Studi Geertz tentang Indonesia dianggap sudah keluar dari bayang-bayang strukturalis-fungsionalisme karena dianggap memberikan gambaran yang cukup adil tentang Islam di Timur Tengah (Maroko) dan di Asia (Indonesia).(Geertz. Op. cit). Karyanya tentang perkembangan agama di Maroko dan Indonesia menjadi rujukan utama dalam studi masyarakat Islam selanjutnya. Begitupun karya lainnya tentang agama Jawa yang memperkenalkan trikotomi; santri (Muslim taat), priyayi (Muslim sinkretis) dan abangan (Muslim nominal), telah menjadi tipologi yang dipakai umum dalam menggambarkan dinamika sosial-politik masyarakat Indonesia. Selain mengedepankan pemaknaan subjektif terhadap kajiannya, Geertz juga dikenal dengan konsep deskripsi tebalnya (thick description), yaitu penggambaran yang detil, padat dan menyeluruh terhadap masyarakat yang dikaji. (Geertz, 1960).
Meskipun begitu, studi Geertz ini tidak lepas dari kritik. Misalnya, Harsya Bachtiar mengoreksi trikotomi Geertz yang kurang memahami struktur sosial keagamaan masyarakat Jawa yang memperhadapkan priyayi yang sebenarnya kategori sosial dengan santri yang merupakan kategori agama. (Bachtiar, 1973: 5.) Sedangkan pada aspek agama, poin penting yang dikritik adalah pengabaian peran Islam dalam bangunan sosial budaya masyarakat Jawa. Menurut Geertz, Islam yang dipraktekkan oleh masyarakat Indonesia (Jawa) adalah
Islam sinkretik, yaitu Islam yang diwarnai oleh nilai-nilai agama pra Islam seperti animisme/dinamisme, Buddha dan Hindu. Woodward, antropolog Barat lainnya yang meneliti orang Jawa di Yogyakarta, sebaliknya menemukan bahwa justru Islamlah yang mewarnai tradisi keagamaan masyarakat Jawa dan bukan yang lain sebagaimana klaim Geertz.(Woodward 1989). Beatty dalam bukunya Varieties of Javanese Religion di Banyuwangi, yang ia istilahkan Islam praktis menyatakan bahwa di pedesaan Jawa yang dihuni oleh komunitas yang heterogen sebagian besar diantaranya tidak jelas identitasnya, santri atau abangan. Tapi berada di antaranya, bukan santri dan bukan abangan, yang merupakan wilayah kompromi, tidak konsisten, ambivalen dan tidak bias ditangkap dengan kacamata kategorikal. Secara spesifik, Beatty membuktikan pada kasus slametan sebagai peristiwa komunal yang mempertemukan berbagai individu, juga kepentingan, yang berbeda latar belakang ideologi. Temuan Beatty ini sebenarnya sudah dibaca sebelumnya oleh Bambang Pranowo yang melihat bahwa trikotomi santri, priyayi dan abangan bukan sebagai sesuatu sudah jadi (state of being) melainkan sesuatu yang menjadi (state of becoming). (Pranowo. 1991).
Begitupun Weber yang paradigmanya digunakan oleh Geertz terutama dalam mengedepankan pemaknaan subyektif (subyektif meaning) dalam penggalian datanya juga tidak lepas dari kritik. Misalnya, Weber melihat bahwa tidak ada sistem nilai dalam agama Islam yang bisa menjadi pemicu kemajuan (1978: 573-575). Dia mengatakan bahwa doktrin Islam tentang predestinasi (takdir), sesuatu yang menjadi kunci dalam etika Protestan Calvinis, tidak terdapat dalam Islam. Bahkan secara sinis Weber mengatakan bahwa konsep takdir dalam Islam; “sering menghasilkan kelalaian penuh terhadap diri demi memenuhi kewajiban jihad untuk penaklukan dunia justru dialihkan sepenuhnya dari perilaku hidup yang rasional dengan munculnya pemujaan terhadap orang-orang suci dan akhirnya, magis.” Intinya, konsep-konsep dalam ajaran Calvinis Protestan seperti keselamatan (salvation), panggilan (calling), kerja keras, hemat dan pantang pada kenikmatan duniawi (innerworldly asceticism) sulit ditemui pada Islam dan masyarakat Muslim. Yang
ada hanya budaya takhayul, mistik, feodalisme dan patrimonialisme yang di Barat menjadi penghalang perkembangan kapitalisme. (Turner 1974: 173.). Tidak sedikit ilmuwan sosial, bahkan ilmuwan sosial Muslim, yang mengikuti tesis Weber ini.
