Hasil
Kualitas DNA
DNA hasil isolasi 30 aksesi tebu Sumatera Utara di uji melaluiproses
elektroforesis menggunakan gel agarose dan selanjutnya di visualisasi dengan
menggunakan UV transaluminator. Hasil uji kualitas DNA 30 aksesi tebu Sumatera Utara seperti pada Gambar 6.
Gambar 6. Profil uji kualitas DNA 30 aksesi Saccharum spp.dari beberapa lokasi di Sumatera Utara (Lajur 1-30 seperti pada Tabel 2).
Hasil pengamatan kualitas DNA pada Gambar 6 menunjukkan adanya DNA pada setiap aksesi yang memenuhi syarat untuk dianalisis lebih lanjut dengan menggunakan mesin PCR. Pola pita yang didapat tampak jelas dan tebal, meskipun tingkat ketebalannya bervariasi pada setiap aksesi.
Amplifikasi PCR dan elektroforesis
Fingerprinting DNA 30 aksesi Saccharum spp. Sumatera Utara dilakukan dengan menggunakan 14 primer RAPD (Tabel 3).Sepuluh dari 14 primer yang digunakan dapat mengamplifikasi DNA dengan baik danmemproduksi jumlah pita relatif maksimal dengan intensitas tinggi dan smear yang minimal pada semua sampel. Hasil amplifikasi dari 4 primer (OPA 17, OPA 19, OPC 17 dan OPD 14) tidak konsisten dalam mengamplifikasi sampel. Primer OPA 17 menghasilkan produk amplifikasi hanya pada 10 sampel DNA dan OPA 19 mengamplifikasi pada 2sampel sedangkan primer OPC 17 dan OPD 14 tidak menghasilkan produk
amplifikasi. Ke empat primer ini tidak diikutkan dalam analisis data lebih lanjut untuk mencegah kesalahan penentuan polimorfisme.
Tabel 4. DaftarprimerRAPDdenganjumlahpitaperaksesi, jumlahpita monomorfikda npolimorfik, persentase polimorfisme, rentang ukuran pitaDNA dan tingkat keinformatifan masing-masing primer pada 30 genotipeSaccharum spp. Sumatera Utara
Primer JP PM PP PP (%) UA (bp) PIC OPA 04 9 0 9 100,00 417-1887 0,475 OPB 10 6 0 6 100,00 388-1950 0,495 OPB 18 8 1 7 87,50 196-1924 0,432 OPC 04 6 0 6 100,00 661-1973 0,408 OPC 18 9 0 9 100,00 419-1687 0,365 OPC 19 7 0 7 100,00 539-1547 0,487 OPD 03 9 0 9 100,00 542-1833 0,499 OPD 08 6 0 6 100,00 384-1118 0,452 OPH 05 6 0 6 100,00 346-1662 0,448 OPN 03 5 0 5 100,00 563-1215 0,370 Total 71 1 70 987,50 4,431 Rataan 7,1 0,10 7,0 98,75 0,443
Keterangan: JP: Jumlah polapita DNA, PM: Jumlah pita monomorfik, PP: Jumlah pita polimorfik, PP (%): Persentase polimorfisme, UA: Ukuranamplikon DNA, PIC: Polymorphic Information Content
Ukuran DNA hasil amplifikasi diestimasi melalui perbandingan migrasi setiap fragmen yang diamplifikasi dengan ukuran fragmen marker (DNA ladder 1 kb). Dari 10 primer yang produktif, total jumlah pita PCR RAPD yang dihasilkan sebanyak 71pola pita (lokus) dengan rataan jumlah pita per primer sebanyak 7,1 pita. Jumlah pita terbanyak (9) diamplifikasi oleh primer OPA 04, OPC 18 dan OPD 03 dan terendah (5) diamplifikasi oleh primer OPN 03. Total jumlah pita PCR RAPD polimorfik sebanyak 70 pita dengan rataan persentase polimorfisme sebesar 98,75%. Pita DNA dengan persentase polimorfik tertinggi (100%) dihasilkan oleh 9 primer (OPA 04, OPB 10, OPC 04, OPC 18, OPC 19, OPD 03, OPD 08, OPH 05 dan OPN 03) dan terendah (87,50%) dihasilkan oleh primer OPB 18. Rentang ukuran amplikon pita DNA dari 10 primer yang reproduktif berkisar 196-1973 bp (base
pair). Ukuran pita terendah (196 bp) diamplifikasi oleh primer OPB 18 dan tertinggi (1973 bp) oleh primer OPC 04 (Tabel 4). Rekapitulasi ukuran pita DNA 30 aksesi Saccharum spp berdasarkan primer yang mengamplifikasinya tertera pada Lampiran 4. Tingkat keinformatifan (Polymorphic Information Content) ke-10 primer RAPD pada 30 genotipeSaccharum spp Sumatera Utara berkisar antara 0,365-0,499dengan rataan 0,443(Tabel 4). Mewakili visualisasi hasil elektroforesis dari 10 primer yang reproduktif adalah primer OPB 10, OPB 18, OPC 04, OPC 19 dan OPD 03, masing- masing ditunjukkan pada Gambar 7-11, sedangkan hasil visualisasi pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp. pada primer lainnya ditunjukkan pada Lampiran 2.
