.44 0.62 DPL 0.64 0.44 0.67 0.78 0.76 0.74 0.33 0.51 0.52 0.65 0.71 0.50 0.71 0.71 0.52 0.42 0.61 0.39 0.58 0.42 0.58 DPN 0.47 0.55 0.60 0.70 0.68 0.70 0.33 0.57 0.71 0.27 0.52 0.56 0.39 0.55 0.24 0.43 0.26 0.12 0.48 0 0.46 DPU 0.75 0.59 0.63 0.54 0.61 0.60 0.41 0.62 0.61 0.53 0.65 0.50 0.60 0.50 0.53 0.56 0.53 0.63 0.62 0 0.55
Tabel 5.6 Nilai PIC (Polymorphic Information Content) 20 lokus SSR untuk populasi kelapa Dalam dan Genjah (lanjutan)
Popu-
lasi Z21 A9 Z51 2 56 123 226 H4 1 A3 H11 C5 73 121 87 C9 119 E4 E11 E2 Rerata
DRS 0.64 0.29 0.60 0.66 0.68 0.68 0.36 0.67 0.65 0.68 0.63 0.65 0.65 0.65 0.57 0.62 0.64 0.69 0.67 0.50 0.61 DSA 0.64 0.57 0.77 0.45 0.65 0.74 0.36 0.23 0.42 0.37 0.68 0.33 0.64 0.59 0.36 0.55 0.39 0.45 0.22 0.31 0.49 DSE 0.60 0.59 0.64 0.68 0.67 0.64 0.37 0.69 0.62 0.49 0.64 0.56 0.67 0.68 0.68 0.64 0.66 0.63 0.62 0.59 0.62 DSN 0.40 0.50 0.70 0.34 0.69 0.40 0.30 0.66 0.68 0.50 0.74 0.68 0.68 0.61 0.64 0.62 0.57 0.60 0.70 0.66 0.58 DTA 0.64 0.44 0.61 0.60 0.54 0.62 0.36 0.77 0.61 0.38 0.63 0.64 0.44 0.51 0.37 0.60 0.60 0.42 0.64 0.36 0.54 DTE 0.73 0.38 0.77 0.69 0.72 0.38 0.24 0.45 0.69 0.24 0.64 0.77 0.44 0.57 0.74 0.71 0.44 0.59 0.12 0 0.51 DTS 0.62 0.36 0.65 0.67 0.60 0.57 0.37 0.65 0.63 0.59 0.57 0.58 0.70 0.70 0.69 0.59 0.63 0.65 0.70 0.62 0.61 DTT 0.75 0.58 0.77 0.68 0.76 0.66 0.37 0.65 0.68 0.58 0.69 0.68 0.63 0.64 0.67 0.59 0.55 0.66 0.64 0.63 0.64 DTU 0.45 0.52 0.67 0.57 0.72 0.62 0.32 0.72 0.66 0.60 0.70 0.60 0.70 0.75 0.59 0.62 0.62 0.46 0.67 0.65 0.61 DWA 0.65 0.37 0.69 0.62 0.65 0.70 0.37 0.69 0.64 0.65 0.57 0.65 0.62 0.62 0.70 0.61 0.69 0.58 0.52 0.56 0.61 GAK 0.27 0.33 0 0.09 0 0.67 0.38 0.50 0.38 0.16 0.35 0 0.09 0.33 0.09 0.38 0.31 0.16 0.25 0 0.24 GHJ 0.27 0 0 0.36 0.36 0.33 0.38 0 0 0.16 0 0.36 0 0.36 0 0 0.16 0.16 0 0 0.15 GHN 0.27 0 0 0.36 0.36 0.33 0.38 0 0 0.16 0 0.36 0 0.36 0 0 0.16 0.16 0 0 0.15 GKB 0.41 0 0.33 0.33 0.33 0.33 0.38 0 0.33 0.61 0.33 0.33 0.33 0 0.33 0.33 0 0.16 0.47 0 0.27 GKM 0.14 0 0 0 0 0.27 0.38 0 0 0.14 0.14 0.24 0 0 0 0.35 0.24 0.24 0.45 0 0.13 GKN 0 0 0 0 0 0 0.38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.16 0.16 0 0 0.04 GMM 0 0 0 0 0.50 0.27 0.38 0 0 0.27 0 0 0 0 0 0 0.27 0.27 0.27 0 0.11 GMN 0.16 0 0 0.36 0.36 0 0.69 0 0 0 0.16 0 0 0.27 0.16 0.50 0.27 0.27 0.27 0 0.17 GOS 0 0 0 0.36 0 0 0.38 0 0 0.33 0.27 0.36 0 0 0.38 0.27 0 0.16 0 0 0.13 GRA 0.33 0 0.27 0.09 0.33 0.33 0.38 0 0.33 0.58 0.49 0.16 0 0 0.53 0.33 0.33 0.16 0 0.33 0.25 GSK 0.09 0.09 0 0.09 0 0 0.38 0 0 0.50 0.30 0.09 0 0.18 0 0.27 0 0.16 0 0 0.11 GTT 0.27 0 0.18 0.27 0.16 0.27 0.38 0 0 0.09 0.18 0 0 0.09 0.38 0.33 0.49 0.16 0.16 0.36 0.19 GWU 0.36 0 0 0.36 0.16 0.36 0.38 0 0.36 0.36 0 0.36 0 0.36 0.36 0 0.47 0.16 0.16 0 0.21 Rerata 0.48 0.32 0.47 0.48 0.52 0.46 0.36 0.44 0.47 0.44 0.50 0.46 0.44 0.48 0.46 0.47 0.46 0.42 0.43 0.32