Tuduhan Weber yang merendahkan Islam ini belakangan mendapatkan kritik. Misalnya, Rodinson (1974: 76-99) mengatakan bahwa etika yang dipancarkan oleh Al-Quran hampir tak berbeda dengan disebut Weber, etika Protestan, seperti jujur, kerja keras, berperhitungan dan hemat.( Rodinson, 1974.). Begitu pun beberapa sarjana Muslim seperti Taufik Abdullah dalam artikelnya “Weber dan Islam”, mengatakan bahwa Weber salah dalam memahami realitas sesungguhnya dari masyarakat Muslim, dan tidak sepenuhnya menggunakan metode verstehen-nya sendiri dalam melakukan kajian tentang masyarakat Muslim. Weber hanya menggunakan bahan- bahan bacaan yang ditulis oleh para orientalis klasik yang memiliki tendensi keagamaan pribadi (bias) dan masih dipengaruhi trauma Perang Salib. (Abdullah (ed) 1993: 113.). Menurut sarjana Barat lainnya Turner bahwa Weber gagal memahami aspek solidaritas sosial di kota-kota negeri Muslim, Weber juga gagal menjelaskan tentang konflik berkelanjutan antara ulama dengan para penguasanya, dan Islam sebagai ajaran yang diyakini para pemeluknya. Penyebabnya adalah kajian Weber mengenai Islam yang belum tuntas. (Turner, Op. Cit.,). Abdullah menambahkan tentang hal ini;
“Tak sepenuhnya Weber sanggup melepaskan diri dari etnosentrisme Eropanya. Khususnya terhadap Islam dan agama-agama Asia lain tampak sangat terbatas kemungkinan untuk memakaikan pendekatan verstehen terhadap sesuatu yang asing. Kelemahan inilah yang menyebabkan Weber sering terluput dalam mengerti dinamik internal dari agama-agama itu. Namun teorinya telah banyak membantu dalam usaha melukiskan dan menerangkan berbagai realitas sosial. Dalam studi-studi tentang Indonesia, jasa Weber dapat dilihat pada uraian- uraian sosiologis dan antropologis. Teorinya telah berjasa dalam “membebaskan” sejarah Indonesia dari dominasi filologi dan mengubah ilmu sejarah.” (Abdullah ~ed~ 1993: 27-28).
Meskipun ada kritik terhadapnya, Weber sudah membangun pondasi yang bagus tentang metode penggambaran fenomena sosial secara baik, melalui verstehen-nya. Tinggal bagaimana ilmuwan sosial kontemporer mengembangkan secara terus-menerus kajian dan penyelidikan sosialnya mengenai umat Islam tanpa ada bias dan tendensi subjektif. Begitupun Geertz yang dikritik karena terlalu simplistik dalam melihat masyarakat Jawa, tetap dianggap berjasa dalam bagaimana cara mendekati agama sebagai bagian dari kehidupan sosial budaya (religion as a cultural system). Terlepas dari kesakrakalan dan kesucian agama, sebagai sasaran studi maka agama harus dilihat dari bagaimana manusia sebagai pribadi menghayati dan meyakininya. Pada tataran teologis, agama selalu dilihat sebagai sebuah sistem yang menilai benar dan salah tentang sesuatu hal, maka sumbangan Geertz adalah pada bagaimana agama itu diyakini oleh pribadi-pribadi dan memantulkan ajarannya dalam hubungan sosial antara manusia (fungsional).