Amplifikasi primer OPB 10 pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 6 pita DNA yang berukuran 388-1950 bp dengan persentase polimorfisme 100%.Tingkatkeinformatifan primer ini adalah 0,495.
Gambar 7. Pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp. Sumatera Utara yang diamplifikasi dengan primer OPB 10, lajur M:marker ladderAmresco 1 kb, lajur 1-30 seperti pada Tabel 2.
Amplifikasi primer OPB 18 pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 8pita DNA berukuran 196-1924 bp dan 7pita DNA polimorfik dengan persentase polimorfisme sebesar 87,50%. Tingkat keinformatifan primer ini 0,432.
Gambar 8. Pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara yang diamplifikasi dengan primer OPB 18, lajur M:marker ladderAmresco 1 kb, lajur 1-30 seperti pada Tabel 2.
Amplifikasi primer OPC 04 pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 6 pita DNA yang berukuran 661-1973 bp. Persentase polimorfisme keenam pita polimorfik sebesar 100%. Tingkat keinformatifan primer ini 0,408.
Gambar 9. Pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara yang diamplifikasi dengan primer OPC 04, lajur M:marker ladderAmresco 1 kb,lajur 1-30 seperti pada Tabel 2.
Amplifikasi primer OPC 19 pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 7pita DNA yang berukuran 539-1547 bp dengan persentase polimorfisme 100%. Tingkat keinformatifan primer ini adalah 0,487.
Gambar 10. Pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara yang diamplifikasi dengan primer OPC 19, lajur M:marker ladderAmresco 1 kb, lajur 1-30 seperti pada Tabel 2.
Amplifikasi primer OPD 03 pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 9 pita DNA yang berukuran 542-1833 bp dengan persentase polimorfisme 100%. Tingkat keinformatifan primer sebesar 0,499.
Gambar 11. Pola pita RAPD 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara yang diamplifikasi dengan primer OPD 03, lajur M:marker ladderAmresco 1 kb, lajur 1-30 seperti pada Tabel 2.
Identifikasi penanda genotipe spesifik berdasarkan analisis RAPD
Melalui analisis PCR-RAPD sebanyak71pola pita terbentuk dari 10 primer yang digunakan untuk mengamplifikasi DNA 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara. Dari total pola pita tersebut terdapat 7pitaspesifik untuk 4 aksesi Saccharum spp.(Kuning Sunggal, Gelagah Medan Helvetia, Gelagah Tanjung Jati dan Berastagi
Sibolangit)yang dihasilkan dari amplifikasi 4 primer (OPA 04, OPC 04, OPB 18, OPC 19) (Tabel 5).Profil pola pita spesifik ke-4 aksesi pada 4 primer tersebut seperti pada Lampiran 3.