Berdasarkan nilai PIC yang diperoleh menunjukkan bahwa nilai rataan PIC masing masing populasi sangat rendah. Namun nilai PIC pada seluruh populasi masih cukup informatif sebesar 0.44. Hanya marka CnCir A9, CnCir 226 dan CnCir E2 yang memiliki nilai PIC dibawah 0.4 yaitu secara berurutan 0.32, 0.36 dan 0.32. Nilai PIC pada 17 marka SSR lainnya lebih dari 0.4 yaitu pada kisaran 0.42–0.52 (Tabel 5.6). Berdasarkan hal tersebut, disimpulkan 17 marka SSR yang digunakan dalam penelitian ini cukup informatif untuk membedakan individu dalam populasi yang diuji. Sajib et al. (2012), menyatakan bahwa semakin tinggi nilai PIC yang diperoleh maka semakin informatif primer tersebut didalam membedakan individu didalam populasi maupun antar populasi.
5.3.6 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik
Keanekaragaman genetik kelapa terdeteksi pada individu-individu kelapa antar populasi yang berbeda atau individu-individu kelapa di dalam satu populasi yang sama. Untuk mengidentifikasi keanekaragaman genetik intra-populasi dan antar-populasi kelapa dapat dilihat berdasarkan tingkat kemiripan atau ketidakmiripan marka genetiknya dengan menggunakan berbagai metode analisis.
Hasil analisis pengelompokan dengan metode Neighbour Joining berupa pohon filogenetik yang diuji berdasarkan 20 marka SSR menunjukkan bahwa secara umum kelapa Dalam dan Genjah mengelompok secara terpisah ke dalam sembilan kelompok yang berbeda (Gambar 5.2). Masing-masing kelompok terdiri dari sub-kelompok yang bercampur dengan aksesi lain dan sub-kelompok yang tidak bercampur dengan aksesi lain. Aksesi yang bercampur adalah individu- individu dari dua atau lebih aksesi yang membentuk satu kelompok. Aksesi yang menyebar berarti bahwa individu-individu dari satu aksesi tersebar ke dalam beberapa kelompok. Aksesi yang mengelompok adalah satu aksesi yang membentuk satu kelompok. Pada kelompok pertama (I) terdiri dari 2 sub- kelompok. Sub-kelompok 1 terdapat aksesi kelapa Dalam Australia (DAI) yang mengelompok sendiri dan kelapa Genjah yang mengelompok (GSK dan GHN) dan bercampur (GKB, GMM dan GWU). Sub- kelompok 2 hanya terdiri dari kelapa Genjah yang mengelompok (GAK, GHJ, GKM, GMN, GOS dan GRA) dan bercampur (GKB, GTT dan GWU). Kelompok kedua (II) terdapat 2 sub- kelompok. Sub-kelompok 1 terdiri dari aksesi DPA yang bercampur dengan DMT, DPL dan DSA. Sub-kelompok 2 terdapat aksesi DKY yang mengelompok sendiri sedangkan aksesi DIO bercampur dengan DAI, DPN dan DTA, satu aksesi kelapa Genjah (GKN) dan tiga aksesi kelapa Dalam (DTA, DPN, 10 individu DSA) yang mengelompok sendiri sedangkan aksesi DBG bercampur dengan DPN, DSA dan DTA. Kelompok ketiga (III) hanya memiliki lima individu DPA yang bercampur dengan lima individu DPL. Kelompok keempat (IV) terdiri dari 2 sub-kelompok, sub-kelompok 1 terdapat aksesi DLP yang bercampur dengan satu individu DMT, sub-kelompok 2 aksesi DJA yang bercampur dengan 1 individu DWA dan aksesi DTE yang