Pendahuluan
BoLA DRB3.2 merupakan gen MHC klas II lokus DR-β3, exon 2.
Penyandi receptor binding site molekul MHC Klas II pada sapi.
Tempat inisiasi respon imun (Sharifzadeh dan Doosti, 2011).
Sangat polimorfik (Nassiry dkk., 2008).
Berhubungan dengan ketahanan dan kerentanan terhadap penyakit (Dietz dkk,. 1997; Alizadeh dkk., 2003)
SAPI TARO
Plasma nutfah Indonesia, hanya ada di Bali (Desa Taro Gianyar)
Sapi “sakral” bagi masyarakat Bali umumnya dan Taro khususnya
Populasi terus menurun, Inbreeding tinggi, Terancam punah
Perlu dilestarikan
Mengungkap potensi ketahanan maupun kerentanan terhadap
penyakit merupakan salah satu usaha mendasar dalam pelestarian sapi Taro
Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap karakteristik gen penyandi unit β1receptor binding site molekul MHC klas II pada sapi putih Taro.
Seminar Nasional Sains dan Teknologi (SENASTEK-2015), Kuta, Bali, INDONESIA, 29 – 30 Oktober 2015
KARAKTERISTIK GEN BoLA DRB3.2 SAPI TARO
I G. Soma dan I N. Wandia
Fakultas Kedokteran Hewan,Universitas Udayana JL PB Sudirman Denpasar-Bali
Corresponding author: [email protected]
P-PNL 159
Metode Penelitian
15 sampel darah sapi putih Taro masing-masing sebayak 5 ml.
Ekstraksi dan Isolasi DNA menggunakan PureLinkTM Genomic Mini Kit dari Invitrogen.
DNA target diamplifikasi menggunakan menggunakan primer foward (F) : 5´-ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCC-3´ dan revers (R): 5´-TTTAAATTCGCGCTCACCTCGCCGCT-3´(Van Eijk dkk., 1992).
Reaksi PCR volume akhir 25 µL sbb: 2,5 µL 10x PCRbuffer, 3 µL
MgCL2 (25 mM), 0,5 µL 10x dNTP (2mM), 0,5 µL masing-masing primer (10 µM), 0.16 µL 5 unit/ µL Taq DNA polimerase, 2 µL templeteDNA, dan 15,84 µL air deionase.
PCR: Applied Biosystems 2720 Thermal Cycler. pra-PCR;
denaturasi 94oC 5 menit, PCR (30 siklus); denaturasi 94o C 1
menit, annealing 56o C 55 detik, elongasi 72o C 1 menit. Post PCR 72o C 5 menit.
• Hasil Isolasi DNA dan produk PCR di elektroforesis dengan gel agarose 1,5%, 50 Volt, selama 30 menit. Fragmen DNA dimunculkan dengan ethidium bromida diamati dengan bantuan sinar UV. Produk PCR kemudian di sekuen. Hasil sekuen dianalisis menggunakan MEGA5
Kesimpulan
• Gen BoLA DRB3.2 sapi Taro 302 bp : 267 bp exon 2, 17 bp intron 5’, 18 bp intron 3’.
• Translals asam amino dari 18 – 284, diperoleh 89 AA
• Ditemukan 3 titk variabel dg SNP 37C/A, 87A/G dan 88G/C.
• Ditemukan 3 alel gen BoLA DRB3.2 sapi Taro
Daftar Pustaka
Alizadeh, Z., Karrow, N., Mallard, B.A. 2003. Biological Effect of Varying Peptide Binding Affinity to the BoLA-DRB3*2703 Allele. Genet. Sel. Evol. 35.(Suppl.1).S53-S65
Amills, M., Ramiya, V., Norimine, J., Lewin, H.A. 1998. The Major Histocompatibility Complex in Ruminant. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz., 17(1),108-120.
Behl, J.D., Verma, N.K., Tyagi, N., Mishra, P., Behl, R., Joshi, B.K. 2012. The major Histocmptability Complex in Bovine: Review. Veterinary Science,Volume 2012.Article ID 87270. 12 pages.International Scholarly Network. [Cited 2014 Sept. 8].