Tabel 5. Identifikasi aksesi dengan penanda genotipe spesifik
Aksesi Primer RAPD Ukuran amplikon (bp)
Kuning Sunggal OPC 19 539
Gelagah Tanjung Jati OPB 18 196
Gelagah Medan Helvetia
OPA 04 417
OPB 18 1924
OPC 04 1973
Berastagi Sibolangit OPC 04 661 dan 875 Analisis kemiripan berdasarkan jarak genetik dan pola pengelompokan
Jarakgenetik diantara 30 aksesi Saccharum spp.dihitung berdasarkan Matrix Dissimilarity Simple Matchingkoefisien Dice. Jarak genetik berkisar antara 0.067- 0.783. Jarakgenetik terjauh(0,783) terdapat pada aksesi Gelagah Medan Helvetia dengan Berastagi Sibolangitsementara jarak genetik terdekat (0,067) terdapat pada aksesi Gambas Hamparan Perak dengan Gambas Sunggal(Tabel 6). Analisis dendogramdilakukan untuk mengetahui keragaman genetik 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara. Dendogram dibentuk menggunakanprogram Darwin 5.05 dengan metode Weighted Pair-Group Methode Analysis (WPGMA).
Analisis dendogram dengan marker RAPD (terbentuk 71 lokus) pada 30 aksesi Saccharum spp. menghasilkan 3 kelompok. Sebanyak 10 aksesi (Gambas Sunggal, Gambas Hamparan Perak, Gambas Stabat, Kuning Sunggal (sub kelompok Ia) dan VMC 76-16, PSBM 901,BZ 134 Tanjung Jati, BZ 134 Sunggal,BZ 134 Hamparan Perak, Gelagah Medan Helvetia (sub kelompok Ib)) terbentuk dalam satu kelompokpada kelompok I, 10 aksesi (Gelagah Tanjung Jati, Gelagah Sunggal, Berastagi Sibolangit, Kuning Hamparan Perak, Kuning Tanjung Jati (sub kelompok IIa) danMerah Stabat,Merah Hamparan Perak, Merah Kabanjahe,Berastagi Kabanjahe, Berastagi Berastagi(sub kelompok IIb)) terbentuk dalam kelompok II,
Tabel 6. Matriks jarak atau ketidaksamaan genetik untuk kombinasi pasangan 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara Kode Aksesi 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 1 PS 864 2 PSJT 941 0.309 3 PS 851 0.263 0.407 4 PS 862 0.255 0.250 0.360 5 PS 882 0.172 0.236 0.263 0.216 6 PS 891 0.286 0.396 0.164 0.347 0.32 1 7 TLH 2 0.241 0.273 0.404 0.255 0.310 0.286 8 GMP2 0.300 0.263 0.288 0.396 0.333 0.276 0.233 9 Kidang Kencana 0.219 0.213 0.206 0.298 0.219 0.323 0.219 0.242 10 PSBM 901 0.288 0.286 0.379 0.346 0.254 0.439 0.356 0.410 0.323 11 PSCO 902 0.231 0.306 0.333 0.156 0.231 0.320 0.269 0.407 0.310 0.283 12 VMC 76-16 0.382 0.385 0.296 0.375 0.418 0.321 0.345 0.298 0.311 0.286 0.388 13 BZ 134 Hamparan Perak 0.347 0.304 0.375 0.286 0.306 0.404 0.347 0.333 0.345 0.360 0.395 0.348 14 BZ 134 Sunggal 0.320 0.404 0.429 0.349 0.320 0.375 0.280 0.308 0.357 0.451 0.409 0.447 0.268 15 BZ 134 Tanjung Jati 0.320 0.319 0.347 0.302 0.280 0.292 0.240 0.346 0.286 0.373 0.364 0.404 0.220 0.143 16 Gambas Hamparan Perak 0.216 0.375 0.280 0.364 0.294 0.306 0.373 0.396 0.263 0.346 0.333 0.333 0.286 0.349 0.302 17 Gambas Sunggal 0.231 0.388 0.255 0.333 0.308 0.280 0.385 0.407 0.276 0.358 0.304 0.306 0.302 