mengelompok sendiri. Kelompok kelima (V) terdapat aksesi DMT yang bercampur dengan aksesi DKL, DPA dan DTT. Kelompok keenam (VI) memiliki aksesi DSE yang bercampur dengan DAG, DAI, DKL, DMT, DSN, DTS, DTT dan DWA. Kelompok ketujuh (VII) terdiri dari 2 sub-kelompok, sub- kelompok 1 terdiri atas campuran aksesi DAG bercampur dengan DKL, DSE, dan DTS. Sub-kelompok 2 terdapat aksesi DMA dan DPU mengelompok sendiri. Kelompok kedelapan (VIII) terdiri dari 3 sub-kelompok yang bercampur satu dengan yang lain. Kelompok kesembilan (IX) terdapat 3 sub-kelompok dengan aksesi DBI yang mengelompok sendiri dan 11 (DAG, DKL, DKN, DLO, DMW, DMT, DRS, DSE, DSN, DTT dan DTU) aksesi yang lain bercampur dalam sub- kelompok dua dan tiga. Dari kesembilan kelompok yang ada, individu-individu atau populasi yang memiliki kemiripan genetik yang berdekatan mengelompok satu dengan yang lain. Makin besar ketidakmiripan genetik antar-individu atau antar-populasi, maka pola pengelompokannya makin jauh.
Aksesi kelapa Dalam Australia (DAI) yang mengelompok dan termasuk dalam kelompok pertama memiliki hubungan genetik yang dekat dengan kelapa Genjah. Jika dibandingkan secara morfologi aksesi kelapa DAI memiliki pohon yang pendek dan buah yang kecil seperti kelapa Genjah, tetapi mempunyai bol seperti kelapa Dalam. Sebaliknya, aksesi kelapa Genjah Kuning Nias (GKN) yang mengelompok dan termasuk dalam kelompok kedua memiliki hubungan genetik yang sangat dekat dengan kelapa Dalam. Kedua aksesi ini (DAI & GKN) memiliki hubungan genetik sangat berbeda di antara pengelompokan tipe kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan 20 lokus marka SSR.
Kelompok aksesi kelapa Dalam yang tidak menyebar dan tidak bercampur seperti kelapa Dalam Bali (DBI), Dalam Mamuaya (DMA), Dalam Palu (DPU), DJA (Dalam Jepara), DTE (Dalam Takome), DLP (Dalam Lubuk Pakam) memiliki hubungan genetik terjauh dari kelompok aksesi kelapa Genjah. Namun, aksesi kelapa DMA dan DPU berasal dari Sulawesi, kelapa DJA berasal dari Jawa Tengah, DTE berasal dari Maluku Utara, DLP berasal dari Sumatera Utara, tetapi membentuk kelompok yang sama dan memiliki hubungan genetik yang dekat. Hal ini diduga karena terjadi persilangan alami dalam populasi tersebut.
Gambar 5.2 Pohon filogenetik kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan metode Neighbour Joining menggunakan piranti lunak DARwin berdasarkan 20 lokus marka SSR
Aksesi kelapa Dalam yang memiliki hubungan genetik dekat dengan kelapa Genjah yaitu kelapa Dalam Pandu (DPA), Dalam Pungkol (DPL), Dalam Ilo-Ilo (DIO), Dalam Kalasey (DKY), Dalam Paslaten (DPN), Dalam Tenga (DTA) yang berasal dari Sulawesi Utara, dan kelapa Dalam Banyuwangi (DBG), Dalam Sawarna (DSA), berasal dari Jawa Timur dan Jawa Barat. Aksesi-aksesi ini perlu
dipertimbangkan jika digunakan sebagai tetua persilangan kelapa Dalam x Genjah karena kedekatan hubungan genetik.