Chakraborty, D., Singh, A., Tantia, M.S., Verma, A., Chakravarty, A.K.,(2015). Genetic Polymorphism of BoLA DRB3.2 Locus in Sahiwa Cattle. Animal Science Reporter. Vol.9 Issue 1, January 2015.
De, S., Singh, R.,K., Brahma, B. 2011. Allelic Diversity of Major Histocompatibility Complex Class II DRB Gene in Indian Cattle and Buffalo. Risearch Article. Molecular Biology International, Vol. 2011, Artcle ID 120176, 7 page doi : 10.4061/2011/120176
Dietz, A. B., Cohen, N. D., Timms, L., dan Kehrli, M. E., JR. 1997. Bovine Limphocyte Antigen Class II as Risk Factors for High Somatic Cell Counts in Milk of Lactating Dairy Cows. J. Dairy Sci. 80:406-412.[cited 2011 Des.18]. Available from URL: http://ddr.nal.usda.gov/bitstream/10113/40527/1/IND20702402.pdf.
Ucapan Terima Kasih
Kami mengucapkan terimakasih kepada Rektor UNUD dan Ketua LPPM UNUD yang telah membiayai penelitian ini dengan dana PNBP DIPA 2015 dengan kontrak penelitian nomor 391-10.UN14.2/PNL.01.03.00/2015.
Hasil dan Pembahasan
• DNA produk PCR 302 bp, terdiri atas 267 bp exon 2, 17 bp intron 5’
dan 18 bp intron 3’.
• Diperoleh 3 alel gen BoLA DRB3.2 sapi putih Taro dg sekuen seperti berikut:
2_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTACGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG GTGCGGTACCTGGACAGATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA
4_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTACGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG GTGCGGTACCTGGACGCATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA
9_DRBF
ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCCTGGAGTATTCTAAGAGCGAGTGTCATTTCTTCAACGGGACCGAGCGG GTGCGGTACCTGGACAGATACTTCCATAATGGAGAAGAGTTCGTGCGCTTCGACAGCGACTGGGGCGAGT ACCGGGCGGTGACCGAGCTAGGGCGGCGGGTCGCCGAGCAGTTGAACGGCCAGAAGGACACCCTGGA GCGGGAGCGGGCCTATGTGGACACGTACTGCAGACACAACTACGGGGTCGTTGAGAGTTTCACTGTGCA GCGGCGAGGTGAGCGCGAATTTAAA
• Persentase komposisi nukelotida penyusunnya T: 19,5%; C: 24,5%; A:21,9%; G 34,1%
• Ditemukan 3 titik variabel dengan single nucleotida polimorphysm (SNP) yakni nukleotida nomor 37C/A, 87A/G dan 88G/C.
• Transalasi nukleotida dimulai dari 18 sampai 284
• Translasi menghasilkan 89 asam amino.
• Ditemukan substitusi pada asam amino nomor 7T/K dan 24R/A. Tabel 1. Jarak Genetik Sapi Taro
[ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ] [1]
[2] 0,000
[3] 0,000 0,000
[4] 0,007 0,007 0,007
[5] 0,000 0,000 0,000 0,007
[6] 0,000 0,000 0,000 0,007 0,000
[7] 0,000 0,000 0,000 0,007 0,000 0,000
[8] 0,003 0,003 0,003 0,010 0,003 0,003 0,003
[9] 0,000 0,000 0,000 0,007 0,000 0,000 0,000 0,003
[1]DRB3_DQ089666,[2]1_DRBF,[3]2_DRBF,[4]4_DRBF,[5]5_DRBF,[6]6_DRBF,[7]7_DRB F,[8]9_DRBF [9]10_DRBF
Pohon Pylogeni sapi Taro: Terbagi menjadi 2 kelompok
DRB3 Bos Taurus kode akses DQ089666 1_DRBF
2_DRBF 5_DRBF 6_DRBF 7_DRBF 10_DRBF
9_DRBF 4_DRBF