0.364 0.318 0.067 18 Gambas Stabat 0.222 0.373 0.283 0.362 0.296 0.308 0.333 0.357 0.267 0.273 0.333 0.255 0.333 0.391 0.348 0.106 0.083 19 Kuning Hamparan Perak 0.370 0.294 0.434 0.277 0.407 0.346 0.370 0.429 0.400 0.382 0.417 0.412 0.422 0.478 0.348 0.404 0.375 0.360 20 Kuning Sunggal 0.375 0.600 0.447 0.463 0.458 0.478 0.500 0.520 0.481 0.429 0.524 0.378 0.436 0.450 0.450 0.268 0.286 0.273 0.500 21 Kuning Tanjung Jati 0.322 0.321 0.379 0.346 0.322 0.368 0.288 0.344 0.262 0.333 0.396 0.357 0.360 0.373 0.373 0.308 0.321 0.273 0.309 0.469 22 Gelagah Medan Helvetia 0.698 0.600 0.615 0.652 0.623 0.725 0.623 0.600 0.559 0.556 0.574 0.560 0.545 0.600 0.600 0.609 0.617 0.592 0.755 0.721 0.593 23 Gelagah Sunggal 0.565 0.581 0.644 0.538 0.522 0.591 0.652 0.667 0.654 0.574 0.550 0.628 0.622 0.579 0.632 0.590 0.550 0.524 0.571 0.667 0.574 0.756 24 Gelagah Tanjung Jati 0.560 0.574 0.633 0.535 0.560 0.542 0.600 0.654 0.607 0.608 0.545 0.574 0.659 0.571 0.619 0.628 0.591 0.609 0.478 0.650 0.490 0.778 0.263 25 Merah Kabanjahe 0.429 0.358 0.491 0.429 0.429 0.444 0.357 0.414 0.355 0.404 0.440 0.358 0.489 0.458 0.458 0.469 0.480 0.423 0.462 0.652 0.368 0.686 0.682 0.625 26 Merah Hamparan Perak 0.321 0.396 0.309 0.469 0.368 0.309 0.357 0.379 0.290 0.333 0.451 0.358 0.458 0.440 0.388 0.373 0.373 0.283 0.346 0.458 0.288 0.692 0.739 0.680 0.273 27 Merah Stabat 0.333 0.407 0.393 0.480 0.404 0.418 0.368 0.424 0.333 0.414 0.490 0.444 0.458 0.510 0.469 0.400 0.373 0.321 0.434 0.532 0.345 0.731 0.778 0.755 0.273 0.123 28 Berastagi Sibolangit 0.569 0.667 0.640 0.636 0.608 0.714 0.608 0.698 0.579 0.615 0.689 0.667 0.762 0.674 0.682 0.682 0.689 0.660 0.532 0.610 0.615 0.783 0.744 0.581 0.633 0.520 0.520 29 Berastagi Berastagi 0.423 0.510 0.333 0.556 0.423 0.400 0.538 0.444 0.448 0.472 0.565 0.429 0.488 0.455 0.455 0.378 0.391 0.375 0.458 0.429 0.472 0.745 0.750 0.773 0.440 0.192 0.333 0.556 30 Berastagi Kabanjahe 0.309 0.423 0.333 0.417 0.309 0.434 0.455 0.474 0.344 0.286 0.388 0.385 0.435 0.447 0.404 0.375 0.347 0.333 0.451 0.467 0.429 0.640 0.721 0.660 0.396 0.245 0.333 0.458 0.184
sementara sebanyak 10 aksesi (Kidang Kencana, PSJT 941, GMP 2, TLH 2, PS 882, PS 864, PSCO 902,PS 862 (sub kelompok IIIa) dan PS 891 dan PS 851 (sub kelompok IIIb)) beradapadakelompok III (Gambar 12 dan 13).
Gambar 12. Dendogram 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara berdasarkan Matrix Dissimilarity Simple Matching
Dari hasil analisis dendogram, varietas PS 864 dan PSJT 941 beradapadakelompok yang sama (kelompok III). Kedua varietas ini berada satu kelompok dengan aksesi Kidang Kencana, GMP 2, TLH 2, PS 882, PSCO 902 dan PS 862.Dari hasil analisis Matrix Dissimilarity Simple Matching, jarak genetik varietas PS 864 lebih dekat dengan PS 882 (0,172) dan PSJT 941 lebih dekat dengan Kidang Kencana (0,213) (Tabel 6).