Sebanyak sembilan aksesi kelapa Genjah (GHN, GSK, GHJ, GMN, GKM, GAK, GRA, GOS, GKN) tidak bercampur dengan aksesi yang lain, sedangkan empat aksesi yang lain (GMM, GKB, GTT, GWU) bercampur dalam satu kelompok. Untuk kelapa Dalam sebanyak dua belas aksesi (DAI, DIO, DKY, DSA, DPN, DTA, DLP, DTE, DJA, DMA, DPU, DBI) mengelompok sendiri, namun enam belas aksesi kelapa Dalam (DPA, DPL, DBG, DMT, DSE, DAG, DWA, DKN, DTS, DKL, DMW, DTT, DLO, DSN, DTU, DRS) bercampur dengan aksesi yang lain. Aksesi-aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur dengan aksesi lain mengindikasikan bahwa terdapat kesamaan alel yang dimiliki oleh genotipe-genotipe tersebut dengan genotipe aksesi tertentu dari hasil analisis metode Neighbour Joining. Individu-individu yang bercampur dengan aksesi lain dalam satu kelompok diduga akibat telah terjadi persilangan alami antar individu.
Hasil analisis diversitas kelapa Dalam menunjukkan keragaman yang tinggi antar aksesi yang dievaluasi. Sebaliknya, kelapa Genjah yang dianalisis menunjukkan tingkat keseragaman yang tinggi antar aksesi (Gambar 5.2). Hal ini menunjukkan bahwa kelapa Dalam yang dievaluasi memiliki komposisi genetik yang sangat berbeda dengan kelapa Genjah. Menurut Teulat et al. (2000) kelapa Dalam memiliki keragaman dan heterozigositas yang tinggi akibat pola penyerbukan bunga yang open pollinated. Kelapa Dalam umumnya menyerbuk silang sehingga variasi alel pada setiap individu lebih tinggi dibandingkan dengan kelapa Genjah yang menyerbuk sendiri (Novarianto 2010). Hasil pengamatan di lapang juga menunjukkan adanya perbedaan ciri morfologi yang signifikan antara kedua tipe kelapa yang diuji. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa Dalam dan Genjah sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar kelapa Dalam memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai akibat terjadinya heterosis.
5.3.7 Analisis Struktur Populasi Kelapa Dalam dan Genjah
Analisis struktur genetik populasi dari ke-41 aksesi kelapa Dalam dan Genjah dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE dengan pendekatan Bayesian untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub-populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari setiap sub-populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat melakukan pengelompokan individu-individu di dalam populasi dengan akurat (Gambar 5.3). Piranti lunak ini digunakan untuk mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam sub-populasi (Pritchard et al. 2000).
Perhitungan ad hoc ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji secara signifikan dibagi atas dua sub-grup. Alel-alel SSR spesifik yang berasal dari kelapa Dalam direpresentasikan oleh warna hijau, kelapa Genjah dengan warna merah (Gambar 5.4). Hasil analisis STRUCTURE menunjukkan komposisi genetik antara kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur, karena pada populasi kelapa Dalam terdapat sejumlah alel SSR yang sama dengan alel kelapa Genjah. Aksesi kelapa Dalam menunjukkan variasi campuran warna merah dan hijau yang sangat tinggi, mengindikasikan adanya campuran genetik antar
individu dalam aksesi. Sebaliknya kelapa Genjah memiliki variasi campuran warna yang lebih sedikit, hal ini menyatakan bahwa antar aksesi kelapa Genjah hanya sedikit terjadi pencampuran genetik.
Gambar 5.3 Berdasarkan marka SSR dan pendekatan metode Evanno populasi kelapa Dalam dan Genjah dibagi menjadi 2 subgrup populasi sesuai dengan delta K maksimum pada K=2
Pada Gambar 5.4, menampilkan populasi DKL, DKN, DLO, DMW, DRS, DSE, DTS, DWA memiliki persentase alel yang sama yaitu 80–90%. Hasil ini sesuai dengan analisis pengelompokan di Gambar 5.2, bahwa aksesi DKL, DTS, DKL, DLO, DMW terdapat pada satu kelompok yang sama yaitu kelompok 8, sedangkan aksesi DSE dan DRS berada di kelompok 6 dan 9. Aksesi kelapa DKL, DKN, DLO, DMW, DRS, DSE, DTS, DWA berasal dari Sulawesi Utara. Kelapa Dalam Talise (DTS) berasal dari pulau Talise, yang memiliki perkebunan kelapa saat pemerintahan Belanda tahun 1916. Secara geografi, pulau Talise dengan lokasi pengambilan ketujuh aksesi kelapa yang lain mudah dijangkau melalui darat dan laut, sehingga diduga aksesi DKL, DKN, DLO, DMW, DRS, DTS dan DWA berasal dari pulau Talise. Hasil ini sesuai dengan penelitian Kumaunang dan Maskromo (2007) yang melakukan analisis keragaman genetik kelapa Dalam di Kebun Percobaan Mapanget, berdasarkan marka SSR menggunakan 2 individu per aksesi. Hal yang sama dilaporkan oleh Novarianto dan Kumaunang (1999) bahwa karakter morfologi dari kedelapan aksesi kelapa Dalam yang diuji membentuk kelompok dengan kemiripan 50%. Dengan demikian, struktur populasi dari kedelapan aksesi ini menunjukkan bahwa hubungan genetik di antara populasi yang sama daerahnya lebih dekat dibandingkan dengan yang berlainan daerah.
Untuk kelapa Genjah ada delapan aksesi memiliki persentase alel yang sama sekitar 90% yaitu populasi GAK, GKB, GKM, GMM, GOS, GSK, GTT, GWU. Kedelapan aksesi ini dari hasil analisis pengelompokan pada Gambar 5.2 termasuk dalam kelompok pertama. Kelapa GAK (Genjah Aromatik) berasal dari Thailand, kelapa GKM (Genjah Kuning Malaysia) dan GMM (Genjah Merah Malaysia) berasal dari Malaysia. Kelapa GKB (Genjah Kuning Bali), GOS (Genjah Orange Sagerat), Genjah Salak (GSK), Genjah Tebing Tinggi (GTT) dan Genjah Waingapu (GWU) berasal dari Indonesia. Secara geografi kedelapan aksesi ini berasal dari lokasi yang berbeda tetapi dari hasil analisis pada Gambar 5.4, aksesi-aksesi tersebut memiliki persentase alel yang sama yaitu sekitar 95%.
Gambar 5.4 Estimasi struktur populasi kelapa Dalam (label nama populasi berwarna hitam) dan Genjah (label nama populasi berwarna merah) berdasarkan data genotyping 20 lokus marka SSR menggunakan piranti lunak STRUCTURE
Pada Gambar 5.4, kelapa GHJ dan GKN memiliki campuran warna yang berbeda di antara semua populasi kelapa Genjah. Kelapa GHJ memiliki campuran alel 50% sedangkan kelapa GKN memiliki alel 90% sama dengan kelapa Dalam. Hasil analisis pengelompokan pada Gambar 5.2 juga menunjukkan bahwa kelapa GKN mengelompok dekat dengan aksesi kelapa Dalam.
5.4 Simpulan
Analisis keragaman genetik kelapa Dalam dan Genjah koleksi Balit Palma Manado menggunakan 20 marka SSR dapat mengelompokkan dengan jelas masing-masing aksesi dan menunjukkan tingkat keragaman yang berbeda antar aksesi. Keragaman genetik aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang diuji menunjukkan tingginya variasi alel dengan membentuk sembilan kelompok berdasarkan metode Neighbour Joining. Namun ada beberapa individu yang bercampur dengan aksesi lain dalam satu kelompok diduga akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Struktur populasi kelapa Dalam dan Genjah menggunakan piranti lunak STRUCTURE mengindikasikan ada pencampuran alel sehingga membagi aksesi-aksesi tersebut menjadi dua sub-grup populasi.
Daftar Pustaka
[CIRAD] Centre for International Cooperation in Agricultural Research for Development. 2002. A laboratory manual. Coconut microsatellite kit. Montpellier (FR): CIRAD France.
Arias D, Montoya C, Rey L, Romero H. 2012. Genetic similarity among commercial oil palm materials based on microsatellite markers. Similaridad genética entre materiales comerciales de palma de aceite basado en marcadores microsatélites. Agronomía Colombiana. 30(2):188- 195.
Baker CMA, Manwell C. 1986. Population genetics, molecular marker and gene conservation of bovine breeds. Neimann, et al., editor. London (UK): World Animal Science, Elsevier Health Sciences.