Gambar 13.Profil radial Neighbour-Joining Tree 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara berdasarkan analisis Matrix Dissimilarity Simple Matching Hasil analisis dendogram menunjukkan beberapa spesies yang sama berada pada kelompok yang berbeda. Aksesi Gelagah Medan Helvetia (kelompok I) terbentuk berbeda kelompokdengan aksesi Gelagah Tanjung Jati dan Gelagah Sunggal (kelompok II), aksesi Kuning Sunggal (kelompok I) dengan Kuning Tanjung Jati dan Kuning Hamparan Perak (kelompok II) (Gambar 12 dan 13). Demikian juga dengan varietas tebu yang telah dirilis tampak cenderung mengelompok (kelompok III) kecuali VMC 76-16 dan PSBM 901 yang mengelompok dengan spesies Gambas, aksesi Kuning Sunggal, spesies BZ 134 dan aksesi Gelagah Medan Helvetia (kelompok I) (Gambar 12).
Analisis kemiripanberdasarkan pola pita dan jumlah fragmen DNA
Berdasarkan analisis dendogram, varietas tebu toleran kekeringan PS 864 dan PSJT 941 berada pada sub kelompok yang sama (IIIa). Dari 10 primer RAPD yang digunakan PS 864 menghasilkan fragmen DNA sebanyak 29 pita sementara PSJT 941 menghasilkan fragmen 26pita (Gambar 14). Varietas PS 864, PS 882,PSCO 902dan PS 862 mengelompokpadacabang yang sama dalamsub kelompok IIIa, demikian halnya dengan varietas PSJT 941, Kidang Kencana, GMP 2 dan TLH 2 juga membentuk cabang yang samadalam sub kelompok IIIa(Gambar 12 dan 13).
Gambar 14. Perbandingan pola pita dan jumlah fragmen DNA pada varietas PS 864 dan PSJT 941 dengan menggunakan 10 primer RAPD. M: marker ladderAmresco 1 kb, 1: PS 864, 2: PSJT 941
Varietas BZ 134, yang paling luas dibudidayakan di Sumatera Utara, berdasarkan analisa dendogram dikelompokkan ke dalam kelompokI dan membentuk sub kelompok yang sama (Ib) dengan Gelagah Medan Helvetia (Gambar 12). Dari 10 primer yang digunakan aksesi BZ 134 Hamparan Perak menghasilkan fragmen DNA sebanyak 20pita, BZ 134 Sunggal sebanyak 21pita dan BZ 134 Tanjung Jati sebanyak 21pita. Hasil image running elektroforesis PCR menunjukkan perbedaan pola pita pada ke-3 aksesi (Gambar 15).
Gambar 15. Perbandingan pola pita dan jumlah fragmen DNA pada varietas BZ 134 dengan menggunakan 10 primer RAPD. M: Marker ladder 1 kb, 1: BZ 134 Hamparan Perak, 2: BZ 134 Sunggal, 3: BZ 134 Tanjung Jati
Selanjutnya, dari hasil analisis kemiripan ukuran pita DNA, varietas PS 864 (29 pita), menunjukkan kemiripan sebanyak 24 pita dengan PS 882, PSCO 902 20 pita dan PS 862 19 pita (Tabel 7).