Batugal P, Rao V, Oliver J. 2005. Coconut Genetic Resources. Serdang, Malaysia (MY): IPGRI Regional Office for Asia, the Pacific and Oceania.
Brody JR, Kern SE. 2004. Sodium boric acid: a tris free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis. BioTechniques. 36:214-216.
Buchert G, Rajora O, Hood J, Dancik B. 1997. Effects of harvesting on genetic diversity in old-growth eastern white pine (Pinus strobes L.) in Ontario, Canada. Consv Biol. 11(3):747-758.
Correa JPJ, Verdú M, Martínez SCG. 2010. The contribution of recombination to heterozygosity differs among plant evolutionary lineages and life-forms. BMC Evolutionary Biology. 10(22). doi: 10.1186/1471-2148-10-22.
Creste S, Neto AT, Figueira A. 2001. Detection of single sequence repeats polymorphisms in denaturing polyacrilamide sequencing gels by silver staining. Plant Mol Biol Reporter. 19:299-306.
Devakumar K, Niral V, Jerard BA, Jayabose C, Chandramohanan R, Jacob PM. 2010. Microsatellite analysis of distinct coconut accessions from Agati and Kavaratti islands, Lakshadweep, India. Sci Hortic. 125:309-315.
Earl DA, vonHoldt BM. 2012. STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conserv Genet Res. 4(2):359-361.
Evanno GS, Regnaut J, Goudet. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Mol Ecol. 14:2611-2620.
Govindaraj M, Vetriventham M, Srinivasan M. 2015. Importance of genetic diversity assesment in crop plants and its recent advances: an overview of its analytical perspectives. Genet Res Intl. 2015:1-14. doi: 10.1155/2015/431487.
Gregorius HR, Namkoong G. 1983. Conditions for protected polymorphism in subdivided plant populations: 1. Uniform pollen dispersal. Theoretical Population Biol. 24(3):252-267. doi: 10.1016/0040-5809(83)90028-X. Hao W, Wang S, Liu H, Zhou B, Wang X, Jiang T. 2015. Development of SSR
markers and genetic diversity in white birch (Betula platyphylla). Plos One. 10(4):1-14. doi: 10.1371/journal.pone.0125235
Kimura M. 1983. Rare variant alleles in the light of the neutral theory. Mol Biol Evol. 1:84-93.
Kimura M, Crow JF. 1964. The number of alleles that can be maintained in a finite population. Genetics. 49(4):725-738.
Kriswiyanti E, Temaja IGRM, Sudana IM, Wirya IGNAS. 2013. Genetic variation of coconut tall (Cocos nucifera L., Arecaceae) in Bali, Indonesia based on microsatellite DNA. J Biol Agric Healthcare. 3(13):97-101. Kumar SP, Manimekalai R, Kumari BDR. 2011. Microsatellite marker based
characterization of South Pasific coconut (Cocos nucifera L.) accessions. Intl J Plant Breed Genet. 5(1):34-43.
Kumaunang J, Maskromo I. 2007. Keragaman genetik plasma nutfah kelapa Dalam (Cocos nucifera L) di kebun percobaan Mapanget berdasarkan penanda DNA SSRs. Buletin Palma. 33:18-27.
Liu K, Muse SV. 2005. Power Marker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics. 21:2128-2137.
Loiola CM, Azevedo AON, Diniz LEC, Aragão WM, Azevedo CDO, Santos PHAD, Ramos HCC, Pereira MG, Ramos SRR. 2016. Genetic relationships among tall coconut palm (Cocos nucifera L.) accessions of the international coconut genebank for Latin America and the Caribbean (ICG-LAC), evaluated using microsatellite markers (SSRs). Plos One. 11(3):1-11. doi: 10.1371/journal.pone.0151309.
Marshall D, Brown A. 1975. Optimum sampling strategies in genetic conservation. A basic sampling strategy: theory and practice Diakses
tanggal: April 01, 2014, Tersedia pada:
http://cropgenebank.sgrp.cgiar.org/images/file/procedures/collecting1995/ Chapter5.pdf.
Martial YSD, Louis KKJ, Désiré PN, Noel KKJ, Emmanuel IA, Sylvère SR, Arsène ZBI. 2013. Assessment of the genetic diversity conservation in three tall coconut (Cocos nucifera L.) accessions regenerated by controlled pollination, using microsatellite markers. African J Biotechnol. 12(20):2808-2815. doi: 10.5897/AJB11.3608.