Tabel 7. Kemiripan pita DNA varietas PS 864 dengan aksesi yang berada pada cabang yang sama dalam sub kelompok
Primer No. Pita Ukuran pita (bp) PS 864 PS 882 PSCO 902 PS 862
OPA 04 1 417 - - - - 2 583 - - - - 3 670 + + + - 4 754 - - + + 5 1026 + + - - 6 1184 + + - - 7 1215 - - - - 8 1602 + + - - 9 1887 + - - - OPB 10 1 388 + + + + 2 571 + + + + 3 906 + + + + 4 1070 + + + + 5 1362 - - - - 6 1950 - - - - OPB 18 1 196 - - - - 2 447 - - - - 3 590 + + + + 4 733 - + - - 5 862 + + + + 6 1113 - - - - 7 1609 - - - - 8 1924 - - - - OPC 04 1 661 - - - - 2 875 - - - - 3 917 + + + + 4 1080 - - - - 5 1125 + + + + 6 1973 - - - - OPC 18 1 419 + + + + 2 435 - - - - 3 612 - - - - 4 653 - - - - 5 856 - - + - 6 946 - - - -
Tabel 7. Lanjutan…… 7 1145 - - - - 8 1195 - + - + 9 1687 - - - - OPC 19 1 539 - - - - 2 726 - - - - 3 990 - - - - 4 1070 + + + + 5 1461 - - - - 6 1477 + + + + 7 1547 + + + - OPD 03 1 542 - - - - 2 595 + - - - 3 691 + + + + 4 735 + + - + 5 862 + + - - 6 961 - + + + 7 1168 + - - - 8 1263 + - + - 9 1833 - - - - OPD 08 1 384 - - - - 2 543 - - - - 3 739 - + - - 4 827 + + + + 5 1033 - + - - 6 1118 + + + + OPH 05 1 346 - - - - 2 365 + + + + 3 530 + - - + 4 955 - - - - 5 966 + + + + 6 1662 - - - - OPN 03 1 563 - - - - 2 726 - - - - 3 874 - - - - 4 1054 + + + + 5 1215 - - - - Total 29 24 20 19
Keterangan: tanda (+) : ada pita DNA, (-): tidak ada pita DNA, total pada PS 882, PSCO 902, PS 862: pita DNA yang sama dengan PS 864 Analisis kemiripan ukuran pita DNA untuk varietas PSJT 941 (26 pita),aksesi yang berada padacabang yang sama dalam sub kelompok menunjukkan kemiripan sebanyak 23 pita untuk Kidang Kencana, 20 pita untuk GMP 2 dan 19 pita untuk TLH 2 (Tabel 8).
Tabel 8. Kemiripan pita DNA varietas PSJT 941 dengan aksesi yang berada padacabang yang sama dalam sub kelompok
Primer No. Pita Ukuran pita (bp) PSJT 941 KK GMP2 TLH2
OPA 04 1 417 - - - - 2 583 × - × × 3 670 × × × × 4 754 - - - × 5 1026 - × - - 6 1184 - - × - 7 1215 - × × × 8 1602 - × - × 9 1887 - × - - OPB 10 1 388 × × - ×
Tabel 8. Lanjutan…… 2 571 × × - × 3 906 × × × × 4 1070 × × - × 5 1362 - × - - 6 1950 - - - - OPB 18 1 196 - - - - 2 447 × × - - 3 590 × × × × 4 733 × × × - 5 862 × × × × 6 1113 - × × - 7 1609 - - - - 8 1924 - - - - OPC 04 1 661 - - - - 2 875 - - - - 3 917 × × × × 4 1080 - - - - 5 1125 - - - - 6 1973 - - - - OPC 18 1 419 - × - × 2 435 - - - - 3 612 - - - - 4 653 - - - - 5 856 - - - - 6 946 - - - - 7 1145 - - - - 8 1195 × × × × 9 1687 - × × × OPC 19 1 539 - - - - 2 726 × × × × 3 990 × - - - 4 1070 × × × × 5 1461 - - - - 6 1477 × × × × 7 1547 × × × - OPD 03 1 542 - × - - 2 595 - - × - 3 691 × × × × 4 735 × × × - 5 862 × × × × 6 961 × × × - 7 1168 - - × × 8 1263 - × × × 9 1833 - - - - OPD 08 1 384 - - - - 2 543 - - - - 3 739 - - - - 4 827 × × × × 5 1033 - - × - 6 1118 - × × × OPH 05 1 346 - - - - 2 365 × × × × 3 530 × × × × 4 955 - - - - 5 966 × × × × 6 1662 - - - - OPN 03 1 563 - - × × 2 726 - - × - 3 874 - - - - 4 1054 - × × × 5 1215 × - - - Total 26 23 20 19
Keterangan: tanda (×): ada pita DNA, (-): tidak ada pita DNA, total pada KK,
GMP2 dan TLH2: pita DNA yang sama dengan PSJT 941
Analisis faktorial
Principal Coordinate Analysis(PCoA) memperlihatkan hubungan antara 30 aksesi Saccharum spp.yang mengindikasikan tingkat keragaman genetik yang moderat (Gambar 16). Pada gambar terlihat perbedaan analisis faktorial yang tercermin dari perbedaan hasil aksis 1 (19,84%) dan 2 (15,54%) danmenjelaskan keseluruhan keragaman molekuler sebesar 35,38%. Ketigapuluhaksesi Saccharum spp. Sumatera Utara tampak menyebar pada ke 4 bidang aksis.
Gambar 16. Hubungan genetik 30 aksesi Saccharum spp.berdasarkan analisis faktorial, aksis 1 (horizontal), aksis 2 (vertikal)
Pembahasan
Kualitas DNA dan kesesuaian primer
Untuk mendapatkan hasil amplifikasi DNA dengan pola pita yang jelas dan terang maka dibutuhkan stok DNA dengan kualitas yang baik. Stok DNA yang diperoleh dari hasil isolasi memperlihatkan pola pita yang terang dan tebal meskipun ketebalannya bervariasi antar aksesi (Gambar 6). Produk ekstraksi DNA yang
Analisis Faktorial: Aksis 1 / 2
-.3 -.25 -.2 -.15 -.1 -.05 .05 .1 .15 .2 .25 .3 .35 .4 .45 .5 .25 .2 .15 .1 .05 -.05 -.1 -.15 -.2 -.25 -.3 -.35 -.4 -.45 -.5 PS 864 PSJT 941 PS 851PS 891TLH 2 PS 882PS 862 GMP 2 K.Kencana PSBM 901 PSCO 902 VMC 76-16
BZ 134 Ham paran Perak
BZ 134 Sunggal BZ 134 Stabat
Gam bas Ham paran Per ak Gam bas Sunggal Gam bas Stabat
Kuning Ham paran Per ak Kuning Sunggal
Kuning Tanjung Jati
Gelagah Medan Helvetia
Gelagah Sunggal
Gelagah Tanjung Jati
Merah Kabanjahe
Merah Ham paran Per akMerah Stabat
Beras tagi Sibolangit Beras tagi Ber as tagiBeras tagi Kabanjahe
berkualitas baik ditunjukkan dengan pita DNA yang terlihat tebal dan bersih bila di visualisasi dengan menggunakan gel elektroforesis (Ardiana, 2009) serta tidakadanya kontaminasi RNAdanpolifenolatautanda-tandaDNAterdegradasidalam semuasampel(Hossain et al, 2006).
Pada penelitian ini, genotyping DNA 30 aksesi Saccharum spp.Sumatera Utara dilakukan dengan menggunakan 14 primer RAPD (Tabel 3), akan tetapi hanya 10 primer yang dapat mengamplifikasi DNA dengan baik dan memproduksi jumlah pita yang reproduktif pada semua sampel sehingga 4 primer yang tidak mampu mengamplifikasi tidak diikutkan dalam analisis lanjutan. Keempat primer tersebut tidak dapat mengamplifikasi template DNA ke-30 aksesi tebu mungkin karena ketidaksesuaian urutan homolog nukleotida DNA dengan primer. Menurut Hadrys et al (1992); Kumar dan Gurusubramanian (2011), profilDNAamplifikasitergantung padakombinasi urutanhomolog nukleotidaantaratemplate DNAdenganprimer oligonukleotidadan reproduksi setiap kombinasi pada akhirsetiap produkamplifikasi. Perbedaannukleotidaantara pasangantemplate DNA yang berbedaakan mengakibatkanada tidaknyapitakarena perubahansituspriming.Padasuhuannealing yangtepat selamasiklustermal, primeroligonukleotida dariurutan acakakan mengikatbeberapa situsprimingdalamurutan komplementerpadatemplate DNAgenomikdan menghasilkan produkDNAdiskritjikasitusprimingberada padajarak yang mampu diamplifikasisatu sama lain.
Polimorphisme 10 primer RAPD, PIC dan penanda genotipe spesifik pada 30