Maskromo I, Tenda TE, Tulalo MA, Novarianto H, Sukma D, Sukendah, Sudarsono. 2015. Keragaman fenotipe dan genetik tiga varietas kelapa genjah kopyor asal Pati Jawa Tengah [Fenotipic and genetic diversity of three Dwarf Kopyor coconut from Pati, Central Java, Indonesia] [in Indonesia]. J Littri. 2(1):1-8.
Meerow AW, Wisser RJ, Brown JS, Kuhn DN, Schnell RJ, Broschat TK. 2003. Analysis of genetic diversity and population structure within Florida coconut (Cocos nucifera L.) germplasm using microsatellite DNA with special emphasis on the Fiji Dwarf cultivar. Theor Appl Genet. 106:715- 726.
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York (US): Columbia University Press.
Novarianto H. 2010. Karakteristik bunga dan buah hasil persilangan kelapa hibrida genjah x genjah. Buletin Palma. 39:100-110.
Novarianto H, Kumaunang J. 1999. Keragaman morfologi plasma nutfah kelapa. Buletin Plasma Nutfah. 5(1):16-23.
Okoye MN, Uguru MI, Bakoumé C, Singh R, Okwuagwu CO. 2016. Assessment of genetic giversity of NIFOR oil palm main breeding parent genotypes using microsatellite markers. American J Plant Sci. 7:218-237.
Peakall R, Smouse PE. 2012. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics. 28:2537-2539. doi: 10.1093/bioinformatics/bts460.
Perrier X, Jacquemoud-Collet JP. 2006. DARwin software
http://darwin.cirad.fr/darwin.
Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics. 155:945-959.
Rajesh MK, Arunachalam V, Nagarajan P, Lebrun P, Samsudeen K, Thamban C. 2008. Genetic survey of 10 Indian coconut landraces by simple sequence repeats (SSRs). Sci Hortic. 118:282-287.
Rajesh MK, Samsudeen K, Jerard BA, Rejusha P, Karun A. 2014. Genetic and phylogenetic relationships of coconut populations from Amini and Kadmat Islands, Lakshadweep (India). Emir J Food Agric. 26(10):898-906.
Rajora OP, Rahman MH, Buchert GP, Dancik BP. 2000. Microsatellite DNA analysis of genetic effects of harvesting in old-growth eastern white pine (Pinus strobus) in Ontario, Canada. Mol Ecol. 9(3):339-348.
Ribeiro FE, Baudouin L, Lebrun P, Chaves LJ, Brondani C, Zucchi MI, Vencovsky R. 2010. Population structures of Brazilian tall coconut (Cocos nucifera L.) by microsatellite markers. Genet Mol Biol. 33(4):696-702. Rivera R. 1999. Isolation and characterization of polymorphic microsatellites in
Cocos nucifera L. Genom. 42:668-675.
Rohde W, Kullaya A, Rodriguez MJ, Ritter E. 1996. Genome analysis of Cocos nucifera L. by PCR amplification of spacer sequences separating a subset of copia-like EcoR1 repetitive elements. J Genet Breed. 49:170-186. Sajib AM, Hossain M, Mosnaz ATMJ, Hossain H, Islam M, Ali S, Prodhan SH.
2012. SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landraces of rice ( Oryza sativa L .). BioSci Biotech. 1:107-116.
Semagn K, Bjørnstad Å, Ndjiondjop MN. 2006. An overview of molecular marker methods for plants. African J Biotechnol. 5(25):2540-2568.
Tasma IM. 2014. Skrining marka SSR untuk analisis diversitas genetik aksesi kelapa sawit. Buletin Palma. 15(1):1-13.
Teulat B, Aldam C, Trehin R, Lebrun R, Barker JHA, Arnold GM, Karp A, Baudouin L, Rognon F. 2000. An analysis of genetic diversity in coconut (Cocos nucifera L.) populations from across the geographic range using sequence-tagged microsatellites (SSRs) and AFLPs. Theor Appl Genet. 100:764-771.
Xiao Y, Yi L, Yaodong Y, Haikuo F, Wei X, Annaliese M, Songlin Z, Ross S, Fei Q. 2013. Development of microsatellite markers in Cocos nucifera and their application in evaluating the level of genetic diversity of Cocos nucifera. Plant Omics J. 6:193-200.